3GDL | Genus

Total Genus 98

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	98
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	TYKERAATHPSPVAAKLFNIMHEKQTNLCASLDVRTTKELLELVEALGPKICLLKTHVDILTDFSMEGTVKPLKALSAKYNFLLFEDRKFADIGNTVKLQYSAGVYRIAEWADITNAHGVVGPGIVSGLKQAAEEVTKEPRGLLMLAELSCKGSLATGEYTKGTVDIAKSDKDFVIGFIAQRDMGGRDEGYDWLIMTPGVGLDDKGDALGQQYRTVDDVVSTGSDIIIVGRGLFAKGRDAKVEGERYRKAGWEAYLR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	98
structure length	257
sequence length	257
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2009-02-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3gdlA00

2NX9A 3EX4A 3FS2A 3WK3A 2R94A 1VCFA 2ZQ0A 4PA8A 2YW3A 5C5YA 3BLFA 1BWLA 1K8YA 1H60A 2VEKA 1Q3NA 2RFGA 1P5BA 4N4PA 2IQTA 1H7NA 1MZHA 3CTLA 4TMBA 3MHGA 1JULA 1T8XA 2X1RA 2RH9A 1JUEA 2JKPA 1JRCA 2QAFA 4RJEA 3HF3A 3LTYA 1QFEA 3W7EA 4UR7A 1W3NA 3FJLA 3P8IA 3GLCA 4Z1AA 1W56A 4FO4A 1HTIA 2XN0A 4JEQA 1Z41A 4DF2A 1DVJA 2JBMA 2Y70A 2A85A 4IPJA 1HO4A 1I45A 3MI6A 3WJYA 3AO0A 1O60A 2A0NA 3C2RA 1PL9A 3W84A 3MI2A 2H90A 4LRSA 4X22A 4K37A 3C2FA 4JTIA 3M9YA 4AF0A 3QYQA 4ONVA 4H4IA 1C9DA 3C8FA 3CPRA 2FFCA 5HR7A 2CLOA 2X1UA 3U8GA 3PG9A 4I7VA 4OWGA 2Z1BA 2EAWA 5KTLA 3W7QA 3B0VC 1FDZA 1R46A 1KM5A 3S9YA 3G1YA 1A5BA 3UWQA 1CI1A 2WSRA 3DKJA 4ZMGA 1JCYA 4KKXA 1TQJA 2Y63A 1JQXA 3FFSA 5D2VA 5FF4A 3NQEA 1SW0A 3MBFA 2ALDA 2WNQA 1XKYA 4Y90A 4CCDA 1B3OA 2Z0IA 4O16A 1FDJA 3RNDA 1GG1A 3TC6A 5KZMA 3IGXA 3L0NA 3WJXA 3TH6A 2DZXA 3UPBA 3T7VA 4GUJA 2CU0A 3DZ1A 3I65A 4WX2A 2ABAA 3PG8A 4IXXA 3T40A 3LCGA 1H62A 2YSWA 2E77A 2HS6A 2ATSA 4O15A 2C3ZA 4O8RA 4UMCA 4CCEA 3M0ZA 1DOSA 2FJKA 4QIUA 3IIOA 3U6WA 3C4UA 4GUGA 2Y89A 4HSOA 2XN1A 3SECA 3MYPA 3UWYA 1TSIA 4I7WA 4PCFA 3CEUA 5F1UA 2CWNA 2QCNA 1SO6A 1TYGA 1W31A 3EWXA 2FPTA 1BTMA 3TFXA 4WXYA 4X3ZA 3W1NA 3G1HA 4IMFA 1FCBA 1TPWA 4ZQCA 1XM3A 2YCEA 5LNWA 4JX4A 1TPUA 1MEIA 3JRKA 5K4XA 3LHTA 3O15A 3UXDA 2V30A 3JR2A 4H3DA 4OU1A 4BI5A 1O94A 3HPXA 2GQAA 3I68A 5C54A 1ICQA 4OE7A 1FWNA 3A24A 1BEUA 2VFFA 1LDCA 3CT7A 3CWOX 5D02A 3TUUA 2QR6A 2ZCGA 1R2SA 3BW2A 4R7JA 4IMEA 3L5LA 8TIMA 3PF3A 2J6XA 3RFAA 1FX6A 3SW6A 2KZHA 4O18A 5EPDA 1VJIA 5C55A 3TU9A 2ZRZA 4ORIA 1TIMA 1W0MA 2A1YA 3HB9A 3TJLA 1FCQA 1WX0A 1WOAA 3UY8A 4MZYA 2GVJA 2CLIA 2GUUA 1DHPA 1I8JA 1SO5A 3L5AA 2W0UA 1K03A 2QCDA 1DBTA 3EEGA 3GX9A 2V0TA 1YDNA 4JY8A 2VELA 3MO7A 3NA8A 2I9EA 3W83A 4Z08A 2W6RA 4UTTC 4Z0SA 4HT3A 1PV8A 3E0IA 4MY1A 2FB3A 2QJHA 3DGRA 1BWKA 4NJIA 3G1DA 4JDBA 1E51A 2WV8A 1DQXA 2DZSA 4NNCA 1I2RA 3NZRA 3I6RA 2G5WA 4IPIA 3SZ8A 2QDGA 2WSQA 4JTUA 4N9EA 4PFMA 5C6MA 4I9AA 5TQLA 3TSDA 3WK1A 2ZA1A 4DELA 3C52A 4LUJA 1W5NA 1O5XA 3QC3A 3TX9A 3VNDA 2F7FA 1ICPA 3DHFA 5I3JA 2H8ZA 4JYDA 5HNRA 4IMGA 3EWZA 1SFJA 3RMJA 5E93A 5FF7A 4EOUA 1XUUA 5CPOA 3W7MA 3TCEA 1F76A 4O1BA 3RLUA 1IXNA 3N9SA 3G3MA 3BG3A 1RVGA 4YXGA 5F4XA 2GPTA 4MJMA 4N6FA 4PL2A 4MLRA 1EIXA 2J27A 4JTSA 2A2IA 1S5VA 1DKWA 3G0SA 3S5NA 1KW1A 2J9XA 2ZZ2A 1IGSA 2EKCA 4HNTA 3D0CA 3U2OA 2JK2A 3ABSA 5LSMA 1OFPA 1G4EA 2WOQA 4IOTA 2VENA 4NT0A 3QRHA 2GJLA 3TW7A 4Z0JA 1IF2A 3N2XA 2EHHA 3GR8A 2LLEA 3WK2A 5CZ0A 3LCFA 3M41A 3B03A 5AC6A 4QITA 3GYEA 3HG5A 4JTLA 3A5FA 3O06A 1L6WA 1MEHA 2QEZA 3NQ6A 3SIZA 3USBA 3C56A 3W71A 1YPFA 1SO3A 4XZ9A 4BR1A 4XTIA 1W8SA 3N19B 3HQ1A 1R47A 4IUOA 4XBSA 3C2EA 3WK0A 1H7WA 3LDVA 2QCEA 2YXGA 1QO5A 2PCQA 3HG3A 2FTPA 3MHFA 4IXHA 4N9CA 3IEBA 5HR6A 2C1HA 4U4MA 1H7OA 2DZPA 3TJXA 5DXYA 2QUTA 2V2HA 1KFJA 4YMZA 4BK9A 3SJ3A 4MJZA 2CLEA 4WY0F 1DORA 5I3FA 4M6QA 3HO8A 4OT7A 4Q33A 5DY3A 1LBMA 3BLEA 4AHQA 1ZNNA 3KHJA 3IGSA 4UR8A 1KM6A 1H51A 2BXVA 2PC4A 4XKYB 4HKPA 1YTEA 2OMAA 1ZY9A 3S1XA 1OK4A 4XWUA 2VFEA 4MZ1A 1GQNA 5LHEA 2QUVA 3G8EA 4AMAA 3W7IA 1O4UA 1SFLA 2PRHA 4NUWA 5KSWA 3RU6A 3W2LA 3W7DA 4DBDA 3PVFA 3C2OA 4FIRA 3LLDA 2V8ZA 2EPHA 4EVZA 4NZFA 4S2BA 5HJLA 3A21A 4LVDA 2B0MA 2QCFA 5F2GA 3A9IA 1D3GA 5F4WA 3EX1A 7TIMA 2NUXA 4AF0B 2HTMA 2V2DA 4JD4A 5TBOA 5HULA 4AWSA 1B4EA 1KLZA 2TYSA 4GUFA 1LLZA 1YTKA 4DF0A 3P80A 3GXNA 5DBTA 2TMDA 3UY7A 3IIZA 1IIHA 3T55A 3B0UX 2B7NA 1H1ZA 3CU2A 4RV8A 1H50A 4TU1A 3DFSA 2Y7EA 1WXJA 1JVNA 2V81A 3NDOA 2NZLA 1B9BA 3LRKA 3O63A 1WQ5A 4GE8A 2VEMA 2Y88A 4JTEA 4GWEA 3L65A 3BARA 2ZZ5A 3TW6A 4FXSA 4LNYA 3W7PA 1SW3A 1W3IA 1W1ZA 5I3KA 4O11A 4WY0A 4TO8A 3R13A 4EF9A 1W5OA 3RLVA 1LBLA 2WQPA 3INPA 5CPLA 4RK8A 3GDTA 3NL2A 4O0ZA 4UFHA 3PR2A 3TK7A 4EIVA 1PHWA 2Q8LA 2Y7FA 1PS9A 5E0KA 1GYLA 1D3HA 2ZZ6A 1G4PA 2ZRUA 3DFTA 5G5IA 3SSJA 3BO9A 1NF0A 5D09A 4Y8FA 2A6NA 5AB3A 3EKZA 4K8HA 1GEQA 2P10A 3TXZA 4FNPA 5BW6A 2E5CA 4A2SA 1Z44A 3LBCA 3O8AA 3WJZA 4R33A 3M5XA 4UFKA 2C15A 3EXRA 3QFEA 3QZEA 4HNVA 2ZRVA 3NXFA 4PEKA 3STFA 3IIXA 4IMCA 3LTPA 4N4QA 3SY5A 2ISVA 3T4CA 3R89A 4WQ6A 4JS3A 4CNPA 2VFDA 2V5LA 1K3UA 3NG3A 3OG3A 4NXSA 4QM1A 4RXGA 2CW6A 1IIGA 2FLIA 5LGZA 2P0OA 2NWSA 1YDVA 2A21A 2VKZG 1GVOA 1QPRA 3TMQA 2EF9A 5LKYA 3NL5A 4DPPA 2CLFA 2HS8A 5EA9A 5G2WA 1ZAHA 4E2BA 3VCRA 4X9SA 3M6YA 3K30A 3NPVA 4Y9AA 3M5VA 3TQKA 3QSRA 3PULA 3LERA 3KRUA 1QDSA 3S0CA 2GQ8A 3IV3A 5LGXA 5EY5A 1NSJA 2C14A 4A2RA 4GRSA 1Q6QA 3O1NA 1NVMA 1VR6A 3P5ZA 3O05A 1K8XA 3UZJA 4UTIA 2FDSA 2QCCA 5SWUA 1ML1A 4GFSA 2D73A 3NR0A 4WJEA 1OYAA 5EBUA 1LZOA 3C3NA 4LVBA 4DBEA 3TAOA 5AHMA 1KFEA 3HGJA 3MP3A 3NGJA 1Y0EA 1F6KA 2QCHA 1HFBA 2X1TA 4PL1A 1KLYA 1GVFA 1UB3A 1TPVA 1KFKA 3NO5A 3W1RA 4A29A 3M47A 1H5YA 3LXCA 1VYSX 1X6UA 1YTDA 3VFLA 3C2VA 3LOTA 3OEXA 3T78A 4GBUA 1M7OA 3FYPA 3W1PA 4NQ1A 1TTQA 2TSYA 3NQDA 3B06A 1EX5A 3LCHA 4FNQA 4MPQA 3QMSA 1R2RA 3W86A 3PBUA 3N3MA 2ISSA 1KTNA 3G18A 3SR7A 1OK6A 4UTWC 4LVFA 1YXYA 1VC4A 2VEPA 3LCIA 3W07A 2AGKA 3OHIA 5D37A 3W6YA 4AEOA 1UJPA 3GKFA 5AHNA 3I7RA 2X1SA 1FWSA 3S1VA 3NPXA 3UD6A 2VC6A 1LTDA 1X8FA 5FESA 1DV7A 2GJNA 3RK8A 2C0AA 4MLJA 1QR7A 1VGAA 1HUVA 1ME9A 1OX5A 5CPNA 1OVDA 5DCDA 3F4NA 4WOZA 4ZQOA 5BNKA 4RCXA 1EP3A 4G1KA 3TSBA 1AW1A 3P60A 3EWWA 1WV2A 1GVRA 1WOBA 2X30A 2ZA2A 4HIBA 3QQ1A 2Q3OA 4ZQRA 3N34A 4LS2A 3THQA 2W79A 3FYOA 3W7HA 2X2GA 5F4SA 3LGEA 5D38A 2FIQA 3I7QA 3S5YA 4MYAA 1LOQA 2DJXA 1X7FA 5D33A 3PUDA 3BLIA 1LOSA 1Q6LA 3ZWTA 4O0KA 1TRIA 5HINA 1XC4A 2DZVA 5DCEA 3LM7A 4UMBA 3S1UA 4FHAA 3PY2A 3TKFA 1VQTA 5K7JA 3E9AA 4JY9A 1IXQA 2V82A 2PRLA 1H61A 3MI3A 3BV4A 3ZS4A 2GVLA 3PSVA 4ICNA 1TREA 1GOXA 3TSMA 5CSRA 1DJNA 1FCVA 2C6QA 3G24A 3R12A 3OVQA 2A7RA 3S5OA 2H6RA 4UTUA 5HWJA 2WJZA 4IMDA 3SFKA 1ZFJA 5G1TA 3UNDA 4QAIA 3NYZA 1LOLA 5F2MA 4AB4A 3OA3A 1HG3A 4UFJA 3W7NA 1TTPA 1JRBA 3H55A 1WA3A 2TPSA 5D2XA 1GG0A 3MWAA 1VS1A 4RZ4A 1QMLA 1EWDA 2TRSA 4NJJA 2C18A 5K9XA 1TPC1 2DU2A 3BPWA 1GWJA 2OX1A 1GTEA 4MY8A 4DF1A 2WSYA 2VFHA 3W1MA 3QQ0A 2OZ0A 1FCUA 1TPB1 4UUIA 1XBXA 4Y6GA 2DZUA 5AHEA 1QNVA 4UTTA 2ATMA 2NXIA 3KRZA 3N14A 4UFIA 1AW2A 3C6CA 1U5JA 1EP2A 1T96A 4Q32A 3NQCA 2RDWA 4L4MA 4O13A 1CX9A 2QJIA 1L6YA 1SQ7A 5D04C 5T26A 3EX3A 3BW4A 5I3GA 2AQWA 3QPYA 3O6DA 2CLHA 1D9EA 4BI6A 1Q6RA 4EF8A 3UWUA 1JCXA 5FEPA 1JQVA 2WKJA 1TPDA 3EX6A 1GVQA 3W7KA 1W5MA 4QNWA 4LTSA 4AVFA 4LS0A 1JCJA 1B57A 2VFIA 3DKLA 3NQMA 1LYXA 1DL3A 4ADUA 4O54A 2JGYA 5HWMA 4LC8A 2QKFA 3NM3A 4WY0B 4KFOA 3W2UA 3W72A 3LXAA 1TTJA 1A53A 3QEZA 3DAQA 4UNKA 4Y96A 3ZWSA 1ME7A 5KMYA 3ZFHA 1SZNA 1OFRA 3P81A 4N9DA 1NFBA 2F84A 1VH7A 3TA6A 1TB3A 5H91A 4C1LA 1W54A 4UTMA 2ZA3A 3VI2A 5EKYA 1A50A 1JCNA 1WDWA 3NQVA 3QPZA 3QMTA 3KFTA 3DI0A 1VYRA 4KWWA 4KFNA 3CWNA 2NX3A 1QO2A 4U28A 1H1YA 1NAL1 1XCFA 2DORA 2E6DA 3W1LA 4E2DA 4MYXA 3DH7A 3W7LA 5G2HA 1NF7A 3WJWA 3VKJA 4QNEA 3LV6A 3M1ZA 3UWZA 4AAJA 1FY6A 1XXXA 1UBSA 3AJXA 3LHUA 1SUXA 5C2XA 1RD5A 1G4TA 1K7EA 4ML9A 1LP6A 1N7KA 4JTFA 4JXCA 2V5BA 4GNJA 4BFAA 5A5WA 4Z1DA 1I2QA 1ZCOA 1ALDA 3NPUA 3W76A 4WD0A 2R91A 2A6LA 1PE1A 4O52A 3BVJA 1LROA 3PBYA 3MMTA 4AWUA 1OFEA 1GT8A 3HG4A 3NQFA 4JIQA 4A21A 3W1QA 4QSHA 5IBXC 5AHFA 1YDOA 3W22A 3FKRA 5FEZA 5KINA 1G7UA 1EWEA 3Q2DA 3Q37A 2V9DA 2E6AA 2QCLA 3W1AA 2YGYA 4OBTA 5EMUA 4RZ5A 4LWWA 4R53A 5L6UA 2R8WA 5G2IA 3N9RA 4LV4A 2GQ9A 2YYTA 4DO5A 1AMKA 3LRLA 5HUOA 5LNVA 1AG1O 2Y7GA 1C29A 1SZGA 3VE9A 1OX6A 4KFPA 5DBUA 5AC7A 2ZDRA 5DXXA 3CC1A 1DQWA 1FWTA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3GDLA

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