3DFP | Genus

Total Genus 138

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	138
sequence length	363
structure length	350
Chain Sequence	PHSHPALTPEQKKELSDIAHRIVAPGKGILAANESTGSIAKRLQSIGTENTEENRRFYRQLLLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQVIKSKGGVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKIGEHTPSALAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHIYLEGTLLKPNMVTPGHACTQKYSHEEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINKCPLLKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKENLKAAQEEYVKRALANSLACQGKYTPSSNHAY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase A
publication title	Charge stabilization and entropy reduction of central lysine residues in fructose-bisphosphate aldolase pubmed doi rcsb
source organism	Oryctolagus cuniculus
total genus	138
structure length	350
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3dfpA00

3EX1A 3RFAA 3WJWA 1XKYA 1LRNA 4L4LA 1SR9A 2OX1A 5KMYA 1VZWA 2NWRA 3M43A 3IGXA 1ZY9A 3GLCA 2ZDRA 2WQPA 3NZRA 3PAJA 1KLZA 3QMTA 4R53A 5A5WA 3KXQA 1MZHA 1Q45A 1BKSA 1XBVA 1GG1A 3HOJA 2A5HA 2GVGA 1UJPA 1SUXA 1YDVA 1TPFA 1TPEA 1BTMA 3HQ1A 2QCLA 4MJMA 4ZQOA 3S1UA 3W72A 3S9YA 4UMBA 3NAVA 1IF2A 4UNLA 3DFTA 4ORMA 3E49A 3O1NA 4CLMA 3MO7A 1G4EA 3LOTA 1GZGA 1QCWA 5K9DA 3KOFA 1B4KA 2NXIA 1MEHA 1OYBA 4A3UA 2X1RA 4LVFA 4DO4A 3W1PA 2E6YA 4JDBA 3T7VA 5CZTA 2FQIA 3LCGA 1QPOA 3LLDA 2GQ8A 2X30A 1KBJA 3HG4A 1ICPA 4Z1CA 3M5XA 4JYFA 1UUMA 3EX3A 3PY2A 3TFXA 3DENA 5BRBA 2ZCGA 4ICNA 2E6FA 3C52A 2OCZA 1KFCA 5D2VA 3W88A 3SFKA 1XDLA 5HINA 2WNNA 3AO0A 3B8DA 3SI9A 5U4NA 3TMQA 1VCFA 2F7FA 3EKZA 5AHEA 1OYCA 1XL9A 3G1SA 4GJ1A 4UFKA 3NR0A 1W3IA 4CQ9A 1F73A 3SIZA 5AC6A 3DH7A 3EWUA 2NX1A 2E09A 2ZYFA 3FJ6A 3LI1A 4HN4A 3TSBA 2EPHA 3N3MA 1HG3A 3MP5A 1AW5A 1HL2A 5D2YA 4HIBA 4O10A 4JTGA 1W5MA 3B0UX 3LTPA 5G2WA 3G1FA 3PSVA 1HO4A 3GIYA 2Y88A 2Z2UA 3SSJA 3NVTA 4MUZA 4S1FA 3TU9A 3QM3A 3G22A 4IX2A 3CPRA 3EWYA 1Z48A 3FJLA 5C2XA 4ZL1A 1EP1A 1PHWA 3N73A 4O54A 1TPC1 3NQFA 2RH9A 1H7NA 1KFEA 2JKEA 4ZMGA 2ZTJA 4UXDA 2C6QA 3TQKA 2VXNA 2Y7GA 1VPXA 1C29A 1L9WA 3EXSA 3O6YX 1JQVA 3TJLA 3G1YA 1FDZA 1FCBA 1JVNA 4A2SA 3UY8A 2YR1A 5KZEA 4FNRA 4NXSA 4JN6A 3R89A 3G3DA 3FKRA 2DZUA 2QCEA 3IIZA 2BSLA 4PCFA 1OG0A 3UPBA 2NUYA 2O7SA 3ABSA 1SQ7A 3VE7A 1L6WA 4U4MA 2Y63A 1AG1O 1TTQA 1TV5A 1SFJA 2DP3A 1WYIA 4ORIA 2A21A 1KFBA 1I2QA 1RR2A 3BG3A 1JCJA 1ME9A 3NQMA 1AW2A 4MLJA 1TPDA 3KVKA 3TE9A 1EIXA 1ME8A 4K7VA 3NG3A 4E2BA 5AOUA 2C14A 1R2RA 4WY0A 1D9EA 1RQEA 3QF0A 5F1UA 1WAUA 3BPWA 3LTSA 1RZMA 1GQNA 5FF3A 4JTUA 2DU2A 3W1RA 1TPWA 2NUXA 3JR2A 4O4VA 4AH7A 5C5YA 2CLMA 5E93A 4IWWA 1LBFA 2ZA2A 5DBUA 1AL8A 3Q58A 3FOKA 4JDYA 4UFIA 3GXPA 3W2LA 1BWKA 2A6NA 1C8VA 3KRUA 1J2WA 3NEVA 3NQDA 4BF9A 5HWMA 3LCWA 1TIMA 1UB3A 4JXCA 4A29A 3A21A 3BG9A 2J9YA 2V30A 4MZ8A 3I65A 3S8HA 4FIQA 3P8IA 1KFJA 2G5WA 2VFIA 4MOZA 3W1UA 4Y96A 2B7NA 3Q37A 4N9BA 3L5LA 2BXVA 3W7DA 1VGAA 3NM3A 5I3JA 3TROA 3CTLA 3TAKA 3PG8A 2EKCA 3PUEA 4IXXA 5TIMA 4UFJA 3M5ZA 3DKLA 3L67A 5CG7A 2Q3OA 1WX0A 4I7WA 5LGXA 2ZA1A 4FNUA 2YZRA 1QWGA 4JYDA 1JCLA 1SZNA 3UWYA 3LERA 4PL1A 2B7QA 3PF3A 4DXVA 3BGJA 1N7KA 3BGGA 3ATZA 4Z1AA 4N9CA 4WY0B 3W71A 3N2MA 1GG0A 2FIQA 2ZBTA 1P1XA 5LNSA 2C3ZA 2PCQA 3N9SA 3NQAA 2Q3RA 3H54A 1GVRA 2HS8A 3I68A 2A7RA 3SR7A 1FWSA 3W7OA 2J9XA 4M7TA 4NJJA 3BV4A 2V2HA 3GVGA 1QR7A 3SGZA 3LBCA 1OK6A 3W7QA 2RKXA 4QITA 2DJXA 2AGKA 1ZAIA 3L0NA 1R2TA 4MY1A 3W7IA 1VYRA 4QSHA 4JS3A 3ZS4A 4AWUA 5AFDA 2A4AA 4PL2A 5U7SA 4JEQA 1GWJA 3P67A 4AXKA 3UNDA 2PRLA 5C6MA 3M9YA 2Y7DA 5LKYA 3KVLA 2WV8A 8TIMA 1C9DA 5CPMA 4N02A 4YCPA 5K9XA 4FNTA 4UFLA 1I2NA 4N9EA 4CNPA 3P81A 3TA6A 3TDFA 3MHUA 2FTPA 3LHUA 4NX5A 3S5YA 3TQVA 3SJ3A 4LVBA 3LHWA 1IXNA 4O11A 2RDTA 3MW7A 3HG5A 5C54A 2TMDA 1VYPX 3DHFA 1LROA 3GDRA 1NEYA 1OF8A 4ZQPA 3TC7A 3KAOA 3LCXA 1VH7A 3M0ZA 3GR7A 3QYQA 4FF7A 4MFDA 3CQ0A 3KX6A 1QPNA 3I7SA 4O18A 2FPVA 4CQ8A 2VENA 5BNKA 3HB9A 3TMLA 3VNDA 1X1ZA 3CT7A 3W1XA 1A5SA 3DKJA 3KVJA 1OFRA 3M5VA 2NUWA 2WSQA 5LZLA 1I2PA 1D3HA 2NX3A 3B0VC 2ZZ4A 1XM3A 4DELA 4O53A 2V2CA 5EMUA 3KRZA 4BI5A 2QJGA 2V82A 1UUOA 4ZQMA 1G69A 1I4NA 3MP3A 2QUUA 3PBYA 1F74A 1IIHA 1OX4A 4ZQRA 3QSTA 1JRCA 1ZAHA 4LVGA 1D3GA 1KM4A 1XFBA 3BW4A 1F05A 1ZNNA 3A5VA 4ALDA 5FEWA 1A50A 2VEMA 5DLCA 3W7GA 1LOQA 3W76A 3LHZA 1TTIA 2QCGA 2X16A 1FX6A 3DFOA 1TPVA 2G95A 1V5XA 3W83A 4UTUA 2YFOA 4L4MA 3MUXA 3RU6A 2QUTA 5F2GA 1CW2A 1B3OA 1BEUA 4Z1BA 3DFPA 5HR7A 3HBLA 1LZOA 5DCDA 2ISVA 1M5WA 2E1DA 1EA0A 4RX0A 2QCDA 1LTDA 3IVTA 2QEZA 5HNRA 3GK0A 3B05A 3MMTA 1W5OA 4A21A 5BMWA 1ZENA 2Y70A 2X1TA 3KFTA 5TQLA 4QAIA 1ME7A 1F7BA 2GPTA 3O6CA 4UUIA 2GOUA 4QM1A 2C19A 2DJLA 1L6YA 3W86A 3NQCA 5LNVA 1N8FA 3FLUA 1OJXA 4AWSA 3W23A 3MI3A 4OQVA 4JTFA 1TJPA 2DZXA 3KVMA 4C1KA 2PE4A 4KWVA 4NJKA 1SSGA 4R33A 3F4NA 1OX5A 1FCQA 4PODA 3W1NA 4M7SA 2AAMA 2CWNA 2WKJA 3NQ2A 2A6LA 1YLVA 3R12A 4LUJA 2IQTA 5LNWA 3UZ5A 3NZ1A 3USBA 3W7JA 4P61A 4JTLA 3GZ3A 1FQ0A 3FEMA 2Y7EA 1LLZA 3IGUA 3LHTA 3Q2DA 2ZTKA 2Y7FA 3GNNA 2Y62A 3QRHA 5CPNA 4EIVA 3NOEA 4QJ1A 4Y8FA 1CX9A 5L6UA 1YDNA 4NXKA 3QQ1A 5K4XA 1GOXA 1K7EA 5CZ0A 5BMXA 4KFOA 1KTBA 5FEXA 3MYPA 3HG3A 3RLVA 3G0SA 2C13A 5DXYA 4K8HA 3W7RA 3BO9A 3NNTA 2QDGA 1IXOA 4RZ4A 1XBXA 1MEIA 3PBWA 3PWAA 3CEPA 4O13A 2X1UA 3TFCA 2FPTA 1PCKA 1A5AA 5LHFA 5AC8A 3PC0A 4GFSA 3PS7A 1S5WA 2CW6A 3CLMA 4HNVA 4KFNA 1KM6A 4OT7A 3NL3A 4I9AA 4IXHA 1SSDA 5KZMA 3CWOX 1OHLA 4CQAA 3M16A 3W1QA 3C61A 4AHOA 1TV8A 3VE9A 2ZZ5A 5F1VA 3E12A 5IBXA 3WFAA 4O1BA 1SFLA 3O8AA 3BLIA 2ZZ6A 5GVJA 3S1VA 4AMAA 2CLOA 1W3TA 3STCA 1VCGA 4I7VA 2ZFAA 3P60A 3ZWTA 3NQ6A 2OZ0A 2B7PA 4POCA 3LRLA 3O06A 4K8EA 3W73A 3STFA 1PVNA 1H7WA 2ZRVA 4WD0A 1JUEA 1GVQA 1VR6A 1WOBA 4LW7A 1QFEA 1JUBA 3AJXA 3NQEA 3SY5A 1UCWA 2YW3A 5D05A 3P5YA 4A2RA 4AEOA 1MXSA 1EEPA 2ZA3A 3DBPA 1O95A 4EOUA 5H91A 3TIMA 4IUOA 1Q6OA 3C4UA 1SZFA 4Z0JA 4TMBA 3H55A 4O15A 4GBUA 1MSSA 5E0KA 1T8XA 5HULA 5I3GA 5KITA 2V5LA 3CC1A 3SW6A 1GVSA 4DO5A 1XC4A 1YTKA 4M6VA 3W7MA 2P0OA 3W2MA 4N4QA 3TAOA 2WPBA 4Q4KA 3PVFA 3QH2A 1QNVA 4IJBA 2ZZ3A 2B4GA 4UFMA 1ICSA 1QPQA 3F1QA 2ZZ7A 2CU0A 5KZDA 5KINA 3C56A 4LS0A 4XZ9A 4LY8A 2Z0IA 1F6PA 5F4WA 3LTYA 3CHVA 3FYOA 5HR6A 1H51A 4MPQA 4UTMA 4IQLA 4O1AA 3TW6A 1G4SA 1LM1A 4PA8A 3FS2A 4X2RA 4RK8A 2C1HA 4N6EA 3CIXA 4IMEA 1JULA 1Z42A 3C0JA 3OVRA 4LT9A 1WQ5A 1KM1A 1Q3NA 3TW7A 4KWWA 2H90A 2QUVA 3JS3A 4LOCA 3OEXA 1JJKA 1GEQA 3W1AA 1OYAA 1GPWA 4EWND 4DF0A 1OF6A 3NDOA 4NJGA 3N9RA 3G24A 3EEGA 1QMLA 5G1YA 4JTJA 5AN7A 1F2JA 4LC6A 5FI8A 4BK9A 4NU7A 4PFMA 1NF7A 3WJXA 3ATYA 1JCXA 4Y6GA 4WXYA 1NSJA 3NL5A 4IOTA 1R2SA 2PRMA 3PM6A 3M5YA 2V0TA 3LB0A 1FWTA 3TK7A 4K36A 4NT0A 1RD5A 1T96A 3NL6A 1XXXA 3LV6A 3G0UA 4NNAA 3LI0A 3FA5A 3KRSA 5TBOA 1SO5A 3L2IA 5IBXC 3KHJA 2I1OA 4LTSA 4O4WA 4OWGA 3UWVA 2BWGA 3OVQA 2Y61A 3P7YA 3B0PA 3W84A 3IIXA 1DJQA 3W1MA 1W37A 1IGSA 5FF2A 4AHPA 3S1XA 4NZFA 3IGSA 4FO4A 1TV7A 4GXMA 5D02A 1OFDA 5D32A 4JICA 2E5DA 2E6AA 5DBTA 3W7CA 4RZ5A 4CNNA 4IPJA 1VHNA 1Y0EA 3LX9A 3EWXA 5E1QA 3NM1A 3BW2A 3A22A 3NQGA 1OVDA 3C2FA 1S5TA 4XKYB 3C2EA 3MI2A 1SPQA 3QW4B 2GQ9A 5J5DA 4FEZA 4UTKA 1O4UA 1K8YA 5D33A 3U6WA 3PUDA 4S2CA 2B7OA 3HPXA 4UMCA 1KM0A 4XBKA 4MJZA 2OJPA 3T40A 3MP4A 3PB0A 5D30A 3TQ0A 2CZ5A 5DCBA 1FXQA 3W85A 3I6RA 2I9EA 1VLWA 2W79A 3HGSA 3TNOA 3SECA 2FLIA 4MY9A 3IRDA 5I3IA 3MI6A 3VI2A 1L6SA 3G1AA 3UWWA 4O28A 3IV3A 4GUGA 5F2MA 4IMCA 4H6KA 1K02A 2GJLA 2DZPA 4AHQA 1GT8A 1EPXA 3PB2A 2VFFA 3NPXA 3UPWA 4GNJA 1RQBA 2NZLA 3JRKA 2JBMA 3EWZA 1TPB1 1DL3A 1XI3A 2ZRYA 2J24A 4M6PA 5T26A 1EWEA 1NVMA 3P84A 3ANYA 5HUPA 2V5BA 3DGRA 3U2OA 1PL9A 4IX0A 1HUVA 3HGOA 2JKPA 1S3HA 3O05A 1SU5A 4UR8A 3PBVA 4IGHA 1KW1A 3N2XA 4UMAA 2XN1A 1N55A 4FX6M 1SO6A 3SZ8A 1OFAA 2ZRUA 3R5EA 3W74A 3C8FA 4JTIA 5AHIA 4O1DA 1VCVA 1ZALA 1W5NA 2CLEA 3CU2A 1LORA 3WK1A 4NQ1A 1V7YA 3B04A 1JQXA 3MHGA 3TR2A 1SW7A 4LWWA 1DQXA 5EA9A 5AHFA 1K3UA 2YDAA 3OVPA 1G6CA 3QQ0A 4ONVA 1TPUA 4UNKA 1CI1A 4AVFA 4WOZA 3OIXA 2TRSA 4O1CA 4ZZ9A 4X22A 5K9CA 3W7KA 1FWRA 3GDLA 5D2XA 3P82A 3NPVA 1KV8A 2NLIA 3L9CA 4OE7A 5AYYA 2CLHA 3LHVA 2CZDA 3LLFA 4E2DA 1X8FA 3W22A 4NNBA 3LXCA 4JTHA 5BOOA 3B4UA 4CCCA 1GVOA 3I7QA 1H7PA 1P0KA 2YCEA 5L9FA 3HGJA 1BWLA 3EXTA 3W9ZA 4N6FA 1G4PA 2XN2A 4BI7A 1QOQA 4Q32A 4JD4A 4RJEA 3R13A 3S5NA 5CKSA 1FDYA 3T78A 1I45A 3QPYA 3MHFA 5I3HA 2RFGA 5FF7A 3G1DA 3P80A 1LYXA 4O57A 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4GC4A 1FWNA 1O5XA 1RV8A 3L5AA 1EWDA 5EL1A 5G1TA 1KFLA 2NV1A 3W7NA 4LV9A 2ZRZA 3TSDA 1JCYA 5KTLA 3IIOA 5F4XA 4WXZA 1EUAA 4RLIA 3EB2A 4JTTA 5FEPA 1FCVA 2G96A 3R8RA 5F2LA 4BR1A 5I3FA 1XUZA 2QKFA 3STEA 2ZRWA 4BI6A 4XTIA 5AHMA 2A7PA 1NF0A 3ELFA 4LU0A 5HQEA 3R2GA 2Q8ZA 4QISA 2OMAA 2P10A 1TTJA 3M44A 4TX9A 3B06A 3LRMA 3L0KA 1DBTA 5D2TA 4CCEA 4K38A 2DORA 1YPIA 4LNYA 4OV4A 6TIMA 1OFQA 4JIQA 4MIMA 3W2NA 4TMCA 3G1VA 2Z6IA 1PS9A 2GVLA 5D37A 2CLIA 2FB3A 4JY8A 4MYXA 4P2VA 1QO2A 1VYSX 4UTTC 1KV5A 1W5QA 3NL2A 5J5RA 1KM2A 1ALDA 2HS6A 3HJZA 4EF9A 3S0CA 1LRTA 2NWSA 2KZHA 4HPJA 2QJIA 1ADOA 2VC6A 1TB3A 3NQ7A 3E0IA 1OFOA 2A7NA 4IPIA 1AMKA 1TRDA 3B03A 1K8XA 2QCHA 4UC5A 2CLFA 2C0AA 3LDVA 1UASA 2V8ZA 1Q6LA 3THAA 1X6UA 1FCUA 2E6DA 1LBLA 4QQ3A 4AAJA 2NXGA 3G18A 3TC6A 2Y6ZA 3FIGA 1GTEA 1YYAA 4JR5A 1WBHA 3PG9A 3WK0A 2HTMA 3UY7A 1FUYA 4NVTA 4WY0F 2VEPA 5D38A 4ADUA 1JR1A 3W2KA 2YYTA 2A0NA 1PIIA 1YPFA 4X9SA 2ABBA 3EXRA 3V75A 3GB6A 3N19B 2ISSA 3IIVA 2VFEA 4NX0A 3P8JA 4WJEA 3L66A 2QCCA 2CLLA 5DY3A 4LRTA 4RV8A 2ATMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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