3G22A

Crystal structure of the mutant d70n of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with uridine 5'-monophosphate
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIANFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 81
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g22A00
5DN1A 5HWMA 1XBYA 3TXZA 1TTQA 2Y62A 4UMBA 3RNDA 1RZMA 4U28A 1YYAA 2ZDRA 1H7NA 3PBUA 2XN1A 3UXDA 4LRSA 2GQAA 4BK9A 4YXGA 4O54A 4Y6GA 4NXKA 3UPWA 3W2NA 4FEZA 3EB2A 3UWVA 5FI8A 3NEVA 2A7PA 1H5YA 2ALDA 1S5WA 4P2VA 4ZQNA 2Y7EA 2A5HA 4YMZA 5LKYA 4N02A 1KV5A 3L66A 2BXVA 2V2HA 3LCGA 2TPSA 3PUOA 3LTPA 1L6WA 1LYXA 1K02A 3QFEA 4EIVA 3IIZA 3I65A 3QMTA 3NPXA 4RX0A 5AHMA 3TA6A 4CQ8A 2VEIA 5D37A 2A7RA 3G1AA 4M7TA 3F4WA 3MO7A 3W1XA 3W7CA 3SGUA 1I8JA 1JCYA 4IMEA 4AF0B 5CPNA 3W7EA 1I2QA 2RDUA 4JYFA 3F4NA 1A5SA 3QSRA 4NT0A 4EF8A 2AGKA 4MFDA 5FEZA 1DQWA 1KTBA 1FBAA 4N9BA 1ZNNA 1H50A 4QSHA 4OE7A 1KFBA 1ZY9A 2DZUA 5CG7A 1HUVA 3NPWA 3RLVA 3PF3A 3NZ1A 3M0ZA 1H7XA 2QUTA 3WJYA 1VH7A 2QCNA 2I9EA 3UPBA 4QISA 1OYBA 4BWLC 2C0AA 2NZLA 5BOOA 2X1UA 1H61A 4FO4A 4Q4KA 3NQ6A 4LUIA 5HJLA 1LRTA 3TJLA 4XTIA 3PS7A 4OQVA 3DBPA 1OFEA 4ICNA 2AQWA 2XN2A 4WD0A 1M7PA 4O12A 3NA8A 2NV1A 4OWGA 3H53A 3ABOA 3DH7A 5F1UA 2H8ZA 1L9WA 8TIMA 1OK6A 3PC0A 4S2BA 2DP3A 3F1QA 4Y96A 3E96A 4FB7A 5C5YA 2QR6A 3NL2A 4CQ9A 1NFBA 2Y7DA 3EX3A 3IEBA 3LHYA 6ALDA 1UUMA 2VEMA 3W7IA 1IXOA 2C6QA 5HR7A 3W1RA 3GXTA 4OGZA 2E5BA 3MP5A 1G4EA 1TO3A 2XN0A 1JULA 1ZFJA 2V5BA 4MY9A 1NVMA 1OFDA 5DY3A 4BI5A 3QQ0A 5H91A 4MJZA 2VOMA 4K39A 3C2EA 3LM7A 4R53A 3UY8A 2CLIA 1TV8A 2G96A 3W7JA 4ZQCA 4WZHA 3CT7A 1SQ7A 3NO5A 4JX4A 4HPJA 3LHWA 2NWRA 3UZ5A 5KINA 2XFWA 2CU0A 3DFSA 3W7DA 3DHDA 3S1XA 1TTPA 3Q58A 4RCXA 3STFA 3VCRA 1ALDA 2BX7A 4U4MA 1ZAJA 1SO4A 2F84A 1U5JA 1TPUA 3PWAA 1R46A 5D04C 3STGA 1N55A 3MBDA 4IXHA 2V30A 3W1QA 1SW7A 3PBYA 3C2FA 1LTDA 4GUFA 4UTMA 4MUZA 5FESA 1Z48A 4MZ1A 3GKAA 4FX7A 1TPH1 4WY0A 4UTWA 1OHLA 4UFKA 2FPTA 3K30A 2FQIA 3P84A 3O07A 2QCEA 1X6UA 3T4CA 4GUGA 3TQ0A 1XC4A 2J27A 3GVGA 4IMDA 3MHFA 4CCEA 3P8JA 1W3NA 2ZRZA 4X3ZA 4MZYA 3LI0A 3A5VA 1HL2A 4W9TA 1H7PA 3LCLA 1X7FA 2RKXA 5G4WA 4HN4A 2ZRXA 5FEWA 5D33A 2QDHA 1G4PA 2YX0A 5E93A 1BTMA 4KWWA 3N19B 2A4AA 3P7YA 3TAOA 1FX6A 4LT9A 3W1UA 1SR9A 4O0KA 3T78A 3A22A 1RR2A 1FXPA 1EP3A 1AK5A 3C3NA 3FYOA 4JN6A 1T0OA 4NQ1A 4A21A 1ZAHA 3W7HA 5DCEA 1EUNA 1KM3A 3PR2A 3QQ1A 4MKNA 3LV6A 3HG4A 4YWIA 3SSJA 1EP1A 3ABSA 3M5YA 1I2NA 3PB0A 4IOTA 5CZTA 5HWJA 4LVFA 1JCMP 4GNJA 2YYUA 3OVQA 2JK2A 3R2GA 1KM6A 2ABBA 2RDTA 4Q33A 1JCJA 1YPFA 1T96A 1I2RA 5EKYA 1JCXA 1FCUA 3PB2A 3S42A 5LZLA 3MHUA 2WSQA 4IMGA 4FX6M 2C3ZA 4JIPA 4NJGA 2TYSA 1W31A 1A5CA 5J5RA 3IIXA 3LBCA 4JYDA 2NX9A 5AYZA 4A2RA 2E1DA 3ABRA 2A1YA 1GVQA 4Y9AA 3G3DA 3W1PA 4JX5A 3HQ1A 5FF0A 4N6FA 1J5TA 1OJXA 4HHPA 4QITA 2ZZ5A 3GIYA 1X1ZA 5K9XA 2VC6A 3AO0A 1D9EA 5CSRA 1GZGA 4K38A 1ICSA 2ZZ7A 2B0MA 3NOEA 1AL7A 3HPZA 2DZWA 3BLEA 3GDKA 3GR7A 4OBTA 4DBDA 4UTHA 1JUKA 5LNRA 3NGJA 1LDCA 4RXGA 2E77A 4JIQA 2CLFA 4GC4A 2NX1A 2VELA 4UTTA 1OYAA 3QW3A 3B0VC 3GYEA 1TTIA 1P1XA 1KM1A 3V75A 4UC5A 4GUHA 4O4WA 3T44A 4FNPA 4HPXA 5AB3A 3TC7A 3LTSA 1RVGA 1TB3A 3RMJA 5K9CA 1BWLA 4NZFA 4JTFA 1TPFA 2Z2UA 3G22A 3V1PA 1PL9A 1FCVA 3JR2A 2ZFAA 2V82A 4BR1A 3IGUA 5D38A 3GNDA 3W76A 2ATSA 1DKWA 5F2GA 1JR1A 2Y88A 1VYPX 4I7VA 4DBEA 1VRDA 2EKCA 3M6YA 5AHFA 1QPNA 4ZQRA 3CLMA 3BARA 4AAJA 1Z41A 4WY0B 2R14A 1FWWA 2WNZA 1YTDA 3SIZA 4N2YA 4HNUA 3WFAA 1UBSA 1PE1A 2Z0IA 3NAVA 5EBUA 5KTLA 3E9AA 3HGOA 1GWJA 1ICPA 1IXNA 3TJXA 3TMQA 4E0CA 1EIXA 1DQXA 1FUYA 4JTKA 4K7VA 1L6SA 3KAOA 2E68A 5D2TA 3TSMA 1F74A 3M5XA 3PSWA 3SJ3A 5KZEA 2Q3RA 4WY0F 1LORA 2QCLA 2BTMA 5HNRA 1FQ0A 4FNSA 1FCQA 4Z08A 3B05A 2P0OA 5FF7A 2NXIA 4DO6A 5LGXA 1G7VA 3M5VA 3DGRA 3EKLA 1Q3NA 3QM3A 1OX4A 1SPQA 1P4CA 1XUUA 1X8FA 4HNVA 1LRNA 4TMCA 2FDSA 4WOZA 1KTNA 1FY6A 1WAUA 3CWOX 4I7UA 1WYIA 5GVJA 2EPHA 3WJWA 1R2RA 1WOBA 3GAKA 3QC3A 3LHTA 1UCWA 1I4NA 3LCHA 4ML9A 3C2OA 3FYPA 2J9YA 4RXFA 5EA9A 1Y0EA 4XKYA 2RDWA 4DF0A 1OVDA 3BG5A 4LV9A 1QNVA 4DQWA 4PL1A 2ZYFA 5HUOA 5F2IA 2F7FA 4N9EA 1S5VA 2OZ0A 4DXVA 2C18A 3UWUA 4ADUA 1N8FA 3NNTA 3MW7A 4XZ9A 3A9IA 4JTGA 3W7KA 2H3DA 1PIIA 4JYEA 5C55A 1XXXA 3PG9A 5KZDA 4YL2A 4XUGA 5CZ0A 1QR7A 3PSVA 3PVFA 3QMSA 1SW0A 1TJRA 1Z44A 4ZQOA 3E12A 3C0JA 5AHEA 4M6PA 4CNPA 1P5BA 2X30A 1RQEA 1VR6A 2BSLA 1B4KA 3G3MA 2GJLA 3I68A 1QOQA 3I7RA 5G2HA 1DOSA 1GVFA 4FIQA 1T8XA 1Q45A 3EXRA 4LW7A 3N9SA 1SUXA 3QSTA 1XBZA 3TFXA 4HT3A 4JTTA 4TU1A 5AN7A 4LVDA 3M5ZA 4ZQPA 2Y7GA 3GKFA 5AYYA 3QPZA 2Y7FA 4HNNA 4KFPA 2Y6ZA 3W73A 4A22A 3PBWA 3L65A 3UWZA 4NNAA 3WJSA 3P81A 1TV7A 1RQBA 3OG3A 5DBUA 2DORA 3EXSA 1F6KA 5E1QA 1A5BA 4N4PA 3NYZA 5I3JA 5G2WA 5CZJA 3EWYA 3STCA 2FB2A 1VYRA 3S8HA 3INPA 2A2IA 4AB4A 1CW2A 2GJNA 1THFD 3L5MA 2J24A 4MIMA 2ZQ0A 3SI9A 1JJKA 3LDVA 1H62A 3BVJA 4RZ5A 5A5WA 4N4QA 1O95A 4POCA 3MMTA 3Q37A 2FJKA 1F5ZA 4O18A 3G24A 2HS6A 4ADSA 2NLIA 1WOAA 2A7NA 1FWSA 1EP2A 3C56A 4MVAA 1CI1A 1FCBA 3AJXA 1DBTA 3MI2A 3W86A 3USBA 1H51A 5IBXC 5T26A 2GVLA 3W1TA 4HKPA 4EVZA 2O7SA 4O1DA 2H90A 1GG0A 1OK4A 2DZXA 2QJHA 3W75A 1HFBA 2TRSA 1VQTA 1RV8A 2GPTA 2TSYA 4EWND 5AHNA 3W1LA 3PUEA 5TQLA 5BNKA 3LERA 3NZRA 2J88A 1WX0A 3PULA 1TPC1 3LOTA 1IIHA 3ZWTA 3WJZA 1HO1A 1TIMA 2YW3A 2ZRYA 3LRLA 4EOUA 2QJGA 1GT8A 2ATMA 2EAWA 3EX2A 4JR5A 3O15A 4XWUA 1OX4B 1KFCA 3W1NA 4IWWA 3IIVA 2JKAA 4NZJA 2YW4A 4GE8A 1K8XA 3NQDA 1KFEA 3HG3A 2Y63A 3S5ZA 3ZR4A 2Y61A 1WBJA 3OVRA 4S1FA 4GXMA 1NF0A 4FNQA 4FF7A 5FF4A 1JQXA 1ONRA 1YXYA 1TPB1 1YLVA 3IIPA 3UY7A 4XKYB 2A6LA 3KVLA 4JGDA 4PA8A 4CCDA 3H55A 3HO8A 3LTYA 3O6YX 4GWEA 2W6RA 4TIMA 4JY8A 4DF2A 1PHQA 1ZHAA 1MEIA 4IMCA 3TCEA 4UR7A 5HUPA 3CEUA 5D09A 2QCCA 2WO5A 2DZTA 2Q8LA 2R94A 2WNNA 3W23A 2P10A 5AOUA 3ZS4A 4PL2A 4IXXA 3S1WA 4RKAA 4AMAA 2WV8A 3DFNA 1UJPA 4WOQA 1PCKA 4UFLA 4O52A 2VKZG 3E49A 1P0KA 1EWDA 3TH6A 4AHQA 3CB8A 3GDMA 2QDGA 1B4EA 1W37A 5LSMA 1DJQA 3OA3A 1SO5A 4A2SA 4RR4A 3ZWSA 1I45A 2NXHA 1YADA 3O06A 5AHLA 3R8RA 5KZMA 4J9JA 1AW5A 5I3IA 1W56A 2B7OA 3DFTA 4UNLA 3W85A 5HWNA 1OX6A 5DY2A 2CLLA 3ZFHA 2VFIA 4NX5A 4O0ZA 2GQ8A 3DFPA 4Z0JA 1PHWA 3C2RA 3NQFA 2CFFA 1MEWA 4PODA 1W5NA 3CEPA 1W54A 2QCGA 4O1BA 3OHIA 4IPJA 3TFCA 2CLMA 3WK1A 1TSIA 3TQKA 1K8ZA 4LC6A 4RK8A 1MXSA 3FLUA 5C6MA 3L21A 1EPXA 1W1ZA 2IQTA 1TTJA 2FFCA 1EEPA 1GPWA 1T99A 3Q94A 4Z1AA 4QAIA 4QNEA 4Y8FA 3TC6A 3TW6A 3IGXA 3PAJA 4K7YA 1FDJA 2HS8A 4FNUA 1F05A 4ZQMA 2D73A 3R12A 1U83A 2OCZA 1ME8A 4ZVJA 3W2UA 1L2UA 3W2KA 3N3MA 3GLCA 1F2JA 3M47A 4O57A 4E2BA 3FKKA 1XBXA 2E09A 3W7PA 1RD5A 5G4EA 2ZZ1A 3NQEA 4XBKA 1OFOA 5K4XA 1B3OA 3G1HA 2QCDA 5D2WA 2X1SA 3VE9A 1F73A 1ICQA 5CPOA 3LV5A 4UTIA 4UTJA 2VFGA 5E0KA 2WSRA 3C61A 2A85A 3OVPA 2JBMA 4M5PA 2B7PA 3WK0A 3THQA 5BMXA 4O28A 4NX0A 3MUXA 3VI2A 4HSNA 4BFAA 3NM1A 3BW3A 5CPMA 3ABQA 5F1VA 4HNTA 4GBUA 5LHEA 3L67A 1O5XA 2G95A 2YGYA 4GRSA 4R7JA 3SZ8A 3WK3A 4TMBA 5EMUA 5TBOA 1QDSA 4NXSA 1F76A 1I2OA 4GJ1A 3RLUA 2Q8ZA 1DV7A 3I7QA 4AVFA 3KVMA 4LS2A 3L0NA 4JS3A 3P67A 1W8SA 3EX4A 5G5IA 3JRKA 4IUOA 1VPXA 4LU0A 1LROA 2CLOA 3MP3A 4L4LA 5AC6A 3S5OA 2A21A 4K8HA 1ZENA 1K03A 2J9ZA 4RJEA 1SZGA 4OT7A 4LS0A 1MO0A 2V2CA 3MI3A 1GJPA 1FXQA 3GDLA 2R91A 5D2YA 1YTKA 3QPYA 3UZJA 5L9FA 3L9CA 4OV4A 4PEKA 3B0UX 2BLEA 1R2TA 2V2DA 1JRBA 3W88A 2VFDA 1SO3A 2ZA1A 1KM4A 1XUZA 4M7SA 3UWYA 4M6QA 1GYNA 3S1VA 1R47A 5LNVA 4NJJA 3M16A 4XQ6A 3YPIA 4N9DA 3HIJA 3SR7A 2Z6IA 1TV5A 5EL1A 2V8ZA 4UFMA 3NL5A 3KRUA 4CNOA 4PFMA 5K3VA 3BV4A 5J5DA 1LOSA 3NL3A 3HGRA 4NJKA 2ZA3A 2WPBA 1ZCOA 2X2GA 1VJIA 2NUWA 2ISSA 3RFAA 2FPVA 3TIMA 3FKRA 3LX9A 2WSYA 3N9RA 2NUXA 4M6VA 5D2VA 1OFAA 3KVJA 4WUIA 1SW3A 3W74A 4CNNA 1F7BA 4O14A 3STEA 4DPQA 3QF0A 5DCDA 1XDLA 3L0KA 2I1OA 1TPDA 4YLWA 5AYXA 4A29A 2QCFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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