3DFT | Genus

Total Genus 141

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	141
sequence length	363
structure length	350
Chain Sequence	PHSHPALTPEQKKELSDIAHRIVAPGKGILAASESTGSIAKRLQSIGTENTEENRRFYRQLLLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQVIKSKGGVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKIGEHTPSALAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHIYLEGTLLKPNMVTPGHACTQKYSHEEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINKCPLLKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKENLKAAQEEYVKRALANSLACQGKYTPSSNHAY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase A
publication title	Charge stabilization and entropy reduction of central lysine residues in fructose-bisphosphate aldolase pubmed doi rcsb
source organism	Oryctolagus cuniculus
total genus	141
structure length	350
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3dftA00

1KV8A 2CLLA 4RXGA 3T55A 5KTLA 2H8XA 3B0UX 1UUMA 2ZTKA 1TPWA 3TC6A 5LNSA 1BWKA 2YFNA 4O4WA 1A5BA 4MJZA 4NJJA 4ML9A 2V30A 1KBIA 3W2NA 2TPSA 4HHPA 1MEWA 3IIVA 3EX4A 1YXYA 4AF0B 3L65A 3W3OA 4UTHA 3M41A 4N4PA 3DFSA 4ORIA 4FNSA 3STEA 2J24A 1FDJA 1OX4B 3G3MA 3SR7A 3LRMA 3THQA 2HS8A 1I4NA 3P80A 3FIGA 4Y96A 5K2ZA 1K8XA 4WY0B 5D38A 2GVGA 2OZ0A 1TREA 3L66A 3P74A 4LV9A 5FF4A 3PBYA 3G8EA 4DELA 1WOAA 1NAL1 3FKRA 2A6NA 3PSWA 1HTIA 2QCNA 1TTJA 5D02A 1W5OA 2EPHA 1H50A 4JTUA 5FF2A 5D03A 4FB7A 2QCFA 3QRHA 3WK2A 4MUZA 4AWTA 2A6LA 2GOUA 3DH7A 4GC4A 1RV8A 2QF7A 1EB3A 4MFDA 1FDZA 4TX9A 4IMDA 3CEPA 4JXCA 5GVJA 1H61A 2V82A 3R89A 4IGHA 3PF3A 1GOXA 1LRNA 4GBUA 3TUUA 1WV2A 3IIPA 1KA9F 4YXGA 3C2FA 1WYIA 4XTIA 1JJKA 3W74A 4LU0A 2WJZA 1SO4A 4N9BA 4LUIA 3QJAA 1Z48A 3QPYA 2QDGA 3MYOA 5H2ZA 5EL1A 3STGA 3TQKA 3LGEA 5U7SA 3PBUA 5FF7A 4Z1CA 4IX2A 1W3TA 4EOUA 5L9FA 4UFKA 4AVFA 3IGUA 2R94A 3W1TA 3O05A 2NX9A 3LRLA 2CLKA 4OHQA 1K3UA 3G18A 1MSSA 3O1NA 1JUKA 1KTBA 3G1DA 2I14A 5K3VA 4ADTA 3PULA 1KFEA 3GXPA 1KM3A 4FEZA 4R53A 2E77A 3N9SA 4I7WA 3USBA 1F05A 3G3DA 4M19A 3WJSA 3MJYA 1KM4A 5F2GA 3U8GA 2PE4A 1Z41A 2QCHA 1K02A 2TYSA 1TO3A 1IGSA 3CC1A 2QUTA 2ZRVA 1TMHA 3P7YA 1SU5A 3W7DA 2C13A 1FCQA 5F4XA 3N9RA 5BW6A 1TTIA 1ME7A 3NO5A 3P81A 1SR9A 2C3ZA 5DY2A 1Z44A 2QCEA 1OYCA 3PM6A 1W37A 4LRTA 4Y8FA 4AHPA 4L4LA 3A24A 1W3IA 1WQ5A 1XDMA 2A7PA 4NT0A 5D09A 3QMTA 5IBXA 5C54A 5CPNA 3ELFA 3TW7A 5H91A 5K4XA 3PUEA 3W2UA 3ATZA 1NEYA 3A5FA 3C4UA 2V2DA 1X1ZA 4DO4A 3LCIA 3BLFA 3LHUA 2QJIA 4JTGA 1GPWA 3NOEA 3UY8A 2QJGA 1L6WA 4BR1A 2NUYA 5F4WA 4EVZA 2CZDA 4XTDA 2A7NA 4I7UA 4MYAA 5EA9A 1UUOA 2CLFA 3M47A 3DZ1A 1GQNA 3IIZA 3NGJA 3LX9A 3P5YA 3M9YA 5G4WA 2XN0A 3O63A 1AK5A 3NQ8A 4QM1A 1OVDA 1JCXA 4MLJA 3W7EA 1GVOA 1LYXA 2Y88A 4O10A 3HG4A 4OQVA 3SZ8A 3NQVA 5EPDA 3HG3A 4W9TA 3GDTA 2GJLA 1OYBA 1IIHA 2ZA2A 1K8YA 1LLZA 3W23A 3T40A 3W7KA 1FCBA 4LC8A 4IX0A 2V81A 1YPIA 3P60A 5G5IA 4JS3A 4L4MA 4FXRA 5HUOA 3GNDA 1LOQA 3GYEA 3B4UA 4ZVJA 1NFBA 5LSMA 3GX9A 3HGRA 1ADOA 1PS9A 1X8FA 4H4IA 4WOZA 1YTDA 4ICNA 2DU2A 1ZAJA 4UXDA 2IQTA 2Y61A 4RKAA 3TR2A 2PURA 1F6PA 1XBZA 3JS3A 1P5BA 1TPEA 2NWSA 1H7RA 3FKKA 3LHZA 4GUIA 2A2IA 1EEPA 3LHVA 3GVGA 5G2WA 3VE9A 3BGGA 3EWWA 3M16A 4LVAA 1TPH1 3HPXA 4LT9A 4Y6GA 4HSNA 3KXQA 1MEIA 5AC8A 3G0UA 5CPOA 2VC6A 2AAMA 1HFBA 2ZQ0A 1JRCA 4LS0A 5DLCA 2NUXA 5E0KA 5EBUA 1OFOA 2V2HA 3FOKA 5F1UA 2NXGA 3G1SA 3KOFA 2NLIA 3DFQA 2ZRZA 5CSRA 3QC3A 1JR1A 5G2IA 5I3KA 3S1XA 3R5EA 1Q6OA 3ABSA 3R13A 4IMEA 4XKYB 3W07A 4HPXA 1B9BA 1OHLA 2Y85A 3W1AA 3W87A 3UWUA 4RXFA 1GT8A 5K9CA 5FF3A 2RDUA 5DN1A 4BWLC 1XKYA 3KVMA 3LCXA 3TK7A 1QPRA 4AF0A 3PG8A 3FYOA 1GWJA 4HSOA 3UZ5A 3Q94A 4IJBA 1O5XA 2B4GA 1OX4A 3G1YA 3R2GA 3MUXA 2BXVA 4NUWA 1X6UA 2Q8ZA 5HR7A 3W73A 2TMDA 3HMJG 4FX7A 3LXAA 1LCOA 2VELA 1WOBA 1VCVA 1NSJA 1ME8A 3BVJA 1DQXA 2V2CA 1LRQA 5TIMA 1J2WA 1QR7A 4PA8A 3MHGA 2H6RA 4UFIA 3T7VA 5AHIA 4NJKA 3NPXA 3BG9A 1TV5A 3NVTA 2ZZ1A 1CI1A 3IV3A 3W1LA 3LCWA 1DORA 3NZRA 1R2RA 3CQ0A 1TV7A 2WO5A 4Z1DA 5KITA 3W83A 1RVGA 4QNWA 4JTSA 1B4EA 3STCA 5D05A 2NWRA 4XBSA 8TIMA 2C18A 4TMCA 4YL2A 2KZHA 4WOQA 1ZJIA 2QJHA 5FEWA 1X1OA 4LW7A 3LRKA 3WJWA 1PHWA 3WK0A 4J9JA 4MY8A 3NYZA 4DEFA 3THAA 3CU2A 3O6CA 5CG7A 2R14A 2ZA1A 3PG9A 5KMYA 1SUXA 1KTNA 4OV4A 2Q3OA 2FIQA 1K7EA 4MZ8A 3WK3A 2R8WA 3L0KA 1YPFA 3A5VA 4O18A 1H60A 2CLIA 4Q33A 4QAIA 1LORA 4NZFA 4NVTA 2CLOA 5IM51 4S2CA 2CLEA 3LLFA 2PRLA 2J9YA 4RV8A 4BFAA 2ALDA 3CTLA 3OVRA 1KM5A 1QDSA 4JD4A 2PRMA 3PSVA 5DXYA 4RZ6A 1XL9A 4UTTC 1KM1A 3F03K 4CQAA 3O07A 5CPMA 2QAFA 2CWNA 3W2JA 3W75A 5LHFA 1ICQA 3O15A 3NG3A 1H5YA 3GNNA 1EUNA 5HUPA 3NPUA 1VYPX 5D2XA 5LNVA 3EX3A 4RX0A 4IQLA 2NX3A 4EF8A 3B06A 2YYTA 3SGZA 4HIBA 3ZWSA 3TSMA 2NXHA 5DCEA 2JKPA 4WZHA 3CPRA 1PE1A 1BTMA 4UFJA 3HOJA 3TDFA 2Y62A 1LBFA 4GNJA 4Q32A 5AFDA 1XDLA 3W2KA 4RZ4A 4IUOA 3C52A 4KWVA 3W70A 3DXIA 2YXGA 2TRSA 3GAYA 1YDVA 5HWNA 2X1UA 5CSSA 1QMLA 1S5TA 3OVQA 4FNUA 4CQ9A 3NAVA 3PC0A 1O5KA 4X3ZA 3YPIA 2I1OA 1F6KA 2ATMA 1JUEA 2QUVA 3MO7A 4M6VA 4P61A 1TRDA 2E09A 4JYEA 2CLMA 4Z0SA 1OFPA 1Q3NA 3CIWA 1I2RA 3G8RA 4K8HA 3RFAA 2DZPA 3PUDA 2GVJA 1KV5A 2CZ5A 4JTLA 4JDYA 3IRDA 1N55A 2A1YA 2JGYA 4K39A 4CLMA 1GYLA 1VH7A 3RLVA 5D04C 4FIRA 3UWYA 3VE7A 2DZSA 3A23A 1H1ZA 1JQXA 4ADSA 4WD0A 1R2TA 3PBWA 3TAOA 4PL1A 3W7MA 1XFBA 4AHQA 2G97A 3W84A 1FQ0A 5LZLA 4K37A 3T4CA 3UY7A 3DI0A 4DPQA 2VEPA 3QQ0A 4GUFA 4UIOA 1HL2A 2ZRWA 1SSDA 4NXKA 3P84A 1PVNA 4NJGA 4O50A 1Q6QA 1KTCA 5EKYA 1GVQA 3EWYA 5C55A 3P62A 2JGQA 3HF3A 1TV8A 3CB8A 3QMRA 4Y9AA 2ZTJA 3DFTA 4HT3A 4O17A 4DPPA 4IPJA 3LXCA 5CZTA 1B4KA 1GEQA 2W0UA 3HO8A 2VEKA 4AXKA 4FO4A 4PCFA 1HO1A 1W5QA 3QF0A 2B0MA 2C0AA 3BARA 4WY0F 5AHMA 1FBAA 2DZTA 2HTMA 5MHBA 3QQ1A 3LOTA 1GTEA 2QCDB 5LHEA 5F1VA 3FA5A 5HR6A 4FXSA 3C0JA 4MIMA 1HUVA 1SO6A 1P1XA 5HJLA 4N02A 3E12A 4NJHA 1J5TA 2V8ZA 4A21A 2E5DA 3T44A 3TA6A 1LRTA 1W8SA 1YLVA 3FJLA 1O4UA 1QPNA 3BG3A 4JX5A 2NZLA 4IMGA 3OA3A 4H3DA 1KM2A 3QSRA 4O15A 2A0NA 5BRBA 2I9EA 3KRSA 1P0KA 1SFJA 3GKFA 3I68A 4UR8A 4UR7A 4UTWC 4YCPA 4Z08A 5FESA 3QW3A 5CZJA 1KM6A 5DBTA 3KX6A 4A29A 1K7FA 2DZXA 5DELA 2JKAA 3FLUA 2BSLA 3O8AA 3Q58A 3M6YA 4S1FA 4X2RA 5AC7A 3K30A 4LUJA 2AGKA 1H7OA 3QSTA 1F7BA 1GTHA 3GDLA 1G4TA 1QOQA 2WQPA 3FFSA 1N8FA 3G1HA 1C9DA 1CW2A 5D2WA 2X1RA 1L2UA 3NQCA 1JRBA 1SZFA 4O1AA 4O16A 4XKYA 3W72A 3NA8A 4O14A 4HNUA 5D30A 2QCLA 3DFNA 3WFAA 5CZSA 5FI8A 5C2XA 3GIYA 2Y63A 2HSAA 3E9AA 5D2YA 3VNDA 1EA0A 4BK9A 1VYRA 3BW2A 5D33A 4ALDA 5I3JA 1QFEA 3CEUA 4JYDA 3W7NA 5EYWA 1TPDA 4NNCA 1RPXA 2YGYA 4LRSA 1PIIA 1DKWA 1Y0EA 2VFDA 3TMQA 3I7RA 2VEIA 1DBTA 1H7NA 4FX6M 1A5CA 1EX5A 1YYAA 3W2MA 2NXIA 5F2MA 1M5WA 2J27A 3MP4A 1AL7A 1VC4A 4O28A 4O1DA 4KWWA 3LCHA 3UPBA 1ZAIA 4LVDA 2Y70A 3C6CA 2QCMA 1ZFJA 5DY3A 1T96A 2OT0A 2RKXA 3HGOA 4O1CA 3VFLA 3LTYA 2GQ9A 1PHQA 4K8EA 3GK0A 2XN2A 5I3HA 2RHGA 2O7SA 3TQVA 5HULA 4Q4KA 3FYPA 3GXTA 1IIGA 3W86A 2VFHA 2EHHA 3QH2A 1FWNA 3CHVA 2D73A 1OFBA 1GVRA 2JK2A 1DOSA 5KZMA 3W7OA 3SI9A 4CQ8A 3C2OA 3PUOA 4R34A 1AW2A 1DL3A 1ZALA 3NL2A 4EF9A 1A50A 4MY9A 4ZL1A 2HS6A 2BWGA 2ISWA 2HMCA 4O53A 3G24A 3GAKA 2B7PA 3QEZA 1TTPA 4ZMGA 3B0PA 1KBJA 4NX5A 5K9DA 3OEXA 3E96A 4XWUA 5BMXA 2Z6IA 4RK8A 3ZFHA 2EKCA 4X9SA 3MP3A 4LY8A 4G1KA 4LS1A 1H51A 1OX6A 1SO3A 1JVNA 1LTDA 1LBMA 3LBMA 2RH9A 4UTMA 1MEHA 4DF1A 1BWLA 3KRZA 4DF0A 5KZEA 3M7WA 1FDYA 1FXQA 2CZEA 2NX1A 3JR2A 1AG1O 3PB0A 1YXDA 4D2JA 3U6WA 1PCWA 1QPQA 3I65A 4K6AA 2DP3A 5SWUA 3RLUA 1ICPA 2O7QA 3NQDA 3UD6A 2WNNA 2WSRA 1I2OA 3WJXA 3TSBA 4YLWA 4JTTA 3S5ZA 1PV8A 4HNNA 5FEXA 4EIVA 5LNUA 4UFMA 1G6CA 1M7OA 5G1YA 3EXTA 3UNDA 1XCFA 2Q8LA 3GB6A 2DZVA 5AC6A 4ZQNA 2QCCA 1C29A 3BGJA 3TQ0A 4IPIA 4BWLA 1F76A 1D3HA 3UWWA 3W7CA 3S1WA 3I7QA 3GDRA 4MY1A 4AMAA 2QAPA 5K4ZA 1HO4A 2B7QA 2X2GA 2RFGA 3OBKA 4JTHA 5LGXA 4C1KA 3BO9A 1RQBA 2VOMA 4ZQPA 1THFD 1M7PA 2H8ZA 1Z42A 3B05A 3W1MA 1B3OA 1FWSA 1SZNA 3CT7A 3VI2A 3NEVA 2Z0IA 1H7PA 4TIMA 3M5XA 3CLMA 3BG5A 1KLYA 3F4NA 5J5RA 4JY8A 3INPA 4NX0A 2B7NA 2C1HA 3M43A 2E6YA 2C16A 1KLZA 3WJZA 4GWEA 5D2VA 1O94A 1L6YA 4XZ9A 5A8GA 1TPVA 4ZQRA 3GXNA 4HN4A 1G4SA 2ZZ3A 4C1LA 1DVJA 3LM7A 3A9IA 2Z1BA 1ZENA 3UXDA 1MZHA 4JEQA 4ZQMA 3W7RA 2H3DA 3KFTA 2GPTA 1G4EA 4JTFA 4UMCA 3S8HA 1IXPA 3IEBA 3W7HA 3LI1A 1OJXA 5LNWA 2QCDA 5D32A 2PC4A 4CCCA 1O60A 4GFSA 1JULA 1VCFA 1W5NA 4AWSA 3WK1A 3LV5A 4WY0A 5K9XA 2FDSA 4UUIA 1BKSA 3TW6A 3SECA 1FWRA 1E51A 1H63A 2E5CA 1VJIA 4RR4A 4MLRA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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