3G24A

Crystal structure of the mutant d70n of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 6-azauridine 5'-monophosphate
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIANFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 81
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g24A00
1TO3A 4PA8A 2ATSA 4N6EA 4LT9A 4Z1BA 3FIGA 3W7EA 1L2UA 4JX6A 1R2RA 2JKAA 3W9ZA 3GDKA 3DFTA 1Q6QA 4WY0F 2DZUA 2CLHA 1TV5A 4FX6M 3H53A 5DLCA 1F5ZA 3O8AA 4FF7A 3TFXA 1THFD 3WJWA 1XI3A 3MUXA 1SZGA 1ICPA 2HSAA 3L0KA 3M44A 3LHYA 3W76A 1MEIA 3W84A 3I7RA 4O1AA 1GVQA 1TTQA 1NFBA 4JX5A 3DFPA 5AYYA 1PHWA 2NLIA 1R46A 5K9CA 3GXNA 5I3FA 1FWWA 4GUFA 2E5CA 3LRLA 1TTPA 3QW4B 1JRCA 1XFBA 3M5YA 3GLCA 3LB0A 3UWUA 3G0SA 5K2ZA 1XCFA 1OX6A 2Q3OA 1FDZA 3FYPA 3CIXA 3CEUA 1P1XA 4ORMA 5KSWA 1MO0A 1SW7A 2ZYFA 4K8HA 4N9CA 3I65A 4KFNA 4HPXA 2VXNA 2W6RA 4JEQA 4AHPA 3FJ6A 2W0UA 4AF0A 3UWVA 3W70A 5FESA 2V2HA 3NPUA 5G1TA 4KWVA 5LZLA 1FWRA 4X2RA 4FXSA 1H7NA 1H5YA 5D37A 3NXFA 4LUJA 4WJEA 1W31A 3DU0A 3M6YA 3EXTA 4IMCA 4UTJA 4DQWA 2I14A 2TRSA 4CCDA 4KKXA 3B0VC 1TYGA 3U6WA 3MYPA 5D04C 5EA9A 3WK1A 3OA3A 4RCXA 3IRDA 1WOBA 2QUUA 1K3UA 3QRHA 4UMAA 2GQAA 1H7OA 2Z0IA 4Z08A 4TMBA 2I1OA 3V1PA 3G1SA 1UB3A 1HG3A 1U5JA 4O0KA 2CZDA 1FUYA 3LV6A 4JN6A 4XKYA 4M19A 3NQ7A 3HG3A 4EWND 3NQEA 4X22A 3W7NA 3PBYA 3NQ8A 3THQA 2RDWA 2VELA 1DV7A 2ZDRA 2FB3A 4GUIA 2R91A 1XUZA 2QJIA 4O16A 5AYXA 3SSJA 3PBUA 4DXVA 4JDYA 1RQBA 1GVOA 1F74A 4DPQA 3OHIA 3PSWA 4IPIA 5CG7A 3BO9A 1QPRA 1ZJIA 2ZBTA 2CZEA 2WNZA 5AHNA 3NL2A 1JUEA 3Q37A 3LTPA 2CLEA 4O13A 3RK8A 3E0IA 2F84A 3KVJA 3W7KA 3W23A 3I7SA 2ZTKA 3M5XA 2QCHA 4M6VA 3NQVA 4CCCA 1OJXA 6ALDA 4QQ3A 3LLDA 3NA8A 1H50A 3F4NA 4AAJA 1JCJA 4GXMA 1GEQA 2B7PA 2GOUA 4BWLA 3IIXA 1F7BA 3LRKA 3SFKA 3IGXA 3BLFA 3PWAA 3W1XA 3HO8A 1BWLA 3RLVA 1Y0EA 5D2YA 2C13A 3GAYA 5DELA 3CEPA 2EF9A 5H91A 1YPIA 2AQWA 3GK0A 4FEZA 3BVJA 3FKRA 3NL5A 2J9XA 3CB8A 2A6LA 2QAPA 3NYZA 5CPNA 1TPUA 3GIYA 4FNSA 3L68A 1LRNA 3OG3A 3PG9A 1FXPA 4GC4A 3QZEA 2QUVA 5F2GA 3LHTA 5CZSA 1B3OA 3T7VA 3LBCA 3LHWA 1GG0A 2ZRVA 5KZDA 2YDAA 2ZA3A 5I3GA 4K7VA 1BTMA 3L66A 2B4GA 2V2DA 1TPDA 4UTTC 1TPWA 3MHGA 1BEUA 1X1OA 3GAKA 4LS1A 2WV8A 1W5OA 3N3MA 5D38A 3LCLA 4PODA 3W75A 1RR2A 2V5LA 3C2RA 4MY9A 3W88A 1XL9A 4O10A 1XM3A 1KFJA 1G69A 3G1FA 3KRZA 3W7OA 2FLIA 1W0MA 1F76A 4FHAA 1AW1A 1V5XA 3MP5A 4K39A 4JTUA 2ZFAA 2KZHA 3IGUA 2P1FA 1ME9A 1SW3A 2CLKA 4M6QA 5D2XA 2P10A 4OHQA 5FF2A 4ZQMA 5CZTA 2HTMA 4Y6GA 3BG9A 1WYIA 1W3TA 4FNQA 3OBKA 1LRTA 1I2OA 4GWEA 3Q2DA 1ZALA 4JR5A 1VLIA 2OZ0A 3LBMA 1OFDA 3GX9A 1G7VA 3C3NA 3DBPA 3TJXA 4UFLA 4MY8A 1X1ZA 1I2QA 2IQTA 3O07A 4MLJA 5D33A 5AYZA 1J2WA 3EXRA 1Q45A 5D2VA 3TUUA 3TR2A 5C55A 3B8DA 1SO4A 1OYAA 5C54A 1LORA 4E38A 4WY0B 3VFLA 3W7DA 4Z1DA 4TMCA 1SFJA 4R33A 3N9SA 3ABRA 4HIBA 1D9EA 3HG5A 2VOMA 2WSQA 4JX4A 5HWNA 3NR0A 1JR1A 2EHHA 3QEZA 4Z0SA 4I7VA 1DJQA 2RFGA 3G1VA 3PUEA 4ONVA 1XXXA 2NXIA 4M6PA 5FF7A 4BFAA 4O8RA 4N9DA 2VC6A 3QM3A 1WBJA 2UV8G 4LVGA 5I3KA 4EOUA 5HNRA 3QC3A 4JTSA 4X9SA 2G96A 3MBFA 5TBOA 2OT0A 2JBMA 4L4LA 5D2TA 4LS0A 4GBUA 1LOLA 2DORA 5DY3A 2P0OA 2O7SA 1JCYA 5HR7A 4M7SA 4QNWA 3P61A 3NZRA 2C3ZA 2X1SA 1F6PA 3LERA 1ML1A 1KTBA 3OVRA 1AMKA 3RU6A 3W7QA 5G1YA 4HKPA 3JS3A 3THAA 3WK0A 3GDLA 5D02A 1PHQA 3Q94A 3R2GA 3FA5A 4NT0A 4NZJA 3TSDA 4RX0A 4O14A 4JTEA 3U8GA 1TV7A 3WK2A 1ZCOA 3TSBA 4CNPA 3GDMA 3LXBA 4QITA 1P4CA 2EKCA 2J6XA 3LCXA 3W7CA 1SU5A 5EPDA 1C8VA 3S42A 1KTCA 1WA3A 2E68A 4O4VA 4RKAA 4MFDA 1F73A 3TQKA 3W87A 3ABSA 1W5QA 3W1AA 3S5OA 5LNWA 4PEKA 2HS8A 4MKNA 3UY8A 2B7QA 1GTHA 1TPVA 1YXCA 4WXYA 4RZ5A 2AGKA 2Y6ZA 3TXVA 2R8WA 2DZVA 1SR9A 4S2BA 5LHEA 3UXAA 4DO5A 1TJRA 3OVQA 1R30A 3FFSA 2QJHA 1K03A 3W22A 2X16A 3F4WA 4TR9A 2B0MA 4LC8A 3O6CA 5F2IA 1P0NA 1B4KA 5DCBA 3UPWA 2X1UA 1G4PA 3LCGA 3ZS4A 2QCMA 4CQ8A 3LTSA 3DAQA 1G67A 1VH7A 3W7JA 4KFPA 2BTMA 1KM5A 2CLFA 1LLZA 2Y70A 3TFCA 1KV8A 2XN0A 3G3MA 4JS3A 4PCFA 5DBUA 1ZHAA 6TIMA 3NNTA 2H3DA 3EX3A 1P0KA 4IX2A 3HGRA 3HGSA 4GFSA 2WSYA 2RH9A 1CX9A 2WO5A 5FF4A 3PB0A 1KW1A 4A22A 3TQVA 4K8EA 5D2WA 1AL7A 4QNEA 2DJXA 2QCLA 2QR6A 3R5EA 4IPJA 3VE7A 5J5RA 4EVZA 3NOEA 2CZFA 2PC4A 3W1UA 2ZZ7A 3EEGA 1T99A 3EWWA 1AG1O 3G1YA 2CLLA 2EGZA 3N2MA 3KXQA 2WNQA 3DFSA 4QSHA 2CLOA 5A8GA 3GNNA 4RZ4A 3STGA 4XUGA 3TJLA 4DF2A 1K7EA 1DHPA 2Y88A 2QDGA 3ZR4A 3LCIA 1T96A 5G2IA 3C4UA 1HL2A 3DFQA 3ANYA 4YL2A 1MEHA 4CCEA 4YWIA 1H63A 1LBFA 4LUIA 3TQ0A 4NNAA 3HIJA 3LGEA 3E12A 2C19A 1VGAA 3B03A 5K7JA 4UTWC 4UMBA 3E02A 1NSJA 3MI6A 5KMYA 4S1FA 4NVTA 3HBLA 1TREA 4B5NA 3DKLA 1KBIA 2A7NA 3NL3A 4IQLA 1XBZA 3NAVA 1A5CA 1ADOA 3ATZA 4LOCA 3G1AA 5FF0A 1R2TA 1K7FA 3CTLA 2XN1A 3MHFA 3DXIA 1UCWA 4GNJA 1EEPA 2V0TA 3SY5A 1JULA 2JK2A 4AF0B 2A2IA 2H8ZA 5HINA 3NL6A 1ME7A 5BNKA 1MSSA 4A29A 4NUWA 5HJLA 3M41A 4BI5A 1T0OA 3FS2A 1PCWA 4FO4A 3W1TA 4AHOA 3FYOA 2I9EA 2YX0A 1GVFA 5U4NA 4XWUA 4UR8A 4ZQNA 1B4EA 1YTEA 5TQLA 5DBTA 5HQEA 4O18A 2J27A 2PRMA 1TTJA 4O15A 1PV8A 3CU2A 4RR4A 1OFBA 2BLEA 1KM3A 4M7TA 3UXDA 5HULA 1FDYA 2ZZ6A 3C0JA 3F1QA 1J5TA 3EKZA 1FBAA 3L5MA 5D05A 1AL8A 3QFEA 1QFEA 1VHCA 3WFAA 3CHVA 3M5VA 4YLWA 3O16A 1OYBA 2E5DA 1U83A 1PCKA 2QCEA 3RFAA 2Z1BA 4MYAA 4XKYB 3W85A 1KV5A 2E5BA 1WOAA 4NZFA 1EWEA 4LVDA 3P8JA 4JTHA 3W6YA 5HR6A 1W5MA 2RKXA 3TNOA 2H8XA 3KX6A 3ZFHA 2FJKA 1CW2A 5D30A 2A5HA 1SPQA 3G22A 3F03K 1IIHA 1RD5A 5HUOA 2RDTA 1JCXA 1QOQA 4QM1A 4R34A 2YXGA 3NQ2A 1TIMA 1YDNA 4LU0A 3S1XA 3R8RA 2RHGA 2VEIA 4G1KA 5K4XA 1K8YA 1OX4A 4JTFA 5KINA 1UUOA 3UWQA 1FXQA 5AB3A 2YSWA 5BW6A 4MPQA 4GUHA 5J5DA 4NJIA 1SW0A 4WD0A 3A9IA 4HSOA 2OJPA 4XTDA 3QPZA 1VCGA 3UWYA 2JGQA 3V75A 1ZAHA 4O19A 2BWGA 2ZRXA 3L0GA 4NJJA 4Y90A 1K8XA 1OFRA 1QWGA 3HGOA 4GJ1A 4UFHA 3IVUA 3Q58A 2J88A 1XBVA 1TCDA 3GZ3A 3NM1A 4YCPA 3QSRA 4JIPA 4A3UA 2FTPA 1OF6A 4O12A 2OCZA 3WK3A 5D03A 5LNVA 3TE9A 4KWWA 1M6JA 4BI7A 4PTNA 2GJLA 3RNDA 2FIQA 3DHFA 4NNBA 3S1VA 1YDVA 3W1QA 4AVFA 2YFNA 1MEWA 3QMRA 3CC1A 4ZL1A 5FEXA 3NO5A 2OT1A 2E6DA 2ISVA 3QW3A 1SFLA 5G2HA 2E6AA 3WJYA 1OX5A 1JUKA 4O50A 1QCWA 2QCDA 2YZRA 1XBXA 1DVJA 3W2JA 1QPNA 3HB9A 3SGZA 2Q8LA 3EX2A 1HTIA 1OHLA 4O57A 3W1NA 2ZQ0A 2EAWA 3L67A 3B04A 2V8ZA 1I2NA 1OG0A 1LOSA 1ME8A 2VFGA 3T4CA 5HUPA 3D0CA 1LLWA 1H7XA 1O4UA 3MP4A 3TAOA 4O53A 5GVJA 4BR1A 2V82A 2YYTA 3O05A 4X3ZA 3TMLA 4AH7A 1GG1A 3DHDA 3L5LA 4ZQRA 3PBWA 3G1XA 1L9WA 2CWNA 5I3HA 1QAPA 4O0ZA 1G7UA 1H7WA 3TXZA 3BGGA 4JYEA 4IMGA 4WQ6A 2QUTA 1B9BA 4WUIA 2B7NA 4IMEA 2QDHA 3M7WA 4JIQA 1PL9A 3NQFA 4NX0A 4CQ9A 3WJSA 5AC7A 5I3JA 1LZOA 4JTGA 1JCLA 1QMLA 4FIRA 3TW6A 2NX9A 4UIOA 1GOXA 3S6DA 3IIOA 3FOKA 1H1ZA 4JTTA 4N4PA 2A1YA 3VNDA 5DXYA 5F2MA 1TTIA 4LS2A 1RVGA 4GRSA 1H7PA 5LNUA 2YPIA 3LCWA 1H1YA 4BI6A 4UMCA 2ZZ5A 5F2LA 4UTLA 1DL3A 3IIVA 4UTIA 5G2WA 1KA9F 1OFPA 5L6UA 4BWLC 1EP2A 1GWJA 1BWKA 2C18A 2GUUA 4LRSA 3TMQA 1I4NA 1YXYA 3A22A 3P5YA 4CNOA 2Y7GA 4TO8A 3W74A 4MJZA 2FPVA 4AB4A 3PR2A 2J9ZA 4ZVJA 3M9YA 3T55A 4IUOA 3T40A 5MHBA 3EWBX 3GB6A 4R53A 4MVAA 1A50A 3KRSA 4ZZ9A 2V5BA 3DGRA 1VYRA 4TU1A 1DKWA 1TPB1 3MO7A 1AK5A 3NQAA 3W73A 3HPSA 3GR8A 1H62A 1LCOA 1R47A 3G18A 5CPMA 4HNNA 4ICNA 2BZNA 1SZEA 3A24A 3I68A 2C14A 4JTJA 3GXPA 4IMDA 3BLIA 3RF9A 2Q8ZA 3EWZA 3P84A 4P2VA 1KM1A 3P60A 1W3NA 1KFBA 3BG5A 2Y7DA 3A23A 3EWXA 4RJEA 1XUUA 2ZZ2A 3MW7A 2DP3A 4JXCA 3FEMA 1B57A 3STFA 5DN1A 2ZA2A 2HMCA 3W7PA 3QMTA 4IXXA 3TROA 1TQJA 1SZFA 1O95A 3O15A 3M0ZA 3INPA 4DF0A 1VR6A 1OK6A 3IGSA 3PC0A 4MIMA 3BK0A 5AHFA 3CIWA 4LVAA 2GPTA 1LDCA 3EKLA 3SIZA 3CQ0A 2ZCGA 4Y8FA 1LBLA 3TCEA 4LV4A 4J9JA 5C2XA 2NWRA 3HGJA 1GJPA 2WOQA 1KBJA 3TKFA 4QAIA 3TC6A 2FQIA 1OVDA 4MOZA 3LCHA 1JCNA 5C6MA 4OT7A 2ISWA 3SECA 5I3IA 3GYEA 4JGDA 2ZRUA 3W07A 1SO5A 3L2IA 4HHPA 3EX1A 3G0UA 4AWUA 1OK4A 1MZHA 2NX1A 1I2RA 1FX6A 3I7QA 2TMDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2GGI A;  4PA8 A;  2ATS A;  3LNM A;  4LT9 A;  5FKY A;  3CL6 A;  2WCS A;  3MZ2 A;  4Z1B A;  3W7E A;  4JX6 A;  4ZR8 A;  4B5V A;  2VGG A;  3C2Y A;  3DFT A;  2OKT A;  1C7S A;  1MUW A;  1W91 A;  1XRS A;  3H53 A;  3VC5 A;  1F5Z A;  1E1C A;  2PEV A;  1JFX A;  3LGD A;  4P7Q A;  3H23 A;  1CIU A;  1ICP A;  3PZ9 A;  1DJX A;  2DSZ A;  4NHV A;  1KO0 A;  1A0E A;  4O1A A;  1GVQ A;  1XLJ A;  3EEZ A;  1TTQ A;  5LXE A;  3DFP A;  3ZZ1 A;  4MB4 A;  1J6O A;  1A5U A;  1R46 A;  3GXN A;  3AXX A;  4GUF A;  4NP7 A;  4F0S A;  3MCM A;  1XIC A;  3UWU A;  2GUB A;  2Q3O A;  2F2K A;  3R11 A;  1I6N A;  1OQF A;  2Z00 A;  3ARZ A;  4ORM A;  3H2M A;  1SW7 A;  4N9C A;  1VEO A;  4HPX A;  2CES A;  4WK9 A;  4JEQ A;  4AF0 A;  1FWR A;  5MKG A;  3MT1 A;  3EPO A;  2GK1 A;  5D37 A;  3NGF A;  3VZZ A;  4ILS A;  1X38 A;  3DU0 A;  1S2V A;  4I5U A;  3WNN A;  3W6L A;  2UBP C;  4IP4 A;  5D8W A;  4IMC A;  1W3H A;  3UJ2 A;  2I14 A;  1CWY A;  2TOD A;  4CQD A;  3BLL A;  3UJS A;  2C79 A;  1TYG A;  2PC8 A;  5AEC A;  1UKO A;  4JQA A;  4GX9 A;  3EDK A; 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