3DFQ | Genus

Total Genus 144

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	144
sequence length	363
structure length	350
Chain Sequence	PHSHPALTPEQKKELSDIAHRIVAPGKGILAASESTGSIAKRLQSIGTENTEENRRFYRQLLLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQVIKSKGGVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKIGEHTPSALAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHIYLEGTLLKPNMVTPGHACTQKYSHEEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINKCPLLKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKENLKAAQEEYVKRALANSLACQGKYTPSSNHAY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase A
publication title	Charge stabilization and entropy reduction of central lysine residues in fructose-bisphosphate aldolase pubmed doi rcsb
source organism	Oryctolagus cuniculus
total genus	144
structure length	350
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3dfqA00

5CKSA 1EUNA 1AW5A 1VC4A 1I2NA 4NZFA 3V75A 1QPQA 4PL2A 1EB3A 2CZEA 5BMWA 1OYCA 5AOUA 1F5ZA 1VYPX 2TMDA 2DP3A 3KHJA 4N6EA 5F2LA 4O15A 3N14A 2WV8A 3E96A 5LNVA 2VFFA 3EX3A 2HSAA 4CQ8A 1XUUA 1W3IA 1H61A 4RCXA 3OVQA 1H1ZA 3BLIA 4MPQA 5T26A 2P1FA 1HL2A 3P61A 4H3DA 1Z48A 2A4AA 1QOQA 1W54A 2VEKA 3EB2A 4XBKA 2GUUA 4Y9AA 4QQ3A 1ZALA 5F2GA 2WNQA 1A5SA 1ALDA 3DFNA 4O14A 3HBLA 3K30A 5AHNA 4IX2A 2JGQA 2Y61A 3GAYA 1SSGA 3R5EA 3LXCA 3S5YA 3LV5A 3M43A 4ZVJA 5HWMA 4RZ5A 3L2IA 3QPZA 4DXVA 2J27A 2QKFA 2Y85A 1O60A 1AW2A 4N9BA 1R30A 4YXGA 3W76A 1OFEA 1TMHA 2OT0A 2YR1A 4FXRA 2Q3RA 1YDOA 1Q45A 2A7PA 2H6RA 4AHPA 4GNJA 3L5LA 4HSNA 2A7NA 3W1UA 2V82A 3R13A 3PVFA 3STCA 3QQ0A 2E6YA 4CNPA 1BWLA 4DEFA 4O1AA 1LBFA 1S5VA 3S1UA 3B0VC 2BLEA 2HS6A 3UPWA 4O54A 3NGJA 4S2BA 2GQ9A 3CLMA 1VCVA 3L5AA 1BTMA 1ZENA 1L9WA 2WQPA 3GX9A 5HJLA 4QITA 2I1OA 3IV3A 2W6RA 3LHTA 3LI0A 5FI8A 2V5BA 3U2OA 5FEXA 5U7SA 1TPC1 3EKZA 3CU2A 3A21A 5AYZA 2GOUA 1QR7A 3PWAA 1HTIA 3C2VA 3M6YA 3BGGA 3G3MA 3FLUA 4WZHA 3CQ0A 1OFOA 4FX6M 5L9FA 4AMAA 4AVFA 3NPVA 1BEUA 3W7LA 4JYFA 2ZRZA 3KAOA 4O12A 3YPIA 4N4QA 2R91A 3NZRA 2DZVA 3TV8A 1ZJIA 2Q3OA 2C1HA 2CLOA 3U6WA 3R2GA 1UUMA 2HS8A 1RPXA 3HGOA 1DJNA 3RK8A 4E0CA 4O1CA 4BI6A 2A85A 3B4UA 4H4IA 1A5CA 3ZWTA 1TJRA 1S3HA 1VQTA 1KM3A 2B7PA 2DZUA 3KVJA 3NZ1A 3QSRA 1LRTA 1SZFA 4KWWA 3UWVA 5K4XA 4UTWC 4IMCA 2D73A 2G95A 2BXVA 3W88A 1YPIA 1FDJA 2NLIA 2R94A 1SW7A 3VI2A 5D2VA 5AHEA 1YXYA 4OV4A 1VLIA 4FIQA 5IM51 3PUDA 3TQKA 2C6QA 2ZZ6A 3W84A 3QFEA 1Q6LA 4HPJA 1Q6QA 2AGKA 4O16A 3C8FA 3RLVA 4C1LA 1MO0A 1LLZA 4Y90A 4NNAA 1EP2A 4ADSA 2Z6IA 5C5YA 8TIMA 4LRTA 3LCWA 3HIJA 2CLIA 4M6QA 3NNTA 2E5BA 3EWYA 1OFDA 4FHAA 3EXRA 1TYGA 4DF0A 1AL7A 4UR8A 4RJEA 3MI3A 1F74A 3MP3A 1PE1A 2W79A 1OX6A 4JX5A 3E0IA 1QPRA 4ONVA 5H2ZA 4JTSA 1DHPA 4JDYA 2GVGA 4IGHA 1WOAA 1TPB1 4Z1BA 1RQBA 1WA3A 4Z08A 3M7WA 3GDMA 4UFKA 1YLVA 3Q37A 1K7EA 4ORIA 1IF2A 4JTHA 2E6DA 5CZJA 5EPDA 1WOBA 3UZ5A 5BMXA 4ZL1A 2A6NA 1I2RA 1RVGA 3W7JA 1U83A 1HUVA 4O57A 3N9SA 4Z1DA 3HPXA 1FWNA 1ME8A 4LV9A 3VFLA 4A22A 4RZ4A 1DQXA 3SGZA 1TV8A 1KTBA 1KA9F 1Q6OA 4XKYB 4HNNA 2YYUA 4TMBA 2Z2UA 2PE4A 4JDBA 3MHGA 2Y62A 3F4NA 1I4NA 4IMEA 1AW1A 2QDGA 1DKWA 2I14A 1TRIA 4MZYA 1RV8A 3HG3A 3CWNA 4N9EA 1L2UA 2V2DA 3W1TA 2FB2A 5D33A 2JK2A 2ZRWA 5FEPA 4X3ZA 3LCFA 6TIMA 4X22A 1LLWA 2FPVA 3C2FA 1GTHA 3PY2A 3TUUA 4LY8A 2ATMA 2ZDRA 4NVTA 2FQIA 1KV5A 3W6YA 3G1HA 4KFOA 4A3UA 3W7OA 2J9YA 1OJXA 4D2JA 5CSRA 2B0MA 3PBWA 4RLIA 5AC6A 4JTTA 3KVKA 4IQLA 3HJZA 2KZHA 4DF1A 1W8SA 3P8JA 4ZQMA 3TSBA 3N2XA 5F2MA 3IVUA 2V81A 3TMLA 3NDOA 3THQA 4LW7A 1K02A 2E6FA 4FNSA 4NNBA 3LOTA 5DXXA 4O17A 4YLWA 4MY9A 2LLEA 7TIMA 3STEA 1QO5A 4PA8A 1BKSA 4IMFA 3UYCA 3QYQA 4JTFA 5D05A 1PCWA 4UTUA 4K6AA 1L6SA 4HKPA 1ZY9A 4Z1AA 3PBYA 1NF7A 2CZ5A 4JX4A 3EWUA 5HINA 3GDTA 3M41A 5EYWA 4CQ9A 1YPFA 1OABA 3BV4A 5CZSA 2BTMA 1FCVA 3NAVA 2UV8G 2PRHA 4LS2A 2A0NA 2RDUA 5G4EA 2VELA 3W7IA 3LERA 3UWUA 2GQAA 3G1AA 1LCOA 3FFSA 4O4WA 5FEWA 2NX3A 1KM1A 1DJQA 1YTEA 3GXPA 1DL3A 1KFBA 1JUBA 3RLUA 4I7UA 1LORA 3DXIA 1V5XA 4AXKA 5G1TA 3TFXA 2AQWA 1R46A 2C19A 3P62A 1X1OA 1Z44A 1PL9A 3QMRA 2A21A 1KFCA 3DFQA 3HPZA 1DBTA 3SI9A 5I3JA 5D02A 1J4EA 4LOCA 3O1NA 1WDWA 4UFJA 4UR7A 1A53A 3MI6A 2ZZ5A 1VCFA 3BVJA 2QAFA 3UNDA 3QJAA 5DXYA 3UWQA 4DPPA 4R53A 3UXAA 1RQHA 5G2WA 5D03A 3IIPA 2DU2A 2G96A 2H3BA 2GJLA 1SO4A 4K39A 4CCEA 1PVNA 1P5BA 3WK1A 2TYSA 4HSOA 2ZRUA 3M1ZA 1B4EA 3IVTA 1OFAA 3TK7A 1C9DA 3EX6A 2QEZA 2PRMA 2VXNA 3P67A 2QCDB 4NU7A 3P84A 2Y7DA 2QUUA 4MY1A 1ME9A 1KV8A 3A24A 3T4CA 1FWSA 2CFFA 3EWZA 1R2RA 4Z0SA 2Y7EA 1O94A 3G0SA 5KMYA 1I2OA 2BZNA 4A2SA 1HFBA 4ZQNA 2H8ZA 4GXMA 3S5OA 4JTKA 2VEPA 3L21A 2ZA1A 3NEVA 3TU9A 3SR7A 2ZZ3A 1X7FA 4X9SA 3L68A 4FX8A 5J5RA 1H7RA 3SSJA 5DCBA 3GZ3A 1AL8A 4MJZA 4BWLC 1RQEA 3NQGA 3EXTA 4O11A 4NNCA 3UWYA 3VNDA 3A5VA 1A50A 1GWJA 3W7KA 3H54A 1TREA 4NXSA 2AAMA 2YX0A 2VKZG 4TU1A 3ZS4A 4LV4A 4MOZA 3DENA 1IGSA 2VFDA 3ELFA 3SJ3A 2ZBTA 1LTDA 3Q94A 2V30A 3L67A 3LB0A 1OG0A 1W3TA 5E93A 1GVQA 2B7NA 2CW6A 5G5IA 1EEPA 1T0OA 4GUIA 3SECA 1H63A 1TCDA 5F1UA 5C54A 1KM5A 4IWWA 5IBXC 2QCLA 4AF0B 4EWND 3DFOA 1H50A 4UFIA 5C2XA 4LUJA 5CSSA 4FNUA 4PC8A 1TTPA 4TMCA 2YW4A 2WO5A 1KM2A 4O53A 1XBYA 1BWKA 4AWUA 1CW2A 3NG3A 1H7WA 1H5YA 2JKAA 3LM7A 3P5ZA 3TE9A 5A5WA 4S1FA 1SZGA 3W7RA 2PC4A 3GXTA 4Z1CA 2VFIA 2DORA 1R47A 1K8YA 2H3DA 4OBTA 1G69A 1N55A 2QCNA 1G7VA 2Y7GA 4U28A 2GVLA 2H8XA 4OV9A 1Q3NA 5DY2A 1RR2A 5AHMA 5TIMA 2BWGA 5HNRA 2HMCA 1TQJA 4ZQOA 4ZMGA 3IVSA 3W7DA 5HUPA 3W3OA 1P4CA 1W1ZA 3O06A 2CZFA 2RDWA 4XWUA 4QIUA 4O13A 3LI1A 5G2HA 1TPFA 1GZGA 2J88A 3O16A 5L6UA 3W85A 4QNEA 3HF3A 2P10A 2ALDA 2C0AA 4EOUA 3NM1A 3SIZA 3LCIA 3S8HA 1FBAA 2C14A 4UTTC 3IIXA 1VS1A 3PG9A 1P0NA 3C6CA 4Z0JA 1VLWA 5K7JA 1TPH1 4POCA 4LNYA 3TXVA 5ABTA 4HIBA 3WJSA 5DN1A 1NSJA 2VEIA 1QCWA 5KITA 1KLYA 3WK0A 5KZDA 5E0KA 1TPDA 1SZNA 3CT7A 2VFEA 3DHFA 3PBVA 1IIGA 1KM0A 4OGZA 4UTWA 1JCYA 3TQ0A 5DELA 2TRSA 3GAKA 3T78A 5D09A 2DJXA 3NPUA 4WY0B 1Z41A 1JCXA 3PULA 5AHLA 2JKEA 3TW7A 3W1PA 2RDTA 3IGSA 4UTHA 4M5PA 3B06A 3LLDA 1XBZA 4JGDA 3L66A 4E2BA 4TX9A 3S5ZA 3LXAA 5D37A 2Y89A 3Q2DA 3P5YA 5D2TA 1W5QA 1LRNA 2QAPA 3A22A 2Z0IA 5D2YA 3HGRA 5D38A 2E1DA 3NQMA 3W2JA 3MP4A 4K36A 3PS7A 3W2KA 3FKKA 1VYRA 1F6PA 3L0NA 4LVFA 3B0PA 1HG3A 1K7XA 1SO6A 3MBDA 4XZ9A 1O4UA 3T7VA 1FUYA 3B8DA 1OFPA 3HG5A 3S0CA 3SW6A 1NVMA 3GLCA 3G8EA 3QPYA 3TJLA 3S6DA 4NX0A 5EY5A 5LNRA 3MWAA 3MHUA 3E9AA 1SPQA 3ATZA 4WXZA 3E02A 1OYAA 1W5PA 5KTLA 3W1NA 3OBKA 4LUIA 3O8AA 3VKJA 5BNKA 3S5NA 5I3HA 3O63A 4IPJA 5CPMA 4UTKA 2TSYA 3C2EA 2CLLA 3LBCA 1TIMA 4JY8A 5MHBA 1Q6RA 4CNOA 4S2CA 1OF8A 1XUZA 3LHYA 2QJGA 5K9CA 4NX5A 3LCLA 3CB8A 2ZA3A 1XI3A 4JTIA 3M47A 4O28A 4EIVA 2V2HA 3LCGA 4QNWA 4RX0A 4LC6A 2QCCA 3ABSA 2X1SA 1GEQA 2GQ8A 3G0XA 4LVGA 3QW4B 4CNNA 3TC7A 4E2DA 3GR8A 2WJZA 3OVPA 3M5XA 2BSLA 4MLRA 4GWEA 1KFEA 1T96A 3A23A 2O7SA 3W1RA 3NL6A 3NL5A 4FNQA 3HG4A 2ABBA 5EA9A 4NZJA 1B4KA 1JR1A 5I3GA 4CCCA 3QH2A 4IMGA 1TSIA 1Y0EA 1P0KA 2EHHA 1X6UA 3USBA 3BPWA 3I7SA 1KM6A 2FPTA 1EWDA 1QDSA 4AHOA 4UUIA 4FIRA 5EL1A 4LVAA 1XBVA 3M16A 4Q33A 1ZAIA 4UIOA 2Y63A 3LRMA 4ADUA 1OK4A 2ISSA 3DH7A 1TPUA 4IOTA 4JTUA 5LNSA 3O6CA 2GJNA 4ICNA 3OVRA 5FF2A 4MFDA 4NJGA 4UTLA 1QPNA 2FB3A 3HB9A 2NXGA 1YDNA 5D2WA 2J9XA 2VENA 3W1XA 2ZRYA 4O19A 1SFLA 1TV5A 4UCGA 3O05A 4KKXA 4BI5A 5BRBA 3TC6A 3BW2A 3LTPA 4M19A 1GVSA 3EKLA 5K2ZA 3S1VA 5F4WA 3UY7A 2YDAA 3TIMA 5A8GA 4LS1A 4YCPA 1W5NA 3NVTA 4GUHA 3W07A 1H7NA 3HG2A 3BW4A 3G1FA 5G2IA 2FLIA 3BLFA 3I7RA 3PSWA 4QM1A 3L9CA 1THFD 3QSTA 1VYSX 4XUGA 1H7OA 2CU0A 3UD6A 4WOZA 1LRQA 4HNUA 2DZXA 2ZZ2A 5F4XA 3F03K 1DV7A 1S5TA 1WXJA 2QUTA 3W7GA 5HQEA 3UPBA 1V7YA 3UQNA 4R34A 4AEOA 4MYXA 1SU5A 2V9DA 1W56A 3W71A 1LBMA 1CI1A 2QCFA 3ABOA 4MUZA 1O5XA 3MUXA 4PODA 3BW3A 3TSDA 1MEHA 1G4PA 4OHQA 3GYEA 1K3UA 3GIYA 1LROA 2X30A 4K38A 4WX2A 4R7JA 3HO8A 1ZCOA 4RV8A 3STFA 1UCWA 1MEWA 3NL2A 1LOLA 3NQ2A 1GPWA 3WJWA 3BK0A 5KSWA 3SFKA 3BG9A 4NXKA 5AN7A 3TA6A 3CWOX 3BO9A 4OU1A 1PHWA 3KXQA 5G1YA 1LOQA 1RZMA 2C18A 2ISWA 4H6KA 3TQVA 1UBSA 1KW1A 3OHIA 2Z1BA 3MMTA 1G4TA 3O15A 1AK5A 1EPXA 1YADA 4DO5A 3FA5A 4XBSA 5F4SA 4GBUA 1YTKA 5AB3A 4JEQA 1G7UA 2CLMA 3KX6A 2V8ZA 4FXSA 5AYXA 3OA3A 5DCDA 3T40A 1JVNA 4Q4KA 3BGJA 4LU0A 3SY5A 5DBTA 2OMAA 2X1TA 3W9ZA 2E77A 3UY8A 1N8FA 4O52A 1VHNA 3ABQA 3W86A 3M0ZA 3W7HA 1TTQA 1WV2A 4U4MA 3BARA 3FYPA 2IQTA 1EIXA 5KINA 3BG5A 5LKYA 3QW3A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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