3LHYA

Crystal structure of the mutant i199a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAAIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 81
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3lhyA00
4CCCA 4MY8A 2PRMA 4XWUA 1LRQA 4UUIA 1WX0A 3W7MA 4JTJA 4FNPA 3NQCA 1ICPA 1TPUA 2FPYA 2ISVA 4RZ5A 2WSQA 5CSRA 4GE8A 3OVQA 2BZNA 1W3NA 5DBTA 2E1DA 2JGYA 3W7QA 3A21A 4LUIA 4NXKA 3L0NA 3BGJA 2A4AA 4JD4A 1YDOA 4M7SA 4EF9A 3C2RA 1GVOA 1OFAA 5KITA 3MP4A 4P61A 5I3KA 3GAYA 4N4PA 3IGSA 4XBKA 3S5YA 1OFDA 3GYEA 1TJPA 5AC6A 3PC0A 4UR7A 3G1FA 4O53A 3SZ8A 4E2BA 1LLWA 3CC1A 5I3JA 3E0IA 4CNNA 5K3VA 3LLDA 1K7FA 1JCMP 1DL3A 4BI6A 4AAJA 4PCFA 3THAA 2JKEA 1JQXA 4POCA 5C6MA 3UWUA 3GAKA 4LVBA 2FB2A 3P74A 2VFDA 4S1FA 1GG0A 1SZGA 4ALDA 2EGZA 4YL2A 1G4TA 1SUXA 4Z1AA 1B4EA 4N02A 3P5YA 3LHVA 3B0PA 1V5XA 1W5OA 2GVJA 2F84A 3P8IA 2WPBA 3G0XA 4MJZA 5D33A 5FESA 1Z48A 2QDHA 1SFLA 1G4PA 1I2OA 2QAPA 2PE4A 2CLIA 4LW7A 3S1XA 2VENA 2DZPA 2ZZ1A 3BW3A 3LI0A 3P60A 2PURA 3FFSA 4PFMA 4JYFA 4A2RA 3GKFA 3IIPA 3R13A 3QSRA 1VQTA 4FX6M 1L6SA 2HMCA 3EWBX 4O50A 4GNJA 5TBOA 4M7TA 2VEPA 1KM5A 1K8XA 5D03A 4EWND 4DEFA 1EB3A 3NVTA 1TO3A 3GIYA 3E96A 4MZ8A 3FEMA 3ZS4A 3DZ1A 4LTSA 3NQVA 1M6JA 3LHTA 1IXQA 1AL7A 1OFQA 2C13A 1S5TA 3E49A 3SGZA 3PSVA 1VCFA 2QUVA 3O6YX 4KKXA 2Q3RA 3G18A 3QW3A 5E1QA 1DBTA 2QJHA 2QKFA 2E5BA 4AHQA 3DHFA 4MKNA 3LB0A 4JTHA 3W2KA 2NLIA 3N3MA 2J24A 3G1AA 3FJ6A 1TPC1 2DZTA 1F2JA 2JK2A 4AMAA 4UTTA 3QH2A 5HR7A 2CZ5A 1JJKA 3EX3A 3R8RA 3VE9A 2YPIA 3S1VA 4IX0A 3TAOA 2C16A 3W1PA 3G3MA 3VKJA 4IOTA 3L68A 2QUTA 3B0VC 1H7XA 5AHFA 5D30A 2G97A 5AC7A 1KTBA 1VRDA 4QJ1A 3NPXA 3S8HA 5EY5A 5G2HA 1XKYA 2EKCA 2VXNA 3M5VA 1UASA 2B0MA 1OX4B 3N73A 4KFOA 2W6RA 4JYEA 3SIZA 4MUZA 1TPWA 2VFHA 2Y7GA 2ZZ5A 3DFOA 7TIMA 1W5MA 3O05A 2WNZA 4HT3A 1IGSA 3P80A 3TSMA 3G22A 5K9CA 1I2QA 1YPIA 1F6KA 5CPOA 2R8WA 4WQ6A 3THQA 3NO5A 3P8JA 3TSDA 1WXJA 2BXVA 3NQMA 1G69A 4GUGA 3W2NA 4OT7A 1O60A 3M47A 3TJLA 1H7RA 4LV9A 3EX2A 1KA9F 2OT1A 1LORA 4I7UA 1W5QA 4UFIA 2WV8A 3L9CA 4JX5A 5F1VA 3ATZA 4HSOA 1D3GA 3QW4B 4OGZA 1JRCA 1RVGA 2VEMA 2QCMA 1PV8A 4JN6A 1A53A 3MI3A 3G24A 3W7JA 4QSHA 2QJGA 2GQ9A 3LCFA 3N2XA 3KX6A 1XBYA 3LRMA 4O19A 1OK6A 3DI0A 5C2XA 3USBA 4B5NA 4ZL1A 3B05A 4O18A 3EWWA 1YXDA 2QCDB 3MYPA 5EA9A 3N2MA 3RLVA 2Z6IA 1W3TA 3C6CA 4IMCA 4AF0B 2V81A 4FEZA 1BWKA 2BTMA 1BEUA 3FOKA 2TRSA 1AMKA 1XDMA 5LNUA 2WOQA 1KFJA 1QPOA 4N9BA 2VEIA 1YXYA 1GYNA 2FTPA 2OX1A 5K9XA 2ISSA 1T96A 1U5JA 3T55A 2VKZG 3G8EA 1QR7A 2ATSA 3LCHA 1TMHA 4UMBA 3QFEA 4WX2A 5G2IA 4HNVA 5EKYA 5BOOA 1OFEA 1OABA 1DJNA 4FX8A 3UWZA 1AW1A 4MLRA 3FLUA 4O1DA 5G1YA 3LLFA 3G3DA 4JTGA 1M5WA 3W22A 4XUGA 4GWEA 3HMJG 3W2LA 2V2DA 1IIHA 3Q37A 1EUAA 3S0CA 2Y63A 1EPXA 1JVNA 2QDGA 5IBXA 5D32A 2H90A 3KVJA 2TMDA 1H1ZA 1OK4A 2ZTJA 3IGXA 3FYOA 1J4EA 2VFFA 2NX3A 5CZJA 5DY2A 3A5VA 4EVZA 2NX1A 3L5AA 1LRNA 2PCQA 2ZZ6A 4PL2A 3GDRA 4NNCA 3RNDA 3W7RA 3NAVA 2FIQA 3G0SA 3EWXA 3P84A 5EL1A 3W7LA 2ZA1A 1H51A 3PBVA 1XUUA 3A22A 3W7GA 1HUVA 4IGHA 3W1AA 3FYPA 4UTLA 3GK0A 4IX2A 3VNDA 1LZOA 2VFGA 2XN0A 3FA5A 1LROA 1MZHA 3LCGA 1OX5A 5I3IA 4I7VA 3ABSA 1TV7A 5EBUA 3MI2A 5F4XA 2CWNA 5D38A 1KBIA 3W1NA 1Z42A 5AHEA 2YGYA 4ZMGA 2HS6A 3CIXA 3CU2A 4UFMA 2E5CA 5LGZA 4K6AA 3BV4A 1XXXA 3W83A 1NAL1 3WFAA 4YLWA 5F2GA 1DHPA 5J5DA 3CEPA 4HHPA 4JIPA 2YX0A 1Y0EA 2EAWA 1LCOA 3F4NA 4TIMA 3C4UA 1ZENA 2QCHA 3WK3A 3TE9A 3R5EA 1M7PA 4M6VA 2E6AA 3TMQA 3L66A 1YXCA 2NUXA 4GUJA 5AB3A 3OIXA 1Q3NA 4ZZ9A 4UMCA 3PBUA 2YW4A 4RX0A 3HG4A 4H6KA 5T26A 1FY6A 3SW6A 3GXPA 3TA6A 4WOQA 4IXXA 3UZ5A 3TW6A 2QEZA 1SW3A 2Y88A 5CZ0A 4NZJA 3ELFA 4LC8A 3EB2A 1G4EA 2ZZ7A 3PUOA 4DBDA 4WD0A 4PODA 1J2WA 4MOZA 3O07A 1VHCA 3VCRA 1SO5A 2ZZ3A 1RR2A 3P5ZA 2OJPA 3NZRA 3PAJA 3TC6A 4MZYA 2J88A 4IQLA 4RZ6A 3QM3A 4OQVA 1LDCA 1EWEA 3D0CA 3PS7A 5CG7A 4ADTA 3HJZA 1PE1A 3TJXA 1KFLA 3LBCA 5FF7A 5LSMA 3W7HA 1MEIA 3G0UA 4FO4A 1VCGA 3MI6A 4XTIA 6TIMA 2A7RA 1O4UA 3PWAA 3NL5A 3HQ1A 5CKSA 1FDZA 1ZHAA 3PG8A 4G1KA 3LBMA 2ATMA 4Y90A 1KV5A 1ZNNA 3KRUA 1VR6A 2RFGA 3P82A 2ZA2A 2BX7A 2Y62A 4JTSA 2RDUA 4AWUA 5BNKA 2ZTKA 4L4LA 2NXIA 2FQIA 1L2UA 4Y96A 2X1UA 3W6YA 4QITA 1O94A 1MEHA 1YTKA 3GXTA 4LT9A 1VS1A 1GWJA 4X9SA 4NJJA 1O5KA 3KHJA 5E0KA 1SFJA 2JKPA 3M43A 1WOAA 3T78A 1DQXA 3NQ2A 4RR4A 1WQ5A 1FCBA 1TRIA 4YCOA 4IWWA 1Q6QA 2EHHA 1FDJA 3IIVA 1LBFA 4IUOA 3WK1A 2JKAA 1XDLA 2CU0A 2DZXA 2VELA 4LV4A 2RDWA 4DPPA 3GZ3A 1HFBA 2GVGA 4O10A 5LNSA 2P1FA 1VYRA 1ZAJA 2YR1A 1MO0A 2ABBA 4HNNA 3BLIA 4M6QA 1ZY9A 3HIJA 1TV8A 4JTKA 3T44A 3H54A 1ZAIA 4JTLA 3YPIA 4YCPA 3NM1A 1ZFJA 2Z0IA 3E12A 1Q6RA 2Y7DA 4UCGA 1JUEA 3G8RA 2AAMA 1OX6A 5D2VA 4IPIA 4IMEA 3S1UA 1K03A 3NQ6A 1W0MA 3NQGA 1MSSA 1WAUA 1GTHA 2V0TA 3P7YA 1ICQA 4XTDA 2DZVA 1W37A 1EP1A 1EUNA 4M19A 1OFBA 4O17A 3TXZA 2ZBTA 4K37A 2ZQ0A 2W0UA 1I8JA 3CTLA 3M5ZA 1QFEA 3RMJA 4AEOA 1B57A 3F4WA 1CI1A 3G1YA 3KVLA 5DXXA 2LLEA 1LP6A 3HPZA 4NNBA 1D3HA 1H7WA 1IXNA 3BG3A 2BWGA 4JY9A 4LNYA 5H91A 1OF6A 4ZQMA 2AGKA 1H5YA 5H2ZA 4NQ1A 5K9DA 3L65A 2WO5A 4FNRA 4PA8A 3LHUA 3CEUA 2H8XA 1JUKA 3GR8A 2E6FA 5U7SA 3EX1A 1KM1A 2C0AA 4TU1A 2FB3A 4JNMA 4RKAA 2GQ8A 4H3DA 5LNRA 5LHEA 2ZRVA 3QPZA 4O11A 4BI7A 2NUWA 5HWNA 5F4WA 4UIOA 4RXGA 1FCUA 1I45A 3G1SA 3I6RA 1OFRA 1W56A 1JRBA 3KOFA 4HN4A 4E38A 4MLJA 5ABTA 4YMZA 4RZ4A 4EIVA 2B7OA 4UNKA 2ZRYA 5HINA 3NOEA 4O14A 5FF3A 2WKJA 1ML1A 1QMLA 3NPWA 4UTTC 1Q6OA 1SW0A 1WBHA 3W1LA 1GOXA 3FKKA 3KFTA 1OFOA 1PCWA 2RH9A 2FFCA 3SGUA 5A8GA 4O54A 4HPXA 2X1SA 4BR1A 4UFKA 5D2YA 3MYOA 2NXGA 4JTIA 2C18A 3K30A 1UJPA 1KFCA 1FXQA 3N9SA 4O0ZA 5FI8A 2Y85A 3ABQA 1Z41A 4E2DA 5CZSA 3EEGA 5K4XA 3NPVA 5L6UA 1X8FA 1SO3A 3P67A 3NGJA 3GDMA 1FWNA 2OCZA 3CHVA 4DO4A 4FXSA 1T8XA 4OHQA 4UFLA 4C1KA 2ZRZA 3NXFA 1BKSA 4C1LA 2ZZ2A 1M7OA 5E93A 3W7CA 2DU2A 3PBYA 3BG9A 2Z6JA 1K3UA 1A50A 3W75A 1SSGA 3KVKA 3LGEA 3LM7A 1W3IA 5AYXA 4RXFA 4I9AA 3U6WA 4IMFA 3EKZA 2VC6A 2QR6A 4JIQA 1JCXA 3W84A 1P5BA 3AO0A 3BO9A 3TAKA 3HGRA 5DCEA 3DKLA 3SR7A 2E09A 1NVMA 5AHMA 1PL9A 4UMAA 1GQNA 1ADOA 1AW5A 3LTPA 3VI2A 3R2GA 1RV8A 4O16A 3W85A 1VYSX 5C55A 2E6YA 4IXHA 4E0CA 3W7NA 4HSNA 3W87A 3L21A 2TYSA 3NPUA 4GC4A 2ZFAA 5LZLA 2X1RA 2BLEA 3QMTA 3T7VA 3Q2DA 1RPXA 2H3BA 4DBEA 2CLMA 2B4GA 3W2JA 1PIIA 5SWUA 3TSBA 1F73A 4CQ8A 2C3ZA 4NUWA 3IGUA 3O6DA 2NV1A 3WJSA 2WQPA 5LNVA 4Q33A 3TU9A 1IIGA 3TW7A 4PH6A 3CIWA 5C54A 1X1OA 2A2IA 3BARA 3O1NA 1PHWA 4K38A 3PULA 1TCDA 4O13A 2X1TA 3M9YA 2YDAA 3CWOX 4OE7A 3PB0A 1F6PA 3UWQA 3TQKA 1ALDA 1FXPA 2HS8A 4U4MA 4NNAA 1QOPA 4ZQRA 3TNOA 2Y70A 2V8ZA 4AXKA 2QCLA 5FF2A 2ZDRA 2UV8G 1P4CA 1TRDA 1CW2A 4NX5A 8TIMA 2YW3A 3I7QA 3T4CA 3KVMA 3W86A 4QIUA 2GOUA 1QAPA 1QDSA 2H3DA 3H53A 4Z08A 4NJIA 1RZMA 1TTQA 3W7KA 4BI5A 5D2WA 1XBXA 4BF9A 3IVUA 3GR7A 5FEPA 3N14A 5G2WA 1QPNA 4O12A 1DJQA 2J9XA 4JTFA 3H55A 5IBXC 4ZQCA 4GBUA 1LLZA 3NQ7A 2VEKA 3L5LA 3LCIA 2DJLA 3B0UX 4AH7A 2R14A 4DF1A 3LHWA 2ISWA 1GVRA 4JS3A 3NL6A 5FF0A 4WOZA 1S5WA 1IXOA 1S3HA 1O95A 1C8VA 2CZDA 4N6FA 3GDLA 1SPQA 4JX4A 2CLHA 4TMCA 1GVQA 1OVDA 3PUDA 1H50A 2HSAA 3QJAA 5LGXA 2CLFA 5BMWA 3MBFA 1ONRA 1VZWA 2PRHA 3BGGA 1A5SA 3A5FA 2OMAA 4K8HA 5DCDA 5D37A 1HL2A 3GVGA 5D2TA 3LHYA 1XFBA 3MMTA 3C2OA 1W5NA 4ICNA 1JCLA 4GXMA 2O7SA 2VFIA 1NEYA 2C19A 3CWNA 3UXDA 3EXSA 1KFEA 4NT0A 3EWZA 3IEBA 1KFBA 3KXQA 1GVFA 1LRTA 2V2CA 4MIMA 3UY7A 3MO7A 1LOLA 3E9AA 3M5YA 5KZDA 4LS1A 4AB4A 4WXZA 2I14A 1VH7A 3E02A 1SO4A 1N55A 3HGOA 4NU7A 2DZUA 3MUXA 1KM0A 3TX9A 3LDVA 3DH7A 4AWTA 1YYAA 5IM51 5D05A 4JYDA 4ML9A 3LI1A 3TR2A 1VLIA 4ZQOA 3PY2A 3DGRA 3M6YA 3O06A 2V82A 1SQ7A 2NUYA 4JXCA 4K36A 1AG1O 2Z2UA 1YADA 4R34A 3SECA 3UWVA 3B8DA 4YWIA 3NR0A 3IIXA 4LVGA 1OYBA 4Z0SA 5HMSA 2QCCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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