3JS3A

Crystal structure of type i 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from clostridium difficile with covalent reaction intermediate
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
253
structure length
253
Chain Sequence
MKRKVQVKNITIGEGRPKICVPIIGKNKKDIIKEAKELKDACLDIIEWRVDFFENVENIKEVKEVLYELRSYIHDIPLLFTFRSVVEGGEKLISRDYYTTLNKEISNTGLVDLIDVELFMGDEVIDEVVNFAHKKEVKVIISNHDFNKTPKKEEIVSRLCRMQELGADLPKIAVMPQNEKDVLVLLEATNEMFKIYADRPIITMSMSGMGVISRLCGEIFGSALTFGAAKSVSAPGQISFKELNSVLNLLHKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
publication title Insights into the mechanism of type I dehydroquinate dehydratases from structures of reaction intermediates.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium difficile
total genus 92
structure length 253
sequence length 253
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2009-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3js3A00
1CX9A 3G8EA 1U5JA 1BWLA 1W37A 2P10A 4UIOA 2TYSA 4YL2A 4E38A 3LOTA 2VEKA 4HNUA 2TPSA 4DO4A 4JICA 3GVGA 4PEKA 1LYXA 2EAWA 2NZLA 2ATMA 4HT3A 2CLFA 2Z0IA 4GWEA 1K8YA 3L66A 3W07A 3LBCA 2BWGA 5CPNA 2BX7A 3QJAA 4HSOA 4O13A 3PY2A 2HS8A 3L65A 2CW6A 3M5VA 5DY2A 3OA3A 3ZFHA 3N2XA 3M5XA 3LCHA 4Z0SA 3NYZA 2V2CA 2ISVA 4O15A 3EX6A 3TAKA 4HNVA 3EX2A 2VKZG 3O6YX 1QAPA 4UTKA 1KM2A 3Q2DA 4OHQA 1RQEA 4H3DA 3TE9A 1GTEA 2ZRUA 3OG3A 3P67A 4FEZA 1GVRA 4LUJA 2ZTKA 3KVKA 1O95A 3FKRA 4WZHA 3PAJA 2DZPA 1Y0EA 3DFOA 5AHLA 4RV8A 2ZDRA 4YCPA 1P4CA 4MUZA 2HTMA 3C61A 2E77A 1L6SA 1T0OA 3C0JA 1Q6LA 3CC1A 3LLDA 4BI6A 4M7TA 1QPNA 5EA9A 1O5XA 2ZYFA 2ABBA 4LS2A 3HG4A 4DEFA 4UTWA 4A29A 3W2LA 3R12A 5FI8A 1KM4A 2YFOA 5CGQA 1F5ZA 4XBSA 4BWLC 5AYZA 3JS3A 1HTIA 3FJ6A 2DP3A 3KRZA 2R14A 3W2JA 5TBOA 3DI0A 3W88A 2RH9A 3NPUA 2QR6A 3BARA 3TKFA 1SO5A 5K4XA 2ZFAA 1QWGA 2I14A 1LM1A 1VGAA 5DCEA 1G4SA 4CCEA 3DHFA 5BRBA 5E1QA 1TV5A 4N9DA 3TAOA 3L0KA 4Q32A 1KW1A 4JYDA 4EOUA 1ME7A 3IVSA 2H6RA 4O4VA 1F05A 3IVUA 4UFMA 3W1NA 3G1HA 4MKNA 2CLMA 3M41A 1TSIA 3MWAA 3NPWA 1WBHA 1B4EA 3NQ8A 3EWZA 3NM3A 4XQ6A 1WAUA 4IJBA 3SFKA 1ZFJA 4R34A 4JDYA 3HQ1A 1S3HA 3MYPA 4ZQMA 1SFLA 1LLWA 5D02A 3MHUA 1MEWA 2G5WA 2CLIA 3O16A 3BGGA 4FX7A 5C5YA 4JYFA 3THQA 3P82A 3O1NA 4NUWA 1KM6A 3W7LA 4FNSA 4JS3A 3M43A 1W5PA 2I9EA 3LERA 3T55A 4XKYB 5BMXA 3SW6A 4LT9A 3S5NA 4IOTA 3NQMA 3LHWA 1Z48A 3GK0A 4JX5A 4H6KA 2YXGA 3P7YA 1W5MA 4TIMA 4U28A 5D37A 1DJNA 4IMGA 4EF8A 1GTHA 3W2UA 3PG8A 4NZJA 4O18A 1OX4A 4A3UA 5D2VA 2A2IA 3NL5A 1JCYA 1KFBA 5CZTA 1DHPA 1XM3A 1Z44A 3EWBX 4NNBA 2Z6JA 4I7WA 3CEUA 3P61A 5I3HA 1XBZA 4PA8A 3N2MA 3QPYA 4QQ3A 2FIQA 4LV9A 3TV8A 1JCXA 5E93A 5HWJA 4AEOA 4O14A 4QM1A 2A4AA 2R8WA 2FLIA 3KX6A 3M6YA 2YFNA 3P5ZA 1YDNA 3DFQA 4GXMA 3SGZA 3W75A 4GBUA 3BV4A 1OX4B 1XC4A 3EWXA 4WXYA 1ML1A 1TPUA 1YLVA 2QAPA 2E6YA 3IRDA 4Z1DA 3QPZA 2ZCGA 5EPDA 2A7PA 3CHVA 3INPA 1H7RA 1M6JA 2X1TA 3K30A 3W7NA 2NUYA 5D2WA 4EVZA 4UTWC 1K8ZA 1FUYA 1DL3A 3C56A 1F73A 3I7SA 4G1KA 5I3IA 4S2CA 3L5MA 3W74A 3QM3A 5AC7A 3UPBA 2VFEA 3NQVA 2TRSA 2X1UA 3E9AA 3QC3A 1S5VA 1D3HA 3ANYA 5D38A 3GAYA 1ME8A 1RD5A 3WJXA 5EL1A 4Z0JA 3TR2A 3U2OA 2J6XA 4Z1BA 1NSJA 1XDMA 2DZWA 1VLWA 3PBVA 1K3UA 3P80A 1G4EA 2ZZ6A 3W73A 2NXIA 5ABTA 2CLHA 4QAIA 1HL2A 4UTMA 2W79A 3UD6A 3NM1A 4ADSA 2H3BA 1VLIA 3E02A 2G95A 4FNQA 1ZAJA 1TQJA 4MY8A 3H53A 4ORMA 3L0NA 5G1YA 3TJXA 3S9YA 1NAL1 5F4WA 1K8XA 4AVFA 3PB2A 5AC8A 3C3NA 4AMAA 3NO5A 2A7NA 5D2TA 3G8RA 1GZGA 5D33A 2JK2A 2GUUA 1DOSA 3L2IA 1EA0A 3ZWSA 4O1DA 2ZRWA 1I2PA 2QDGA 4R33A 3B0VC 5CPOA 1JVNA 2I1OA 4KFOA 4PL1A 4AHQA 1XI3A 3ABSA 5FEPA 1FWNA 1ICSA 3DZ1A 1PE1A 1W8SA 5AHMA 3EXRA 4LC8A 3GZ3A 2G96A 2FJKA 4WOZA 4O1BA 3VNDA 3HGJA 4BR1A 1PL9A 3HJZA 3LI1A 3GIYA 2QDHA 3EWWA 1FCQA 4N2YA 1H7WA 2QCFA 3M0ZA 3MMTA 3N9RA 3W1MA 5HR7A 2BLEA 3HB9A 3MHFA 3RNDA 4FNUA 4DBEA 1D3GA 1GYNA 5H2ZA 3B03A 1T96A 1JCMP 3EX1A 3SECA 4K37A 1LROA 3S5ZA 3Q37A 3SIZA 5L9FA 3CIWA 3TU9A 1RV8A 2QAFA 3QQ1A 3QRHA 3W87A 2C14A 4FHAA 5LZLA 4LC6A 1EWDA 2ZZ4A 2HS6A 1PHWA 4O28A 1ZAIA 3UXAA 3PULA 3PBUA 1OK6A 2C0AA 3B0PA 4O52A 1P5BA 3TJLA 4Y6GA 4M6QA 5KTLA 3TC7A 4JTUA 4LVFA 3NGJA 3FS2A 4AH7A 3BW2A 5I3GA 4LS1A 4WX2A 3L9CA 5LNWA 4O1AA 3EX3A 4UTTA 1GOXA 5D05A 1I2QA 1C29A 2A5HA 2VFFA 1TTPA 2ZA2A 5KITA 3N14A 1B9BA 1R2RA 2QJHA 3UWWA 5KSWA 3DU0A 4Y9AA 3PF3A 1QNVA 4HNNA 5F1UA 2CZEA 4EWND 3I7QA 4CNPA 2DORA 4JIQA 3TFXA 1VS1A 3NQDA 4ADTA 3QH2A 4N6EA 2Z2UA 2Y7DA 4UTIA 4WOQA 3EXSA 3QF0A 4JR5A 3S5OA 5HJLA 3H54A 1ME9A 2JGQA 1GG0A 5C2XA 3QSTA 4HSNA 2RHGA 1JULA 1LRNA 5CPLA 3HBLA 3G18A 3W1RA 1GQNA 3PB0A 3QW3A 1A5BA 2GVJA 4O53A 4NJHA 1H62A 3DKLA 1VZWA 1AK5A 1W54A 1L2UA 1LDCA 5DCBA 3LTSA 4Y96A 5I3KA 4O54A 3B05A 4UMCA 4A21A 3MO7A 3VCRA 4LVGA 3OVPA 1UUOA 4JD4A 3W1PA 3W7MA 2WNZA 2HSAA 3HGOA 3PBYA 1K7EA 4K7VA 3M16A 4NX5A 3KXQA 3R89A 1XXXA 1BKSA 5G4EA 4A2RA 3VE7A 4J9JA 4Z1CA 5MHBA 4E0CA 1TPFA 1W3TA 3LXBA 1N55A 2YCEA 1QO5A 5DLCA 2E5DA 1XDLA 2E6DA 4CCDA 3NQFA 4PL2A 3UWVA 4JTIA 3TNOA 2GQ9A 5G2HA 1XKYA 3Q58A 3TSBA 1EX5A 3EXTA 1Q3NA 3B06A 1BWKA 3C8FA 2OCZA 3W7DA 1F74A 3UZ5A 4JX6A 3SSJA 3B8DA 3LCWA 4JTJA 1AW1A 1YTKA 3ABQA 3NPXA 2GVGA 4IPIA 2DJLA 3M47A 1JUEA 4MFEA 2WQPA 4UR8A 4NT0A 1MZHA 5D09A 1GYLA 1GVSA 4K6AA 1Q6OA 5BW6A 1RQBA 4O12A 4O4WA 8TIMA 1SW7A 2V81A 4QNWA 3LHYA 3E0IA 2E6AA 4JGDA 3DHDA 3O8AA 3W76A 1IXNA 1TYGA 2OMAA 4UUIA 1TTQA 3L67A 3NNTA 1TRDA 4JTEA 1KM1A 2J9XA 4FIRA 2V30A 3HIJA 4K36A 4LWWA 4RZ5A 2GPTA 3TROA 1ZNNA 5DCDA 4CQ8A 4K8HA 5FF7A 3WK1A 3W1AA 2RFGA 1QO2A 2YW3A 4AWSA 4AHOA 5I3JA 1ZENA 2W0UA 4UTTC 4HPJA 3DAQA 3ZR4A 3W7GA 3G24A 5C55A 2NV1A 1XUZA 5CZJA 2CFFA 4N4PA 1OVDA 3FFSA 1PVNA 3OHIA 4K8EA 1HO4A 1QPOA 1OYBA 2PE4A 2XN2A 5U4NA 4IX2A 4PH6A 3W1XA 1LOQA 1K7XA 1RVGA 3SGUA 1A5CA 1X7FA 3GKAA 4WQ6A 2JGYA 4LU0A 1DKWA 2CLOA 3BLIA 3OEXA 2WO5A 3ZWTA 2ZZ5A 1WOBA 1YXDA 4JNMA 1OFAA 4GNJA 3DFSA 1UBSA 2RDWA 4FX6M 2FB3A 3M1ZA 3NQ6A 4A2SA 1SZGA 3HO8A 3W84A 2YX0A 1M5WA 4JTFA 2PCQA 3LCIA 1RPXA 2IQTA 2B0MA 3W23A 2O7SA 3MHGA 1LZOA 2WSQA 5F2GA 1E51A 1EP1A 1FDZA 4FX8A 1EP3A 5CPMA 2WSRA 4FNTA 4NJKA 2H3DA 1TPEA 3QQ0A 2P1FA 2EPHA 5K7JA 3FA5A 4X3ZA 6ALDA 1SQ7A 1PCKA 2VFDA 3E12A 5BOOA 3FKKA 1V7YA 3I68A 5AYXA 4L4MA 3LV5A 5G1TA 2QF7A 3L5LA 3T44A 2CZDA 4FF7A 3EWYA 1VCVA 3L68A 4MY9A 3UZJA 1KBIA 2CWNA 3LLFA 4HHPA 4XKYA 3W86A 5K3VA 2WV8A 1G4PA 3O05A 5AB3A 1PV8A 1XUUA 3L5AA 2XN0A 2ZQ0A 3DKJA 3AO0A 2VFGA 3F4WA 2FPTA 2DZVA 4NNCA 4Z1AA 4MZ1A 4N9BA 5I3FA 3IV3A 1I4NA 3RLVA 4K38A 4DPQA 1MSSA 4DBDA 1LCOA 1I2RA 2ABAA 3W83A 1C9DA 2JKEA 3THAA 5KZEA 3NEVA 1TTIA 2JKPA 2Y6ZA 3UPWA 2YYTA 3F03K 1ICPA 3N73A 1OX6A 4UCGA 3GDKA 3WJZA 3VKJA 1YPIA 3P62A 4IWWA 5J5DA 4GFSA 3HPXA 3CEPA 2GQAA 4FNPA 4RR4A 3TQKA 1IXOA 4C1LA 5C54A 3A9IA 3CWNA 3OIXA 1X8FA 1F6KA 3HGSA 1IGSA 1VR6A 1G6CA 4X22A 2DJXA 5K4ZA 2RDTA 3A5VA 3L21A 3MI6A 3P8IA 2YZRA 5K9XA 3ELFA 3S1WA 3LHUA 5DN1A 4ICNA 5A5WA 1DBTA 1JCNA 4MZ8A 3RF9A 3UYCA 5AOUA 2TMDA 4RX0A 4POCA 4DQWA 1KTBA 3A5FA 3NZRA 1FX6A 4E2BA 2V0TA 4M7SA 3G0XA 5F4SA 3BG5A 2QUTA 2J88A 2VEIA 3QMTA 4XBKA 2QUUA 3UQNA 4LRSA 4IUOA 3IIOA 3W9ZA 5DBTA 3BG3A 3W2MA 1DVJA 2C3ZA 3TX9A 2NLIA 4H4IA 1A5AA 5KINA 3C6CA 1EPXA 1OFRA 3BLFA 3HGRA 5AHNA 2VFHA 4NXKA 4OGZA 4UMAA 4WY0B 1YDOA 3O06A 2YR1A 1OK4A 4QNEA 4DO6A 1G7UA 4NJJA 1MEHA 1VYSX 1KBJA 3MW7A 5CG7A 1FCUA 2B7PA 1LRQA 3IVTA 2AQWA 1SSGA 1ZY9A 5LGXA 2H8XA 4TMBA 3A22A 4K39A 2NWRA 4X2RA 3MI3A 4MJZA 4GUFA 3LCXA 3BO9A 1N8FA 5LNSA 3O6DA 4O0ZA 2Y63A 4MY1A 2ZBTA 1JRCA 4X9SA 3GDMA 3G3DA 5FF0A 1EB3A 3G1FA 2NX1A 1IIHA 4NZFA 2NX3A 1EEPA 1GG1A 3W2KA 2J24A 3LB0A 3G1XA 1TREA 5CSRA 4RJEA 4I7UA 3CTLA 3G3MA 1ZALA 1YDVA 4TX9A 3W85A 4FO4A 3MYOA 2VEMA 1LBFA 3W2NA 4LRTA 4NJGA 2WKJA 4KWWA 2E5BA 3C2OA 4JY8A 4IXHA 4LY8A 2CLKA 2NWSA 3PS7A 2ZA1A 5FEWA 1F7BA 2Y7GA 1AG1O 5HUPA 3W7EA 2GJLA 3TDFA 1FWWA 1I2NA 1PCWA 3GXNA 4ML9A 5AHEA 3GR7A 2A7RA 3PSVA 1IF2A 1LTDA 1JUKA 3LHTA 2JKAA 4QJ1A 3LX9A 1VHNA 3I7RA 3S1XA 3TW6A 2H8ZA 2OJPA 3S42A 3DXIA 1THFD 5SWUA 2CZFA 3C2VA 3IEBA 3OBKA 1L6WA 2EF9A 3DFPA 3IGSA 1KM0A 1OFEA 1QCWA 1TMHA 3TMQA 1XBXA 4GUGA 5L6UA 3S6DA 1HFBA 2VFIA 3O6CA 2PRHA 1GVFA 3GXPA 1KLZA 2VEPA 1RQHA 4OE7A 5FF2A 1OF8A 1GPWA 2FDSA 3HMJG 4FB7A 1LOLA 1LBLA 3G1SA 1SW0A 1K7FA 2X1SA 3P84A 3NPVA 4HNTA 1XFBA 3I65A 1GWJA 1H63A 3WJYA 4LVDA 4MYXA 3GLCA 1JR1A 4FXSA 3B4UA 3DENA 3LRMA 3BG9A 3UWZA 1W1ZA 3W7CA 2Z6IA 3LGEA 3MP5A 2OZ0A 2GQ8A 3E49A 1UCWA 4N6FA 3W1UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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