3LHTA

Crystal structure of the mutant v201f of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIFGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 81
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3lhtA00
2R94A 3W7NA 5G5IA 5MHBA 3DFOA 1M5WA 2RDTA 3F1QA 5D2VA 4O15A 1WQ5A 1FQ0A 1RQHA 3TXZA 1GWJA 2C14A 5HWJA 5L9FA 2TMDA 3LRLA 2JGQA 3CQ0A 3HPSA 4NNCA 1OFQA 2BTMA 5HR7A 3PB2A 5C5YA 3ANYA 5T26A 1ZY9A 4LUJA 3JR2A 2WJZA 1UBSA 4AH7A 2WOQA 2ZA1A 1H1YA 1H7PA 4ML9A 4JEQA 5K2ZA 3EXTA 1XUZA 1F6KA 4N02A 5CG7A 5KINA 3QFEA 2VFIA 3IGUA 3PULA 3G1XA 3LCHA 3G18A 4ICNA 1WXJA 1MSSA 4GUJA 3L67A 5FF2A 3M41A 2Z1BA 3M9YA 1JUEA 4HNVA 3UWQA 3ABRA 2B0MA 4IMFA 3GAKA 1TB3A 1ADOA 3UZJA 1O5KA 2PCQA 2X1UA 3DGRA 1KFKA 3CEPA 3Q2DA 4O12A 5HINA 4Q33A 2V2HA 3P8JA 4WOZA 2E1DA 4NZJA 4UXDA 5DCDA 3I7QA 5IM51 3W7IA 3QF0A 3GK0A 1HFBA 3LHYA 2HSAA 4EIVA 5K9DA 3PC0A 1Z44A 5HUPA 2QDGA 1TPC1 5LHEA 1QFEA 3O8AA 3W74A 3C8FA 1KTBA 4YCOA 4DF2A 1LOQA 5D04C 3RLVA 4FIRA 4GUFA 3W7LA 2O7SA 3B0PA 3NQFA 4FNRA 3N14A 4JY9A 1LOLA 1XC4A 4GUHA 1MO0A 1WX0A 1DV7A 4DF1A 3TV8A 1OF8A 1DQXA 4ZVJA 1SZEA 3I6RA 3Q94A 3GIYA 1Z42A 3STCA 1ZNNA 3LXBA 4HSNA 4RCXA 1QAPA 3TJXA 3UPWA 5AYYA 3RF9A 3C61A 3EX2A 3THQA 3UWYA 1UB3A 5EBUA 3SW6A 4O4VA 3MI6A 2WPBA 3OG3A 3T7VA 3NL5A 3W7JA 3IVSA 3HIJA 2YZRA 1VYRA 3W75A 1QOPA 5AOUA 4LVGA 3MBFA 3T55A 3OBKA 3LHZA 5TQLA 1LRQA 5GVJA 4PFMA 4R34A 5DLCA 1KA9F 2Z6JA 4EVZA 3W1MA 4O18A 2DZWA 3EXSA 4C1KA 3H55A 2Y6ZA 5A5WA 3U2OA 2Y85A 2YFNA 1VRDA 4ALDA 2GVGA 1GOXA 1XDMA 1MEHA 1U5JA 1W3NA 2WO5A 3C2FA 2OT1A 3S5NA 4FXRA 1F73A 1JCYA 2J88A 1JR1A 1SU5A 4JN6A 1LBFA 2ZRVA 4LTSA 3BLFA 3ZWSA 5BW6A 4CQ8A 1QCWA 1HUVA 2GVLA 1VHCA 2YYUA 3QRHA 4JTUA 4AHQA 3LRKA 4GJ1A 2ZTJA 3C2VA 1ML1A 3G22A 3EWBX 1GYNA 2XN0A 4N4PA 1BKSA 3DFQA 1W5MA 4N9DA 1K8ZA 2QUVA 4BI6A 1QWGA 3QYQA 3BW3A 1F7BA 3NZ1A 3W9ZA 3LCIA 3LCLA 4I9AA 4IX0A 5BMWA 2PURA 2JBMA 4MZ1A 5K4XA 4LY8A 1OX5A 2RFGA 4MJMA 2P10A 3S9YA 1SSGA 3NVTA 3KRUA 4M7TA 3M5VA 1FWSA 4MIMA 3HG3A 4Y6GA 3O16A 5D2XA 5CPNA 3IEBA 1KTNA 4WZHA 2WSYA 4NXKA 1ME8A 3TW6A 1ME9A 4LUIA 5I3IA 3C2RA 5CZSA 3PR2A 1VCFA 3BG3A 1RR2A 1YTKA 1JCXA 1LROA 2YW3A 5DN1A 3W6YA 3C6CA 3JRKA 1JQXA 2AAMA 3NQGA 4Q32A 3S0CA 5AYXA 1CX9A 2YFOA 1GG1A 4IOTA 4JIQA 4MKNA 2VEIA 2JKEA 3NO5A 2EF9A 2QCLA 1KM0A 1B3OA 3L0KA 1XBZA 4LT9A 4MLRA 4O1DA 2EHHA 4CNOA 1B57A 1WYIA 3FYOA 1P4CA 4YWIA 2J6XA 4JS3A 4JYFA 4EWND 1JCLA 1CI1A 1H5YA 1LCOA 3L5MA 1VH7A 4UFKA 2V5LA 3MW7A 1G7UA 1H7WA 8TIMA 2GUUA 1QPQA 5HJLA 1IIHA 3NGJA 4FEZA 2B4GA 5AC7A 4Y8FA 4OBTA 3W87A 2GPTA 1LOSA 2QKFA 3P7YA 1KW1A 4JNMA 5DCEA 1IXQA 3W1LA 4WOQA 2PC4A 4CQ9A 1I2OA 1H61A 1W8SA 4O53A 5KITA 4MZ8A 5CZ0A 4JIPA 1YXYA 5LGZA 3GVGA 1F76A 2R91A 2PRMA 3L5LA 4H6KA 3TFCA 1KFEA 1TV7A 4GRSA 3KFTA 3W2LA 3BLEA 3TCEA 6TIMA 3O6CA 3M7WA 1VHNA 2TPSA 1QDSA 3PS7A 3S1UA 1DHPA 1L9WA 4UNLA 4JTJA 2Q3OA 2QF7A 1JCMP 1KFCA 3KXQA 1ZCOA 4W9TA 5G1TA 3EWYA 3DAQA 5C2XA 1Q6OA 4O28A 2ATMA 1ZFJA 2E77A 4I7VA 3R8RA 5CPLA 3DXIA 1KM2A 4OV4A 5EYWA 1YLVA 3NOEA 3QM3A 1F2JA 1O4UA 3G1SA 1XKYA 1XL9A 3GNNA 5FEPA 3G0XA 4UR7A 2QCFA 3GZ3A 3MBDA 4YLWA 5AYZA 4HPJA 2Q8LA 1SZNA 4M5PA 2YSWA 1SO5A 2V82A 1L6YA 3KAOA 1YDVA 1O95A 1N8FA 3EEGA 3KVKA 4ZMGA 3M43A 1Q45A 1TQXA 4NJJA 4C1LA 3HQ1A 1K8YA 2RDWA 1QR7A 5CSRA 3C4UA 4KWVA 4HNUA 3EX6A 2QJHA 1EP1A 1DVJA 2ZA3A 3FOKA 1JUBA 1VC4A 3GR8A 2ISVA 1DKWA 2FFCA 1XDLA 1JRCA 4N6FA 2V81A 4RXFA 1R46A 1YTEA 2VFEA 4XBSA 4DO4A 2A0NA 4O0ZA 3DHFA 2E6DA 3EX3A 3WK0A 1EWEA 4JTKA 3AO0A 2ZZ4A 2XN1A 1S3HA 3UXDA 1SO6A 2NX9A 3C56A 3I7SA 4RJEA 3FJ6A 1EA0A 3G1FA 2A7RA 3GDRA 3W2UA 3PM6A 3RU6A 4O1CA 5D33A 1VJIA 3NPWA 1ONRA 3TMLA 3A21A 4D2JA 4AMAA 4NXSA 5K4ZA 4IPIA 1PE1A 3O06A 2F7FA 3CM4A 2NXGA 1I4NA 4MUZA 3QZEA 4FNSA 4QSHA 5D37A 5I3FA 2HTMA 1O60A 3HGRA 1G4SA 3I68A 2NZLA 3FYPA 1C29A 4IMDA 3MI2A 3OVPA 4FHAA 4CQAA 4DBEA 5AB3A 5KTLA 3CEUA 2ZRYA 5FF4A 1KLYA 5FESA 3S5OA 5HR6A 4JICA 2Y7EA 3W2MA 1SR9A 4N9BA 4JTTA 1M6JA 5G2HA 3R5EA 3G3MA 1Q6QA 4DEFA 3F03K 1LZOA 1Q3NA 3G3DA 3INPA 1TQJA 3DBPA 4PC8A 3LCXA 3UD6A 3TR2A 4MLJA 1K02A 4XTIA 2CWNA 3Q58A 3PBVA 3B04A 2YYTA 4ADSA 2QUTA 3G0UA 2VEPA 3FKRA 1S5TA 2A85A 7TIMA 3OEXA 2PRLA 3GKAA 3BGGA 1CW2A 5D03A 2QCCA 2X16A 4E0CA 1DBTA 3EWWA 1FCBA 2P0OA 3LOTA 2A21A 1S5VA 2J9XA 1AMKA 3NM1A 3WFAA 4A3UA 3W7PA 4ADTA 1ALDA 1R30A 4YL2A 1I2PA 3V1PA 3UY7A 1PV8A 2BLEA 1TYGA 3MUXA 2BXVA 3BO9A 4YMZA 4O0KA 1WA3A 3ABQA 1EPXA 4EF8A 1PVNA 4FB7A 1DJQA 3DH7A 1EP3A 1LDCA 1XM3A 1IXNA 1VLIA 2X1SA 3OVRA 4A21A 4DBDA 4O19A 3L66A 2ZRZA 3HO8A 3SI9A 1VLWA 3MP5A 2W6RA 4LVBA 5KSWA 1IGSA 5AFDA 1X8FA 3EWXA 4GC4A 1X1ZA 1NF0A 3W2JA 2OT0A 1ME7A 1OHLA 3NDOA 1MEWA 4P61A 4LRTA 2C0AA 4U4MA 4AHOA 1FCUA 3N2MA 1OK4A 2Y88A 3IIXA 2QJGA 3IV3A 4YXGA 5G4EA 2ABBA 5D2WA 3CWNA 5CPMA 4AHPA 1TTQA 4O13A 2BZNA 4K6AA 3E0IA 3QMTA 5E1QA 2AGKA 1IXPA 4ONVA 4NX0A 1K7FA 1PHWA 3NPXA 3E96A 3LHWA 4P2VA 4UFHA 4WUIA 5G1YA 3TQ0A 1V7YA 1XI3A 2H3BA 4UCGA 2OX1A 4MZYA 1GVFA 3P62A 3G8EA 2RH9A 2V9DA 2DZPA 3W88A 1OFAA 2TYSA 3B4UA 2V5BA 1A50A 3DKJA 2CLFA 2VFHA 3C0JA 1H7OA 1B9BA 4UMBA 3W22A 3QPZA 2DJLA 1RVGA 4UTJA 1JRBA 3LXAA 4JXCA 3N34A 2I9EA 3GXNA 2DU2A 1GTEA 3BW4A 1G69A 4DF0A 5SWUA 1EIXA 1K8XA 4ZQOA 2XN2A 1U83A 2G97A 5CZJA 3MP4A 5F4XA 3VFLA 4Y90A 5IBXC 1EB3A 2D73A 1GVRA 4WY0A 4TU1A 1PIIA 3MHFA 3PSWA 3ZR4A 3VCRA 5FI8A 1F74A 2ZZ7A 4JTEA 1OFRA 1JCNA 2DZUA 5J5RA 1GEQA 1OFDA 1FUYA 2QJIA 3EX1A 2ZTKA 3NQAA 3PBYA 1WBHA 1SQ7A 2FB3A 4GBUA 3NNTA 2CLOA 1TV8A 1YPFA 3HG4A 1NFBA 1SSDA 1C8VA 1QNVA 3W1QA 3CC1A 4X2RA 4KFOA 3NQVA 2Y62A 1KV8A 3FEMA 3TDFA 1NEYA 3OHIA 1AW5A 4L4MA 1LLWA 2C18A 2AQWA 3L9CA 4KKXA 4E2DA 1LM1A 1UUOA 2E6FA 1W0MA 1W54A 4M19A 4CLMA 3P67A 5H2ZA 1MEIA 5HULA 4OE7A 3O05A 4N4QA 2CLMA 3S42A 1HO4A 3MP3A 4E38A 1Q6RA 3BK0A 4TR9A 1QPOA 3O07A 4TMCA 1TMHA 4MYAA 1K7EA 1ICPA 3OIXA 4NJGA 1T0OA 4IQLA 4AEOA 1DOSA 2CLLA 3QQ0A 4Z08A 1DL3A 4ZQCA 3UWWA 1D9EA 4QNEA 1SW3A 5ABTA 2ALDA 3M44A 4EOUA 5TBOA 4O16A 1QPNA 3IIVA 1KM5A 1W5QA 5LNSA 4IJBA 3LX9A 2ZZ3A 1I2QA 1KM1A 4RZ6A 1PS9A 5BRBA 4NU7A 1ZHAA 1VCGA 3L0GA 4N2YA 4BR1A 4R7JA 1RZMA 2LLEA 3DZ1A 1OFEA 2NX3A 4UTTC 1QPRA 1LORA 1WBJA 3D0CA 5E0KA 6ALDA 1FDYA 3USBA 2Y61A 3G1YA 2WNZA 5C54A 3W07A 3P5ZA 4L4LA 1F5ZA 5HWMA 4O1AA 1G6CA 1BWKA 4MY1A 2I1OA 3S1XA 1TRDA 3BG5A 5C6MA 2VOMA 1FDJA 2ZZ1A 2TRSA 3QH2A 3FIGA 1I45A 3W3OA 3WJZA 3P81A 1ICQA 1OYBA 3W1UA 3A23A 3CWOX 5EKYA 3QMSA 2VFDA 3NR0A 3E9AA 3O6YX 4K7YA 1K7XA 1P0NA 4MVAA 1EUNA 1GPWA 3NQ8A 4BWLC 2BWGA 1H7NA 4JGDA 5KMYA 2J9YA 3CIXA 3N3MA 3W76A 2OCZA 3EB2A 3L2IA 4Z0JA 3DFSA 3WK1A 2FQIA 5F4WA 2YW4A 4MFDA 3NPVA 5BOOA 5F2MA 3R2GA 1Q6LA 4IX2A 2FPYA 2FJKA 3NQDA 3G8RA 4O8RA 5A8GA 3LRMA 1LYXA 4GXMA 4OT7A 3N9RA 1TPDA 3W7MA 3L65A 3BGJA 1HO1A 5G2WA 3G1HA 4FIQA 4LS0A 2R8WA 3EKZA 4X9SA 2WV8A 1LP6A 1DORA 3EWUA 4O1BA 2QCGA 3R12A 3LV5A 5CPOA 4U28A 5DBTA 1SPQA 1TV5A 2Y7FA 4FX8A 3LHVA 3DHDA 2KZHA 4BK9A 1K03A 2BSLA 3MYPA 4LNYA 3R89A 3AJXA 3N2XA 3T4CA 5D02A 4N9CA 3MI3A 4ZQNA 2B7OA 1VGAA 2DP3A 4LW7A 3NL3A 4LRSA 4GWEA 1EUAA 2G5WA 2G95A 1AL7A 5LNUA 4TO8A 3W1NA 1A5SA 1N55A 2NLIA 1FCVA 3C2EA 1O5XA 4QJ1A 3W1XA 1TPEA 3QEZA 3HMJG 2DORA 4RR4A 1C9DA 4WY0B 3EKLA 3LERA 3LLDA 1KM6A 3LTPA 2FPTA 1FDZA 1VYSX 5FF7A 4UMCA 4UMAA 2NUWA 2OZ0A 1IIGA 4XUGA 3FFSA 3IIPA 3HG2A 3DFPA 1YDOA 4TX9A 4DO6A 4NNBA 1UCWA 5AHFA 1OFOA 4UC5A 4Z1BA 4HNNA 2NUYA 2GJLA 3NAVA 4XQ6A 4JY8A 2YGYA 3W7EA 2JK2A 2V30A 2VEMA 3SGZA 3LV6A 2H8XA 4UTLA 1LRTA 3HJZA 5DELA 2GVJA 3TFXA 4HKPA 3STGA 2A4AA 3NEVA 1KBJA 1KFJA 3W7DA 3EXRA 4O4WA 1MZHA 4JX4A 2W0UA 3CLMA 2Y63A 4GFSA 2DZVA 4RX0A 2HMCA 1PCWA 1A5AA 4UTMA 3UZ5A 3TQVA 4ZQPA 3LTYA 3GLCA 3MHGA 1OYCA 2GOUA 3LCWA 1P5BA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LAU A;  2DQW A;  1M5W A;  3RCM A;  4US6 A;  3F1Q A;  1WQ5 A;  3TXZ A;  1GWJ A;  4Y9M A;  4AD1 A;  3H22 A;  4NI3 A;  5L9F A;  2C7F A;  2VEF A;  5C5Y A;  1ZY9 A;  3B9E A;  4LUJ A;  3VOF A;  1NOF A;  4AH7 A;  2ZA1 A;  4ML9 A;  5A8N A;  5E0F A;  3N1A A;  4H8H A;  1F4A A;  3FJN A;  3IJD A;  3MB9 A;  1IT0 A;  2A79 A;  2VFI A;  3WF3 A;  5FL1 A;  4ICN A;  1WXJ A;  3PNZ A;  4MPK A;  2PF0 A;  1NAR A;  3KDN A;  4IIH A;  9RUB A;  3OLG A;  2B0M A;  3I4K A;  1UC5 A;  3GAK A;  3H7R A;  3D6N A;  1ADO A;  4MWA D;  3UPM A;  1O5K A;  1C8Y A;  3A9B A;  2F9R A;  3N18 A;  2ASH A;  2E1D A;  1CIU A;  4NZJ A;  2WMG A;  3I7Q A;  2XZ7 A;  1DJG A;  3W7I A;  1HFB A;  5LHE A;  3PC0 A;  1TJ2 A;  3H2A A;  1FH9 A;  2ZVR A;  1E6Q M;  3EKG A;  4HU4 A;  3SCT A;  4H1Z A;  3TTS A;  4YTS A;  3AZT A;  1AQF A;  1U5H A;  4YCO A;  1OD0 A;  3KTX A;  2AL2 B;  1CXH A;  3CLW A;  2VOT A;  2FZB A;  1XKJ A;  3NQF A;  2D2O A;  1LT8 A;  1E0W A;  2ZX7 A;  1MO0 A;  1UH3 A;  1RP8 A;  1E40 A;  3AS1 A;  4DF1 A;  3QV9 A;  4ZVJ A;  3I6R A;  3GNO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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