3DFS | Genus

Total Genus 140

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	140
sequence length	363
structure length	350
Chain Sequence	PHSHPALTPEQKKELSDIAHRIVAPGKGILAASESTGSIAKRLQSIGTENTEENRRFYRQLLLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQVIKSKGGVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKIGEHTPSALAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHIYLEGTLLKPNMVTPGHACTQKYSHEEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINKCPLLKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKENLKAAQEEYVKRALANSLACQGKYTPSSNHAY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase A
publication title	Charge stabilization and entropy reduction of central lysine residues in fructose-bisphosphate aldolase pubmed doi rcsb
source organism	Oryctolagus cuniculus
total genus	140
structure length	350
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3dfsA00

3SZ8A 4PEKA 3UNDA 5CPMA 3P8IA 1ZAJA 3M9YA 1KM0A 2WO5A 5G2WA 3VI2A 4JD4A 1H51A 4PH6A 2B7NA 3L68A 4K7YA 4ZL1A 3NNTA 1TO3A 3NGJA 4GRSA 1HO1A 3EWWA 3WJSA 5U4NA 4GUFA 1Z42A 1Y0EA 3HIJA 4N02A 3QM3A 5D37A 3W7PA 4HNNA 4LS2A 4UMCA 2YYUA 2VENA 3UYCA 5GVJA 1I2QA 1YPFA 3LTYA 3EX4A 4HNVA 4QIUA 3PF3A 1W3IA 4FO4A 5AN7A 2CZEA 3LCFA 1SZFA 4Q4KA 1O95A 3R2GA 4OU1A 3GDKA 1ADOA 2E1DA 5HMSA 2IQTA 4UNKA 3HGJA 1W5PA 4LTSA 2H3BA 4AWSA 1QCWA 1T0OA 4HNTA 4FNSA 5DCBA 4YXGA 4RZ5A 1I45A 3W9ZA 1TQJA 5DELA 1W31A 3MYPA 3TMLA 4WY0B 4LS0A 2QCHA 1G6CA 4IXHA 1JRCA 2TRSA 2CFFA 5G1YA 4Z1BA 2JGQA 4KFNA 3N3MA 4NXKA 1W3NA 4FNTA 3ATZA 3NQMA 1B57A 3PG8A 3O05A 1TV7A 1YTDA 3LV5A 5CPNA 3C6CA 2R91A 3QSTA 3V1PA 1F74A 3MUXA 3W1UA 4R34A 1M6JA 2J24A 3IGUA 3G3MA 3P7YA 5D2VA 5K2ZA 1LORA 1R46A 1LZOA 4HHPA 1W37A 3C2OA 4MJZA 5AYXA 1XI3A 5EY5A 1GQNA 5C55A 2V2HA 1LCOA 2WSYA 1PCKA 3GZ3A 1LROA 3JS3A 4POCA 5I3KA 2AGKA 3UWWA 1W3TA 5E93A 1SSGA 4O4VA 2NWSA 1BEUA 4JY8A 4O0ZA 2ZRYA 1TRIA 3HG4A 2VEIA 5F1UA 1SPQA 3MW7A 1TTQA 1QO5A 4H6KA 1OFOA 4OWGA 1KM2A 3KRZA 4DXVA 1DKWA 3L5AA 1KFCA 4XQ6A 4MLRA 4MYAA 3B4UA 1LOSA 3W70A 7TIMA 1H7RA 1JULA 2WNNA 3ABRA 3EWYA 4JTJA 1KTCA 5LHEA 2FPTA 3TJXA 4HT3A 3DHDA 5CZTA 4O18A 3C8FA 6ALDA 3CPRA 4IPIA 1VLWA 1DOSA 4O1BA 3YPIA 3M0ZA 3STCA 1FUYA 5D2YA 4PC8A 1XC4A 3ATYA 3DZ1A 4EF8A 5K4XA 4LT9A 1QMLA 1TTPA 1IXNA 1PCWA 1G4TA 2BSLA 4UTMA 2A7PA 2Z6IA 1OABA 1Q6RA 5D2XA 2C19A 4UFLA 5G5IA 3SJ3A 1GWJA 3FKRA 4WD0A 3BPWA 5EKYA 4B5NA 1R30A 1O4UA 1EA0A 3FJLA 4ZMGA 3G1XA 1H61A 3R8RA 3ABOA 3NAVA 5CZJA 3DFOA 3FKKA 3TXVA 4XZ9A 2CLOA 4X9SA 1AK5A 4R33A 3ZS4A 4JS3A 3M43A 3SGUA 3UY7A 2VFIA 3VNDA 5BRBA 3HG5A 2E6DA 2Y89A 3GKFA 3O6YX 5F1VA 1DHPA 1WOAA 1DV7A 3W7GA 3IVUA 2NV2A 3TW6A 1SFLA 4BR1A 4EF9A 2AQWA 1DBTA 1LP6A 1K02A 4IX2A 5BMXA 5ABTA 3N2MA 3LI0A 4LV4A 4MY8A 1B9BA 1ICQA 4QNEA 1TPFA 3PB0A 2DZXA 1K8XA 3KHJA 2VFGA 2YZRA 1G4PA 2A7NA 4DPQA 4A2SA 3QF0A 5D32A 1RQHA 4GNJA 1M7OA 3RLUA 5SWUA 3CIWA 3EKZA 3W73A 5C54A 4E38A 1YDVA 4GWEA 5EL1A 3H54A 3IIVA 2V9DA 3P67A 3PBYA 5FF0A 1VCFA 4NNBA 3QMRA 5C2XA 5F2GA 5EPDA 4Z08A 1V7YA 2LLEA 3W07A 4IMCA 3W1TA 3PG9A 1SUXA 3WK1A 1VCVA 4FXRA 3FYOA 2P0OA 1SO5A 4O53A 1H7PA 3HG2A 1R47A 3EXRA 5AHEA 2OJPA 1TRDA 4MFEA 2DZUA 1CI1A 4N4QA 2QCEA 4LC8A 3NQGA 1ZFJA 2ZRVA 4Z1DA 4W9TA 1V5XA 3BLFA 3GDMA 5FF4A 2YGYA 4JX4A 2CLKA 3ABSA 3ZWSA 4DF0A 1QPRA 3DENA 2FB3A 1ME9A 1OFRA 1W56A 4CNNA 4N6EA 1Q6QA 4JTHA 1PL9A 1YTEA 4OV9A 3W7MA 1QR7A 3M1ZA 3H53A 5D09A 4QNWA 1SO6A 5I3HA 1TJPA 3IEBA 3B0VC 1MZHA 3NPUA 3TE9A 1J5TA 1E51A 1ZAIA 3F1QA 4O57A 2ZZ1A 1SR9A 3BG9A 3LDVA 3MHUA 4NT0A 1GVOA 2EAWA 1PIIA 2E68A 2DZPA 3MHFA 1SU5A 4FEZA 2Y7EA 1MEWA 1T99A 1XXXA 2WOQA 1D3HA 1QPOA 3C52A 2QCDA 2ZZ7A 4FNUA 5AB3A 3LXBA 5DCDA 3Q94A 2XFWA 4AHPA 2Q3RA 3BVJA 4U28A 5DXYA 4TR9A 3L0KA 3CLMA 3FIGA 4BI5A 4UXDA 2Q8LA 3S5YA 1OYBA 5DLCA 3STEA 2EF9A 3W2UA 3M7WA 4BK9A 1TQXA 4RXFA 2W6RA 3NVTA 1B3OA 4M5PA 4NVTA 3L5MA 4FX8A 3QW4B 3HO8A 1VHNA 3L0GA 4OE7A 2C0AA 3H55A 4M6QA 3NQDA 3WK2A 5AHMA 1GYNA 4IXXA 5K7JA 1VJIA 3O16A 1G4SA 4ORIA 4KFPA 3S1XA 3SSJA 4M7SA 2Y85A 2TPSA 3R12A 2E09A 4ZQNA 3P5YA 4LNYA 4O52A 5AHLA 3PVFA 4AEOA 3E12A 1LOLA 3TQVA 2GVJA 4BFAA 5HWJA 1S5TA 2FJKA 3STFA 3A22A 3G1AA 5HINA 4Q32A 3NQCA 3QPZA 3UWVA 3E9AA 4RK8A 3NZRA 3GB6A 4FB7A 5IBXC 3GK0A 1NF7A 3CWOX 1ZCOA 2AAMA 1GVRA 3CQ0A 1OK6A 3W74A 3KVMA 1QNVA 1XUUA 2F7FA 4MY9A 1W5MA 4NU7A 1XM3A 3JR2A 3LCHA 4HSOA 4TU1A 3NOEA 4UC5A 3W1RA 3F03K 3Q58A 1P5BA 3LHWA 3I7RA 3IRDA 3KVKA 3RLVA 4GUJA 2WJZA 1JR1A 4O0KA 2C3ZA 1VS1A 3T44A 3LHTA 4NNCA 2WV8A 1XBYA 1CX9A 4MJMA 1BWKA 5HJLA 2J88A 1S3HA 2FDSA 5HR6A 1OHLA 2P10A 2X16A 1KFJA 1AL8A 2A6LA 4UMBA 2FPVA 3VE9A 2ZRUA 2VFEA 4PTNA 1VYRA 1FCVA 1FX6A 1L6SA 1JQXA 1ME7A 3G8RA 3G3DA 4UMAA 2WSRA 3GXTA 3W1XA 4DF1A 2P1FA 1CW2A 1HL2A 2QUVA 4AWTA 4WX2A 1ZJIA 3BARA 3CM4A 2Z2UA 2TMDA 3QZEA 3W1PA 1A5AA 3LERA 5H91A 1TTIA 2QCNA 4JYDA 4JX5A 1R2TA 3NQ6A 3W86A 3N19B 4DQWA 1TV5A 3W7OA 1HFBA 3A24A 4A3UA 2OZ0A 5K9XA 2Z6JA 3TQ0A 1LRQA 2E6AA 1OF8A 3EX3A 3C2EA 4ZQPA 1F5ZA 4JNMA 4O8RA 5CPOA 3O6DA 1W0MA 3THAA 1SO4A 3NXFA 1SO3A 8TIMA 3LLFA 1TSIA 2HSAA 3O8AA 4Z0JA 2JKAA 1PVNA 2QUTA 3LM7A 4O11A 4S2BA 2GOUA 1EP3A 5IM51 3GIYA 2RHGA 4JN6A 5D33A 1VZWA 2CZFA 1FBAA 1IXOA 2FQIA 3LTPA 4CCCA 2GUUA 2QJHA 1TMHA 2E5DA 3WFAA 1VHCA 3MI2A 3ABQA 4KWWA 5LHFA 1GVQA 1H7XA 1KTBA 3NL2A 4WOZA 1ALDA 1H5YA 5D2TA 3M5XA 3F4NA 4CNOA 2ISSA 2Y62A 1RVGA 2ZBTA 3EX1A 3W88A 4RXGA 3BG3A 1JJKA 2NX1A 1YXDA 1EUAA 5E0KA 5BNKA 1R2RA 1DORA 1AL7A 2X1SA 4I7UA 1PE1A 3O07A 4DBDA 4HSNA 3RNDA 1FWTA 1QFEA 1EEPA 1KFBA 2GVGA 2Y70A 4NJGA 4DF2A 2X2GA 1BTMA 4HKPA 3NZ1A 2R8WA 1H1YA 5I3FA 1XL9A 2GQ8A 1KTNA 5IBXA 4UR7A 4O15A 2QCDB 2H8ZA 4YCOA 4N9CA 5KZEA 3LLDA 1W5NA 4PA8A 5L6UA 2R14A 4JXCA 1GOXA 3W75A 3CTLA 1JCJA 3NL3A 4Q33A 2Z1BA 4YMZA 4LVBA 2V30A 4GUIA 1OYAA 2BTMA 1P0KA 3RF9A 5HR7A 2FB2A 2QDHA 4QQ3A 1JRBA 3HQ1A 1IXPA 4QISA 2QCMA 4X2RA 3LGEA 3S42A 3HGSA 2Y61A 3W1MA 3TQKA 4N2YA 4C1KA 3KVLA 5FEXA 3L65A 4O4WA 4O1CA 4O1DA 3BG5A 1ZNNA 5EMUA 2Y88A 1Q6OA 4RX0A 4LU0A 4CLMA 3W1NA 2EPHA 2HS6A 4UUIA 3TXZA 2ZRWA 4GUGA 4Z1AA 2B4GA 4WZHA 4E2DA 4OHQA 1Q6LA 2I14A 1EIXA 3L9CA 2Y7GA 3WK3A 4LRSA 3Q37A 1LTDA 4AB4A 4D2JA 2E6YA 2H8XA 4EVZA 1WAUA 2NXGA 3NPWA 3L21A 5I3IA 1JUKA 4FNPA 4K8HA 3NQEA 4K36A 3RU6A 3B0PA 1H7WA 4JR5A 3GR7A 1F73A 3S5NA 3P84A 4GC4A 2OT1A 1N7KA 4IWWA 1A5CA 2V0TA 3P74A 3DI1A 3HJZA 2V81A 2CLFA 3CWNA 1EPXA 2ZZ5A 4OT7A 3WJXA 1ICPA 5G4EA 1TV8A 1MEIA 4XUGA 2ZRXA 2ZA1A 3U8GA 3MI6A 4O1AA 2Y7FA 3VCRA 5TQLA 2Y7DA 1RR2A 3MI3A 5AHNA 4UTWC 1AW2A 1LDCA 2A7RA 4GXMA 3W2JA 1JCNA 3MMTA 3W7QA 2BXVA 3BLEA 3DKJA 1JCLA 4UTUA 3STGA 5E1QA 1XBZA 3NQVA 3S9YA 3ZFHA 5F2IA 4XBKA 3PUEA 3C3NA 4L4LA 4O13A 4TO8A 3P62A 3IV3A 1UUMA 3LV6A 5KINA 4JX6A 1Q45A 4LVGA 1KLZA 1LM1A 1OYCA 2OCZA 5KZDA 1FWSA 1ZHAA 3C0JA 4NX5A 1NSJA 2DP3A 4IMDA 5F2LA 1JCXA 2GVLA 1X8FA 1MSSA 4GE8A 1GT8A 4TMCA 3EXSA 3C2FA 3L67A 1ZY9A 3HGOA 4ADTA 4BI6A 3VKJA 1FDYA 4ADSA 3MWAA 3DU0A 3ELFA 5FI8A 5FEPA 4KWVA 3O63A 4RR4A 4CQAA 1LLZA 1OFAA 1VH7A 5FF7A 4IUOA 4CCDA 3DFQA 3TX9A 1ONRA 2E5BA 5CGQA 3P80A 3W7IA 2ZZ3A 3WK0A 1DQWA 2NXIA 4LUJA 4IJBA 4PL1A 1YDNA 2QUUA 2HTMA 3BW4A 3NDOA 2QAPA 3S5OA 2GJNA 4AHOA 4IMFA 1WOBA 3HPSA 3U6WA 1NEYA 5MHBA 1QPNA 1YPIA 1X1ZA 2O7QA 3TSMA 1GJPA 1HTIA 5D04C 5FF2A 2CZ5A 3INPA 3P8JA 4MZ1A 3TAOA 2YSWA 1KLYA 2CLLA 1I8JA 4YLWA 2JKPA 1WQ5A 3WJYA 2DZWA 4I7VA 4UFJA 3QC3A 2ZTJA 3K30A 5D05A 4S1FA 5LZLA 1F6PA 4LOCA 2A4AA 4NXSA 3N34A 2E77A 1KFKA 3LCGA 2VFFA 3W7EA 1UUOA 3NEVA 4JTFA 3CB8A 3GYEA 4O54A 4OBTA 2J6XA 3MP4A 3IGXA 4DELA 5DXXA 1SFJA 2EHHA 3WJZA 1RQEA 3V75A 3L66A 2V5BA 3LOTA 3OVRA 5K9CA 5K9DA 1WXJA 3G18A 5U7SA 4JTEA 5J5DA 4P2VA 1LYXA 4GJ1A 2YDAA 1YLVA 3CU2A 3W2KA 1WBJA 1YXCA 3BK0A 1JVNA 3NYZA 1TPVA 4UNLA 3W2LA 2JGYA 2CLEA 1PV8A 1VLIA 1DJQA 1G7UA 3L2IA 2VFDA 2XN2A 1VPXA 3LX9A 3QQ1A 4FF7A 4K37A 4RKAA 3W71A 4UTWA 2EGZA 4LWWA 3MBDA 1YADA 3KRUA 3GLCA 1IF2A 1ME8A 3TA6A 5J5RA 1VCGA 2ZFAA 1KBJA 1JQVA 4A2RA 3G1SA 4N9DA 2Y6ZA 3PUOA 4UCGA 4DO5A 2GQ9A 1KM6A 3QH2A 1HO4A 1W8SA 1IIHA 4BWLC 1VYSX 4I7WA 5CZ0A 3AJXA 3UPWA 1A50A 1QO2A 1OFEA 3B8DA 2H6RA 4X3ZA 3VFLA 1DVJA 1L6WA 3UWUA 5AOUA 2CLHA 5CSRA 2GQAA 2DJLA 1OJXA 2GJLA 3GDLA 1N8FA 1XDMA 2CLIA 3DFTA 4ADUA 1ZAHA 1XBVA 1KM4A 3W3OA 5AFDA 4QSHA 5LNUA 1W5OA 1DL3A 1EP2A 1XKYA 2QJGA 3M44A 2E6FA 4JICA 1XUZA 5KITA 2RFGA 5FF3A 5TBOA 2TYSA 4PCFA 3CT7A 3IIPA 1OFPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3L5L A;  1PX4 A;  3DG7 A;  4HZ8 A;  5BMW A;  3W7R A;  1HP4 A;  1I6N A;  4HU4 A;  4XO7 A;  1QTW A;  3OYX A;  3B4Y A;  1EBG A;  1UR1 A;  4A05 A;  1VGA A;  4XZN X;  3HB9 A;  3PUL A;  4F4R A;  4Q3M A;  3FJ4 A;  4FNR A;  3GVG A;  1E40 A;  2DT3 A;  4G9P A;  4DAF A;  4A3Y A;  1O66 A;  1L6G A;  3CC1 A;  4EAM A;  1EGZ A;  4LV9 A;  1HIZ A;  2ZVR A;  1PKM A;  1JZ8 A;  1ZL1 A;  1AZ2 A;  4UR8 A;  3CH0 A;  3W23 A;  2VC6 A;  5AC6 A;  4XV0 A;  2ZX9 A;  2ZTK A;  1EEX A;  2YA0 A;  4L65 A;  3F4W A;  1J18 A;  1OB0 A;  3HQP A;  3OZP A;  4WSJ A;  2QVN A;  3I3B A;  1FP9 A;  3SIM A;  3PR2 A;  4US5 A;  4XIS A;  3UJE A;  4ZB2 A;  2C13 A;  1O7A A;  2PB1 A;  5HQL A;  3I7Q A;  2FLI A;  1YTK A;  1V3H A;  3RGT A;  3BUR A;  2VR5 A;  3N12 A;  3AYS A;  9XIA A;  1XPG A;  1CLK A;  3L23 A;  3NFU A;  1G5A A;  5CC3 A;  3L4Z A;  3U4F A;  1HL8 A;  1KR0 A;  3AS1 A;  1C7T A;  1TJ1 A;  4ATD A;  1FWN A;  4MOZ A;  3PBW A;  1QDS A;  3RME A;  3HM7 A;  2VFH A;  2OVL A;  4I5X A;  3O15 A;  4UTI A;  1GJW A;  3ZJK A;  3T08 A;  3L4T A;  3OA5 A; 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