3IAN | Genus

Total Genus 126

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	126
sequence length	319
structure length	319
Chain Sequence	LDKVLVGYWHNWKSTGKDGYKGGSSADFNLSSTQEGYNVINVSFMKTPEGQTLPTFKPYNKTDTEFRAEISKLNAEGKSVLIALGGADAHIELKKSQESDFVNEIIRLVDTYGFDGLDIDLEQAAIEAADNQTVIPSALKKVKDHYRKDGKNFMITMAPEFPYLTSSGKYAPYINNLDSYYDFINPQYYNQGGDGFWDSDLNMWISQSNDEKKEDFLYGLTQRLVTGTDGFIKIPASKFVIGLPSNNDAAATGYVKDPNAVKNALNRLKASGNEIKGLMTWSVNWDAGTNSNGEKYNNTFVNTYAPMLFNNEGHHHHHH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__057568047273246__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__057568047273246__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3ian/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__057568047273246__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"057568047273246","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3ian/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__057568047273246__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of a chitinase from Lactococcus lactis subsp. lactis rcsb
molecule keywords	Chitinase
molecule tags	Hydrolase
source organism	Lactococcus lactis subsp. lactis
total genus	126
structure length	319
sequence length	319
ec nomenclature	ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date	2009-07-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3ianA00

4X9YA 3AMCA 3AYSA 1OD8A 4JHZA 3RDKA 1BF2A 3AZTA 3A4AA 4JAWA 3CUHA 3L4ZA 4JHOA 3WD4A 1KXHA 2CNCA 3A4XA 4TUFA 1F4AA 3VKKA 2NT1A 4CU7A 1KBKA 2WBKA 2DSKA 1H09A 1HJUA 3WEZA 2EXOA 1CXHA 3FY1A 4JKKA 2Y8VA 1S46A 4K68A 3L4WA 5I77A 3SCTA 2C8NA 3AS0A 4E8DA 3LPGA 2DSVA 4JCMA 1C90A 1PAMA 1PIGA 2BHZA 3GNOA 2YIHA 2XPKA 3K8LA 4U3CA 3B9DA 4FLSA 1CNVA 4FF5A 4AIUA 1E55A 2J75A 2Y4SA 4YHGA 3B9EA 2VRKA 5A6MA 2WMIB 5FL1A 1UWTA 2WMJA 3CUJA 3AIRA 1ZS2A 1NM9A 2J7GA 3D3AA 3RO8A 1CGTA 1JD7A 1VF8A 4AZCA 3T0BA 1XH1A 3AHZA 1H49A 3EMZA 1FA2A 1WCGA 3VMNA 1K6AA 3OG2A 1KGWA 2WK2A 2ZUVA 1BFNA 1EHAA 1E5JA 3ZT5A 3QHOA 3T2QA 2D24A 2VCBA 2YBUA 4AY1A 3UERA 4DWSB 1U2YA 2OLHA 2WYSA 1QI4A 1Z32X 3KZSA 4JKMA 4PMZA 4WKAA 1BTCA 4D1IA 2E8YA 4MJ4A 1QW8A 5KEZA 4CD6A 2GJXA 1X1NA 3AIQA 2WHJA 1UD2A 3AIVA 2WMFA 1C91A 1W3KA 4PMDA 1NH6A 5LA1A 1E4NA 2YOCA 3S2CA 4ACZB 1ECEA 2UY4A 3BAWA 4V27A 3T2PA 3BMWA 1GPFA 1MW3A 2PC8A 3EDEA 2V3GA 4ZENA 1W1YA 2GJPA 4PTVA 3KL5A 1UA3A 1B3XA 2JIEA 5ABHA 3WH5A 4IUGA 1JAKA 4PSPA 2XWEA 1EDQA 2D3LA 2J78A 1J01A 4YHEA 2D20A 4AISA 4F8XA 1JZ3A 1C7TA 2WSPA 1WO2A 2ZUSA 4U31A 4PMRA 4ATDA 2YLLA 3N13A 4D6JA 1JZ8A 3F5LA 2VL4A 4IPLA 3VIPA 1D3CA 1XSJA 1XD0A 4BZYA 3TTSA 2Y8KA 1UWQA 3SUUA 2VRJA 3CLWA 4UQDA 4TTGA 3NUKA 3SCNA 3SCVA 1JZ4A 3EMQA 5DMYA 4MAZA 4MDOA 4CUCA 1CYGA 2EO7A 4PMQA 1HKMA 1UWRA 3GNRA 2DT2A 1C8XA 5A69A 1V02E 4XZWA 1UQYA 3ZJ7A 1H2JA 4BQ3A 1NWRA 3VIGA 5M17A 3VD4A 3MU7A 4FLOA 4UQ9A 1EA9C 3QGVA 2EJ1A 2DH3A 3T09A 1CEOA 2JALA 3SUWA 3WNOA 3DECA 1PJ9A 3CZJA 3VO0A 2GK1B 1LQ0A 3WDHA 4MNKA 1UD6A 3D5HA 3AIEA 4W8BA 1RP9A 3WDRA 3AI0A 3IANA 2WZHA 2WC4A 1W3JA 1CZ1A 1JD9A 2WBGA 1EO5A 1BG4A 4OBSA 4QAWA 2E9BA 3CBWA 2O9OA 2VZTA 1ITXA 3CUGA 5I78A 3PN8A 1US2A 1BGAA 3CPUA 3LPFA 3AIWA 1B3YA 3AFBA 5A8QA 4OBRA 1C3FA 2ZXQA 1HVQA 3DYMA 5E6ZA 1BAGA 1QOXA 4UTFA 9CGTA 4W7VA 4HPHA 2DT1A 1XCWA 5E0FA 1GCYA 1JL8A 1TR1A 3N1AA 1EO7A 1MFVA 3AS2A 4QCFA 2ZUWA 4ZEPA 2WKLA 2XSBA 4P8XA 2ZXDA 4CD4A 4KGJA 4MB1A 1JF6A 3MUAA 2FH6A 3ARSA 3DYOA 4J3TA 1HP4A 2ZUTA 2CXGA 4F9DA 2ZX7A 1G5AA 3K1DA 4QDMA 3W0KA 2ZWZA 2G3NA 4LXFA 4GKLA 4EKJA 4PTMA 1V0LA 4AC1X 1VEMA 5FIPA 3OGSA 1UKSA 1MW0A 3AJ7A 5HNNA 3VD7A 4JCLA 4B9YA 3DYPA 2CPUA 3PZIA 5A2BA 2YDRA 2VI0A 1OBAA 4AZGA 5C8BB 2WWCA 2J47A 3U57A 5HPOA 1HXJA 5DT7A 4BQ4A 2VZVA 3OLEA 1E70M 1C8YA 4CCCA 1Q4NX 2OWWA 5A6SA 4U2ZA 2D3NA 3TTOA 3VGHA 2XUCA 3CZKA 3VDAA 3KWXA 1XSKA 4PSRA 3ARVA 4F66A 1FFRA 5ABFB 3T08A 5A94A 3SURA 3MUZ1 3TTYA 1XH0A 4AEFA 1X6LA 1BQCA 1R7AA 4U5IA 4V28A 4P7OA 5HDRA 1LWJA 4HMDA 4P8UA 3ZT6A 3NCOA 5GNZA 2OSXA 3BCFA 3PZTA 4AXNA 2VX6A 5A6AA 3CO4A 4J3XA 3W25A 1OB0A 3IJ7A 1DWFM 2MANA 3BXWA 3G6MA 1WDPA 5A8MA 1WPCA 4LPCA 1NQ6A 4QFUA 4CKQA 3WNPA 2DSZA 2VVSA 3SCPA 1V6VA 4FLRA 4AD0A 3ZQ9A 1W3HA 2DT3A 1OGGA 1EDGA 1AMYA 3TOPA 2XGIA 4AD1A 3KEHA 4HMCA 1VEOA 4OIFA 1XC6A 2WLZA 4GI9A 1HKKA 1JI2A 1V6XA 2GUYA 5AYBA 3WDIA 1QPKA 2D2OA 3WUBA 4B16A 1M04A 1IV8A 4M81A 1V0KA 1B2YA 4HA4A 1NWSA 4MB5A 4TX6A 1SMDA 1WZMA 4HOXA 2VCCA 2FHCA 2J7FA 2XG9A 3WH7A 5A6KA 3UETA 3VIOA 1D2KA 4NSBA 4TOQA 4A3HA 3VUPA 1TA3B 1J0HA 3IJ8A 1UH2A 4M56A 4Z2IA 1UKTA 4Q22A 3WNMA 5KZ6A 3ECQA 1QI2A 2W92A 1H1NA 4LYQA 1GOIA 4HZ6A 2VTFA 4JFSA 1L0PA 3RCNA 4R27A 4TVUA 4ACYA 3GNPA 1O6IA 4MNMA 1FH9A 4WLCA 3OIHA 1OT2A 2YL9A 2OYMA 1ZJAA 2XIIA 5HBFA 1M01A 1OCQA 1CXKA 3VGDA 3NSMA 3W38A 5CPQA 4E8CA 3MS8A 4PCTA 3WQ4A 1JNEA 1UWSA 4M24A 1NOUA 3RM9A 5IHRA 3ZT7A 3OLGA 4WF7A 1K9EA 1R8LA 1LJYA 3PZQA 4IM4A 4URIA 1W9BM 2BY2A 3POHA 4JL1A 1C8QA 5D9NA 4E4PA 1UUQA 4NZCA 4WSJA 4C7GA 2XVLA 3CMJA 1JNDA 1CECA 1QI0A 2J62A 1V6WA 4JFUA 1SR0A 4DUWA 5CJ5A 2W91A 5FOOA 1K9FA 3VDHA 1HP5A 1GUVA 3POCA 1AQ0A 1HKIA 4D6DA 3VD3A 2NT0A 3DHPA 3GXFA 1ISZA 3BAJA 4PUEA 2XVGA 2WCSA 1DWIM 1UR4A 1UWUA 4UQCA 3A4WA 4BQ2A 3K4AA 5JBDA 1HIZA 2FHFA 1KB3A 2WZIA 4UFMA 3ZR6A 3KL0A 2OSYA 2ZUUA 4D6GA 2ZIDA 2ZXBA 4RE4A 4S3KA 1U30A 3L4XA 2J8GA 1JYWA 1KXQA 4EE9A 1R86A 2OSWA 1B3VA 1MXGA 3VGGA 2V5DA 2WHKA 2QLYA 1JZ5A 4BCEA 1TMQA 1BSIA 1W2PA 5CZKA 1JDDA 1GORA 5CLWA 5A8PA 2YJQA 3UG5A 1UH4A 2XJ7A 4CN1A 2E8ZA 4UOQA 1H0GA 2WMIA 2WWDA 5FD0A 2VUYA 2X05A 3VIJA 3WQVA 1GQJA 5GQBA 3L4VA 1E40A 1W9PA 3ALGA 4AIEA 3VMOA 3ZJ8A 3M07A 1LF1A 3B9AA 3LMYA 2PI6A 3GZAA 1W91A 2WNWA 2XYLA 1DWJM 4M82A 3S6TA 1WP6A 5DEZA 3AZRA 2W61A 1J0ZA 3UR7A 4GPNA 4AIOA 2ESCA 3BC9A 3UR8A 4P7RA 2WHLA 2Z1KA 4MTVA 1HF6A 4AD2A 4HOZA 4XV0A 1YHTA 1JIBA 2A3EA 4DWSA 2F8QA 3T2OA 4B3LA 8A3HA 1HL9A 2PWHA 2WHMA 3MMUA 1ZJBA 1CDGA 3A3HA 1V3LA 3WEMA 4WIWA 5BXTA 3W26A 1JFXA 2YA1A 1BG9A 5BRQA 3ARYA 1ITCA 1VFUA 3CUFA 2D22A 4ACZA 5C71A 4CU8A 2D0FA 1LL7A 4MDPA 1PX8A 2Y5EA 1MQQA 3VMPA 2G4FA 2VVNA 3TONA 1Y7VA 4B15A 2GDUA 1RPKA 1WNOA 2YL6A 1WAWA 1UG6A 3BLKA 3WD2A 1CGVA 5D9OA 4GQRA 5I24A 4HU0A 4J3WA 3W29A 5BRPA 3ARRA 2X1IA 3K8MA 5ABEA 4J27A 4JFVA 2X0YA 1EOKA 1L8NA 3ZSSA 1JYXA 2PWFA 3WD3A 3CZGA 3BAYA 2CEQA 3PZOA 4UQBA 5CSUA 1FOBA 3FHAA 3VILA 4HOWA 5JIPA 1PX3A 3EYPA 7A3HA 4H41A 3AMLA 1GZJA 2F61A 5I0DA 1E56A 3HMCA 2CHOA 4D1JA 3T0DA 4W85A 6A3HA 1XCXA 2ZWYA 4AZIA 1B9ZA 5ABGA 2XM1A 3AICA 1HJXA 4M29A 3PZ9A 1V6UA 3VIMA 4MNJA 1FP8A 4MPKA 3IAQA 3WMSA 1VBUA 1Q6GA 1TCMA 2XGBA 4CVWA 4FLQA 4C7FA 1J0YA 4UFHA 1V3KA 2ZUMA 1SFSA 3VD5A 3PZGA 3WQWA 4P8WA 2YL8A 3EMCA 4H8UA 1CGUA 2X8RA 4GI6A 3AXXA 1H0IA 1JFHA 2GK1A 3AHXA 3VM5A 4D6CA 3W53A 3MMDA 1MFUA 4J7RA 5D4YA 1WB0A 5LA0A 2VURA 3IK2A 3W4RA 4ZE5A 1AVAA 1E6SM 1US3A 4HMEA 3UG4A 3CH9A 1O7AA 1KXVA 3M6DA 4IISA 1FHLA 1W9DM 1H11A 4TX8A 1BYCA 3SCUA 1NOFA 3M46A 3AMDA 4GIAA 4W8LA 1G01A 1CIUA 5JBEA 1QHZA 2G41A 4PMYA 1XGZA 3GXDA 1B30A 2WVTA 1GJWA 2YA2A 4EK7A 3ZM8A 4PBGA 1CXLA 4W7WA 3F4VA 2IUZA 5AC5A 4OOZA 3O9NA 1CGXA 3NDZA 4PMOA 4CGTA 1RD6A 2DGAA 2QMJA 4GQQA 3OGRA 1G94A 2G3MA 1CPUA 2O9PA 3CHDA 5CGMA 3OZOA 2IXUA 4B9ZA 3A6OA 1CGWA 4RE3A 1JDAA 1TG7A 4AD3A 2YLAA 3TP4A 1ISWA 3AHTA 1SMAA 1OWQA 3BCDA 1HT6A 4W86A 2WZEA 2VRQA 4GZIA 5CQ1A 2VQTA 4DWSC 2BVDA 1G0CA 1M03A 1UR8A 4D6IA 2UY3A 4A3YA 2RGLA 1LG2A 2YBTA 3KE0A 1XHGA 5A8NA 1E6ZA 1E3XA 5FCZA 5I23A 3NJ3A 4DUXA 1OM0A 2QHAA 2EBNA 2WAGA 3ARXA 2D0HA 3RJYA 4GXPA 3OGVA 1R87A 4R5EA 1U33A 1VFFA 7TAAA 4CCEA 5ABFA 5TD4A 4M8UA 1QW9A 1VJZA 4J3SA 5AYIA 2VJXA 2ZOXA 3WDPP 1HX0A 2VNCA 2ZXAA 2WANA 4KRTA 3QHMA 2W67A 3VDBA 1GQIA 4PMUA 3QOKA 1E0WA 3ALFA 5IXEA 1GW1A 4RL3A 2BNJA 2WMGA 3FXYA 2F2HA 4MADA 4UR9A 3ZO9A 3MSDA 3FW6A 3AROA 2JFEX 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3MSG A;  5BXR A;  3ARW A;  1E43 A;  2ZUN A;  1XRV A;  1W1T A;  3J7H A;  5CXP A;  1MXD A;  1V3J A;  2AAA A;  5FKY A;  2CES A;  3WL1 A;  1E6R A;  1GOW A;  2YKK A;  1NWU A;  1CLV A;  1ISV A;  1KXT A;  7CGT A;  1AQM A;  4KMQ A;  1DWA M;  1V08 A;  2XFY A;  3ART A;  3WDQ A;  4LGX A;  5JIW A;  4ATW A;  1V0N A;  2OYK A;  3LPO A;  1J0I A;  3WNK A;  1PZ3 A;  2XIB A;  3GBE A;  2PBG A;  3K4D A;  1BYB A;  3WF0 A;  4Y7E A;  4UFL A;  1OGS A;  2CHN A;  1WE5 A;  2VOT A;  3SEP A;  1IZJ A;  5E6Y A;  2W4X A;  1V0M A;  1UR2 A;  1UD3 A;  3L2M A;  1KGX A;  2XWD A;  3AQU A;  1NP0 A;  2FGZ A;  4E2O A;  2E3Z A;  2TAA A;  3EDJ A;  2A3B A;  2CKR A;  1EIB A;  2ZX9 A;  1P6W A;  2J7H A;  3WD0 A;  2V3F A;  3ZMR A;  1B3W A;  4CCD A;  2J4G A;  3WEO A;  4F9J A;  2VR4 A;  4HP5 A;  5E70 A;  3AIU A;  4CD7 A;  1TE1 A;  3AMG A;  3VIF A;  1E1E A;  1V6Y A;  2Y24 A;  3FND A;  2EPN A;  2VT0 A;  4H2C A;  3VGF A;  4TVC A;  4PMV A;  1GHS A;  2XVK A;  2FGL A;  4S3J A;  2CIP A;  4XUY A;  5BXP A;  1H4P A;  4HA1 A;  4F79 A;  1E4M M;  2VR5 A;  1EQP A;  4AZB A;  4HU8 A;  1E4I A;  1GJU A;  3WDJ A;  3N9K A;  1W32 A;  2J7C A;  2XVP A;  3PTK A;  3U5U A;  3QR3 A;  1OSE A;  3F5K A;  5BRO A;  2NSX A;  2QPU A;  4CVU A;  1J9Y A;  1E6P A;  1HVX A;  1JDC A;  2BVY A;  4N42 A;  3U5Y A;  2ZX6 A;  4QP0 A;  5EMY A;  4CN6 A;  4NF7 A;  3HJE A;  5BXS A;  3SCR A;  3WQ6 A;  2XHY A;  2YL5 A;  1VFM A;  5DFA A;  4YN5 A;  2W62 A;  4KWU A;  2CBJ A;  3EDF A;  3NSN A;  3CZ8 A;  4ZXO A;  5IFP A;  2BY1 A;  1ODU A;  2CBU A;  1UKP A;  4X0N A;  2HIS A;  5A1A A;  3LPP A;  3EBV A;  3GM8 A;  3CMG A;  3W81 A;  2W66 A;  2J74 A;  1M7X A;  4EAM A;  5IHS A;  3PZM A;  1FHD A;  4LYP A;  3WNL A;  3IJ9 A;  3U7V A;  3GXM A;  3W6L A;  3ARZ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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3IANA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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