3GDKA

Crystal structure of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from saccharomyces cerevisiae
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
260
structure length
260
Chain Sequence
KATYKERAATHPSPVAAKLFNIMHEKQTNLCASLDVRTTKELLELVEALGPKICLLKTHVDILTDFSMEGTVKPLKALSAKYNFLLFEDRKFADIGNTVKLQYSAGVYRIAEWADITNAHGVVGPGIVSGLKQAAEEVTKEPRGLLMLAELSCKGSLATGEYTKGTVDIAKSDKDFVIGFIAQRDMGGRDEGYDWLIMTPGVGLDDKGDALGQQYRTVDDVVSTGSDIIIVGRGLFAKGRDAKVEGERYRKAGWEAYLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 101
structure length 260
sequence length 260
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3gdkA00
2ZZ4A 1A50A 4NJIA 5F4WA 2C3ZA 2DU2A 3LXCA 4MOZA 2V8ZA 3L65A 3RLUA 2GQ8A 5EPDA 2ZRYA 5MHBA 2C19A 3LBCA 3LDVA 2ZDRA 3SGZA 3KVJA 2ZRXA 4JIPA 4Z1CA 2CU0A 5KSWA 2B0MA 1H60A 5ABTA 2RFGA 3NAVA 4L4MA 1NAL1 5HR6A 1TPH1 1PCWA 4JR5A 1Q3NA 2YX0A 2X1RA 1TTQA 3FJ6A 3W1UA 5CPNA 4XTDA 3UXAA 4IWWA 1J4EA 3HGJA 3W75A 2X1UA 4IPJA 1VHNA 1AL7A 1VCGA 1FQ0A 3PUOA 5I3KA 1UB3A 1L9WA 4HN4A 4NVTA 3O6CA 4UTKA 4EOUA 4O50A 3EB2A 4WJEA 1THFD 5A8GA 4JX6A 3NYZA 1OF6A 4AVFA 1KFKA 2HSAA 2A6NA 3I7RA 4Y90A 4JN6A 4UFLA 4EF8A 4RXFA 3DFQA 3S1WA 2KZHA 3W74A 3LERA 2ZFAA 5LHFA 4LU0A 1D3GA 3LTSA 4JXCA 4M5PA 1RQHA 1ZALA 5C55A 1SZEA 2H8ZA 1MEWA 4RXGA 4DBEA 1LROA 3N2MA 3YPIA 5K7JA 3GKAA 1AG1O 1OG0A 3MI2A 4RLIA 3S1UA 2C1HA 1F74A 1W5OA 1T8XA 1YXDA 2Q8ZA 2QCFA 4IMEA 2P0OA 4Q4KA 2TSYA 4CQ8A 3S5OA 3P81A 2QJIA 3GVGA 2CLMA 1VGAA 3TA6A 4LW7A 3SGUA 4X22A 3LCIA 1SZFA 4JDBA 4R7JA 3W7GA 4RV8A 5E0KA 1I8JA 3BGJA 3M47A 4NX0A 3O1NA 5D33A 1QWGA 1PHWA 1YADA 1FCVA 4N2YA 1LBFA 1AL8A 1WV2A 2Y7FA 3NQMA 3BW2A 5HULA 5AHLA 3L5MA 1F2JA 2ZRWA 4MUZA 1H51A 3P82A 4EWND 3TR2A 1X7FA 2EGZA 3C0JA 2GOUA 3W9ZA 1KLYA 5DXYA 3WK2A 1JJKA 4JTIA 2BSLA 4JDYA 4FNUA 3UPBA 3MP4A 3BW4A 2VFEA 1JVNA 4MY1A 3LLFA 4O15A 1TPDA 1VH7A 4O8RA 1H50A 1EWDA 5AYYA 3NA8A 4HNNA 2NUWA 4QIUA 2FB2A 1N7KA 3ATZA 3ZWSA 2YFOA 1DKWA 1EP2A 3ZFHA 3GX9A 4AF0B 1SZNA 3IGSA 3ATYA 4WXZA 3TSBA 3N19B 3TSDA 1LBMA 5K9DA 1H7WA 3PY2A 5AOUA 1IF2A 1FXPA 4QAIA 2RHGA 3KRSA 1QCWA 2OT1A 4M6QA 1ZNNA 1H61A 5I3IA 2P1FA 4N6EA 3W88A 4OGZA 5D38A 4PEKA 1TCDA 3M44A 3B4UA 5GVJA 4GUHA 3NPWA 1Z44A 1WAUA 2DORA 2YDAA 4ADUA 3NQFA 1OYBA 4PA8A 4UTJA 1NF7A 4K39A 4UFHA 5KINA 1KFEA 1OK4A 3OA3A 1I2PA 4HIBA 3W84A 3O15A 1QR7A 4LC6A 2WO5A 3MHUA 2AGKA 2YCEA 3FOKA 5EYWA 4IX0A 1JCYA 2TPSA 5H2ZA 4WY0A 3V1PA 1JCJA 4FNRA 1ME7A 4MFEA 4PFMA 1VLIA 1DORA 2V82A 3CU2A 3MW7A 1V7YA 4CNPA 4NUWA 4HNTA 3NNTA 4X9SA 3DZ1A 4YL2A 3DHFA 1JCNA 3FLUA 4N02A 3MYOA 3G0SA 4JD4A 4ALDA 4IXXA 5KTLA 4IOTA 1XL9A 3LRKA 3P8JA 1IXNA 1X8FA 3I65A 4BFAA 1GJPA 3S1XA 2BLEA 1OF8A 2CZFA 3Q94A 1KLZA 1VRDA 4PC8A 4LV4A 3SSJA 5AYZA 3TQVA 4CNOA 2HMCA 1TJPA 1TV5A 2CLHA 3EX1A 1YPIA 2A7PA 2CFFA 3DFTA 5EL1A 4EIVA 4CCCA 4HNVA 5BNKA 4FNTA 3THAA 3MJYA 2RDWA 3F1QA 3IIXA 3NQ6A 4UFKA 3BVJA 4XUGA 3VFLA 5DN1A 1A5AA 3M41A 3VE9A 3WFAA 3LTYA 1W0MA 2ZRUA 5J5DA 3UWUA 1KW1A 1VJIA 4KFPA 1QPOA 4X3ZA 5DCEA 3KVLA 1A5BA 1SO6A 1B57A 4IJBA 3TU9A 2BX7A 2CLFA 4JNMA 3P80A 3W3OA 3BARA 3G1HA 5D2VA 2NXGA 1OFAA 1HO1A 3QPYA 3KRZA 5AC7A 5LGZA 4CQ9A 4MPQA 3OVPA 1K7XA 1OFBA 2ATSA 5TIMA 2NXIA 2J24A 1VC4A 4Z1DA 5DY3A 2C6QA 3SR7A 1ML1A 5K3VA 2HS8A 2ZRZA 3NQAA 4BWLC 1K03A 4R33A 1OX4B 3MHFA 1RPXA 2OX1A 3RMJA 4MJMA 3W7NA 4JTGA 4WOQA 1F6PA 4NJGA 1P5BA 1I4NA 3M5ZA 1LLWA 3DAQA 4RZ4A 5HQEA 1L6SA 2PE4A 4ZQMA 3W7LA 2DZUA 1G6CA 1TYGA 1VLWA 3QMTA 1OFPA 5CPLA 5CSRA 2E77A 2NUYA 3SECA 3OBKA 2H3BA 2QCHA 3UNDA 2EPHA 1MXSA 5FEPA 4CLMA 2PC4A 3MI6A 4FX6M 1A53A 2C15A 3Q58A 1M6JA 3W1LA 3G1VA 3O07A 3FEMA 3B0UX 4LT9A 5F1VA 2GQ9A 1TPWA 1RQEA 3MI3A 4UUIA 1CX9A 3RF9A 2G5WA 4PTNA 2BXVA 3C2RA 5KMYA 3MO7A 4OU1A 2VEKA 1QO2A 2ABAA 1Q45A 2B7QA 3HPSA 3QRHA 2PRLA 5F4SA 3TFXA 4K36A 3LHTA 4UXDA 4RR4A 1YYAA 4XBSA 4WUIA 1N8FA 1Z42A 3M5XA 1LM1A 3NL5A 3NPUA 3W7OA 2ZCGA 1O5KA 3MP5A 4P2VA 1LDCA 2A4AA 5F1UA 1A5SA 2C13A 4JIQA 2VEMA 3JR2A 5FEZA 5AHMA 3W1TA 4NNCA 2J9XA 5DXXA 1QMLA 1P1XA 2GUUA 2RKXA 1WA3A 3IEBA 1GVRA 2QCGA 2RDUA 1UASA 4GJ1A 3NVTA 3A5FA 3T78A 3W07A 2NLIA 4HHPA 1LOQA 3KAOA 8TIMA 3SY5A 4O1BA 2CLIA 4GUIA 3THQA 1VS1A 1RR2A 2NX3A 3L0GA 3M9YA 2NX1A 2Y7EA 2DZWA 3SJ3A 3VCRA 1NEYA 2ISSA 3TMLA 1DQXA 2FTPA 1XUZA 2Q3RA 3EWZA 3W7DA 3NO5A 4JTEA 3S5ZA 4ZQNA 1OFEA 5AHEA 1TMHA 4H3DA 1NVMA 5K4ZA 1U83A 3PBUA 3UWYA 1Y0EA 1EUAA 3G3MA 1I2QA 2ZBTA 3TNOA 2B7OA 1SO3A 3DU0A 3OIXA 1KV5A 4AHQA 2VXNA 4Y6GA 1QOQA 4YMZA 3HO8A 5LSMA 3G3DA 3LGEA 1VCFA 3R12A 3W7RA 3F03K 2CW6A 1SO5A 4FNQA 1TQXA 2CLEA 3DFSA 5EA9A 2ZA1A 1C8VA 5LNWA 1ZAIA 4L4LA 5C6MA 3L9CA 2Z2UA 1FCUA 4YCOA 3R89A 3VNDA 3GR8A 1EB3A 1KFCA 3SIZA 3W1QA 5T26A 4Z1AA 1TJRA 3NZ1A 4NXSA 4WX2A 3M5YA 4JICA 3DFPA 2DZTA 1PVNA 5KZDA 4UTWC 3DFOA 5G1YA 3OG3A 3PG8A 4NT0A 1LCOA 3W1NA 2XN1A 2H90A 1I45A 3WK3A 1K8YA 1UBSA 4KWVA 3G1FA 2OMAA 3EX6A 1ZENA 4LOCA 3W2LA 4NNBA 1LRNA 2O7QA 1ICPA 3G22A 1GPWA 4B5NA 3GK0A 2HS6A 4UNLA 2V9DA 3E9AA 1IXPA 1I2RA 3W7CA 1S5VA 1XBZA 1K02A 3N9SA 1OYAA 1QPRA 5F2LA 4AWTA 3PR2A 3FYPA 2QUUA 2YYUA 2DZPA 3P61A 4JS3A 3ABQA 2JGYA 1MO0A 1LZOA 2WSRA 5DBTA 3MMTA 4FX7A 1KM6A 5DBUA 2IQTA 3L66A 4WZHA 2Y7GA 1F7BA 4O18A 4DEFA 2ABBA 1H1ZA 3QSRA 2W0UA 3PUEA 3TC6A 5FF4A 5EBUA 1W37A 1XDLA 4NU7A 1ALDA 4MLRA 2O7SA 3M0ZA 2AAMA 3FS2A 3KX6A 4Z1BA 2I14A 2X1TA 4FHAA 3MWAA 1H7NA 4C1KA 3PB2A 2E1DA 3TXVA 2W79A 1S5TA 2Y6ZA 1LYXA 3I7SA 1NF0A 4NXKA 1HL2A 3OEXA 3EWYA 3B0PA 1FWSA 2NUXA 3EKLA 3EX3A 2ZZ3A 4LRSA 3KFTA 2JGQA 3O6YX 4LVDA 2ZA2A 4AF0A 4G1KA 4N9DA 4DO5A 3LRLA 1K8ZA 3IGXA 2FFCA 2V2CA 1D3HA 3LRMA 4JX5A 4N9BA 3WJYA 1EA0A 3HG4A 3BG9A 3DH7A 3KVKA 4BK9A 3FA5A 3PUDA 2UV8G 4O53A 2V0TA 1KM4A 1ME8A 3GDTA 5KITA 3W2MA 1K7EA 3QH2A 1TV7A 1KM0A 3KVMA 2DZSA 1EUNA 2QKFA 3QM3A 4D2JA 4GXMA 5D2YA 3STFA 1PS9A 4W9TA 4R53A 4ORIA 5BOOA 5F2MA 1SR9A 2FPVA 3CQ0A 4AWUA 3W1MA 4JY9A 3I6RA 2PURA 4TMCA 3SZ8A 3BO9A 4PODA 2C18A 2X1SA 1G7VA 3NOEA 1FCQA 1Q6RA 3DGRA 4JYFA 1XBYA 1H5YA 3VE7A 4ZQRA 1WYIA 1F05A 4LVGA 3GAYA 3C2VA 1JUEA 1WQ5A 4UCGA 4YXGA 1RV8A 3FJLA 1JULA 1R46A 5FF0A 4FIQA 4I7WA 2VEPA 3QQ1A 1FCBA 2OJPA 1ICQA 4KFNA 3LHVA 3UZ5A 2YFNA 1OFOA 3E0IA 3LCGA 1W5MA 3N9RA 1VYRA 2WKJA 4MLJA 3O05A 5FF7A 1L2UA 3C52A 4GRSA 2A0NA 3USBA 3L5AA 3ANYA 4IMFA 3WK1A 3ABOA 1SZGA 3LM7A 2H8XA 3L0NA 3WJXA 3CTLA 3PBYA 5CG7A 5CSSA 4BI5A 2WNQA 2FJKA 3HPXA 5U7SA 3GIYA 3QYQA 5D32A 1ICSA 3OVQA 2A2IA 4DO4A 5AHIA 2JBMA 5BMXA 5IBXC 2GJLA 1BWLA 5CPMA 1XC4A 1OK6A 4XQ6A 2DJXA 4ICNA 1TPUA 4O28A 1W1ZA 1QNVA 3S5YA 3U8GA 1GVOA 1QO5A 2FDSA 2XN2A 4IPIA 4I7UA 3G1DA 3CIXA 3QW3A 5H91A 1G4TA 1WXJA 1B4KA 3BGGA 3N2XA 3H53A 4M19A 3TIMA 4K38A 3W86A 1PCKA 5D04C 4LUJA 3PBWA 1WBHA 4FXRA 3NDOA 4PH6A 4Y96A 1TQJA 1DV7A 2NXHA 3GNNA 1GYLA 2P10A 1SO4A 2ZZ7A 3B04A 3W1AA 2OCZA 3NQ8A 3CB8A 4TO8A 3T7VA 3P62A 1KM3A 3TV8A 4QSHA 3V75A 1TSIA 4DPQA 4CNNA 2RH9A 1KM2A 4UTIA 3HG2A 1TREA 4QQ3A 5I3JA 1FXQA 3FIGA 3OHIA 2C16A 3UWQA 2GJNA 1LP6A 3IIZA 1HG3A 4HNUA 1OJXA 5HUPA 1G69A 1JCLA 3D0CA 3S1VA 1L6YA 3CT7A 4O14A 1PE1A 1BKSA 1QAPA 1OX4A 1WOBA 1OABA 3NQ7A 4JTSA 5D2WA 3TX9A 3W71A 5AC8A 2QCLA 3C2FA 1AW2A 2B4GA 3FFSA 4UTTA 1FWWA 2QDHA 4FB7A 3LI0A 4S2CA 4O1AA 2F7FA 1QFEA 3TXZA 1F76A 1Q6LA 3F4NA 5A5WA 2GQAA 3MP3A 2ZZ6A 4AXKA 3GAKA 1GVQA 1DQWA 3T55A 4TX9A 3GXNA 4S1FA 3C6CA 1G67A 3TAOA 1KBJA 2WNZA 3CEPA 5G2HA 1U5JA 4RKAA 3BLFA 1MEHA 3ABSA 1WDWA 3HPZA 3TK7A 1EWEA 3QSTA 1XBVA 2V30A 4QNEA 1XM3A 4KKXA 1OFDA 3QQ0A 3G1XA 2Y85A 3WJWA 3BLIA 3DBPA 1HUVA 1IIGA 1KFLA 2TMDA 4TU1A 2VKZG 1XXXA 4DXVA 4WD0A 3IIVA 1W8SA 4O1DA 3TUUA 4C1LA 4PL1A 3LCHA 5E1QA 1Z48A 5D2XA 2A7RA 1J5TA 2F84A 3OVRA 4ZQPA 1FY6A 1GYNA 3LCXA 2E6AA 3WJSA 2FQIA 3TROA 1O60A 1SW0A 3G8RA 5CKSA 2NZLA 5LKYA 4K6AA 1FWRA 2B7NA 4ZL1A 1GVSA 2CZ5A 3LXBA 4RZ5A 1H7RA 1KTNA 3UWZA 3NPXA 3W2NA 3M43A 4BI7A 1A5CA 3LV5A 4N4PA 4JGDA 1P4CA 5FI8A 5F2IA 2DZXA 2RDTA 2CWNA 5G4WA 3EWWA 1KM5A 3M6YA 4LNYA 3PWAA 3EX4A 4GUJA 2QCDB 2FB3A 4UFIA 1G7UA 1JQXA 1TTIA 3T4CA 1W31A 4ORMA 1OYCA 1TRIA 1H62A 2QJHA 4NZJA 5CZTA 1TTPA 2YXGA 1MEIA 1W56A 4K37A 3DKLA 2E5CA 4O19A 4AEOA 5K2ZA 1X1OA 4AB4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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