3DBPA

Crystal structure of human orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with 6-nh2-ump
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
KELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Human Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase Complexed with 6-NH2-UMP
rcsb
molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 97
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2008-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3dbpA00
1KM4A 3VCRA 3L9CA 4Y9AA 1YDOA 3T55A 3NAVA 3EX1A 5GVJA 3QQ0A 3W88A 4PFMA 1JQXA 2CLMA 4IPIA 4JD4A 1ICQA 2A6NA 3LRKA 3M44A 5E1QA 1R2RA 1UJPA 4QQ3A 2TMDA 5H91A 1ZHAA 2FB2A 2VENA 1AL8A 2Y70A 3N3MA 1I2PA 3G8EA 5FEWA 3VI2A 1M6JA 2P10A 3FYPA 1W3IA 2WQPA 4JR5A 3THQA 1IXQA 3MI3A 3QYQA 3WK0A 5DY2A 3NA8A 3O16A 4HKPA 3B06A 3OHIA 4A22A 1MEIA 3E02A 3AJXA 1MEHA 2V82A 1OF8A 2QCCA 4PL2A 3L5AA 3BW2A 1KV8A 3O15A 1YTKA 3UQNA 4BI5A 1CX9A 5EYWA 3Q2DA 4AVFA 3PSWA 4PL1A 4ADTA 4LS2A 5F4XA 1X1ZA 3GXTA 1PHWA 2ISWA 3NPVA 3R5EA 4JICA 2QCMA 1HL2A 5BMWA 2NV2A 3QQ1A 1H61A 4UTTA 3S5OA 1L6WA 5FF7A 4AEOA 2Q8LA 2C6QA 4JX5A 3S6DA 1LOSA 2V2HA 1G69A 1N7KA 3CIWA 4JYFA 5I3JA 3GB6A 2ATSA 5ABTA 1G4EA 4FX8A 3LI1A 2DZPA 2PCQA 4HSOA 5J5DA 1Q3NA 4O11A 4NX5A 1A5CA 2DJXA 5KTLA 5L9FA 2VC6A 1OYCA 2CLHA 2FB3A 3A21A 4MUZA 2X1SA 3W7IA 3W7NA 3W74A 5AHLA 4JS3A 3JS3A 3MW7A 4UTWA 1G67A 1W37A 3IGSA 3NZRA 4ICNA 2X1TA 3DFQA 2GQ8A 4PA8A 1HFBA 3IIZA 2R91A 2P1FA 4UTMA 2DZSA 2A7NA 3F03K 1SO4A 4Z1DA 3TFCA 2V81A 5HWNA 5AFDA 1JCLA 3B4UA 2BX7A 3I7RA 2X1RA 4PH6A 3M5YA 5D2VA 4H3DA 4M19A 3C52A 4LC6A 1H7PA 5D38A 5EKYA 3LHWA 3DFSA 3MP4A 2F7FA 4WOQA 3OEXA 5AHEA 1TPDA 1GG0A 3O06A 7TIMA 3IVSA 2LLEA 3VKJA 1EP2A 3GZ3A 3Q58A 3W86A 4UTHA 2RDWA 1H63A 3FA5A 3VNDA 1XKYA 1ZENA 3LOTA 4ONVA 2VELA 2YW3A 4XBKA 2NX3A 4A29A 4HNUA 5BMXA 2E5CA 1YXYA 3PC0A 5KZDA 1I2NA 1GYLA 3B0UX 3TW7A 5DELA 3L66A 1UBSA 2WV8A 1Z41A 5HQEA 2Q3OA 5C5YA 1TMHA 1PE1A 3R89A 2E6FA 2DJLA 3BLIA 2QAFA 3C2RA 4K37A 2ZDRA 3PUDA 1WAUA 2NXIA 1JR1A 3QMTA 5HWMA 2DU2A 3GDMA 1KTNA 4O28A 3GKFA 4FNTA 4LVFA 3P82A 1ME8A 1JUEA 1ZCOA 4TMCA 3QPYA 5AYYA 2NV1A 3LHZA 5CKSA 2NUXA 3LM7A 3YPIA 1Q6QA 3THAA 4ZQRA 1XXXA 2QCLA 4Q4KA 1D3GA 3EXRA 3TDFA 4AAJA 1C29A 3W07A 4UNLA 1G7UA 5CPLA 3OBKA 4XTDA 2JK2A 2C13A 3UNDA 4ORIA 5BNKA 3LCGA 1VJIA 3FKRA 2GVGA 3STGA 3L2IA 2V9DA 4AB4A 4KFOA 3G1SA 3OG3A 1TJRA 4UFHA 3RFAA 3KVJA 3LGEA 2Z6IA 1KBIA 1SPQA 3HGJA 2YSWA 3PVFA 1OYAA 1F76A 5E0KA 4AWTA 3S1XA 5LNUA 4JYDA 4Z0JA 2OT1A 1SFLA 3EX3A 3HPSA 1RV8A 3L5LA 1DJNA 1R2TA 5FF4A 3SW6A 3FLUA 2CZFA 1K8XA 3JR2A 4UMAA 1P0NA 4XWUA 5DXYA 3G1VA 3W2JA 4IX2A 2H3DA 3EX4A 4O0KA 4MZYA 2CLOA 4R53A 4OV4A 5AC8A 4LVGA 3RLVA 3W9ZA 1F6KA 2IQTA 1LDCA 5FESA 3TJLA 1TPWA 3A23A 3TIMA 3QW4B 3R2GA 3ZWTA 1S5TA 4GBUA 4DBDA 5FF3A 1GPWA 4KKXA 3V1PA 1DL3A 3PR2A 3WK1A 3W1MA 2DZUA 4G1KA 2RDTA 1WDWA 1W5QA 1XFBA 5K7JA 5HNRA 1KTBA 1PS9A 5HMSA 4N02A 2GQAA 3O05A 1VS1A 2ZRYA 1PHQA 4CNNA 3HQ1A 4I9AA 5I3FA 2A6LA 3S1WA 5F2IA 3QSTA 3W7KA 5MHBA 1FDJA 4RR4A 3C8FA 1TRDA 1TTIA 4MOZA 2DZTA 1A5SA 4WXZA 1LTDA 4X2RA 4JX6A 3GAKA 3NQ2A 1FCUA 3G3DA 2VEKA 3KHJA 1VCGA 2ZQ0A 1FCQA 1G4TA 1B57A 1W3TA 2ZRUA 3BG3A 5CGQA 2YZRA 1RPXA 4RXFA 3W1LA 2FPVA 1OHLA 1LBFA 3WJWA 2J9ZA 4S2BA 2NZLA 1DJQA 3OIXA 3CIXA 3NQ7A 3UWYA 1MSSA 1P0KA 3O63A 3NZ1A 4O12A 1NVMA 3HG2A 3LB0A 5D2TA 1SR9A 2FPTA 3PG8A 4ZZ9A 2GVJA 1YDVA 4WQ6A 3G24A 1F6PA 3Q94A 5AHNA 2EHHA 4UUIA 1UUOA 2CFFA 1OVDA 1EUAA 2WO5A 5LSMA 3M5XA 5G2IA 1S5VA 3W7QA 1G4PA 1HO1A 1ONRA 4GUFA 1T8XA 1W31A 3NG3A 3L65A 1P1XA 3IEBA 3P62A 5KITA 3W1NA 1QCWA 4M5PA 5LZLA 1VH7A 1JCJA 1VCVA 4MZ1A 1RQBA 5D37A 3TSDA 4O1AA 1L6SA 4YCOA 1GVFA 1ME7A 4DPQA 4DF1A 4QM1A 4LC8A 2Y7FA 4QITA 3DU0A 1KM3A 4LUIA 4RV8A 3TK7A 1MZHA 1LLWA 4LW7A 3GAYA 4NNAA 2CLIA 1MO0A 5C2XA 1C8VA 4QAIA 3W3OA 3EWZA 4LRTA 5EL1A 1OJXA 1W5NA 1IGSA 1LROA 3QH2A 1W1ZA 1O5KA 1LRQA 1JULA 2ZA3A 4PTNA 1YXCA 1TPEA 4IMEA 3I6RA 1ADOA 4Z0SA 4JTHA 2YCEA 2ZZ6A 2VFEA 3P7YA 3QMSA 2H90A 1TTQA 4U4MA 3W2UA 5TQLA 2E5BA 2RH9A 5J5RA 2F84A 4NJGA 3W72A 2DZVA 4LUJA 4LV9A 1W54A 3P8JA 1TPB1 3HOJA 3C0JA 8TIMA 4K8EA 1OFBA 4UR8A 3WJSA 3C4UA 4MPQA 1ALDA 1K8ZA 4ORMA 4WOZA 3C3NA 4NT0A 2FIQA 1EX5A 1OK4A 2A4AA 1PCWA 3LDVA 3B0PA 1L6YA 2ZZ2A 3H55A 1DKWA 4LRSA 3G3MA 3EWBX 5KZMA 3QPZA 5FF0A 1CW2A 3S5NA 5C55A 3IIXA 2Q3RA 4LT9A 1LCOA 3LHTA 3NVTA 4UIOA 3JRKA 3SJ3A 4UFMA 1K7FA 3N2MA 4JTTA 3KXQA 5I3IA 4CNPA 2NUYA 3ELFA 1OFDA 3TA6A 4NQ1A 1OFPA 4WX2A 1VQTA 5DXXA 2ISVA 1OFEA 4UNKA 1QO2A 1DV7A 1EP1A 3HJZA 1GWJA 3LHUA 3N19B 3QFEA 3UZJA 2FFCA 3FJLA 4JTJA 1AW1A 2WNQA 1HO4A 4OHQA 1KFEA 1D9EA 3S42A 1XBXA 1K7XA 1M7PA 3S5YA 3MBFA 3HO8A 1LLZA 3FFSA 2X30A 5AHFA 4KFNA 4ZQNA 1RQEA 4CQ9A 1AL7A 2OX1A 2I1OA 3NPXA 5AOUA 3QJAA 1YTEA 4MZ8A 3CPRA 4RKAA 3PWAA 4HSNA 1NF0A 2GPTA 2TPSA 3W1PA 1EB3A 5D32A 2Y63A 3P74A 4H6KA 4EIVA 4A3UA 5FEZA 2QJIA 3FIGA 4NXSA 4MY8A 4WD0A 4OQVA 3EXSA 1QOPA 3G8RA 2JBMA 1K3UA 4JTFA 3GNNA 5HINA 1XI3A 1Z48A 3W7PA 3NXFA 4QNWA 5AHIA 2FPYA 3MP5A 5DBUA 3W7EA 4Q33A 4AHQA 3CHVA 3W75A 2O7QA 3T78A 3PBYA 1LOQA 4N9EA 1X1OA 2JGQA 2NWRA 4BI6A 4GNJA 4RX0A 1VYRA 5LGXA 1YADA 3W71A 1H50A 1FUYA 3OVRA 4EOUA 3RNDA 1OFRA 1IIHA 4GUGA 4O53A 4UXDA 1FDYA 1KM6A 1GYNA 4MYXA 2B7QA 4FHAA 1WQ5A 2QF7A 1K7EA 3C61A 3GX9A 5CZ0A 3TU9A 4FNPA 3P84A 1ML1A 3P67A 3SIZA 5AN7A 3SGUA 4O54A 3TFXA 4R34A 4AH7A 4GJ1A 1QAPA 3FJ6A 1ZY9A 3HF3A 4UTUA 3NQMA 1W8SA 1HUVA 4O4VA 2ISSA 1T96A 4JX4A 4ZQMA 5D2WA 1QFEA 3UWUA 2PRMA 1VHCA 1H60A 2ABAA 3HPZA 4K39A 3WJXA 1TCDA 3W7HA 4LNYA 1KA9F 3CT7A 2Z0IA 2DORA 4JIPA 3OA3A 1XBVA 1NFBA 1G7VA 3PF3A 5DCEA 1WXJA 1R2SA 1H62A 2CWNA 3LCXA 1TB3A 3IGXA 3PBVA 3W6YA 2B7OA 4O57A 4RK8A 3WJZA 5LGZA 4AF0A 5I3GA 2ZA2A 3GVGA 1ZAHA 4EVZA 1EWEA 3LXCA 4DXVA 3A9IA 1F74A 1TIMA 1OFAA 3WFAA 1ZAIA 3G0XA 5D30A 4JEQA 4JTSA 3MYOA 4WY0A 4FX7A 5A5WA 5U7SA 4A2RA 4DBEA 2A1YA 3C2OA 1CI1A 4Y96A 2H3BA 1B9BA 3LRMA 2QKFA 2PE4A 3PSVA 4A21A 3GIYA 1FWNA 3TJXA 1TRIA 3FYOA 4RZ5A 1ZFJA 2DZWA 2XN1A 2ZFAA 3LTPA 4LS0A 3NDOA 3A5VA 3ATYA 4Y6GA 2QCGA 1T99A 2QUVA 4BF9A 1ZALA 3AO0A 2V5BA 4OGZA 3BG5A 3NQFA 4IX0A 5CPMA 4NJKA 2EGZA 2V2CA 1SQ7A 1BWLA 4UTKA 1VHNA 4IMDA 4XKYA 4NNCA 5D2YA 3E0IA 1QPOA 1AK5A 1ZNNA 3H53A 3R12A 3A5FA 3N9RA 4NUWA 1O94A 2JKPA 2J9YA 3HMJG 3NR0A 3N73A 1H1ZA 3GXNA 5AB3A 3TW6A 3G18A 2YX0A 2G97A 1JCYA 3QM3A 3DXIA 4DEFA 1TJPA 4X22A 4GFSA 3L21A 1KLYA 2QCFA 3TMLA 3KVLA 4L4MA 4R33A 4PEKA 3M7WA 4N9DA 2GOUA 3MP3A 3L0NA 1H7RA 3M1ZA 4S1FA 3NL3A 2HTMA 2QCEA 2QCHA 3C2EA 1LOLA 4IPJA 2QCDA 2NXHA 2YFNA 1SUXA 2YYTA 3BO9A 1SZEA 3CLMA 3UWZA 3NEVA 5FF2A 5G2HA 3BPWA 3W23A 1J4EA 2PRHA 2X16A 5HWJA 2XFWA 4JYEA 1FCBA 3HIJA 3LV5A 4OBTA 3HG4A 3S5ZA 1DHPA 3TSMA 3USBA 1OFOA 2YR1A 3ANYA 2AGKA 3LLDA 4QNEA 3EKLA 4XZ9A 4IMGA 3UWWA 4NNBA 3TC7A 4NJHA 4AMAA 1R46A 2P0OA 3RF9A 1KM5A 2CU0A 1EPXA 2A7RA 1XDMA 5T26A 1EEPA 3UXDA 1TPC1 3ABSA 1Q6RA 3HGOA 4WY0F 4WUIA 1B3OA 1LORA 2Z6JA 3PM6A 3LRLA 4O1CA 3S1UA 2HS8A 2OJPA 1JRCA 4I7VA 1PVNA 1OABA 3P8IA 5F2LA 4UTWC 4IWWA 4OU1A 2ZA1A 1LZOA 1D3HA 1VYSX 1S5WA 3SECA 2R94A 2WSYA 2E6AA 2A21A 4O16A 5KMYA 4CNOA 1SSGA 3LCHA 3BK0A 3SGZA 5G4EA 5EA9A 4HNVA 3S9YA 3N34A 3BW3A 3IGUA 3TCEA 4DF2A 3PB2A 4O8RA 1DOSA 1VR6A 4K38A 3TXVA 4UMCA 1A5BA 3UYCA 4AF0B 1G6CA 5BW6A 3M6YA 2RKXA 4WJEA 3MMTA 4NZJA 3A22A 4I7UA 2QDHA 3TKFA 2WKJA 5G5IA 1KM2A 1FWWA 4DELA 5LHFA 1OYBA 1TPFA 4WY0B 3UZ5A 5HR6A 5H2ZA 4LVDA 4PC8A 4UFLA 1P4CA 2C1HA 3NOEA 3SZ8A 3TAOA 1KFJA 5I3HA 3LERA 2RDUA 3KVMA 3PUOA 3O07A 5IBXC 5IM51 1FWSA 3UY7A 2HS6A 3ATZA 2A85A 3BLFA 4FNQA 4JTEA 3EXTA 4N6EA 2GJNA 3UPWA 4NVTA 3L67A 4S2CA 5D09A 5BRBA 2W6RA 2H8XA 1TSIA 2FDSA 4JNMA 2ZZ7A 1MEWA 4QISA 3OVQA 1YDNA 3IV3A 2O7SA 3MO7A 3KOFA 4M7TA 4E2DA 2J6XA 3PG9A 4IGHA 3SSJA 5BOOA 1W5OA 4DF0A 4O52A 4CQ8A 1Q45A 2Y7GA 2G5WA 2I14A 1LRNA 3B0VC 4XKYB 2WPBA 3I7QA 1O95A 3U2OA 4P61A 3TQVA 1H7NA 4DPPA 4POCA 3DBPA 3P80A 2EAWA 4HNNA 2VXNA 4LU0A 2TSYA 3NYZA 3K30A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4IZG A;  1IWP A;  1ECE A;  2ALR A;  1Q65 A;  2CHN A;  2O9T A;  2FH8 A;  3W88 A;  4ZOC A;  3CT2 A;  2G37 A;  2FB2 A;  2AMX A;  4CNS A;  4WRH A;  3FEQ A;  2FDM A;  3EMC A;  3DC8 A;  2P10 A;  2H9A A;  3FYP A;  1EJU C;  1XIC A;  3THQ A;  2VZS A;  1EJX C;  4Q8O A;  3QYQ A;  4QQU A;  3DIP A;  4KEM A;  4AD0 A;  3E02 A;  4BA0 A;  2QCC A;  5DQP A;  3QHN A;  1CX9 A;  3RU8 X;  4AC7 C;  5MKG B;  1XIE A;  3OGV A;  1L6F A;  3N2T A;  1X1Z A;  3R5E A;  1PHW A;  4JIC A;  2XHY A;  1HL2 A;  5BMW A;  3EWD A;  1H61 A;  3S5O A;  1ZJB A;  5DT5 A;  4AST A;  4LB4 A;  1A4M A;  2PDP A;  1FVP A;  1K9D A;  2C6Q A;  3BZG A;  4XKM A;  4JX5 A;  1G69 A;  3TR9 A;  5ABT A;  3H7U A;  3KBM A;  1G4E A;  3M07 A;  4FX8 A;  5D9O A;  1Q3N A;  3C2Y A;  2DJX A;  3RJY A;  2Z00 A;  3R10 A;  1OYC A;  2CLH A;  4JKM A;  4H2C A;  4MNL A;  5HDR A;  3N4F A;  3N12 A;  1V03 A;  3ZR5 A;  3TP4 A;  3JS3 A;  2Z4G A;  1DE6 A;  2D24 A;  3BLL A;  2X1T A;  4PA8 A;  2DZS A;  2A7N A;  3F03 K;  1SO4 A;  2XZ9 A;  1R9X A;  3TFC A;  2CLP A;  5HWN A;  1ZTV A; 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