3GNOA

Crystal structure of a rice os3bglu6 beta-glucosidase
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
GLTRGSFPEGFVFGTASAAYQYEGAVKEDGRGQTIWDTFAHTFGKITDFSNADVAVDQYHRFEEDIQLMADMGMDAYRFSIAWSRIYPNGVGQVNQAGIDHYNKLIDALLAKGIQPYVTLYHWDLPQALEDKYKGWLDRQIVDDFAAYAETCFREFGDRVKHWITLNEPHTVAIQGYDAGLQAPGRCSVLLHLYCKAGNSGTEPYVVAHHFILAHAAAASIYRTKYKATQNGQLGIAFDVMWFEPMSNTTIDIEAAKRAQEFQLGWFADPFFFGDYPATMRARVGERLPRFTADEAAVVKGALDFVGINHYTTYYTRHNNTNIIGTLLNNTLADTGTVSLPFKNGKPIGDRANSIWLYIVPRGMRSLMNYVKERYNSPPVYITENGMDDSNNPFISIKDALKDSKRIKYHNDYLTNLAASIKEDGCDVRGYFAWSLLDNWEWAAGYSSRFGLYFVDYKDNLKRYPKNSVQWFKALLKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Os03g0212800 protein
publication title Structural and enzymatic characterization of Os3BGlu6, a rice {beta}-glucosidase hydrolyzing hydrophobic glycosides and (1->3)- and (1->2)-linked disaccharides.
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa subsp. japonica
total genus 193
structure length 478
sequence length 478
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2009-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3gnoA00
1GOWA 2YJQA 3FHAA 3TTQA 1AVAA 3WMCA 2WZHA 4QFUA 5M5DA 4PSPA 1GHSA 1A3HA 1JYVA 5CLWA 1VENA 2J7HA 2YL8A 3EMCA 4RE3A 1BG4A 1Y7VA 1BYAA 1CGUA 2XVKA 2CPUA 3WBAA 5JIWA 1GW1A 1B3VA 2XM2A 1HKJA 3MUZ1 4FK9A 2ZXAA 3BC9A 1MFUA 1QNOA 2ZICA 2DSVA 1OT2A 5DEZA 4ATWA 1F4AA 3EDEA 1QI4A 5E9AA 1V0MA 1TUXA 1HL9A 4B16A 1KCLA 1B30A 2JE8A 1BYCA 1M01A 1UWQA 5M03A 4UFKA 3N04A 3MSDA 3PN8A 1D7FA 4AZ5A 3VGGA 1QI5A 1HX0A 4UQBA 2XSBA 5D9OA 3CH9A 2QF8A 4M24A 1HP5A 3K4DA 3VOCA 4H8VA 5BROA 1CWYA 2B31A 4BQ4A 4PTMA 3WF4A 2G3NA 1NWRA 3N1AA 2A3BA 3FN9A 4J27A 3U7VA 4H2CA 1UKOA 3CZJA 3TOPA 3L2LA 3W4RA 1JYXA 1HJUA 3NUKA 3ZT6A 1HJVA 3RM9A 4CCDA 2AMGA 3WUGA 1HF6A 1VBUA 5CPTA 1V6XA 1ISWA 3ARSA 1XV8A 4R27A 2F61A 1FH8A 3O9NA 3VD7A 2X1IA 1EGZA 3GNPA 2BVDA 4GI6A 3FAWA 2BY2A 4KMQA 1C7TA 1FP8A 1LF1A 4HMCA 3BAKA 4GI9A 1VB9A 1EQPA 3L4XA 3SEPA 3UG4A 2DGAA 4PMXA 3VGBA 1ESWA 2IUZA 2J7GA 1QNRA 3L4UA 1OCQA 1ZL1A 2V38A 4CVUA 1DEDA 3AXIA 2CKSA 3AHVA 2WC4A 4AEFA 1MW1A 2F2HA 3UR8A 1XH1A 1GQLA 1TA3B 2GK1B 3KL3A 3RJYA 2XGIA 1KR0A 4WIWA 4P8XA 2TAAA 3VDBA 3GYCA 1K9FA 2VZVA 3UCQA 4W8BA 1FP9A 2BHUA 3EDJA 1HL8A 1WDPA 1UH3A 4MTVA 4LXFA 1XCWA 1B31A 4W7VA 2XUCA 1ZBWA 3CMJA 2YBTA 3D5HA 5D8WA 5BRPA 3RCNA 2ZX6A 4HPGA 4PEEA 2O9PA 5EFFA 4QCEA 5D9NA 5E6ZA 3FNDA 2YKKA 1UH4A 4F79A 4HOZA 3HU7A 3VNYA 4FLSA 3AFBA 1HVXA 1UZ1A 1D3CA 4W87A 3MMDA 3SCRA 4PMUA 2RGMA 3PZVA 3AICA 4PMZA 1FHDA 4L4OA 1P6WA 4H7VA 5A8QA 1GOIA 3L4ZA 2J74A 2J7BA 1CXHA 4B15A 4GQQA 5I79A 1UQZA 5ABFA 1FH7A 2J47A 4JL1A 4PMVA 2VX4A 3NDZA 1V6WA 1V0LA 3DC0A 3WQ8A 1CECA 2WSKA 1R7OA 2W92A 1PEZA 4ZEPA 5I23A 3WDJA 1CENA 2VZTA 3S6TA 4D6IA 3UERA 5LA2A 2NSXA 1C3FA 5CZKA 1W2PA 3JUGA 2PWHA 3CUGA 3G6MA 3UG5A 4AD4A 2CHOA 3T0DA 2BY3A 1BQCA 1R87A 1OD0A 4QAWA 3MU7A 1VFMA 1OWQA 4F8XA 2VL4A 3TTYA 3AZSA 2WMGA 1E6SM 3WQWA 2WKLA 5E09A 4AIEA 3E1F1 3WNMA 4DWSB 1H4PA 2EQDA 3VIJA 1H11A 1M53A 1GOKA 1E4LA 2EJ1A 1UKPA 2UY3A 3AHZA 2BVTA 2PWDA 2FHFA 1E70M 1OBAA 2WANA 2DT2A 5ABFB 4PMOA 2EXOA 4HTYA 1E3XA 1VRXA 4JHOA 2VT0A 3WL1A 4MAZA 5D4YA 1LJYA 2WZIA 1GJWA 3AIUA 3CUIA 4LYRA 1C93A 3QHNA 2J75A 2WAGA 2DT1A 3ZMRA 7A3HA 3CZLA 2OYMA 3AMGA 1LQ0A 4M82A 1RP8A 1UWUA 1QPKA 3SURA 5DO8A 5DF0A 1G94A 2VZOA 1UKQA 3TA9A 3GXMA 2WMHA 1DWJM 4V2XA 4AXNA 5KZ6A 3GNRA 2WSPA 4B9ZA 1JZ4A 2G3JA 4TX8A 5I6SA 2WHMA 4GZEA 3WMSA 1BYBA 4PMRA 1JGIA 5BXSA 4P8VA 3TTSA 1YHTA 3ARQA 2Y24A 1B90A 9CGTA 2RGLA 3WKZA 1GJUA 5HPCA 2EO7A 2CETA 3DYOA 4DWSC 4ACZA 4D72A 3WBEA 3AZRA 1PPIA 1IT0A 5D8ZA 3CUFA 3WDQA 3GZAA 1W9XA 4EAMA 5A6MA 2Q8XA 1JAEA 1CGWA 2VCCA 4UR9A 1E0XA 5JIPA 3SCOA 3NDYA 3WFLA 3VX1A 1H0IA 4HP5A 1FHLA 4CGTA 1E71M 2YIHA 2EBNA 4ATLA 2VI0A 3WF2A 3APGA 2CNCA 1G1YA 2EPOA 3BMWA 1LG1A 1KFWA 1J0JA 2DSUA 1GVIA 1KGUA 1UA7A 1EHAA 3OBAA 4B9YA 4UOJA 4J3TA 3RDKA 2A3HA 2PWFA 2ZE0A 1W2VA 5AYIA 4OBSA 2CBVA 2E9LA 4D6EA 1KGWA 4W5UA 4Q7NA 3VGFA 2QLYA 2DEPA 7TAAA 4NRRA 1KWGA 2WHLA 3IAPA 3AIRA 3QR3A 1C7SA 5A2AA 4UFMA 4EKJA 1JI2A 3D3AA 3CZGA 3ECQA 3AXXA 1PX3A 2J4GA 3BAJA 4D71A 1KB3A 5LA1A 2YL9A 2V3FA 1BVNP 2WVUA 4AD2A 4TXEA 2E0PA 3N9KA 4PMYA 3CZ8A 5AY7A 3POCA 2CEQA 1LG2A 2BS9A 2ZIDA 1U33A 2E9MA 2XVLA 3MKKA 4AD0A 1XD1A 4A4AA 1UR9A 4OUEA 2XIIA 3IK2A 2PB1A 1M03A 4URIA 3W38A 5CGTA 3J7HA 2XGBA 3BCDA 2YL5A 1WDRA 2AOSA 1US2A 3WD3A 3L4TA 4AZHA 1CZ1A 1DWHM 2OWWA 4JFVA 1RH9A 2D3NA 4NRSA 3VPLA 3ARVA 1TR1A 3WELA 3DHUA 3PTQA 1IZJA 2VNCA 1KQYA 4J3XA 5IFTA 3RIKA 4E4PA 1C90A 4CU8A 3RO8A 4CCEA 1QNPA 4AD1A 3L2MA 3AIWA 1W1PA 1H41A 4AISA 3AS1A 1LL7A 4IPNB 3VVGA 3AJ7A 1H0GA 1W9UA 2DH2A 3WFZA 1TG7A 3K4AA 1LWHA 1NOFA 1XYFA 2D0GA 3ZO9A 4JKLA 2J7CA 5A95A 1F4HA 3SUUA 1XH0A 3QOMA 7CGTA 1V3LA 2UY4A 3ZM8A 3WDPP 4LQ1A 3ZR5A 4Z2HA 1TVPA 3NSXA 4A3YA 1E15A 1ITCA 1W1TA 2G8ZA 3W82A 3W24A 3W27A 2OSWA 2CCRA 3AS3A 1HIZA 1I1WA 2BY0A 1UHVA 1SR0A 1JYNA 4QLKA 1VF8A 1WKYA 1GQKA 3B9EA 2EEXA 2X0YA 4MNKA 3MANA 3CGTA 4AW7A 5I3DA 3WN6A 3AIEA 2XVGA 3OGSA 3KWXA 2J7EA 1E4MM 2GJRA 3GM8A 3FAXA 2V5CA 1MQQA 3WQ4A 1CGVA 3NSNA 6TAAA 2OWXA 3A3HA 3SCNA 3U5YA 4AIUA 1UD8A 1D2KA 3RM4A 2VX5A 2X8RA 4GXPA 3PZUA 1W9DM 5CG0A 3VM7A 1VFOA 1AQMA 2WMKA 1GQJA 2VZSA 5CSUA 2G3MA 4BF7A 5BXRA 1XC6A 4AIOA 4TVCA 3T2QA 1SMDA 4NI3A 4S3JA 4FLRA 1C91A 5CPSA 5I5RA 1BFNA 3QHOA 4M8UA 3RPMA 2YL6A 2J77A 3SIMA 2OSXA 2QMKA 3SUWA 2Z1SA 3FW6A 4TVUA 3N17A 4ZE5A 3VDHA 3O6AA 4KRUA 3EBVA 1M7XA 4HMEA 3SCWA 2Y4SA 2D20A 5D9PA 2VO5A 4U3CA 1NWUA 2WCSA 4PTWA 1QHOA 1J0ZA 1UWIA 4AWEA 5DT5A 4Z2IA 1JF5A 1NQ6A 3WEZA 3GXFA 2XIBA 3MMWA 2BY1A 1GVYA 4WLCA 1R86A 2GFTA 3CIVA 5CXPA 4JFTA 1DWIM 3THDA 3WDRA 3CO4A 2DDXA 4Y7EA 3FXYA 2WK2A 1XD0A 4JIEA 1BF2A 3ZJ8A 5BWFA 3WD1A 1HNYA 3I3DA 5IHSA 1U2YA 1G9HA 4MAVA 4UQCA 3GXDA 4UCFA 2C0HA 5EB8A 2D22A 1NARA 4AYSA 5BCAA 3AROA 3CMGA 1MFVA 3ZJKA 3T2PA 4F9DA 1R8LA 1KQZA 3LPPA 3ARZA 4F9JA 2PF0A 1QOXA 3W0KA 3CUJA 3CZKA 1JDCA 2FHCA 3I3EA 2O92A 1UWTA 1CGYA 2DSKA 4PMQA 1GNXA 5A94A 1CYGA 1BLIA 4UZUA 4Z2JA 4U2ZA 5E6YA 2JIEA 3LMYA 2ZWZA 2CHNA 2VRKA 3QHMA 4GI8A 3OLDA 1DP0A 5EMYA 3MO4A 1V3IA 1CGTA 1YQ2A 4UFHA 3VIOA 1HVQA 4CD4A 1J11A 4GO9A 5ABHA 1VJZA 1UUQA 2ZXQA 1B3YA 3VGHA 2G4FA 4N42A 2V3DA 3M6DA 3EDFA 2QPUA 2CERA 4JKKA 1UZ4A 1JZ8A 3VD9A 1KXHA 3TTOA 4GO8A 1WZAA 2Y8VA 3POHA 1OGBA 4WK9A 3M07A 5CJ5A 1VEMA 3VX0A 4BZYA 1E5JA 3VMOA 2IXVA 4IM4A 2XHYA 2WB5A 1JZ5A 4P7OA 3VDCA 2BXZA 4W7WA 4UQ9A 5IXEA 4HZ6A 2FHBA 2WLZA 4XUYA 1FFQA 3CHFA 1B2YA 1NWTA 3OLIA 4GPNA 4PRWA 2JFEX 5HNNA 5A8MA 6CGTA 4UTFA 2ZXDA 1VFFA 3WSUA 3WF3A 1V02A 4PN2A 1KCKA 4KGLA 1ZU8A 4D6JA 1KWKA 3F5KA 4DM1A 2AAAA 4UOQA 1V6VA 3ALFA 2WVSA 3AMLA 8CGTA 3CLWA 2IXUA 3L4VA 3N11A 1PX4A 3EYPA 1V3KA 3PZTA 3CTTA 2UY5A 2X2YA 2X0HA 4HMDA 4ATDA 1XH2A 1DHKA 1UG6A 1CXLA 4AZ6A 5HBFA 1CLXA 3K46A 3U5UA 4TTUA 1BHGA 3WF1A 3PZ9A 3OIHA 1JZ7A 4X9YA 4BA0A 3PZOA 4H41A 1RPKA 4CUCA 1J0YA 4PSRA 3VNZA 4WF7A 2JEPA 2HVMA 5FKYA 3ARYA 2ZX7A 1QNQA 1QVBA 3F5LA 3A4WA 2DH3A 1E6PA 4AD3A 4JKMA 1EHNA 4M29A 4A3HA 4C7GA 1BVZA 3MMUA 4XZWA 4PCSA 3WQ5A 2MANA 1DWGM 4XZBA 4D6GA 4YN5A 1J12A 3OA5A 1XSIA 4PTXA 3B9AA 1MQRA 1EA9C 1LWJA 1WCGA 4YPJA 3IJ8A 4LGXA 1ISZA 1Q4NX 5A6BD 4UNIA 2XG9A 4R5EA 3VIPA 1HKIA 1K6AA 2ZX8A 3CZEA 2NW0A 3N13A 2WM0A 5IHRA 3VIKA 5TD4A 2GJXA 4K68A 2QV4A 2ZOXA 3W53A 3OZOA 4CD6A 4TTGA 3CHCA 2WZEA 1Z32X 2J8GA 2OYKA 5HDRA 4Z2LA 1CXIA 5A2CA 2CBUA 2J79A 3SCPA 3VGDA 2WWDA 4MDPA 1XSKA 4F66A 4E8CA 1ODZA 1EO5A 4P7RA 2E8ZA 2WCGA 8A3HA 1JDDA 1BYDA 4XX6A 4J3VA 1J10A 3WENA 4OJYA 1GQIA 1UKSA 3WNNA 1PZ2A 3K8LA 1V03A 2BHYA 2XSAA 1W1VA 1ZB5A 4B3LA 3AIQA 2W67A 3UR7A 2DSWA 1LL4A 4IISA 4NZCA 4AD5A 3IJ9A 2ZUNA 3NJ3A 3NSMA 4FMVA 2QHAA 1JNDA 2CXGA 3GH4A 1UD2A 2GUYA 2EPKX 5A1AA 4UQEA 3HJEA 1KXVA 2E8YA 1E6RA 2VCAA 2XVPA 2PWEA 1PAMA 1B0IA 2WCAA 1MW3A 3ARWA 1SYTA 2E9BA 3VKKA 1WB0A 3ZIZA 2G3IA 1GONA 3O2LA 4OKDA 3II1A 3VD5A 5BXPA 3AISA 1XHGA 2GJXB 1W9VA 3PTMA 2O9TA 2XFRA 1W91A 5ABGA 3WH6A 1XGZA 2WW5A 5GNXA 1A47A 3BAXA 5HXMA 2QPSA 4UQAA 2X09A 3LPFA 2D0HA 3N15A 4FLOA 1VIWA 1CXEA 4HA1A 3WH8A 4QP0A 1V3JA 1WE5A 4PUEA 1NWSA 1V6YA 4UZSA 1FA2A 1NOUA 1HN1A 4KGJA 2DQXA 3MUAA 1MQPA 1W9BM 3WH9A 1QI3A 1J0IA 3ARXA 3W29A 4TX6A 5FOOA 4AZ7A 4AZBA 3VTRA 4M80A 4M81A 1WZKA 1KXTA 4NSBA 1AQHA 2E4TA 2GVYA 3VIIA 4ACZB 3LPOA 2CYGA 2CBIA 3SCUA 1EOMA 3OGRA 3MUIA 5C8BB 4RE2A 1QHZA 3SCTA 2Z1KA 1HKKA 4B3KA 1IV8A 3VO0A 3W28A 3F4VA 1E40A 1ZS2A 3VMPA 3AQUA 3B9DA 5LA0A 5EBAA 3AYSA 1C8XA 3SCQA 2OSYA 1CTNA 5M17A 1RP9A 4EE9A 3AZTA 3WD4A 5BRQA 2WYSA 3WNKA 3WEOA 2J8FA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GOW A;  2YJQ A;  3FHA A;  3TTQ A;  1AVA A;  3WMC A;  2WZH A;  4QFU A;  5M5D A;  4PSP A;  1GHS A;  1A3H A;  1JYV A;  5CLW A;  1VEN A;  2J7H A;  2YL8 A;  3EMC A;  4RE3 A;  1BG4 A;  1Y7V A;  1BYA A;  1CGU A;  2XVK A;  2CPU A;  3WBA A;  5JIW A;  1GW1 A;  1B3V A;  2XM2 A;  1HKJ A;  3MUZ 1;  4FK9 A;  2ZXA A;  3BC9 A;  1MFU A;  1QNO A;  2ZIC A;  2DSV A;  1OT2 A;  5DEZ A;  4ATW A;  1F4A A;  3EDE A;  1QI4 A;  5E9A A;  1V0M A;  1TUX A;  1HL9 A;  4B16 A;  1KCL A;  1B30 A;  2JE8 A;  1BYC A;  1M01 A;  1UWQ A;  5M03 A;  4UFK A;  3N04 A;  3MSD A;  3PN8 A;  1D7F A;  4AZ5 A;  3VGG A;  1QI5 A;  1HX0 A;  4UQB A;  2XSB A;  5D9O A;  3CH9 A;  2QF8 A;  4M24 A;  1HP5 A;  3K4D A;  3VOC A;  4H8V A;  5BRO A;  1CWY A;  2B31 A;  4BQ4 A;  4PTM A;  3WF4 A;  2G3N A;  1NWR A;  3N1A A;  2A3B A;  3FN9 A;  4J27 A;  3U7V A;  4H2C A;  1UKO A;  3CZJ A;  3TOP A;  3L2L A;  3W4R A;  1JYX A;  1HJU A;  3NUK A;  3ZT6 A;  1HJV A;  3RM9 A;  4CCD A;  2AMG A;  3WUG A;  1HF6 A;  1VBU A;  5CPT A;  1V6X A;  1ISW A;  3ARS A;  1XV8 A;  4R27 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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