3GDRA

Crystal structure of the d91n mutant of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from saccharomyces cerevisiae
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
260
structure length
260
Chain Sequence
KATYKERAATHPSPVAAKLFNIMHEKQTNLCASLDVRTTKELLELVEALGPKICLLKTHVDILTDFSMEGTVKPLKALSAKYNFLLFENRKFADIGNTVKLQYSAGVYRIAEWADITNAHGVVGPGIVSGLKQAAEEVTKEPRGLLMLAELSCKGSLATGEYTKGTVDIAKSDKDFVIGFIAQRDMGGRDEGYDWLIMTPGVGLDDKGDALGQQYRTVDDVVSTGSDIIIVGRGLFAKGRDAKVEGERYRKAGWEAYLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 102
structure length 260
sequence length 260
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3gdrA00
5DBUA 4G1KA 4R33A 1ZJIA 3W7EA 2KZHA 3CU2A 5U7SA 4R7JA 4DBDA 3LDVA 1OX4B 3HG5A 1W3NA 3NOEA 3G0UA 1Z42A 1IXPA 3ABQA 1LLWA 5IM51 5A8GA 3UZJA 3O16A 4FNUA 1KTCA 2VEIA 3SY5A 4EF9A 3O8AA 2A2IA 5DCBA 2DZXA 4P2VA 3BARA 1F76A 3W1PA 4IX0A 2WQPA 1FXPA 2Y63A 2VOMA 3UXDA 4A2SA 4CNNA 3T55A 1B57A 3UWWA 2UV8G 1YTKA 3TC7A 3HG3A 1LOLA 2PRLA 1GVRA 2RKXA 3F4NA 4OE7A 4E0CA 3INPA 4YL2A 4AHQA 4MFDA 5CG7A 4O52A 3NYZA 5LGZA 2FDSA 5AHMA 3ELFA 4O19A 3W1NA 3QPYA 1CX9A 3LBMA 3HOJA 3C52A 3L5MA 3CTLA 3LTSA 5TIMA 5K4XA 3LI1A 4KFNA 1EEPA 2CLEA 5J5RA 3CEPA 3MO7A 3OBKA 5LHFA 1ZAIA 1ALDA 3W1QA 3S1WA 1HG3A 4PC8A 5KSWA 3GIYA 1MEHA 4NJJA 2J9ZA 5AYYA 3NAVA 4O12A 3W7NA 2JGQA 3RU6A 4MYAA 4RZ5A 5LNUA 1V7YA 3LM7A 2NUWA 5G4WA 2CZDA 4OGZA 3M6YA 5F2GA 3M5VA 1KFBA 4IWWA 5MHBA 4AWTA 1ZENA 5CPLA 1H51A 4A29A 3FKKA 4O8RA 3TQ0A 2CZFA 4GRSA 1OVDA 1TPFA 3GKAA 5D2TA 2AAMA 1TMHA 2OT1A 5FF0A 3HG4A 1X6UA 2C19A 5DELA 5DXYA 1FQ0A 4IXXA 3C2OA 5KMYA 1HO1A 1SSDA 3HB9A 2Q3RA 2HSAA 1TTIA 3F4WA 3GVGA 3WJWA 1K7XA 4U4MA 1YDVA 4FX8A 3MW7A 2QR6A 3QJAA 5DY2A 3MMTA 1RD5A 1GYLA 3B04A 1R2TA 2V0TA 1L6YA 1SO3A 3TXZA 2B7OA 4GBUA 2V2DA 5AC8A 3W7HA 2G95A 3DU0A 2ZRUA 1OABA 5KITA 4RX0A 3LCIA 4CQ8A 4NZFA 1LOSA 2ABAA 2O7QA 3SJ3A 4JN6A 3PUOA 1XDMA 5EPDA 3TAKA 5CZ0A 2EPHA 5FEZA 4XZ9A 5G2WA 3EB2A 4LUJA 4B5NA 2OZ0A 2V2CA 1TRDA 2A6NA 1QPQA 3P67A 4OBTA 3EXTA 3W7PA 5FF2A 1GTHA 4JR5A 3B0VC 1SFLA 1GJPA 2VXNA 4JTUA 3W7KA 4MIMA 3RMJA 2A21A 2X1RA 4CCEA 2J24A 2CLKA 4DPPA 2BTMA 2OX1A 2QJGA 1F7BA 2X30A 3UPBA 1GVOA 2ZRXA 4UTMA 3W2NA 3UY7A 1O60A 4RJEA 2FQIA 3FJLA 4EOUA 2ZCGA 3NQ8A 3NG3A 4JTIA 3SW6A 1D3GA 1SW3A 1LLZA 1P0KA 3ATYA 2CLLA 1THFD 3S6DA 4CCDA 4O11A 1SFJA 4DELA 2ZRZA 2D73A 3V1PA 5E0KA 3GK0A 4JNMA 3O05A 4WY0F 3TJXA 1TRIA 2TSYA 1F05A 4IQLA 4PA8A 2NXIA 3KRUA 3W2LA 4C1LA 3KRZA 3CT7A 3S42A 3BK0A 1IXQA 1LP6A 2R8WA 3FOKA 3UXAA 4QM1A 1EWEA 4UMAA 4C1KA 4ONVA 1QMLA 4LS1A 3QFEA 4DO4A 2Y61A 3W7IA 1OF8A 3W1XA 3A9IA 1KFKA 1PV8A 3N14A 5HWJA 4IMFA 4DO6A 1VHNA 2G97A 4HNVA 5LNRA 1RVGA 1TPEA 5C2XA 2I9EA 2FTPA 3S5OA 1JQVA 2C13A 3LLFA 1WV2A 5K9CA 2HS8A 3MI3A 3NL2A 5KZMA 2YFNA 2OCZA 2J9YA 3O6CA 4NJKA 1T96A 4HNTA 3P62A 1FDYA 1RQBA 5SWUA 4AHOA 2V82A 1WX0A 4JYEA 4UFHA 3S1VA 5CKSA 1TTJA 3IGXA 4MFEA 3LXAA 3W6YA 3BLEA 3G1SA 4X9SA 3GDTA 3OA3A 4YCPA 1S3HA 3LHYA 4Z0JA 1G7VA 4AAJA 5FF4A 3GDMA 3KVJA 2B0MA 1EP2A 3LI0A 5E93A 1DKWA 3GDLA 4LUIA 3TAOA 3JR2A 2FPYA 5LKYA 4HPXA 1WXJA 2EKCA 1C9DA 1QNVA 3I65A 1ZFJA 2CLFA 2GQ8A 1KFCA 3W1TA 3P7YA 1SW0A 3KAOA 1SZGA 2C14A 3DGRA 3NQAA 2V8ZA 3VI2A 1FUYA 3P82A 3UWQA 4JTGA 3R5EA 3MHFA 4WZHA 1KM6A 1YTDA 1TB3A 3CWOX 3O6YX 4GJ1A 2Z2UA 3KXQA 1ICQA 4A3UA 2PURA 2E09A 2CZEA 2QCLA 1KBJA 1KLYA 4MOZA 3NM1A 1Q6RA 4AB4A 3IVUA 1GOXA 2C3ZA 1VQTA 3H55A 4H4IA 3B8DA 1C29A 3RFAA 1VLIA 4UTIA 2ABBA 4LVBA 1H5YA 4NT0A 4X22A 1VYRA 1F5ZA 3SZ8A 2JKAA 4GWEA 1I45A 3L68A 1VPXA 1KBIA 5BW6A 1LROA 2CLMA 4JDBA 1JCLA 4L4MA 1OYCA 3PF3A 4N9BA 4PFMA 3NVTA 1QOQA 3PVFA 1W3TA 3OIXA 1A5AA 3G1YA 4WY0A 2A7PA 4DO5A 3N2MA 2I1OA 2RFGA 3EWWA 4BWLC 3K30A 4GUHA 2JKEA 3PSWA 3EWUA 4GFSA 1M7PA 1W3IA 3IVTA 2QJIA 3BG9A 2ZZ6A 4D2JA 1XM3A 3OVPA 2QCMA 3P81A 1JULA 5DBTA 1PHWA 4JD4A 4DEFA 3F03K 3NQGA 2YW3A 1YPIA 3PM6A 2BXVA 2WNZA 4MLJA 4LWWA 4HNUA 4UNLA 2EF9A 4LRSA 4Y9AA 1R47A 2DZUA 2VFGA 2OMAA 2P0OA 3TC6A 6ALDA 1GTEA 3MHGA 1AG1O 1BTMA 4O0ZA 4UR7A 2ZRYA 1FX6A 1W5MA 3W1UA 6TIMA 2YYUA 4KFOA 3DFNA 4IMCA 3S5YA 4XUGA 3HGJA 3CQ0A 3G18A 3OVQA 1H62A 2GQ9A 4HSOA 2CW6A 3CB8A 4DF2A 3DI0A 4N6FA 3TU9A 3NQDA 3DAQA 4S1FA 3TIMA 3W83A 3Q58A 1ML1A 3W70A 5L9FA 2PC4A 3M5XA 1I4NA 3NQ6A 1H7OA 3QM3A 2QF7A 2NXHA 1EX5A 4TU1A 3NQCA 4FXSA 4J9JA 3P61A 3GNNA 2V5BA 3LGEA 4XBKA 1I2OA 3W87A 3PG8A 3S9YA 3HG2A 2B7PA 3M5YA 1ME9A 4UFKA 3IIXA 2H8XA 5CZSA 3TUUA 1H50A 2Q3OA 3UZ5A 3B06A 1TV7A 2WSQA 3P5YA 1HTIA 2F7FA 5FF3A 4DBEA 3LTYA 2RDTA 5KTLA 4FX6M 1I2PA 3G22A 1Q45A 1ZY9A 1OK4A 2ZRWA 5KZDA 3ZS4A 4HN4A 2J27A 4MUZA 1WOBA 1G69A 2YR1A 2HMCA 3O63A 1OFAA 1GWJA 3TKFA 1YYAA 3ATZA 3WJSA 1K02A 4NNCA 1SSGA 4XTIA 4CLMA 5AYZA 1TPH1 5L6UA 4IJBA 1HO4A 5HUOA 1O4UA 5IBXC 3QSTA 2DORA 3C2FA 3LRKA 1LDCA 3SECA 1ICSA 3G1AA 1JQXA 1JJKA 3MWAA 5LHEA 1JVNA 3I6RA 3LCWA 2W0UA 3FIGA 1IIHA 3GLCA 3A5FA 1M7OA 1DQXA 1XBXA 3NL6A 1TPDA 1OFQA 3GB6A 1Y0EA 2FIQA 1KM2A 1LBMA 3EWZA 4QITA 1YDOA 5HNRA 1XBVA 2PRHA 1PCWA 4ZQCA 1GEQA 1MSSA 3DHFA 2YDAA 3CIWA 1KM5A 1D9EA 4NVTA 4O10A 3FKRA 4JTTA 3RLVA 2QKFA 2GOUA 2C18A 4O13A 1GZGA 3FYPA 5AB3A 4IMDA 1H7RA 2CU0A 4NNAA 3IGUA 4ORMA 4A21A 1YXDA 3B0UX 5EY5A 3L0KA 3W7JA 5J5DA 4K8HA 3B0PA 5HJLA 2YW4A 2FPVA 4DXVA 4M6PA 3QMTA 4Z0SA 3G8EA 3IEBA 1DV7A 4H3DA 4GE8A 3FYOA 1OYAA 4MY9A 5F4WA 2A85A 3UWUA 1AW1A 2NX9A 3DZ1A 4GC4A 1KFJA 1F6KA 4TMBA 1PVNA 4N9DA 3W2MA 4RV8A 1QPRA 3M16A 1NVMA 1LBLA 5K9XA 2I14A 4HHPA 3TFCA 4O1BA 1RQEA 1JCJA 2R14A 4UUIA 1Z44A 4CQAA 3GR8A 3NO5A 1SZEA 2G96A 3L0GA 2H3DA 2RDUA 2XN0A 1GG1A 3PR2A 1W0MA 5GVJA 1OX4A 1TTQA 2XFWA 1QFEA 5AHEA 3E49A 1X7FA 3S1UA 1N8FA 3TV8A 3MHUA 3PB0A 5DLCA 1WYIA 4O15A 3FJ6A 1H7PA 1VYPX 3W75A 4ZMGA 1TQJA 2H90A 1H1YA 1LRNA 2QCFA 4LS0A 3LHZA 4LTSA 4WD0A 3QSRA 4NJIA 2ZDRA 4Q33A 4MY1A 2ZYFA 3W2UA 3G24A 4EWND 2A7NA 4PL1A 4NXKA 3CEUA 5F4XA 3UWYA 3BLFA 3ABOA 5G1YA 3M44A 4FNTA 2QCHA 1P5BA 1O5XA 3EKLA 2A0NA 3S8HA 1TYGA 4NXSA 3USBA 1JCNA 3ANYA 4K6AA 3NQFA 5AFDA 4GNJA 4ZQOA 4RXFA 4JX6A 2A1YA 4MY8A 2BSLA 3A21A 1G4PA 3IVSA 3M9YA 1UUOA 1VCVA 3MI6A 1RV8A 3KX6A 1X1ZA 2G5WA 1C8VA 8TIMA 3G0XA 4ALDA 1WDWA 3MYPA 2R91A 1JUKA 1OK6A 3MBDA 4PCFA 3EX1A 1J5TA 1I2RA 4Q32A 5AHFA 1ME8A 2YSWA 3PG9A 2E6FA 4NJHA 4UMCA 3GXPA 2QAFA 3DFQA 4U28A 3WK3A 1LORA 4JTJA 3KVLA 2ZZ1A 3G1VA 2FLIA 4TIMA 5I3HA 3N34A 1H7NA 3W76A 4NNBA 4PTNA 3BO9A 4Z08A 2TMDA 4JIQA 4R34A 4JGDA 3O06A 1KFEA 4UC5A 2V81A 1L6SA 3N73A 4Y96A 4FX7A 1ZCOA 1XBZA 5HMSA 3BG3A 4ZQMA 4KWWA 3ABSA 1YDNA 5D09A 5F2IA 3ABRA 4IXHA 4O57A 1L2UA 3DKLA 3LHVA 1X8FA 1W5PA 4MZ1A 2WSYA 1ZALA 4K39A 3TK7A 4JTFA 2DZTA 2WO5A 3CLMA 3W7DA 2Q8ZA 3PWAA 1XL9A 3W1AA 3G3DA 3WFAA 1QAPA 4Z1CA 2ZA2A 4DPQA 4FIQA 2TYSA 3OHIA 1JRBA 2E6AA 1VJIA 2V30A 4ADSA 3CPRA 1G7UA 3QZEA 4M7TA 4UMBA 5BMXA 1KTNA 2VKZG 4O1AA 4O0KA 3QC3A 3W07A 3LCGA 3QEZA 3RF9A 1UBSA 3HPSA 4TR9A 2DP3A 1LTDA 1XKYA 1IIGA 3WJYA 1TPC1 4AXKA 3RK8A 5LNWA 3TNOA 5FI8A 1GPWA 1OFPA 1VGAA 4KKXA 4GXMA 2X1UA 5ABTA 4BR1A 2QDGA 3LHUA 3C4UA 3U2OA 5TBOA 3EXSA 1F6PA 3VKJA 2WSRA 4OV9A 5EA9A 2AGKA 4JYDA 5LNSA 3GAKA 2QCDB 4HIBA 4YLWA 3GDKA 4POCA 3IIVA 1ME7A 5CPMA 1HFBA 1UCWA 1XUZA 1TJPA 2Z1BA 3Q94A 4WXZA 3LBCA 2B7NA 3W7MA 3QF0A 3GAYA 2NV1A 4JICA 3L2IA 1PL9A 4LW7A 4AVFA 1QPOA 2Y7FA 4FF7A 4LV9A 1LM1A 4O18A 3U6WA 4AEOA 2RHGA 3B03A 4CNOA 1XXXA 1P1XA 2NWRA 1YLVA 3IIPA 3GR7A 3HPZA 3GDRA 3WJZA 1YXCA 1O95A 2Y85A 4N4PA 3W7QA 1MEWA 3BLIA 3STEA 1S5WA 1W5OA 3O1NA 1ADOA 3KHJA 4LVGA 4EIVA 1RPXA 3TQKA 1SUXA 2E6DA 3IV3A 2C15A 2QCDA 3W84A 1O94A 1G4EA 3FFSA 1U83A 4JTHA 2QEZA 3P74A 3GX9A 5HQEA 2VELA 3HO8A 4GUGA 1XCFA 3SI9A 4O1DA 3E0IA 4XWUA 4QSHA 3PB2A 5HULA 5HR7A 3QMRA 3L21A 4LV4A 1MEIA 4BI6A 2P10A 1N55A 1LOQA 3M47A 2AQWA 1YXYA 3W3OA 3EX3A 1MXSA 4O4WA 4ZL1A 2QJHA 3I7SA 2W79A 2P1FA 1HUVA 4JY9A 5D2WA 1KFLA 3W88A 2V5LA 3HGOA 3M1ZA 1KM0A 2A7RA 1T8XA 3QMSA 4LVAA 1DOSA 2W6RA 2ISSA 5F4SA 1CI1A 2V2HA 1OG0A 4ZQPA 4EVZA 2ZQ0A 2ZZ3A 2WNQA 2OT0A 2ATMA 3CC1A 3S5NA 3VNDA 1OX5A 5EL1A 3NZRA 1EUAA 4I7UA 1JCMP 5CSRA 4UFIA 4M7SA 4IX2A 3IRDA 3CM4A 1Z41A 2QDHA 3F1QA 2ZZ7A 4FNQA 1QDSA 1SR9A 1FWRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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