3LDVA

1.77 angstrom resolution crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. n16961
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
231
structure length
231
Chain Sequence
AMNDPKVIVALDYDNLADALAFVDKIDPSTCRLKVGKEMFTLFGPDFVRELHKRGFSVFLDLKFHDIPNTCSKAVKAAAELGVWMVNVHASGGERMMAASREILEPYGKERPLLIGVTVLTSMESADLQGIGILSAPQDHVLRLATLTKNAGLDGVVCSAQEASLLKQHLGREFKLVTPGIRPAGSEQGDQRRIMTPAQAIASGSDYLVIGRPITQAAHPEVVLEEINSSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 1.77 Angstrom resolution crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
rcsb
molecule tags Lyase
source organism Vibrio cholerae o1 biovar el tor
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 78
structure length 231
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ldvA00
4JS3A 5G5IA 2XN2A 1LROA 5AC8A 2OZ0A 2H90A 2V2CA 3LRKA 3PB2A 3HPSA 3Q37A 4HT3A 3BGGA 4TIMA 4AB4A 3DI1A 4JTKA 4AHQA 4B5NA 4PODA 3W7DA 1GVFA 2ZFAA 2J6XA 5LGXA 3L2IA 4NXKA 5FEXA 1DHPA 3KRSA 1MZHA 1M6JA 3HG2A 3CM4A 1OX6A 3S1UA 3WJSA 4O0ZA 1OX4B 3TIMA 1DBTA 1P0KA 1YTDA 4P61A 1X7FA 3IEBA 4DF2A 5K2ZA 3BARA 3L0NA 3CU2A 1H7WA 1GEQA 2TYSA 3R89A 1Q3NA 1A50A 3G18A 5I3JA 5D2WA 3BLIA 3NZ1A 1QFEA 4ICNA 1XC4A 2LLEA 3EB2A 1SFLA 1QPQA 2DORA 1X1OA 3W1QA 5I3IA 1T96A 4GUJA 5KTLA 4LW7A 4Z0JA 3WJXA 3SI9A 3E9AA 3S5ZA 1L6WA 3P67A 5T26A 3P8JA 1KM1A 1WA3A 3EKLA 2CLLA 1T99A 3GIYA 1EIXA 1TTIA 4LWWA 3B0UX 4O1DA 2A7PA 3FOKA 3EWUA 3WK1A 1WOBA 4O8RA 1H62A 4LS1A 3W7RA 2TMDA 3DI0A 5DCEA 3TFXA 3C3NA 1F05A 3LHVA 2DZTA 1VYRA 1RPXA 3LRLA 3THAA 3GDTA 3W85A 5U4NA 1JCMP 3W07A 3GXTA 3PULA 2DZPA 3DKLA 2NV1A 4Y8FA 4O52A 3UXDA 5K7JA 3NPWA 3NQ7A 1VJIA 2Z0IA 1G7UA 2A2IA 4P2VA 1CW2A 1LBLA 3AJXA 4HHPA 3W87A 3PSVA 3QMRA 1RV8A 2YW4A 4ZVJA 1VCFA 4KFOA 1OF6A 1C8VA 5HWJA 2V2DA 1IXQA 1QR7A 2WO5A 2GQ8A 1MEWA 3DFTA 4O28A 1PIIA 4NVTA 2X1UA 3V75A 2PRLA 3IIXA 2AGKA 2E6AA 3MI6A 5C2XA 1YADA 2Y7FA 3O06A 2Y63A 4UFKA 1FCQA 4UTKA 3RK8A 3OVQA 4QJ1A 1W8SA 4GWEA 4IPJA 4FB7A 1AW1A 3W84A 4HIBA 2GQ9A 2QAFA 3QZEA 1LZOA 5HR6A 4LVAA 2GJNA 1QNVA 3SSJA 3CPRA 1P4CA 3WJZA 1JCLA 2GVGA 3P7YA 4JGDA 4AHPA 3O05A 3BO9A 3OEXA 4FNSA 2FQIA 1S5VA 4O1AA 2JKAA 4JX6A 3VE9A 4ZQOA 3ELFA 2Z1BA 3W1UA 1LRNA 3HO8A 4FNQA 2PE4A 2Y88A 3SFKA 1TIMA 2HS6A 2H3BA 4NUWA 4Z0SA 2Z6JA 3BW3A 3BG3A 3GR7A 1LOLA 4ZQMA 3T4CA 3VFLA 4UFHA 4NX5A 2DZVA 3ZWSA 3C2OA 3LOTA 3PC0A 2DP3A 4CCCA 2ZRUA 3M9YA 3STCA 2ZRYA 1Q6RA 2ZZ3A 4JIPA 5EPDA 4JNMA 2PC4A 3O6YX 5BMXA 5LZLA 3ANYA 1TRDA 3L5MA 1GOXA 1N8FA 2EGZA 4NJKA 4PC8A 2RFGA 1IXOA 1WX0A 1O5XA 4EIVA 3QSTA 3IVUA 4JTEA 4I7WA 1QDSA 2RDUA 2VENA 2CWNA 2A6LA 4D2JA 5I3FA 4AXKA 4HN4A 1C9DA 3GDRA 4NZJA 2FFCA 3EXTA 4RZ6A 2QJHA 1D9EA 4UCGA 1QOQA 3KVKA 4OGZA 4PFMA 3QJAA 4ML9A 4JYFA 1NF0A 3M7WA 3KXQA 4QIUA 2A21A 4HPXA 3I7RA 4UR7A 3TSBA 4OV4A 1WV2A 4FX7A 1P1XA 1ZHAA 4IPIA 1F6PA 1OX4A 2Y7GA 3FKRA 3CTLA 1M5WA 5D33A 4RXFA 1QAPA 3G1FA 1RQEA 1JRCA 3EWXA 4WY0F 4I7UA 4CCDA 4CCEA 1TMHA 3HB9A 4YL2A 1QPOA 5KINA 1F73A 1G4EA 1TV8A 4MFDA 3B04A 2GJLA 4ORMA 4DBDA 4TR9A 4S2CA 3N2MA 3W1NA 5L6UA 4ONVA 3UPWA 3OVPA 3P61A 4LVDA 1L6YA 1KFCA 1IXPA 2Z6IA 5DCBA 3M6YA 3W74A 4S1FA 4YXGA 3C52A 4N9CA 3T55A 3MWAA 2EPHA 4O50A 3Q58A 3O6DA 4H6KA 3QFEA 3G0XA 3NAVA 1SR9A 4MZ1A 4N9EA 4LV9A 4O15A 1XM3A 3P82A 5LKYA 3FYOA 4IMGA 1ME7A 1EP3A 3QEZA 4DELA 1F6KA 3KX6A 3W2LA 4GRSA 1Q6OA 3HPZA 5D03A 4QAIA 1EEPA 3F1QA 1SO6A 1W1ZA 1OFQA 1YLVA 3STFA 1R2RA 5HMSA 1NF7A 3EWYA 3HF3A 2WSQA 5FESA 1GG1A 4NJIA 4OU1A 1HFBA 3EKZA 1VYPX 2J27A 4ADSA 2J9YA 3IIZA 2J24A 1KLYA 3W1MA 1WYIA 2QDHA 3E96A 5D02A 2DJLA 2XN0A 3SR7A 1TV7A 4M5PA 2O7QA 3W1AA 1IF2A 3BVJA 3O15A 3L68A 3R2GA 3MHFA 1PHQA 3W7IA 2YGYA 3L66A 3GDMA 1OFDA 1GYNA 3NL2A 3VCRA 5FF7A 2DZSA 2CLOA 2QR6A 4ADUA 2E5BA 3USBA 4GC4A 1LORA 4N4QA 1TPFA 3TX9A 2E09A 4A2RA 2CLFA 4RLIA 2ZDRA 4MPQA 5DY2A 4KFNA 2JGQA 1OABA 3L65A 3KVMA 3BG9A 4FIQA 5LNSA 1UBSA 1XI3A 1YTEA 1KM6A 3IIPA 3KVLA 4JTLA 4O12A 4UMAA 4O11A 4QITA 2G95A 1YDOA 1VRDA 1TTPA 5AYXA 1FDZA 4RCXA 3IVSA 2GOUA 1MEHA 3WFAA 3NQVA 4JY8A 3C2VA 1TTJA 2CLKA 1YXYA 5TQLA 2AAMA 1H7PA 2Y85A 4MIMA 3LRMA 5SWUA 3BLFA 4FIRA 3QC3A 5BNKA 2CZDA 3TUUA 5KZDA 1S3HA 2NX9A 5H91A 4EOUA 5LNWA 4JR5A 3TQKA 1TPB1 5LGZA 3S0CA 1ZNNA 1FDYA 4WOZA 3YPIA 3L0KA 1S5TA 1RQHA 1F74A 2DJXA 3TXZA 3LDVA 3I7SA 3W1XA 1GT8A 4K36A 3PR2A 3T40A 2YR1A 2JBMA 4FEZA 4K6AA 3HGSA 3LI0A 3N9RA 1KM4A 1ME9A 1QCWA 1W31A 3UD6A 1K7XA 1WXJA 1KBJA 3UNDA 3EEGA 3O8AA 4RX0A 3IV3A 3SW6A 2QCCA 1O5KA 4E2DA 4JEQA 1Z41A 3TU9A 3DXIA 2FB2A 1MXSA 4QSHA 5D37A 2R91A 4X22A 3NOEA 3RNDA 4IUOA 3CT7A 3RLUA 5KZEA 1G4TA 1YPIA 1KFLA 2Q3OA 4ZQPA 5AYYA 1GG0A 3EWZA 3I7QA 4LUJA 3LXAA 1A53A 3M5YA 3W7LA 5DN1A 1K03A 3OG3A 4H3DA 4O14A 1SW3A 1L9WA 3NQ8A 3W76A 2E1DA 1F76A 3FKKA 2FPYA 4LV4A 5CZ0A 1PS9A 1JQXA 4GFSA 2RDWA 2CLHA 3BPWA 3C56A 1LP6A 4RKAA 3JRKA 2F7FA 5AFDA 5IM51 1U5JA 4K7YA 3NM3A 1WBJA 2X1SA 1EP1A 3DFOA 3MHGA 2C14A 1LBFA 3HG4A 3UWZA 3TCEA 2WV8A 2OCZA 5K4ZA 3G1AA 1HO1A 1VHNA 1LOQA 4JX5A 2Y6ZA 5F2MA 1AK5A 2GVJA 1W5MA 1EPXA 2CLEA 3G22A 2W79A 4O19A 3UWVA 3GDKA 1TPEA 3G3DA 1H7XA 3LHWA 3I65A 4OV9A 1VLIA 3LHUA 2B0MA 1TPDA 2RHGA 1DVJA 3O07A 5CG7A 1B9BA 2V82A 4XQ6A 2ZZ5A 2WPBA 3EX4A 4DF1A 2FPTA 4E0CA 1I45A 3V1PA 3MBFA 4RV8A 1WOAA 2ZCGA 3B0PA 3S42A 3EXSA 1TPWA 2YPIA 2VFEA 5HULA 1PCKA 4RJEA 3ZWTA 4HNTA 5LHEA 3A22A 4LRSA 2XFWA 3M47A 3TW7A 1VHCA 3GZ3A 2P10A 4JYEA 3GAKA 1ONRA 2FTPA 2EKCA 2WSRA 3PB0A 1Z42A 4QNEA 4C1KA 2NLIA 2NUYA 1GWJA 1W54A 3GXNA 5HNRA 1W3NA 1WAUA 5FEWA 3NQGA 5HWMA 1NAL1 1UUMA 4LRTA 6ALDA 4IMEA 1TPUA 3TKFA 4FNTA 3EX6A 5D05A 1K8ZA 1I4NA 3N9SA 1VS1A 4JIQA 2QDGA 3LTYA 2R14A 2YYTA 4W9TA 2V9DA 3F4NA 2E5DA 4U4MA 4GXMA 4AH7A 2QCDB 4Z1DA 5K9DA 2NX1A 1DORA 1J5TA 2I14A 1PL9A 1SPQA 3IRDA 5HUPA 1A5CA 2RKXA 3NQFA 1JCJA 5LNUA 3P62A 3G1XA 1SW7A 4MUZA 1OHLA 1XCFA 3A24A 3W7EA 1SQ7A 1GVRA 4GBUA 3L5LA 3W2MA 1LM1A 5E1QA 4E38A 5EYWA 3UZJA 1LYXA 3S1WA 2BXVA 2V8ZA 3UY8A 2C15A 1H7RA 3MP3A 4BFAA 4UTWC 1IIGA 4AWUA 1JCXA 3H53A 3Q94A 2ZZ4A 3M41A 4R7JA 2WJZA 1W3IA 3GK0A 1LTDA 3HQ1A 5HINA 3TDFA 1XXXA 2WNQA 4Z1CA 3ZS4A 3NQ2A 3ATYA 2B7OA 3PBUA 3HIJA 1TJPA 4MZYA 1LRQA 1QO5A 1TREA 4NNBA 3UYCA 2OMAA 3RMJA 1ADOA 3LCFA 1ICPA 1EUAA 3GX9A 4OHQA 1W5PA 3GDLA 3NG3A 4AWTA 4IX2A 3W9ZA 2Y62A 3TC6A 1EP2A 3H54A 1G69A 3O16A 5AHLA 4ZZ9A 4MY9A 4A2SA 3C8FA 2CZEA 1DL3A 2ISWA 1VQTA 4LUIA 1VLWA 4ZQRA 3KRZA 3WK3A 4DF0A 4JN6A 2HTMA 3TSDA 2ZA3A 3MO7A 4PL2A 3U2OA 1RVGA 4FNRA 1OFOA 1KM2A 4WXZA 5F4WA 1GPWA 1LOSA 4O17A 5AC6A 1Q6LA 1OK6A 1ZALA 1XL9A 1EWDA 4QNWA 1R2TA 4J9JA 3W7KA 2R8WA 3W88A 2VEIA 4KKXA 1I2OA 4YCPA 3DBPA 4O53A 4UMCA 1IXNA 3QW3A 1L6SA 5CSRA 2V5LA 2NXHA 3JR2A 3KRUA 2DZUA 4BF9A 3F4WA 1JJKA 3VNDA 1LCOA 1KFKA 4MVAA 3TROA 4MFEA 4K7VA 5A5WA 5K3VA 2CZ5A 3TR2A 5I3KA 5BRBA 5KITA 4MOZA 2ZZ1A 3GAYA 1DQWA 1OF8A 1YPFA 4MLJA 1JR1A 1THFD 3ABQA 4H4IA 5TIMA 3RFAA 4K8EA 1D3HA 1SSDA 4AWSA 1H5YA 1PVNA 4CNPA 5CSSA 4WOQA 1NEYA 1L2UA 5KSWA 5K9XA 3NVTA 4ZQCA 1W5QA 5FEZA 3F03K 5CZSA 4MY8A 5G2IA 3LHZA 4QISA 3QPZA 3EX3A 1TCDA 4UMBA 2H8ZA 5EA9A 3WK0A 2I1OA 2OJPA 3W1LA 3W7MA 2B7QA 2YSWA 2QCDA 4AAJA 5F2IA 3FYPA 4Y6GA 3CLMA 3QMTA 3G8RA 1E51A 3S1XA 1YXCA 2VXNA 4FHAA 3CIWA 5K9CA 4NJJA 3MUXA 4UFJA 1LLZA 3W75A 2BLEA 4LOCA 3SZ8A 1MSSA 3IGUA 7TIMA 3PG9A 4GNJA 4JTSA 5DBTA 2ISVA 2A0NA 3HG3A 3LHTA 4CQ8A 2RDTA 3K30A 2ZQ0A 2QCHA 1HL2A 5FEPA 1SU5A 4KFPA 2NXGA 4XBSA 1NSJA 1X8FA 1JQVA 4CNOA 3M0ZA 1OFAA 3EX2A 3LTSA 5FF2A 4HSNA 5TBOA 5F2GA 3QQ1A 2R94A 1AMKA 1KM3A 4WXYA 2GQAA 3G1YA 4KWWA 4GUFA 3LERA 1LRTA 3IIVA 1J2WA 3LCHA 3G24A 2W0UA 4K38A 2YFNA 4JTTA 3LXCA 2QUVA 1KW1A 4A21A 1IIHA 3TSMA 3LXBA 2ABBA 3MYOA 4JTIA 3LV5A 3NQMA 1V5XA 1T0OA 2YX0A 1X1ZA 1R30A 4X9SA 3DKJA 2X30A 4TO8A 1SO4A 3MP5A 3M43A 3T7VA 3OA3A 3PY2A 4EVZA 1GZGA 1KFEA 1EB3A 4Y90A 2ZZ6A 1LLWA 2G97A 3C4UA 3N14A 3SGZA 5FF4A 2V0TA 4UTWA 3KFTA 4HNUA 4L4MA 2QUTA 3QYQA 1B3OA 3DFQA 3E49A 1XBZA 4LS0A 3TAKA 2ZRZA 3TFCA 1SFJA 3QW4B 3C2RA 2CZFA 3MBDA 4LY8A 1DV7A 4XUGA 1KTNA 1SZFA 2C19A 1VCGA 4CQ9A 1DJNA 4XBKA 3FFSA 3P8IA 2QUUA 2Z2UA 2X2GA 1B4EA 1TPH1 2ATMA 2HMCA 3UZ5A 2ZZ2A 4R34A 4Z08A 4K8HA 3KHJA 5F4XA 5J5RA 1FXQA 5KZMA 2HS8A 4HNNA 2OX1A 5AOUA 4DEFA 3W2UA 1OFBA 3HBLA 3LI1A 4LT9A 4L4LA 3HGOA 1IGSA 2V5BA 2ZZ7A 1QPRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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