3EMQA

Crystal structure of xilanase xynb from paenibacillus barcelonensis complexed with an inhibitor
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
331
structure length
331
Chain Sequence
STEIPSLSASYANSFKIGAAVHTRMLQTEGEFIAKHYNSVTAENQMKFEEVHPREHEYTFEAADEIVDFAVARGIGVRGHTLVWHNQTPAWMFEDASGGTASREMMLSRLKQHIDTVVGRYKDQIYAWDVVNEAIEDKTDLIMRDTKWLRLLGEDYLVQAFNMAHEADPNALLFYNDYNETDPVKREKIYNLVRSLLDQGAPVHGIGMQGHWNIHGPSMDEIRQAIERYASLDVQLHVTELDLSVFRHEDQRTDLTEPTAEMAELQQKRYEDIFGLFREYRSNITSVTFWGVADNYTWLDNFPVRGRKNWPFVFDTELQPKDSFWRIIGQD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural insights into the specificity of Xyn10B from Paenibacillus barcinonensis and its improved stability by forced protein evolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacillus sp. bp-23
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase
total genus 115
structure length 331
sequence length 331
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2008-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3emqA00
3IANA 2AMGA 3EDJA 3GNOA 5C8BB 4AD0A 5A8OA 2JFEX 4TVUA 4HPHA 2PWDA 3BSHA 4X9YA 4FLQA 1PAMA 2WK2A 5E0FA 2VTFA 3D5HA 4A4AA 1Q6FA 2C8NA 3EDDA 6CGTA 2WC4A 3WQ8A 4D6CA 3LMYA 2XWEA 5IFTA 1BYCA 1X6LA 1RP9A 2WC7A 2CBJA 3UERA 2ZX9A 3WENA 4KRUA 2JEPA 2V5CA 4B9ZA 4GI6A 1GUVA 2J79A 1R85A 4UFMA 3VGGA 3W4RA 3MSDA 1B9ZA 1HP5A 1MFVA 2V5DA 2XHYA 1CXEA 5JIWA 4B16A 4TX6A 1W9DM 1HJSA 2QMJA 3M07A 4HZ6A 3OLIA 2YL9A 1V6YA 1UQZA 2CITA 2W67A 1E4LA 1U33A 1MW3A 4V28A 4M82A 4A3HA 4W7UA 1UH3A 3BLKA 2WMIB 2XVGA 1NP2A 3SUWA 3OGRA 3FAWA 2Y5EA 2EPMX 3KL5A 3ARUA 3GTNA 3OG2A 1J18A 5A8QA 1EOKA 3BAYA 5GQBA 2WMKA 1ISWA 2DSUA 1LL7A 2BFGA 3B9AA 1VFOA 3NCOA 4LYQA 2J7FA 4PMUA 3DYPA 5AY7A 4JL2A 2WVVA 4UCFA 2XVKA 1JZ6A 1J0KA 1ISZA 1TR1A 1UWIA 3VOCA 4J28A 3QR3A 1DWFM 1H09A 3WNKA 4JFUA 1Q6GA 5HOSA 1V3LA 3MMWA 1V6XA 1UD3A 1KXQA 1LWJA 5CSUA 1QI2A 1KBKA 3VIIA 1BG4A 3ARRA 2QPSA 1HJQA 4LXFA 3UG4A 1VFUA 1OGGA 3A4AA 4UTFA 4J3XA 4AIEA 5BXRA 4MPKA 2FHCA 3RM4A 4MB5A 4W87A 4V2XA 1WO2A 2EEXA 2CCRA 1UWRA 2VC9A 3OZOA 5IDIA 1SMAA 3UEQA 1FOBA 3A47A 5HPOA 3W6MA 2FHBA 1NM9A 1J0YA 4KRTA 4W93A 3NSNA 4JHZA 1HP4A 5IXEA 1XGZA 1B31A 4DM2A 1GOWA 4PRWA 1SYTA 2J74A 1JL8A 1B30A 2GJXB 3L4YA 2WCGA 1VEPA 1WZKA 3ZSSA 2WLYA 1B1YA 1JDCA 1OCQA 4HA3A 3T0DA 1BPLB 1IZKA 1CXKA 1F4HA 3VKKA 1KCLA 2VMFA 5D9PA 2PB1A 2XYLA 3LPFA 3SUVA 4X0NA 1QBBA 1ISVA 3WD4A 4B3KA 1TCMA 2XIBA 5I77A 2BY1A 2A3HA 2XFRA 3CZGA 1JZ4A 2ZXDA 5D9NA 1OIFA 1TA3B 3EYPA 5DT7A 4AXNA 4AY1A 4UQBA 4D71A 3DHPA 3UR7A 3L4TA 2BHUA 2E9LA 4DWSA 5I6SA 3MUIA 3ARPA 1W9PA 1HF6A 3MUAA 4ATWA 5BXTA 2DH3A 2O92A 1GHSA 4OBSA 5M3WA 1V0KA 3ARZA 3AYSA 1V3KA 1V3MA 1VIWA 2PBOA 1QOXA 1W91A 3S2CA 1XD0A 4GQQA 3ZJ8A 1C93A 2OLHA 2WYSA 4UZSA 5LYRA 2DGAA 1N82A 4GO9A 3RILA 1ZJBA 3DECA 3ARYA 1E55A 3CHFA 2EXOA 3AMGA 4Y7EA 1CZ1A 5LA2A 1DEDA 1Z32X 2D3NA 2OSYA 2VZOA 2ZUNA 1UH2A 4JL1A 1J10A 3RM8A 3ZSTA 1QI0A 1OD0A 1DTUA 4LPCA 2XFFA 5GPRA 1VJSA 3VVGA 5C70A 1QHZA 3KE0A 3GXFA 3AXXA 4UNIA 1W2VA 1PJ9A 3ARQA 1YQ2A 4WKFA 1JYXA 4CN1A 1BYAA 1XH1A 4MB1A 1BQCA 3VGBA 3VD3A 1JZ7A 1LLOA 1CWYA 1GOQA 1BYDA 2ZIDA 3K4DA 4U33A 1CXFA 2YLAA 2XM1A 1W3KA 2W91A 2GDUA 3VU2A 2WKLA 4UFLA 1GNXA 1OT1A 2YDSA 4F9JA 4KH2A 1AQMA 1M04A 4HZ8A 3ZJ6A 3AIVA 5DF0A 3AXIA 1BG9A 3SUSA 2F8QA 2DSKA 3OGVA 5CQ1A 1AMYA 1H3GA 5DFAA 2B31A 4AEFA 2FGLA 2JIWA 3WUFA 3AMLA 2RGMA 3MANA 3SUTA 1MVYA 3WNPA 1TE1A 2CPUA 4UQAA 3ZO9A 1QNRA 1OB0A 3ZQ9A 2FH6A 1FP9A 4DWSD 4ACZA 1QNQA 3RJYA 4UZUA 5CLWA 1BSIA 1UKQA 1W3JA 4PSRA 1DWIM 3APGA 1UD2A 4MNLA 2TAAA 4JAWA 1KGXA 1JZ3A 4KGJA 4TTGA 3T09A 2A3CA 2GSJA 1OT2A 2J7CA 1V0NA 4AD1A 3SURA 3IAPA 3MV01 4WF7A 1VEOA 1EDQA 1K9TA 4W8LA 1GOIA 1HKJA 2VZVA 3N18A 2UWFA 3PTMA 5ECUA 4W8AA 1OSEA 5FIPA 4RL3A 1XH2A 1HKIA 3WF2A 4UOJA 2X09A 3BSGA 2VX7A 3WEOA 1W3HA 4F79A 4CKQA 2J7EA 1E3XA 1JXJA 1HL9A 3CUGA 3VDHA 1UH4A 2PWEA 4M80A 3VM5A 2NT0A 3EDEA 2VOTA 3RO8A 1UG6A 2ZXBA 4TXEA 1NP0A 1M53A 4KWUA 1G01A 3PZTA 1V3HA 1JFHA 3AS0A 2WZEA 2J7DA 4OIFA 2O9OA 3WMBA 1C8YA 2CERA 3CZJA 5FL0A 4U2YA 2VCBA 1F4AA 1UR1A 5A6BD 2IXVA 3VPLA 1OGBA 1E6XM 1G0CA 2O9PA 1MXGA 5EMYA 3VMOA 3NDYA 4PCTA 1XD1A 2NW0A 1BVZA 3TTSA 2PWFA 1E43A 2W4XA 4AZBA 1VENA 3OZPA 2X1IA 4Z2JA 5DT5A 4HPGA 1X6NA 3QOKA 4HTYA 3RIKA 5I78A 1VJZA 4ZE4A 1CEOA 2Y2WA 4M56A 5CPSA 3GNPA 2YL6A 2JALA 3T2PA 4H8UA 1UKOA 1VEMA 2WZIA 4P7OA 4X0VA 1KGWA 1MQRA 5JBEA 4MJ2A 1GORA 4F8XA 5BYWA 2EPKX 3PZUA 1RH9A 3WF0A 1HN1A 3PBGA 3N13A 4ATDA 1ZS2A 4PUEA 2VUYA 3RMEA 3MSGA 4AYSA 4H41A 1J0IA 1BLIA 1C7SA 2CIPA 2DT1A 2WSKA 3OLEA 3RDKA 1WP6A 4RE4A 3W26A 5ABFA 3VGFA 4U5IA 3L4UA 4QCEA 3WQ4A 3BAJA 2XWDA 8CGTA 1CGWA 1HNYA 4AMCA 1E71M 1ZL1A 3CUFA 4FLRA 2WAGA 1E6QM 3T0AA 3AROA 2VNCA 3EMCA 4ZXLA 3GNRA 3VIOA 5AC4A 2WLZA 1JDAA 1I75A 3WH9A 1G9HA 2WMJA 2DSWA 3UR8A 1CIUA 3VX0A 3PZMA 1FP8A 1E70M 3GXDA 4BQ3A 1Q6CA 3K1DA 1U2YA 2VZSA 2YL5A 1WZAA 4TOQA 1TVNA 3ZIZA 1LL6A 3QHMA 4ML4A 1E0VA 3T0BA 4GIAA 3MMDA 5A2AA 1JZ5A 2WWDA 1E73M 3II1A 2J7HA 2XVPA 3RM9A 2X2YA 2VX5A 3SCTA 2VRKA 1JNDA 2ZWZA 4OUEA 2E40A 1HX0A 1R87A 1LG1A 4B9YA 2JF7A 1UR4A 5FD0A 3WDHA 1ZU8A 1QVBA 4XB3A 5D8WA 3WNLA 2CXGA 4OKDA 2WBKA 4CU7A 4JCLA 3W38A 2FH8A 4RE2A 3WELA 4E4PA 1UD8A 3WH6A 1QW8A 2WMGA 3VD5A 1HKKA 4U3CA 2RGLA 3OA5A 1HKMA 2E3ZA 4GO8A 1C8QA 1HVQA 4IM4A 5IHSA 4CU8A 1B3WA 3BAKA 2EPOA 3A4WA 1K9FA 1PZ3A 1V03A 3LPGA 4UQ9A 4MNKA 1UWTA 5ABEA 2D23A 3CMGA 1KWGA 4LQ1A 3TONA 4E8CA 4EE9A 1E9LA 3VX1A 2ZUTA 4OJYA 3TTOA 2DSZA 2J78A 1W1VA 4D6IA 4TTUA 3WEMA 4MB3A 4B15A 4UFHA 4QLKA 1AQ0A 1BHGA 1LWHA 1MWOA 2XGBA 4OOZA 3ZJ7A 1DWAM 1BAGA 2D3LA 4CCDA 1E6NA 1FHLA 2C7FA 2VX4A 2VURA 1UA3A 4ATLA 3WUBA 3WDPP 5LA1A 2OWCA 4M1RA 1XSIA 2G8ZA 1TVPA 1WB0A 4CN4A 2VX6A 1B3XA 2BNJA 5F7UA 4NRRA 4UFIA 1WDQA 3EMZA 1ISYA 1GPFA 1QHOA 3NYDA 4PTVA 4QP0A 1Q4NX 4W5ZA 4HOZA 2WPGA 1ZJAA 3AS3A 1U30A 2ZX6A 3WDQA 1E0XA 4ACYA 4U3AA 1RD6A 3VDBA 4AZ6A 2YA2A 4D6EA 2DIJA 4W85A 4WJXA 5AYBA 4P7QA 4PTXA 3AIQA 3VTRA 5EB8A 3N11A 1ZBVA 4CD7A 1GJWA 3ARXA 2DH2A 1UD6A 3B8SA 3MUZ1 1DWJM 1WKYA 2VO5A 1NOUA 3WFLA 1TMQA 4Q22A 4XZWA 1JFXA 4NRSA 5E6ZA 4C7FA 3AMKA 3KL3A 4CGTA 2GK1B 4Z2GA 3I3DA 4HA1A 1B3YA 2D22A 1UQYA 3GBDA 2YBUA 4MADA 3HJEA 4U31A 4BA0A 1EDGA 1WDSA 2VI0A 2JEQA 3AS1A 2WZHA 1H0IA 3WQVA 4AD2A 1DP0A 1HJVA 4XV0A 3CZKA 1B3ZA 4K68A 1KXVA 1WZMA 2FDMA 4JZ5A 3T2QA 5A2BA 1LJYA 4BQ4A 1JYWA 1L8NA 1KQYA 4MAVA 3VIJA 4CD8A 2XFYA 3NDZA 1PX3A 2VJXA 1MXDA 3PTQA 3ARSA 3VUPA 1WAWA 4BF7A 2GJXA 4HA4A 4JHOA 1M03A 8A3HA 2QMKA 3CUHA 4IPNB 1PBGA 4D1JA 1K9DA 1J01A 1E5JA 3E1F1 3AIUA 4Z2LA 2ZE0A 4JKLA 3VD9A 3VIFA 5JBDA 3ZT7A 4D6HA 3ZT5A 3L4XA 1V3JA 2ZXAA 4PMXA 1S46A 2WW5A 2OYMA 5I79A 1OD8A 3MU7A 2FGZA 4HU8A 4XUYA 1TA3A 3WQ5A 3CZEA 1W2PA 3W29A 1PX4A 1WCGA 4CVWA 2VVNA 3LPOA 4CD6A 1V02A 2WHMA 2BVYA 5C71A 3CIVA 2F2HA 4MNJA 3VIGA 2CYGA 3AICA 3FHQA 1TFVA 1V08A 4JFVA 4PMVA 3N17A 2OYKA 4FLSA 3SEPA 5HBFA 3UCQA 3SCSA 3DC0A 4CCEA 2Y4SA 3W25A 1NWRA 1CECA 4ZE5A 5HXMA 1J9YA 3PN8A 5JBFA 3THDA 4JIEA 3W6LA 3AIRA 3TA9A 2XSBA 1XRVA 4MDOA 4P8UA 2D20A 4YHGA 4DUXA 4AISA 2WNWA 2GDVA 5A8NA 3TTYA 5TD4A 4W86A 1EQCA 4DWSC 1QW9A 3MS8A 3ARWA 3WIJA 4AZCB 4NZCA 3SIMA 1M7XA 3UG3A 3QOMA 3WDRA 2E0PA 3THCA 7TAAA 5CZKA 4M29A 1ITCA 4P7NA 2WVTA 5DO8A 1CTNA 1HT6A 1W9VA 2DSVA 3IAQA 4QLJA 1R8LA 1KR1A 5ABGA 2HVMA 4U5KA 2JF6A 5CSYA 3N12A 2WWCA 2ZUMA 4EKJA 1JD9A 3IJ7A 4KMQA 5A6BA 2WHKA 1WDRA 1O6IA 1KQZA 3CBWA 1LQ0A 2ZX7A 3T08A 4HMDA 3AS2A 1JDDA 2O9TA 4W88A 3VGHA 1CPUA 4P7RA 2CHOA 3CMJA 4MDPA 2CKRA 3CZLA 1WE5A 2AOSA 2D24A 3OGSA 5BRPA 4M8UA 1W1PA 2ZOXA 1GOOA 1Q6EA 4Z2KA 1VAHA 2XGIA 4AEEA 4M24A 2CESA 2VCCA 3S6TA 3WD2A 3ZT6A 1JXKA 4A3YA 4AZIA 1A3HA 4EANA 2E9MA 1SMDA 3D3AA 2VRJA 1W9XA 2GJRA 2J4GA 2ZUUA 3CO4A 6TAAA 3K8KA 3AOFA 1CGUA 3M7SA 4YHEA 4J3UA 2BS9A 2CBUA 3WKZA 3KEHA 1UD4A 3VD7A 3EDFA 1V6WA 1XSJA 1P6WA 2VL4A 5HDRA 3ZMRA 1UR0A 1XCWA 4WIWA 1UKPA 3VD4A 4D6GA 3A3HA 5FOOA 1W32A 2W62A 2EPNA 5A6SA 3GBEA 1EH9A 2WC3A 1GJUA 1TUXA 2DT3A 3AIWA 5E6YA 3BCDA 3VO0A 1QNSA 3ARVA 3PHAA 4V27A 4PN2A 4TVDA 1KR0A 3EDKA 4LYRA 3A4XA 1VBUA 4AZ7A 2WKGA 2BXZA 2W92A 1PIFA 1QI5A 2CETA 2HISA 1K6AA 2CBVA 1GVIA 3FHAA 3I3BA 4GZEA 4IISA 2UY3A 4CUCA 1KXTA 4XZBA 3VM7A 2EJ1A 3NSXA 1L0PA 1HIZA 2J8FA 1R86A 1GQLA 1UKSA 4AWEA 4J3SA 1J0ZA 3NSMA 1UR9A 3WBAA 5E09A 3SUUA 4MNMA 2NSXA 1LF1A 4D6FA 2YA1A 1JZ2A 1YHTA 4EK7A 2BXYA 5I2UA 2BHZA 3K46A 3PZNA 2XPKA 4KGLA 4E8DA 2X0YA 2XIIA 1Q6DA 5EFDA 3VNYA 2Q8XA 4PTMA 1UWSA 2D0GA 4BCEA 1QNOA 2VR4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3IAN A;  2AMG A;  3EDJ A;  3GNO A;  5C8B B;  4AD0 A;  5A8O A;  2JFE X;  4TVU A;  4HPH A;  2PWD A;  3BSH A;  4X9Y A;  4FLQ A;  1PAM A;  2WK2 A;  5E0F A;  2VTF A;  3D5H A;  4A4A A;  1Q6F A;  2C8N A;  3EDD A;  6CGT A;  2WC4 A;  3WQ8 A;  4D6C A;  3LMY A;  2XWE A;  5IFT A;  1BYC A;  1X6L A;  1RP9 A;  2WC7 A;  2CBJ A;  3UER A;  2ZX9 A;  3WEN A;  4KRU A;  2JEP A;  2V5C A;  4B9Z A;  4GI6 A;  1GUV A;  2J79 A;  1R85 A;  4UFM A;  3VGG A;  3W4R A;  3MSD A;  1B9Z A;  1HP5 A;  1MFV A;  2V5D A;  2XHY A;  1CXE A;  5JIW A;  4B16 A;  4TX6 A;  1W9D M;  1HJS A;  2QMJ A;  3M07 A;  4HZ6 A;  3OLI A;  2YL9 A;  1V6Y A;  1UQZ A;  2CIT A;  2W67 A;  1E4L A;  1U33 A;  1MW3 A;  4V28 A;  4M82 A;  4A3H A;  4W7U A;  1UH3 A;  3BLK A;  2WMI B;  2XVG A;  1NP2 A;  3SUW A;  3OGR A;  3FAW A;  2Y5E A;  2EPM X;  3KL5 A;  3ARU A;  3GTN A;  3OG2 A;  1J18 A;  5A8Q A;  1EOK A;  3BAY A;  5GQB A;  2WMK A;  1ISW A;  2DSU A;  1LL7 A;  2BFG A;  3B9A A;  1VFO A;  3NCO A;  4LYQ A;  2J7F A;  4PMU A;  3DYP A;  5AY7 A;  4JL2 A;  2WVV A;  4UCF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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