3GAKA

Structure of giardia fructose-1,6-biphosphate aldolase
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
321
structure length
290
Chain Sequence
PLCTLRQMLGEARKHKYGVGAFNVNNMEQIQGIMKAVVQLKSPVILQCSRGALKYSDMIYLKKLCEAALEKHPDIPICIHLDHGDTLESVKMAIDLGFSSVMIDASHHPFDENVRITKEVVAYAHARGVSVEAELGTEPQDAKKFVELTGVDALAVAILAIDRVKTISDLTGIPLVMHGSSSVPKDVKDMINKYGGKMPDAVGVPIESIVHAIGEGVCKINVDSDSRMAMTGAIRKVFVEHPEKFDPRDYLGPGRDAITEMLIPKIKAFGSAGHAGDYKVVSLEEAKAWY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
publication title Structural insights into the substrate binding and stereoselectivity of giardia fructose-1,6-bisphosphate aldolase.
pubmed doi rcsb
source organism Giardia intestinalis
total genus 101
structure length 290
sequence length 321
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2009-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3gakA00
1XFBA 3IGSA 3O8AA 1XDLA 3FS2A 3UPBA 4GRSA 4FIQA 2VOMA 1O94A 3O07A 3LXBA 4IPJA 3A5VA 2RHGA 4O28A 3DFNA 1WX0A 3KRUA 1DOSA 4PCFA 1DV7A 1SZEA 1F74A 1FUYA 2Y61A 3NL2A 2G97A 2ZZ2A 2ZTKA 1VHCA 4AXKA 3BLFA 4QM1A 5CKSA 2ZRXA 3KVMA 3PBWA 3LBCA 4OHQA 2V5LA 4PTNA 4O18A 2NWSA 4JTTA 1QAPA 3S5OA 5IBXC 5GVJA 3GVGA 4DF2A 5EBUA 3O15A 4WQ6A 1UCWA 3C6CA 3CLMA 2G95A 3ZFHA 3B04A 3T4CA 4OGZA 1J4EA 5AYYA 2A6LA 4KWWA 4ZQCA 3WFAA 3NQ2A 3A22A 2XFWA 5LZLA 3LHYA 3STGA 3ZR4A 3BGGA 1TYGA 4K7VA 1TTQA 4UTKA 1OFRA 4XUGA 3LI0A 5G2HA 2C19A 5HINA 3B0VC 3W2MA 3G8EA 3TKFA 1GVRA 4BI5A 1OYBA 3FJ6A 3PS7A 3QW4B 4FNTA 4E2BA 3PF3A 2NLIA 1KM5A 2FLIA 1RPXA 3P61A 3GXPA 4Y96A 4UR8A 1MEWA 1P4CA 2PRLA 1ZFJA 1TJPA 3F1QA 3G3DA 2X1TA 1W0MA 4I9AA 2ZZ7A 1G4TA 2F84A 3VI2A 2DZSA 4LS0A 3VKJA 3GZ3A 3N9SA 3TROA 4BWLA 3LV6A 3PR2A 1JQVA 1Z42A 4ZMGA 2TMDA 3PUDA 4I7VA 3P8IA 4O1AA 3EX4A 1TRDA 2FB2A 3QQ0A 2WNNA 5CG7A 3TK7A 4O1CA 3CB8A 3W2UA 3CTLA 3NYZA 1OX4A 2YXGA 4ADUA 1DJQA 1TPDA 4GFSA 3NNTA 4JX5A 3W7MA 1XL9A 5EPDA 3OBKA 2YGYA 2NV1A 2JK2A 4UFHA 3UY8A 3GNDA 3I68A 3EEGA 3ATYA 3LOTA 4JXCA 5HR6A 2Y7GA 2Z1BA 3IIVA 4JTKA 1Q6RA 1PV8A 4YLWA 3MMTA 4S2BA 3I7RA 5KITA 4YMZA 1KV8A 2H8ZA 3W1QA 1W56A 1KFBA 2FPTA 3E12A 1XXXA 1T8XA 4MFDA 1YXYA 2X30A 1SU5A 3WK3A 3GDTA 3Q94A 3TX9A 4MY1A 3TQKA 5AHLA 4A2RA 1GT8A 4X22A 1EB3A 5D02A 3PC0A 4LV4A 3O6YX 4UTWC 1FXPA 2YPIA 1JULA 3NDOA 2H90A 3W1NA 3OVRA 1IGSA 3OIXA 1ZALA 2ZFAA 1LM1A 3P5YA 1JR1A 1RQBA 4KWVA 1YLVA 3W1AA 1B4EA 2CLLA 2YDAA 5AHIA 2Y70A 3H53A 2QKFA 3GYEA 3OA3A 1O95A 5G1YA 3G8RA 4AHOA 4WX2A 4IX2A 5D32A 1P0KA 1WAUA 3G1HA 1ZY9A 3K30A 3QEZA 3DAQA 1H7WA 3W22A 3S42A 3TSDA 3N14A 2W6RA 4UXDA 1G4PA 2EHHA 3PBYA 3W7IA 1VC4A 1OFBA 1QOPA 1LOQA 3GDRA 3H55A 4LW7A 2QJIA 5DXXA 1T96A 5LSMA 3M16A 2R14A 3WK1A 2FPVA 4FIRA 1JCYA 1T99A 2RDWA 4JX4A 4K38A 2DZPA 1VQTA 2B7OA 1GVOA 4QISA 1E51A 2O7SA 5K9DA 4UCGA 2QAPA 2CWNA 3KVJA 3TFCA 1SSGA 3GK0A 4O1BA 4FNUA 3W7OA 3S0CA 2B7PA 1P0NA 2OT0A 3LXAA 1FCQA 4H3DA 3BLEA 1HO1A 3P62A 3UWVA 1SPQA 2QCEA 2C18A 4GUHA 4O0KA 5D33A 3CPRA 1QWGA 4AAJA 2EPHA 1QO2A 3LCLA 2H3DA 3TMLA 5U7SA 3LCIA 4K7YA 1ALDA 4JD4A 2A7NA 1H62A 3CT7A 3MYPA 1QPRA 1XM3A 3STCA 4DQWA 8TIMA 1FCVA 2ZQ0A 2CLFA 1SFJA 3CC1A 3DI0A 4MYAA 3EX1A 1DBTA 1OJXA 4XTDA 5E1QA 3C8FA 4M7TA 4JYDA 5DCBA 1K8YA 2QJGA 3NQDA 4OQVA 2GQ9A 4TU1A 5J5RA 1G67A 2EGZA 5K9XA 3NQ7A 4MYXA 4C1KA 2GVGA 3E49A 1FBAA 3ZS4A 4MIMA 3M0ZA 4LNYA 4UNKA 1KTNA 2DZXA 1BKSA 4BF9A 5FF7A 3NZ1A 1G6CA 4LS2A 1ZCOA 1RD5A 2FFCA 1J2WA 2QUVA 3BLIA 4JIQA 2J9ZA 3OG3A 4JTHA 1F2JA 3TNOA 4JX6A 5AYZA 3FA5A 4HN4A 3W7LA 5LNRA 1TPWA 5BMWA 1AL7A 4MLJA 3SIZA 3HG3A 4ORMA 1JCXA 2E09A 2DU2A 3W6YA 1JCNA 1QPQA 1ZAHA 3BG9A 3G3MA 3M9YA 4IPIA 3CWNA 3KRSA 3W7PA 3DFPA 1LOLA 2ZRUA 1EUNA 2V2DA 5J5DA 1AW5A 4NX5A 4LVFA 4GNJA 3PB0A 2X1RA 4ONVA 3STFA 4D2JA 1VGAA 3MWAA 1LLZA 2DZTA 3R5EA 1CX9A 4EF8A 1MSSA 3EX2A 1DVJA 2QDHA 3NQFA 4J9JA 4JIPA 3O06A 2WSRA 2BXVA 1GYNA 1RQEA 4QJ1A 3W71A 2Z6JA 3DFTA 1I2RA 3N2MA 2CLIA 3DHDA 4JDBA 1TPH1 1R2RA 1D9EA 4JTIA 3DGRA 5E0KA 1X7FA 2AAMA 3S5NA 3PUEA 5D2WA 4K6AA 1EA0A 3IIXA 2XN0A 1PE1A 3P84A 4UTWA 3UZJA 1SO5A 4FX8A 1SO6A 4LS1A 4DO4A 3MYOA 3TV8A 3HOJA 3E9AA 1OFEA 2JBMA 1VHNA 2Y89A 1K8XA 1PL9A 4RR4A 3TSMA 3W3OA 4UC5A 4UTUA 1KV5A 2GPTA 3FFSA 4JTUA 3NR0A 4WOQA 3NGJA 1R30A 3T55A 4H6KA 2NXHA 5LKYA 4XTIA 3W84A 3IIPA 2HS8A 3ABSA 1K7FA 1UB3A 3IVSA 1VPXA 3G1DA 5C5YA 1OYAA 5L9FA 2Q8ZA 3THQA 5F2MA 3EXSA 4DF0A 3W83A 1V5XA 2ZRWA 1ZHAA 3C2VA 4N9CA 5TBOA 3SSJA 3F4WA 4UTTA 3S1WA 3TU9A 1U83A 2QCDA 3JRKA 4LVGA 4M5PA 4LOCA 3L0GA 3TXZA 3IGXA 1SSDA 2CZDA 4FB7A 3LRMA 4Y9AA 3C4UA 1R47A 1GG0A 2V9DA 2WSYA 4IUOA 1UASA 1WYIA 4ORIA 2V2HA 4LWWA 2EAWA 1S5VA 4PH6A 5D37A 3QF0A 3R8RA 3SI9A 1OX5A 2RFGA 1NEYA 4YL2A 3WJZA 1KM6A 5KINA 3W1TA 4GUFA 4E2DA 3W9ZA 4O13A 2A7RA 3EKLA 4JY9A 2ZZ6A 5AC8A 2FPYA 4TMCA 3KRZA 4BI6A 5D2TA 5E93A 3KXQA 4Q4KA 4O52A 3UYCA 2Y7FA 2J24A 3BK0A 5CZSA 1EP2A 3C61A 1YTEA 1OABA 1K03A 2C16A 1SFLA 1WQ5A 4U28A 2C13A 3W1UA 4WXYA 3HQ1A 3VE9A 4XKYA 1K7XA 2H6RA 2I14A 1H50A 3W7JA 1I2NA 5CPNA 2A4AA 3BVJA 1I2PA 2WSQA 3TJXA 1GVSA 3LBMA 1HTIA 3EX3A 2E6YA 1SW7A 3NQCA 4TIMA 1VLWA 5LGZA 4WD0A 1UUOA 2B7QA 3ZWSA 7TIMA 5HR7A 4PFMA 2QCMA 2VFHA 3RNDA 1S5TA 3WJSA 2PC4A 1U5JA 5BRBA 3E0IA 1SW0A 3T40A 3EWZA 1OVDA 2BX7A 2TRSA 3NM1A 3BG3A 2A5HA 2E6DA 3DFQA 2LLEA 2AGKA 1F5ZA 4FF7A 1M5WA 4FHAA 3CEPA 3I7SA 4Y8FA 3NXFA 3FJLA 1JJKA 2JKPA 1XDMA 2A7PA 3R2GA 2WNQA 3HGSA 1LLWA 2C6QA 4EIVA 1OX4B 3N3MA 1A5BA 1FWWA 3IVTA 2V81A 1W5OA 4CNNA 3GXTA 1K8ZA 4FNPA 3MHFA 4UFMA 4NZFA 1QCWA 5IM51 5EY5A 2WJZA 2YW3A 1TPFA 4FNRA 4HNUA 4FXRA 1ZAJA 4DBEA 4NXKA 1YADA 4A2SA 1NSJA 2C1HA 2VEMA 1R2TA 4NNCA 2ZZ5A 4MKNA 3UWUA 1TSIA 3A9IA 1TRIA 4ALDA 2QCFA 2YX0A 4UR7A 2VFFA 5DCDA 2Z6IA 2ZRYA 3BPWA 4LUIA 3GDKA 1NFBA 3UY7A 1YDOA 4LVDA 3W7CA 1H63A 1GG1A 2BWGA 2CLHA 4QIUA 3W85A 2ZTJA 4MY8A 1BWLA 4HNVA 1B4KA 3O05A 1EEPA 3LI1A 3IIOA 1QDSA 1GZGA 5D38A 4POCA 3TFXA 2VFGA 3NL5A 4MFEA 4ADSA 2A21A 1G69A 1L6YA 3W86A 1I4NA 1UUMA 1H1YA 2OCZA 2VXNA 4MUZA 1F76A 4RX0A 1M6JA 4QSHA 3B8DA 1GEQA 1H7PA 4O8RA 3W76A 1GQNA 1SZFA 5HULA 4UTMA 1SW3A 3LRLA 4JR5A 1VCFA 1MO0A 2W79A 3OHIA 2E5CA 3E96A 4LY8A 4A21A 1EIXA 4LT9A 1QO5A 5HWJA 1QNVA 4U4MA 3L2IA 3M5ZA 4FEZA 4I7UA 5FEZA 1N55A 5LHEA 5DXYA 5F4XA 3LCHA 4E38A 1SR9A 3G1SA 3NQEA 4RK8A 5KTLA 1KFEA 1C8VA 2C14A 5I3FA 1QPNA 4KKXA 3LCWA 5T26A 1IF2A 4XQ6A 3W87A 1TREA 2VELA 3BG5A 3BARA 1KA9F 4M6VA 1FWTA 1TO3A 4NUWA 4DO6A 5HWNA 2F7FA 1FWSA 1GYLA 4PC8A 5HNRA 1XI3A 1F73A 1LDCA 1YXCA 5SWUA 2PE4A 4ADTA 5KZDA 2CZFA 1I2OA 1KTCA 3LV5A 3DHFA 1HO4A 2Y85A 1LZOA 4N9EA 1H7NA 4IJBA 3L0NA 3EKZA 3L5LA 2DORA 4CLMA 5DBTA 3N34A 4HPXA 1D3GA 2JGYA 5G4WA 3TJLA 2XN2A 5TIMA 1JRCA 4MZYA 2E77A 2CLKA 2RH9A 3GDLA 4EF9A 3NVTA 3HGOA 1HG3A 3GB6A 3W2KA 3HGJA 1TV7A 5HUPA 3LXCA 5KSWA 3UD6A 2NXIA 4DEFA 3LCFA 3W70A 4LC6A 4DO5A 3LCXA 2Z0IA 4AVFA 1XBXA 4R53A 1DL3A 5FESA 1JUBA 1LRTA 3BW3A 1OHLA 2E1DA 1F7BA 3NPVA 1YXDA 3NA8A 1NF0A 4IWWA 5DY3A 1B57A 2I1OA 1GOXA 3OEXA 1JCMP 5HUOA 3W1LA 1DQXA 4AF0B 1EPXA 5HQEA 1GVFA 3EX6A 3MBDA 3SGUA 1WBHA 1BWKA 1MEHA 3UWZA 2HSAA 5D30A 2GUUA 4WY0B 3C2EA 3N9RA 4O0ZA 4AH7A 3QRHA 3G0SA 5KZEA 1O4UA 1RR2A 3C52A 2TSYA 3GAKA 1AK5A 2NUYA 4AHPA 3GX9A 3C2FA 1XUZA 2ZZ1A 4O10A 4RZ6A 3CU2A 3TAOA 2GVJA 1KFLA 1KM2A 1WV2A 4HNNA 3W7NA 2E5BA 1SO4A 2OZ0A 4O50A 2X1UA 1MZHA 3NL3A 3RF9A 4W9TA 1H7OA 1TQJA 4ZVJA 3NQMA 3QYQA 1TB3A 5FI8A 1KFKA 3I7QA 1WOAA 2P1FA 2R8WA 3O1NA 2FDSA 1SZNA 1PIIA 3G1YA 4A3UA 3DU0A 3CWOX 4NXSA 5C2XA 5AOUA 5EL1A 4UMAA 4XBKA 4GJ1A 1LRQA 1UBSA 4NZJA 3M1ZA 1OF8A 5A8GA 2D73A 3DI1A 2FQIA 3BW4A 2YFOA 3IVUA 1KFJA 2E68A 3CIXA 2WNZA 5AHMA 1G7VA 4R33A 5EA9A 2CLOA 2NXGA 2QAFA 3QZEA 3SECA 2ALDA 5IBXA 3CHVA 2FB3A 3PBVA 3TUUA 4AWSA 1OF6A 2QCNA 4AB4A 2YYTA 3I65A 5CPMA 2KZHA 3IRDA 1YPIA 1JVNA 5K9CA 1S3HA 4S2CA 3WJYA 3L9CA 1Z44A 3CEUA 1TV5A 5K3VA 3PG9A 4EOUA 5G4EA 3VE7A 4WY0F 5BOOA 4OU1A 4OWGA 1WDWA 1TJRA 5MHBA 5D2XA 3THAA 2VEIA 3HGRA 1IXPA 1EP3A 3MI2A 3RMJA 2B7NA 1X1OA 1ZAIA 2WOQA 4LU0A 1G4EA 3TR2A 3L66A 1W5NA 3DKJA 1H51A 1N8FA 5AHNA 3GNNA 2QJHA 2ZA2A 1EWEA 5G1TA 2I9EA 3PSWA 4UUIA 2PCQA 4JTEA 4PEKA 4CQ8A 4K8HA 3S5YA 1YDVA 4JGDA 2ZZ4A 2ABBA 5FF4A 1OX6A 1H61A 3HPZA 3M6YA 3W2NA 3CM4A 3V1PA 1W31A 4CCEA 4OT7A 5LNUA 4FX7A 4N9BA 2NV2A 4X3ZA 5LNWA 3GXNA 3A21A 5L6UA 1F05A 4NX0A 1TPEA 1SQ7A 4TO8A 3V75A 1EWDA 2BTMA 4ZQPA 3G1XA 1DJNA 2NWRA 4HIBA 2GQAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XFB A;  1XDL A;  2G3F A;  2YB1 A;  4E4P A;  3UT0 A;  2O4Q A;  4O28 A;  1MFU A;  4HME A;  1A5M C;  1DOS A;  3RM8 A;  3CAK A;  3NL2 A;  2G97 A;  3HQN A;  4TUF A;  3T6C A;  1ENU A;  1LF1 A;  1JPM A;  1XIJ A;  5CKS A;  2ZX6 A;  3PBW A;  4P7R A;  5FL0 A;  2NWS A;  4C7G A;  3S5O A;  1F4H A;  2HV5 A;  4DF2 A;  5EBU A;  4EWJ A;  1QNQ A;  3ZFH A;  3B04 A;  1ZRQ A;  3H24 A;  1J4E A;  1YQ2 A;  3WFA A;  2ICS A;  4DJD D;  4URI A;  3ZR4 A;  1TYG A;  4JOM A;  1OFR A;  5G2H A;  5HIN A;  1P7T B;  2NQZ A;  1OYB A;  3ZR5 A;  3FJ6 A;  2XUC A;  3KDN A;  2EG6 A;  4PCT A;  2QPS A;  8CGT A;  3VIG A;  3CTT A;  3EOS A;  1TJP A;  3S47 A;  2DZS A;  3FND A;  2HIS A;  2PS2 A;  4LS0 A;  2EXO A;  3TRO A;  4ZOC A;  3W6L A;  5BU6 A;  3PR2 A;  1C7S A;  4Q7N A;  4I7V A;  2HJP A;  4LEQ A;  5M3W A;  4H8U A;  1EGV A;  4IZG A;  3QQ0 A;  5E9A A;  3BQ6 A;  2V67 A;  2YXG A;  3CYJ A;  1GUV A;  1J18 A;  4BEU A;  1TJ0 A;  4IQE A;  4KRZ A;  3W7M A;  1E4I A;  5EPD A;  1GJU A;  1W1B 1;  1IHI A;  1OD8 A;  3GND A;  1RCQ A;  3EEG A;  3XIN A; 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