3GNPA

Crystal structure of a rice os3bglu6 beta-glucosidase with octyl-beta-d-thio-glucoside
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
GLTRGSFPEGFVFGTASAAYQYEGAVKEDGRGQTIWDTFAHTFGKITDFSNADVAVDQYHRFEEDIQLMADMGMDAYRFSIAWSRIYPNGVGQVNQAGIDHYNKLIDALLAKGIQPYVTLYHWDLPQALEDKYKGWLDRQIVDDFAAYAETCFREFGDRVKHWITLNEPHTVAIQGYDAGLQAPGRCSVLLHLYCKAGNSGTEPYVVAHHFILAHAAAASIYRTKYKATQNGQLGIAFDVMWFEPMSNTTIDIEAAKRAQEFQLGWFADPFFFGDYPATMRARVGERLPRFTADEAAVVKGALDFVGINHYTTYYTRHNNTNIIGTLLNNTLADTGTVSLPFKNGKPIGDRANSIWLYIVPRGMRSLMNYVKERYNSPPVYITENGMDDSNNPFISIKDALKDSKRIKYHNDYLTNLAASIKEDGCDVRGYFAWSLLDNWEWAAGYSSRFGLYFVDYKDNLKRYPKNSVQWFKALLKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Os03g0212800 protein
publication title Structural and enzymatic characterization of Os3BGlu6, a rice {beta}-glucosidase hydrolyzing hydrophobic glycosides and (1->3)- and (1->2)-linked disaccharides.
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa subsp. japonica
total genus 191
structure length 478
sequence length 478
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2009-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3gnpA00
1UR1A 3WIJA 4XZBA 1KQYA 2CEQA 2WHMA 2PC8A 1WNOA 1HL8A 2XVPA 1V0MA 4DWSA 4DM1A 5JUVA 1JFXA 2QPUA 4AD4A 5HBFA 5I77A 1EOMA 1OIMA 1QI5A 2AAAA 4S3JA 2GK1A 1EDGA 3PHAA 4P7OA 5I78A 2OYMA 3UG4A 1WP6A 1JZ2A 3AZSA 4OZOA 1LL6A 2VL4A 3LPGA 1PX4A 1A3HA 3T2QA 1V6VA 4AIOA 4GINA 1KGUA 1CGWA 3W6LA 3EDKA 1E4LA 4HA3A 3VD3A 2VMFA 2WSKA 2BY2A 4JL1A 1VEMA 1Q6FA 2YBUA 2D0GA 4PMVA 2V3EA 5HOSA 1B0IA 1ISZA 4J3TA 4W5ZA 4JHOA 4ATWA 1B2YA 3WNOA 4F79A 2WHKA 1E6PA 4Z2JA 1VENA 2OSWA 1E4MM 2TAAA 4MNMA 3BSHA 5CLTA 4LQ1A 5IFTA 1Q6GA 2X09A 2HISA 1BYCA 2E9BA 4FK9A 1IV8A 1PPIA 3RJYA 1TA3B 1NOFA 3CUHA 2V5CA 3MMUA 3VKKA 3J7HA 1UD8A 2QLYA 1GHSA 5DMYA 4OOZA 1NWSA 5BROA 3FW6A 3CHCA 4UZSA 1KWGA 4Y7EA 3WNNA 3OGVA 1I75A 2CIPA 1KXTA 3GH5A 5HPOA 1CGYA 1KQZA 3WBEA 1W1YA 1GHRA 1UWRA 4B3KA 2GFTA 4PMZA 5E0CA 5A69A 4HOXA 2VR4A 4U2ZA 2VZOA 4CU6A 3ARWA 1VIWA 2Q8XA 3VGBA 1W1VA 4OKDA 1EHAA 3WY1A 3K1DA 4FMVA 3SUVA 2YA1A 2VX4A 1EDQA 4JFWA 5JBEA 3DYOA 2VZTA 3WKZA 1GOWA 2XM2A 2XFRA 4WKHA 2C8NA 4CKQA 1C3FA 1ZB5A 3UR7A 2FDMA 1XH0A 1NH6A 4NF7A 4PMDA 3UG5A 2E9MA 3GNOA 1E6SM 2A3EA 1LQ0A 2ZXQA 1J01A 1TZ7A 3CH9A 3OBAA 3SCSA 1ODZA 3UG3A 1J0YA 3AZTA 1UYQA 8A3HA 2FHFA 3O9NA 1BLIA 1K9EA 3WDIA 1CXEA 4ATDA 1I1XA 1UWIA 4M29A 4EKJA 2PWGA 4MAZA 4IISA 4QCFA 1R8LA 1FHDA 1G01A 2VVSA 5A8MA 4M1RA 1CPUA 1HX0A 2UY4A 1BGAA 1B3VA 1UD2A 1BYAA 1HJVA 4P8WA 1ISYA 1V02A 3MSDA 3PTQA 4A3YA 3AHVA 3I3BA 2EBNA 2D0FA 3AXIA 1OBAA 1QPKA 3UEQA 3VGHA 1OIFA 2C7FA 3AMDA 2FH6A 2WMJA 4XX6A 3PZ9A 4W87A 2WMIA 5EFFA 4M24A 5A1AA 3M6DA 3HMCA 1UQYA 4W8AA 5CGTA 1OT1A 3CO4A 4BA0A 4U2YA 4UQDA 1UWUA 2WANA 4E2OA 4PMYA 2ZWYA 3GBEA 5DFAA 2ZX5A 8CGTA 1C92A 2CBJA 1MWOA 3DHUA 2A3CA 3CLWA 4MB3A 4U3AA 5GPRA 3AIWA 1CYGA 1RD6A 4E4PA 2E3ZA 2WW5A 2VRJA 4CUCA 3ZR5A 1JFHA 2J7CA 4P8XA 2IXVA 5EFDA 1GQLA 4RE3A 4JKMA 4TX8A 1UHVA 4GO9A 2WSPA 3BMWA 4HZ8A 1GJUA 1HJWA 4HMEA 3PZIA 1H3GA 4AD1A 4ATLA 3B9AA 3CZLA 4URIA 4UZUA 3M46A 1VFOA 3CHDA 3N15A 1ITXA 1E5JA 2W67A 1JF5A 1W91A 2CXGA 2G3MA 5I2UA 3VIFA 1E72M 2WM0A 2RGLA 2QMJA 3AS1A 1ZL1A 1UOKA 3WF0A 4EE9A 3UERA 4Z2IA 1QNQA 2AOSA 1XGZA 2W63A 1KWKA 4JZ5A 4CD8A 2AMGA 4D6HA 4OUEA 3LPPA 3EDDA 4PSRA 2J7DA 1SR0A 3BGAA 1V6XA 5CPSA 4AZIA 3RM4A 3AXHA 3O2LA 4OOUA 4FLOA 2J79A 3WD1A 2GDUA 4WKFA 5HNNA 1G94A 1O6IA 2XGBA 2ZUSA 7CGTA 1WAWA 5ABFA 1US3A 4L4PA 1HVQA 1N82A 2VT0A 2Y24A 1K9TA 2ZUWA 1C8YA 4CU8A 3OA5A 2VCCA 4NZCA 4UOJA 3SIMA 4PUDA 3CTTA 4QLKA 2FHCA 5A6SA 1UH2A 1GQKA 2BXYA 4QDMA 3CUJA 1X6LA 3PTKA 5A2BA 3WH5A 3UR8A 5M5DA 3GTNA 5C8BB 3PZNA 4OBSA 1GVIA 3VILA 2BHYA 2NSXA 2EJ1A 2YL8A 1E3ZA 3WQ4A 3TP4A 1CXFA 3MV01 4PUEA 1EO5A 4W7UA 3F5KA 5GNZA 2VO5A 2X8RA 5DO8A 2RGMA 2VX7A 4PTXA 3W37A 3BSGA 1EOKA 1BQCA 2Y8VA 1TE1A 1GVYA 4AZBA 1FP8A 2J77A 2A3HA 4LPCA 2EPMX 1JNEA 4M80A 3A3HA 1HP5A 1Q6EA 5D9MA 1U2YA 2ZUTA 2BVYA 2WMHA 4ZXLA 3WMSA 3WH6A 4PMNA 3BAXA 4KRTA 2G3JA 3GNPA 2BS9A 3L4ZA 4UR9A 4MNKA 3NSXA 3BC9A 3U5YA 4P7RA 2EPKX 1LG2A 2DSUA 2DT0A 1UWTA 3WUBA 3WQVA 3RMEA 5C70A 4HOZA 2ZOXA 2DT2A 4PMQA 1V02E 2VR5A 1UD5A 3ZJ6A 4AZ5A 1QNOA 3IJ9A 2O9TA 2GK1B 4QLLA 1JD7A 3WDPP 3CHEA 4IPNB 5IDIA 2DEPA 5EB8A 2XG9A 3K8LA 5A6LA 5BRPA 3OLIA 4UFKA 4D71A 4M8UA 3AFBA 1AQHA 2VZSA 1MFVA 4CCEA 1OB0A 4HTYA 1F4HA 3NIYA 4YN5A 4HOWA 2PWFA 1WPCA 1XSIA 4D6CA 2FGZA 1VFUA 2XGIA 5EMYA 3K4DA 2JALA 2CNCA 1XH2A 1CXHA 3ZT5A 1M7XA 4PSPA 4S3KA 4ACZA 1VJZA 2DQXA 1OCQA 2F8QA 4GI6A 4TOQA 5A3HA 1SFSA 2EPLX 4MNLA 2CHNA 1UUQA 3EDJA 5GQBA 2O9PA 3SCUA 1B31A 2V38A 5A8NA 2ZXBA 2X2YA 3GM8A 2GUYA 2QV4A 2WZHA 4TTUA 5BXPA 5A6AA 1JYWA 1E0VA 2WCGA 3WF3A 4PTMA 7A3HA 4UQEA 3IJ7A 5I6SA 2V3FA 5IFPA 5IHSA 1RP9A 1M04A 1UD6A 3AIUA 1TUXA 4JFUA 4AZHA 4HU8A 1KFWA 3HU7A 5F7UA 2VTFA 2V3GA 4ZXOA 3PZOA 3LPOA 1PAMA 4PMRA 3ZJ7A 1BTCA 1JD9A 3MUAA 4UQBA 4CD5A 3SCOA 3WD0A 1GW1A 3S6TA 1KGWA 4B3LA 3CZJA 3N04A 2O92A 5CZKA 4DWSD 1E6ZA 1OGSA 3I3DA 1GNXA 4D1JA 1WO2A 4CN6A 3RM8A 2QF8A 4LX4A 2DIEA 1JZ5A 2BY1A 3RPMA 5CPQA 3SURA 2J7EA 3IAPA 3KL5A 1J18A 1TCMA 3RJXA 5AYIA 4V2XA 5ABGA 1H0GA 2PF0A 4NSBA 2O9RA 2CYGA 1E9LA 2DSZA 4X0NA 3QR3A 5CGMA 2CKSA 3N9KA 1MW3A 2FHBA 1Q6DA 3ALFA 3WENA 1WZLA 2WPGA 2XWEA 2ZX6A 2QPSA 5LYRA 3W28A 2VVNA 4H8HA 3AIRA 3W4RA 2YL6A 5KEZA 2J7GA 1D2KA 4A4AA 1CZ1A 1JAKA 2DSWA 2ZICA 4V28A 2WMIB 3OIHA 4YHEA 3MMDA 2JF7A 1EO7A 1DP0A 3CHFA 2YJQA 2BNJA 3VPLA 4JCLA 5A8QA 2UY2A 1V3MA 2VRKA 3RDKA 3CZKA 4UFLA 1CIUA 1XSKA 1JYVA 1E0WA 2J7HA 3THDA 3ARYA 1QW8A 3W53A 3BLPX 1R86A 3FHQA 4Z2LA 3K46A 3ARZA 1M03A 2J8GA 1LLOA 1OD0A 4PCSA 1UH3A 5CJ5A 1ODUA 3AS0A 2D0HA 1BFNA 4CCDA 4GZJA 3WFZA 3VUPA 1VF8A 4W7WA 5D9OA 1HKIA 1WDPA 3T0AA 4Q7NA 3WF2A 4KRUA 3M07A 1FP9A 2XFYA 1X6NA 3FAWA 4F66A 4MNJA 4MB5A 1QI3A 1W3HA 4CU7A 3L4VA 3VIHA 2CESA 3IJ8A 3PZTA 1XCXA 2QMKA 3AXXA 3MU7A 3WBAA 2G3NA 4AZ6A 3WNPA 4OIFA 1CLVA 1O7AA 3VD5A 2XTKA 3VDAA 4J28A 1RPKA 2WVVA 2EO7A 1CTNA 1JXJA 1KCKA 1QVBA 5A8PA 1M01A 5CG0A 5I23A 3W25A 1UR4A 2X0YA 4F9JA 1TFVA 3HN3A 1HKJA 1V0KA 3VNYA 4W5UA 2ZX7A 2WC4A 3BAKA 3PZMA 4AZCB 3ZMRA 2EXOA 1H41A 1TR1A 4P7NA 1KXHA 3A4XA 5DF0A 2BVDA 1XC6A 2J8FA 2PBGA 2ZWZA 2ZUUA 3WFLA 4ZEPA 1E40A 4JAWA 2OWWA 3AYSA 3VOCA 4UFJA 1BVZA 3VIKA 4EK7A 1ZJAA 4UQ9A 4PTVA 2YLAA 3G6LA 5ABFB 1PX3A 4GKLA 3WQ6A 1ZJBA 3BAJA 4HP5A 3AOFA 2E8ZA 2PB1A 1JZ7A 3ARRA 4AZ7A 1AQ0A 1B30A 1C91A 3AHYA 4J7RA 1MQPA 2D2OA 5A6JA 2F61A 1QNPA 3AYRA 5I3DA 3U57A 2EPOA 1W3JA 1BGGA 1J12A 1QI4A 1DWIM 3VTRA 1HJSA 4E8CA 1JYXA 3K8KA 3T2PA 1W1PA 1GORA 1HKKA 4J27A 3ZOAA 4DUXA 1MQRA 4ZE5A 3WQWA 1IZJA 1YQ2A 1CDGA 3CZEA 2OLHA 4LYRA 1C8XA 1HKMA 5M03A 2JE8A 1QHOA 4H8UA 6A3HA 4FF5A 4HPGA 2WCAA 5GNXA 3BAWA 3WEMA 3VIJA 3SUSA 5JIWA 1UA3A 4D72A 3MUY1 4HA4A 5LA1A 3E1F1 4UTFA 4B9YA 3GXIA 1NWUA 3CBWA 3WQ8A 2E8YA 3AIBA 1B3YA 4W86A 2YL9A 3GYCA 4QFUA 4IUGA 3WD2A 2J25A 2BY3A 3NDZA 3ZR6A 2XWDA 1E43A 2V3DA 4FLRA 4UFIA 1JI1A 2D3LA 3WNKA 3W24A 1R85A 1AQMA 3LMYA 4U5KA 3WMBA 2DIJA 2Z1SA 3KE0A 4H2CA 2ZE0A 3ZSTA 3K8MA 2WKLA 1GOQA 4XB3A 2WCSA 3T09A 3FNDA 1CENA 3VVGA 4KH2A 4KMQA 1E55A 4TTGA 3GNRA 1GOOA 1GOKA 4UFHA 3WH8A 3RILA 1GJWA 4ACZB 1OSEA 3B9EA 4WIWA 3PZGA 2WVSA 4AZCA 4JKKA 1TG7A 3WMCA 1WCGA 2W91A 2ZUMA 4CD4A 1PIGA 3TONA 3WEZA 3BAYA 2XPKA 3WN6A 4HZ7A 3SCRA 4BCEA 3EMCA 2WKGA 1AMYA 1MFUA 3QOKA 1GQJA 1OWQA 4U5IA 2WWDA 4TVCA 2PI6A 3VNZA 4WSJA 4B15A 2F2HA 2XYLA 1E6RA 1HJXA 3CGTA 1CGUA 1JDDA 5A95A 2D3NA 1TVPA 2ZXAA 3AHXA 5LA0A 3VIMA 1LL7A 1JZ6A 1OT2A 3AZRA 3QHMA 1UH4A 1HIZA 4CD6A 2BXZA 2EEXA 3VGDA 4MB1A 9CGTA 2W92A 3W82A 2ZX8A 3EMZA 1B3WA 3NSNA 2D20A 2Y8KA 4J3VA 1K9FA 2FH8A 3WSUA 2WVUA 4MPKA 2NT0A 3W81A 3VMOA 3MO4A 2G8ZA 3L2LA 1K9DA 4CVUA 1ITCA 3WEOA 2YLLA 2XJ7A 2J7FA 5FL0A 2OWXA 5I24A 1VFMA 1E3XA 1ZS2A 3BCFA 2CETA 4PBGA 3SEPA 1LF1A 1PIFA 3WNMA 3VINA 4WF7A 1C93A 5DT5A 3VU2A 1XV8A 1E0XA 4Q22A 4KGJA 2YDRA 3MKKA 4GXPA 2WMGA 1W1TA 3VDHA 3MANA 1W9XA 2D23A 3B8SA 3OLEA 2CITA 2VUYA 1J0HA 4MJ2A 3SCWA 1ZBCA 1L0PA 3MUZ1 5E70A 3SCTA 4PEEA 2GJPA 4AWEA 3DC0A 2GJXA 1V0LA 2VCAA 3FY1A 5IHRA 4D6FA 3L4UA 1KR1A 4P8VA 1ZBVA 4AISA 1WDRA 5BXRA 3OZPA 5AYBA 4AD5A 4AEFA 4MDPA 4KGLA 3VGGA 1MVYA 3U7BA 3CMGA 3BMVA 3ARSA 2GDVA 1EH9A 2EPNA 3CUIA 2YOCA 1HVXA 2E9LA 2ZX9A 4LYQA 3T0DA 2E0PA 1J10A 5A94A 4XV0A 2WNWA 3CZGA 4EAMA 3DYMA 4CN1A 2WAGA 1Y7VA 4NI3A 1V0NA 3GXDA 1H5VA 2WMFA 1UKPA 4HA1A 5E0FA 2NW0A 1C7SA 5D4YA 5DEZA 3S2CA 3GH4A 4AXNA 1NWTA 2E4TA 2UY5A 3A4WA 1I1WA 4JL2A 1MQQA 2DSKA 1EA9C 1B1YA 3OZOA 4TXEA 3WNLA 3AICA 3FAXA 4PYSA 5BWFA 1F4AA 4ZFMA 3F4VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UR1 A;  3WIJ A;  4XZB A;  1KQY A;  2CEQ A;  2WHM A;  2PC8 A;  1WNO A;  1HL8 A;  2XVP A;  1V0M A;  4DWS A;  4DM1 A;  5JUV A;  1JFX A;  2QPU A;  4AD4 A;  5HBF A;  5I77 A;  1EOM A;  1OIM A;  1QI5 A;  2AAA A;  4S3J A;  2GK1 A;  1EDG A;  3PHA A;  4P7O A;  5I78 A;  2OYM A;  3UG4 A;  1WP6 A;  1JZ2 A;  3AZS A;  4OZO A;  1LL6 A;  2VL4 A;  3LPG A;  1PX4 A;  1A3H A;  3T2Q A;  1V6V A;  4AIO A;  4GIN A;  1KGU A;  1CGW A;  3W6L A;  3EDK A;  1E4L A;  4HA3 A;  3VD3 A;  2VMF A;  2WSK A;  2BY2 A;  4JL1 A;  1VEM A;  1Q6F A;  2YBU A;  2D0G A;  4PMV A;  2V3E A;  5HOS A;  1B0I A;  1ISZ A;  4J3T A;  4W5Z A;  4JHO A;  4ATW A;  1B2Y A;  3WNO A;  4F79 A;  2WHK A;  1E6P A;  4Z2J A;  1VEN A;  2OSW A;  1E4M M;  2TAA A;  4MNM A;  3BSH A;  5CLT A;  4LQ1 A;  5IFT A;  1Q6G A;  2X09 A;  2HIS A;  1BYC A;  2E9B A;  4FK9 A;  1IV8 A;  1PPI A;  3RJY A;  1TA3 B;  1NOF A;  3CUH A;  2V5C A;  3MMU A;  3VKK A;  3J7H A;  1UD8 A;  2QLY A;  1GHS A;  5DMY A;  4OOZ A;  1NWS A;  5BRO A;  3FW6 A;  3CHC A;  4UZS A;  1KWG A;  4Y7E A;  3WNN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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