3DFN | Genus

Total Genus 142

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	142
sequence length	363
structure length	350
Chain Sequence	PHSHPALTPEQKKELSDIAHRIVAPGKGILAANESTGSIAKRLQSIGTENTEENRRFYRQLLLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQVIKSKGGVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKIGEHTPSALAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHIYLEGTLLKPNMVTPGHACTQKYSHEEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINKCPLLKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKENLKAAQEEYVKRALANSLACQGKYTPSSNHAY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase A
publication title	Charge stabilization and entropy reduction of central lysine residues in fructose-bisphosphate aldolase pubmed doi rcsb
source organism	Oryctolagus cuniculus
total genus	142
structure length	350
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3dfnA00

2V0TA 1OX5A 4FXRA 5BMXA 2ZZ4A 2F84A 3LV6A 4BI7A 1FCUA 4PA8A 2Y61A 1ZNNA 1XC4A 1GQNA 1OHLA 2V82A 2Q3RA 3A24A 3EX3A 2E68A 2VOMA 1HUVA 2OX1A 5DLCA 1PCKA 2PRLA 1EA0A 3KVKA 3TNOA 1H5YA 3GXPA 1F2JA 3FKKA 3N9SA 1TQXA 2VFIA 1UCWA 5HNRA 2LLEA 4Q33A 4AF0B 4POCA 2Z6JA 3CQ0A 3NO5A 3ELFA 2GJLA 3SIZA 3CIWA 1FWRA 3ATYA 3N2XA 4Z1AA 3TFCA 3M0ZA 4Z1CA 3VCRA 5EKYA 1HTIA 1G69A 1W5MA 3N2MA 4LC8A 4UFKA 3IGUA 3S5OA 1CI1A 4WOQA 2X30A 1YPFA 3W75A 1QFEA 5A5WA 3E9AA 4WUIA 5KZDA 4M6VA 3YPIA 1SU5A 4O57A 5KSWA 4GXMA 3BGJA 3FFSA 4IMEA 3GAKA 1RQHA 2GUUA 2QCLA 1TPVA 1KFCA 4IGHA 1GVSA 2WSQA 4MZ8A 3TMQA 1RV8A 1KFKA 4NXSA 4XZ9A 3NQ2A 1JCNA 4U28A 1BEUA 1W37A 2R91A 4MZYA 1K7FA 4FEZA 1XXXA 4BFAA 3WJWA 5IBXC 3DKLA 3UWYA 1JUEA 4IWWA 3STGA 3W7PA 4WY0F 2A85A 5EYWA 2W0UA 4I7VA 2VXNA 3ATZA 5AHNA 5D30A 4JTIA 1F6KA 3E96A 5D09A 4K7VA 5U7SA 2CLKA 5D38A 1TRIA 3WFAA 1LRQA 3O07A 3QMRA 4HKPA 4IOTA 4OHQA 3ZFHA 4EF9A 5H91A 4MFDA 5LSMA 4IMGA 3GXNA 3RNDA 3NQMA 5I3FA 1JRBA 1MEWA 1HO1A 3KFTA 3S42A 1VH7A 5D33A 1GJPA 1EP1A 4HN4A 3W72A 5CSSA 2DZXA 3S9YA 3TJXA 4N6EA 1GG1A 3UY7A 5I3GA 1DQXA 4MYAA 5K7JA 1KM5A 1B4EA 4IX0A 3NQEA 3NQVA 3S1WA 1K8ZA 3A9IA 3CPRA 3G3MA 2GQAA 3PUDA 3NGJA 4YMZA 2BTMA 4LRTA 4NJJA 5AHMA 1UJPA 2Y7FA 4DQWA 3MI3A 3QEZA 1TMHA 1RVGA 1KTBA 3DI0A 1H50A 1HG3A 2NUYA 2X2GA 3PSVA 3MWAA 4WX2A 1LRTA 4XTIA 4FNTA 4JYEA 1FXQA 2PRHA 1OVDA 4HPXA 2Q3OA 1F7BA 5L6UA 1PL9A 3LBCA 1OFQA 2RDUA 2ZFAA 4A29A 1GYNA 1BKSA 1F74A 3HG5A 2A21A 3PB0A 3SGZA 3QRHA 1QR7A 4IMFA 1MSSA 4DBEA 3F1QA 4LV4A 5CPNA 1PE1A 3W85A 2NX9A 2FDSA 2QCDB 3M6YA 2ZZ2A 3UZJA 4NJKA 4N4PA 1P5BA 2X1TA 3QQ0A 3P61A 1KLZA 1RQEA 3I7SA 3C56A 4A2RA 3C2OA 3W84A 4JEQA 1FWSA 5K4ZA 1XFBA 5C5YA 2Y70A 2FPTA 2A6LA 1WOBA 3L0KA 5EL1A 3KXQA 2X1SA 4NT0A 1IF2A 1Q6OA 1G7UA 2D73A 3B05A 1TV5A 3W7KA 4QITA 3NG3A 4RR4A 1AG1O 1GOXA 3G18A 3C2RA 3BLFA 4RV8A 3F03K 3W1LA 4K8HA 3P8IA 2C18A 4MPQA 4N9DA 5D2TA 3T55A 2C1HA 3LV5A 1AMKA 3RF9A 4DF1A 1XDMA 4UC5A 2AQWA 1D9EA 3W07A 4UFMA 2O7QA 4FXSA 3W74A 4Z0SA 3SY5A 5LKYA 4UTMA 1SZNA 4TMCA 2DZVA 1Z48A 5D03A 4UMBA 2CZDA 4GJ1A 4QNWA 1BTMA 4JTHA 1KM4A 4YCPA 3P5YA 1A50A 5U4NA 3NQ6A 4ADSA 2YXGA 1MXSA 1R2RA 1JCJA 3UNDA 2B7PA 3MI2A 3NQCA 2CLHA 3RFAA 2NZLA 3MYOA 2C13A 1KM3A 3IIPA 1LCOA 3QZEA 3S5ZA 3TW6A 3DFSA 5D05A 1K8XA 1BWLA 4LS1A 2H3BA 3F4WA 3JR2A 3FEMA 3VFLA 2NXIA 3PR2A 1W56A 3SW6A 3PVFA 2CZEA 1TPWA 4KWWA 3EX1A 2ZZ7A 3W7EA 4O1BA 4N6FA 1FQ0A 3HMJG 1LRNA 1X8FA 4YL2A 4X22A 2ZRUA 4OBTA 1VYSX 2JK2A 4UNLA 1WDWA 1K7XA 4JIQA 2ZZ3A 1U83A 5LNVA 3P8JA 2ISVA 1ZCOA 4O16A 3MO7A 4PC8A 3SJ3A 4NJGA 1RD5A 2YX0A 4LVGA 3G3DA 3SZ8A 3TKFA 3C52A 5TIMA 1F6PA 3NEVA 5FEPA 3T4CA 4FB7A 3KRUA 4MFEA 2ABBA 1OFOA 4JN6A 4UFIA 3W7QA 1VGAA 2P0OA 3EXRA 1LBFA 3NOEA 3G1YA 5BW6A 1JCLA 2YDAA 3HF3A 4RJEA 4UTKA 2JGQA 4UTTC 3TH6A 3W1PA 1R47A 1XBYA 2QF7A 4A3UA 4MY1A 3LI0A 2A7PA 3PUEA 1JCXA 1TPB1 3HGSA 4CLMA 4UTWC 3IV3A 1NEYA 3USBA 4N9EA 1EPXA 1VQTA 3T7VA 4Y9AA 2V2HA 3NQAA 1JR1A 3ZWSA 1O5KA 1KBIA 3A5FA 1A5CA 5K9DA 3GIYA 4R7JA 1F76A 1T0OA 1ZAHA 2QR6A 1AW5A 1ZHAA 5FF4A 1JQVA 1DHPA 1FCVA 1FY6A 3LXCA 1ZJIA 5EBUA 5D2VA 1A5AA 4ALDA 4EIVA 4O15A 3NR0A 1IIHA 4EVZA 2PCQA 1H7NA 3LTPA 4OWGA 1GVOA 1M7PA 5F1VA 1NSJA 3VKJA 2EHHA 1ZAJA 1GTHA 3LCXA 4O0KA 4U4MA 3NDOA 5C6MA 3LDVA 2GQ8A 1AW2A 3TW7A 2RDTA 1LROA 3OVRA 4FHAA 3M5XA 1JRCA 5CZSA 4OE7A 1K02A 1OFPA 5D02A 1OFBA 3GR7A 4JDYA 4BWLA 1L6SA 3U6WA 3C61A 1W1ZA 3THQA 3P82A 2Y7EA 5D2YA 4GFSA 2X1RA 3W1QA 1OYBA 2WNZA 3G1HA 2FTPA 2X1UA 3O8AA 4A22A 2CLEA 1KFEA 3HGOA 3V1PA 1H1ZA 2UV8G 1SO6A 3H54A 3I7QA 4JYDA 3NPXA 4DF0A 2ZTJA 5LZLA 1ICPA 3VNDA 2NV1A 3WJSA 3PBYA 4RCXA 4O52A 3M44A 2NXGA 3PBWA 2GVLA 3TQ0A 1WX0A 3DU0A 1JVNA 1ME8A 4P2VA 4IMCA 5CGQA 5FF3A 1TTIA 3W1RA 4M6PA 2KZHA 4UFHA 4XKYB 1W5PA 4JTTA 5TBOA 3M9YA 5D2XA 4HNUA 1W5QA 4OV4A 5I3JA 3TROA 2J9XA 3RLUA 2TSYA 1LBLA 1B4KA 2JKAA 3PUOA 3FIGA 3KVMA 4WJEA 2VEPA 1R2SA 2VFFA 1RR2A 1VPXA 3PBVA 4FNRA 4LU0A 1QOQA 4ZQPA 3TQVA 3P5ZA 1TPC1 3IIXA 1XBXA 3BVJA 4GRSA 4XQ6A 3MI6A 2DJLA 3HB9A 1GVRA 5KMYA 3DENA 1VYRA 4NQ1A 5G2WA 3UQNA 3HGRA 3W88A 1M5WA 2HMCA 1H7WA 2WKJA 4AEOA 1S5WA 3HJZA 4WXYA 3MJYA 2QDGA 5E93A 2ISSA 1ZALA 4LWWA 5I3IA 2PC4A 3LRKA 3M16A 1SFLA 2VFGA 7TIMA 5AYXA 1H7XA 1P4CA 1OYAA 4K39A 1OFEA 5G1YA 1CX9A 1F5ZA 3JS3A 1YLVA 1QO5A 1OX4A 4O1AA 3W86A 5FF0A 2A5HA 3ABOA 4I7UA 4WY0A 8TIMA 2QCEA 3W1XA 4AF0A 3O6CA 2FJKA 3STCA 2I14A 4LT9A 1SW3A 1OK6A 5EPDA 4AHOA 3CC1A 4GWEA 3SSJA 3GNDA 4HIBA 1Z44A 2QDHA 2NX1A 3M5ZA 4WZHA 5J5DA 2ZRYA 3PF3A 2XN2A 1DJQA 1YXYA 4IQLA 5AHFA 1YADA 3BPWA 4PL2A 4JTKA 3GLCA 6ALDA 1PHWA 2OZ0A 4AVFA 1QAPA 1Q6QA 1PV8A 3L5LA 3KVLA 4J9JA 1TPUA 3CB8A 1TPDA 2ZRXA 1OX4B 3FJ6A 2B4GA 3HG2A 4HNTA 2E5DA 4K7YA 4UFLA 5ABTA 1NFBA 3CTLA 4O19A 3QJAA 4H6KA 4WY0B 4BR1A 4O0ZA 3PG9A 4AAJA 4O14A 4C1KA 3OHIA 4DBDA 3NL6A 4LVDA 2CW6A 4M7TA 3QPYA 1LZOA 4JX5A 4GNJA 1U5JA 3WJYA 3RLVA 2VC6A 4M5PA 3CEPA 3TC6A 3G1DA 1DKWA 4WQ6A 5CZ0A 2Y85A 3N34A 4LVFA 3OIXA 5F2IA 1KFBA 3NVTA 3M47A 3SR7A 4N2YA 2RDWA 2OCZA 2PURA 3NPVA 4MUZA 4JNMA 1IXPA 3LI1A 4RZ4A 1YXCA 2V5LA 4LNYA 4DELA 1QDSA 1FWTA 3UWZA 1XBVA 3QM3A 3U2OA 3LHTA 3HG3A 5HUPA 5HJLA 1SW7A 2Y89A 4UR7A 3S0CA 3ZS4A 1I2OA 3GAYA 1FDZA 2H3DA 5HWMA 1TV7A 3MMTA 2J9YA 1PS9A 1Q6LA 1YDVA 4AHQA 3P7YA 3M43A 3G1FA 3W1TA 1QCWA 4Z0JA 4O50A 1LOQA 3DAQA 1QWGA 5CSRA 5AN7A 4NU7A 1FBAA 2A7RA 3HOJA 5IBXA 3TAOA 3NM1A 3I68A 3LCLA 2P10A 5FF2A 3PG8A 5G4WA 1EUAA 4JXCA 3UZ5A 4KFNA 3NPWA 3TAKA 5MHBA 2CLOA 1AL8A 2QCDA 4UMAA 2GVJA 2DZTA 2V5BA 2DZPA 3ABSA 1QMLA 3E0IA 3RK8A 2ZTKA 3OBKA 4GUFA 1EX5A 5C54A 5CPMA 1QNVA 5FEZA 3TV8A 1OFDA 1W3TA 4MY9A 4YWIA 3ZWTA 4IJBA 3NQFA 3C2VA 2BXVA 1W3NA 3CEUA 3FA5A 3DBPA 2GOUA 5CPOA 5AFDA 2WNNA 3PM6A 4ZMGA 2VEMA 5BOOA 4Y6GA 2GJNA 2DZWA 4AXKA 1W31A 2EKCA 1R46A 3N19B 1PIIA 4O1DA 5D2WA 5F4WA 1WAUA 5CZTA 1WBHA 4JIPA 2OMAA 4L4LA 2FB2A 4HNVA 3MW7A 2GQ9A 1C29A 3S1XA 2NUXA 3EKZA 3WJXA 3C8FA 3SFKA 2G97A 3UY8A 3FS2A 2E5BA 1C9DA 4GBUA 3NL5A 4JY8A 4YLWA 3M41A 4RXGA 3VE9A 4XWUA 2BSLA 3S5NA 4CCDA 3G0SA 4O17A 1SW0A 1ADOA 1VRDA 1PVNA 3BLIA 4JDBA 4NNAA 4HSOA 5AHIA 5K4XA 4NJHA 3IVUA 3TDFA 5AOUA 3IVTA 2Y6ZA 4Y8FA 5D04C 2WV8A 1GYLA 1GTEA 3STEA 1TTJA 1Q3NA 3TC7A 4UNKA 2C3ZA 4QSHA 4MYXA 4N9CA 5HWJA 4LOCA 3RMJA 3PY2A 3M1ZA 4Z08A 2J24A 2V81A 4ADUA 3GDKA 2TPSA 4LW7A 5CZJA 3W2UA 2QKFA 3W2LA 4WXZA 1GVQA 1W0MA 3G8RA 3ZR4A 4FO4A 1KBJA 3IIVA 4JY9A 3SECA 3I7RA 4GC4A 3G1VA 2YYTA 5LGXA 2JKEA 3LERA 4JX6A 1GVFA 4LTSA 2I9EA 3MHUA 3ANYA 5L9FA 3EXSA 1O95A 3GVGA 5G4EA 4UIOA 5DXYA 2YSWA 5LNSA 4DXVA 4PL1A 4FIRA 3O6YX 4KWVA 5F2GA 5G2IA 2NX3A 3W3OA 1H63A 1TJRA 1FUYA 4HPJA 1XL9A 5G1TA 2C14A 4UR8A 4NZFA 1IIGA 4UFJA 3S1UA 4BI5A 4I9AA 4ZL1A 4UMCA 1Q45A 3B0UX 2V2CA 3W7GA 5FF7A 3CWNA 3FYPA 4XTDA 1GPWA 5HINA 3NL3A 3OG3A 4BF9A 1SSGA 2WPBA 4NNBA 1H51A 4GUHA 5DY3A 2V9DA 4MY8A 1OX6A 3I6RA 1IXNA 2ZZ6A 3DFTA 5DXXA 1ZAIA 3KVJA 4LRSA 4Q4KA 3IIOA 4TO8A 4P61A 4Z1BA 1JJKA 3TE9A 1LLZA 1VYPX 3INPA 3QF0A 3TXZA 4M6QA 3T40A 1EB3A 4FF7A 2AAMA 2R8WA 4KFOA 2JKPA 3QW3A 3R2GA 5LNWA 2A6NA 3LB0A 3P67A 3LHYA 4O13A 3CIXA 4OGZA 3NQDA 4O11A 4DPPA 5A8GA 2C19A 3W7LA 1AL7A 3PAJA 3NXFA 2QAPA 2PRMA 1JUBA 3UYCA 2C16A 2BWGA 1H7RA 5AB3A 5BMWA 1YDOA 1G4TA 2GPTA 3W23A 4DO4A 2ZDRA 3LCGA 4HT3A 1Q6RA 4JR5A 3VE7A 4RXFA 4ZQRA 3L0NA 4AMAA 1THFD 2YZRA 1WV2A 1SZGA 4UTUA 4LV9A 3NYZA 2YW4A 1NF7A 5J5RA 1QOPA 3EX6A 6TIMA 3CWOX 3UWVA 1ZENA 5DN1A 2QUTA 3GB6A 4AH7A 3EEGA 2FFCA 1JCYA 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4MVAA 3MYPA 1A5BA 4ORIA 4ZZ9A 3ABRA 1VJIA 4TIMA 5DELA 2E6DA 3EWWA 3W70A 4CNOA 3CHVA 5H2ZA 4N9BA 4QQ3A 2RHGA 2YGYA 4IPIA 4H4IA 1SUXA 4X3ZA 3W2JA 3LHZA 4ONVA 4K37A 1EWEA 1KFLA 1KTNA 3ABQA 4JTFA 1H7PA 1EP2A 5F1UA 2YYUA 1MZHA 3FOKA 2ALDA 4S2CA 5E1QA 2JBMA 1DJNA 3O06A 2BX7A 1MEIA 1MEHA 1V5XA 4M19A 3QPZA 4FX7A 4ORMA 3W76A 4X2RA 4ADTA 1BWKA 3EWXA 1SQ7A 1NF0A 4DEFA 3UPBA 5C55A 2X16A 5AHLA 4EF8A 4TX9A 1WXJA 1LM1A 1OF6A 3P60A 3W7IA 4JYFA 4GUGA 1KW1A 1H61A 2FQIA 1N55A 1SR9A 2WSRA 4LY8A 3DFNA 3THAA 3JRKA 1DQWA 1T99A 2VFHA 3PULA 1D3HA 1P0NA 3DXIA 1YDNA 5F4XA 1B3OA 4OV9A 2ISWA 4PEKA 1OF8A 1QO2A 4PTNA 2ZBTA 2V30A 3KHJA 4R33A 3LRMA 5DBTA 4O18A 2HTMA 1ME7A 5IM51 1GZGA 3LRLA 2RFGA 1TRDA 2CWNA 1ALDA 1SZFA 1FDYA 1C8VA 3C4UA 5DCDA 1X1OA 3MHFA 1W8SA 4JTUA 4UCGA 3W2NA 3QMTA 3R13A 5HWNA 2ZRZA 3G0XA 2EGZA 5F4SA 1ML1A 3MP3A 3EX4A 3I65A 1EEPA 2B7QA 1X1ZA 2FIQA 1VHNA 2ZA3A 4DO5A 2WJZA 3SI9A 5SWUA 3W1MA 3W7RA 3HBLA 4DPQA 5GVJA 1OJXA 2FPVA 4NX5A 4OU1A 3PS7A 3NPUA 5HUOA 1I2NA 3PBUA 3W1AA 3PSWA 3TIMA 3B8DA 1SO4A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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