3EX3A

Human orotidyl-5'-monophosphate decarboxylase in complex with 6-azido-ump, covalent adduct
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
MELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Lys314 is a nucleophile in non-classical reactions of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Orotidine-5'-phosphate decarboxylase
total genus 97
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2008-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ex3A00
4O11A 3MMTA 4FNTA 3P60A 1W5QA 1D9EA 1GVOA 2CZ5A 4O12A 5LHEA 1QOQA 3KOFA 2NUWA 2F84A 2ZZ3A 4NJKA 1EP1A 1F6KA 2CU0A 2NXGA 4N4QA 3KRZA 2H3BA 1OFRA 2PC4A 4FHAA 1K02A 2B7OA 3EWWA 3GDKA 2VC6A 1P0NA 2YW4A 2ZCGA 1ALDA 4UTIA 1HUVA 1KBIA 5CZ0A 2Y63A 2QJIA 3NQ6A 4XBKA 3CQ0A 3LRLA 4JTTA 2OZ0A 1J4EA 1EB3A 3F4NA 2OX1A 1U83A 4IXXA 4NNAA 3BW2A 3R12A 5HUPA 3NOEA 4Q4KA 1JUEA 4UUIA 1YTDA 3PBWA 4NUWA 4XTIA 3T40A 4O1CA 4PL2A 1LOLA 1IGSA 3EXSA 4XZ9A 3W75A 1GVFA 1OABA 2GVLA 4QITA 3CT7A 4RK8A 3W2JA 3DFNA 3MP4A 5FEXA 1KFEA 3TW7A 1VHCA 2H8XA 2ZFAA 1JCJA 2X30A 4AAJA 3LCGA 2C3ZA 1OFAA 2YYTA 4MY1A 5TQLA 2DZVA 1SPQA 1Z48A 3P74A 4O57A 4HNVA 4QNEA 3NXFA 4JYFA 1B4EA 3GXPA 1ZHAA 2ZZ4A 1GG0A 3WJZA 1XM3A 3PB0A 3NQ2A 3NL3A 3Q37A 4E0CA 1RZMA 2A1YA 5EY5A 3OA3A 5D2XA 3LCLA 4Q32A 3NEVA 2R14A 4A2SA 1VGAA 4BWLC 3EKZA 2DJXA 4HPJA 5DBTA 5K9DA 3B4UA 3PBUA 1GT8A 3C2FA 4FIQA 1E51A 4YWIA 1JUBA 3QYQA 4WXZA 5KZDA 1KM2A 1YDOA 2GQ8A 3NG3A 4JDBA 4M6PA 2NUXA 3NPWA 3IIZA 1MXSA 5C5YA 5FF0A 2P0OA 1FX6A 2YFNA 2V2CA 3C2OA 3ATZA 4YMZA 3LLDA 3G1YA 4Y90A 3W1NA 3WJWA 3G0UA 2C19A 1D3HA 1F5ZA 5I3FA 1JCYA 3R89A 4TMBA 3MWAA 4LUIA 1H7OA 1HFBA 2A6LA 4U28A 4OWGA 5EYWA 1GVSA 4K36A 3KVMA 5LGZA 2YGYA 1HTIA 4FNPA 3U2OA 4JNMA 4JXCA 2ZRYA 4IMCA 4JEQA 1LBFA 4K37A 5KZEA 1QO2A 2Q8ZA 4MZ8A 1BTMA 2OJPA 4R34A 2DZWA 2BTMA 5I3GA 3UPWA 5D38A 3EWXA 2F7FA 1SW7A 5G4WA 4Z08A 1LORA 5HWJA 3UNDA 4Z1CA 1MZHA 4O28A 4O8RA 2PE4A 3JS3A 3SIZA 3TJLA 4UTKA 3BGJA 3ZWSA 2Z0IA 3P7YA 1QO5A 5K9XA 3GDLA 3GNNA 1TYGA 3W22A 5AN7A 3DFSA 1OK4A 3PM6A 1LM1A 1W5PA 3CEUA 1QWGA 4FX8A 2EKCA 1XDMA 2V2HA 2E5CA 4JTFA 4MZYA 3S1XA 1GJPA 2C13A 3R5EA 2J27A 2WKJA 2QDGA 3L21A 3T78A 3W74A 3TSBA 1H60A 2ZTJA 4NT0A 4XKYA 4JDYA 5F2MA 1F7BA 5HR6A 4LS1A 5IM51 5DCEA 1XBZA 1W3TA 3LXAA 4GUGA 3B0VC 3R2GA 4Z0JA 5E1QA 2BX7A 3DENA 1QPOA 1VCGA 1I2QA 1G4EA 4Z1DA 1FCBA 2VXNA 3G1XA 1VLWA 2DU2A 3CLMA 3LDVA 2CLMA 3LI0A 5IBXA 5GVJA 4ZQMA 5D09A 4WQ6A 3NL5A 3W2LA 3DU0A 4JR5A 1LRTA 5G2WA 3THAA 3UY8A 3O6DA 3HB9A 4DXVA 4FB7A 4E2BA 3LCWA 1WBJA 3SY5A 1PE1A 3BG9A 3G8RA 4ADSA 3RNDA 3I7RA 3TIMA 3PUEA 1GYNA 1NF0A 1RV8A 4DF2A 2ZRUA 3GNDA 5FF3A 3TJXA 1Q6LA 3PUOA 4NU7A 1SO4A 1G4PA 1TPH1 1Q6RA 2WV8A 2ZTKA 1TV5A 3W1RA 4IMGA 5FEWA 2FQIA 2FFCA 3W1UA 1RD5A 2DZUA 1KM3A 2VFGA 4O18A 2E6AA 1W3NA 1ML1A 3MHUA 4FNRA 3OIXA 2DJLA 1G6CA 2E6DA 4A3UA 2ZZ1A 1TPUA 1UUOA 2QDHA 4LU0A 1M7OA 3N9SA 1OYBA 1QPQA 2CLKA 3R8RA 3B05A 2ZZ5A 3PVFA 3L65A 1DQXA 3GXTA 2C6QA 1C9DA 3O63A 7TIMA 1TSIA 1A5CA 3NPXA 3HBLA 4ADUA 2FB2A 3L5MA 1LOSA 1F2JA 1PCWA 4X9SA 3IGXA 3IRDA 1DJNA 3BG5A 6ALDA 3L67A 5F1VA 4AF0B 1XC4A 3A5VA 5CPNA 5H2ZA 1QPNA 2OT1A 3UWYA 2RDUA 2ZRXA 3TAKA 3G1SA 5EL1A 3I7QA 1XUUA 4HNUA 1P0KA 3LXBA 5L9FA 3LTSA 1QNVA 1EEPA 1EA0A 2B4GA 4UFMA 1TJPA 3GVGA 4O10A 5CKSA 2R94A 1R2SA 5FF2A 1DVJA 2GOUA 1VR6A 3NQMA 2VFFA 1I2OA 4YLWA 1JRBA 5HMSA 1Q6OA 1XL9A 1B57A 3W72A 3N9RA 3VE9A 2VOMA 5H91A 4MUZA 4UMCA 1H7XA 3U6WA 3LB0A 4WJEA 4MFDA 1H5YA 3UZ5A 1SSDA 3F4WA 5DY3A 3LCIA 1FCVA 3HGSA 2QR6A 4IMDA 2PCQA 4AF0A 4IGHA 1LLZA 4PL1A 1ADOA 1M7PA 1XBVA 1DHPA 1C8VA 1ICSA 5I3KA 5DXXA 1GQNA 4FF7A 4N9BA 4WY0B 3W7RA 2TRSA 3QPYA 3I6RA 1PCKA 3UWUA 4ZQCA 4LNYA 5ABTA 3U8GA 4O0ZA 1V5XA 2QCNA 5FF7A 2YXGA 2DZSA 1KFBA 3GXNA 3INPA 2A21A 4H3DA 4K7VA 2ZZ2A 2E68A 4GUIA 4KWWA 3B8DA 3QM3A 2LLEA 3FLUA 1J2WA 5HNRA 1EUAA 4AMAA 1KM1A 4J9JA 1N55A 1TTIA 4UFJA 1TPB1 2QAPA 4NXSA 3S5OA 3T7VA 4M5PA 3GR8A 1W8SA 4O15A 3CEPA 3EX4A 4PODA 3G3DA 3S5ZA 3PG9A 3SFKA 3TFXA 2Y89A 2ATMA 3NQ7A 3TMQA 3EWZA 4WY0A 2WSQA 3C52A 4GBUA 5F2GA 4JIQA 1SFLA 4O1AA 4KFPA 1AL8A 3SW6A 3VCRA 1T0OA 1QOPA 3C2VA 3MHGA 1HO1A 4A21A 4DEFA 1IF2A 2OMAA 5A5WA 3HJZA 2V30A 4RXFA 5G2IA 2ABBA 5HUOA 4JIPA 4IWWA 3PUDA 4WX2A 2ZRZA 3G1VA 3TQKA 4EWND 2C15A 4UNLA 2V81A 4L4MA 3SI9A 2XN1A 3HIJA 1FWTA 3P82A 2JGYA 3MI3A 3S5YA 4JY8A 1K7FA 1ZALA 1W5OA 3SR7A 1S5WA 1YADA 3FYOA 3TAOA 1O60A 5I3HA 2BZNA 1B9BA 1JCNA 3W1QA 2Z6IA 4RZ4A 2G5WA 2RFGA 4AHQA 1K8ZA 3E0IA 3GYEA 3SZ8A 3GDRA 3M44A 4FXRA 4CQ8A 5G1TA 3FJLA 2Q8LA 4KFOA 5AHNA 4TR9A 5C2XA 3E49A 5LGXA 2FPYA 3A22A 3A9IA 1HL2A 1LROA 5EBUA 2WPBA 1XCFA 1S5TA 2ZRWA 1IXOA 1VH7A 1W0MA 3M43A 2ZA2A 2WO5A 3FYPA 3EX2A 4JGDA 3IV3A 5AHFA 4UIOA 5AOUA 4QISA 2BSLA 3MBDA 1RR2A 1MEIA 1KM0A 1O94A 4LY8A 1GYLA 1H61A 4AWTA 3QMTA 1TPWA 4LWWA 2JKAA 3FS2A 5D02A 1H7RA 2ZDRA 3M0ZA 3KXQA 3CIXA 3STCA 1YTEA 1ZAIA 4PFMA 1I2PA 2QUVA 2X1SA 3W7GA 2V8ZA 2HTMA 3N73A 4FNSA 2R91A 3NL6A 1ZJIA 4AHPA 3NQ8A 3A23A 3PSWA 2QCLA 3MI2A 4O53A 1FXQA 4Y9AA 1JCMP 1K8XA 2AAMA 4MFEA 1TTPA 1IIHA 2HS8A 4GFSA 5EA9A 1N7KA 2Y7FA 3BV4A 1AL7A 2V2DA 4H6KA 1G67A 5E93A 2NZLA 4KFNA 3TK7A 4BWLA 4DBEA 3BK0A 4FX6M 3PS7A 5CZSA 2Z6JA 3W7JA 8TIMA 3UXAA 1H51A 2D73A 1SUXA 5CPOA 5J5DA 3LHTA 3IGSA 4GUJA 1H63A 3FKKA 3RLUA 4DQWA 4WXYA 5LNVA 3W85A 3TX9A 1OJXA 1GTHA 2FJKA 4ALDA 2H6RA 5I3IA 2ZYFA 3QC3A 3WK3A 3NPUA 3NR0A 3EX3A 4O0KA 3EX6A 6TIMA 2ZA1A 1H1YA 3NL2A 3BW4A 1KV5A 4HSOA 1GEQA 3W1MA 5J5RA 1R46A 3PBVA 2Y7DA 4IX0A 4BI7A 2V5LA 5K7JA 3STGA 3H54A 5AYZA 1JR1A 4AHOA 4WD0A 4GUHA 3HG5A 1TQXA 2A6NA 2EPHA 3W1TA 3GAYA 3KRUA 1FDJA 1A5AA 2ZZ7A 1ZENA 3QF0A 2W6RA 1X1OA 2WNZA 1OYAA 3C61A 3SJ3A 2TSYA 4UFLA 4B5NA 1BWKA 1FDYA 3G1HA 2I1OA 4MY8A 4BI5A 1TV8A 2C0AA 1TV7A 1V7YA 3P5ZA 2R8WA 1WYIA 3TR2A 5LNSA 4QQ3A 4I9AA 1D3GA 1O95A 2Y7EA 1A50A 3W23A 4UR8A 5A8GA 3C0JA 2OCZA 4LC6A 1H1ZA 3H55A 4ADTA 3LERA 2ZZ6A 4UMBA 3C6CA 2RDWA 3EEGA 1LBLA 3QEZA 4OGZA 3FOKA 3EKLA 3KVJA 2IQTA 1GOXA 3EWUA 4PA8A 1I4NA 3DKJA 4Y8FA 3LX9A 3AJXA 1OK6A 5MHBA 1OFOA 4JN6A 2E6FA 4PCFA 1WQ5A 4CLMA 2RKXA 2JBMA 1UB3A 1VPXA 1JUKA 4I7VA 2QJGA 2QJHA 3LHVA 1O5XA 5CZTA 3C8FA 3NAVA 3KVLA 3P8IA 4XTDA 1ME7A 1F76A 2Y85A 4L4LA 3SGZA 3LRKA 3ABRA 5CGQA 5K2ZA 2A85A 2NV2A 4N9EA 4D2JA 3B0UX 1Q3NA 5DY2A 1I2NA 4UTTC 5U4NA 2CFFA 4Z0SA 3V1PA 3GZ3A 2E09A 2GJNA 1LBMA 2VELA 1G4TA 1VJIA 3ABSA 1H7WA 3W88A 1L6WA 1TPC1 1KA9F 1HG3A 2B7NA 2CLLA 2G97A 1JCLA 3GLCA 2QEZA 3G1AA 1OX6A 3O1NA 3CPRA 4GUFA 3DGRA 3E02A 1G7VA 4LVFA 1R2RA 1TCDA 4XKYB 1FXPA 3TXVA 3UZJA 5F4WA 3DH7A 1X7FA 1RQEA 3O15A 3CU2A 3ZS4A 3QW3A 2QCCA 2YZRA 1W31A 4WOQA 3RK8A 5EPDA 3NYZA 1W54A 3P80A 2B0MA 2VEIA 1VYPX 2TPSA 3PG8A 1H62A 3QPZA 5BMWA 1ZY9A 1I2RA 1EP2A 4RZ5A 1KM5A 3W7LA 2DZPA 3DI0A 4EF9A 3QJAA 4QM1A 4JYEA 2YX0A 5U7SA 3LHUA 4PEKA 1M5WA 3BLIA 2YDAA 2A7RA 4TX9A 1VYSX 1QDSA 1SSGA 4NJIA 4UCGA 2CLIA 3PY2A 5AC8A 4YXGA 2RHGA 2AGKA 2J24A 1WV2A 2DZXA 3DFTA 4UTHA 1WBHA 5HULA 4X3ZA 4ZVJA 5EKYA 1TMHA 1TREA 2ZQ0A 1VRDA 1NSJA 4K7YA 1X6UA 1P4CA 5G5IA 3STEA 1SW0A 1W37A 3QW4B 2ALDA 1K8YA 1I45A 2Y88A 4HNTA 3NQGA 1PV8A 4QSHA 3DHDA 4RLIA 1YXCA 1EX5A 4AXKA 4ONVA 4DO6A 2BLEA 3GB6A 2WQPA 5HINA 3ELFA 2YR1A 4QIUA 1EWEA 3TA6A 2ISWA 2YSWA 2FLIA 3DFPA 4DF0A 3DHFA 4NZJA 3IEBA 3M1ZA 2QCEA 2YCEA 1UJPA 2CZFA 2DORA 1LOQA 3HOJA 4JTIA 3IIXA 4QNWA 2NXIA 4EF8A 1JJKA 4IX2A 3W2MA 3NQFA 3W9ZA 1XBYA 5BOOA 3RU6A 2HSAA 5LNUA 5CG7A 3HGJA 4NXKA 4WY0F 4HSNA 4LTSA 1N8FA 1QMLA 3IVUA 2J88A 5LNRA 2AQWA 1KLZA 4JTJA 4JYDA 1O5KA 5CPMA 1SW3A 1L2UA 2X1UA 3M7WA 2GVGA 2X1TA 3OVQA 1EP3A 3Q94A 4X2RA 4UFHA 3F1QA 3HPZA 3TDFA 4JTLA 3WK2A 3MO7A 4MVAA 1BEUA 2QCHA 1H7PA 4FNQA 5TBOA 3EXTA 4XQ6A 3SGUA 1YXYA 1TTQA 3L0GA 4ORIA 4TMCA 3G18A 4P2VA 3VI2A 2GUUA 5E0KA 2FIQA 4TO8A 4I7UA 2E1DA 5D2VA 4AWUA 5D04C 3LLFA 3M47A 3W84A 1ME9A 1P5BA 1KTBA 4PH6A 2QCGA 4ML9A 4E2DA 4NJJA 3DKLA 3IIVA 5D32A 3R13A 5F2IA 1SQ7A 3HO8A 2A2IA 1VLIA 1MEHA 1LTDA 1SO6A 3Q58A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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