3LHZA

Crystal structure of the mutant v201a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIAGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 81
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3lhzA00
4BWLC 5CGQA 1QPOA 3L66A 1XXXA 4Q32A 3CIXA 2H3DA 1VLWA 4KFOA 4E0CA 1OHLA 1MZHA 3GAKA 1VHCA 4K38A 3KHJA 3G1DA 5F2LA 1H5YA 4UTKA 2CLKA 2V81A 1G67A 1LDCA 4BI6A 2BLEA 3OHIA 4UC5A 3TX9A 3TMQA 2QDHA 4FNRA 3MI6A 5KSWA 1LROA 1F6KA 4DBEA 1TO3A 2ZZ3A 2BWGA 1HO1A 2E5DA 3RLUA 4FNUA 1M5WA 1QWGA 2TYSA 3E02A 3HO8A 3NNTA 2ZBTA 3LCWA 1EWDA 3M5YA 5KITA 4K8HA 1O94A 3PAJA 5EY5A 3LXBA 1IGSA 4XBSA 2JK2A 1W5QA 4MY9A 1XKYA 3M41A 3W7KA 3S1VA 3W83A 5AN7A 2VFIA 3SY5A 3E96A 2V5LA 4R33A 3HQ1A 5C5YA 5EYWA 1Q45A 1OFRA 1H50A 1KFEA 3W73A 1GEQA 1TSIA 4Y90A 3KRUA 4WY0B 2C13A 5DBUA 1FDZA 4QQ3A 1VPXA 3PBVA 4AWTA 3NL6A 3RU6A 3I68A 1M6JA 2OZ0A 2Y7EA 3IVTA 5F4SA 1AL7A 1XBVA 1GOXA 4IXHA 3LHWA 4MVAA 1S3HA 3TW6A 2V2CA 1CX9A 1KLZA 1W3TA 1CI1A 1TQJA 1FWWA 5BRBA 4YCOA 4MIMA 1H63A 4LW7A 3S1WA 5A5WA 3PULA 1FY6A 3PUDA 2X1SA 5CPOA 1A50A 2XN1A 3CIWA 3HGSA 1LM1A 1SZEA 1DQWA 2QCDB 1O5KA 4FF7A 5KINA 4JICA 1QDSA 3MYOA 3TXVA 3O06A 4AHPA 3LCGA 3KXQA 3QMRA 1LP6A 1VGAA 3B0UX 1TTJA 3N19B 2OT1A 3GNDA 1N8FA 2YXGA 1SW7A 5D04C 3W2LA 2EPHA 2DZTA 5F2MA 1OG0A 3WK2A 2H8ZA 4WY0F 3NXFA 1JVNA 3A5FA 5K4XA 1RV8A 2YYUA 3THQA 5IBXC 2C14A 4ZQNA 4NU7A 3B05A 5KZDA 4B5NA 1W8SA 2AQWA 4LRTA 2E6YA 2B0MA 2D73A 1FBAA 2J6XA 4JTIA 1GJPA 1H7XA 4DPPA 3PM6A 1OK6A 5F2GA 2AAMA 2HSAA 1QR7A 3D0CA 3LI1A 3OVQA 1X1OA 1JQVA 1Q6QA 3L5AA 4K37A 3UY8A 3TE9A 3W7NA 5IM51 2QEZA 3NQ8A 2YSWA 2B7OA 2FIQA 2V2HA 1UASA 1Z42A 3WJWA 1O4UA 3A22A 3PBWA 2FJKA 3QFEA 3BARA 3TIMA 1KV5A 1KV8A 3ABOA 2QUTA 5D02A 1YXDA 1I2NA 1LZOA 3B06A 3OVRA 1GG1A 3NQEA 5FF7A 2NWSA 2Y85A 2QJGA 3P5YA 3QH2A 4P61A 3W7OA 5U4NA 3CB8A 5D32A 8TIMA 3IIZA 4QIUA 1S5VA 3BLIA 3OIXA 2WV8A 3UNDA 4DF2A 4TX9A 1B9BA 4UTIA 3B8DA 3QMTA 2CZ5A 1F6PA 3TJLA 4RXFA 3NEVA 4YXGA 4K7YA 2WSRA 2WKJA 1IXPA 1YDOA 1BWKA 4OGZA 1DJNA 1YDNA 4ZQRA 1AG1O 3A21A 1YLVA 3GR7A 3UZJA 1QAPA 1U5JA 4ZQMA 2DJXA 4JX5A 1YPIA 1KFKA 2QF7A 3S1UA 1TYGA 4GWEA 1J2WA 3L0GA 1F5ZA 2TRSA 3HG2A 4JN6A 2A1YA 2CLMA 2NWRA 3Q2DA 4LY8A 1BWLA 5TQLA 3L2IA 3TSDA 3PBUA 1UCWA 3BW2A 3T44A 2VFHA 2C19A 1SSDA 4O18A 3BVJA 1TREA 1LLZA 1FUYA 1TPVA 4GC4A 3TC7A 5H2ZA 1MO0A 4R53A 3RFAA 3NVTA 1LYXA 4MY1A 1W5PA 2ISSA 2ZRWA 3LB0A 3L67A 1K02A 4TU1A 4ZQCA 3QEZA 3EKZA 4ALDA 5HULA 4IJBA 1RQHA 1F7BA 3WFAA 4LS2A 5CSSA 4CNNA 5CZJA 4AWSA 2I14A 3NM3A 3GNNA 2DJLA 4HNNA 4LV4A 2Y63A 1C8VA 2BTMA 7TIMA 4QAIA 3DKJA 1FDJA 5F4XA 3GVGA 1Z41A 3DBPA 3NM1A 1OJXA 5HQEA 2E1DA 1TV8A 3W87A 2V0TA 4CQ9A 4ADSA 4EIVA 3W3OA 5F4WA 3W7RA 2DP3A 3K30A 4Z0SA 4O1BA 1FXQA 1H7RA 4H6KA 5KZEA 1LRNA 2GUUA 1OFQA 1R2RA 3HG5A 3W7EA 2GVLA 1KTCA 4M7TA 3JR2A 4JEQA 1V7YA 1Z44A 3HOJA 1LBFA 1JCNA 3PSVA 4JIPA 3W1MA 4O16A 4FX7A 2F84A 3QPZA 1X7FA 1NEYA 1OX4A 2VXNA 3M1ZA 5LNVA 1QPNA 3FFSA 3HG4A 1WOAA 2CLLA 5C6MA 2ZA1A 1W37A 4FIQA 3NZRA 3LBMA 3FA5A 4OU1A 5EA9A 2FPYA 2DZXA 3MWAA 3IIVA 4LVGA 1MSSA 3EXRA 5DY3A 3UQNA 3ATYA 4AF0B 3NYZA 3SI9A 4JTTA 3NQ2A 4RK8A 2PCQA 3QYQA 3MI2A 1QCWA 1TTPA 4DF1A 3B4UA 4UFKA 3HPXA 5LNRA 3LHTA 3W2KA 2E09A 3N2MA 3MP3A 3M7WA 3GYEA 1K8XA 5G4EA 3Q37A 4S1FA 1K7EA 1LOSA 2X16A 3UZ5A 2YYTA 2QAPA 5DELA 2G96A 1AW5A 1RVGA 3C2EA 3NQAA 3GXPA 5G2IA 2R14A 2ZRUA 3SW6A 2P0OA 1FWTA 3IIOA 3TJXA 1M7OA 4ICNA 3M6YA 4ORMA 5K9DA 3TA6A 1MEHA 1SSGA 1NAL1 3W7CA 1L6WA 3KRSA 3W88A 4O1DA 1P1XA 1HUVA 3CM4A 3KAOA 2G97A 5HR6A 3ZWTA 4WXZA 3EKLA 1O60A 3W1LA 1YPFA 3C0JA 3G1HA 2C15A 3USBA 5TBOA 1I2PA 2W6RA 1KM3A 2VEKA 4NNAA 4UUIA 1SO3A 5A8GA 1A5AA 4GNJA 3O6YX 4ONVA 1DQXA 2CZFA 1SQ7A 3R12A 3MP5A 4O12A 1TTIA 3L65A 3W23A 5MHBA 3DU0A 1OF6A 3BPWA 1I45A 3IGSA 4N4PA 3M9YA 1XBYA 3NAVA 3SR7A 4IMFA 1SUXA 3N14A 1ICSA 4R34A 3PBYA 2H6RA 1M7PA 4NVTA 4E2BA 1OX5A 4HSNA 2YW4A 5DXYA 2TPSA 4R7JA 3BG5A 4UFHA 3PG8A 6ALDA 1MXSA 2O7QA 2ZQ0A 3C4UA 1VZWA 1EUNA 3GAYA 4JTSA 1WA3A 2CLHA 4IXXA 2EAWA 3QSTA 3FYOA 4EVZA 1VHNA 3CT7A 4GUIA 3UPWA 2ZFAA 2A85A 4PODA 4O17A 2QUUA 4DF0A 4AXKA 5AYXA 3PSWA 1P0KA 1QO2A 3LV6A 3EXSA 2OX1A 3GX9A 3CEUA 2GQ8A 2Z6JA 5CSRA 2B4GA 1H7WA 4NXKA 1AW1A 1AMKA 1HTIA 3N9RA 1K8YA 4JIQA 3F4NA 4X9SA 5AC7A 1FWNA 5K3VA 4O10A 1R2SA 2DZWA 4Z1BA 4TMCA 1GTHA 3CPRA 3IVUA 2E68A 1KLYA 4RX0A 4ZL1A 3G22A 1WBHA 4YLWA 3S5YA 1OFDA 4K39A 1L6SA 3EEGA 3W6YA 2G95A 2WO5A 3LLFA 4MFEA 3L5MA 2QCEA 3W1TA 4TO8A 3TKFA 4RZ5A 1TPEA 5EMUA 2YW3A 3KRZA 1JUBA 3QSRA 5CZTA 1FX6A 2CLFA 3EX2A 5LNSA 2RDWA 2ZZ1A 4H3DA 4LVFA 5BW6A 5G1YA 3TC6A 1TRIA 3QW3A 4IX0A 3W1UA 3LX9A 1TB3A 4O28A 4LVAA 1KM1A 4NJGA 1TIMA 3G0UA 2ZYFA 2QKFA 4O15A 1TCDA 3EX3A 1EP1A 4K7VA 1H7NA 4UIOA 1AW2A 3WJYA 2VFGA 2A6LA 3S6DA 1YXCA 1F2JA 1G4TA 4O0ZA 1LRTA 1LLWA 3TQKA 2QCFA 2VENA 3NQMA 1H1YA 3S9YA 1F76A 1W31A 4Z1CA 5CZSA 1JUEA 4QISA 1TV7A 4LV9A 2QAFA 5KZMA 2Z6IA 3BW4A 5I3KA 2VEMA 2B7PA 2WSQA 4MY8A 1TPB1 3PVFA 1CW2A 3VFLA 1UB3A 3PUOA 3HPSA 3FJ6A 1W5MA 1AK5A 2VFEA 3G8EA 4HIBA 2ZTKA 4UTWC 1Q6LA 4WOZA 2Q3RA 5D2TA 1HFBA 4RV8A 1BEUA 3LCXA 5C54A 2NX3A 1VRDA 3S8HA 4JTJA 2CW6A 3CWNA 3GDRA 2KZHA 2YDAA 4JTGA 4WUIA 2RDUA 3LXAA 1FQ0A 3TU9A 3S5ZA 2V82A 3TCEA 4UMAA 5I3IA 3BK0A 2QCGA 1A5SA 3UXDA 1BKSA 1THFD 5LGXA 3DAQA 1DBTA 1ZALA 3KVMA 2ZZ2A 3W7GA 4ZQOA 4NQ1A 4MLJA 3FKRA 3QW4B 4OV9A 3UWZA 2QJHA 4GFSA 3LCLA 3QQ1A 4LNYA 3GKFA 5CG7A 1EUAA 4QNWA 1C9DA 4NUWA 1IXNA 1JJKA 4ZQPA 1ICQA 1ALDA 2J88A 3TUUA 3RK8A 4O52A 3G1YA 4IOTA 3H55A 1VH7A 4CNPA 1LOLA 2J27A 4X3ZA 2WQPA 1R30A 2X30A 2I9EA 3Q94A 2ZRXA 1WOBA 3CWOX 3VKJA 3HBLA 3MBDA 1XFBA 3DGRA 5F1UA 3R13A 2FPVA 3GB6A 3HF3A 1S5TA 4IGHA 4MFDA 3M16A 3WK3A 4HKPA 3HGRA 2HS8A 3EWYA 5BMXA 1L6YA 1RD5A 2EGZA 2EHHA 3N73A 1A5CA 3EWXA 1EWEA 1OVDA 1JCXA 3L21A 4FIRA 4XZ9A 1UJPA 3FIGA 4JD4A 1QOPA 2HS6A 2ZRVA 1XCFA 4AAJA 4DO6A 1TRDA 3ZWSA 4D2JA 1GVSA 3W2UA 1O5XA 2VC6A 2NV2A 2C3ZA 1ME9A 3DFQA 5LNWA 3S5OA 1I2RA 5FESA 4UCGA 4MYXA 2NUXA 2Y7FA 1OFOA 2DZVA 1NVMA 4QITA 1TPDA 1ZNNA 3C61A 2DORA 3RNDA 1H51A 4M6QA 1YXYA 3H53A 2V8ZA 3QC3A 2VFFA 4FNTA 4CQAA 3CC1A 2J24A 3DKLA 1D9EA 3ZR4A 4RJEA 3FOKA 3LCFA 4EOUA 1WBJA 1B57A 4N9CA 2CZDA 4GXMA 4QJ1A 3EWUA 1WDWA 1W0MA 2Y61A 4I7WA 5CPNA 5J5DA 3C6CA 1XUZA 5DY2A 2YZRA 3H54A 1G4PA 3IRDA 1KM0A 4NX0A 3MHUA 3GXNA 2ZDRA 3INPA 4OV4A 3C2OA 2A2IA 1XDLA 4O50A 4UNLA 1H1ZA 3HG3A 1GVOA 3MO7A 3OG3A 2DU2A 3HMJG 1V5XA 3C56A 4N6FA 3PWAA 5EBUA 1JCYA 4XKYA 1OABA 2NX9A 5FF0A 5BOOA 2ZZ6A 4LU0A 1EP2A 4QM1A 4N9EA 2IQTA 3SSJA 1SO5A 5F1VA 4M19A 4FX6M 1XUUA 3P62A 4Z1DA 3E0IA 3OEXA 1LRQA 1VJIA 1TPWA 3W84A 3VE7A 3P81A 4Y9AA 3FEMA 3NOEA 1IIGA 1ICPA 3SJ3A 1ZENA 3W75A 2PRLA 2VEPA 1H60A 1PIIA 4QNEA 3P8JA 2RKXA 4HT3A 5FEPA 5KTLA 4TMBA 4JTHA 1GVQA 4X22A 2OCZA 3MMTA 1VYRA 5HUOA 3VE9A 4O1AA 2FB3A 2Q3OA 3U8GA 3P8IA 4NT0A 1HL2A 2YCEA 3LHUA 1J4EA 3GLCA 3T7VA 3TNOA 2A5HA 2NXGA 5K7JA 1N7KA 2NV1A 3R2GA 2HTMA 3QMSA 3NQVA 3DENA 5K2ZA 4IUOA 3G1SA 1GYNA 3P7YA 3GIYA 1FCQA 1Q6RA 4CLMA 3W1RA 4UFMA 3NR0A 1EPXA 3F03K 3VCRA 3YPIA 4FX8A 3ATZA 1KFCA 1XBXA 3NGJA 1IF2A 3WK1A 2G5WA 4UFJA 4EF9A 4UFLA 3W7QA 2E77A 3A24A 4IMEA 2FFCA 1F74A 1SR9A 3TSMA 4LT9A 2GQAA 3LCHA 2RDTA 1A53A 2WOQA 2QCHA 4O14A 3W1NA 1TMHA 4Y96A 4N9BA 5G4WA 5I3GA 3M5ZA 4RLIA 4OHQA 3STGA 3A5VA 2J9YA 2RFGA 3N2XA 3O16A 1OYAA 3W70A 4AB4A 3JS3A 3L0KA 3NL2A 1GTEA 3FLUA 4A2RA 4C1KA 3LRMA 5E1QA 2Y7DA 3LTSA 4M5PA 3GDKA 1F73A 4XWUA 4JX4A 2Q8LA 1G69A 3NA8A 4JYDA 3LGEA 4MJZA 4POCA 3TFCA 3S42A 1YTKA 2E5BA 4LUIA 2A21A 4WZHA 4DPQA 3DHFA 1ZY9A 4AEOA 1OFBA 3MP4A 4BWLA 3F1QA 3HIJA 2ZRYA 3B04A 3PB2A 1DL3A 2E6AA 4YL2A 2ABAA 4O8RA 3HPZA 1MEIA 4FHAA 3C2RA 2FPTA 1ZHAA 2A7RA 4FB7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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