3LI0 | Genus

Total Genus 82

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	226
structure length	226
Chain Sequence	SRRVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGASIYLADNPAAAAAGIIESIKDLLNP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	82
structure length	226
sequence length	226
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-01-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3li0A00

1R2SA 3W1AA 4HNNA 3W7OA 1B3OA 3LXBA 4D2JA 5LSMA 1B4KA 1H7WA 1MO0A 2ISWA 1FDYA 4MYXA 2V5LA 4DO4A 5D02A 3CWOX 3ANYA 1F73A 1P0NA 2OMAA 3QRHA 3HO8A 4RV8A 3LLFA 3GDLA 3UWZA 2W79A 3M41A 4UFKA 3LCFA 3AJXA 3ABQA 3HGRA 3UZJA 6ALDA 4FNTA 3LCLA 1OK4A 1VC4A 1LOQA 3EXRA 1THFD 3L66A 1XI3A 3CIXA 5KINA 2Z0IA 3S1VA 2QCFA 1G6CA 5AB3A 2TYSA 5G4EA 2FQIA 2ZRVA 1ZAHA 2V81A 3WK0A 1FWSA 1JQVA 3B04A 4CCEA 3NL6A 1FDZA 4S2BA 3KRSA 4BWLC 3LHYA 1ZENA 4FNQA 3DI1A 4R33A 2DP3A 2EAWA 1SO5A 1UASA 3G1FA 1T0OA 3QQ0A 2FTPA 3MWAA 1F05A 3G1DA 2Y70A 1K8XA 1KM4A 2Z6IA 4BI5A 2YGYA 4QSHA 2ISSA 1P4CA 1XBVA 4NXSA 3TK7A 3QSTA 3LHUA 3W9ZA 4IPJA 5AHEA 1GZGA 2Y63A 1G7UA 3NL2A 4LC8A 3GDKA 3CEPA 1L6WA 2R8WA 1AG1O 3N14A 4JIPA 4O4WA 1OFQA 1HO4A 3PB2A 4O0KA 2E77A 4RZ5A 4NX0A 5HUPA 2WSRA 2A6NA 2CU0A 4JTUA 2A7NA 3R12A 4HN4A 4GUIA 4QNEA 3HGSA 3R8RA 4FB7A 4LC6A 2Q8LA 3I6RA 4LT9A 1VR6A 1PVNA 3JS3A 2J9YA 5FF7A 3MUXA 5KZDA 1QO5A 4O8RA 4DBEA 2Y7DA 3NQ8A 1DKWA 3WJYA 4LUJA 1WQ5A 2ZYFA 3GAYA 5EYWA 3MBDA 3FS2A 1O4UA 1TPFA 3VKJA 1VRDA 5LHFA 2QCGA 6TIMA 1H7XA 4MVAA 1LCOA 4I7VA 4DF0A 3W23A 3W73A 3SZ8A 4ICNA 3BGJA 3PAJA 4NVTA 3WK1A 4QJ1A 4LV4A 2Q3RA 3RF9A 2ZQ0A 3NL3A 4O13A 4X9SA 3G1HA 4K37A 5EA9A 2VFGA 4JTEA 3EWXA 3NQVA 5CZSA 4UTUA 2Y88A 1SSGA 1TO3A 1WV2A 3DH7A 1OFDA 1TPB1 3NDOA 1OJXA 4M6QA 3V75A 4DELA 3KHJA 3W7KA 2W6RA 3PF3A 3TC6A 3W2UA 3LHTA 3UWQA 1W8SA 3P5YA 3W72A 3BW3A 1QO2A 1ME7A 3MYPA 3BGGA 1VHCA 5F2LA 4IMCA 1JUEA 5HR6A 1R2RA 4JTIA 5D05A 3UWYA 1ICQA 3FFSA 3ATYA 1ZAJA 5I3FA 2YW4A 1UUOA 1HL2A 3L0GA 3INPA 3W88A 3UWUA 4DBDA 3M5ZA 4JNMA 5LZLA 1OFBA 1PIIA 2DZVA 3TAOA 4JTSA 1BEUA 4PEKA 3S1XA 3O6CA 4MYAA 4TO8A 4WOZA 2GQ8A 3W84A 1TV8A 3O06A 2A7RA 5EY5A 3EB2A 2E6YA 3FA5A 4M6PA 1F7BA 2QF7A 2CZDA 5L6UA 1ZCOA 2GUUA 1RVGA 1GQNA 2J6XA 2ZRXA 3V1PA 1KLZA 3LHZA 1C8VA 1GTHA 1GVRA 2R91A 2GOUA 5G2HA 2F7FA 1TJRA 2YXGA 5CPMA 3O16A 1SO3A 1D3HA 4Y6GA 3M9YA 4A29A 4HNUA 1MEIA 1YYAA 3S5ZA 2BLEA 2ABAA 1S5TA 2RH9A 5AHMA 1VYPX 5EMUA 3DFOA 2J88A 3C2OA 2FJKA 3OVPA 3LV6A 3OIXA 3W1LA 2OT1A 1XL9A 3QPYA 2A0NA 4N9BA 4LNYA 1W5NA 2PE4A 2VEKA 4ORMA 4ADSA 4ORIA 3OA3A 4OGZA 3FKKA 4O57A 3CLMA 1O5XA 4NNCA 4S2CA 3W7RA 3C52A 4IGHA 1I2RA 3C4UA 1ZHAA 3BG3A 1JRCA 3MP3A 1K7EA 3G8EA 3W2KA 1EB3A 3S1WA 3PC0A 4Q32A 4YCOA 4AEOA 2E6AA 3G0XA 2JKAA 4Z08A 3DHDA 3SGUA 1SZFA 3W2JA 2G5WA 5BW6A 3EX3A 4WOQA 4YLWA 2DORA 3L0NA 4O52A 5F2GA 3W22A 3NPVA 2V2CA 1JUBA 1YXYA 2NZLA 1KM2A 5J5DA 1R46A 4NXKA 1TPC1 4WUIA 1L2UA 4UNLA 3RNDA 2ZA1A 3R89A 4IMDA 4OU1A 1QPQA 1NF7A 4UFJA 2E5BA 2W0UA 3UWVA 2C15A 3QZEA 5KTLA 2YDAA 3W7MA 3CTLA 4KFPA 1NFBA 1A50A 1QPOA 4YL2A 4BK9A 1FUYA 4JTKA 7TIMA 2J24A 3FLUA 4NUWA 4AHPA 3TW6A 3CEUA 3PY2A 3NQ7A 4IMFA 5K9DA 3W1MA 3HJZA 1DVJA 5AC7A 4O16A 5G1TA 4UTIA 1XC4A 5I3KA 2QCDB 2B4GA 2B7QA 1X7FA 4FNSA 1UCWA 4O53A 4GFSA 4ALDA 1HFBA 2H8XA 1W54A 2Y7GA 1G4PA 3EWWA 4YMZA 4B5NA 1AK5A 2WOQA 3FOKA 4HIBA 3IIPA 2A85A 3GNNA 3TJLA 3N9SA 1R2TA 3NQEA 2R14A 3DAQA 4Z1DA 1EEPA 3LHWA 1R30A 4PL2A 2VFHA 4L4LA 1L9WA 2GPTA 4LRTA 1WOBA 3NPWA 3O07A 4WXYA 3L67A 1LYXA 2CLIA 2ZTJA 4WZHA 2WPBA 3EWZA 1IGSA 1RQHA 3NQ6A 2TPSA 4Y90A 3E9AA 4W9TA 3NM1A 4MJZA 5LGZA 5D2TA 1K8ZA 3LI1A 3GR7A 2PURA 3SSJA 5AC8A 3P80A 2QCLA 3DU0A 3LCIA 3ZS4A 3S9YA 3ZWTA 3W1NA 2GVJA 4JN6A 2QDGA 2H3BA 1GVQA 2QAFA 3M5XA 4JX6A 5TBOA 4AF0A 5HQEA 1RQEA 3ELFA 5D2XA 1QNVA 1UUMA 1M7PA 5AOUA 1WDWA 2YX0A 2E5DA 3HG3A 3QFEA 1KFEA 5LNWA 1SPQA 1YDNA 5G1YA 3KFTA 3KRUA 3MI6A 3M0ZA 4IXHA 4R34A 2JGQA 2O7QA 1F76A 3IRDA 5EPDA 4NX5A 2A5HA 4DEFA 1VLIA 1WBHA 3LTYA 5TIMA 1NAL1 5K4XA 1D9EA 1SW3A 1LRNA 3A23A 2X1RA 3QPZA 3MI2A 3TAKA 4NNAA 5H91A 2YR1A 5KZMA 4IX2A 4NJGA 1OHLA 3L0KA 3LERA 1QDSA 3W1PA 2V2HA 3ATZA 1FXPA 2BSLA 1VCGA 1NF0A 1T8XA 2CZFA 3LLDA 1TMHA 3OVRA 3QW4B 4IMEA 2GJLA 1L6YA 1OFPA 4XBKA 4NNBA 1V7YA 4OHQA 5BRBA 3GXTA 3ABSA 2NXIA 3P60A 5FESA 1KV5A 3GXPA 2JK2A 4HSNA 2E5CA 2VEMA 2VEIA 2WSYA 3ZFHA 1V5XA 4NZFA 3TXZA 2BX7A 3MHFA 2EPHA 1TYGA 3W2LA 2V2DA 4XTDA 3W70A 1JCJA 3AO0A 4OT7A 2C14A 1Q6RA 1M7OA 1XKYA 5FF4A 1K8YA 2FPYA 2NX1A 2VC6A 1FCVA 3HQ1A 1K7FA 4NU7A 4ZQCA 4UTHA 3UWWA 1W5QA 5D09A 4RXGA 2CWNA 4O17A 1W3TA 1M6JA 1SO4A 5D2WA 2VFIA 1H7NA 1OYCA 2OX1A 4E38A 4PCFA 1Y0EA 4WY0B 3E02A 3IVUA 4N6FA 3UPWA 1EUAA 1ZFJA 3PB0A 1WA3A 3STGA 4MLRA 2OZ0A 1LLZA 3TV8A 3WJXA 1OFEA 4RXFA 3I7SA 4NZJA 4J9JA 4QIUA 3W7IA 1OF8A 1AL8A 4Y8FA 2ZA3A 5U4NA 4LS0A 3L5MA 5AHLA 3EX1A 1VCVA 2VELA 4CQ8A 4MZ8A 1Q6OA 5HR7A 2R94A 4ZL1A 4YWIA 3GB6A 3UXDA 4EWND 3W74A 5C6MA 2HS8A 2WKJA 5BOOA 1RPXA 1VYRA 1QR7A 1QAPA 4HHPA 4UR8A 3PVFA 5D2VA 4TIMA 5D37A 2DZWA 2ZRYA 1G4SA 1P1XA 2Y6ZA 2ZTKA 3EXSA 1SW7A 1W5MA 1OX4A 3DFSA 1QMLA 4LUIA 1M5WA 3M5YA 2DZPA 3BLFA 3N2XA 4R53A 3UYCA 5CPLA 4MY1A 1GG0A 2ZZ7A 2AAMA 2JKEA 3USBA 1T99A 3I65A 3LRLA 5CGQA 4DF1A 3T40A 4DPQA 2ZCGA 3STFA 4Z1BA 5L9FA 4Z0SA 4JTLA 4QQ3A 1QFEA 3OHIA 1IF2A 4RLIA 5F2IA 3KVKA 2ZZ2A 3NQCA 4UR7A 2E09A 1XCFA 3MP5A 4AVFA 1GG1A 3VCRA 1MXSA 4DO5A 4I7UA 1L6SA 4M19A 3B0UX 4A3UA 1P5BA 5HNRA 1Z44A 4UXDA 1U5JA 4JDYA 3VE9A 5DXYA 4A21A 4K7VA 1TPVA 2I1OA 4KWVA 3DFTA 2X1TA 1KFBA 3BARA 3RLVA 1SZEA 4N2YA 1XBYA 1FCQA 5DCBA 4HT3A 4X2RA 1OFRA 1F6PA 2C1HA 4MIMA 3EWBX 4FO4A 1X6UA 2E6FA 3YPIA 3TQVA 3QMSA 4NJIA 1Z48A 3QJAA 4JY9A 4RCXA 2DU2A 1ONRA 3NO5A 1H62A 3IGXA 2C19A 4UTKA 1ME8A 5HINA 1FWRA 3I7RA 2Y62A 4JR5A 4M7SA 4JTJA 1O60A 1WX0A 2X30A 3R5EA 1X1OA 3STEA 1H7PA 1FCUA 2P0OA 3G0UA 3HBLA 2BZNA 4HPJA 1TTJA 5HUOA 4QISA 3S42A 1Q45A 2WO5A 4RR4A 3U6WA 3FKRA 4RK8A 2HSAA 3NZ1A 3NAVA 3LB0A 4JTGA 4FX6M 2NXHA 2Y61A 3F03K 4KFNA 1PE1A 4PC8A 1RZMA 1KLYA 1FWTA 3CQ0A 2NX3A 4M5PA 3W1TA 2V30A 5DBUA 4O50A 1NVMA 4FNPA 2QJIA 2YSWA 5CSRA 3IVTA 3I68A 1C29A 2QCMA 3W7EA 3EX2A 4OV9A 4O4VA 2WNZA 3G18A 4MJMA 1LM1A 4AB4A 4M6VA 3HMJG 1JULA 3E96A 3W76A 3HIJA 3P5ZA 1H5YA 2I14A 5IBXA 2YFNA 3N3MA 2IQTA 3I7QA 4CNPA 1VQTA 4EIVA 3PBUA 3EX6A 5DCDA 5J5RA 3NR0A 1SFJA 2X16A 2O7SA 3NXFA 2XN1A 3EX4A 4GNJA 4UMBA 3NQ2A 4U4MA 2FPTA 1KFLA 1O5KA 3P82A 4X22A 3TJXA 3DI0A 2QR6A 4UMCA 3CIWA 3EWYA 4UTTA 2WJZA 4LV9A 5BMWA 3C3NA 4K36A 2NLIA 3S0CA 3DXIA 3C56A 4O28A 2Q3OA 2P1FA 3MMTA 2I9EA 4JYFA 3HPSA 4MPQA 1LBLA 1ME9A 3DFQA 5G2IA 3LHVA 3LXAA 1YXDA 4JYEA 4EVZA 3CU2A 2BXVA 3TR2A 3VE7A 4C1KA 3P74A 5TQLA 3TFXA 5A8GA 3SW6A 5KSWA 2OT0A 3NQGA 4LS1A 5A5WA 3B0VC 3VI2A 1JCYA 1TPEA 3O1NA 2CLHA 5AC6A 2CLFA 1TRIA 3BPWA 2B7NA 4ZZ9A 5F4SA 4CNNA 4ML9A 5CSSA 3FJ6A 3TE9A 4WQ6A 3TSMA 3SECA 1DOSA 4DO6A 1S5WA 2QCEA 3PSVA 5DELA 5T26A 1W3IA 1LRTA 3G22A 4GUGA 5AYXA 3H55A 3MO7A 1WXJA 3GAKA 5DY3A 3TU9A 1I2QA 1UBSA 2CLKA 1GVFA 3LRMA 1OYBA 4GC4A 1HTIA 2V9DA 4G1KA 3LTPA 3L68A 1ZJIA 1EP2A 3M6YA 4BI7A 3S1UA 1DBTA 4IX0A 4AAJA 2E68A 2PRMA 1LOLA 3IIZA 1VCFA 1SQ7A 1ALDA 3DFNA 3HB9A 4P2VA 4N9CA 3DZ1A 3TNOA 1GTEA 4LWWA 1KBJA 3W2MA 2ISVA 2F84A 3W7DA 3HOJA 4K8HA 4OWGA 3LBCA 3MBFA 1Z41A 1IXOA 1KM1A 2JBMA 4MY8A 1QCWA 4WXZA 2QUUA 3P84A 2FPVA 1YLVA 2CFFA 2H3DA 4Z0JA 1OABA 3EEGA 3P67A 1PL9A 3BLEA 5FEWA 5C5YA 1H61A 2RHGA 1FXQA 3LRKA 5D38A 1B9BA 4IJBA 2NUXA 3EXTA 3R13A 1JQXA 3GK0A 2DZTA 4FXSA 4Y96A 2PRHA 2ZA2A 2ABBA 1I2PA 1LROA 4XKYB 1TPWA 1JJKA 5E1QA 2X1SA 1EPXA 5D03A 2WSQA 1H1ZA 2C0AA 2HS6A 3D0CA 4E2DA 3O63A 2A1YA 1GOXA 3SI9A 3W75A 1CX9A 1T96A 2CLLA 2C3ZA 5LNSA 1KM6A 3JRKA 3TKFA 1KTBA 3SY5A 3GIYA 1OG0A 2A7PA 4GE8A 1QOPA 5IBXC 1RD5A 3GVGA 3TMLA 3T78A 1SO6A 2VFDA 3O15A 3PWAA 2X1UA 1A5SA 4YXGA 2B7OA 4H6KA 4K7YA 3RU6A 3TQKA 1ZNNA 3PULA 3BG9A 3Q2DA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3LI0A

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