3G1DA

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with uridine 5'-monophosphate
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 80
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g1dA00
2FB3A 2GVLA 2HMCA 3UZ5A 1IXPA 4EF9A 1YPIA 2A21A 3GXNA 4MVAA 3LXAA 4JY8A 2FIQA 3ANYA 3EB2A 3IIZA 1GYNA 3V75A 1T8XA 3F4NA 3NO5A 2RFGA 4O4WA 3M44A 4S2BA 3F1QA 4K39A 1JCNA 1JCLA 1T96A 3E02A 3DFPA 4DEFA 4PL2A 1RPXA 2EPHA 3EEGA 3PR2A 4NX0A 3EX6A 1KM6A 3MP5A 3NG3A 3N34A 4AXKA 2CLHA 2O7SA 1PHWA 1MO0A 1W1ZA 2J27A 1SU5A 3QRHA 4JYDA 3PB0A 4MUZA 3QJAA 3C2VA 4GUFA 3NYZA 3OIXA 3H55A 1OFDA 1A50A 1OYBA 1G7VA 2DU2A 3DKJA 4RLIA 2E1DA 1C9DA 3N2MA 2RDTA 4O53A 4EOUA 3TQ0A 1KV8A 3PBUA 3S5NA 3W3OA 5D2XA 3IGUA 5C6MA 4RZ5A 1KTBA 4WQ6A 5D2YA 3Q58A 1EX5A 3TAKA 3IIXA 4O11A 3HPZA 3LXCA 3NOEA 3NQAA 3P8IA 4DPQA 3W7LA 1MXSA 3NVTA 3QC3A 3FYOA 4R33A 5D04C 5HULA 1KFCA 1QPRA 3BV4A 3BK0A 3S1UA 4ZQNA 3M0ZA 4LU0A 2JBMA 5DCDA 2ZTKA 5HMSA 3CEUA 3L0KA 1SO6A 5CG7A 3NQ7A 5DY2A 3OBKA 2OZ0A 3LCHA 3NL6A 3HJZA 5F4WA 3STGA 3ZWTA 2VEKA 1OFAA 2X1RA 3LHVA 3FEMA 2FTPA 1AG1O 3USBA 2ZRZA 3LHUA 3IGSA 1XCFA 3STCA 1TPB1 3NPXA 3LCGA 3TXZA 2ABBA 4UTJA 2CLEA 2QUVA 1FDYA 3Q2DA 1KFEA 3W2JA 2ZZ1A 5DCEA 4A22A 3IVSA 4UR7A 1KM3A 2WV8A 8TIMA 5K9DA 1EP2A 4LOCA 3S1XA 2YXGA 2WNQA 3DAQA 4KFNA 3FYPA 1H1YA 1IIGA 5I3GA 1UUOA 2V2HA 1RZMA 4NUWA 5CZJA 3L9CA 2E6FA 3FJLA 2QKFA 5G5IA 2AGKA 2BTMA 2P0OA 1C8VA 2X1UA 5U4NA 5E93A 1TB3A 3ZR4A 4ORIA 1OHLA 4O18A 4PFMA 5F1VA 2TRSA 2WNNA 3NQ8A 4N6FA 5AHIA 1SW0A 5CPNA 4C1KA 1BWLA 4QAIA 4N9BA 1SW7A 4JDYA 3GDMA 4JTHA 1TPWA 5J5DA 2B7PA 4UC5A 5DLCA 3EXRA 1UB3A 4UFHA 4PODA 2NX3A 2ZA2A 3FOKA 1ZENA 5FF3A 1DJQA 1EWEA 4WY0A 2CZFA 3FIGA 1G69A 4NNCA 3PS7A 3BPWA 3DKLA 1JRCA 1K8ZA 5F2LA 1F73A 4UFIA 4OE7A 1DQWA 2C6QA 3PUDA 5I3IA 3W74A 3S5YA 2QUTA 1GTEA 3GZ3A 3TDFA 3VKJA 1I2OA 4N9CA 1QPOA 3W7EA 5G1YA 3O6DA 2QCFA 3EWZA 4O8RA 1W56A 3KFTA 1D9EA 3I68A 2X2GA 2ZRVA 4E2BA 5HR6A 3LTPA 3DENA 4HNNA 2OCZA 4I7VA 2RKXA 2GVGA 4WJEA 3KRZA 5G4WA 1I2QA 1PE1A 4RX0A 5FF4A 1SPQA 1PIIA 1Z41A 4AHQA 3NQ2A 1GYLA 3G1HA 3LM7A 3P74A 3PB2A 1LRNA 3W73A 3HOJA 1KBJA 1VGAA 3ATZA 4M19A 2CZDA 1VR6A 4OWGA 3PVFA 4AWTA 1OX4B 5D03A 4NJKA 3BGJA 4JX6A 3G0SA 1FCBA 1VRDA 1GPWA 4D2JA 1ML1A 2ABAA 2CZEA 3ABQA 3W7GA 1H60A 1RQHA 5DELA 2VFHA 4NJHA 2V5BA 1W5OA 2WKJA 1K8XA 4JTTA 1I4NA 1FBAA 3LI1A 1QOPA 2DZWA 5K3VA 1MZHA 4UTWC 1XBZA 1SZGA 2Y62A 1ZAJA 4X2RA 3TX9A 4R7JA 1TSIA 2QCMA 3MYOA 4ADSA 3H53A 1G4PA 1AW1A 2RH9A 2CU0A 2I14A 2Q8LA 4DO5A 3B0UX 3LRLA 1ICPA 2VKZG 1CI1A 1UJPA 2CLKA 2OT1A 2NV2A 3WJXA 2GJNA 3KVLA 1NEYA 3W7QA 1FXQA 1TPC1 1YDNA 2VFFA 2C15A 2BZNA 2W0UA 1X1ZA 2J9XA 1MEHA 4EWND 3LHZA 3GR8A 4GBUA 3PWAA 3G8RA 5FEWA 2C3ZA 1EUNA 2X1SA 4UTTC 1AL7A 3TA6A 2ZZ4A 1LP6A 2Y6ZA 1W3NA 1LYXA 2VFGA 4JTEA 3NQDA 1DKWA 1WOAA 5BMWA 4IXHA 3PF3A 4QIUA 2C13A 2FLIA 1WDWA 2H8ZA 4N6EA 4NQ1A 4OHQA 1W5NA 3UWQA 3MBFA 1ZAIA 4XTDA 3SI9A 5DXXA 2C1HA 4X22A 1SO5A 1LBLA 3L66A 3EXSA 4AHPA 1LBMA 2Z2UA 3GB6A 3HPSA 2J9YA 5HUPA 3UPBA 1UUMA 3G1XA 3N9SA 3TAOA 3GAKA 4K8EA 3M5XA 1TREA 4Z08A 5G1TA 2ZA3A 3RNDA 4Z1BA 3TUUA 4WY0F 3MI6A 3PY2A 4NXKA 4XTIA 3SJ3A 3DHDA 1I2PA 4ML9A 2GUUA 1B3OA 4GUHA 1DL3A 2O7QA 3NQEA 3I7QA 5LHEA 5DY3A 3BLFA 3JR2A 2YSWA 3C8FA 4AWSA 5AB3A 4Q32A 4S1FA 1AW2A 1LCOA 2RDUA 4TIMA 3C2RA 1ME7A 4Z1CA 2Z6IA 4JDBA 4RKAA 1HG3A 3KVJA 5E1QA 4WOZA 2ATMA 3UWUA 2ZZ3A 3P5ZA 5C5YA 3MYPA 4WXZA 3EX3A 1X8FA 4FHAA 4NJGA 4O10A 2Z0IA 3DFSA 3O07A 3BG3A 4LV9A 2WSYA 4Z0JA 4JX5A 1ICSA 3LHWA 4YMZA 1LDCA 2DORA 2RDWA 4I7UA 1WYIA 2VEIA 3MHUA 4M7TA 4CCDA 3W71A 1GTHA 4NNAA 1XC4A 3E12A 4Z0SA 5I3KA 1Z42A 1F76A 3O6YX 4M5PA 2ISSA 2YW4A 1PCWA 4O1DA 5K7JA 1I45A 3UD6A 2C16A 6TIMA 5CKSA 2OJPA 4IXXA 2ISVA 5EA9A 1BTMA 4NZFA 3W1AA 2YZRA 1QDSA 5FF2A 5BW6A 4PCFA 2CLIA 1OG0A 2BWGA 3W7MA 1RVGA 3L67A 1U5JA 3EWBX 1UCWA 3GLCA 4UCGA 4CLMA 4GUIA 1WXJA 3TC7A 4JR5A 5C2XA 1Q6LA 4IX2A 1SSDA 3VFLA 3ZFHA 3QMSA 2DZVA 3MW7A 2ZZ2A 4UTLA 1O5KA 4NJJA 2G97A 2BXVA 3CHVA 1DQXA 3OVRA 4ZQPA 1OX6A 1G4SA 4YCPA 5FF7A 3B4UA 1TMHA 4UTKA 3SSJA 5DBTA 5HWMA 5CPMA 3LGEA 3W1MA 1YTEA 3NPUA 3LXBA 1EPXA 4K6AA 4MPQA 1QWGA 3PULA 4HSOA 1J5TA 5D32A 3W2LA 5LGXA 5CSSA 5EMUA 2XFWA 5KSWA 1GVFA 5L9FA 4IPJA 1VCGA 4O16A 5G2HA 1YYAA 3DU0A 4RV8A 1S5WA 1VJIA 2PC4A 2Y7FA 1ZNNA 4OV4A 3R12A 4WD0A 4RZ4A 1QO5A 4TU1A 5DCBA 3PSVA 4GRSA 1NF7A 3C0JA 5ABTA 4LTSA 3IGXA 3SIZA 4FIQA 3KVMA 3SGZA 5HQEA 1X7FA 1VPXA 3T40A 3KX6A 1Q6RA 3C6CA 5KITA 1QOQA 3TFCA 5AC8A 4CCCA 4O4VA 5DN1A 3TC6A 5AN7A 2ALDA 3CLMA 3N3MA 4IMCA 2YCEA 3W1PA 3IEBA 4LRTA 1H1ZA 4HPJA 1VLIA 1WBJA 2JKEA 5TIMA 2V2CA 1KTCA 1XDLA 3C52A 2NV1A 2VELA 1Z48A 1B4KA 3P62A 2CLOA 4A21A 4M6VA 2Y7DA 4FB7A 4HNVA 5LHFA 1B4EA 1DBTA 1M7PA 5AFDA 1GG1A 3P8JA 3TQVA 1VHNA 2Y85A 3MWAA 1ONRA 2YW3A 1JUKA 3GKFA 3NQGA 4Y6GA 2CWNA 5G4EA 1NFBA 1OX4A 2C14A 3NQCA 2YPIA 1DJNA 3HBLA 3KVKA 3QEZA 4UR8A 3LRMA 3M9YA 5LNSA 3O15A 1W3IA 1EWDA 3LCIA 3NL3A 4KFOA 3A5FA 1KFLA 1KM5A 3P5YA 4CNNA 1TV7A 4UUIA 2EHHA 2QDGA 1KFKA 1K8YA 4POCA 3W85A 3CWNA 4WXYA 1PHQA 3G1SA 4IJBA 2EAWA 4UFKA 2C0AA 3BLEA 3DXIA 4A2RA 1S3HA 3UWZA 4LY8A 3W7NA 1H7NA 4BFAA 3G3DA 2H3DA 2ATSA 3G1DA 1VQTA 3S5OA 3ABSA 4NXSA 4GFSA 4OBTA 4FIRA 2ZTJA 1HFBA 2GQ9A 1OK4A 1OFQA 4Y90A 3B8DA 5D38A 5AOUA 1W0MA 5C55A 3W7PA 3B05A 4P61A 3L68A 1VCFA 5AHMA 5EBUA 4E0CA 2F7FA 2Y70A 3T7VA 4WUIA 1MEIA 4DF1A 3EX2A 1SSGA 3O63A 4O1AA 4UFLA 5HJLA 4A29A 3EWUA 3DFNA 2OX1A 3ZWSA 4RJEA 1AW5A 3CT7A 3DGRA 4YXGA 2E77A 4O1CA 3UQNA 1LLZA 1W5QA 3G22A 1FWSA 2I1OA 3GDTA 3BVJA 3M6YA 2J6XA 3LDVA 2CFFA 3G3MA 3C2OA 5K4XA 3NQVA 1G67A 3UZJA 1GJPA 1YDVA 3HQ1A 4RCXA 1FCQA 2B4GA 3TK7A 3PG8A 4R53A 1TTPA 5FI8A 3G1AA 5MHBA 3PSWA 3LX9A 1OFOA 1FQ0A 1NVMA 4J9JA 1TPUA 1JCYA 4JTJA 3W1RA 2F84A 1JVNA 1Y0EA 3FLUA 4JX4A 1JCMP 2EKCA 3KOFA 3D0CA 2EF9A 1FWRA 3QQ0A 1EA0A 1PVNA 2ZA1A 5CSRA 2BX7A 3ATYA 5LNVA 4DBEA 4DO4A 2VFIA 4LS2A 3DZ1A 1H51A 2HS8A 1QFEA 2CLMA 3TKFA 2H8XA 2C19A 3TJXA 3MP3A 2QUUA 1F2JA 1RQEA 3G18A 3RLUA 1OFBA 1F05A 3A22A 2HSAA 4X3ZA 4QNWA 4ZZ9A 2VENA 4MIMA 5F2MA 5AC7A 4AB4A 4XBSA 4H3DA 3GNDA 2BSLA 4ICNA 3W23A 1TCDA 1NAL1 5AC6A 2NZLA 3BW2A 4TMBA 3FKRA 5CZTA 3W1XA 1O95A 1ZCOA 4FNUA 2R91A 1YXYA 3NL5A 2CW6A 3LCWA 1XM3A 4JTLA 4E2DA 1GG0A 3OA3A 1Q45A 4OQVA 1JRBA 3GK0A 5EYWA 3GDRA 4UTTA 4PC8A 4MYXA 1D3HA 4Y8FA 1OX5A 1K7XA 4FNTA 4O12A 4DXVA 3L21A 2NX9A 3I6RA 3R2GA 4IGHA 4TR9A 2E6DA 2NXHA 3IV3A 4MY1A 3W75A 3U2OA 3O06A 1KLZA 3M1ZA 1H7WA 1TPEA 2ZYFA 3INPA 2C18A 1XBVA 3BO9A 1OF6A 2B7QA 1ZJIA 3QMTA 5F2GA 3IRDA 3QW3A 5F4SA 1JR1A 1W3TA 3W7RA 1VC4A 3PUEA 4N2YA 1GVOA 1LOQA 5FEXA 5EL1A 4BI6A 1MEWA 4K7VA 3R89A 4UMAA 1L6YA 3QYQA 5KZDA 3LLDA 2PRLA 3UWVA 3BLIA 2GJLA 1IXNA 4E38A 4XZ9A 3C61A 4LVGA 4IQLA 1QNVA 1SZEA 3QFEA 4BF9A 2Z6JA 4EIVA 3QM3A 3HPXA 3STFA 3E9AA 3W2NA 4RXGA 1TTQA 2QEZA 1R46A 4UNLA 5CPOA 2VEMA 2ZRYA 3LERA 4UTMA 3EWWA 1RR2A 1F5ZA 1A5BA 2FFCA 1AK5A 1JCXA 3M5YA 5KTLA 4AWUA 1WA3A 2Y88A 2GQAA 1VYRA 3SECA 1KA9F 3ABOA 3TH6A 4LVBA 1M6JA 2Y63A 2FDSA 3C2EA 5BMXA 2G5WA 1PV8A 1GVRA 2YR1A 4KKXA 1H62A 3R8RA 3GXTA 3CEPA 1K02A 2A7PA 4UNKA 5H2ZA 2B0MA 1N8FA 2PRMA 5I3FA 3T55A 1H5YA 2DZTA 3W7JA 2JK2A 3MUXA 3R5EA 1G4TA 1SFLA 4OV9A 1TPDA 1FXPA 3PBVA 5D02A 1KM1A 1ZALA 3IIOA 3S0CA 1EUAA 1SO4A 5LZLA 3EWXA 3BARA 4YCOA 1RQBA 3B03A 2NWRA 3RMJA 3OVPA 3EXTA 1QPNA 3P7YA 3TW7A 2X16A 2HS6A 3B04A 4N9EA 2D73A 5C54A 1EEPA 1SZFA 3RLVA 4JTGA 2YFOA 1JJKA 2ZRXA 2JGQA 3F03K 3G1YA 2QCCA 3S1VA 3TFXA 3TSBA 4EF8A 1ADOA 1W54A 4IX0A 1SUXA 2TYSA 4HN4A 3TSDA 1VYSX 3NM1A 5G2WA 1SFJA 3HG5A 2VFEA 4MFDA 1HO1A 1FCVA 2E5CA 4NJIA 4FX8A 4GE8A 4I7WA 4RK8A 3N14A 4JXCA 4NT0A 2NXIA 5H91A 3TE9A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2FB3 A;  4H6E A;  3UZ5 A;  1IXP A;  1EC9 A;  1YPI A;  4U5I A;  3Q4D A;  2A21 A;  4V1X A;  4E4F A;  3LXA A;  4FPS A;  4FLQ A;  5CSU A;  1T8X A;  4O4W A;  3NO5 A;  4S2B A;  3HPF A;  3M44 A;  2WMK A;  2DSK A;  3PZ9 A;  1F8M A;  2Z28 A;  2PLM A;  3DFP A;  1S2A A;  1RPX A;  4JFW A;  2AQV A;  3VGF A;  2DSZ A;  2J6V A;  3WBA A;  3N34 A;  3OQE A;  2O7S A;  1PHW A;  1MO0 A;  2FZN A;  3RXZ A;  1GZ1 A;  2J8T A;  3RLG A;  4QP0 A;  2J77 A;  3PB0 A;  3CLW A;  3WF4 A;  1TV2 A;  2BVW A;  4ZST A;  4HMD A;  2DU2 A;  1A50 A;  4G5D A;  4RLI A;  2E1D A;  3CPU A;  5JBF A;  4O53 A;  1E0U A;  3AC0 A;  3FGC A;  3TQ0 A;  3WNK A;  2WNW A;  4RZ5 A;  4DWS C;  2WHK A;  4U33 A;  1EX5 A;  2NLY A;  2JE8 A;  3TAK A;  3W0K A;  4O11 A;  3HPZ A;  1KXV A;  3NOE A;  4DPQ A;  1H2J A;  3QC3 A;  4R33 A;  4HGX A;  4K2S A;  1H4P A;  3CL7 A;  1DJX A;  4IQJ A;  1WXY A;  3F7J A;  1D8W A;  4LU0 A;  3AOF A;  4JKK A;  5DCD A;  4ZR8 A;  3GW3 A;  3QXB A;  5CG7 A;  3PZN A;  2ZID A;  3AMK A;  1EQC A;  1YKW A;  2OZ0 A;  3BCD A;  3LCH A;  3NL6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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