3CWO | Genus

Total Genus 63

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	63
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	236
structure length	236
Chain Sequence	GKRVLIVDDATNGREAVEKYKELKPDIVTMDITMPEMNGIDAIKEIMKIDPNAKIIVCSAMGQQAMVIEAIKAGAKDFIVNTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVAIDAKRVDGEFMVFTYSGKKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEILLTSIDRDGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIASGGAGKMEHFLEAFLAGADAALAASVFHFREIDVRELKEYLKKHGVNVRLEGLLEHHH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	De novo protein
molecule keywords	beta/alpha-barrel protein based on 1THF and 1TMY
publication title	A beta alpha-barrel built by the combination of fragments from different folds. pubmed doi rcsb
source organism	Thermotoga maritima
total genus	63
structure length	236
sequence length	236
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.3.2.10: Imidazole glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	2008-04-22

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3cwoX00

4ORMA 4TIMA 4NUWA 3TAOA 1FWWA 4A2SA 2V30A 3N3MA 3G1DA 3TH6A 2A5HA 3TSMA 3G3MA 1W5OA 3NNTA 1F74A 1G7UA 1GTEA 2ATSA 3FS2A 1TV5A 1VYPX 1FCBA 3STCA 2NZLA 2W79A 1TPDA 1H1YA 3U2OA 4TMBA 3P5YA 1KTNA 3HIJA 3S1UA 3W1XA 4TMCA 1EUAA 1OFPA 2TPSA 3DENA 3GLCA 5G1YA 4TR9A 3G3DA 2WO5A 3FIGA 2HMCA 1M5WA 3UZJA 4GWEA 4PEKA 4UMAA 1QR7A 3NQEA 1FCUA 1I2OA 3UXAA 3PWAA 4JY8A 3WK3A 4RJEA 3TC6A 1Z48A 3NG3A 1UCWA 4HNTA 1AW5A 4M7SA 5IBXA 1ZENA 1DKWA 4JIPA 5I3HA 4GJ1A 4MVAA 1FCQA 3DXIA 2C13A 3NZ1A 3FJLA 1SR9A 1VZWA 2C15A 5HUPA 3W2KA 3S9YA 1H5YA 3KAOA 1W3NA 2CZFA 4JTKA 2V2CA 3W7DA 5AHEA 4O28A 2PRMA 1PHWA 1P1XA 1DOSA 1PS9A 4CLMA 5F2GA 1DHPA 2VC6A 4Y6GA 4MJZA 1FDJA 1X6UA 2QDGA 4E0CA 1XDLA 3M7WA 2GVLA 3NQ8A 3LLDA 2B7QA 1ML1A 2Z1BA 1OFAA 3GNNA 3TV8A 1Q6LA 2DZTA 3LM7A 2NLIA 1GYNA 4ZQNA 2QJHA 1CI1A 3LRMA 1WA3A 5CPLA 4DO5A 3MI3A 2G96A 5G5IA 1P5BA 4E2DA 1JQXA 2YGYA 1KM2A 4S2CA 4RKAA 5T26A 1XBYA 3OEXA 1OJXA 1L9WA 4BI5A 3HPZA 5HQEA 2QCHA 3W71A 3TSBA 3O16A 3OIXA 1NFBA 3L5LA 1J4EA 2YDAA 4RLIA 5DBUA 3LB0A 3B0PA 4OBTA 1N7KA 3TXVA 1LP6A 3UQNA 2CLLA 3GVGA 2YYTA 2LLEA 3P60A 3B06A 5H91A 3QC3A 2DZXA 2H8ZA 4GUFA 3NPVA 4Q32A 1SUXA 3W83A 3GDRA 4FXSA 1W8SA 2YYUA 3QZEA 1YXYA 3TU9A 3ATZA 3W6YA 1A5SA 2XN1A 4JIQA 4JYFA 2V9DA 1LLZA 5G1TA 2X16A 1LLWA 3PUEA 2Y85A 4MFDA 4UC5A 3BV4A 3M5VA 3TUUA 1AMKA 1HTIA 2OT0A 3O63A 6ALDA 1B3OA 1G4PA 2VOMA 5AYXA 3MI6A 5K4ZA 4S2BA 1O95A 2I1OA 3O6CA 4O54A 3LDVA 4Q4KA 4UFHA 3DZ1A 1LBLA 2BZNA 1XKYA 4UMCA 4JYDA 3W7QA 5HR7A 1K3UA 2E5BA 3O8AA 3CT7A 5F1UA 2FB3A 2WNZA 4IMGA 1R47A 3W3OA 2FPTA 4JTEA 4LTSA 3LHYA 1EP1A 1W5MA 3BG3A 1LM1A 4LVAA 4JGDA 3W84A 3P62A 1TPEA 2VFEA 2J9YA 4NNBA 1ZAHA 5KITA 1R30A 5CSRA 4QIUA 1F6PA 1MXSA 3W7NA 4HSNA 3RF9A 2QDHA 3LBMA 3QJAA 1TMHA 1LBFA 3N34A 3FYPA 2ABAA 1KTCA 3UXDA 5DLCA 2VFHA 3PAJA 1R2RA 3QW4B 5FEWA 3EX4A 3CHVA 4AF0A 4NZFA 3F4NA 1ZCOA 2Y63A 1EPXA 1MSSA 1FWRA 3L5AA 3NQFA 1H63A 3IEBA 5DY3A 1W3IA 3CPRA 3M41A 3P61A 4MY1A 5F1VA 3LCIA 3NQ6A 4MJMA 3UD6A 4OHQA 3UY8A 5HWMA 4QM1A 3G24A 2CFFA 5K9XA 1GZGA 5D37A 5EPDA 2NWRA 1FBAA 3Q58A 3WK2A 3KVKA 1EWDA 3PUDA 1H7RA 1THFD 2E5CA 3MBFA 3KVLA 4RZ5A 3PUOA 5SWUA 4FNRA 1ONRA 4BWLC 1DQWA 1K03A 4LVBA 1J5TA 3A5VA 3HB9A 5GVJA 1S5WA 3G8EA 5KSWA 3W9ZA 3PG8A 4UTJA 1MO0A 1U5JA 3NQDA 3CEUA 3CU2A 3GDTA 4O19A 1C8VA 1FCVA 2V2DA 5HUOA 3BG9A 4Y8FA 4K8EA 1KM1A 1GG1A 4CNNA 1NEYA 1SQ7A 4O1CA 4OE7A 1GVQA 4LNYA 4XTDA 3NXFA 2GJNA 3U6WA 3L21A 3LXAA 2BXVA 1UJPA 2FFCA 3C2EA 5LNSA 4IOTA 1E51A 2ZRYA 2Z0IA 1QOPA 2GVGA 1XUZA 4PL2A 4EWND 3LCHA 1MEHA 3O07A 2VELA 4A3UA 3DBPA 2YR1A 1FX6A 4LS0A 4NXKA 2J88A 1TJRA 3MUXA 4FXRA 4K39A 1YXDA 1AL8A 3GKAA 3GIYA 2V5BA 3ZFHA 4JTTA 3MWAA 2E6DA 4LV4A 1YADA 1OFEA 1H61A 2CLOA 3ZR4A 5I3FA 2HTMA 5L6UA 1GVRA 3QMSA 3LRLA 3PBVA 3H53A 1Z42A 3P80A 2C16A 3B8DA 4A21A 4K36A 3M6YA 1I4NA 4ZL1A 3NDOA 1TPC1 3PF3A 5D2VA 4UTHA 3T44A 1KV5A 3QRHA 4O0KA 3CB8A 4LUIA 2XN0A 4MYXA 3GZ3A 1DORA 3BW2A 2OT1A 1H51A 3KXQA 3HGOA 4JX5A 3WJSA 2Y7GA 3B4UA 4K37A 1SSGA 3HGJA 5CKSA 3C4UA 1UBSA 2QEZA 3W22A 2NXHA 4M6VA 4RXGA 4DEFA 1ZNNA 3INPA 4PA8A 3OVPA 1VQTA 4NJKA 4ML9A 1Q45A 1A50A 1LRTA 3P8IA 5BMWA 2Y7FA 4TU1A 1VHCA 3NM3A 1VHNA 4CNPA 1L2UA 2ZZ4A 2XN2A 3W2NA 2G5WA 4KWVA 3M44A 4ONVA 2QR6A 5G2IA 2X1SA 4GUIA 3P7YA 2BX7A 4GUHA 3P8JA 4UTWA 3DHDA 2NX9A 2A6NA 3O05A 2ZQ0A 2E09A 4XKYA 2V0TA 5E1QA 4LU0A 1S5VA 5HWNA 5D2WA 3IIOA 2QCFA 3L0KA 2CW6A 3W07A 4MZ1A 1KFKA 1JCJA 4M5PA 3W86A 5U7SA 5FF0A 2ZTKA 3MP3A 3QQ0A 4UTUA 1D9EA 3BLFA 2X1UA 2J9XA 4JD4A 4QNWA 2ALDA 5HNRA 2QKFA 3W1AA 2DZSA 3W76A 2A7PA 4XUGA 1KFJA 1ME7A 1IF2A 1TPUA 3MHUA 1HO4A 2CZ5A 3PBWA 4R33A 4GE8A 4GXMA 2NV1A 4MPQA 3E0IA 1RQBA 1ICPA 4UMBA 1SO3A 3RLUA 4LVDA 3UWVA 3A24A 3B0UX 3KFTA 2ZRUA 4AF0B 1FDYA 5BNKA 3NQAA 4GFSA 2KZHA 8TIMA 3W7OA 3QF0A 1WQ5A 4DBEA 3W1RA 3NVTA 2OCZA 1OYBA 3PULA 4UXDA 3F03K 3P82A 1XUUA 4NJIA 2RDWA 1P0NA 2VXNA 1XDMA 1YDNA 3W7LA 1O60A 2V2HA 1ADOA 4O4WA 3F1QA 2ZTJA 1PHQA 4UFMA 4NJHA 1JCMP 1C9DA 1W37A 1I2PA 2JK2A 2FPVA 6TIMA 3W1LA 5LNRA 3JR2A 1EWEA 1DJQA 3NM1A 3W2UA 1PIIA 1WBJA 5EY5A 2DU2A 3E96A 1DJNA 4UTLA 1UASA 2CLFA 4PODA 3CM4A 4IXXA 4FNQA 3GK0A 4IMDA 1TQJA 1FXPA 4AH7A 2B7PA 3G1HA 1W54A 4ICNA 1W5QA 5I3KA 4ADSA 2PCQA 1B4KA 4JTIA 1KBIA 4N9BA 2B4GA 4WY0A 3NQ7A 1JR1A 4N9CA 2WSRA 4LRTA 1OFDA 2QCNA 2P1FA 1DV7A 2W6RA 3IIXA 3P74A 3W7EA 3RMJA 5AB3A 1OFOA 1SZFA 2E77A 2TSYA 1VYSX 1BKSA 5LGXA 2Q8LA 1OYCA 3UPBA 4HIBA 4JX4A 3JS3A 1XL9A 3W7RA 4FIQA 2ZZ5A 3GXTA 4HSOA 2Y7EA 2E6AA 3WK0A 3OHIA 1R2SA 1ICSA 2Y7DA 3QPYA 5LSMA 2E68A 4EVZA 2VEIA 1GTHA 4WZHA 2CLIA 2FJKA 1W3TA 3NQMA 3HG3A 1PE1A 3HF3A 2TRSA 2FB2A 3R2GA 4RZ4A 4S1FA 1BWLA 1W5PA 5FI8A 1WOAA 1TPVA 3LHZA 3NOEA 4PFMA 1TPWA 1RVGA 3VI2A 2AAMA 1UUOA 5IM51 1WOBA 1FXQA 3SGUA 2ZRXA 3LI1A 5TBOA 5AHIA 2A2IA 3QW3A 5G2WA 4CNOA 3GB6A 4I7WA 5LHEA 4CQ9A 4BF9A 2BWGA 3G0UA 1B4EA 4GC4A 1IIGA 4N02A 3CEPA 1SW7A 3WJYA 2ISWA 1Q6QA 1QNVA 2A7NA 4X9SA 4QQ3A 4O50A 3VNDA 3TQ0A 4Z1AA 1ICQA 3A9IA 1YDOA 2R94A 2V8ZA 3H54A 5HJLA 4O14A 2WQPA 2DORA 2QJGA 4MZ8A 1VCFA 3CLMA 4JXCA 3LGEA 3UZ5A 5G2HA 1SFJA 1XBZA 5DCBA 1T96A 4ZQCA 2QCCA 3GDLA 4O17A 2ISSA 3I6RA 4IX0A 1RQEA 4GUGA 4XKYB 4FNSA 1F5ZA 4K7VA 3W7KA 2NWSA 2JKAA 4YWIA 5H2ZA 3KX6A 1ZFJA 1TYGA 1NF0A 2NUYA 4IPJA 3NPXA 4GRSA 5D2TA 3W7HA 1Z44A 3L67A 1WXJA 1WV2A 5TQLA 5AOUA 2H6RA 3DFQA 1QWGA 3PY2A 4UTTC 3HJZA 2QCMA 4P61A 1MEWA 2RHGA 3TE9A 3MHGA 3C3NA 3W2LA 2CZEA 3LTYA 3HG4A 3ANYA 1LOLA 2QCLA 1ZAIA 4IMCA 3LRKA 1H7OA 1NF7A 3P81A 5AC8A 5A8GA 3M16A 4HN4A 4O11A 2TYSA 5D02A 1I2QA 3W75A 3SSJA 4EIVA 4TO8A 1GVSA 1T0OA 2NXIA 4HNUA 4LT9A 3CTLA 2FPYA 4AAJA 1IGSA 5FF7A 2QAPA 2C3ZA 2OJPA 1YTKA 3C52A 3DKJA 3LTPA 3TC7A 2ZRWA 2OMAA 3EWWA 4UTIA 3S1XA 5HWJA 3SY5A 5C6MA 1KLZA 4BWLA 4JY9A 3EB2A 2ATMA 2DZWA 1FDZA 1JCNA 1NAL1 1FY6A 5C54A 5K9DA 3UYCA 4QSHA 5LGZA 1BEUA 4JS3A 4E2BA 5D09A 2ZA1A 3W1TA 2GQ9A 1RPXA 1IXPA 3M0ZA 4I9AA 2A6LA 3BLIA 3PS7A 5KZDA 4X3ZA 3W73A 5KINA 1R46A 4JICA 2DJLA 3L9CA 2FLIA 4N4QA 1C29A 1VPXA 4AVFA 2H90A 2A4AA 4UFKA 1QO2A 4KFOA 3NL2A 1TTJA 1JCYA 4QISA 1O5XA 5LNWA 2YSWA 4OWGA 2ZZ3A 2Q3OA 3W70A 1KFLA 3UWWA 4ZQOA 5KTLA 4K8HA 4B5NA 1LDCA 3MHFA 5D05A 1OF6A 4NXSA 1N8FA 3TQKA 4IQLA 5F2MA 2GPTA 3EX1A 4HPJA 2RDUA 4N2YA 4FEZA 3EX6A 2QUVA 5AYZA 1YLVA 3TMQA 1Q6OA 4K6AA 1QPQA 3DGRA 3O1NA 1TJPA 3ABRA 4Y90A 4DO4A 4WY0B 3W1NA 1HFBA 2QUTA 3HOJA 1H1ZA 2RKXA 3N9RA 4MKNA 4UCGA 5C5YA 3T4CA 2BTMA 1GWJA 4NNAA 1Q6RA 4BR1A 2WKJA 4QITA 2DP3A 2VEPA 4K7YA 1R2TA 2VFIA 3GXNA 1F73A 5HR6A 2YZRA 1O94A 3I7SA 1LORA 1YTEA 3O06A 3SGZA 1B9BA 5D32A 3F4WA 4JTLA 4POCA 1VCVA 3WFAA 5CZ0A 4U28A 4ZMGA 5HINA 3EX3A 2A7RA 5KMYA 1QOQA 5AHNA 1OABA 2ZZ6A 3W7PA 5D2YA 3EWUA 2IQTA 1JCXA 3THQA 5K7JA 4WJEA 3NQGA 3W7CA 1TB3A 2C19A 3K30A 3HG5A 3AO0A 4N6EA 3SECA 3LV5A 3USBA 3NEVA 5F4SA 4AWUA 4MLJA 4PCFA 4NJJA 1M6JA 4JTHA 3IGUA 5EBUA 3L2IA 4AHPA 5LKYA 3L65A 1GYLA 4Z1BA 5F2LA 3QMTA 2ZA2A 3C0JA 2EAWA 4MY8A 1X8FA 4UR8A 5CZJA 4UUIA 1XI3A 1K8ZA 5KZMA 3R8RA 1IXOA 2EKCA 2WSYA 1EIXA 4UFLA 2ZBTA 1JUEA 1TV7A 4AXKA 1YTDA 1J2WA 1QPRA 5A5WA 4YCOA 4MIMA 4O16A 3LV6A 5EMUA 4N9EA 1KM0A 1M7OA 4CQAA 4FHAA 4JNMA 3BK0A 1TTPA 5LNVA 5CG7A 3WJXA 4DF2A 3TR2A 2WJZA 1OX5A 1KV8A 4LVGA 4JN6A 2WV8A 3YPIA 4FNUA 3UWQA 2D73A 1VR6A 3RNDA 1SZEA 3GDKA 2PE4A 3N14A 3R89A 3SZ8A 3B05A 3EWYA 3IVUA 1MEIA 4NJGA 4D2JA 1JVNA 3VE9A 1SZGA 1A5CA 2BSLA 3FJ6A 3LLFA 3G22A 4A2RA 3HGSA 2FQIA 1WDWA 2BLEA 4O13A 3DH7A 1PCKA 4EOUA 2WSQA 3NL3A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3CWOX

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