3DFT | Genus

Total Genus 141

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	141
sequence length	363
structure length	350
Chain Sequence	PHSHPALTPEQKKELSDIAHRIVAPGKGILAASESTGSIAKRLQSIGTENTEENRRFYRQLLLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQVIKSKGGVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKIGEHTPSALAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHIYLEGTLLKPNMVTPGHACTQKYSHEEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINKCPLLKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKENLKAAQEEYVKRALANSLACQGKYTPSSNHAY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Charge stabilization and entropy reduction of central lysine residues in fructose-bisphosphate aldolase pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Oryctolagus cuniculus
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase A
total genus	141
structure length	350
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3dftA00

1JR1A 5CZJA 3MWAA 4GUIA 5J5RA 1ZFJA 4GFSA 3UWWA 2C6QA 4PC8A 3B03A 3NM3A 4CNPA 1AMKA 1ME8A 3TU9A 1JJKA 3BLFA 4EWND 3MMTA 4RX0A 4WY0B 3HPSA 2QDGA 3E02A 3W88A 1K7XA 3TK7A 3SGUA 2EGZA 1TPVA 3UQNA 4H3DA 2QCMA 5AYYA 1ICSA 2P10A 1FCBA 4XWUA 4ICNA 1Q45A 4LVDA 5CKSA 4DPPA 3IEBA 2BZNA 2DJXA 4N9BA 2CLOA 3W1NA 2QAPA 3LCWA 3UY8A 5EA9A 1EWEA 3QW3A 1A5CA 2E6AA 4J9JA 3DBPA 4XUGA 4U28A 4K6AA 4RKAA 2ISSA 4IXXA 3KFTA 3I7SA 4HNTA 3HO8A 1TYGA 1I2PA 4RJEA 5FI8A 1TPH1 7TIMA 2Y61A 1W1ZA 3O1NA 3TDFA 2OCZA 1T0OA 1XBYA 4K7VA 5SWUA 4CQ8A 2QCLA 3EWBX 1OFQA 4NJJA 4A29A 1WOAA 3NQFA 1OF6A 1YADA 5C6MA 4RK8A 3OVPA 3DENA 1FCUA 4Z0SA 3HGJA 1I8JA 2YGYA 3W2JA 2A6LA 1VRDA 3WK0A 5F2MA 3S8HA 5K4XA 3GB6A 4IPJA 1HUVA 3IIOA 3BVJA 3KVLA 4NVTA 3NPUA 4BFAA 1RPXA 4A2SA 1WAUA 4AF0B 4RZ6A 3L67A 4UFHA 1XFBA 1EA0A 3QSRA 3G24A 5FF2A 1KM5A 2TMDA 2GQ8A 4AH7A 3S6DA 2A21A 1KFLA 3W74A 3NQ2A 3OHIA 2NZLA 4DBEA 3G8EA 4S2CA 2BSLA 4LY8A 1RZMA 4R53A 1OYBA 3ZFHA 3PVFA 1W5OA 3KXQA 3KRZA 4I7UA 3TW6A 1THFD 1VGAA 2BTMA 2V5LA 2VEIA 3TQ0A 3PUEA 4O19A 3FYOA 5E93A 1PL9A 1K3UA 3W9ZA 4UTJA 1EP3A 2CW6A 3BK0A 3M16A 5D2VA 2GOUA 1LLZA 4QNWA 3UPBA 2FQIA 2BWGA 4MJMA 2DZUA 2VFEA 4CCDA 1JCXA 3ATZA 2YPIA 4UR7A 5D2TA 5DBUA 4EVZA 3VNDA 1QFEA 2W6RA 1TPUA 1ME9A 2ZZ6A 4G1KA 4YWIA 4ADSA 1J5TA 5DCBA 2E77A 4M6QA 2HS6A 2ZZ7A 3GXTA 3BGJA 2O7QA 4ZQPA 3INPA 1TPEA 1YTEA 2E6YA 1SU5A 3W87A 2R14A 2Y63A 3PG8A 1TJRA 3W7PA 2J27A 4OBTA 3P82A 4NX0A 4D2JA 1XDLA 1VYRA 5I3FA 5AHNA 4JTJA 2H3BA 1OABA 1QO5A 3L9CA 4OT7A 3G3MA 2VEMA 3N34A 5CG7A 4JIPA 1GTEA 2H90A 3TSMA 4N6EA 1ZCOA 2Z1BA 2NWRA 4NZJA 3BW3A 3LOTA 1K8XA 3W7DA 1H61A 2A5HA 1JCYA 1R2TA 3B0PA 5AYXA 1X1OA 2B7QA 2VKZG 3CEPA 1A5BA 1SFLA 3STFA 1LRQA 2RDTA 4MZ8A 3QRHA 1YTKA 3TMQA 3EWXA 3E49A 5C54A 3W83A 1QR7A 3LCHA 4Z1BA 3W86A 4Y9AA 6TIMA 3VI2A 2Y89A 4O0KA 3ANYA 1Q6RA 4QSHA 3BG3A 3LRKA 5LHFA 4LV9A 3BLIA 4CQ9A 3M0ZA 3B05A 1RQEA 5LSMA 3SZ8A 1LZOA 4RCXA 4Y96A 1M5WA 5G2HA 1OHLA 3NYZA 1OG0A 5F2LA 5CZSA 4PFMA 4ZQNA 4AXKA 2D73A 4DBDA 3ELFA 3P5ZA 2RH9A 1RQBA 5D02A 5BNKA 4LC6A 3FYPA 4L4LA 4UC5A 1LCOA 5K3VA 5CPNA 2E5BA 1YTDA 4K8EA 1KFBA 2PRHA 3W73A 2GJNA 2EHHA 3SSJA 2C14A 1OFBA 4KFPA 1OX5A 5BMWA 2B4GA 3N3MA 4RV8A 2JKAA 4UMCA 1SSGA 4N4QA 3NQEA 3DFSA 1RV8A 3M6YA 5AC6A 3M5XA 2VFIA 1R2SA 1S5TA 3W22A 3HOJA 3O16A 4IMEA 3NPVA 3P84A 3W1RA 1LBMA 4MVAA 1IIGA 3NQDA 2FDSA 3IGXA 5LHEA 4I9AA 3GKFA 1WA3A 4O1CA 4K7YA 3NNTA 4GUJA 3T55A 1XC4A 4Q4KA 3NL2A 2Y7DA 3G1AA 3A5VA 2HS8A 5D2WA 5I3GA 3MBFA 4ALDA 1Z42A 1O4UA 4GJ1A 1LOSA 4KKXA 4A21A 3HG4A 1ZY9A 3QYQA 3TAKA 1DQXA 1RR2A 1VYPX 4B5NA 3W1PA 1SO6A 3W7CA 4MY1A 3R5EA 3C2FA 4JN6A 4RLIA 1GVQA 3HG2A 3TIMA 2P1FA 3PBVA 4K36A 1GVSA 1UB3A 4A3UA 1KLZA 3W6YA 4LS0A 5I3HA 5DLCA 3PULA 3S9YA 3L65A 1PE1A 1H5YA 1WDWA 2CLIA 3WK2A 1GOXA 3T4CA 4HSNA 3W75A 1KFJA 3HJZA 4AWUA 1LDCA 3PB0A 4QIUA 4MJZA 2I9EA 2J24A 3NA8A 2V2CA 4O52A 3RU6A 1EIXA 1XL9A 1QPOA 2GJLA 4XBSA 3GAYA 1W3TA 3NR0A 1HTIA 2TPSA 1ZALA 4JS3A 1L6WA 4LOCA 3TR2A 3S5ZA 3Q94A 3M5ZA 1H7NA 2ZRYA 4RZ5A 3C3NA 1OFDA 2QUUA 2E68A 1VLIA 3IRDA 3R12A 4O50A 3C52A 2Y85A 4WOZA 3W1MA 3TX9A 3DGRA 4LVGA 3DFQA 1L6YA 4NX5A 3WJSA 1W5QA 5FEZA 3D0CA 2NXGA 1GVFA 3TAOA 4UFJA 3CTLA 1LM1A 1P0KA 3EX1A 3LCIA 3SECA 3TFCA 2QAFA 1FCVA 3TQVA 4A22A 3LBCA 3NQ6A 2ZRWA 4OQVA 1H60A 3IGUA 4UFLA 5KITA 4IJBA 1DBTA 1S5VA 4O0ZA 5TQLA 1JCJA 4IOTA 3W1QA 4JTLA 1T8XA 5AHEA 2DZWA 1KM6A 5A8GA 2NV2A 5LKYA 3LXCA 4LW7A 4MYXA 4O54A 3LGEA 3LM7A 4NZFA 1A50A 1XBZA 2J9XA 1DOSA 1DORA 2CZ5A 5D2XA 1AL8A 5D33A 2LLEA 3C4UA 4GUHA 2FB2A 4AVFA 4ONVA 4CNNA 4ZQRA 2XN1A 4CLMA 3GKAA 2ZZ5A 3LXBA 1LOQA 2ZDRA 3TJLA 1GG1A 1QAPA 1OK4A 2YDAA 2GQAA 3HPXA 5AB3A 1VJIA 5D05A 5FESA 3R2GA 1Q6OA 3U2OA 1Z48A 5DN1A 3AJXA 4UTWA 1M7PA 2NWSA 4AAJA 5LGXA 2A85A 3DXIA 1R46A 2RDWA 3CLMA 3G3DA 4DQWA 5LNRA 5L9FA 3AO0A 1SPQA 3QC3A 3A9IA 3GXPA 3T40A 2ISVA 1C8VA 1PHQA 2CLFA 3GR7A 4JIQA 1SZNA 2ZTJA 4Z1DA 3W7JA 5CZTA 4N02A 3B06A 2JGQA 1H50A 3PUOA 4U4MA 1BKSA 3NPXA 1EUAA 1QPRA 3S1XA 1KTCA 3ZR4A 5G4WA 1OVDA 1J4EA 3ZWTA 3F1QA 4LWWA 2NX9A 3W72A 1YXCA 3HBLA 2H6RA 1TRIA 2ZA2A 4O8RA 4JDBA 3TSDA 1KM4A 1W56A 1GPWA 1DJQA 4FIQA 3LB0A 4GRSA 4WXYA 3QQ0A 3OG3A 4IX0A 2WSQA 4MZYA 3DFOA 3TMLA 3C8FA 2BLEA 4S1FA 3M5YA 3ZWSA 5AHIA 4QQ3A 1GVOA 3TNOA 5EYWA 3WK3A 2QUTA 2Q8LA 4UTHA 4BK9A 4PL1A 3FKRA 4O4WA 1G67A 5D32A 4HPXA 4BF9A 3LV5A 1WXJA 1QOQA 1XBVA 3PUDA 1XI3A 3CHVA 3S1WA 4O1DA 3THAA 4JYDA 3F4WA 2VFDA 1ICQA 3SFKA 5HWMA 4PCFA 1AW1A 3YPIA 3G1YA 3L5AA 1L9WA 2H8XA 3LHWA 5FF3A 2ZYFA 4TX9A 5I3IA 5G4EA 5AHLA 3VFLA 4MFDA 3GR8A 4HNNA 3MYOA 3PAJA 1F7BA 2VXNA 4E38A 1KTNA 3FFSA 2OX1A 4UTUA 5LNUA 3SIZA 4NU7A 4RXFA 2C18A 5F2IA 3HPZA 1Q6QA 2CLKA 1VLWA 1TREA 1W37A 2FTPA 2ISWA 1Q6LA 3A21A 4FO4A 4DXVA 3VE7A 1QPQA 1W3NA 1OX4A 4LTSA 2Y7FA 2OT0A 5KZDA 5LNSA 3NPWA 1W5PA 4M19A 1HL2A 3T7VA 4K8HA 2CLEA 3GZ3A 3F4NA 1TQJA 2QJIA 1SO3A 3M47A 2V5BA 4GWEA 3W1XA 1BWKA 3S0CA 3O63A 5HUPA 4AHOA 3GIYA 4FNQA 5HUOA 3PS7A 4PODA 1FDJA 4NJIA 1IGSA 5BMXA 2GQ9A 3HG5A 4ZQOA 1JCLA 4K37A 3Q2DA 1KM2A 3BG9A 3LHYA 1F5ZA 3UZ5A 1RQHA 3GXNA 3P7YA 5DCDA 3L66A 4Z08A 1O94A 2NLIA 3CPRA 3W7EA 4UTKA 1A5SA 1SW7A 3W7KA 3RLUA 4M5PA 3LI0A 1OYCA 1KBJA 2TRSA 3NEVA 2VEKA 3W7IA 2OZ0A 2P0OA 3N9SA 3TCEA 1TTIA 1VHCA 3O6YX 4DF0A 3CEUA 3UXAA 4UMAA 4Q32A 2DORA 3M41A 3MYPA 1ZAJA 4JY9A 3P81A 3QSTA 3ABRA 3FA5A 3LBMA 4JXCA 1EWDA 1XUUA 4PH6A 1P0NA 1KLYA 4Z1AA 1G4EA 2QCEA 3QW4B 1GTHA 1H63A 2C16A 2CWNA 3H55A 1KM0A 2C15A 3S1UA 3W70A 4HHPA 4DPQA 1FWTA 1H7WA 3G1XA 5FF4A 2YXGA 4Q33A 4N9EA 5AFDA 3C2OA 1FUYA 2E6DA 4O28A 1RVGA 4UNLA 1FWWA 3G0SA 2Y6ZA 1FBAA 1YXYA 1A5AA 1HO4A 1K8YA 3TC7A 3TE9A 4FEZA 2FIQA 2X1SA 3G1SA 3LHZA 5D38A 4M6VA 3SGZA 2ZZ3A 5DELA 5K4ZA 3L2IA 5LNWA 5E1QA 4IMDA 4GNJA 1GZGA 2WOQA 3GNNA 5FEXA 2Z6IA 4HIBA 3HIJA 4FXSA 2A0NA 1XCFA 4TIMA 3OEXA 1OFOA 2G96A 1ZENA 4OU1A 5EKYA 4C1KA 1FDYA 5AN7A 3EX6A 3TJXA 3DU0A 2A1YA 4XTDA 3W7NA 2ZZ1A 4WZHA 4FNRA 4UTWC 1TB3A 1OX4B 4L4MA 1W5MA 3IVUA 4MZ1A 5HMSA 5LGZA 3KOFA 2YFNA 1VQTA 3MHGA 4JEQA 4MPQA 1LRTA 3KVJA 4LS1A 1O5XA 1TV7A 5F1VA 2GVLA 5HWJA 4FX8A 1FWSA 4S2BA 3B4UA 1UUOA 1SW0A 2ABAA 1VPXA 1YDNA 2WSRA 4E2DA 5D2YA 4N6FA 5KZMA 1S5WA 2XFWA 1A53A 3UPWA 4YXGA 4BWLA 1O95A 4NJGA 1DQWA 2KZHA 1TV8A 3L5LA 4LV4A 2E1DA 3FJ6A 3KVKA 4X22A 3W2NA 3BW2A 4MY9A 3EXRA 4PTNA 4R34A 1VH7A 2FPVA 3W3OA 4O53A 1LLWA 2FLIA 2RKXA 1BWLA 2ALDA 3UD6A 5CPMA 3P60A 3UYCA 3DH7A 3GYEA 2B7PA 1LORA 4LUJA 4UIOA 2NX3A 2X1TA 4JY8A 1KV5A 3IVSA 1KFEA 1RD5A 4JYEA 2B0MA 3OVQA 4PA8A 3FOKA 5C5YA 2Y62A 3WJXA 1JCMP 4HPJA 4JR5A 1F6KA 1SQ7A 5AYZA 4WUIA 3GDTA 5DCEA 3L0NA 4JTEA 3W7RA 2A7NA 3C0JA 4EF9A 3PSVA 1W8SA 4KFNA 1DV7A 5HR7A 4IPIA 1GYNA 2DP3A 3LERA 2CLHA 2H8ZA 2Y7EA 1TRDA 3S1VA 1OFAA 4UMBA 3P67A 1IIHA 4IXHA 5H2ZA 1B4EA 4JICA 3PBUA 3STEA 3TXVA 4O57A 3PG9A 4JTSA 5E0KA 3R89A 4E2BA 1SZEA 1KW1A 1F74A 2WKJA 2ZRZA 1WOBA 1N8FA 2V0TA 3ABOA 3I65A 3O6DA 2V81A 4POCA 2R94A 1XDMA 5I3JA 5EPDA 4NXKA 4ZQCA 4IUOA 2WQPA 1LYXA 2F84A 3G8RA 1TMHA 1FXQA 3CWNA 2FJKA 5FEWA 1JQVA 3DHDA 3PWAA 3DZ1A 1QNVA 1I4NA 3N73A 5C2XA 4XTIA 4N9CA 1MEHA 3EXSA 4IGHA 4ORMA 3QF0A 2QCCA 2JKPA 1IXNA 1H7XA 3K30A 1W0MA 5DY3A 4TU1A 1FWRA 3B0VC 2WJZA 3LTYA 3NQVA 1AW2A 4NNAA 2VOMA 3ZS4A 5K9CA 1DKWA 3TQKA 3H53A 3M43A 4UUIA 3UWZA 3EEGA 4TR9A 4DEFA 2WPBA 2G5WA 4LC8A 1XBXA 3CU2A 3LV6A 4DO6A 3PBYA 3DI1A 5HQEA 3NZRA 3WJZA 1VYSX 2RDUA 1B9BA 3GDMA 1OFPA 2CZFA 4A2RA 1L2UA 1LOLA 2WSYA 5KZEA 3EXTA 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1QMLA 4IMGA 1K7FA 2QCNA 3WK1A 4BWLC 3CIXA 3UXDA 2ATSA 3W7QA 5EL1A 1TV5A 4M6PA 3DAQA 1MO0A 3FEMA 1HFBA 4ADTA 4BI6A 4FIRA 1MSSA 2DZXA 2I14A 3T44A 1J2WA 3MI6A 3HGRA 2FPYA 4YL2A 1G4PA 3SJ3A 3S5YA 3C6CA 3O07A 3A22A 3HGSA 4M7TA 3V75A 4XQ6A 1EPXA 3L68A 3LCGA 4QISA 2O7SA 3I7RA 1KA9F 4MYAA 4X9SA 3LLFA 1YLVA 2RHGA 2C0AA 3C56A 3QFEA 3LDVA 1UJPA 1TIMA 3W2MA 1M6JA 5HJLA 3L5MA 3W1UA 1KTBA 2FFCA 5K9XA 5TBOA 3TSBA 1R2RA 2X1UA 3RFAA 1KV8A 1LRNA 4JDYA 5CGQA 5EY5A 2DZVA 3EWZA 3BGGA 3VKJA 1X7FA 1N7KA 1H62A 4UXDA 1PVNA 3V1PA 4DO4A 4LRSA 4FNPA 4EF8A 2Q8ZA 3M9YA 1EP2A 3L0KA 1Y0EA 4JTUA 1TPC1 3U6WA 3JRKA 3NQ7A 3NQAA 3QZEA 2RFGA 4TO8A 2V9DA 2QJGA 3EB2A 4HKPA 4IQLA 3O15A 4X2RA 3C2EA 2G97A 5K7JA 3LLDA 3BG5A 4DF2A 4N2YA 5TIMA 4MFEA 3UWYA 5U7SA 3IVTA 1KBIA 4O12A 2I1OA 5DXXA 3R13A 4BI7A 3U8GA 3G18A 2C19A 4MY8A 1OYAA 2WV8A 3P8IA 4GUGA 3OIXA 4R33A 1X1ZA 3G1VA 1PCWA 2AQWA 1FXPA 2QCDB 2W79A 2YSWA 3QMRA 3M5VA 1C29A 3NAVA 4UR8A 4WJEA 4E0CA 3W23A 3TXZA 2X2GA 1F2JA 1JQXA 2ZRUA 1KM1A 1DVJA 4AWTA 3P8JA 1XUZA 1WBJA 5F4WA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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