3GDT | Genus

Total Genus 96

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	96
sequence length	260
structure length	260
Chain Sequence	KATYKERAATHPSPVAAKLFNIMHEKQTNLCASLDVRTTKELLELVEALGPKICLLKTHVDILTDFSMEGTVKPLKALSAKYNFLLFENRKFADIGNTVKLQYSAGVYRIAEWADITNAHGVVGPGIVSGLKQAAEEVTKEPRGLLMLAELSCKGSLATGEYTKGTVDIAKSDKDFVIGFIAQRDMGGRDEGYDWLIMTPGVGLDDKGDALGQQYRTVDDVVSTGSDIIIVGRGLFAKGRDAKVEGERYRKAGWEAYLRR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	96
structure length	260
sequence length	260
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2009-02-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3gdtA00

1FQ0A 3P62A 2HS8A 1GVRA 1CX9A 3ZWTA 1SO3A 3LXCA 1PVNA 5LNRA 2CLIA 1G7VA 3GDKA 4QIUA 1HFBA 1L6WA 3GK0A 4Q33A 2AGKA 1NAL1 3MBFA 4JD4A 3GX9A 5K7JA 5EMUA 3UQNA 1SO5A 3EX1A 1TPUA 1QO2A 2V2DA 2DJXA 1TRIA 1KFEA 5F4XA 3LM7A 1LBLA 1UUMA 4MFDA 4Z0JA 3Q94A 4N9EA 3NQCA 3W1NA 1YXDA 2ATSA 4LW7A 1VLWA 2F84A 5AN7A 3BGJA 1TTIA 1NF7A 2W79A 1HL2A 3GDTA 3MHFA 4N6EA 2Q8ZA 3P81A 3GDMA 3VCRA 2ZYFA 3S5ZA 4AWTA 1TJRA 1W3TA 4TR9A 1BWLA 3M5XA 5BMWA 4FNPA 2QCDA 2ZZ4A 4LNYA 2YGYA 5G4WA 4LS1A 1H5YA 3HG4A 4RZ5A 1RZMA 1TQJA 4HHPA 2VEPA 4DQWA 3T4CA 3E0IA 3EKZA 2LLEA 3G0XA 3Q58A 5BMXA 5IBXA 4WXZA 3LCLA 1AMKA 1KFCA 1SR9A 4OWGA 3UPWA 3DI0A 4ZQMA 1VYSX 3RMJA 5I3IA 1MSSA 2VFHA 1EWDA 3LCHA 3IEBA 4ZVJA 4BI5A 3C0JA 3B4UA 5HMSA 5SWUA 1A5SA 1DOSA 2Z1BA 5I3GA 3LTSA 1JQVA 1TV8A 3S8HA 4LVFA 3IVSA 4PFMA 2CZEA 5LGXA 3S42A 3O07A 1AG1O 4N6FA 2TMDA 2VFFA 3O6CA 1VJIA 2DZWA 2J9ZA 1ICPA 4O8RA 5AHIA 3TNOA 2BSLA 1H51A 4OGZA 3T55A 1AL8A 3W86A 1LOLA 4YCPA 5HNRA 3LHVA 1DQWA 3LCFA 3UWYA 4ZL1A 1VYPX 1SSDA 2QEZA 4FHAA 3TAKA 1SPQA 5G1TA 1QWGA 3QZEA 2ZTKA 4EOUA 4P2VA 1VCGA 3B0PA 5TIMA 3S1WA 3VNDA 3FIGA 1QOPA 4I7VA 3P60A 1Q6QA 4GUJA 3A9IA 4Z1DA 3F03K 2DZXA 3GKAA 3GB6A 1K3UA 1K03A 1K8ZA 5AYXA 1IXPA 1BKSA 3QQ1A 2NUXA 4NJJA 3WJYA 1MXSA 4DBEA 3U2OA 1OK4A 4HNNA 4EF9A 3NL3A 1W54A 4NT0A 3KVJA 4JTEA 2KZHA 4OQVA 4O15A 1VRDA 2A85A 3SZ8A 3NQVA 2X1TA 3ABRA 3UZ5A 4PC8A 2CLKA 1XFBA 2E5DA 1YDOA 3O15A 4Y8FA 2ZRVA 1E51A 1YXCA 4UCGA 4IUOA 5FESA 1TSIA 3KXQA 1K7FA 4Z08A 3N9SA 2ATMA 3OVPA 2D73A 1LM1A 2ZRXA 1H1YA 2FJKA 1HTIA 4QNEA 2ABAA 3MP3A 5L9FA 2GQ9A 2WSRA 3WK1A 1IF2A 2NX3A 4WY0A 2HMCA 3W2MA 1T99A 5FEXA 3KFTA 3DFQA 3HOJA 4NJKA 3TKFA 4DPPA 4HIBA 4ONVA 1SU5A 5KSWA 2A6NA 3TUUA 1EP1A 1JCNA 2GJNA 1AL7A 3N2MA 4MYAA 1JRCA 4Y6GA 4NJHA 3IIPA 1H61A 3G3DA 1LRNA 1Q45A 4Y96A 1VCFA 1TREA 3PY2A 3R2GA 4K36A 2H3BA 4HSNA 3NQ2A 2YSWA 4JTGA 5E1QA 1LTDA 1QPQA 3UNDA 4MFEA 2ISSA 4EVZA 2NLIA 2NX1A 2V2CA 1EP2A 1BTMA 4WQ6A 1I45A 1H7PA 1B4EA 3DFSA 1G4EA 3FEMA 3CWNA 3SW6A 3TQVA 3W7OA 4E0CA 3F4WA 2H3DA 3LCGA 4WY0F 2BXVA 4K8HA 3MHGA 2FFCA 4AF0A 4AXKA 4O18A 2NUWA 1JUKA 4LVBA 1OFEA 5CG7A 4ICNA 1FBAA 1H7RA 2V2HA 2QCFA 1HG3A 3KVMA 2WKJA 1W5PA 3G0SA 5G1YA 3LCXA 4ZZ9A 1I2RA 3C56A 5C54A 1TIMA 3LHUA 1DJNA 4O50A 3THAA 1S5VA 2AAMA 4QQ3A 1XUUA 4MY1A 4R33A 2QCLA 2GUUA 3DGRA 3LBCA 2IQTA 1EX5A 3KRSA 1WDWA 2XFWA 3W73A 1LBMA 1H7WA 1OX6A 2E77A 2I9EA 3Q37A 5D2YA 2AQWA 4A21A 4IX2A 1GEQA 1XCFA 4ZQCA 3S5NA 4DXVA 4LUIA 3NZRA 1VHCA 2Q3RA 4UFJA 3HIJA 3RLVA 2G97A 4AHQA 2OCZA 4WX2A 3CB8A 1P5BA 2ZFAA 3GZ3A 3W7DA 5FF0A 3GNDA 4DELA 4JTSA 2QJGA 4L4LA 4NXSA 4YWIA 4LTSA 1BWKA 2EHHA 1F73A 3EKLA 4X3ZA 2YDAA 3MBDA 5KTLA 3PBWA 1JCMP 2Y61A 1KTNA 4QAIA 3EWYA 3NQMA 3T44A 4O0KA 3L67A 3IVTA 3W1AA 4XKYB 3TMLA 1GJPA 1KFKA 2HS6A 5KMYA 4O57A 1GOXA 2B4GA 1JVNA 1K7XA 5D09A 1W5QA 1GVFA 3LTPA 3E9AA 2B7QA 4E2BA 4FEZA 2BX7A 1LRQA 4HN4A 5AHLA 3ATYA 3E12A 4FNUA 4ADSA 1IXQA 2ZCGA 4FNQA 4D2JA 3HG2A 3QW3A 4ZQOA 2X30A 1SZGA 5I3KA 1OFQA 4M7TA 2WNNA 2ZZ6A 3TW6A 3MYPA 2HTMA 5HJLA 4X22A 1GTEA 2VFEA 1FWSA 1YPIA 1A50A 1T8XA 5CGQA 2XN1A 3HGOA 3M43A 3SSJA 5EA9A 3LI0A 2RDTA 1G7UA 1KA9F 1EUNA 1GG0A 1W8SA 4K6AA 1GPWA 1RPXA 1FDZA 3JR2A 3GXTA 4GRSA 3IGUA 1G4PA 1ZAJA 1EA0A 5BW6A 2VEMA 3B0UX 1C8VA 1OFBA 4CCCA 4AAJA 1I2NA 3PB0A 5AHFA 1J5TA 1VPXA 1DJQA 3BW4A 3C52A 2WNZA 3W88A 3WJZA 2QCNA 3W7GA 2VXNA 3W75A 2ABBA 5F4SA 4AWSA 4JTIA 5AB3A 3S5YA 3P5ZA 4FB7A 3BW2A 1SSGA 4O1CA 4LVDA 2QUUA 1UASA 1PCWA 1S5WA 2Y89A 3GR7A 1C9DA 3KX6A 3PSWA 4LUJA 3OIXA 3ZR4A 3EXTA 1WOAA 4PL2A 3QF0A 3W7QA 4AHOA 2VOMA 3JS3A 3NM1A 2ISWA 3QC3A 3PSVA 3H53A 4N02A 4MVAA 1XDLA 1TO3A 1TQXA 4HT3A 2RFGA 2VFGA 3IV3A 3MI2A 3NR0A 5D03A 3A22A 1M5WA 1OJXA 3VFLA 1LP6A 3QEZA 2ZTJA 3MO7A 5IBXC 4EIVA 1G67A 3DZ1A 4JX6A 1TPB1 2DZUA 2ZBTA 3NG3A 4AHPA 1TB3A 4ORMA 1EP3A 2C16A 1TPEA 4OU1A 3L5MA 2DZVA 4IPJA 3CEUA 4KWWA 3C2RA 3C2OA 4K7YA 5LZLA 3A23A 5I3FA 1WBHA 4BR1A 3NPUA 3DKJA 1TV7A 3NZ1A 1MEHA 5KZMA 5HR7A 4RXFA 2CLMA 3IIVA 1KBIA 3L0GA 4JDBA 3UWQA 5D2XA 2JK2A 3PUEA 1R2RA 3TSMA 4K37A 3W74A 4O10A 1ZFJA 4N4QA 1OABA 2VENA 4GJ1A 4I7UA 4GBUA 5HQEA 3U6WA 3W2KA 1TMHA 4JTTA 5AC8A 4LWWA 4E38A 1Z41A 3BW3A 4O53A 5DBUA 3C2FA 3I7SA 1T0OA 2ZA3A 3W1UA 2XN0A 2J6XA 3W1PA 4U4MA 2I1OA 2ZZ2A 1H7OA 3NNTA 1KTBA 2E5BA 3ZWSA 3L9CA 3PF3A 1TJPA 3O16A 2R91A 1G69A 1RQHA 4UR7A 1H50A 2NZLA 4IWWA 1MZHA 1X7FA 5J5DA 2Y63A 3EX2A 2YFOA 1K8YA 1R2TA 2WV8A 3EWZA 3PS7A 4UTKA 3RLUA 2A2IA 3QFEA 2ZDRA 5HWJA 1SZFA 4JGDA 1R30A 2ALDA 3A24A 1YXYA 4XBKA 3S9YA 3GXPA 3CQ0A 3B8DA 4A22A 2QAFA 5HUOA 3M5ZA 1ONRA 3O6DA 5MHBA 1Z48A 1W3NA 1ZENA 1TCDA 4C1LA 1K02A 4GUIA 4FX7A 1R46A 5FF2A 1I2PA 3LOTA 4NJGA 4DO4A 5C55A 1EB3A 4WJEA 2YR1A 2J9YA 1GVQA 3L0KA 3N14A 3NQFA 3KOFA 4CNNA 1HO4A 3A5VA 2FPVA 1P0NA 3SY5A 1FCVA 1QMLA 1AW2A 3MWAA 3EWXA 3W7NA 2Y7GA 3IIOA 3MYOA 1KM2A 3NL2A 2C19A 4NNAA 1FXQA 1OFPA 2GJLA 3W85A 3DFOA 2NUYA 4WXYA 3W1XA 3ABSA 2YYUA 5FF4A 2ISVA 2QUVA 4A3UA 3N9RA 3FKKA 5CSSA 3EB2A 3N2XA 4O54A 2J88A 1LCOA 2W0UA 3T7VA 4HNUA 3RK8A 3IIXA 3PVFA 4FXSA 5T26A 3CT7A 3TAOA 4WUIA 4MY8A 4AH7A 4LY8A 3SI9A 4W9TA 2FB3A 4IQLA 4UFMA 4XZ9A 3G3MA 4ADTA 5DCDA 3HG3A 3M9YA 2P1FA 4IMEA 3W71A 1I8JA 2BWGA 4XTDA 3OG3A 1PV8A 2V5LA 4FO4A 3NO5A 3SGUA 3W9ZA 1SZEA 1TTQA 2GVJA 2A0NA 4O1AA 4UTLA 3GLCA 5DCBA 4XQ6A 2DZTA 5F4WA 3JRKA 1F2JA 1XBZA 1DHPA 3W7HA 3HGJA 1JCLA 4K8EA 4IPIA 4Q4KA 3S1VA 5CKSA 1ZHAA 3LCWA 1WAUA 3R8RA 2OT0A 3CIXA 1A5BA 3NQDA 2QCMA 3BG5A 3W1QA 4MUZA 2GQ8A 1KLYA 1ADOA 1OX4A 4M6VA 3G8EA 4GUGA 3W2LA 3CLMA 2CU0A 3LX9A 4YL2A 3WFAA 3DHDA 1JJKA 1TPVA 3LLFA 1KM5A 2GVGA 4FNSA 3BGGA 3AO0A 3W2NA 2PRLA 4ORIA 2TYSA 1QPRA 1A5AA 3NQ6A 3W83A 3BO9A 1O60A 1RVGA 3LGEA 5D2WA 1VZWA 5HUPA 1VQTA 3KAOA 4R53A 2W6RA 1FUYA 3TE9A 2Q3OA 3S6DA 5LSMA 2OT1A 4GUFA 4GNJA 1ML1A 2YCEA 4LC8A 1NF0A 3G0UA 4UMAA 1ME9A 3NPXA 1OX5A 3C2EA 3TW7A 3ATZA 3HJZA 4JX5A 4RR4A 5K9DA 1XM3A 1L6SA 1OFOA 3FYOA 4RXGA 1TV5A 3O05A 2VEKA 2VC6A 3L5LA 4NX0A 2C3ZA 1F5ZA 2WQPA 2XN2A 3QPYA 4CNOA 1OYBA 4MLRA 4O12A 2ZRUA 3PBYA 3R13A 3M16A 3M6YA 1RQBA 4RJEA 3BLFA 5GVJA 1O5XA 4NX5A 1OYCA 1G6CA 1JCJA 4DF2A 3EX3A 1KFLA 1N8FA 4RCXA 2O7QA 3ABOA 3L5AA 2CW6A 3EX6A 1JUBA 2JGYA 4UTIA 1HUVA 2GVLA 1WOBA 3M47A 1XBYA 5BOOA 3RU6A 1JCXA 3WJSA 5F2IA 2QDGA 3LBMA 4N4PA 3TFCA 1JQXA 3H54A 3YPIA 4NUWA 1ZJIA 3W1LA 4IMGA 2NWRA 1H63A 4Q32A 4PL1A 2X1SA 3C6CA 4LRSA 4B5NA 2GOUA 3IRDA 3NPWA 5F2GA 4UNLA 1D3HA 3W7CA 1KBJA 1UUOA 3I65A 1QPNA 4LU0A 1GWJA 5CPOA 3G18A 3M0ZA 1TYGA 4IGHA 1ICSA 1PL9A 2F7FA 4O17A 3G22A 1GG1A 2QCDB 1YLVA 4Z0SA 3SECA 4O14A 1W31A 1N55A 1F74A 4UTHA 1H60A 3KRZA 3TDFA 2CLLA 3I68A 3UWVA 2H8XA 1EPXA 1LROA 4CCDA 4DO6A 3FS2A 4MY9A 4J9JA 5DY3A 1OF6A 3NQ7A 1KV5A 3EWBX 4UXDA 4NJIA 1QFEA 3MP5A 3STFA 3DAQA 3HPXA 3N3MA 3TQKA 3LLDA 2PRHA 4AVFA 5K2ZA 1Q6OA 1A53A 3O63A 2OZ0A 5D33A 1KM1A 3EWWA 4O19A 1OYAA 4RKAA 3OBKA 3HPSA 4IMCA 1A5CA 1ME7A 5LHFA 4JTKA 3C3NA 3F4NA 2CZDA 2ZZ7A 3NA8A 3BLIA 3LCIA 4WOZA 4KKXA 4UTMA 3NDOA 5DY2A 3W87A 3EEGA 2BZNA 5KINA 3W7EA 4LVGA 5D32A 4DF0A 1TTPA 2X1UA 1OK6A 3I6RA 4OT7A 1RQEA 1SO6A 1PS9A 2JKAA 2E6AA 4EWND 3G1AA 4TO8A 5AHMA 3BG9A 3UWZA 1EUAA 2A7NA 4OV4A 3CPRA 3W1RA 3NPVA 4LV4A 3GNNA 5HULA 2ZA2A 4IOTA 4BF9A 1KTCA 1B9BA 5AC6A 5F2MA 2ZZ3A 3P82A 5D30A 2WO5A 1SO4A 2PC4A 1NEYA 4NNCA 2VFIA 4AWUA 2QCEA 3DXIA 4M19A 1DVJA 5D2TA 2E68A 2V81A 3P61A 3LV5A 4HNTA 2Z6IA 5TQLA 1MEIA 2NXGA 1YDVA 1FCUA 4WY0B 2A5HA 4ADUA 2QR6A 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2P10A 4UR8A 1P4CA 4UTJA 4GFSA 4LT9A 2J27A 1ZAIA 1H7NA 2H8ZA 3W7IA 4BI7A 2YZRA 2A7RA 3GR8A 3W84A 4HPJA 3G24A 4A2RA 3NQEA 3DHFA 4OHQA 2BTMA 2FIQA 3KRUA 1KM4A 5FI8A 1XDMA 5D38A 3G1YA 3GDRA 3W6YA 2PURA 2PE4A 4ZQPA 3GXNA 5KZEA 3W07A 3S0CA 3E96A 3CM4A 2C13A 4JYFA 1SW7A 3LERA 1LORA 4BFAA 3W7JA 3TA6A 4NXKA 4S2CA 5CPLA 2Y7FA 1Z42A 4FXRA 3BVJA 1DV7A 4UFLA 1GT8A 1FX6A 3TROA 3SJ3A 2FDSA 2EKCA 3IGXA 4R34A 3A5FA 1W37A 2TRSA 4LS0A 3NYZA 3UYCA 4A2SA 1ZALA 4I7WA 1TPDA 2JGQA 3OEXA 1LOQA 1IGSA 2TSYA 1O94A 4IMFA 5DXXA 4JN6A 1YTKA 3KVKA 4JY8A 1GZGA 3E49A 2JKPA 2QF7A 1Q6RA 4UTUA 4CNPA 4RZ6A 5I3HA 3GAKA 1WBJA 3LHZA 4LS2A 4O1DA 3QJAA 1QDSA 3VI2A 3LXBA 1QPOA 4DEFA 1B3OA 3LTYA 3NQ8A 3P7YA 4UFKA 2R94A 3ELFA 3W22A 1GYNA 3OHIA 5EBUA 2R8WA 1TPFA 5AFDA 2ZA1A 3TSDA 3N19B 3GYEA 4XUGA 3NOEA 1VLIA 2Y88A 5D37A 3G1DA 4M6PA 1JULA 1P0KA 1R2SA 4MJZA 3PG9A 1S3HA 2GQAA 2A21A 3M5YA 2V0TA 4UTTC 1M7OA 1VH7A 5TBOA 3BG3A 3L21A 4TMBA 3GVGA 4LOCA 1TRDA 2RDUA 3AJXA 4O1BA 1VHNA 4QNWA 1R47A 3W72A 3B05A 2UV8G 5EL1A 2Y7DA 5EKYA 2YW4A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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