3GDTA

Crystal structure of the d91n mutant of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from saccharomyces cerevisiae complexed with 6-azauridine 5'-monophosphate
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
260
structure length
260
Chain Sequence
KATYKERAATHPSPVAAKLFNIMHEKQTNLCASLDVRTTKELLELVEALGPKICLLKTHVDILTDFSMEGTVKPLKALSAKYNFLLFENRKFADIGNTVKLQYSAGVYRIAEWADITNAHGVVGPGIVSGLKQAAEEVTKEPRGLLMLAELSCKGSLATGEYTKGTVDIAKSDKDFVIGFIAQRDMGGRDEGYDWLIMTPGVGLDDKGDALGQQYRTVDDVVSTGSDIIIVGRGLFAKGRDAKVEGERYRKAGWEAYLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 96
structure length 260
sequence length 260
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3gdtA00
2C0AA 3I68A 5BOOA 3S6DA 1H7XA 3W2KA 4LC8A 4GC4A 2RHGA 3RU6A 4LY8A 3TQVA 2XN2A 2W0UA 1ME8A 3LTSA 4R7JA 3HB9A 4LVDA 3KVJA 3HMJG 3LLFA 4O28A 4QSHA 3NQFA 3O63A 1KTNA 2I14A 3BGGA 4AF0A 4XKYA 2R8WA 3PUEA 1JCLA 3N73A 4G1KA 4XBSA 3B0PA 3LI0A 5U4NA 4S2CA 3V75A 1U5JA 2J24A 1Q6QA 3O6CA 4WOZA 4A3UA 3W2NA 3B8DA 1D3HA 1D3GA 4UTJA 3TUUA 2YCEA 3LERA 3HQ1A 2Y88A 1ICPA 5D2WA 3QRHA 1G7VA 3BARA 5E0KA 3FKRA 3KHJA 4RXGA 1SW7A 3NQEA 2A1YA 3N2MA 4NT0A 2ZZ1A 2E1DA 3AO0A 3N3MA 3P62A 3UWQA 4DF2A 1FUYA 1G4EA 3KXQA 2FPVA 3U2OA 3S5YA 5BRBA 1C9DA 2QCGA 3UQNA 3I6RA 3GK0A 4M6VA 4JIQA 1VZWA 1G6CA 1Q6OA 5IBXA 2WPBA 1VLIA 1FDJA 1PL9A 3W7IA 1HL2A 1QPRA 4K39A 4OT7A 3DI0A 1H5YA 1VLWA 2CLMA 3LLDA 3R2GA 1ZY9A 3M16A 2ALDA 4TR9A 3W88A 2P1FA 1P1XA 1YPIA 2ZQ0A 3GZ3A 2P0OA 4IUOA 3WK2A 2I9EA 1KFEA 4FNQA 1FWTA 1TQJA 4MYAA 5CSRA 2BXVA 1TYGA 2ZTKA 4LTSA 3HG2A 3N19B 3C61A 1TJRA 2PRHA 2VEMA 1OFDA 2Y7EA 4GUFA 1TTPA 2ISVA 4IJBA 4Q33A 4Y96A 1SO6A 4DO6A 4MYXA 5D09A 5I3GA 3QH2A 4Z1AA 5DN1A 3PB2A 1H7PA 2Y61A 5DELA 2ZTJA 3TC7A 3UWWA 4Z1BA 4CCCA 1AW5A 3NZ1A 1JCNA 1F5ZA 3EWBX 1F73A 3NQ8A 1PV8A 3QMSA 3C2FA 4JYDA 5AYXA 3FJLA 3VNDA 2B7OA 1FCUA 4XQ6A 2CLEA 2ZZ6A 3BLFA 5AHEA 1QFEA 3JRKA 3CQ0A 1G7UA 1EWDA 5H2ZA 1I2PA 2B7PA 1P5BA 3NQCA 1A5BA 4NX0A 3CIWA 4DBDA 3SSJA 3IVUA 3RFAA 1PVNA 1QNVA 1W5PA 1I45A 3W7LA 2C15A 2C19A 3A21A 3ZWSA 4FNSA 3ABRA 3LXAA 5L6UA 1GEQA 5G4EA 1TIMA 3B0UX 1SZEA 4TO8A 5AYYA 3T78A 2VKZG 1LRTA 1JRCA 5GVJA 3BV4A 2B0MA 3IVSA 1DJQA 1QPNA 3W1PA 2NXIA 2H8ZA 5D38A 1XBVA 2H3BA 4FX6M 1OF6A 1W0MA 2WOQA 3HGJA 2C13A 2FTPA 1TPWA 1JQXA 1IXQA 3LV6A 3L5LA 1WXJA 1GOXA 2CLOA 3I7RA 4QNEA 1W3NA 5DY3A 5LSMA 3M44A 3LCLA 3PB0A 2AAMA 1VYRA 4O1BA 5FF2A 3GLCA 4UCGA 2DZPA 4FNRA 1KFJA 2BLEA 2FPTA 1M6JA 4HPXA 3MI6A 3TXZA 2TSYA 5D03A 1FQ0A 2X1UA 4JTIA 4QNWA 3TJLA 1KTCA 4MZ8A 3FFSA 3W7HA 2YZRA 5F4WA 1F6PA 4LC6A 3NL2A 3LGEA 3L5MA 2OMAA 4QITA 3P84A 3GAKA 1EEPA 1XDLA 3CEPA 5AYZA 4AWSA 2R91A 3LBCA 3MYPA 1JJKA 2FFCA 1S5TA 3L9CA 4BWLA 5F4SA 1TB3A 1GG0A 5F4XA 3EX4A 4UMAA 4XBKA 1UUMA 4A2RA 5AOUA 1W8SA 1GVQA 1OJXA 4N02A 2GVGA 1QPQA 1H7NA 3DFTA 3P67A 2GQAA 1VH7A 4UUIA 3THAA 1LCOA 2X1RA 2YW4A 3O06A 4MVAA 4TX9A 4HNUA 4O1CA 2X1TA 3O16A 2YYTA 4UTTC 5CZ0A 3U8GA 4ZQRA 2C1HA 5I3KA 5IBXC 3DZ1A 4TMCA 4N6FA 5KZDA 3FIGA 4X2RA 3W7DA 4CCEA 1FWNA 2H8XA 3PC0A 3SIZA 3NAVA 4RJEA 4NNBA 1WOBA 5D37A 4WY0B 5D2VA 3GXTA 3KFTA 3G0SA 4N2YA 1TSIA 4Q4KA 4YL2A 3KRSA 1XBYA 4U28A 5D04C 4KKXA 1JQVA 4GUHA 3NG3A 2NUYA 3VE9A 5LGXA 4BI6A 4LW7A 1I2OA 4JN6A 1QR7A 2BWGA 2W79A 3WK1A 4FO4A 2QCMA 2CZDA 2WQPA 4WX2A 4ZVJA 3QF0A 4UFIA 5AHNA 3U6WA 4P61A 1J5TA 1EIXA 5AHLA 3W07A 4IMGA 4GWEA 4HSOA 2ZYFA 4UFLA 4ADSA 2CLLA 3FJ6A 5AB3A 1YTEA 2JK2A 3HBLA 2QUTA 3W1NA 3GXPA 2C6QA 2V30A 1XUUA 1D9EA 2VOMA 1O5KA 4UXDA 1JCXA 3M41A 2B7NA 4H6KA 3C4UA 4XZ9A 3A5FA 4MPQA 3GNDA 1SZNA 3G18A 1PE1A 3OVQA 3P61A 2WKJA 1SO5A 4EOUA 3N2XA 5LNWA 1XDMA 3BG5A 4IMFA 4N9BA 2G95A 4FNUA 3CHVA 4OQVA 5KZEA 1VQTA 4K8HA 1VHNA 1OYAA 1TTIA 1VS1A 2Y7GA 4O8RA 4CQ9A 5DLCA 3FA5A 1N7KA 4YCPA 4UC5A 4NJIA 2TRSA 4IWWA 5BW6A 1TO3A 5DBUA 3GB6A 2CW6A 3WJXA 3PAJA 3NQMA 4AHPA 1LDCA 2CFFA 3GIYA 3KAOA 3TC6A 3A24A 2QCNA 3P8JA 3QPYA 2DZTA 3C56A 2UV8G 2Y63A 1VHCA 3QJAA 1TJPA 5FEPA 1KM4A 4MLJA 2A6NA 1W56A 4MY9A 3W7CA 3M7WA 4O57A 4Z0SA 4FEZA 2EF9A 2PCQA 4AAJA 3LBMA 4IX2A 5C55A 4RX0A 4GE8A 1RQHA 1O5XA 2J6XA 4UMBA 5LNVA 2NWRA 4WOQA 5F2GA 3L0NA 1SQ7A 1RR2A 3GKAA 1H7RA 2ZRWA 2ISWA 3L65A 1K7FA 3TW6A 4ZQPA 3NL6A 2YX0A 1OX4A 1R2TA 1F6KA 4LVAA 4UTWC 2VFFA 1S3HA 3NDOA 5FESA 2V8ZA 4K7VA 4OGZA 3LHZA 2ABBA 2B7QA 2HMCA 3QYQA 2Z6IA 3NXFA 3PSWA 2C18A 4AB4A 2ABAA 3OVPA 1H62A 1MZHA 2A4AA 3W2JA 3W75A 3I7QA 5LHEA 1EB3A 4N9EA 3TX9A 1FCBA 4U4MA 2Z0IA 3KRZA 2Y89A 1FXPA 3EXTA 1OYCA 3Q37A 1LOSA 2GVLA 4K38A 3EX6A 3DBPA 5CZTA 1QPOA 4R34A 3C2OA 1TRIA 3UXDA 1Z48A 4DPPA 1F74A 2A2IA 1LZOA 2HTMA 1GVFA 1O94A 4O0KA 2CLKA 1K7EA 1IGSA 1TMHA 4FNPA 3NQ2A 4AXKA 1ZENA 2XN1A 1AK5A 3L67A 3ATZA 3UD6A 2QCCA 3GAYA 2ATMA 1H61A 4GRSA 1YXYA 3G1HA 4JTSA 4DF0A 1KLYA 1Q45A 4Z1CA 4UTMA 4GNJA 4O16A 3G1XA 4E2BA 1OFRA 4O54A 5G1TA 1AMKA 5K4XA 2E5CA 4O52A 4MFEA 3W7OA 2NLIA 4NXKA 3M1ZA 5D02A 3NQGA 1LLZA 3PY2A 2YFNA 2E09A 3G22A 1MXSA 4JTFA 3S5OA 2VFGA 1UJPA 1MSSA 3MW7A 3W7QA 2AQWA 1KFKA 2QUUA 3UWYA 1M7OA 4UFHA 3TW7A 2DZWA 4UFMA 8TIMA 2A7PA 1PCKA 3W7NA 3KX6A 3KVKA 1GPWA 4P2VA 1LRNA 3TIMA 4ONVA 2YR1A 5DCEA 5D33A 1XKYA 5K2ZA 3MHGA 5HNRA 3LM7A 4H4IA 4UNLA 1UB3A 2WJZA 3IGXA 1H7OA 2VC6A 2J27A 1O60A 1XBZA 4M19A 2NX1A 4GUIA 1FXQA 4LVBA 1SFLA 1EUAA 2OZ0A 3EX1A 3M5VA 3DFSA 1PHQA 1JULA 1YLVA 3CT7A 3NA8A 4BI5A 4PL1A 3LB0A 2Z2UA 1I4NA 4YLWA 3NQ6A 1WA3A 4FNTA 3W6YA 1GQNA 3W2LA 1EPXA 3PULA 1NSJA 3IV3A 3TDFA 5KTLA 1XBXA 2YGYA 2CZEA 1OFOA 3S8HA 2E6DA 1OX6A 1RV8A 3DKLA 4FXRA 4K37A 3NOEA 3TA6A 2A7NA 4KWVA 3S1WA 1FWSA 1A5CA 5KMYA 3FYOA 2HS6A 2WV8A 1C29A 1JCMP 3NEVA 1P0KA 2AGKA 1DJNA 2D73A 5AFDA 2PRLA 7TIMA 3C3NA 3UNDA 3MYOA 1OX5A 5LNSA 1M7PA 4LS1A 1CX9A 3TXVA 2RH9A 3N14A 4NXSA 3ELFA 5HQEA 1TCDA 3DFPA 1BWKA 1W5QA 2X2GA 3OBKA 4O4VA 3L2IA 5U7SA 2QDHA 3NR0A 1A5AA 1B9BA 1LLWA 1VR6A 4DO4A 5KINA 4IXHA 3W73A 3DFQA 4LNYA 5LGZA 3DXIA 5G2IA 4HNNA 2RDTA 3B04A 5FEXA 1TPUA 4I7UA 3ZWTA 4IXXA 2QJIA 2H3DA 3R12A 2V2HA 3P60A 3OEXA 3PBVA 3GDLA 3DKJA 3W71A 4XWUA 2C14A 3BLEA 4CQ8A 3MWAA 1QWGA 3W1RA 2GVJA 3TFXA 3TKFA 4RZ6A 2V81A 3DFOA 3MUXA 1WQ5A 3QSRA 6TIMA 4OV4A 1NEYA 1J4EA 1OFQA 4POCA 3EWZA 1IF2A 1SFJA 3QW3A 3W9ZA 4JY9A 4MFDA 2WSRA 4ZQOA 5F1VA 4DO5A 3MP4A 4UR7A 3VCRA 4O14A 3HPZA 1L6SA 4W9TA 1L6YA 2E5BA 1SSGA 4JXCA 5LHFA 1G67A 3TQ0A 5CZJA 1RPXA 3RNDA 2DZUA 2QF7A 3GDTA 3S9YA 1W5MA 3G1SA 3IIPA 1OFBA 1YXCA 5CZSA 4IGHA 2FDSA 4KFNA 1KM3A 2YPIA 4FX7A 2G5WA 4H3DA 3W76A 3UZ5A 3QMTA 4IMCA 2ZFAA 4ORIA 2Y62A 5HULA 2TPSA 3NM1A 3MBDA 2EAWA 4JTHA 2BX7A 4Y90A 2NV1A 3H53A 2F84A 4AH7A 1NAL1 4AHOA 4YXGA 1T96A 3IIZA 3LRLA 4HPJA 5EL1A 3B05A 2FIQA 1XM3A 3HPSA 4LWWA 4ICNA 4S2BA 2G96A 3FKKA 4E2DA 2P10A 4BFAA 4ML9A 2ZBTA 1WV2A 1KM6A 1DOSA 1O4UA 2QCEA 1TTJA 1SZGA 3QMRA 2Q8LA 3SW6A 1EWEA 5HWNA 1KFLA 1Q3NA 4PTNA 1K03A 3OIXA 2DZSA 3IIXA 3TQKA 1SR9A 2V9DA 1TREA 3PSVA 1X1OA 4LRSA 3INPA 4WUIA 3N34A 1Q6LA 4WY0A 2RDUA 3GYEA 3KVMA 4AHQA 3EWUA 3T4CA 4O1DA 5CG7A 3FYPA 1ME9A 3MJYA 3P80A 4M7TA 3HPXA 3TR2A 4WXZA 1GTHA 4MLRA 1HTIA 1WYIA 3QW4B 4L4MA 3IGUA 3PG8A 2ZRUA 2B4GA 3Q94A 3W7KA 2QEZA 5EYWA 3E9AA 5AHMA 4BI7A 3W7EA 1TPEA 3EX2A 5I3FA 2KZHA 3EKLA 4EF9A 4WQ6A 4TIMA 2E5DA 3QM3A 2QUVA 3W23A 4HHPA 3G3DA 4O15A 4JR5A 2NZLA 4M6PA 1TV5A 4NX5A 1OF8A 1WX0A 1PS9A 1WDWA 1G4PA 5K4ZA 3L21A 3MP3A 5CKSA 2NUXA 3LHYA 3HGOA 2VEIA 1BEUA 3E0IA 3W1QA 1OFPA 1WBHA 4OV9A 3P7YA 4GBUA 4IQLA 1Y0EA 2J88A 1XXXA 5BMWA 3JS3A 1F2JA 3W1MA 2VFIA 5J5RA 1IXOA 3STFA 2LLEA 4I9AA 3UYCA 4QIUA 4PFMA 2QJHA 3NYZA 2ZRVA 4MZ1A 1ML1A 3E12A 3IIOA 4E38A 4O18A 4FIQA 3EWYA 5C2XA 3TK7A 1YPFA 4NJGA 5DXXA 2ZRYA 2Y7FA 3OHIA 1KM5A 3HJZA 3STEA 3QQ1A 5I3IA 3W87A 1JVNA 4UFJA 3R89A 3C0JA 3O1NA 1DORA 2E77A 2ATSA 2BTMA 2O7SA 1NF0A 3G8EA 3C6CA 3TMQA 3P5YA 1F05A 2VELA 3P81A 2WSQA 5K9XA 1QMLA 1TPDA 1YADA 1BWLA 3W2UA 1PCWA 3GDRA 3MO7A 1NFBA 3UXAA 3TU9A 5LZLA 1ZFJA 2NXHA 3W83A 5D2YA 3LCHA 3MHUA 1S5VA 5BMXA 3R8RA 2NX3A 1W5OA 3RK8A 3NPWA 2Q3RA 1KA9F 2JKAA 4GUGA 3H54A 5A8GA 1UUOA 3NM3A 3O07A 2WO5A 3VKJA 1T0OA 3PBWA 1RQBA 1HUVA 3W3OA 3HG3A 3K30A 3Q58A 1YTKA 1GYNA 5FF7A 1XCFA 1FDZA 2WNQA 3O8AA 1FX6A 4Y9AA 3WFAA 4FF7A 1P0NA 1NVMA 1JCYA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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