3DBPA

Crystal structure of human orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with 6-nh2-ump
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
KELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Crystal Structure of Human Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase Complexed with 6-NH2-UMP
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 97
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2008-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3dbpA00
1ZJIA 2YX0A 3W1QA 3W87A 4RXGA 5EBUA 4I7VA 5I3JA 3W1RA 2ALDA 3G24A 3NL6A 3HJZA 4LRTA 2FPYA 1ME7A 1WA3A 1PV8A 3OVQA 4LC8A 2YZRA 4O15A 3LI1A 1W3IA 3KHJA 1S3HA 1GVRA 1GVQA 1VS1A 3G3MA 1RV8A 4K8HA 5G2WA 1MXSA 4N6EA 5CG7A 1KV5A 1QNVA 3NQEA 4CCCA 3T4CA 3O06A 1O95A 3TKFA 1I2OA 2NUXA 2V81A 4EVZA 1O60A 1G6CA 3HMJG 3PVFA 5T26A 5F1UA 1H5YA 4EF8A 2CFFA 4JTUA 1FXQA 1QPNA 3UPBA 2WO5A 3C6CA 5G4WA 2QF7A 1VR6A 3LRLA 2H8XA 2JKEA 1MEIA 1H60A 4QAIA 3W7KA 5CSRA 5LHFA 1WDWA 2Z0IA 2C19A 3WJYA 4NT0A 3KRSA 4HNUA 1XBYA 1I8JA 5DBTA 1HUVA 3T55A 3NQ7A 3BVJA 4I7UA 4N2YA 3P5YA 1S5VA 4NJIA 3W7JA 3QZEA 5FEPA 4IMGA 4DXVA 3M5VA 2Q8LA 2VOMA 3INPA 5HUPA 3TX9A 3RK8A 5FF2A 5HMSA 3M6YA 4MPQA 3W72A 1FCUA 1TB3A 5CZJA 3M43A 4TU1A 3G1AA 4HSOA 4K38A 4BWLA 1GVFA 2A6NA 1LRTA 3L0NA 3EWYA 4UXDA 2OZ0A 3PUEA 4ZQCA 1I45A 2J88A 4UTUA 3PSVA 2Y88A 1M7PA 4MKNA 1OFPA 3EWUA 4AH7A 4BF9A 3GIYA 5KINA 3EKZA 1HTIA 1A5SA 1KFJA 3NA8A 1VYPX 1R46A 3AJXA 4D2JA 4N4PA 3BGGA 1CX9A 3ZS4A 3N3MA 1GQNA 2ISWA 1EWDA 3PUOA 4ML9A 3LM7A 3GDLA 2E5BA 1IF2A 2RKXA 3BG3A 3W76A 3KVMA 2PE4A 3E02A 1SFLA 1FY6A 3LTSA 1QAPA 3LB0A 4MZ8A 1R2RA 3ELFA 3FS2A 4O54A 4S2CA 4XTDA 3C2EA 1FDZA 4KFOA 4YWIA 4FNPA 1MEHA 3UWVA 1U83A 2ZRZA 2QCNA 1KFBA 3STEA 5L9FA 2GPTA 4O4WA 3SI9A 3NXFA 3VKJA 4CQ9A 4UTKA 1XBXA 2F7FA 4JX6A 1H61A 2H90A 4RJEA 1DJNA 4PTNA 5A8GA 3ZFHA 3R89A 3LRKA 1WQ5A 3DZ1A 2WNNA 1QPOA 3NEVA 2Q8ZA 1DQXA 1MSSA 3MI3A 2X1SA 4IGHA 2TRSA 2ZRXA 1JCJA 3B4UA 3LBMA 5AYYA 3SECA 2BWGA 1YXDA 4Z08A 3MI6A 3O6CA 2ISVA 3EWWA 2NXIA 4BI7A 1VH7A 3NL5A 3RNDA 3HB9A 4YL2A 3L66A 4WXYA 3S1WA 2DZSA 3FKKA 3TQKA 2GVJA 2V9DA 4XQ6A 4PEKA 3W22A 4BI6A 2QAFA 1OF6A 2YW3A 3M47A 3PS7A 4ADUA 4A2RA 3PB0A 4UTJA 3KX6A 2I9EA 4XWUA 1B9BA 3QH2A 2QCHA 1ZENA 2ATMA 1AMKA 3MP4A 3C52A 2BSLA 5K7JA 5KZEA 2XN0A 4LS0A 1T99A 4FIRA 1TPC1 4ONVA 5HWJA 1TV8A 3A23A 4K6AA 1XM3A 3DAQA 3I7QA 4W9TA 4EOUA 1W5NA 4YCOA 1IXPA 3GLCA 2ISSA 3NAVA 4AHPA 3DKLA 3EX3A 2FIQA 4E2DA 1SW0A 3TE9A 1LTDA 5EY5A 4X3ZA 3NYZA 1W5QA 1WX0A 3DBPA 1LYXA 2Y70A 2FPTA 3IIPA 1P5BA 2Q3RA 3L67A 4GBUA 3S1VA 4XZ9A 1EUAA 3GKAA 3EWZA 1G4SA 4MJZA 5DXYA 3PY2A 3W9ZA 2ZZ5A 4HIBA 4WX2A 3LHYA 1T0OA 1JULA 5FF3A 4M7TA 1W5PA 5F4SA 5SWUA 1KTNA 3ATZA 2VEKA 1GYLA 4LVAA 3TFCA 4MLRA 4R33A 1F2JA 4UC5A 3IRDA 3BARA 3N34A 3C2RA 1HL2A 3T40A 1OYCA 1G7VA 1W37A 3VE7A 3STGA 2P10A 4H6KA 3DFQA 4CQAA 2XN2A 1VCFA 2VFEA 2NXGA 4G1KA 3C2VA 2AGKA 4BR1A 3G18A 3EWXA 3O8AA 3W70A 3L2IA 3GR8A 2JBMA 1HO4A 3P67A 3MUXA 4PODA 2V2HA 4GRSA 1H1YA 2QCFA 1DJQA 4NUWA 1I2QA 3W2UA 1EIXA 2YYTA 2E6YA 2ZQ0A 1B3OA 4CNNA 1W5MA 1Z48A 3DKJA 2DZPA 1VYRA 3LX9A 1KFLA 5F2GA 2Y7FA 1B4KA 1NEYA 3FKRA 3WFAA 1QDSA 2E5CA 4GC4A 4U4MA 2NX9A 1K03A 4GUIA 1BWLA 3HG5A 1KFCA 1SZGA 3TW7A 3O07A 3P7YA 1OYBA 4E0CA 1PIIA 1PHQA 1TPWA 4ZQOA 4UMAA 1ML1A 1AW2A 2WV8A 1QFEA 2BTMA 4JGDA 1JRBA 1K7FA 5AFDA 1P0KA 1LBFA 3GB6A 3LCHA 4GUJA 3LCGA 4EIVA 2E6FA 3W7RA 6ALDA 2VEPA 1TV7A 4CLMA 1VGAA 3DFTA 3UWWA 1N55A 2HSAA 1KBIA 4ALDA 3HGOA 4HNVA 5DCDA 4R7JA 2FPVA 2VENA 3TSDA 3A5FA 5AYZA 3QJAA 3B04A 4HT3A 3WJWA 3EX4A 1WV2A 8TIMA 3GDTA 5CZSA 4XBKA 4Z1DA 3R13A 1EX5A 1A5AA 3SW6A 3GXNA 2X1RA 3C0JA 3FEMA 3CIXA 3FOKA 4ORMA 3T44A 4ZQPA 3TC6A 3EEGA 4JY9A 1K7EA 1GYNA 1YXCA 2ZZ6A 4DO4A 4BI5A 2B7PA 4RZ6A 2NUWA 3FYOA 4IOTA 3QF0A 3ABRA 4UTWC 1IXOA 2A7RA 4NNBA 2OMAA 2CW6A 3TSBA 3CWOX 3QPZA 3NVTA 1R47A 2R94A 3QW3A 3GZ3A 3LHVA 3N2MA 1W3TA 2OT1A 3M0ZA 3QQ0A 3P61A 3TU9A 3LHUA 4Q33A 1GEQA 1W54A 3JR2A 4C1LA 4AXKA 1OFEA 4O1DA 3W1TA 3ZR4A 1JUEA 4AMAA 1G7UA 1VLIA 2QEZA 3UQNA 4QIUA 1C9DA 4GNJA 3P62A 4TIMA 3DENA 1J5TA 2RDTA 3OVPA 1SSGA 1TTJA 2LLEA 1WBJA 1K02A 4FNQA 1LORA 1V7YA 4NQ1A 1R2SA 3R5EA 4JTLA 4Z0JA 2F84A 2DJXA 5J5RA 2QUUA 1I2NA 1X6UA 3QYQA 3TH6A 3F4WA 3NQ2A 4UMBA 3DU0A 3W1PA 3RMJA 3WK2A 5D04C 4FEZA 3V1PA 3O1NA 1TTQA 4O1BA 2GQAA 1DVJA 5HINA 1JCLA 4JTJA 4RKAA 2EPHA 5I3FA 1JQXA 3W7OA 3W2LA 4Z0SA 1NSJA 3P8JA 3N19B 3IGXA 3LCXA 1UBSA 2Z2UA 2E6DA 3W7IA 2G5WA 5GVJA 2VFIA 5FEXA 4JTFA 3LCFA 1EUNA 3IVUA 1N8FA 1TRIA 4M6PA 4UNKA 3LI0A 1YYAA 4O13A 3W6YA 3S1UA 5AHEA 4GWEA 3S6DA 4KWVA 4XKYB 3TMLA 3PC0A 3TUUA 2NX1A 4BK9A 4OWGA 4K7YA 1H50A 3CM4A 4AAJA 2Y6ZA 2DU2A 3IV3A 1LP6A 3L5MA 1QR7A 1VCGA 4TO8A 4UFLA 4IXHA 3GDMA 4ORIA 2E68A 1TSIA 4O28A 3UY8A 1FXPA 1RPXA 3G1XA 3M16A 3IGUA 3Q58A 4QQ3A 1QMLA 1YPFA 2NWSA 3IVTA 1L9WA 3QMRA 3DFPA 3YPIA 5DELA 2Y62A 2J27A 5HULA 1GOXA 2H8ZA 2YPIA 5FEZA 1Y0EA 4UNLA 3E49A 4JS3A 5U4NA 1AG1O 3KVKA 4JTSA 1LBLA 4UTWA 2DP3A 4QISA 1DHPA 1R30A 3HGRA 2VFFA 5LGZA 3W73A 1H63A 3NZRA 1VYSX 3PB2A 1PCKA 5F2LA 1SO4A 1S5WA 2DZUA 5E1QA 3W7EA 2PRLA 2CLOA 4WQ6A 2NWRA 4K36A 2DZTA 2DZXA 2Y89A 1FWSA 2V30A 4M6VA 1OYAA 2R14A 3MHFA 1OFOA 4LVBA 1X8FA 5H91A 1ADOA 4DEFA 2V5LA 4GUGA 3BGJA 1DKWA 4K39A 2JKAA 3HG3A 1F7BA 1Q6QA 4NJHA 2QUTA 4UTHA 4CNOA 1NF7A 3N9SA 1OX5A 5K2ZA 3E96A 4E2BA 5K9DA 4S1FA 4YCPA 5HWNA 1KM3A 2QCCA 3M5YA 2JGYA 2QCDB 5J5DA 2BZNA 4UUIA 4PFMA 3IIOA 5BMXA 5D02A 4DPQA 4JDBA 1TO3A 2AAMA 3VNDA 3MP5A 3R8RA 4WJEA 3RLUA 5CSSA 1GTHA 2J9YA 5HR7A 1KM6A 1OFQA 1VLWA 5G1TA 3UWUA 1HO1A 2PC4A 1GZGA 3LXCA 3AO0A 1ICSA 3PBWA 3NOEA 1YTKA 4QJ1A 5BNKA 3LCLA 1OK4A 5E93A 3W1AA 1GG1A 2GJNA 2HS6A 4OV9A 4HNTA 3WK3A 4IMFA 3K30A 1ME8A 3M1ZA 4U28A 3GVGA 3QFEA 4KKXA 3GNDA 5D05A 1KBJA 1K8XA 1YDVA 3S1XA 3W7GA 3QMTA 3NDOA 4WD0A 1RQHA 1H7PA 2QKFA 1PL9A 4JN6A 3JRKA 5F1VA 4WOQA 3G0SA 3W1LA 3BO9A 3LERA 3R2GA 4ADSA 2A21A 4NX0A 2FTPA 4N6FA 1H7RA 3KRZA 4JDYA 1JRCA 2XFWA 3TA6A 1F6PA 1O5XA 4O53A 4UTIA 1XBVA 3L5AA 3ZWSA 3DGRA 5A5WA 2RFGA 1W31A 1TPUA 1FWNA 4O1CA 3TIMA 1Z42A 4NX5A 4UTTC 3LV5A 2QDGA 2Z6IA 1H7WA 3QPYA 5LNSA 4R53A 4LUJA 4Y90A 1F74A 1SO5A 3P5ZA 3EXRA 4QM1A 1WYIA 4N9DA 2HS8A 4OV4A 3EX1A 4LU0A 1P4CA 2WSQA 4MFDA 1KM1A 4ZQRA 4DBEA 4JTGA 2DZWA 5LZLA 1A53A 4UTLA 3G8EA 1W56A 4RR4A 1BTMA 2YFOA 4IMEA 4AVFA 3W7QA 3L0KA 4JYDA 4JIQA 2C15A 2ZA2A 4AB4A 1TPDA 5E0KA 3NL3A 2ZZ1A 2NXHA 3O15A 2A0NA 1GPWA 2CLLA 2EF9A 1G4TA 1XKYA 3E12A 1SZEA 3KVLA 4CNPA 1EP2A 4GUHA 3SJ3A 2B7QA 1FCQA 3T78A 3TC7A 4TMCA 3TJLA 1ONRA 1YDOA 4AHQA 2V82A 3OEXA 2CLIA 2ZFAA 2NLIA 3L5LA 5I3GA 4P61A 2EAWA 4DQWA 4LOCA 3UY7A 1FBAA 3M5XA 4JTHA 2A5HA 1L6SA 3HO8A 1QWGA 5ABTA 2ZA3A 3C8FA 4IMDA 4O1AA 1SO3A 4MVAA 4NU7A 4WY0F 5AYXA 1RD5A 1QO2A 1F73A 3N9RA 1DQWA 4TR9A 1Q6OA 3TQVA 3G3DA 1CW2A 1G4EA 3CIWA 1J4EA 3GAYA 2O7QA 1W5OA 2WOQA 4WZHA 1FWTA 5IBXC 5KZDA 1LRNA 4AWSA 3W07A 4UTTA 4AWTA 3FLUA 5HR6A 3LTYA 3O63A 1X1OA 1KFKA 5I3HA 4IUOA 2ZRYA 3S5OA 1SW3A 3Q94A 4H3DA 1OX6A 4NXKA 3HIJA 4JEQA 4K7VA 3MMTA 2QJHA 1T96A 3L65A 1TV5A 3DFSA 3GAKA 4M5PA 4AF0B 2Y63A 3ZWTA 4XTIA 2Y7EA 4YXGA 4PCFA 5BRBA 2CZDA 1W8SA 5HJLA 2I1OA 2P1FA 3W85A 2G97A 2OJPA 5AB3A 3MBDA 2A1YA 4RX0A 3TDFA 2ZRVA 3CU2A 2A2IA 2GQ8A 3SFKA 3UPWA 3W7HA 3IEBA 1EP3A 3B8DA 2CZ5A 2C13A 1BWKA 1GJPA 1LDCA 3W2NA 3A9IA 2VC6A 1SSDA 4ICNA 4ZQMA 3R12A 3TJXA 2JGQA 4MY9A 2VELA 4FX7A 4FIQA 4LS1A 2H3DA 1AW5A 1JCXA 4AHOA 4MYAA 3PG9A 1Q6RA 2O7SA 4QSHA 1JUKA 2GUUA 3NQ6A 3OBKA 3USBA 4DPPA 3DI0A 2OX1A 4POCA 2V2CA 3G1HA 4IPJA 2V5BA 1GT8A 3PULA 3MYPA 2WNZA 4LV9A 1F6KA 5D32A 1KTBA 2WSYA 1BEUA 2ABBA 5D2WA 2H6RA 3NPXA 2ZZ4A 3WJSA 3KRUA 3LHWA 1G4PA 3BG5A 2TYSA 3LRMA 3EB2A 3U2OA 5LSMA 5AHLA 5TIMA 3BLIA 4LW7A 3W83A 3QQ1A 4N9CA 1HG3A 1QPQA 2VXNA 2GVGA 5KMYA 2CZFA 3DFOA 5FF0A 4JICA 3TROA 1VC4A 4GXMA 4TMBA 3W88A 4N9BA 4NZFA 1QOPA 2X1UA 5AHNA 1XUZA 3Q37A 2ABAA 5IM51 3DH7A 3C3NA 4FXSA 2AQWA 5EYWA 4QITA 5AC8A 3QSRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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