3LB0A

Crystal structure of the 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from salmonella typhimurium lt2 with citrate bound to the active site.
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
259
structure length
259
Chain Sequence
NLYFQSNAMKTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
publication title Crystal Structure of the 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) from Salmonella typhimurium LT2 with Citrate Bound to the Active Site.
rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 98
structure length 259
sequence length 259
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2010-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3lb0A00
2A6NA 2E5BA 2JKAA 3BGGA 3G1SA 3N2XA 1LOLA 1MZHA 1DKWA 3F03K 1H60A 3DFOA 3IEBA 4OE7A 1YXYA 2BLEA 2ZRWA 3GZ3A 5HWNA 4A29A 5F2GA 1TPH1 5AYZA 2NXHA 5HUPA 3W7LA 2NUXA 3UWYA 1JCMP 3IIVA 4XZ9A 3NL6A 1JCNA 4EVZA 5LGZA 3QZEA 4UFIA 2YW3A 5CKSA 1M6JA 3S1XA 3TK7A 3PG8A 3MBFA 1OK6A 3P8IA 1F6PA 4JNMA 4JS3A 3T40A 4Z1BA 1QR7A 1TTJA 2JGYA 5CPLA 2PCQA 4U4MA 1W5MA 1A5SA 2GQ9A 3B03A 3R5EA 3P8JA 5LGXA 1P0NA 4PL2A 1LYXA 2QUTA 3UZJA 1GTHA 4NX0A 2VEIA 4IX0A 4HT3A 3S0CA 4O16A 3G0SA 2E6YA 2PURA 1G4PA 1TQJA 1JRBA 3WJWA 4AEOA 3ABQA 1XBXA 4R33A 5D2XA 3DFQA 4AHPA 3JR2A 4IMDA 3DHFA 3TJLA 2QUUA 4GUJA 2DZUA 4YCPA 1FDJA 1E51A 2Y63A 2FLIA 4MJZA 2X1RA 1CW2A 4LU0A 1BKSA 4EWND 3IVTA 1OJXA 1VZWA 2XN2A 3FLUA 3WFAA 1WX0A 2ZRVA 4M6QA 1V7YA 2ZZ5A 4WD0A 4G1KA 5G2WA 3S9YA 1OFAA 1SW0A 1G4SA 1KM1A 2VFHA 3BPWA 1EUAA 1QPQA 1GJPA 4LOCA 4XKYA 1LBLA 4IXHA 3INPA 1TPEA 1PE1A 2V2DA 2FDSA 3W2UA 5K3VA 2EPHA 3RLUA 3W86A 1ZCOA 1WQ5A 3NQ7A 1YADA 3B06A 4L4MA 3GX9A 1BWKA 3LCFA 1PIIA 1H62A 1SO3A 3HMJG 5F4XA 2ZBTA 3T55A 3BV4A 2CZ5A 2JBMA 4MUZA 3QW3A 3NM3A 3CQ0A 1SZFA 5K7JA 5DCBA 4KWWA 3TQ0A 5D37A 1QAPA 1I2OA 1Q6LA 3C61A 3LTPA 3W1LA 3YPIA 3OBKA 1T8XA 5C5YA 5HULA 5LNRA 4ZQRA 1KM4A 1XBVA 3P74A 3W7NA 2V81A 2NX3A 3F1QA 4Y96A 5KTLA 1TPDA 2NX1A 5HQEA 2DZXA 3TAKA 5DCDA 4RJEA 3UYCA 3R8RA 4A21A 5AC7A 2YGYA 4DO5A 1VH7A 4X9SA 4UTWC 5G5IA 3CIXA 3DKLA 1S3HA 4Y8FA 4HNVA 2GPTA 1RQEA 1G7UA 1HO4A 4WOZA 5ABTA 2FJKA 2CWNA 2YDAA 3MHFA 3O6YX 2X2GA 3UWZA 2ALDA 3QH2A 1A53A 2RKXA 3RU6A 3W88A 3PUDA 3JRKA 2P0OA 1A5CA 4LUIA 2C18A 4ZQMA 5CZSA 5F1UA 4RZ6A 2ATMA 4OGZA 2HTMA 1DBTA 3W70A 2FIQA 4QITA 4FEZA 3T78A 4GE8A 4XWUA 1IIGA 2FQIA 1I2RA 5EKYA 4WXZA 3SW6A 1QPNA 3T4CA 1X1ZA 4AWSA 3DFPA 3NL3A 4QISA 4OBTA 3W73A 1KFCA 5G2HA 3W1QA 3LRMA 4RXFA 4NZJA 3KVKA 2HMCA 1XDLA 1LBMA 3GLCA 4I7UA 5G4EA 4JDYA 1SU5A 2WNZA 1F74A 1P4CA 1KM3A 3MP4A 3QJAA 4BWLA 2EKCA 2QCCA 2QAFA 4J9JA 1JCLA 1TTPA 3HG2A 3GYEA 2XFWA 3OEXA 2VFGA 3UWVA 1OFEA 3LXAA 3A24A 4RKAA 1AMKA 1LTDA 3O15A 3P62A 3N9RA 5IBXC 5AFDA 3W1XA 3L2IA 1I4NA 5K4XA 3W1UA 3TC6A 5T26A 1D3HA 3G1YA 5AC8A 2I14A 2NLIA 3MP5A 1PS9A 4MKNA 2B7QA 3QQ1A 1GQNA 5HWJA 1HFBA 3LOTA 5SWUA 4XTDA 2GOUA 4ML9A 3W7EA 4TX9A 5L6UA 4A2SA 4HSOA 2YR1A 3C2EA 3QMRA 4NX5A 1H63A 2NWRA 2V30A 3C52A 4N4PA 3VCRA 5C6MA 3UD6A 6TIMA 3LI1A 3W7QA 2CZDA 4KKXA 4HNNA 1VPXA 3TAOA 2CZFA 3QSTA 2DZTA 5TBOA 4O1CA 4NZFA 1KM5A 1LBFA 3PBWA 3EWWA 4MYAA 4Z0JA 2BTMA 2CZEA 4IWWA 4JYDA 3PR2A 3MO7A 4AWTA 5EPDA 1AL8A 3ZS4A 3PULA 4LVFA 4TMCA 3DXIA 2R94A 3BG3A 5D30A 5E93A 4FX7A 1K02A 5AYXA 2WSRA 3W83A 4JN6A 3LERA 4O14A 1VCVA 2W6RA 5I3HA 5HWMA 4QNWA 4N9BA 1K8YA 1DJNA 1S5WA 3NQGA 4JDBA 3P82A 2ZZ4A 3ANYA 2PE4A 1F6KA 5DY2A 3EWYA 4K36A 3TXVA 1P1XA 2ATSA 3E12A 3W1NA 1TTIA 4K6AA 3B4UA 2Y62A 5AOUA 1LRNA 1RPXA 4JY8A 1JQXA 4IMCA 1J2WA 2R14A 2A0NA 3HGSA 4E2DA 1VYPX 3O07A 3W74A 1IXNA 4CCEA 5KMYA 2C6QA 2QR6A 5D32A 1XXXA 3CC1A 3U2OA 3EXSA 3BW2A 3M9YA 3H53A 1LDCA 3C8FA 2GVJA 3LCIA 3LI0A 3ABSA 3DH7A 4RV8A 2QF7A 1KFJA 4UTTC 4UTLA 3LB0A 1SZGA 4WX2A 5KZEA 2C15A 3NYZA 5EY5A 4JD4A 3PUEA 1YTDA 4XBKA 1W3IA 1SZEA 3BW4A 1VYRA 2I9EA 4FX6M 4O8RA 5KSWA 3CWNA 4U28A 1FWSA 1OFBA 2QEZA 3E02A 3THAA 3VNDA 1PVNA 4RLIA 4IXXA 5F2MA 2B7NA 2V2CA 5K2ZA 4MZYA 4JTJA 1FCBA 3C2OA 1IXQA 2NV2A 3LV5A 3WK0A 1VQTA 1ZNNA 3UXDA 2Y89A 2VELA 1D9EA 1VRDA 3HIJA 1FCQA 4NJJA 3DGRA 3HO8A 5I3JA 4WOQA 1LLWA 2CLLA 3PB0A 2EGZA 3IRDA 1TJPA 4QNEA 5J5RA 4PODA 4LVAA 4BK9A 1EX5A 2VFDA 1VLIA 2QDHA 5CSSA 4MIMA 1L9WA 3G0XA 1W3NA 1FQ0A 3PM6A 2QCEA 3SR7A 2DZVA 4LVDA 3RLVA 3TW6A 3MBDA 4GWEA 3BK0A 3NA8A 4ORMA 3TUUA 1TJRA 1K8XA 3A5FA 3FYPA 3FEMA 2G5WA 2QCMA 3C4UA 4N02A 3DKJA 4I7WA 4EOUA 3LLFA 2VOMA 4JIQA 2A21A 4NNAA 1TPUA 1SO4A 3KVMA 1QPOA 2W79A 4O28A 2PC4A 2JKPA 1XBYA 1PHWA 2V82A 4YLWA 4LV4A 4NU7A 2A5HA 1W5NA 2QJIA 1QNVA 1K7EA 1R47A 2BSLA 3L9CA 3Q2DA 1GYLA 4O17A 3NPWA 3H55A 3GNDA 5KINA 4WY0B 3C3NA 3PBYA 1Q6OA 3EXRA 1H7RA 1LZOA 1I2NA 3SGUA 2CFFA 4HNUA 4N2YA 3KX6A 4OQVA 4IUOA 4DXVA 4JTGA 2F7FA 1OFOA 4WXYA 4A3UA 1KTBA 1ONRA 3U8GA 2DZSA 1ZAJA 4CQAA 3B04A 1L2UA 3WK3A 4JTSA 4DELA 1O60A 3L0GA 3P60A 3PSVA 4GRSA 2Z6JA 2X1TA 5HR7A 1G7VA 4O0KA 5G1TA 1YXDA 1OK4A 1TPC1 3STCA 3TFCA 1TV5A 1KW1A 5E1QA 4LC6A 1WDWA 2VXNA 4UFMA 1FXQA 3LHVA 1B57A 1NF0A 5FF0A 1XL9A 5G4WA 1OHLA 3V1PA 4JGDA 4A2RA 1OFPA 4JX6A 1KV8A 3KFTA 3HGOA 3LBCA 1WBJA 5K9XA 3G0UA 4EF8A 2VFEA 4IMFA 2X1UA 2FPTA 2VFFA 3W2MA 4NJHA 4OT7A 2R8WA 3S6DA 2Y7GA 3S1WA 4JTHA 1VS1A 4ALDA 3OVPA 4JICA 2J24A 3FKKA 3O1NA 5HJLA 3EWXA 4HSNA 3VE9A 4DBDA 2CLKA 4O54A 4O1BA 2ZZ1A 1EWDA 1M7PA 4O12A 1UJPA 5D03A 4Z1CA 3PBVA 4O53A 1G69A 5AN7A 1EP2A 1VJIA 1THFD 3TNOA 1JRCA 1OVDA 2J27A 1SR9A 1VR6A 5FF4A 5DXXA 2E1DA 2VC6A 1FDZA 1H7OA 1C9DA 1ADOA 1JVNA 3QM3A 2J9YA 3CT7A 5EL1A 3WJYA 3NZ1A 1S5TA 3PAJA 3DFSA 5H2ZA 1FXPA 2VEPA 1DOSA 4UMCA 1FWTA 4KFOA 2NUWA 3QC3A 4A22A 1GYNA 1PL9A 1X6UA 3UWWA 1O5XA 4M7TA 4MVAA 3RFAA 4O57A 4M19A 5D05A 1ZJIA 3GVGA 3N34A 1OFRA 4UUIA 1GWJA 4AAJA 1W37A 1M5WA 4UCGA 5EYWA 3O6CA 1VLWA 1O4UA 4Z1DA 5HINA 3TC7A 1NFBA 2WNQA 3I6RA 3EWUA 1J5TA 4X3ZA 3LV6A 3TKFA 3L65A 3QFEA 1AG1O 3ATYA 5HR6A 1K8ZA 1VHCA 4KFPA 4DO6A 2OJPA 4JYEA 2Y7EA 2JKEA 4FXRA 1GG1A 1MEWA 4IPIA 1L6WA 3L5LA 1AW2A 4FNSA 3STEA 2OMAA 1FX6A 2PRMA 3HJZA 3W7DA 1L6YA 3S8HA 3QPZA 4AHQA 3W7MA 3IIXA 3W9ZA 1WOAA 4W9TA 3PC0A 1OF8A 4WY0A 5C54A 3IIOA 3QYQA 4XQ6A 2O7SA 4BF9A 3HOJA 2C3ZA 4BI7A 1U83A 1TPVA 4IOTA 1KV5A 2G97A 3TE9A 1EEPA 3GKFA 2UV8G 4FNRA 1OX4B 3SIZA 4OWGA 5MHBA 3KRZA 5LNSA 1Q3NA 1N7KA 3HGRA 2H8XA 3LX9A 3S5YA 4ADUA 2DP3A 1OFQA 1P0KA 4MLRA 4UNKA 1H50A 3RK8A 1MO0A 3G8EA 4NNBA 4AVFA 2YSWA 3BLFA 4R34A 4MFEA 3WK2A 2A2IA 2QCLA 3MI3A 1XM3A 3BG5A 4UR7A 4ADSA 3CTLA 3QF0A 3TSDA 1YXCA 2LLEA 3NQ2A 5G2IA 2XN0A 3M5YA 2DJXA 4D2JA 4LW7A 3HG4A 3A22A 5AHNA 3NVTA 1NF7A 1GVFA 3NQAA 1N8FA 1D3GA 4CQ9A 5DY3A 1OX6A 2QJGA 4S2CA 2NZLA 1UASA 1X1OA 3KOFA 4GBUA 5E0KA 3EWZA 3LBMA 3A5VA 3ABRA 3W23A 1IIHA 4K7YA 1JUKA 1MEIA 3D0CA 3SJ3A 3IV3A 1NSJA 1WOBA 3O63A 3GDKA 1TRDA 1W5PA 2ZA2A 1YPIA 3ZWSA 1H7XA 2TRSA 3O05A 2G95A 3TSBA 3UZ5A 1AW5A 1SSGA 2CLFA 1F5ZA 3W1AA 3BGJA 4YCOA 5HUOA 3M6YA 3U6WA 1WBHA 3UXAA 2OZ0A 3SZ8A 3CM4A 2V8ZA 1CX9A 3PBUA 4B5NA 2Z6IA 5BMXA 2BXVA 1KM0A 1H51A 3LM7A 2YFNA 3OHIA 4DEFA 4LS1A 2E6DA 3L5AA 4H4IA 4CQ8A 1OYCA 1V5XA 3L68A 1K3UA 4FO4A 3OIXA 1GVQA 3EEGA 4KFNA 4MY9A 4RK8A 1ICQA 1W56A 3MHUA 1G4TA 1K7FA 1ZAIA 3HBLA 4LNYA 4JYFA 3PS7A 1UBSA 3W1TA 4MPQA 2CLIA 2G96A 3W6YA 4TMBA 3ZFHA 2C0AA 3PF3A 4DF0A 2O7QA 1RZMA 3EX1A 3L5MA 2V0TA 1XFBA 3NPVA 1Z42A 3G1FA 4GUIA 3W1PA 5FF3A 1G4EA 5AC6A 2H8ZA 4ADTA 1GTEA 1TSIA 4JX4A 3UY8A 3TFXA 3O6DA 1XUUA 3I68A 3N9SA 1DL3A 3EKZA 1LCOA 4UTHA 3G1VA 3P5ZA 2EAWA 2WNNA 4NJGA 4M5PA 1ZFJA 1SW3A 5D33A 4RZ5A 3O16A 2A7NA 1R30A 3UPBA 3WK1A 4JEQA 1KM2A 1KM6A 4PH6A 4ZL1A 1DQXA 1TIMA 3MW7A 1Q45A 5FEZA 1LLZA 3N73A 5CZ0A 1G6CA 4IMEA 3UNDA 1QO2A 5I3KA 3C56A 3W71A 1BEUA 4Q32A 4BI5A 4UTKA 2NX9A 2X30A 3EX2A 2YYUA 2C16A 4DF2A 1JULA 1OX4A 2ZZ6A 5C55A 4LVGA 3W76A 4S2BA 3B8DA 3G22A 1QMLA 1VCGA 1GVOA 1ZY9A 1JCYA 4LWWA 2H3BA 5U7SA 1Z48A 2ZRYA 1SZNA 4FHAA 1IXPA 5DCEA 3MYOA 5KITA 3L66A 1M7OA 4ORIA 3BARA 1TCDA 1SO6A 1AL7A 4R53A 3W7KA 3IGSA 1GPWA 4OV9A 3FIGA 3DAQA 4N6EA 1LOSA 3H54A 2H3DA 6ALDA 1JCJA 5F2LA 3PWAA 3SECA 1WA3A 3FFSA 3M47A 3RMJA 1H1YA 2Y7FA 4Z0SA 3WJZA 4N9DA 3DU0A 1ZAHA 5LZLA 2RDTA 4XBSA 3W7IA 2F84A 3OG3A 3DZ1A 3M16A 1HUVA 1RVGA 2Y6ZA 1MSSA 1R2TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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