3KXQA

Crystal structure of triosephosphate isomerase from bartonella henselae at 1.6a resolution
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
249
structure length
237
Chain Sequence
IRPFIAGNWKMNGTGESLGELRAIAAGISRLFEALICVPATLLSRAFDILGGENILLGGQNCHFDDYGPYTGDISAFMLKEAGASHVIIGHSERRTVYQESDAIVRAKVQAAWRAGLVALICVGETLEERKSNKVLDVLTRQLEGSLPDGATAENIIIAYEPVWTSADVAEVHAFIHHKMHSRFGDEGAKIRLLYGGSVKPSNAFELLSTAHVNGALIGGASLKAIDFLTICDVYRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Crystal structure of triosephosphate isomerase from bartonella henselae at 1.6A resolution
rcsb
source organism Bartonella henselae
total genus 86
structure length 237
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2009-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3kxqA00
3LRLA 2YW3A 3G1AA 1WV2A 5AYZA 1TTJA 4KFOA 1C29A 3EKLA 3MHGA 1W37A 4UNKA 5D37A 1WYIA 4OBTA 1JCLA 1DOSA 2DZXA 1ME9A 4XQ6A 1GVOA 4LV4A 3QH2A 4NZJA 3TU9A 2P1FA 4LWWA 2EKCA 3I6RA 1OJXA 3MO7A 2QJHA 3NVTA 1BWKA 3PBWA 3MI6A 1WBJA 3KRUA 4K38A 3P62A 2BXVA 1JCJA 4K37A 3MBDA 1T0OA 4NJJA 3G1SA 2G97A 3G0SA 4HT3A 4O19A 1TPEA 3L0KA 2NWRA 3LCFA 1H51A 1HTIA 1I2OA 3GLCA 4L4MA 1KFKA 1RVGA 4RV8A 1H1ZA 3HG5A 1Z42A 2FQIA 3TQKA 4NJHA 2IQTA 3EX3A 2V82A 4K8HA 1UUMA 3QFEA 1ALDA 3L68A 1LZOA 5J5RA 5D2XA 1YPFA 3E9AA 1V7YA 1K7EA 2FPYA 3TQ0A 4PFMA 4AEOA 3N3MA 4LS0A 2A7RA 2PURA 5EBUA 2GVJA 1TCDA 2RDWA 1FQ0A 1ML1A 4DBEA 2AAMA 5BRBA 1B3OA 4O1AA 3I7RA 4IGHA 5G1TA 4JICA 1U83A 4M6VA 5D32A 1K7XA 1VLWA 2ISSA 3DFPA 5G1YA 4JTLA 2A1YA 4FO4A 3C2RA 1UCWA 4X3ZA 4RXFA 1GZGA 4YWIA 1VHNA 3KVLA 1FDJA 2Y7FA 2A21A 3W7PA 2E5CA 3T4CA 1H7RA 2HTMA 3L5LA 3MI2A 3IIPA 1H61A 3UYCA 3SZ8A 3GKAA 1OFDA 1WOBA 1DBTA 4RK8A 1DORA 4MJZA 3B0PA 3P82A 4JTGA 5FEPA 2NV2A 4GBUA 2NUXA 3TFXA 2V5LA 2Y89A 1IXQA 4CQAA 2FPTA 3O6YX 5FF2A 5TIMA 3UY7A 4CLMA 3LHUA 1KFJA 4KFNA 5C54A 4MFDA 1DVJA 1TTIA 1GVRA 1LRTA 4AF0A 3W7CA 2E6AA 2TYSA 4WY0F 2W0UA 4DPPA 1GG1A 1QMLA 1JVNA 3O1NA 4XTDA 3Q58A 3TV8A 4OGZA 2QJIA 4N9DA 4QNEA 1K02A 3HF3A 4Q4KA 4EF9A 4BK9A 2OZ0A 1J2WA 4IOTA 2DZTA 1YXYA 1TRDA 4GUGA 3R13A 3MYPA 3UPBA 2X1RA 4WOZA 3S1VA 4MIMA 3UD6A 1LRNA 3DFTA 3E49A 3UQNA 3M9YA 1OHLA 3P5YA 1OFEA 2R14A 3P61A 2V9DA 1GTEA 1SR9A 3N34A 1XBXA 3P8IA 1Y0EA 1SFJA 2TSYA 4R33A 1J4EA 4K8EA 2Z6JA 4MYAA 2ALDA 4FNPA 2E68A 3KVMA 5KTLA 3SSJA 2B4GA 3UWUA 2WKJA 3B0VC 3SFKA 3IGSA 1OFBA 2AQWA 4JTJA 2I14A 4JR5A 3OHIA 4U28A 3WJSA 4TR9A 5HUPA 3SIZA 4YCOA 1N7KA 3LCXA 1KM3A 1WAUA 3BK0A 3Q94A 3G3MA 5F1UA 4P2VA 5DLCA 3KRSA 5D04C 1W1ZA 5LHEA 2C15A 2R91A 3S9YA 5K2ZA 4CCCA 2WSYA 1TV8A 4KKXA 3G0XA 4UXDA 1F7BA 3C61A 3EWZA 3QYQA 1LOSA 1TPUA 1PV8A 4AH7A 5K4XA 2EPHA 1FY6A 4ORIA 1XDLA 4A21A 3TE9A 1ZCOA 4NNBA 4O0KA 2ZRXA 3GDTA 3EB2A 4H4IA 4OQVA 3PG8A 1F76A 4TMBA 2WV8A 1ADOA 5I3KA 3O8AA 5FI8A 4JX4A 4LRSA 2V81A 4JXCA 4MVAA 3W7GA 2DZUA 4NU7A 4IQLA 3W1AA 3DBPA 4AMAA 1M5WA 1LM1A 3M7WA 3N9RA 2GVLA 3LCGA 4NUWA 1I2NA 1ZFJA 5KSWA 4ZQNA 1KM1A 1ZHAA 1FWWA 1VCGA 1Z48A 1EP1A 1NAL1 2F7FA 2BLEA 4XTIA 1KM6A 2QAPA 1OFPA 3MW7A 3CU2A 4TU1A 1MEIA 3RMJA 3GR7A 3R5EA 3A5FA 4WUIA 1FCBA 1AL7A 4BI7A 3HGOA 1EA0A 3GXPA 1H7NA 2DZPA 1TIMA 1PS9A 1D9EA 5FEWA 3TXVA 1TV7A 3INPA 3QSRA 3W1PA 3LTYA 3P5ZA 3BLEA 3ABRA 4MLRA 3BG3A 3S1UA 4KWWA 5CZJA 1LBLA 3CIXA 1OX4A 1P0NA 5DXXA 1K3UA 2AGKA 3WJXA 3BV4A 2OT1A 3NA8A 1HO4A 1G6CA 3EWYA 3TXZA 4MYXA 3MJYA 3RU6A 4BR1A 1SW7A 2WNQA 4JYEA 4MY8A 5G2HA 3ZWSA 3NQ7A 1S5TA 5I3FA 1L6YA 2RDUA 2NUYA 1JUBA 1N55A 3PM6A 4IPJA 3NQGA 3F1QA 5SWUA 2YZRA 4JY9A 3FEMA 4G1KA 1VYPX 2V8ZA 1YXCA 4IUOA 2E5DA 2QUTA 1A5BA 1MXSA 5I3HA 3CM4A 3L2IA 5FF7A 1TPB1 1G69A 3DI1A 1AW5A 3FJLA 3L0NA 4QIUA 4LOCA 4BI5A 2J6XA 1EUNA 4AXKA 1GQNA 5HNRA 4Z1DA 3SW6A 3HGJA 1IXPA 1TPVA 4WY0B 3NL3A 3W23A 3EXSA 4FF7A 1EB3A 1WXJA 2JKEA 2NXHA 4E38A 3I68A 2H6RA 5D30A 2TMDA 4XWUA 4WQ6A 1F73A 2GOUA 5AHFA 3W6YA 3G0UA 3QMTA 3KVJA 1I4NA 3NQEA 5K3VA 2QDGA 3NPVA 1WDWA 5G5IA 2P10A 3NQVA 3QF0A 4JD4A 1Q6RA 1TMHA 3GB6A 1I2PA 4Q32A 1ICQA 4N9CA 4PA8A 4BI6A 3MP3A 3S1WA 1NF0A 4MY1A 3FS2A 3B03A 3NL5A 3LBCA 3A5VA 1LDCA 4N4PA 1SO6A 2EAWA 1L9WA 4NQ1A 3GNNA 1K8XA 3S5YA 1JUEA 5HULA 1BEUA 1UBSA 1SSGA 4MY9A 4O14A 4Z08A 4I9AA 3NAVA 3THQA 1GT8A 2JK2A 5D03A 3STGA 2ZZ2A 3W2JA 1XC4A 2CLKA 3CIWA 1C9DA 1XM3A 3B4UA 3S0CA 1GYLA 2NUWA 1KFEA 1NF7A 2H8ZA 2QF7A 3QPZA 1U5JA 2JBMA 2ABBA 1TRIA 4UTUA 3C2FA 2PCQA 2G96A 4TX9A 1UASA 3HPZA 3N73A 3TW7A 3W7OA 3S1XA 1P0KA 4ZQOA 3HMJG 4FIQA 5LGXA 2ZRYA 3W22A 4RJEA 5CPLA 2C3ZA 3LGEA 5U4NA 3G18A 2VEIA 1LORA 1NEYA 3O63A 5LNUA 1L6WA 2GQAA 4JY8A 3JRKA 4LRTA 5E0KA 3TW6A 1PVNA 1A5AA 2HSAA 3GYEA 1JCMP 2J9XA 3W76A 4IX2A 1KFLA 2VEMA 1W5MA 3IVUA 5K7JA 4FNTA 2VFFA 3NYZA 4JTUA 4HN4A 4UCGA 4GUJA 2VC6A 2X1SA 4Y6GA 2V2HA 4FHAA 4QQ3A 3L5MA 3NM1A 4EVZA 5DCEA 4UTKA 2CZFA 1OFRA 4OT7A 5IBXA 3TJLA 3IIVA 1PCWA 3W7EA 1XUZA 5G4WA 4IMGA 1R2TA 2B7QA 1Q3NA 3PR2A 5EY5A 5FF4A 1ICPA 4JEQA 5AHIA 1I45A 3R12A 4ZL1A 5F2LA 2RFGA 3HGSA 4K36A 1A5SA 4EOUA 1QPQA 1G4EA 4UTIA 1IF2A 3LRKA 2EF9A 3S5OA 2Q3RA 4FX8A 4GUIA 1XCFA 3LHYA 3OBKA 2VEKA 1RPXA 2G95A 1TYGA 4HNUA 5FF3A 2QR6A 5AHNA 4W9TA 2E5BA 1FWTA 4N6FA 5DBTA 3ZWTA 1H7PA 3KVKA 4NXSA 5G2IA 1OYAA 2Y62A 3WFAA 8TIMA 4HNTA 2C6QA 3PB2A 3P74A 5EL1A 3W71A 2YYTA 1R47A 2JKAA 3TAKA 1S5VA 3LLDA 4PL1A 4FXRA 5H2ZA 2Y70A 4UTWC 3W75A 3VE7A 1G4PA 4R7JA 3W1MA 3W7JA 1P5BA 1JULA 3LI0A 1K7FA 2G5WA 4PEKA 3M6YA 4E2BA 4ZQMA 4UFMA 1TPH1 2FB2A 4ORMA 2GQ8A 4E0CA 3T7VA 1PHWA 1R2RA 3SGUA 2A0NA 4KWVA 4ZVJA 4O1CA 3MHFA 3RF9A 2BWGA 3E02A 1FCVA 2Z0IA 4UTWA 3LLFA 4JTTA 4PC8A 2XFWA 4O0ZA 3EWWA 3W1UA 1HG3A 4HHPA 5F2MA 4GUFA 3P80A 2GQ9A 2YSWA 1LROA 2Y6ZA 1Z44A 2X30A 3N2MA 3E0IA 3GAYA 3W2LA 4EWND 1SZNA 3SJ3A 3MHUA 2VFHA 2XN2A 5LKYA 3E96A 3M41A 1THFD 4UMCA 3DU0A 3PC0A 1LYXA 2P0OA 3VCRA 3HG3A 3IV3A 1W54A 1RD5A 5LZLA 1XBYA 1A53A 1SO3A 1F5ZA 1RQBA 2YDAA 4N6EA 2ATSA 4O11A 4O53A 1Q6LA 1W5OA 4LVFA 4CQ9A 3TIMA 4I7VA 1K8YA 2ZFAA 1G7VA 1YDVA 3NQ6A 1SW0A 1KTNA 3JR2A 3QJAA 5KZMA 2E1DA 5CZTA 2DJLA 5LNVA 1GVFA 5C5YA 4JTFA 3RK8A 1KV8A 1HUVA 1LOLA 4MLJA 3BG9A 3V1PA 3LM7A 1RR2A 1Z41A 1XXXA 1F74A 3BARA 2ZBTA 3W83A 4JYDA 3PB0A 3SI9A 1EPXA 1GJPA 2A2IA 4NNAA 3TH6A 4DPQA 1JCYA 3CWOX 4JGDA 1G4SA 3IVSA 4LU0A 1FDYA 5D2WA 1PE1A 1AW2A 5HUOA 4DELA 1T96A 2CLMA 1ZAIA 2E77A 2DJXA 1SZFA 3UY8A 2Y61A 1LBFA 3MP4A 4IX0A 2E6FA 4PTNA 4XBSA 1OF6A 1LP6A 5F4WA 2Y63A 3LCHA 3A24A 3MUXA 3W74A 3CHVA 4GUHA 3GXNA 2NZLA 2V0TA 4GNJA 4FX7A 1FUYA 5KZEA 4L4LA 4A22A 3W9ZA 2V30A 3Q37A 5L9FA 1IXOA 5CSRA 4JIQA 1W8SA 1QWGA 1TTQA 3GZ3A 1IXNA 2B0MA 1M7OA 3STFA 1SO5A 4UFJA 1KM0A 1SZGA 1S5WA 3L9CA 5G2WA 2ZA2A 1JRBA 1BKSA 4B5NA 3EX6A 3W7MA 3NQAA 1YTEA 4NJIA 3Q2DA 4BFAA 2QAFA 5LSMA 4OWGA 1H62A 1LLWA 5CSSA 3QM3A 1KTCA 2VFIA 5CPOA 2B7PA 3UZ5A 3HIJA 2NXGA 4A3UA 4NJGA 4JTEA 2YR1A 3MMTA 4Y8FA 5IM51 1SO4A 4UNLA 1PIIA 5EYWA 3I65A 3G1HA 3LXAA 3MI3A 1W56A 1TB3A 2OX1A 3T55A 1W0MA 2ZQ0A 5D2TA 3STEA 3TNOA 1JCXA 1SQ7A 3LBMA 1ZAHA 4M5PA 4Z0JA 1H7XA 3M16A 3M1ZA 5C55A 3KXQA 3E12A 1WOAA 2WQPA 4NZFA 1X6UA 5CZSA 5KITA 3CEUA 1QOPA 3QQ1A 5AHLA 1KBIA 4O52A 2A85A 4MKNA 4JYFA 1OK6A 3HGRA 3G1VA 1VYSX 3M44A 3KHJA 5CG7A 2YCEA 1O5XA 1VQTA 3RNDA 5FEZA 3TDFA 1B4EA 1GVQA 2Q3OA 4KFPA 4AHOA 2C0AA 3B05A 3FKKA 4TMCA 1FDZA 3ZS4A 3UXDA 2CZ5A 2DORA 2W6RA 1FWSA 3CQ0A 3O05A 4ADUA 3EWXA 1G67A 4XKYA 3PUOA 3C56A 3CWNA 4UFHA 4HKPA 3TFCA 3CT7A 4FEZA 2HS8A 1XBZA 1LTDA 3W88A 2FIQA 2YXGA 4QJ1A 4WJEA 4ALDA 2A7PA 5BOOA 2VKZG 1YYAA 4I7UA 1ME8A 3LHTA 3PBUA 1SU5A 5BMWA 1JR1A 2ISWA 2YFOA 5BNKA 2GVGA 3ANYA 4PCFA 1GOXA 3TAOA 3LHZA 1YDOA 4NX5A 2QCFA 1H50A 5F2IA 1XDMA 2A6LA 3M5YA 2EGZA 3KX6A 4MFEA 3CEPA 4JIPA 3TMLA 5KZDA 2HS6A 5EA9A 2DZVA 5BW6A 3BW2A 3FOKA 4UFLA 2OJPA 1RQHA 2ZTKA 3UWZA 2QCLA 3QC3A 4PH6A 1TO3A 3BO9A 3GDKA 3H53A 5H91A 5HINA 5TQLA 3V75A 4UC5A 3PSVA 1GPWA 3TROA 4FB7A 4CCEA 1TJRA 1YPIA 3GVGA 2VEPA 4HPXA 3NL2A 4DO5A 5EKYA 3EKZA 1KM2A 2VXNA 3HG2A 5AYXA 3UXAA 3LTSA 3KFTA 4AWSA 5HJLA 2NLIA 4LT9A 1H60A 1UB3A 1VCFA 1OFOA 3L67A 2EHHA 3W3OA 3G1XA 1A50A 1W3NA 2PE4A 3TSMA 3W07A 2QCHA 5AC7A 1ZENA 1Q6OA 2C16A 3LHVA 3SGZA 4AF0B 4K7YA 2VFGA 3GNDA 1MEWA 3ABQA 4C1LA 1F6PA 2CLOA 3A9IA 1EWEA 4FXSA 3S5NA 1JUKA 1KLZA 3K30A 3H54A 4UFIA 3DFOA 3WJZA 3PAJA 2V2DA 3B04A 1LOQA 3IEBA 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 1ICS A;  2QEZ A;  1R30 A;  3IIZ A;  4Y96 A;  5F4X A;  2C18 A;  3TJX A;  5D09 A;  3FA5 A;  3W7Q A;  3TA6 A;  1OFQ A;  4OHQ A;  4AHQ A;  2CLI A;  3P60 A;  3W1X A;  2NWS A;  3FLU A;  3F03 K;  1XFB A;  4JNM A;  1GVS A;  2Y85 A;  4DQW A;  2NX9 A;  4DXV A;  2ABA A;  3W7H A;  4IMF A;  1EX5 A;  3P81 A;  1VPX A;  3GIY A;  3PSW A;  5D33 A;  4CCD A;  5K9D A;  2CWN A;  1LBM A;  5F1V A;  3WK2 A;  4O15 A;  4MZ8 A;  4O17 A;  1W5N A;  1O4U A;  1TTP A;  3UWQ A;  3U2O A;  4NJK A;  4NXK A;  2BZN A;  3G24 A;  1X1O A;  2BSL A;  2Z1B A;  4UIO A;  4RX0 A;  1QO2 A;  4DBD A;  4ZMG A;  4WD0 A;  3PUD A;  3M5Z A;  2D73 A;  3ELF A;  5T26 A;  2QCG A;  3NDO A;  2X1U A;  5HWM A;  1YDN A;  1O95 A;  3RLU A;  4EF8 A;  3CPR A;  5GVJ A;  2Y7E A;  5D05 A;  4JDB A;  2Z2U A;  1AG1 O;  2ZRZ A;  4IMD A;  4FX6 M;  2CZE A;  1LCO A;  2QUU A;  2CLF A;  3NO5 A;  5HR6 A;  4QAI A;  3IGX A;  3KAO A;  1QPO A;  2C19 A;  4C1K A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3G1A A;  3GNR A;  1WV2 A;  4ZSU A;  4ML4 A;  1VF8 A;  4UNK A;  5D37 A;  1A5K C;  4DXK A;  1WYI A;  1R3Q A;  1DOS A;  1XKJ A;  1ME9 A;  3SCV A;  2W67 A;  3QH2 A;  3W28 A;  4BF5 A;  3AIE A;  1UD2 A;  1XIM A;  2EKC A;  5HMF A;  3RO8 A;  3M7S A;  3MO7 A;  3WL1 A;  3NVT A;  4IIF A;  3SGG A;  1E1C A;  2C91 A;  1JZ5 A;  5A8N A;  3N11 A;  1TE6 A;  3V0S A;  5A94 A;  1T0O A;  2DIJ A;  2XIM A;  3G1S A;  1W1T A;  3C86 A;  2D0H A;  2WW5 A;  4O19 A;  2DSW A;  4M29 A;  5EMY A;  4AWE A;  1C8Y A;  1S2W A;  1KFK A;  1X97 A;  4ZE5 A;  2QJN A;  4ZEN A;  2IQT A;  3EX3 A;  4K8H A;  1UD3 A;  1UUM A;  1ALD A;  3QPE A;  4GI8 A;  1GUV A;  4GVH A;  1YPF A;  1EX1 A;  4FA3 A;  3DDM A;  3RYS A;  4LS0 A;  3VFC A;  3MSD A;  2PUR A;  1TCD A;  1XYB A;  2BG5 A;  1ML1 A;  3WF4 A;  4DBE A;  2AAM A;  4TTU A;  2V38 A;  4K68 A;  3ZO9 A;  1POJ A;  1U83 A;  4M6V A;  5D32 A;  4DJF C;  4FO4 A;  1QHZ A;  4GYP A;  3KVL A;  2ZE3 A;  1FDJ A;  3BLK A;  2A21 A;  5HNN A;  3FXY A;  3W7P A;  2WHJ A;  1H7R A;  2HTM A;  2BGQ A;  3CAQ A;  3RXZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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