3G18 | Genus

Total Genus 74

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
sequence length	220
structure length	211
Chain Sequence	RRVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	74
structure length	211
sequence length	220
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2009-01-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3g18A00

1GPWA 5CZSA 2NV2A 1UUOA 3BGJA 1WOBA 3PSVA 5CZJA 3I68A 1JULA 3HGRA 2C6QA 3IVUA 1TIMA 1W3NA 3NQGA 1Q6QA 4A21A 1R2RA 3C2VA 4RR4A 5GVJA 3LI1A 1GG1A 4JTIA 4DO6A 3NM3A 1LRQA 1FUYA 3CIWA 2VELA 4R7JA 4A3UA 1SFLA 2Z6JA 4LOCA 4ORIA 3C2RA 3DI0A 3W7RA 1G4EA 1NAL1 4JYEA 4NQ1A 2PE4A 3TX9A 4C1LA 3LTSA 3BK0A 3QMRA 1TO3A 3T44A 1W37A 1VZWA 4DEFA 1M5WA 4UFLA 2A6NA 3G1DA 4O0ZA 3PBUA 1ZENA 3HPZA 1TREA 2H8XA 3BARA 3GDKA 3VCRA 2E5DA 3I7RA 1TPDA 3KX6A 4DF0A 3UWWA 1Q6OA 3G8EA 3TSMA 1DOSA 2QDGA 4O4WA 5DXXA 3IIXA 3HB9A 1M7OA 3P5YA 3RLUA 4BR1A 5TBOA 5D05A 3O63A 4JTSA 2Y7GA 1L6YA 3E9AA 1RQEA 1ZAJA 1W5PA 1B4EA 1Y0EA 3KOFA 4L4MA 2FPVA 5D2YA 2ZZ5A 1TCDA 2E09A 1TMHA 1WAUA 1BWLA 5G5IA 3IVSA 5DY2A 2TMDA 3S5OA 1DVJA 3EX4A 3MP5A 4ZQCA 5DLCA 3DI1A 4UTUA 1F5ZA 4A22A 3QQ0A 1WXJA 3R2GA 4CCDA 4QIUA 1UCWA 1G6CA 2AQWA 3C8FA 4S2CA 4Z1DA 3VNDA 1ZCOA 4NNCA 3R89A 4DELA 3NL6A 2DZSA 2H8ZA 1ADOA 4JR5A 3WFAA 3PUDA 1G67A 1D9EA 3EXTA 2H6RA 5AYZA 3G0XA 3GXPA 3L5AA 4JNMA 4JTGA 2R14A 3BPWA 4QQ3A 5HUPA 2GUUA 1VQTA 2QUUA 1LRTA 3S5ZA 5LZLA 3NOEA 2BLEA 4UFHA 1VYPX 4UTWC 3F1QA 1AG1O 5G4EA 4UUIA 1O5KA 1R30A 2RDTA 1PHWA 2DZVA 4UFKA 1OF6A 4DO5A 1KFLA 1TTQA 1SQ7A 1WBHA 4UTWA 4N6FA 3W2LA 4ADTA 3M9YA 3W7HA 1H7PA 2LLEA 4JTEA 5H91A 2ZZ1A 2GJLA 3N19B 1EX5A 1DKWA 3H55A 4K7YA 3LBCA 4UFIA 4M6PA 4ZQPA 3FJ6A 5AC6A 1AW2A 2J9XA 1HO4A 2UV8G 3HG2A 1T0OA 2E5BA 3IIZA 2V81A 2ZRXA 2D73A 3W88A 3OIXA 4IMDA 3BW2A 3FS2A 2A7PA 2G97A 4UR7A 3CC1A 3C2FA 3NAVA 1H51A 2C18A 1V5XA 2NV1A 5DXYA 1G4PA 4PH6A 4MZYA 4HNVA 1SR9A 2ZA2A 3QPZA 3IGSA 5F1VA 3BG3A 2V2HA 4UTMA 1K7XA 2WJZA 3LB0A 3ELFA 5DBUA 3TV8A 3DGRA 3TAOA 4JTUA 1XI3A 3C61A 1H1ZA 3D0CA 3G3DA 1ZY9A 4M6QA 3EWBX 4MUZA 3W1AA 4O11A 3W7GA 4NU7A 1H7XA 3E49A 4POCA 4O1BA 1ME7A 1QO2A 4XZ9A 1ZFJA 1TV7A 5AFDA 3BVJA 1G7UA 3LX9A 2HTMA 3EXRA 4MYAA 5L9FA 1TJPA 1O60A 3WJSA 3PWAA 4RZ5A 3TA6A 2YR1A 1UUMA 4MYXA 5TIMA 4JICA 3P8JA 1I2QA 3A5FA 3B03A 1FQ0A 1SZEA 3BLFA 1DV7A 1S5TA 1F6KA 2C15A 1F2JA 1LCOA 4PC8A 2ZBTA 1TPFA 3W1NA 3DAQA 3W2UA 3BLIA 4FNTA 3E96A 3ZFHA 1QR7A 4NJIA 3UWYA 1H7NA 1GTEA 1F05A 2E6FA 3DENA 2QJIA 1KBIA 2H90A 4FX6M 2RFGA 2F84A 3UWZA 2YW4A 2YCEA 2NLIA 1PV8A 1YDNA 1FX6A 2DJXA 5EY5A 3UZ5A 3UXAA 2W0UA 2CLKA 1BEUA 4I7VA 1YPIA 1T8XA 2TSYA 3B4UA 1UB3A 2QCCA 3DFPA 4AWTA 2VEIA 2QKFA 5CPNA 1DBTA 4AEOA 5FEZA 1ICPA 1Q45A 1W1ZA 3N2XA 5LGXA 1M7PA 3PS7A 3M41A 1OX4A 5FEXA 4AXKA 5C5YA 2WQPA 1EUNA 5FF2A 2RDWA 3BG9A 5HNRA 5AC7A 3DKJA 2GVJA 1XBZA 4WY0F 2PRLA 4TMBA 4C1KA 1I2OA 1IIGA 2YW3A 3PUOA 1T99A 2J6XA 4QISA 2YPIA 4NX5A 3LDVA 2X30A 1ME8A 2B7NA 3EWXA 4UTLA 2VKZG 3SSJA 3W3OA 3GB6A 4YL2A 3O07A 1MEWA 4H4IA 4K8HA 2A7NA 2VC6A 2CZ5A 3MO7A 2CFFA 3R8RA 4FHAA 3W1UA 1TQXA 5FF7A 3NQAA 4DF2A 5BMWA 2W6RA 2CWNA 1TPH1 2QEZA 5F4SA 1JQVA 1NFBA 2CU0A 4WY0B 4MLJA 3M1ZA 2VOMA 3STFA 1H5YA 3L0KA 1TB3A 1GYNA 1FWRA 3EXSA 4IPIA 1WDWA 4O1DA 1JR1A 3FKKA 1F73A 1OYCA 4PL2A 3M43A 4MOZA 4NX0A 4MVAA 3MBFA 1PCKA 3OVRA 1ZAHA 1L9WA 2CZEA 4LS2A 3SI9A 5FEWA 5LSMA 1Z44A 2JKEA 2EGZA 5AYYA 4OGZA 2JBMA 3EKZA 2Y7EA 3NO5A 4I7UA 4HPXA 1Z42A 2ZTKA 1FCVA 2ZA3A 2Y63A 2YYUA 5D02A 2QJHA 1L6WA 1TPWA 1VRDA 5CSSA 4ZQMA 4CQ8A 2X1UA 3I7SA 1FCBA 2RH9A 1YLVA 5J5RA 4Q32A 3LM7A 3F4NA 3STCA 3O8AA 3PBYA 1EPXA 1C9DA 3WJXA 1RV8A 4B5NA 3ATYA 1OFBA 2GOUA 4GUFA 2AAMA 2CLIA 3EX1A 2YFNA 4WD0A 3NDOA 1T96A 5EL1A 1JJKA 4WOQA 2YDAA 4FF7A 3G1FA 4CQAA 2NWSA 4GC4A 3CEPA 2Q8ZA 1ZNNA 3E02A 4LVDA 1KM0A 4TIMA 5L6UA 3OHIA 1SO5A 4YMZA 2V82A 3EWUA 5AHMA 5LNRA 1XDMA 5LNSA 1W0MA 3OA3A 2Y85A 4E0CA 1D3HA 1GTHA 4N2YA 1XBVA 5K4XA 5G4WA 1LLWA 4JTFA 2ZRYA 5F4XA 1EB3A 3S9YA 3TKFA 3LXCA 3TFXA 1YXYA 4JY9A 3W74A 3TC7A 1RZMA 3DZ1A 5D03A 4UTTA 4FIQA 4HSOA 3W7IA 2YFOA 1WA3A 5HR6A 1SU5A 4AB4A 3ANYA 3KVKA 4PCFA 2GVGA 5CZTA 3TMQA 3CIXA 3QSTA 4JIQA 4OBTA 1F76A 3KVJA 4FNRA 4QNWA 5EBUA 1W8SA 2NX9A 3HGJA 3IIPA 1OX5A 2GPTA 3GKFA 3USBA 4BWLC 1BTMA 3NQFA 4HN4A 3G18A 3CLMA 2DP3A 1ME9A 2C13A 4BWLA 3W7PA 3TFCA 5T26A 4EOUA 4N4PA 3IGXA 2A21A 4O13A 1JCMP 1KFKA 3DFOA 5C6MA 4K36A 1VCFA 3LBMA 3UWUA 3P84A 1PL9A 1GVRA 3W7KA 4M19A 1TJRA 4DQWA 3C2EA 1DQWA 1M6JA 2Z2UA 4BFAA 4FX7A 3GR8A 1EA0A 2Y88A 3TCEA 1W31A 5D33A 2ZYFA 1AW5A 5E93A 1I2PA 3T40A 3FKRA 1OFOA 3NA8A 2ATSA 3L5MA 3TE9A 4WOZA 2A6LA 3AO0A 3TQ0A 2DZUA 4UCGA 1H63A 3A5VA 1VR6A 1GWJA 3NQ8A 5F2GA 3NQVA 4HIBA 4FNPA 2I1OA 2ZZ3A 3GK0A 3LOTA 2WO5A 1JCNA 5E1QA 1EUAA 4JTHA 2Y7DA 2QAFA 3P60A 4HPJA 4ZVJA 3U8GA 1X7FA 3O6YX 3W2NA 4JYDA 1KFEA 1P1XA 2VFEA 1VH7A 2DZWA 1AL7A 1O94A 4OT7A 4IUOA 1FWTA 1YTKA 5DELA 2CW6A 3HJZA 3KXQA 4TR9A 4CQ9A 5BMXA 4LT9A 4KFOA 4PFMA 1A5SA 1OJXA 2QCMA 3SY5A 4FX8A 5K2ZA 1TPB1 5BRBA 5AHIA 3W2JA 3DHFA 3S5YA 4GXMA 4MPQA 4NXSA 3BLEA 1S5VA 5AHNA 1JQXA 1SPQA 2Q8LA 1W5NA 1TPEA 2CZDA 4UMAA 2E6AA 3SIZA 2J9ZA 2NXIA 2DORA 1OFAA 3P82A 4FXRA 3BV4A 1Z48A 5DCBA 1TTJA 2OX1A 3GX9A 5G1TA 2A5HA 2QR6A 4ZZ9A 3TSDA 1KTNA 2ABBA 1JVNA 3LTPA 3W22A 4CCEA 2NUXA 4WX2A 3JS3A 1GQNA 1I4NA 4OHQA 3NG3A 4O54A 4ICNA 5FF0A 3GDLA 5F2LA 1K03A 3QF0A 1BKSA 1N55A 2A85A 1I2RA 3ABRA 1QFEA 1QPQA 2TRSA 3IEBA 3DHDA 2R94A 4IPJA 4N9CA 1C29A 2BWGA 3QW4B 3MYPA 3UD6A 3M7WA 4LU0A 3N9RA 3TJLA 2CZFA 3LLDA 4NXKA 3B06A 4Z0SA 3OVQA 3SFKA 2A1YA 4GBUA 5K4ZA 2VFFA 3Q2DA 1DQXA 3W70A 3ABSA 1IF2A 2A0NA 4LS1A 2WKJA 2OCZA 1QOQA 5ABTA 1W5MA 2HS8A 2V2DA 3BW3A 2QAPA 2FIQA 4IQLA 5EPDA 1N8FA 1XKYA 1OG0A 2XN0A 3LHYA 3QW3A 3I65A 1SSDA 2QCHA 3IV3A 2ZRUA 4MIMA 4R33A 4PA8A 5F2MA 3BG5A 2V0TA 3QSRA 2RKXA 4NNBA 2ZZ6A 3DFSA 4O1AA 5CGQA 1DL3A 3GKAA 5CKSA 3P62A 4JGDA 2GVLA 2ZQ0A 4O12A 3HG4A 4K39A 3O16A 4ZQNA 1XXXA 4O16A 2NX1A 1R2TA 4RJEA 5LNVA 1OK6A 4HNNA 3W84A 3TH6A 3AJXA 1VLWA 1MSSA 3N14A 3W07A 3GAYA 2GQAA 1AMKA 3WJYA 4JYFA 4L4LA 3W86A 4P61A 1TTPA 3G1XA 4IX0A 2PC4A 1WQ5A 3O05A 3QH2A 2DZPA 1E51A 1ZAIA 1VGAA 3W7EA 4UC5A 1KM1A 3TU9A 1L2UA 4IMEA 1YTDA 5HR7A 3FYPA 1FDZA 2VFDA 4NT0A 3W72A 1R2SA 3S6DA 1EWDA 1K7EA 3F4WA 4HT3A 3VI2A 1H7OA 2RDUA 4AHOA 2V5LA 3G0UA 4HSNA 3EWZA 1WBJA 3TW7A 1LTDA 3QMTA 4ADSA 3B0VC 3NL2A 4DF1A 5MHBA 5K7JA 5EMUA 2BZNA 2YSWA 3TC6A 3EWYA 3CPRA 3O06A 2I9EA 3IRDA 2QCEA 4RLIA 1HL2A 2R8WA 4LWWA 1K02A 5C2XA 2GQ8A 3W9ZA 3W7MA 5I3HA 3LCFA 2ISVA 3M6YA 3T78A 2B7PA 4JEQA 3IVTA 4IWWA 2KZHA 1WX0A 5KITA 3GNDA 4LY8A 5HQEA 1QCWA 3NL5A 4AWSA 2H3DA 3NNTA 3LRLA 4DPQA 4ZMGA 3P80A 3PG9A 3EX3A 1EP3A 2IQTA 3UPBA 3A21A 5HWNA 3LHVA 4GUJA 4RZ6A 4HNUA 3G1HA 4LRTA 3TQKA 1TV8A 3TDFA 3KHJA 1QWGA 3FLUA 1G4TA 4JDBA 3QYQA 3N9SA 3UPWA 4XWUA 4OWGA 3HIJA 2Z6IA 3W7CA 3W6YA 4NUWA 4LV9A 2JK2A 4IOTA 5KTLA 3QEZA 3G1VA 4AHPA 1O4UA 3RLVA 3ATZA 3SW6A 4K6AA 1XBYA 1GJPA 2E77A 1H1YA 2X16A 5AC8A 2B7OA 2B7QA 4Y6GA 3MHFA 4OQVA 3L2IA 4IXHA 4QAIA 3LXBA 1I45A 4K37A 1FWWA 2EKCA 4M6VA 1FXQA 2YXGA 4BF9A 3DU0A 2JGYA 2Y61A 3T55A 3TNOA 5I3IA 2DU2A 1SZNA 3L21A 7TIMA 1SO4A 3GLCA 2J88A 4MY1A 4DXVA 1Z41A 2V5BA 5K9XA 1DHPA 4LVFA 3C0JA 3DFTA 1HTIA 3RFAA 1FY6A 4O1CA 3ABQA 1L6SA 1RVGA 3A22A 5HULA 3O6CA 1GEQA 3EX6A 5AHLA 2P10A 3THAA 2CLOA 3HBLA 4LS0A 2ABAA 5CPOA 4IGHA 3LGEA 3CTLA 1UBSA 3CU2A 2ZZ4A 1OK4A 1TPVA 2DZTA 2EAWA 2HMCA 3QFEA 3TMLA 4GNJA 1RR2A 1UASA 3P61A 3MYOA 4TO8A 1N7KA 1GVQA 1KBJA 3W7OA 1PCWA 5LGZA 3DH7A 3LXAA 2TYSA 2Y7FA 1XFBA 3TW6A 4Q33A 2CLHA 3IIVA 4YLWA 5AYXA 3QPYA 3WK0A 4AH7A 2HS6A 3FYOA 3M44A 2CLMA 5AHFA 3PY2A 3LV5A 1VCGA 1XUZA 4NZFA 5DCEA 3DFNA 1K8YA 2Y89A 1A5AA 1GOXA 3ZWTA 1R47A 2TPSA 4O19A 3UWVA 1KW1A 1ZJIA 3NR0A 2FFCA 1QAPA 1JUKA 3PBVA 5BW6A 5K3VA 1A5CA 4ZQRA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3G18A

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