3L2IA

1.85 angstrom crystal structure of the 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from salmonella typhimurium lt2.
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
259
structure length
256
Chain Sequence
NLYFQSNAMKTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKAPGQISVADLRTVLTILHQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
publication title A conserved surface loop in type I dehydroquinate dehydratases positions an active site arginine and functions in substrate binding.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 89
structure length 256
sequence length 259
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2009-12-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3l2iA00
3I7RA 2ZZ3A 4LRTA 4A22A 2C3ZA 4KFPA 1TJRA 3TUUA 1SFJA 3WK2A 5HWMA 4DPPA 2NX9A 5HUOA 3I7QA 5G1TA 3UXAA 4RZ6A 3TE9A 1HUVA 5CZ0A 1ADOA 1F76A 1AK5A 4P61A 2VFFA 2Z6IA 3S6DA 1O94A 5HINA 5AHMA 1LORA 2VEMA 5AFDA 3W2JA 4IMFA 3UWWA 3M5VA 4JTSA 3M1ZA 2RKXA 1YXDA 2CLFA 2J6XA 4NJJA 3M7WA 5J5DA 3A5VA 4IXXA 1G67A 1QPRA 1K7XA 2NV1A 3A24A 5D37A 3PG8A 5EL1A 1FWSA 1GYNA 1YTEA 3PUOA 3W7OA 1DV7A 4FNRA 3WJSA 4NU7A 4UR7A 4AB4A 4ADUA 3UNDA 3O16A 3NM1A 3QYQA 1S5VA 1W5PA 1QDSA 4JYDA 1YXYA 1VHNA 5CSRA 3C2EA 1F73A 1MEHA 3WJWA 5EMUA 1FX6A 5HQEA 4S2CA 1UJPA 4M6PA 3RLVA 5AC8A 1W5NA 1KFCA 3TW7A 1I8JA 4JX6A 4BR1A 4DBEA 1TPWA 4QNWA 3C2RA 4UFJA 4IX2A 1DORA 2LLEA 3IIVA 1SO6A 5A5WA 2VOMA 5GVJA 1I45A 3VNDA 3N14A 5KSWA 4O1CA 3P81A 4LC8A 1ZALA 3NNTA 3DGRA 3P7YA 3W3OA 5G2WA 1ZY9A 5D2YA 3NO5A 4DXVA 4IPJA 3NAVA 3W1UA 3W7QA 1D9EA 1JUKA 2JKAA 2I9EA 3PAJA 1FCQA 3HPZA 4MOZA 1R2SA 3N73A 3T44A 4LVGA 3LTPA 3SECA 2NXGA 2Q8LA 4NJHA 4LC6A 2VEIA 5C2XA 1B57A 1WAUA 2ZBTA 2FPTA 4R33A 3W2UA 5DXYA 5F2LA 3M41A 5G2IA 1QOQA 2J24A 1DQWA 1MSSA 1XCFA 3C56A 1JCMP 4O12A 3GDTA 5TBOA 3W74A 3W2MA 1Q6OA 3G1VA 3O63A 3TNOA 1KV5A 4NX5A 4XKYA 1NAL1 3SFKA 4I7VA 4O57A 3T40A 3FA5A 4ZMGA 2CW6A 2BXVA 2B7QA 1SO3A 2V9DA 2PCQA 4UIOA 1NFBA 1IXQA 3W70A 1AMKA 4HNUA 3DI0A 3CC1A 3W73A 3TROA 3W7LA 3MO7A 3L0GA 3KOFA 4UCGA 3SW6A 1Y0EA 1WQ5A 2VENA 3ATYA 5TQLA 3W2KA 3GK0A 1F6PA 4O16A 5FESA 3SY5A 3LV6A 3CEUA 4ML9A 3M5XA 2ZRYA 4LT9A 2B7PA 1TPUA 4N9DA 1TCDA 3UWVA 1XFBA 4WXZA 3TXVA 1LLZA 3UY7A 3G0SA 4MZ1A 1KM0A 1DJNA 1WDWA 1YPFA 3P67A 4JYEA 3FYOA 3LXCA 4IMDA 3PSVA 6ALDA 2QAFA 4CNNA 1QPOA 3DZ1A 4RZ5A 3W76A 1TO3A 4JTIA 3MWAA 2DZWA 3G22A 1M5WA 4K8HA 5K9DA 2VELA 4QQ3A 4TMBA 3QSTA 2FPYA 3NEVA 3Q2DA 3JR2A 2A2IA 2Q3OA 1VLIA 1KM3A 4DPQA 5FEXA 4Z1AA 4QM1A 4E2DA 2XN2A 3G3DA 3N2MA 1SO4A 1O4UA 4HPXA 4K7YA 4N2YA 5DCBA 5E1QA 3GYEA 1E51A 1EWDA 1GJPA 3M9YA 3TKFA 3UZ5A 3G24A 1IXNA 3TFCA 1XBZA 3P5ZA 1GTHA 1YYAA 3M6YA 2NV2A 2VFHA 4TU1A 4CCEA 2VEPA 2D73A 1O60A 1D3HA 1EUAA 1N7KA 2H6RA 3WJYA 1SU5A 4MJMA 3NXFA 1OK4A 4ZQPA 3G1HA 2YX0A 3DI1A 4M6VA 4HN4A 1G7UA 1HO4A 1L2UA 3DHFA 2H8ZA 3TV8A 1W5MA 4N9EA 1JCJA 5AHNA 3NQ6A 3NDOA 3LRMA 3NL5A 5CZJA 4XKYB 5EA9A 5MHBA 3DBPA 2NUYA 4PH6A 3OA3A 4LTSA 4JIQA 4WUIA 1FDYA 4RX0A 1C8VA 1EB3A 2YYTA 2QCNA 3LRKA 4AHOA 3ANYA 3MP4A 2Y88A 3W7IA 3HOJA 1ZENA 2GQAA 2Y85A 1ME7A 1F2JA 1FWNA 3GVGA 3PF3A 3S5ZA 3ZFHA 2H3DA 3B06A 1OYBA 2X16A 4JTUA 1IIHA 3A21A 1BTMA 3L65A 3O8AA 3W71A 1LRTA 4IMEA 5LHEA 4QAIA 3LBMA 5C6MA 5KZEA 3LCLA 1RQHA 1BWKA 3RMJA 4LS0A 4UTKA 1DOSA 4UFKA 1YTDA 3EX1A 3ATZA 3DU0A 3P74A 2VC6A 3BK0A 3STEA 5F1UA 1MEWA 4ZL1A 2YXGA 3PR2A 3QQ1A 3W1QA 2Y7GA 1KLYA 3P8JA 3T4CA 3G1DA 3P80A 4ORIA 1XKYA 5IBXC 3NL3A 3IEBA 3TH6A 2TMDA 1EUNA 1LOSA 2JKEA 4CNOA 4FNQA 3OVRA 3R89A 5T26A 3NQVA 4O18A 3SR7A 3HGRA 3OIXA 3W1NA 3CT7A 3SSJA 4E38A 5DY2A 1NEYA 1THFD 2RFGA 1H7OA 4CQ9A 2QDGA 3TSBA 4RKAA 2EKCA 1X7FA 5FF7A 3VE9A 1LRQA 3LTYA 3CHVA 3MUXA 1R46A 3P84A 3QQ0A 4PL1A 2DZPA 1JCLA 4KFNA 4LW7A 3S42A 2E5DA 3IIZA 1XL9A 1H63A 3TU9A 2J27A 3LLFA 3HPSA 5K2ZA 3OG3A 4TR9A 2CWNA 1KBIA 2YFOA 1H50A 2C14A 2V30A 4UTMA 1DHPA 4IGHA 4WD0A 1R2RA 2ZTJA 1JVNA 1W3IA 3S0CA 1LRNA 2G95A 1TTIA 5D2TA 1TTPA 2ZZ2A 3PS7A 2ZRWA 2QCEA 3CIXA 4Y6GA 1RR2A 3W23A 5LNSA 2YW3A 1OFAA 3MMTA 2Q3RA 2Y7EA 5I3KA 4AHPA 1Q6QA 3C52A 3EX6A 3PY2A 3W83A 2GUUA 5CGQA 1BWLA 5AHFA 1B3OA 5D04C 3ZWSA 3B03A 2A6NA 1AW1A 3W9ZA 3NQEA 1R2TA 4WOQA 2VFIA 5D05A 1I2QA 2FFCA 1IGSA 2C6QA 2OZ0A 1JCNA 1GVRA 1KV8A 4JTFA 3UWYA 1Z48A 1G4TA 1WV2A 4YWIA 1UUMA 3FOKA 1TJPA 4AMAA 4IMGA 4OQVA 4Z1BA 3BARA 3UWUA 5CPOA 1SZEA 5L9FA 1J4EA 3M5ZA 3U8GA 3PULA 5LSMA 2ZA3A 1OF6A 4DO6A 4NX0A 5AN7A 3W86A 1YXCA 5FI8A 1B4KA 1A5BA 2V81A 5D38A 3UYCA 2OX1A 3HO8A 3UQNA 4JTJA 3MI6A 3M0ZA 1YPIA 4DELA 3BGJA 3GDKA 4OU1A 4DEFA 3HF3A 3IGUA 1QR7A 1HG3A 4H4IA 3YPIA 3GZ3A 1H7WA 2DP3A 2V5BA 3RK8A 1LDCA 1LP6A 2TPSA 1SSGA 4MYXA 4JX5A 1K02A 4ZZ9A 5I3GA 5TIMA 4UTIA 4BK9A 3HGSA 5DXXA 4XZ9A 4NVTA 4KWVA 1SW3A 3W7EA 3TCEA 1GOXA 2CFFA 2YR1A 2OT1A 4KFOA 3TQKA 3W88A 3PB0A 2QCCA 3M43A 1TMHA 3F4WA 3QMSA 2QCLA 4O28A 4GFSA 1SQ7A 1VZWA 1H7XA 1GT8A 2GQ9A 4AEOA 1SFLA 3G1FA 1FBAA 3NQAA 3W2NA 1G4EA 1JULA 5FF0A 3G3MA 3W7KA 1F7BA 2NWRA 3Q94A 3E02A 2VFGA 2ZZ5A 3NVTA 1H1YA 1JJKA 2CLHA 2ISVA 2G5WA 2E68A 4X2RA 5D33A 1GEQA 3QMRA 4BI7A 4O1DA 4O53A 1HL2A 4MFDA 3UPBA 4O0KA 4LVBA 3W7PA 4JTTA 4AF0A 3QC3A 3QJAA 1X8FA 3W7RA 4NZJA 2QKFA 4O14A 1RVGA 4JS3A 3W07A 3W22A 2HS8A 1IF2A 1GVSA 2B0MA 4B5NA 4E2BA 1F74A 3R12A 4LWWA 1F5ZA 1H51A 3LRLA 1ME9A 2A21A 1PS9A 2DZVA 3BG9A 4M6QA 2W6RA 1XDMA 4EVZA 2H8XA 1DJQA 2GQ8A 4IX0A 4ZQMA 2JGQA 3W72A 5LNRA 4UTWC 2TYSA 5FEPA 1QNVA 1ICSA 3C6CA 4HNVA 5K9XA 3O07A 5H91A 3P8IA 4POCA 3L5AA 4OWGA 4ADTA 5KINA 1OX5A 3F1QA 3W7NA 3IVSA 1SZGA 1LZOA 4IWWA 3GR8A 1PHWA 4OT7A 2NUWA 4RLIA 2BLEA 3STFA 4N4QA 1TREA 1PHQA 2Y89A 3KVKA 1WYIA 4JYFA 3GNDA 4FNPA 1SZNA 2WNNA 3ZWTA 3R5EA 3B8DA 4FIQA 3CQ0A 3E12A 3G18A 4FX8A 3GX9A 3B04A 3S1UA 4AH7A 4R34A 3VFLA 1UBSA 4UUIA 1Z42A 1R47A 3HG2A 3S8HA 4Z08A 3LHWA 1FXPA 1LM1A 3TK7A 4JY8A 2P10A 2A4AA 2YW4A 3DFTA 1XDLA 3KXQA 1H62A 3MP3A 5FF3A 4JICA 3UD6A 1L6WA 1AL8A 1KLZA 1H7RA 1F05A 1SW7A 1KTBA 1LBFA 3NYZA 4O8RA 3LHYA 2C13A 3KVMA 4Y9AA 3W75A 1H7NA 1H1ZA 2GPTA 1AW5A 1CW2A 1RV8A 2ABAA 3S1VA 5FF2A 4MKNA 3GKFA 1ZHAA 4DF2A 4HNNA 4IJBA 3SI9A 2CLMA 3EWBX 4WJEA 3CB8A 4PC8A 3OHIA 4ORMA 2CZDA 3GKAA 2A0NA 2PURA 3HQ1A 3TMQA 3C2VA 1ALDA 1GPWA 1VGAA 1Z41A 2QR6A 1ML1A 2NWSA 3Q37A 3G1SA 4UFHA 4PTNA 3EX2A 3NG3A 1MZHA 2QCMA 4EF8A 3IVTA 1XXXA 1K7FA 3UY8A 3ABOA 5AC6A 3HJZA 2BWGA 3PB2A 2NX3A 3GIYA 2X1UA 3IGXA 4XWUA 2JBMA 3LDVA 3LV5A 3LTSA 3VE7A 4IUOA 2EPHA 3N34A 3G1AA 2VFEA 3V1PA 3DFPA 4Z0JA 2WSQA 1EP1A 2BSLA 2QUTA 4LS2A 1PCKA 3EEGA 1KFJA 1T8XA 2V8ZA 5IBXA 2DZUA 1BEUA 3FKKA 3INPA 3O6YX 4CCDA 5DELA 1VCFA 4GXMA 3RNDA 1J5TA 4FHAA 2PRMA 4KKXA 4Q32A 1FUYA 5E93A 2X1TA 2CLKA 1LOLA 3IRDA 3NPUA 3NQMA 2QJGA 2OMAA 2GVLA 3GLCA 4O4VA 3W2LA 2R8WA 3LCHA 5F4SA 1G69A 2B4GA 1WOBA 5G1YA 2GOUA 5F4XA 2PE4A 2ZA1A 3LCWA 4LVAA 3HB9A 4QJ1A 4O11A 5D09A 1PIIA 3KX6A 3ZR4A 5FF4A 2C0AA 3CTLA 1QO5A 2Y7DA 3EXRA 3VCRA 3RLUA 5DBTA 3VKJA 4TO8A 1Z44A 3E49A 3QZEA 3ABSA 4CQAA 3E9AA 3ELFA 1VCGA 3AO0A 2QJHA 4NXSA 2YYUA 2ZRXA 4W9TA 4XBSA 1QAPA 1WXJA 3BGGA 5D2VA 4LUIA 1IXPA 4RV8A 3P60A 3W1PA 4Z0SA 4CNPA 3L68A 4JDBA 4U4MA 4RJEA 4Z1CA 5BNKA 3W6YA 3T55A 3DAQA 4UTLA 3E0IA 5CSSA 4HT3A 3R13A 3FFSA 1KM5A 4KWWA 1SW0A 2G97A 3KAOA 3DFNA 4RXGA 4MY1A 4EWND 4CQ8A 1OFBA 1C29A 5A8GA 3PBVA 2Z2UA 3BW3A 3BLIA 2XN0A 5CKSA 4S1FA 4JTKA 3NQGA 4UTHA 1FXQA 2GVJA 2YGYA 1JQVA 3L0KA 1GYLA 5CG7A 4FXRA 1XBXA 4H3DA 2QUUA 2EAWA 2Z6JA 4FX6M 1VH7A 1D3GA 2A85A 4HPJA 3UWZA 1SPQA 4XUGA 3C0JA 4G1KA 1DBTA 4O50A 4MJZA 1O5XA 3SJ3A 2QCDA 1XUZA 1U83A 2R91A 5BRBA 4HNTA 1FCBA 3W7GA 4AWSA 1KM4A 5K4XA 1B9BA 1K8XA 1R30A 1G6CA 2ZZ7A 4LU0A 3H55A 1PV8A 4UNLA 1S5TA 1T0OA 4O1AA 4AWUA 3NQ2A 2A7NA 3QW4B 4O54A 2PRLA 3JS3A 4EIVA 4HSOA 4TIMA 2BX7A 2O7SA 4E0CA 1HO1A 3PC0A 3BLFA 2ZCGA 3QFEA 3S5YA 4YCOA 1L6YA 2GVGA 5HNRA 3GDRA 3PWAA 1VQTA 2W0UA 5KZDA 1K3UA 1PCWA 3LCFA 3EX3A 3PBYA 3UZJA 3EXSA 5KITA 1LROA 4TX9A 1SO5A 3NA8A 1SR9A 3OEXA 5AHEA 2CLIA 4Z1DA 3GDLA 3FJLA 2E6FA 1CI1A 2YCEA 3USBA 2E6DA 4UFMA 1ZJIA 4IOTA 3PUEA 2WJZA 4K36A 4YXGA 3Q58A 2E09A 1XBYA 3W84A 4WY0A 3DFSA 4Q33A 2C15A 1XM3A 3DKJA 2RDTA 4MLRA 1S3HA 1EP3A 4ICNA 2P0OA 3GXPA 3MHFA 4LS1A 2ISSA 1H60A 3W1LA 5F2IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C8X A;  3OYX A;  1D2K A;  3I7R A;  4LRT A;  5IFP A;  5HBF A;  1NOU A;  1TJR A;  1YE6 A;  5I7G A;  4MJ2 A;  5HWM A;  4DPP A;  1CDG A;  5G1T A;  2ZUU A;  4RZ6 A;  1XC6 A;  5CZ0 A;  2PDL A;  4PRR A;  1AK5 A;  1NDZ A;  1L8P A;  2Z6I A;  3S6D A;  3LQG A;  5HIN A;  4LQ1 A;  2FHB A;  5AHM A;  4Z2K A;  4QX4 A;  2C0H A;  3RIK A;  2E8Y A;  5AFD A;  3M5V A;  2RKX A;  1PWM A;  1YXD A;  4ERI A;  3ITY A;  1J6P A;  1XH0 A;  3R1Z A;  2NV1 A;  5HNN A;  1IWB A;  3PG8 A;  5EL1 A;  4H9X A;  1GYN A;  3H8A A;  3PZN A;  4UR7 A;  3ZVI A;  1KRA C;  3VZY A;  1QI2 A;  3NTY A;  3UND A;  1HXJ A;  3IGH X;  1HZY A;  3NM1 A;  3QYQ A;  5D9P A;  5EMY A;  1W5P A;  5CQ1 A;  1QDS A;  1YXY A;  3HZ3 A;  4XAP A;  3C2E A;  1F73 A;  1FX6 A;  4S2C A;  1UJP A;  2Z1X A;  4RNF A;  4KIR A;  1CGW A;  5AC8 A;  2UY5 A;  3TW7 A;  4BR1 A;  3W82 A;  3R8H A;  1Q8J A;  1O1H A;  3OIH A;  4B4F A;  1SO6 A;  4G6C A;  5GVJ A;  3VND A;  4QCE A;  4O1C A;  1WDR A;  3P81 A;  2O9T A;  1ZAL A;  4B5W A;  1FWE C;  3EA1 A;  3HPA A;  4IPJ A;  1LT7 A;  2YBV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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