3GNRA

Crystal structure of a rice os3bglu6 beta-glucosidase with covalently bound 2-deoxy-2-fluoroglucoside to the catalytic nucleophile e396
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
GLTRGSFPEGFVFGTASAAYQYEGAVKEDGRGQTIWDTFAHTFGKITDFSNADVAVDQYHRFEEDIQLMADMGMDAYRFSIAWSRIYPNGVGQVNQAGIDHYNKLIDALLAKGIQPYVTLYHWDLPQALEDKYKGWLDRQIVDDFAAYAETCFREFGDRVKHWITLNEPHTVAIQGYDAGLQAPGRCSVLLHLYCKAGNSGTEPYVVAHHFILAHAAAASIYRTKYKATQNGQLGIAFDVMWFEPMSNTTIDIEAAKRAQEFQLGWFADPFFFGDYPATMRARVGERLPRFTADEAAVVKGALDFVGINHYTTYYTRHNNTNIIGTLLNNTLADTGTVSLPFKNGKPIGDRANSIWLYIVPRGMRSLMNYVKERYNSPPVYITENGMDDSNNPFISIKDALKDSKRIKYHNDYLTNLAASIKEDGCDVRGYFAWSLLDNWEWAAGYSSRFGLYFVDYKDNLKRYPKNSVQWFKALLKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Os03g0212800 protein
publication title Structural and enzymatic characterization of Os3BGlu6, a rice beta-glucosidase hydrolyzing hydrophobic glycosides and (1->3)- and (1->2)-linked disaccharides.
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa subsp. japonica
total genus 191
structure length 478
sequence length 478
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2009-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3gnrA00
2FGLA 2AAAA 1E3ZA 3VGGA 3VD5A 2CBUA 3SCPA 2CBJA 1UZ4A 2A3HA 4TVUA 1BGAA 4B9YA 4W86A 3CLWA 3TA9A 1J9YA 1ZS2A 1ZL1A 3T0BA 2A3AA 3EDFA 3WF4A 4K68A 2ZX8A 2WW5A 4J3TA 3M6DA 1W91A 3DHPA 2CBIA 2WK2A 3WENA 3WDJA 3A3HA 1UOKA 1C8QA 1DEDA 4X9YA 1LG1A 5CPQA 2ZX9A 1GNXA 3WQ4A 3AISA 4DUXA 1FHDA 3ALFA 4UFJA 3SUSA 4PTMA 2ZUSA 1WZMA 1M04A 5E6YA 3DHUA 3RM4A 4BQ5A 4WIWA 3HN3A 1UA7A 3PZTA 4V27A 4P7RA 2Q8XA 1KXHA 3VD9A 3WKZA 1B3VA 1E0VA 3AHVA 4HOZA 5CLTA 3AIWA 5EBAA 5M5DA 5A8NA 1KQYA 3GBEA 3EYPA 4XZWA 4J27A 3N15A 4JHOA 2CEQA 3T2QA 1CDGA 2YOCA 1PX8A 1J0KA 1E6PA 3SCWA 1UWRA 4JIEA 5E0FA 1V02A 3CH9A 1QI5A 4DWSC 1ISYA 3K8MA 3F5KA 3VPLA 1QI0A 1CEOA 1CGTA 1MW3A 4PUEA 1UR9A 4PMQA 4URIA 4HZ7A 1XH0A 1MW2A 3CGTA 3ARQA 4D1IA 5BXRA 3VVGA 3BAKA 2ZOXA 1U2YA 1V3IA 2OLHA 1DHKA 5LA1A 5A6LA 2D23A 4WLCA 1H49A 3VILA 3VNYA 3T0AA 3W4RA 5GPRA 5EB8A 3RMEA 5CSYA 2WMJA 1OD8A 3KWXA 5CLWA 4P7NA 4H2CA 3AIVA 5ABFA 3CHDA 2J75A 3VUPA 4AZ7A 1QBAA 4RE3A 3AZSA 3J7HA 1JDDA 1HL8A 1BTCA 2CKRA 5LA0A 3SCTA 1BYAA 1OM0A 1P6WA 1E6XM 1EDQA 1XGZA 2YBUA 1BHGA 2VCBA 1GOOA 3QHOA 2VVNA 4H04A 3MUY1 1TCMA 4KRTA 1VEOA 1V0MA 4ML4A 4EKJA 3AIRA 5LYRA 3SCSA 3G6MA 1Z32X 1FH8A 4UZSA 1MFVA 3VIJA 1ZJAA 3WUGA 3CIVA 1WNOA 2G4FA 4PMOA 1BVZA 1C7SA 1AVAA 1NOUA 1OWQA 4AXNA 1G5AA 3WNKA 1WKYA 2E8ZA 5AYIA 2YDSA 1QNSA 1W9VA 2A3EA 1YQ2A 4PMVA 4ACZA 3N11A 2UY4A 4OOZA 4DM2A 1K6AA 3DYPA 4NRSA 3ZQ9A 2XFFA 1EA9C 4LYPA 1C7TA 2QPUA 1HVQA 3BLKA 3W24A 1KGUA 1V6UA 5AYBA 4NRRA 4XX6A 1CWYA 1VEPA 1E5JA 4S3JA 4HMEA 4Z2IA 1DWGM 3A6OA 3ARWA 1C90A 1R8LA 1I1WA 1MFUA 3MANA 1E5NA 5I5RA 4V2XA 5FL1A 2WLZA 1UZ1A 4M1RA 3VINA 1DWAM 3JUGA 3FW6A 1HF6A 5JBDA 1ISZA 2E4TA 5I77A 3AMLA 3GH7A 1WP6A 3AHZA 1CYGA 4MTVA 3LPPA 2VJXA 2J7HA 3T09A 3ZSSA 3VMOA 4LYQA 2PBGA 1OGSA 3GYCA 4PN2A 4P8XA 3PZQA 4TVDA 2VZTA 3BCFA 4B3KA 1XRVA 4AD0A 1H2JA 1KR0A 4JKMA 2W66A 2F61A 1US3A 3W27A 4JKKA 2E40A 2ZUVA 4W7WA 4BQ2A 2VO5A 4U5IA 4CN6A 3VIMA 1GOWA 2JFEX 3SCOA 3GTNA 5IFPA 3W25A 3WFLA 1M03A 1QNRA 3VDAA 2W91A 1ZJBA 2GDUA 2CESA 3W6MA 2ZUNA 3CZKA 3ZR6A 4FMVA 1V6XA 3KL0A 1E6RA 2WHKA 1WB0A 4PYSA 5I6SA 3CUGA 3NYDA 3L4VA 4ATLA 1JAKA 3WBAA 3W0KA 2AMGA 5JIPA 3NIYA 3AMCA 2QPSA 1OB0A 3FXYA 2BFGA 3WQWA 1XYZA 2EPOA 3GNOA 2WCGA 3W29A 4S3KA 1ISVA 4TUFA 1B90A 4MAVA 3WN6A 2Y2WA 3BH4A 1EQPA 2PC8A 1W3JA 4AIOA 1J18A 4DUVA 2WVTA 3OLGA 1KB3A 4CD6A 4NZCA 4CD5A 3K1DA 2CHNA 5HPOA 2VUYA 4GO8A 3ZJ8A 4PTXA 1RPKA 1H3GA 3CUJA 2XJ7A 4MJ4A 3CO4A 4CN1A 4UQCA 4MB1A 1NH6A 5GQBA 1UD3A 2GJXA 2WNWA 2XG9A 2JF7A 1BF2A 4J3SA 3VD4A 3WEZA 1M7XA 1V3LA 1CNVA 2J79A 4GKLA 2J47A 2XVKA 4D6HA 1FHLA 4BZYA 1TMQA 5M03A 4FLQA 3VIIA 1VJZA 2J62A 2VQUA 4E2OA 2VOTA 3UCQA 1WDQA 2VVSA 1H41A 3ARTA 3WSUA 1MXGA 1Q6CA 1GQKA 8CGTA 2OYLA 1HT6A 5CXPA 4QCFA 3DC0A 3OLIA 3ZIZA 4E8DA 3OA5A 1QI4A 2WAGA 3CTTA 2ZICA 4B3LA 1PJ9A 2BHUA 1GONA 5D4YA 3CHFA 1E6QM 2OSWA 1O6IA 1PX3A 5A6SA 2WCSA 5E9AA 4HMDA 1B9ZA 1ZU8A 5HDRA 3ARPA 1E56A 2ZX6A 4AD4A 4CVWA 5A95A 4AD1A 1IT0A 2PB1A 1UUQA 3N18A 4HMCA 1EIBA 4KMQA 1GOQA 3BMWA 4HU0A 2Z1SA 3ARSA 4HA3A 2NW0A 2VL4A 4YPJA 4D71A 1W1VA 1B3ZA 2V3EA 2DT2A 1CGUA 1JYXA 5GNZA 1XCXA 3IANA 3AMKA 2V5CA 4OBRA 4FLSA 3BAJA 1CIUA 4AD2A 2WVUA 1CENA 3O9NA 1KBBA 1HKIA 1ESWA 3CZ8A 1US2A 2YL5A 3KL5A 5A3HA 3MMDA 3IJ7A 4KGJA 2WC4A 5A2AA 1FFQA 3BLPX 4W5ZA 4AZCB 1XV8A 3AOFA 2DDXA 4UOJA 2OWWA 3RM8A 4M82A 2JE8A 3FN9A 1UWQA 3CPUA 4BA0A 4CVUA 1E4NA 3WF0A 5I79A 2ZXDA 1MVYA 2X2YA 3NCOA 4HU8A 3CZGA 1QHPA 1ODZA 2BXZA 3ZM8A 2PWEA 1WZAA 3A4AA 3WIJA 2OYMA 3W6LA 2WHJA 5E0CA 3LPFA 4UFMA 3WY1A 2DSZA 1RP8A 2D20A 5IHSA 1HKJA 2VRQA 1CLVA 4IPNB 1BG4A 5D9MA 3T2OA 2X0HA 4QLLA 4CD7A 2WC3A 1LLOA 3VIFA 2IXUA 2J4GA 2G8ZA 1GQIA 3WFZA 3AZRA 2CYGA 1CECA 4P8WA 1QNQA 5A8OA 3GH4A 1KBKA 2ESCA 4ZFMA 1NP0A 4TTUA 1K9DA 4AYSA 5IFTA 4U3CA 1C92A 3IAQA 3GXMA 2WZIA 4UQAA 1CXFA 1HP5A 4ACZB 1G9HA 1UH4A 2WVVB 2GJPA 2XYLA 4Z2GA 5DFAA 1JI1A 4CU7A 2YL6A 2YKKA 4P7LA 2WMFA 3OG2A 4U3AA 1E1FA 3ECQA 4QLKA 4AIEA 3ZSTA 4J3WA 5D8ZA 2QMJA 3QGVA 3BCDA 2WZEA 1QVBA 4PMYA 4XUYA 2BS9A 3AS0A 2EJ1A 1EQCA 4W93A 3EMZA 3PZVA 1KXVA 5AY7A 3VMNA 3B9EA 2XGIA 4AEFA 2CHOA 1TA3A 4LXFA 1I75A 2BVYA 2E0PA 2FH8A 3RCNA 3U5UA 1UWTA 5FOOA 3BSHA 2BY3A 2XTKA 4MNMA 2XFYA 3VDCA 2D3LA 3W37A 5KZ6A 3RM9A 3GBDA 3A47A 2J7CA 4UQ9A 2GJRA 5IXEA 2B31A 1E0WA 5HXMA 3U5YA 2CETA 1PX4A 1OGGA 1KQZA 1JGIA 1UG6A 2VR5A 4BQ4A 4GQQA 2W63A 4GPNA 4EAMA 4GO9A 3THDA 1VENA 2DGAA 7A3HA 4CGTA 4M81A 2WMKA 5A6BD 3PBGA 7CGTA 1V0NA 2Y24A 1WDSA 1UHVA 5E09A 6TAAA 3UETA 5D8WA 4OZOA 1JYWA 1AQHA 2FHFA 3M07A 4ATWA 1D7FA 3ARRA 2QF8A 1X6NA 1UD2A 1ZBVA 2FDMA 3PZOA 1XD1A 4KRUA 4E4PA 4OIFA 5DO8A 3SCNA 1QHOA 5CZKA 1E4MM 4UFHA 1LG2A 3GNRA 3EDEA 2VX4A 4CCCA 3ZJ7A 6CGTA 2WWDA 3MU7A 4WJXA 1CGYA 1MYRA 2W92A 3BAYA 4AY1A 3K4DA 4AZCA 1LJYA 1QW8A 4H8HA 5GNYA 1UWSA 1R7OA 1XH2A 2X09A 2XUCA 2VT0A 3T08A 3DYMA 4HOWA 1OGBA 5CGTA 1JZ4A 4D6CA 1LL7A 4HA1A 4GQRA 1DWIM 5A6KA 1QI3A 1EOMA 2MANA 1LWJA 1OCQA 4RL3A 3VGFA 4LYRA 2J8FA 2WSPA 3LMYA 2CIPA 5CG0A 3WD3A 1E6SM 3FNDA 1BPLB 2X05A 1Q6GA 2V3DA 1BLIA 4MB5A 5DT5A 1B31A 4GI6A 4UNIA 1ZBWA 1W1YA 2OYKA 1HJQA 4DWSA 1V6WA 1CXKA 4TVCA 1JG9A 1TUXA 4QDMA 1YHTA 3CUIA 4TTGA 1MQQA 3L2MA 3FHAA 4CD8A 2GJXB 1UR1A 4BF7A 4ZE5A 1HJWA 3MV01 4CCEA 1GOIA 4W5UA 1JFHA 4J7RA 2WBGA 2BY2A 3I3BA 1GOKA 4F9DA 4W8LA 1XC6A 1GJWA 3KL3A 1V03A 1UR8A 1PZ2A 1Q6DA 2OSYA 1QNPA 1HKKA 1MW1A 3SUTA 3VM7A 5A6MA 1WE5A 1JDCA 4A4AA 1X6LA 5D9OA 3NSMA 1H4PA 2CPUA 3VIOA 2RGMA 4NI3A 2DT3A 5CSUA 2QV4A 2WMGA 3PZGA 4KWUA 1PIFA 1WCGA 3WH5A 3WQ8A 5BXSA 3UESA 3OLEA 1W9UA 2GDVA 2WVVA 4W89A 2GVYA 5E70A 4W8AA 2Y8VA 3WELA 4C7GA 1J0ZA 1JFXA 3N1AA 2OWCA 2ZX7A 1R85A 3PZNA 1WZLA 1GCYA 3APGA 1I1XA 3OZOA 1SYTA 4F79A 3G6LA 2VC9A 3WF1A 3PN8A 1J10A 1W9XA 3TTSA 4AEEA 1SFSA 2PWFA 1E9LA 1R7AA 1Q4NX 3MMUA 2D24A 4PCTA 3ARUA 4WK9A 1JXJA 2C8NA 3K8LA 3WNLA 4M56A 4F9JA 1BGGA 1B3WA 2ZUMA 1UD6A 1HN1A 3KE0A 1UR2A 4PUDA 3WH8A 1EO7A 1CXIA 4KH2A 3UERA 5JUVA 2J7BA 3AZTA 2V38A 1HJSA 3GNPA 4C7DA 2X1IA 1V6YA 2J7EA 2WHMA 3W53A 5A69A 2WCAA 1A47A 4PTVA 5CQ1A 4QLJA 4U31A 5JBEA 1OD0A 1UKTA 2W61A 5ABHA 1GPFA 2GUYA 2PF0A 4MB4A 4BS0A 1UYQA 2EEXA 1ISXA 1GJUA 1ZB5A 2WSKA 5HPCA 3SIMA 1CGWA 3WUFA 3QR3A 1TG7A 5AC5A 2XFRA 3WQ6A 3WDPP 2DT0A 4W7UA 3FAXA 4TX8A 1XSIA 1JF6A 7TAAA 3WNNA 4Z2LA 1FP8A 2J7GA 3QHNA 4MPKA 4PSPA 4UCFA 1Q6EA 5M17A 2EO7A 2WKLA 1G0CA 4ZXOA 1G01A 1UR4A 3LPOA 1Q6FA 5CJ5A 1VFFA 2V3FA 3BC9A 4GIAA 1E6ZA 2EPKX 1WDPA 3NSNA 4LPCA 2Y4SA 4C7FA 3ARVA 2YLAA 1LL6A 1XSJA 1FP9A 1JYNA 1CZ1A 4QCEA 5EMYA 2YA1A 1KXTA 1K9FA 2O92A 2V3GA 2D2OA 4JFVA 4JKLA 4D6EA 3DYOA 3AMDA 4OKDA 1E72M 2JIEA 1W9DM 3CZEA 4CKQA 1W3LA 2YJQA 5BCAA 5F7UA 3GH5A 2Y5EA 2W62A 4E8CA 3WD2A 5DMYA 4D1JA 4D6GA 2F8QA 2O9OA 4H8VA 1MWOA 1IZJA 1U33A 1VFMA 1V3MA 3SUUA 4UFIA 3WMBA 2NT0A 3WQ5A 2DSKA 3U57A 4JHZA 4J3VA 4XB3A 1RD6A 3VOCA 3AHXA 1JF5A 4P8UA 1H11A 2YLLA 3ZOAA 3AIEA 1KGWA 3CUHA 3TOPA 2PI6A 1TA3B 5E6ZA 4WKAA 5FCZA 3AYRA 2ZXQA 2XIBA 1HVXA 5BXPA 1KCLA 1MQRA 4CU6A 3WH9A 1C91A 3VGHA 3N17A 2VCAA 4UR9A 2C0HA 2WM0A 3M46A 2GSJA 1WZKA 2CKSA 2YA0A 1H1NA 2XGBA 3TTQA 4BCEA 5ABEA 4XV0A 4HA4A 2EPNA 1ISWA 1UD5A 3L4UA 4IUGA 3ZR5A 5A2BA 4GI9A 4L4OA 1UKSA 2WMIA 2YL8A 4H8UA 5C8BB 2HVMA 4J28A 2VZVA 3CBWA 4HPGA 3VGEA 1CGXA 4UQDA 1PAMA 3K8KA 2DSVA 3MMWA 2VZOA 5FKYA 4ATDA 3BGAA 4EK7A 2OWXA 1KXQA 1JZ6A 1B3XA 1N82A 3PZIA 2BV9A 4AZ5A 5FIPA 1GQJA 4M80A 3GDBA 4CU8A 3MV11 3T0DA 4J3XA 5FD0A 2WPGA 3UG4A 2G3JA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FGL A;  2AAA A;  1E3Z A;  3VGG A;  3VD5 A;  2CBU A;  3SCP A;  2CBJ A;  1UZ4 A;  2A3H A;  4TVU A;  1BGA A;  4B9Y A;  4W86 A;  3CLW A;  3TA9 A;  1J9Y A;  1ZS2 A;  1ZL1 A;  3T0B A;  2A3A A;  3EDF A;  3WF4 A;  4K68 A;  2ZX8 A;  2WW5 A;  4J3T A;  3M6D A;  1W91 A;  3DHP A;  2CBI A;  2WK2 A;  3WEN A;  3WDJ A;  3A3H A;  1UOK A;  1C8Q A;  1DED A;  4X9Y A;  1LG1 A;  5CPQ A;  2ZX9 A;  1GNX A;  3WQ4 A;  3AIS A;  4DUX A;  1FHD A;  3ALF A;  4UFJ A;  3SUS A;  4PTM A;  2ZUS A;  1WZM A;  1M04 A;  5E6Y A;  3DHU A;  3RM4 A;  4BQ5 A;  4WIW A;  3HN3 A;  1UA7 A;  3PZT A;  4V27 A;  4P7R A;  2Q8X A;  1KXH A;  3VD9 A;  3WKZ A;  1B3V A;  1E0V A;  3AHV A;  4HOZ A;  5CLT A;  3AIW A;  5EBA A;  5M5D A;  5A8N A;  1KQY A;  3GBE A;  3EYP A;  4XZW A;  4J27 A;  3N15 A;  4JHO A;  2CEQ A;  3T2Q A;  1CDG A;  2YOC A;  1PX8 A;  1J0K A;  1E6P A;  3SCW A;  1UWR A;  4JIE A;  5E0F A;  1V02 A;  3CH9 A;  1QI5 A;  4DWS C;  1ISY A;  3K8M A;  3F5K A;  3VPL A;  1QI0 A;  1CEO A;  1CGT A;  1MW3 A;  4PUE A;  1UR9 A;  4PMQ A;  4URI A;  4HZ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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