3EX2A

Human orotidyl-5'-monophosphate decarboxylase in complex with 6-cyano-ump
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
MELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Lys314 is a nucleophile in non-classical reactions of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Orotidine-5'-phosphate decarboxylase
total genus 98
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2008-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ex2A00
1XXXA 1SO5A 1QPNA 3G0SA 3W7LA 5G4EA 1VZWA 1JCJA 1JUEA 1BTMA 3MMTA 4CCDA 1KM0A 3S1UA 1VLWA 5AN7A 5J5RA 3FIGA 1W5PA 2ZA1A 2GJLA 1WQ5A 3IGSA 2I9EA 4HNTA 2OJPA 1H7PA 4N6FA 3EWXA 3MHUA 3AJXA 2Y7FA 5D2VA 2X30A 4O57A 1GYLA 4RCXA 2QAFA 4FNUA 3TK7A 4B5NA 4NVTA 3CIXA 1VYSX 2XN2A 1JCLA 5CPMA 1QAPA 3DKLA 3RLVA 4L4MA 4Z1CA 2ISVA 2TYSA 1FCUA 1ZY9A 3AO0A 4M6QA 1G4EA 1MEIA 1B3OA 3N2MA 2J88A 3DH7A 4JD4A 3P8IA 1GT8A 3P60A 3KVJA 3W83A 3INPA 3O1NA 1GG1A 1GZGA 3NM3A 1OFRA 1EUNA 4IMCA 2VXNA 2DORA 2A6NA 4QNEA 3HPXA 3S42A 4O17A 4H6KA 3NGJA 1ZAHA 4LUIA 4ZVJA 1QPQA 2B0MA 3GYEA 4IPIA 3IIOA 2YYUA 4Z0JA 3W2UA 3NQ7A 3M43A 5HWMA 4JYFA 3BG9A 5HWNA 4NX0A 2VC6A 5D02A 3O05A 4FO4A 3KRSA 4OHQA 4WY0F 3YPIA 3N19B 5D2TA 4LT9A 5I3KA 3M6YA 3W7NA 2V5BA 3TSBA 2FPTA 3DFPA 1N55A 1T96A 1DBTA 3BW4A 3DGRA 3HIJA 3R13A 1F5ZA 2ZZ3A 2WNZA 2RDTA 1DJNA 4U28A 5AB3A 3TQVA 2OT1A 5DBTA 2JGQA 4MFDA 1NFBA 2NUYA 1LM1A 3W2MA 4YLWA 4HHPA 3TW7A 3STGA 2EGZA 2GOUA 2QCDA 4R34A 3M5ZA 3DFOA 4WD0A 5LNSA 5BNKA 2E6DA 1OK6A 4A22A 1DOSA 2V82A 4UFIA 2QCMA 3C6CA 3W23A 2Q8LA 1BEUA 1LLZA 3LX9A 1I2NA 2WSQA 3LTPA 3MUXA 3IVTA 4NJJA 3TUUA 3M44A 4O8RA 1H61A 2TMDA 5I3FA 1F74A 4GNJA 1YXCA 3QRHA 3R5EA 2A7NA 4JTHA 4PFMA 1W3TA 3OG3A 5DCEA 5EL1A 1AMKA 2TSYA 4GXMA 2CLOA 1OFAA 3TXVA 3WFAA 3BLEA 3MWAA 3DBPA 1MZHA 4UNLA 3A9IA 1CI1A 2VKZG 3WJWA 4PH6A 1KLZA 4XBKA 1TRDA 2C19A 4OWGA 7TIMA 2A21A 1G67A 2FB3A 4NXKA 4UTHA 2ZA3A 4KFPA 4LC8A 4JDBA 4OV4A 3NQFA 1XC4A 1VC4A 1YDNA 5EMUA 3T55A 1G69A 4N2YA 1FY6A 3DFSA 4GE8A 5CKSA 4I7UA 1GVOA 3QH2A 2NUXA 3PF3A 1XM3A 2E6AA 1PVNA 3O6DA 4WOQA 4AWUA 1FDYA 4MY9A 5BW6A 3W7KA 4UTLA 2VFIA 3LXAA 3W1MA 1EA0A 1HG3A 4M5PA 4GBUA 4MJMA 3LRLA 1VCVA 3PB0A 3RK8A 1R47A 2NLIA 4LWWA 4MYXA 3W2KA 4WUIA 3WK2A 4UFHA 3MP3A 2A1YA 2GQ9A 4R53A 1SUXA 1J4EA 4FIQA 1LROA 1NEYA 3S8HA 1QCWA 1VYPX 2W0UA 4NJHA 2NV1A 5D2YA 3NL3A 4WY0B 4FNPA 2ZRZA 1PE1A 1WOBA 3GZ3A 1RQEA 3KFTA 4O18A 2EAWA 4QQ3A 3R89A 4Z1AA 4NNCA 5CSRA 1EPXA 5IBXC 3W1QA 3S6DA 5HUOA 3TC6A 3NQDA 2ZZ5A 4FHAA 2O7QA 3M5YA 3LCIA 5FEPA 3PAJA 3TAOA 1AW1A 1T99A 1JUBA 3GK0A 1U5JA 5FESA 1I2OA 3L66A 3USBA 3LV5A 2YSWA 3NDOA 2V2HA 4O16A 2B7OA 4NNAA 3QC3A 2PRMA 4O1AA 2YZRA 1FCQA 3EB2A 2V30A 2B4GA 3UYCA 3W88A 3NQCA 4QISA 3A24A 1UUMA 4K7VA 2O7SA 1GTHA 2VOMA 1SQ7A 5DXYA 1EP3A 4MKNA 5K9DA 4EVZA 3L5MA 2Q8ZA 3C0JA 1A53A 2E68A 4FX8A 5AHIA 1SZGA 3GDTA 4YL2A 1GWJA 1XDMA 2Z1BA 1YLVA 1OJXA 3G1VA 4LU0A 3NZRA 3IVUA 1YDVA 5HMSA 3MBDA 4O12A 1K8XA 5HINA 4JN6A 4H4IA 4FEZA 3HBLA 1RVGA 2A0NA 4O0KA 2I1OA 4LVBA 3UWUA 1EB3A 1FBAA 5T26A 3ZS4A 3FLUA 1VHNA 4K36A 3IEBA 1VJIA 3OVPA 2YXGA 4Z1BA 1MSSA 3S1XA 4UMAA 5D09A 3GNNA 1KM3A 4XTIA 2V2CA 4DPQA 2ZCGA 3BG5A 2RHGA 1SW7A 3QPYA 2R8WA 3NL2A 4LRTA 1MEWA 4JIPA 3B0VC 3BO9A 2QJHA 2DZXA 4UFKA 1T0OA 3W1UA 1WAUA 3NVTA 5HULA 4DO4A 1KV8A 3L0NA 3B05A 1W37A 2AGKA 1B4KA 4BI7A 2I14A 1LORA 4RLIA 2Y61A 1W0MA 2V8ZA 1RPXA 4FXRA 4C1LA 1OG0A 4HNNA 4D2JA 2NUWA 4BF9A 1KM6A 1DV7A 1NF7A 1WBJA 4Y90A 3T40A 3GLCA 4O14A 1KFEA 1S5TA 3B4UA 4Y6GA 3TAKA 5CZ0A 3A23A 1QPOA 3P80A 1TPB1 1EP2A 3C2VA 1AW2A 3P67A 1GVSA 4LVDA 3W87A 3VE9A 4ADSA 3F03K 5F2MA 4E2DA 1RQHA 4Z0SA 3W76A 1KTNA 5L6UA 3K30A 3L5LA 4JTJA 4UFJA 3UXDA 5CZJA 1F73A 1FX6A 4X2RA 4YXGA 3DKJA 5I3IA 4IMEA 4DQWA 2A2IA 3NYZA 5H91A 1IXPA 4JTKA 2X1TA 3N2XA 4YWIA 1SW3A 3NQGA 1H7WA 2H90A 3SR7A 2ATSA 3WJZA 4TMCA 4JTLA 3LB0A 2QCGA 3DENA 5LZLA 4BR1A 4JTIA 2FIQA 4UTWA 1PHWA 4K38A 2V9DA 4CCEA 4JNMA 1AL7A 1LLWA 4S2CA 4DBDA 1ZHAA 4UTIA 4OE7A 3C2OA 1C29A 3CC1A 1UASA 1ZALA 3NG3A 5F4SA 3DAQA 1E51A 5LHEA 2NXIA 3O63A 5ABTA 1J2WA 3NPWA 3GB6A 3M9YA 1QMLA 1TPVA 2R94A 5DCDA 1H1YA 5LNVA 3KRZA 5FF4A 1K7XA 3KVLA 5C54A 4QSHA 4P2VA 3HGOA 1YTKA 3G0XA 1K8YA 1QPRA 3P74A 4WY0A 2LLEA 1JVNA 4N9EA 3NNTA 3V1PA 2GUUA 1R2SA 3E96A 4TIMA 3SGZA 1Q6OA 4GUFA 1D3HA 3CWNA 1A5CA 2WQPA 3HB9A 3ANYA 3G1FA 3ATZA 4JYEA 5I3JA 1JQXA 3TV8A 3PSVA 1SW0A 4TX9A 5EA9A 2IQTA 2P10A 1LOSA 3NPUA 3MYPA 3THQA 2DU2A 1VGAA 3TKFA 1KFBA 3M7WA 5KZMA 2BLEA 2AAMA 1KTBA 3LHWA 4PL1A 3DFNA 3C61A 4XKYA 4JX5A 3W7CA 4O53A 2E5DA 2CZ5A 4MIMA 5HNRA 4PC8A 1P0NA 1F7BA 2QCEA 2JKEA 1SR9A 1ZNNA 4HPXA 2Z2UA 1LCOA 2EHHA 4JICA 1XUZA 4A21A 5C2XA 3L2IA 3TNOA 3G1XA 1OX6A 2XN1A 3ZFHA 1G4TA 2CW6A 1SFJA 3STFA 3OHIA 2PE4A 1FCBA 1AW5A 2QCCA 3NQ6A 1TTIA 1I2RA 4LW7A 2ZA2A 3PUDA 1FXPA 3FS2A 4HIBA 4J9JA 4HNUA 2DZSA 2Z0IA 3BARA 2X1UA 3H55A 1XBXA 5CPLA 4IX0A 1XCFA 4ZZ9A 4X22A 3ZWSA 1RQBA 1GVQA 3QW3A 2HS8A 3W71A 1KTCA 4QM1A 3VFLA 1FWWA 2RKXA 2J24A 4LRSA 1WOAA 3EWWA 5D04C 5DXXA 4EWND 3G1SA 4WZHA 1Y0EA 1TMHA 5K7JA 1TPH1 3LI0A 1H7RA 1U83A 2CLKA 2FQIA 1KM5A 1OF6A 3SJ3A 3O16A 4Y8FA 4QITA 4TMBA 2PRLA 4DBEA 3B8DA 3B0UX 2NXGA 2RDWA 3LCHA 4FXSA 1TB3A 2BWGA 3W85A 4AEOA 1DQWA 3QMTA 1CX9A 3G8EA 1OX5A 4FNSA 2WNQA 4ALDA 3IVSA 2F84A 2CLMA 1UB3A 3GXTA 3C2FA 2QF7A 2VELA 1TO3A 1I4NA 3SSJA 1F05A 2R14A 3LV6A 3GXNA 5DN1A 2OZ0A 3UZ5A 3EX6A 4JX4A 1XBVA 1WA3A 3QSRA 5F2GA 1ICSA 4JTSA 4UFLA 4NJKA 1YTEA 1F76A 3FFSA 3CPRA 2CLEA 3EX4A 1LYXA 3C52A 3W2LA 5BOOA 2A7RA 1DORA 3HG3A 3GX9A 2EKCA 3QQ0A 5FF2A 4JTFA 3TC7A 2DJLA 4BFAA 3LCXA 2TRSA 5LHFA 5BMXA 4DF1A 4O50A 3OIXA 4ZQPA 3EX3A 2Y88A 2YDAA 3W7HA 1LRNA 2PCQA 3CIWA 4AXKA 5KITA 4MLJA 2C18A 4AWSA 5CZSA 3G1AA 2P1FA 4UTTC 1TCDA 1C9DA 3QW4B 3CB8A 1ZFJA 1J5TA 3CT7A 3GR8A 4JTTA 2JBMA 1FQ0A 4FNQA 1P4CA 8TIMA 4PCFA 3WK0A 1TTQA 1FXQA 5E93A 5F1UA 1GTEA 1NSJA 3LGEA 3G3DA 3ZR4A 4IWWA 1JQVA 4E2BA 3U8GA 1CW2A 3QSTA 1L6YA 4MOZA 3DFTA 5G1YA 4O10A 1PCKA 1TPWA 2AQWA 4LVFA 3QYQA 2YFNA 1P5BA 3G8RA 2KZHA 1OYBA 3OVQA 4UMBA 3HG2A 1H60A 4PODA 4FX6M 1SSGA 2YW4A 3C4UA 1TPFA 3PUEA 3BG3A 3G3MA 1O5XA 5IBXA 1XBYA 3G1YA 3GXPA 3EXSA 3HOJA 3SGUA 5LGZA 4FB7A 4ADTA 2NXHA 3I68A 1G4PA 1Q45A 4MJZA 1X7FA 4YCPA 1H5YA 1VCGA 2E5BA 4EF9A 2YX0A 1TPUA 5EBUA 5C5YA 3UD6A 3LHTA 3TJLA 2JK2A 4NNBA 2JGYA 2VFGA 3W1RA 3R8RA 5I3HA 1VYRA 1I2QA 3KVMA 2QCFA 5CPOA 5K4XA 3CWOX 2H8XA 3DI1A 1Z42A 1TJRA 3L68A 1EWEA 1RD5A 5D05A 3DU0A 3W22A 3MJYA 2WO5A 1HFBA 4JY8A 1W31A 3PY2A 4O4WA 2NZLA 3QMSA 4LVAA 1YYAA 1KLYA 4PEKA 3W7PA 1KFCA 1JCYA 3PS7A 3H53A 2HMCA 2DP3A 3MI6A 5G2IA 4MPQA 3QFEA 3W7JA 3BLFA 3VE7A 3MBFA 5LGXA 1SO6A 2C3ZA 4IGHA 5EKYA 4MY1A 4WQ6A 3SI9A 1KV5A 1EWDA 3FJLA 4GC4A 3W72A 3UNDA 4ZQNA 5AHFA 1IXNA 3F1QA 4NZFA 4LTSA 2Y6ZA 3T7VA 1I45A 1TRIA 4TR9A 4A29A 1TSIA 4GJ1A 1LBFA 1LOQA 2VFEA 2VFHA 5MHBA 2C0AA 2Y62A 3RLUA 1JRCA 5CGQA 1H1ZA 1TV5A 4NU7A 1OFDA 5I3GA 5DLCA 1VRDA 2F7FA 3UPBA 5E1QA 1QOPA 3BGGA 1JCXA 3E49A 3EX2A 4O28A 3L67A 3IIZA 5AOUA 3I7QA 2QJIA 5CZTA 3TR2A 3L5AA 1XKYA 3NA8A 1A5BA 5K3VA 2W6RA 5DELA 3THAA 5L9FA 2A4AA 2Q3OA 1W5NA 2YR1A 4R33A 1SSDA 2GJNA 3BVJA 2E6FA 4WXZA 2ZQ0A 2CU0A 2H6RA 2NWSA 3O06A 4MZ1A 4WOZA 5IM51 4I9AA 4FIRA 2Y7GA 4K6AA 1Q6RA 3FKRA 1RV8A 3MP5A 5AYYA 2BXVA 2WV8A 1KFKA 1NAL1 4IOTA 3KRUA 3RU6A 3P7YA 3G1HA 3ATYA 5FEZA 5LNWA 4AHQA 4N4QA 4CQ9A 1SPQA 4OBTA 5AHNA 4K39A 1R46A 4ONVA 3MP4A 3R12A 1Q3NA 3TE9A 3E9AA 3G24A 5DBUA 4RJEA 5DY3A 4DPPA 4AHOA 5HUPA 1L6WA 3DXIA 5G2HA 3L21A 3RMJA 4RXFA 1ADOA 5CG7A 4BI5A 1H51A 4LC6A 2OX1A 2WOQA 3F4NA 3W7OA 4NT0A 2ZDRA 1G7UA 3HJZA 4ORIA 3CLMA 1PV8A 4LNYA 4N9BA 5E0KA 2E77A 4N9DA 4EOUA 1IF2A 1EX5A 2ZFAA 2GVGA 2WSYA 1FWRA 1P1XA 3HGSA 3TFXA 1FDZA 3S9YA 1SO4A 4LS1A 5D2XA 3LCFA 3CM4A 1OX4B 4M6VA 1ZCOA 3W7EA 3BGJA 1Z48A 3TSDA 4Q33A 2FJKA 3NM1A 2FFCA 2Z6IA 1GQNA 4Q4KA 3B0PA 3Q94A 3GNDA 4I7WA 2QUUA 4IXXA 3STCA 3W1XA 4KWWA 3LI1A 2V5LA 3NQ2A 2GPTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WD1 A;  3MMT A;  4PMQ A;  4CCD A;  3M0J A;  1PDZ A;  1R3T A;  3URQ A;  3FIG A;  1W5P A;  2ZA1 A;  1KGU A;  3UXK A;  4HNT A;  4J27 A;  5HAT A;  2VI0 A;  3NZG A;  1JFX A;  2Y7F A;  2YL6 A;  4I90 A;  4PCP A;  1R3Q A;  3WMS A;  4RCX A;  2ZX6 A;  3WD3 A;  4LAM A;  3T0A A;  3AYR A;  5CPM A;  3QV6 A;  3R0D A;  2TYS A;  1ZY9 A;  4B90 A;  3AO0 A;  2WSK A;  3KWS A;  2POZ A;  3DH7 A;  2P3E A;  4JIE A;  3OU8 A;  3KS5 A;  3INP A;  3W37 A;  2YA1 A;  4MJ2 A;  1OFR A;  4PEE A;  2POD A;  4QNE A;  5I6S A;  4GIE A;  3GFY A;  3N1A A;  5HMD A;  1ZAH A;  1UR9 A;  4ZB2 A;  4LUI A;  4O0Q A;  4AZB A;  5FJU A;  4YVX A;  3W2U A;  3NQ7 A;  4RV3 A;  5HWM A;  4JYF A;  2DH3 A;  9XIM A;  3BG9 A;  1FH9 A;  1UJQ A;  3KRS A;  3VDC A;  1WDP A;  3YPI A;  3WNO A;  5I3K A;  3W7N A;  2IPJ A;  4KES A;  3TSB A;  1T96 A;  2GDV A;  3BW4 A;  3DGR A;  1FWD C;  3SDO A;  3UZW A;  3HIJ A;  5H8M A;  2OQL A;  3H7V A;  2QYG A;  3WEO A;  1ZB5 A;  2WNZ A;  1DJN A;  4GME A;  1E9I A;  4IIB A;  4CEX C;  4E3T A;  1TX0 A;  1UML A;  2OU4 A;  3STG A; 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