3G1YA

Crystal structure of the mutant d70n of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with sulfate
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
218
structure length
204
Chain Sequence
RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIANFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLPAAAAAGIIESI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 69
structure length 204
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g1yA00
2NZLA 4KWWA 3G0UA 1B57A 4MJMA 4ADUA 5LSMA 3Q58A 4JS3A 3HGJA 1Z41A 1VPXA 5KZDA 1EA0A 2ISVA 3W2NA 3KVMA 5FEWA 1Q45A 1OK6A 2A7PA 2F7FA 3A21A 3EX4A 4NZJA 5C54A 2YW3A 3CU2A 3LRMA 3GYEA 3CWOX 4FIQA 3TC7A 1W3NA 4OE7A 1YXYA 4JX4A 2Y85A 4WD0A 4WX2A 3NNTA 3LCFA 3M41A 1GVSA 5CSSA 1R2SA 3LTSA 3SFKA 2OJPA 5I3GA 4JICA 5KITA 4N4QA 4U28A 2J24A 4LV9A 2QKFA 5BMWA 1P0KA 3WFAA 4MFEA 1DORA 3LTPA 3ABOA 3D0CA 2ISSA 3A22A 3UD6A 2EPHA 4A2RA 1GWJA 4NNBA 2FB3A 2DZTA 2RDWA 2V5BA 4WUIA 4LOCA 4JIQA 1JCMP 2VEMA 4RV8A 5HR6A 1ALDA 1MEIA 4NJJA 1JJKA 2P0OA 2GUUA 1F6PA 3W2LA 4AF0B 2ZRUA 1GVQA 1Z44A 2LLEA 3LB0A 1FWNA 1VJIA 3SSJA 2VFGA 4IX2A 2YFOA 1JQXA 5BW6A 3QW3A 2YCEA 2C18A 3MW7A 3USBA 1H60A 3WK3A 2JBMA 1VH7A 1W1ZA 5E93A 1FY6A 2Y7EA 1YDVA 5I3JA 4MZ8A 4WY0A 4QAIA 4ZQPA 3M16A 1FDZA 1SO3A 5F4SA 3CEPA 4OV4A 4BWLA 3TAKA 1MEHA 2CLFA 3DH7A 3IIOA 3MI3A 2JGQA 1RPXA 4I7WA 3KXQA 2XN1A 4XBKA 1KA9F 4MYAA 2ZZ6A 3IIVA 1XM3A 2DZUA 3EX6A 1YYAA 1OF8A 5CZJA 3QSTA 4NNCA 4UTUA 1OHLA 1U5JA 2O7SA 4NU7A 2H8XA 3MWAA 3R13A 5AC6A 3FOKA 2BXVA 3W2JA 3W7DA 5D02A 2W0UA 1OX6A 3QC3A 4JTSA 3DFSA 3L67A 3LRKA 3LLDA 2DJXA 4ZMGA 4O11A 1QO2A 2E6DA 1C29A 3TNOA 3E12A 3OG3A 2TMDA 3EX3A 2WOQA 2B7NA 3PUEA 4RR4A 1GVFA 4KFNA 1TPWA 3LX9A 4O4WA 1O4UA 3GXPA 2ZFAA 4A22A 1P4CA 2ZZ1A 3KHJA 5F2GA 3O6YX 1WV2A 3GIYA 4K7YA 1YXCA 2FLIA 3UXDA 1O94A 1ICQA 3VE9A 5F2IA 1LCOA 3TQKA 1I2QA 1VCFA 2G95A 3OVRA 2WKJA 3W1XA 4IMEA 3F1QA 5I3FA 1H7RA 1DOSA 1K7FA 2CLOA 2EAWA 3W7PA 1KBJA 2NUYA 1PHQA 1XBVA 4JTLA 4QNWA 3FKRA 1FQ0A 3DI0A 3FS2A 1ML1A 3NGJA 3BW3A 1IF2A 1TTPA 3TFXA 2Y7FA 3IRDA 3PBWA 3NQVA 3BG3A 1T8XA 2ZRXA 4YMZA 2NX1A 3W1QA 3NQFA 3NL3A 2JKAA 2YGYA 5F4XA 5CGQA 2QUTA 2ZA1A 4WY0F 3PSWA 2H90A 3C4UA 5LNWA 3UY7A 3BPWA 3FFSA 3GR7A 4IMFA 3R89A 5LNRA 3T7VA 3A9IA 4OU1A 3P8JA 4IMCA 1YPIA 1I2OA 5HUPA 1ZY9A 1FUYA 4M5PA 2CLLA 4QISA 4Z1AA 3LGEA 4IMDA 4XKYB 3GXNA 2CZ5A 4ZZ9A 3W7IA 4KFPA 4IJBA 1KFLA 3G1YA 3JS3A 5D30A 4B5NA 4CCCA 3LHUA 1SUXA 5H91A 1YTKA 1HO1A 3SGUA 2CWNA 2DZWA 3LERA 1OFDA 3H54A 1A5BA 5DN1A 1XKYA 1KM0A 2YFNA 3TE9A 3RMJA 3SW6A 1J4EA 3C2OA 5AHNA 3VI2A 5KTLA 3MYOA 4OT7A 1EIXA 4IPJA 1H1YA 4Z1BA 2ATSA 4QJ1A 3W1UA 2YDAA 3T78A 2Y61A 4NXKA 5EY5A 1FCQA 4BI5A 4NT0A 4E2DA 4UTHA 4CNPA 1X8FA 4MOZA 3G1FA 2WSYA 1C8VA 2FPYA 4Z08A 1TJPA 3NZ1A 3P62A 3KRSA 2R8WA 3HG2A 1GOXA 2G96A 4XTIA 2GQAA 1SO5A 3TA6A 3ABRA 5KSWA 3LCWA 4Z1CA 2ZQ0A 4K37A 4K39A 3BK0A 1RV8A 1WDWA 2FPTA 1PS9A 3W84A 3HB9A 3RLUA 1C9DA 4ALDA 1EWDA 1LORA 5LNSA 1VYPX 2H8ZA 3VFLA 5KMYA 1TYGA 4AB4A 1S5TA 3W72A 3EKLA 2J88A 2QDGA 4UMAA 2RDTA 4FX6M 3EX1A 1THFD 3LI0A 2PCQA 2V5LA 3HO8A 3BLEA 1TQXA 4BI6A 2OT1A 1S5WA 4NXSA 4JTEA 1LBMA 1LRQA 4JYEA 1Q6RA 1TPVA 3W87A 5LHEA 4MY8A 2CW6A 4Y8FA 4XWUA 4R33A 3WK2A 4OHQA 3FYPA 4UTKA 3C52A 3QYQA 3G1HA 3W7KA 1LTDA 2BLEA 2DZSA 2A5HA 3G3MA 3GDRA 4YWIA 3PUOA 2GQ9A 1VCVA 4DO5A 3ZS4A 3A5VA 3L0NA 5AYZA 2DP3A 1TPH1 3W7HA 4C1KA 5CZTA 1Q3NA 1LOLA 1SO6A 3W7RA 1H51A 2CLKA 2JKPA 2ZRVA 4LU0A 1FWRA 3NL2A 5A8GA 4R7JA 3G8EA 1P5BA 4HT3A 4JN6A 1TO3A 3QQ1A 3S6DA 3UWZA 4IXXA 3PULA 3ANYA 3S1UA 3ZWTA 2DJLA 5FF2A 3M5XA 3THAA 4CQAA 1VQTA 3BV4A 1YLVA 2V8ZA 2A0NA 1N8FA 2E09A 1VHNA 3BO9A 4A2SA 5G2HA 3RLVA 1NF7A 3IGUA 5IM51 1DL3A 1W3TA 3QMTA 2V81A 1GYLA 3I7QA 1VLIA 1RVGA 1UUOA 5D33A 4FXSA 2CZFA 2YPIA 2A21A 2QUUA 2H3DA 3CWNA 3NYZA 1MSSA 1OG0A 2JGYA 5FESA 1LP6A 3M47A 2EHHA 1KM4A 4DEFA 4LRSA 5TQLA 5U4NA 5C6MA 2W79A 1L6WA 5DCEA 1XUZA 5D2TA 1GEQA 3W7GA 1TV7A 2QCLA 3NQ2A 4PEKA 4X9SA 1OYBA 4I7UA 3MBDA 5I3IA 1OFAA 1NAL1 1H5YA 3EWWA 3PS7A 2KZHA 4Z0SA 3S5NA 4H6KA 4DPPA 3NZRA 4CNNA 5HNRA 4GFSA 5BOOA 1O60A 1PL9A 3L68A 2QCCA 4JYFA 4FEZA 1K7XA 1ZFJA 4D2JA 4O14A 3N9RA 3LOTA 3P80A 2WSRA 4JDBA 4PL1A 5G1YA 3W85A 3LHZA 2V9DA 2C15A 2P1FA 3QPZA 4UFMA 2WNNA 2FQIA 4MJZA 1SFLA 5DXYA 5HUOA 3PG8A 1M7OA 3ELFA 4LC6A 4ZVJA 4GWEA 4O13A 4UFJA 1LOQA 1EUNA 3RK8A 3T44A 1TV8A 2QEZA 4A21A 3LTYA 3F4WA 2OCZA 3CHVA 2EGZA 1ZAIA 4MY9A 4RZ5A 1KM2A 5L9FA 5HWMA 5AC7A 4HNNA 4EWND 1XDLA 2E5BA 4FXRA 2NLIA 4Z1DA 1ME7A 1TQJA 3T4CA 4W9TA 3QEZA 1UUMA 5SWUA 1NFBA 5G1TA 3PB2A 1WQ5A 3P5YA 2PC4A 5IBXA 1ZJIA 2ZZ2A 3I7SA 1R2RA 1YTEA 3NM3A 1N55A 4HSOA 4U4MA 4ADTA 2E77A 4MKNA 5D37A 4M19A 4JTTA 3FA5A 1XFBA 1W56A 3IGSA 3S1VA 5H2ZA 1SZEA 2X1UA 2R91A 4O10A 1D3HA 1W54A 4LS2A 3TV8A 4N02A 2A1YA 2B0MA 6TIMA 1DQXA 4N6EA 2Z1BA 3G3DA 5K3VA 2HSAA 4UIOA 3C2RA 4Z0JA 2PURA 1RQBA 3EWBX 3TW6A 5GVJA 4GUFA 5EPDA 5FF3A 1H63A 2B7PA 1IXOA 3MYPA 1SQ7A 3DU0A 4L4LA 4PODA 5F2LA 4CQ8A 5AHIA 1GG0A 2C19A 3DGRA 1LBFA 4GUHA 2TYSA 1SZGA 4UFKA 1NEYA 2WV8A 1UASA 2Q8ZA 1QO5A 3STFA 2J9YA 3E96A 4UR7A 5AYXA 1G67A 4MFDA 2A7RA 3L5MA 4E2BA 1M5WA 3MP5A 4ZL1A 2G97A 3KRUA 4JTJA 4UUIA 1SFJA 4LC8A 5LGXA 3IVTA 2NX9A 2P10A 1K7EA 3TIMA 1F2JA 1QPQA 4YCPA 1PVNA 1YDNA 2CLEA 2W6RA 3PVFA 3CM4A 2GVLA 4GNJA 5E1QA 3FIGA 1ME8A 5D2WA 4AHOA 5CPMA 2VKZG 3CLMA 2QCEA 3IIXA 1F5ZA 3E49A 4G1KA 2Q3OA 1VCGA 1JUEA 4CLMA 1SW7A 2J27A 2V2CA 4K6AA 1GJPA 2WQPA 3GK0A 2WO5A 2Y88A 4LT9A 3MHGA 4P2VA 5DY2A 3GR8A 3NQDA 1DJQA 4O53A 1GTHA 2C3ZA 3OVPA 4FNPA 4UTMA 1K8XA 3PC0A 4E38A 3L21A 3PBYA 1G4PA 1QOPA 4HNTA 1DVJA 4JY9A 1N7KA 2YXGA 4LVGA 1JUBA 1H7NA 1OK4A 2NXGA 1H7XA 3EWXA 5J5DA 3BLIA 5F4WA 4H4IA 3QH2A 2XFWA 5DBUA 5HR7A 4AAJA 2WNZA 3OEXA 5CKSA 4K7VA 2B7OA 1KV8A 2QAPA 5G2IA 3T55A 1KLZA 4FNUA 4M6QA 2WSQA 2TRSA 5KZMA 4DPQA 2CZDA 3GKAA 5AHEA 1ICSA 5AOUA 1ZAHA 4TU1A 1W5PA 3W76A 4XQ6A 4UMBA 2ZA3A 1LZOA 3CPRA 3P61A 1QNVA 3LV6A 5EA9A 4KKXA 2VFEA 4NZFA 3GZ3A 1ZAJA 2GPTA 2VELA 1EPXA 4BF9A 2HTMA 2X1TA 1FWWA 1FXPA 3U8GA 4O1CA 4OV9A 1SZFA 3ZFHA 4CCDA 4DELA 4MLRA 3W1AA 4RZ6A 3PM6A 5LNVA 3W1PA 1F74A 4R53A 1JQVA 2J9XA 2VOMA 3BGGA 3CEUA 4JIPA 4QIUA 4X2RA 1LRNA 4AH7A 5CG7A 3DFTA 3GLCA 2E5DA 4LVAA 2ZZ3A 6ALDA 2ABBA 3UQNA 2CU0A 5A5WA 5BRBA 1JCYA 3M43A 5C5YA 5IBXC 4FIRA 3EKZA 3DKJA 5LGZA 4O19A 4BFAA 2GJNA 3PG9A 3PF3A 4IGHA 1EWEA 3M5ZA 2BTMA 3NDOA 1A5CA 2CLMA 4AXKA 3U2OA 3ZWSA 1LOSA 3GKFA 4MIMA 3L66A 2I1OA 4WY0B 1LRTA 1OFOA 2AQWA 2R14A 4LNYA 2FDSA 4K8EA 2DZPA 1XL9A 3MHFA 3W7OA 1JRBA 1EUAA 1H7OA 1LYXA 3O05A 1W5MA 2GVGA 1S3HA 3QJAA 2QCDA 3NQ6A 3O8AA 1J5TA 3CIWA 1TB3A 3W74A 3T40A 1EP2A 2QJIA 4O0KA 3CB8A 3WK1A 2VENA 3W2KA 4JTGA 3UNDA 3DFQA 1GZGA 2QUVA 3LHTA 2E6YA 1W5NA 1OX4A 1UBSA 4JD4A 4UTTA 1ONRA 1W0MA 5I3HA 3W7QA 3W2UA 4EF8A 2QCGA 4O54A 3RNDA 1W5OA 1WAUA 3LCHA 4GUGA 3LCGA 4GUJA 1L6SA 4KWVA 1G6CA 1AL7A 4X22A 3S1WA 4N9CA 4UTWA 1I2NA 3UXAA 1GYNA 4WXYA 2YSWA 1Z42A 1W8SA 2NWSA 1F6KA 4PFMA 1KFEA 4LVDA 5BNKA 1QMLA 4TMCA 1P1XA 2YYTA 5AC8A 2YYUA 3S0CA 3TXZA 4LW7A 5EKYA 1TSIA 4S2CA 4GJ1A 4NQ1A 3P8IA 5FF7A 1H50A 4MY1A 5AFDA 1EB3A 3CQ0A 5D2VA 3FJLA 4MLJA 3S5OA 3G1AA 1KM6A 4NJIA 4HN4A 1YXDA 4AWTA 4HKPA 1G7UA 3W7LA 2GVJA 4EOUA 3TW7A 5J5RA 3LXBA 5EYWA 2CFFA 3TQVA 1VYRA 2Z2UA 1IGSA 3DI1A 3STGA 3DFOA 2VC6A 5U7SA 1QPOA 3RF9A 4O52A 1ME9A 3PY2A 2AAMA 3HG5A 2FFCA 3NPUA 5CPNA 1TPFA 3LBMA 3TMQA 4K38A 2I9EA 1S5VA 4M6PA 3NL6A 1AMKA 3N3MA 2ZYFA 2E6FA 3HJZA 3W70A 4FX8A 3HPXA 3UWUA 1Y0EA 4LUIA 3Q94A 5CZ0A 3N19B 5G5IA 3O6CA 2I14A 3EWUA 3ABQA 3HBLA 4BWLC 1TPB1 4GBUA 1L9WA 1SO4A 5HWJA 2EKCA 5FEPA 3HGOA 4E0CA 4FNQA 4CNOA 3B04A 3TSMA 1WBHA 3NQMA 4UFIA 3W1TA 4IWWA 1T96A 3WJXA 4GE8A 4DF0A 3GNNA 2Z6IA 2D73A 3W86A 4JNMA 1LDCA 4JXCA 3TR2A 3TKFA 3LBCA 1OYCA 1G4TA 4HPXA 4JR5A 4O18A 4QQ3A 4N9DA 1D9EA 1Q6LA 5DLCA 5KINA 2ZTJA 1K03A 1OFPA 4IX0A 3A5FA 1Q6QA 3FJ6A 1QPRA 3QF0A 3G24A 3QPYA 3MHUA 3THQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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