3EMZA

Crystal structure of xylanase xynb from paenibacillus barcinonensis complexed with a conduramine derivative
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
331
structure length
331
Chain Sequence
STEIPSLSASYANSFKIGAAVHTRMLQTEGEFIAKHYNSVTAENQMKFEEVHPREHEYTFEAADEIVDFAVARGIGVRGHTLVWHNQTPAWMFEDASGGTASREMMLSRLKQHIDTVVGRYKDQIYAWDVVNEAIEDKTDLIMRDTKWLRLLGEDYLVQAFNMAHEADPNALLFYNDYNETDPVKREKIYNLVRSLLDQGAPVHGIGMQGHWNIHGPSMDEIRQAIERYASLDVQLHVTELDLSVFRHEDQRTDLTEPTAEMAELQQKRYEDIFGLFREYRSNITSVTFWGVADNYTWLDNFPVRGRKNWPFVFDTELQPKDSFWRIIGQD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural insights into the specificity of Xyn10B from Paenibacillus barcinonensis and its improved stability by forced protein evolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacillus sp. bp-23
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase
total genus 133
structure length 331
sequence length 331
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2008-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3emzA00
1E6XM 1E3XA 4UQDA 1UR8A 4Z2IA 1MQRA 3N04A 2EBNA 1UH3A 3M7SA 4IM4A 2BXYA 3CO4A 2A3CA 3NSMA 4WKFA 1GORA 1E40A 1V3HA 1XCXA 1CWYA 2DIJA 3THCA 1LLOA 1EDQA 1V6YA 2JALA 1VRXA 5JBDA 5CPTA 5A6MA 1OD8A 3MUY1 3MUZ1 3SUSA 4OIFA 2D0GA 1M04A 4GO8A 2VX5A 5A95A 5AC5A 1KGUA 5I6SA 2G41A 4ZENA 1GUVA 1FP8A 3UEQA 3FAXA 3N18A 2WMFA 2PC8A 4BQ3A 4ZEPA 5FCZA 1EA9C 5LYRA 2F61A 1QNPA 1QNRA 4J3XA 2DH2A 4D6HA 4U3CA 3WD4A 4EAMA 2DSZA 4BF7A 1BHGA 1GQJA 3A6OA 4PMXA 3SUVA 1TUXA 1AMYA 3AIBA 2G3IA 4WIWA 1QOXA 1EQPA 2JE8A 3BC9A 3O6AA 1L0PA 2BHZA 2VTFA 1JXKA 2ZX5A 3WF4A 1KBKA 3AHVA 5BXRA 1JL8A 5HOSA 2WMHA 1QNSA 4UTFA 4CUCA 3AS2A 3NUKA 1JDAA 4PCTA 4U5IA 3EDDA 2JIWA 4CD5A 2VNCA 4W89A 3WEOA 4P7QA 4QAWA 4UQ9A 2GUYA 2UY4A 4CU7A 1E0WA 1KB3A 5DF0A 3ZJKA 2C7FA 1GOKA 4ATDA 2ZX9A 4UFLA 4UQAA 1CGVA 4HOZA 3SIMA 2OSYA 2RGLA 3RJYA 1E4NA 1RD6A 4AW7A 1WDQA 1W1PA 1W2PA 4AIEA 5GNXA 3LPPA 2ZUUA 3ZT7A 1B3WA 1V08A 3NJ3A 3WELA 1CXEA 2E9MA 1UR1A 4A4AA 4W8BA 4D6IA 2O9OA 4MNMA 1PIFA 3OB8A 4L4PA 2OWCA 1R8LA 2WZHA 5A69A 3B9DA 3GM8A 4HMEA 2X8RA 4P7OA 5CLTA 3WH8A 3B9AA 4XV0A 2D23A 5BWFA 3KL0A 3RPMA 3WMCA 4AZCB 1H49A 3T0DA 4X9YA 2WMKA 1G0CA 1QI3A 5D9NA 5I5RA 2EEXA 1XHGA 3GNPA 4MPKA 4QLJA 3BCFA 5BXSA 4IPLA 1CGXA 1W2VA 1LG2A 4NF7A 2WXDM 1QI4A 1XSKA 4HA1A 4MDPA 3AJ7A 3WEMA 5E0FA 4CU8A 4KGLA 3CIVA 2YKKA 2PWDA 1OD0A 1NWRA 7A3HA 4JL2A 4PRWA 4MAZA 2XG9A 1JGIA 2XVPA 3W26A 3S6TA 3CUIA 4ZE5A 5E6ZA 4MDOA 1W9UA 2YL9A 1JZ7A 2WW5A 5JBFA 1SMDA 1C91A 2D22A 1VEOA 4PMQA 3AMCA 1JZ2A 4AZ5A 4PMYA 3WENA 2BV9A 2VC9A 4PUDA 2WVVB 3BSHA 3U5YA 4Z2GA 5IFTA 3K1DA 1MQQA 1QPKA 1W1VA 4W8LA 2Y4SA 1E0VA 2XGBA 2C0HA 1BQCA 3WH7A 3JUGA 1D7FA 1DWFM 1IZKA 3RO8A 4PMUA 1C8XA 1JIBA 4DWSA 1MW1A 5D8ZA 5JIWA 1EO7A 3ZMRA 4MNJA 1J18A 2PWGA 2QMJA 1VEMA 2CIPA 3RM4A 3AQUA 4UOZA 1FHLA 1GQIA 1DWIM 1CGYA 2WZIA 1XYZA 1ODUA 2E3ZA 3RM9A 3N15A 3IK2A 4QLLA 1JZ5A 4GZJA 3OBAA 3OGSA 1E9LA 1ZBKA 3VIOA 2XYLA 2FGLA 4Q22A 2HISA 3MV11 5M3WA 3WF0A 1OIFA 5I79A 1BVNP 1R86A 3WNLA 3MKKA 2VX4A 1CXKA 1PEZA 1JD7A 1QNOA 3APGA 4W87A 3WQ4A 2UY2A 2YLLA 4NSBA 2XVLA 3VMPA 4JIEA 4FK9A 4GI6A 1DWJM 4FMVA 4AZ7A 1F4AA 1SYTA 1ISVA 3WNPA 1WP6A 1LF1A 3T2QA 1BYAA 4AEFA 5E09A 2BNJA 4B9YA 4GPNA 5D4YA 1EHNA 3OLIA 3SUUA 3ECQA 3SUWA 3IJ9A 1DTUA 4ATLA 4DUVA 1HX0A 2AMGA 4E4PA 3W0KA 2CHNA 4WLCA 4FLRA 2JFEX 3CH9A 4JCLA 3WH5A 5A8MA 1IV8A 1JZ3A 1UKSA 1BF2A 4M29A 4URIA 4S3JA 2DSKA 1HJWA 1V6UA 3KE0A 4GZEA 3WY1A 3QHMA 3VIKA 3SCSA 3ARTA 3SCVA 4UFIA 1VIWA 3ARRA 4TXEA 2BY0A 1E43A 3II1A 1OGBA 1XYFA 4C7DA 3BH4A 4WKAA 1JZ4A 2FHCA 3VX1A 1W9PA 1KR1A 2J7DA 2J7HA 3VOCA 5M5DA 3EMQA 4UR9A 4ZFMA 5IDIA 1JF5A 2D24A 3N1AA 2WC7A 2PWHA 2WMIA 5I78A 4V2XA 2PBOA 4HOWA 3F5LA 4JHOA 3IAPA 4DM1A 1E6SM 5CSUA 1CYGA 4M82A 1Z32X 4M24A 1GVYA 1HKIA 3EDEA 5BRPA 3AIEA 3L2LA 2JIEA 3CHDA 3SCQA 5CGTA 4S3KA 4Z2KA 3LPOA 4CD7A 1LQ0A 3WDHA 1W9VA 4QP0A 1FA2A 1TR1A 2ZUSA 1LJYA 3WF1A 3VX0A 1LG1A 2D20A 3UERA 1OGGA 2YBUA 1E3ZA 3PTKA 2DT1A 1H0IA 4Z2LA 5I24A 2PI6A 3TTQA 1PX3A 3WNMA 3DYPA 3GXIA 4PTVA 1MW2A 4AYSA 4J3TA 4F79A 1ITCA 3WD0A 1W3HA 4QFUA 2WKGA 2W4XA 5A6AA 3PHAA 4B9ZA 4M8UA 2WHLA 3AI0A 4CCDA 1NP0A 3QHNA 5LA2A 2XPKA 3WDPP 1JYVA 1E71M 3CMGA 1JYNA 3TP4A 3AYSA 2YA1A 4HA3A 4WJXA 3IANA 4ZXOA 2YL5A 1JAKA 2X0HA 4Q7NA 4PTWA 5C71A 3W28A 4AEEA 4P7LA 3PZNA 2E8YA 2CPUA 2Z1SA 3WH6A 4D6GA 4H7VA 1JZ6A 1E0XA 3OLDA 1C8YA 3CZEA 1CLXA 1DP0A 2ZICA 2V5DA 1HF6A 1TCMA 3WNKA 4CVUA 3CUJA 3WN6A 1TA3B 5BROA 1TE1A 3W24A 1VFMA 1NOWA 4EE9A 2WKLA 4W86A 4CD8A 4ZXLA 3AIQA 2D0FA 3CHCA 4UCFA 4NI3A 3E1F1 1E4IA 4UOQA 3OG2A 3PTMA 3AIWA 2CERA 1IT0A 1D3CA 2GJRA 3CZLA 4E2OA 3CZJA 3VTRA 4AZIA 3W25A 1VBRA 5JBEA 4HZ7A 5I3DA 4JFVA 1QHZA 2W5FA 2YLAA 5A6LA 4CVWA 5C8BB 2XGIA 1KFWA 4PMRA 1TG7A 5EB8A 2XM2A 3QR3A 3AMKA 4HOXA 1BG9A 3WD2A 1V6VA 1H2JA 1C93A 2WVUA 5DFAA 1MXGA 3OZPA 3POHA 4YHEA 2ZXAA 2D1ZA 5A2CA 1Q6EA 3MUAA 5CSYA 3DECA 3A4XA 2YDQA 1KR0A 2E40A 3LPFA 1VB9A 1WKYA 4E8CA 3PZOA 3OZOA 1W1TA 1B31A 1K6AA 5A3HA 6TAAA 2VCBA 1ZBWA 3ARZA 1WCGA 5A8NA 1LWHA 5DO8A 3VD5A 1GOOA 1B9ZA 3PZMA 3PZUA 3VIHA 4AIUA 1UKQA 1XC6A 1HP5A 2WM0A 1E4LA 2XWDA 5FKYA 5FD0A 2G3JA 1EO5A 5E9AA 4CGTA 1WZMA 2BY3A 4TVDA 3AHZA 1H1NA 4UFJA 2X2YA 1X6NA 1ZBCA 1QW8A 3DYMA 2V5CA 2WC3A 1V03A 4FLSA 1S46A 2YBTA 2FH8A 3L4YA 2ZWZA 5FL1A 1NOFA 2UY5A 4J3UA 4AIOA 1PX4A 3ZQ9A 1FOBA 1WB0A 4P8UA 1V3KA 1E1EA 1ZU8A 2WNWA 4V28A 1GZJA 3T0BA 3ZJ8A 3RDKA 1WAWA 3VMOA 4W5ZA 2CKSA 3CTTA 1FH7A 1QW9A 4JHZA 4UFKA 1E6QM 2Y8VA 3GH7A 4GI8A 3SCTA 3F4VA 2PF0A 4MB3A 4PCSA 1ZJAA 5DMYA 1VFUA 4WKHA 1HJVA 3ARYA 3I3DA 2E0PA 1NWTA 5BXPA 1GOMA 3BMVA 4OBRA 5A8PA 4A3YA 5BYWA 1B3VA 3WSUA 4V27A 1RP9A 1Q6CA 5DT7A 2ZUWA 2DEPA 3ZM8A 4D71A 3NYDA 1CEOA 1HL9A 1J0ZA 2OYKA 3WUBA 4W8AA 3L4ZA 2WSKA 3W82A 2EPOA 4D6DA 1B3YA 4UFMA 3VIGA 1DWHM 1HVQA 4JFWA 2CKRA 2ZXBA 3OA5A 2WSPA 4KWUA 3MO4A 2FHFA 4LQ1A 4W7WA 2VR5A 1ISWA 1RH9A 3K4AA 2J4GA 4PEEA 5IHSA 4MB4A 3OLGA 3CGTA 4AY1A 1E72M 3L4WA 1BSIA 1XCWA 1M01A 1E5JA 1TZ7A 3CUFA 1B3ZA 4U2ZA 4W88A 1GJUA 2WVTA 3WNNA 3GBDA 5CLWA 1OBAA 2FH6A 2XHYA 3WIJA 1RP8A 3THDA 3AHTA 3W38A 1QHOA 1W9BM 2XIIA 2CHOA 2XSAA 1XH0A 3M07A 3O2LA 4DWSD 4RL3A 5KZ6A 2J78A 3VD7A 3ALFA 1G94A 3AXXA 2W66A 1AQ0A 1E6RA 1A3HA 1XD0A 1FFRA 3L4XA 4F8XA 1H0GA 4YPJA 1CGWA 3B8SA 1BGAA 2CESA 2O9PA 4LXFA 1G1YA 2FGZA 3ARUA 5I77A 1BYBA 1V0MA 4DWSB 2EXOA 3WNOA 5M17A 1BGGA 1UQYA 2DGAA 2ZOXA 3KZSA 1E56A 3VD9A 4UOJA 5A6KA 1XRVA 3GNRA 3MV01 2OLHA 2EPMX 1UH4A 4M1RA 2OSWA 2TAAA 5CPSA 3TTSA 3ZR5A 4AXNA 5EBAA 1XSJA 3UG5A 4RE4A 1KCKA 1QVBA 1LWJA 4PMNA 1ECEA 4KMQA 4OOZA 1HIZA 2WZEA 2XFYA 3CHEA 3FNDA 1SMAA 3K8KA 2BFGA 3CMJA 3AFBA 3WD1A 2GDVA 3GH5A 1KWGA 4CN1A 1W1YA 2EO7A 2CBUA 2CBJA 1J0JA 2WHMA 3UETA 1VAHA 3AZRA 3WMBA 4MAVA 4DUXA 3U7VA 1UHVA 1HJQA 1UZ1A 1AQMA 1W9DM 3CLWA 4AD4A 1UUQA 4D6FA 1H11A 2J62A 5AYIA 5GPRA 1HJXA 1G9HA 4QDMA 3GBEA 1WZAA 3AYRA 3K4DA 4W84A 1W32A 2VJXA 1LL6A 2Y2WA 4Z2HA 1WDRA 1CGUA 3MSGA 1GHSA 1O7AA 1VFFA 2QF8A 2ZWYA 2VI0A 1MFVA 3RIKA 1ESWA 2WLYA 2Y8KA 2JF7A 5GNZA 4WSKA 4P7RA 3UG3A 3O9NA 3TTOA 1JNEA 1U33A 2A3EA 5CGMA 4U31A 1XGZA 2ZUVA 1V02A 2VCAA 3A3HA 2DT2A 1CXFA 4RE3A 4DM2A 2CYGA 2EPLX 2X09A 3VGGA 3WF2A 1KQZA 1UH2A 1PJ9A 3DHPA 2WMIB 1E55A 3ARQA 2PWEA 4HZ6A 3QGVA 1OINA 3HN3A 3VGHA 1R7AA 1NARA 2YOCA 2HVMA 4EANA 4M80A 3WDQA 5D9MA 3FXYA 4R5EA 2GK1A 5FOOA 1KGWA 3NSXA 1V0NA 1E4MM 1L8NA 3T0AA 2XVKA 3EDKA 3RCNA 2WVVA 4ACZA 3AOFA 1QNQA 4XX6A 3AISA 1US2A 4UZUA 4GIAA 4LYRA 6CGTA 3HU7A 4AC1X 3VGFA 4FLQA 4N42A 2XFFA 2J79A 2W62A 4AZGA 3HMCA 2D2OA 2E9BA 4JKMA 1KXTA 4JZ5A 3WL1A 5A94A 4PMVA 3M46A 4CU6A 1ITXA 3WDIA 1BVZA 1J0IA 4PTXA 1GJWA 2YDRA 3WBAA 2WHJA 3VM5A 4GO9A 2DSUA 4QCFA 1B0IA 3GYCA 1ZB5A 3MS8A 1KXVA 2ZE0A 1UWQA 1UR0A 3VDHA 4P7NA 5IFPA 1XSIA 4MJ2A 2XWEA 3AHXA 3GXFA 2DT0A 3VKKA 5A2BA 1HKKA 4H04A 2WK2A 1VFOA 1GQKA 1CNVA 2VRKA 2Y24A 1C92A 2YL6A 2J77A 1LL7A 2IXVA 2DIEA 3W6LA 3W29A 2WCSA 3WH9A 1EGZA 5LA0A 2ZXDA 3ARVA 1G5AA 1A47A 1FH9A 1D2KA 1N82A 3RILA 4B15A 3PN8A 3AIVA 4WK9A 4MTVA 4OJYA 2CXGA 2WMGA 3ZJ7A 1JI1A 1V3IA 1FFQA 4OOUA 3EBVA 2VL4A 1DWGM 2YL8A 4AD3A 2DSVA 3MANA 3MMUA 4W85A 5EFFA 4AZBA 3BAWA 1YQ2A 1BG4A 3WQVA 4C7GA 2WYSA 3ZSSA 1WDSA 4B3KA 1CZ1A 7TAAA 4PTMA 3LMYA 4MB1A 2WHKA 1P6WA 2J8GA 4ATWA 1CECA 3ZSTA 2WB5A 4UQBA 4PBGA 3WQ8A 1JDDA 4D72A 1ZJBA 4CKQA 5E0CA 2GFTA 3VVGA 1UOKA 1MXDA 3VILA 1SR0A 4J28A 2DT3A 4M81A 2CBVA 3QHOA 1GVIA 1V6XA 2WBGA 4H8UA 2XVNA 2E8ZA 1BYDA 3EMZA 4WSJA 4HMDA 3PTQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1E6X M;  1E3X A;  4UQD A;  1UR8 A;  4Z2I A;  1MQR A;  3N04 A;  2EBN A;  1UH3 A;  3M7S A;  4IM4 A;  2BXY A;  3CO4 A;  2A3C A;  3NSM A;  4WKF A;  1GOR A;  1E40 A;  1V3H A;  1XCX A;  1CWY A;  2DIJ A;  3THC A;  1LLO A;  1EDQ A;  1V6Y A;  2JAL A;  1VRX A;  5JBD A;  5CPT A;  5A6M A;  1OD8 A;  3MUY 1;  3MUZ 1;  3SUS A;  4OIF A;  2D0G A;  1M04 A;  4GO8 A;  2VX5 A;  5A95 A;  5AC5 A;  1KGU A;  5I6S A;  2G41 A;  4ZEN A;  1GUV A;  1FP8 A;  3UEQ A;  3FAX A;  3N18 A;  2WMF A;  2PC8 A;  4BQ3 A;  4ZEP A;  5FCZ A;  1EA9 C;  5LYR A;  2F61 A;  1QNP A;  1QNR A;  4J3X A;  2DH2 A;  4D6H A;  4U3C A;  3WD4 A;  4EAM A;  2DSZ A;  4BF7 A;  1BHG A;  1GQJ A;  3A6O A;  4PMX A;  3SUV A;  1TUX A;  1AMY A;  3AIB A;  2G3I A;  4WIW A;  1QOX A;  1EQP A;  2JE8 A;  3BC9 A;  3O6A A;  1L0P A;  2BHZ A;  2VTF A;  1JXK A;  2ZX5 A;  3WF4 A;  1KBK A;  3AHV A;  5BXR A;  1JL8 A;  5HOS A;  2WMH A;  1QNS A;  4UTF A;  4CUC A;  3AS2 A;  3NUK A;  1JDA A;  4PCT A;  4U5I A;  3EDD A;  2JIW A;  4CD5 A;  2VNC A;  4W89 A;  3WEO A;  4P7Q A;  4QAW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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