3LI0 | Genus

Total Genus 82

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	226
structure length	226
Chain Sequence	SRRVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGASIYLADNPAAAAAGIIESIKDLLNP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme. pubmed doi rcsb
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	82
structure length	226
sequence length	226
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-01-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3li0A00

1EIXA 2X1UA 4CQ8A 1JCJA 3ELFA 4GWEA 4X3ZA 1Q45A 1IF2A 1YYAA 4IJBA 4OQVA 4GNJA 1FCBA 3GXTA 2GJLA 1TREA 4P61A 4JY8A 1QNVA 3WJWA 1G4SA 4NQ1A 1H62A 4IMFA 3HB9A 4AVFA 1UB3A 3P62A 5J5DA 1M6JA 2H3BA 5DCDA 4GBUA 1E51A 3W7IA 3YPIA 4JGDA 5FEZA 2YSWA 2H8XA 3OEXA 1RV8A 3LRMA 3TX9A 3O6CA 3GK0A 3SIZA 3MW7A 3WJZA 5G2WA 4LVGA 3N2MA 1S5VA 4X9SA 3WK1A 3HIJA 5DY2A 3L5MA 4QNWA 5G2IA 2GOUA 3UY8A 1X1ZA 2QJGA 2CLMA 3T55A 2EPHA 4ZVJA 5BW6A 3LI1A 4LY8A 4N6EA 3W84A 3DU0A 5ABTA 2QCMA 3OG3A 2PC4A 1QO5A 1VLIA 5AHIA 2J6XA 4YCOA 2NV1A 1N8FA 1Y0EA 5D37A 2YW3A 3PS7A 1TCDA 4JDBA 3UD6A 4UUIA 3ZR4A 4WD0A 4W9TA 3W1UA 5CZSA 1W5NA 3V75A 1U83A 1P5BA 1G4EA 2H90A 4IQLA 2E68A 1J5TA 3W9ZA 5I3IA 1KFEA 4QSHA 3TQ0A 2FLIA 2VENA 2DJXA 2BXVA 5I3KA 5KITA 3CEPA 2QEZA 4AEOA 2O7QA 4O14A 1QDSA 5EYWA 2QAPA 5HNRA 4MVAA 4O52A 1UBSA 4PCFA 2V5BA 3DFQA 3KRUA 2OMAA 2Y62A 4Y6GA 3NAVA 2TPSA 2NUXA 2ZFAA 1MSSA 2ZZ4A 3BW3A 4UTJA 1OX4A 4Q33A 2WSRA 1R2TA 3HG3A 3TA6A 5HMSA 3T40A 3MBDA 1GEQA 1K8XA 4N9BA 3O15A 3M5ZA 5DXXA 1WAUA 1L9WA 3M16A 2V2DA 4FO4A 1KM2A 4OE7A 1ALDA 3SSJA 4LNYA 5KMYA 3LCWA 1YXDA 1VZWA 1V5XA 4LVAA 2ZZ5A 3RLVA 3P7YA 4K8HA 4LC8A 3STFA 1X8FA 3FA5A 1PHQA 4BFAA 1SO6A 3W7JA 3QPZA 4LVFA 5HR7A 3LLFA 1CI1A 4A2SA 1SO5A 1AK5A 1IXPA 3L0NA 4AWUA 3OVRA 3BLEA 2CZDA 4DQWA 4JDYA 3C6CA 4TX9A 1M7OA 3CWNA 1QPNA 2Y7DA 2CLOA 3E12A 3C2RA 2ZRXA 2TYSA 4LUJA 3IEBA 3S1UA 3BLIA 5D33A 2RKXA 1PS9A 4UC5A 3QPYA 2DZVA 4X22A 3NVTA 2Q3RA 2BLEA 3FOKA 4O54A 5DBUA 2ZRUA 3L9CA 1I4NA 2X1RA 4NNCA 3U6WA 3FFSA 2CLEA 3SFKA 1AW2A 1SUXA 1LLWA 2C18A 3R5EA 4O16A 5LNWA 1AW1A 3LRLA 3Q58A 2Q8ZA 4MJZA 2GQ9A 2C13A 1RVGA 1AW5A 2DORA 2ZA1A 3LHZA 1GJPA 4DBEA 2ZTKA 3VE9A 2V2CA 4L4LA 5D2TA 5FF7A 1KV5A 3MHUA 4Z1AA 4DBDA 3L0GA 1UASA 2TRSA 3P82A 4M19A 3PG8A 4TU1A 4CCDA 3TW7A 1A5AA 1FCQA 1G67A 4O10A 4O50A 4ORIA 3TNOA 3MJYA 1OYBA 1OFEA 3TIMA 3KRZA 4NJGA 5LHEA 1SQ7A 3NO5A 4JYEA 3W07A 3G1XA 4ZZ9A 2F84A 1NEYA 1F74A 2B7PA 3HBLA 1Q6QA 2Z0IA 3W7DA 4YWIA 4JN6A 4EVZA 1S5TA 3S5ZA 1ZJIA 3W2LA 1OABA 1DHPA 3P5ZA 1YDNA 1SO4A 4FNPA 1TV5A 3NGJA 2FFCA 1VS1A 5CGQA 5GVJA 3E96A 1GTHA 3CQ0A 4JY9A 4GFSA 5HR6A 3LM7A 3MO7A 1P0NA 1RD5A 3W1TA 3MP4A 1XKYA 2VFIA 5A5WA 5F2GA 1DL3A 3NQGA 5EBUA 2FPVA 1RPXA 3UZJA 4E38A 2LLEA 4U28A 1AL8A 2DZPA 1B3OA 4XUGA 1GOXA 5AN7A 3W2NA 2JKEA 3TJLA 3W7MA 3UYCA 4GUIA 5F2LA 1G69A 3OVPA 2G95A 3NOEA 4MFDA 4RZ5A 1JCMP 5D05A 1OHLA 4FNRA 4FXSA 3B4UA 3ATYA 3P8JA 1FDYA 1Z42A 4UTMA 5HWNA 4HSNA 3VKJA 2XN2A 5C5YA 1S3HA 3EX2A 3O06A 3W3OA 3SR7A 3N34A 2CLKA 4MLJA 3T7VA 3NNTA 5G2HA 3UXAA 3M0ZA 4EF9A 4MPQA 4DF2A 5F1VA 5EA9A 3NQ8A 3W22A 1VC4A 2C1HA 5KZMA 5LKYA 4LS1A 3TC7A 3INPA 1A5BA 3IIPA 2Y7FA 1JR1A 3JRKA 3S1VA 4YXGA 4JTGA 4NJJA 3QMRA 3DGRA 3UZ5A 5BOOA 3L67A 3LCFA 5L9FA 4UTTC 4ZMGA 5E1QA 4ADSA 4LS0A 2A0NA 2Q8LA 4JTIA 3S8HA 3LHVA 4LS2A 3SZ8A 3MP5A 3STCA 2NUYA 3P74A 1JUBA 3EWBX 3KOFA 2V81A 1TJRA 4K38A 4OT7A 1GQNA 4CNPA 4BI6A 4AF0B 4CQ9A 3JS3A 3TQVA 3A22A 3RNDA 3PVFA 1OJXA 4AWSA 3DAQA 1ICPA 3NM1A 1DBTA 1YDOA 2CU0A 3P81A 3HGRA 3W7HA 1ZFJA 4DPQA 3A23A 5FF2A 1K02A 1SSDA 3DI1A 1SPQA 3C2EA 3CHVA 1TO3A 1SZGA 4ALDA 4GUJA 5J5RA 2WO5A 1JUEA 2RHGA 4EOUA 5FESA 2CFFA 3JR2A 4RX0A 4IGHA 3W74A 3QMSA 4KKXA 1EP2A 3H55A 4GC4A 3G8EA 4JNMA 1H63A 2ZRVA 3I68A 3V1PA 4FX7A 3PULA 1F05A 4UCGA 1W37A 3NG3A 3CT7A 1KFKA 1KLZA 3I7SA 1XXXA 5BMXA 2OX1A 3B06A 4HIBA 1ME7A 3LERA 3C2OA 1XBVA 4LW7A 1W5OA 1W3NA 3P61A 2YFOA 1QR7A 2EHHA 1FDJA 3M47A 1JQVA 4PH6A 3WJYA 1I8JA 1HUVA 3QQ1A 5D30A 3LB0A 1H1ZA 1G4PA 1VCFA 3TFXA 3F03K 2ZRWA 4RK8A 4TR9A 3GXNA 1W5PA 3PUEA 2JKAA 2W6RA 3EX6A 3GDRA 1FCUA 4I9AA 3HGJA 3UWWA 4O13A 2B7NA 3UPWA 5C54A 4GXMA 1FWWA 4POCA 3S42A 2BX7A 3TFCA 3DBPA 2WSQA 5LGXA 2QUTA 3ABSA 3DKLA 4H3DA 4MOZA 1W3TA 1H7RA 3LBCA 3C56A 2X1TA 1B4EA 1K8YA 4WY0A 1DJQA 1H51A 3S1XA 4H6KA 1A5CA 3LOTA 4WOZA 1FX6A 1CX9A 4UNKA 1VLWA 4KFNA 2VFFA 2CLIA 3G3DA 3W7GA 1S5WA 1ZHAA 1V7YA 1D3HA 1KA9F 1KTBA 3DHDA 3TSBA 5K9DA 4RV8A 3R2GA 3EX4A 4N9DA 4DO4A 4FXRA 3EWUA 5L6UA 3M43A 3W88A 3MI6A 2A5HA 4OV9A 1WV2A 3DFPA 3EX1A 4GE8A 3PBUA 4MFEA 4WY0F 4B5NA 4CCEA 1O4UA 1KBIA 3LCHA 5AB3A 1LM1A 1GG0A 3TXVA 2RDWA 1A5SA 1AL7A 3GDKA 3C2FA 2QCEA 4UTWA 3G0SA 5AC8A 3TUUA 2RH9A 3LHUA 4K7YA 2A1YA 3SJ3A 5U7SA 1R2SA 3PWAA 1OFQA 1K03A 4QNEA 3KAOA 2OT1A 1EWDA 1OFDA 1B4KA 1DQXA 3Q94A 1XDLA 4UMCA 1MZHA 2JGYA 1MO0A 3CIWA 4IX0A 2X16A 1IIHA 2VFHA 3ABRA 3A21A 5LSMA 2DU2A 3LXBA 5D38A 3LTYA 1X6UA 5CPMA 3LBMA 2VFDA 2EGZA 4EWND 3T44A 3FKRA 3EB2A 4I7WA 4CQAA 1SZFA 6ALDA 2ISVA 3SY5A 1BWLA 4MZ8A 2YFNA 2DZXA 1FWSA 2C19A 4O15A 1K7XA 4L4MA 4O12A 3IVUA 1OFBA 4HKPA 2WKJA 2OCZA 3L65A 2J27A 3HMJG 4RZ4A 1RR2A 1PE1A 3DI0A 2R91A 4RCXA 2ZA2A 3BO9A 1WXJA 1PV8A 4AHOA 4AAJA 1GYLA 3B03A 2YZRA 5AHEA 5LNUA 5F2IA 1YPIA 2YX0A 4DF1A 4MY8A 3TE9A 4O57A 5F4SA 4HPXA 3HG2A 2B0MA 4QIUA 5D2XA 1RQHA 4N4QA 1MEHA 1RQEA 2GUUA 5C6MA 4LU0A 4ORMA 1ZNNA 3BPWA 1LCOA 4K7VA 3IV3A 1JCLA 3WFAA 2XFWA 1J2WA 2A6NA 3FEMA 2ZZ6A 5D2WA 3KXQA 1ZAJA 4MJMA 4EIVA 5K4ZA 4IPIA 3P67A 4JTJA 3TKFA 3PR2A 4XTDA 3UWZA 2HTMA 2HSAA 4RJEA 4HPJA 5HWJA 2JBMA 3NA8A 4ADUA 5KSWA 5LHFA 2PRHA 3LHTA 4Z0SA 3EWZA 1QMLA 2QJHA 1W3IA 2HS8A 2C6QA 2ZTJA 1I2OA 3W2JA 3M1ZA 3W1AA 2PE4A 4HHPA 3F4WA 1W0MA 3AJXA 4Q4KA 2QCGA 3A24A 4RXFA 2FTPA 1QPOA 3W1XA 2CLFA 4UFKA 3W7OA 5C2XA 3LHWA 1TQXA 2Q3OA 4XKYA 3LCGA 3O16A 2VC6A 8TIMA 2WJZA 3R8RA 5E0KA 1LTDA 5LGZA 5D32A 1JVNA 2VEMA 4O11A 3M44A 2EAWA 2ZRYA 4JTHA 1VRDA 2ATSA 3CPRA 5F2MA 1UJPA 4K37A 3DFSA 5LNRA 1Q6LA 3LGEA 2C15A 3QH2A 3T4CA 5AFDA 4NJHA 4O17A 4Q32A 1L2UA 1K3UA 4LVBA 2UV8G 1HG3A 1XM3A 3WJXA 3FJLA 3PBWA 4O4WA 4UFIA 3TU9A 3SI9A 3RK8A 3VFLA 1PCWA 3P80A 1X7FA 2E77A 1IXQA 1NF0A 3O6DA 4BF9A 2E1DA 5EKYA 3L68A 1EUNA 1JUKA 3BV4A 3NZ1A 5DCEA 1N7KA 3LX9A 1EUAA 1ICSA 1FQ0A 4GRSA 3H54A 3USBA 2ZZ3A 1TMHA 3W86A 1I2RA 2A4AA 3HPSA 5E93A 3TV8A 3RFAA 3THAA 1QPQA 3UPBA 1WX0A 3W73A 2RFGA 4ML9A 3GR8A 1K7FA 3BGJA 5AC7A 1EP3A 3W7QA 3OIXA 4JTFA 1KV8A 2DP3A 4IUOA 3UNDA 4MYAA 5I3JA 3TH6A 3G1SA 4M6QA 1MEIA 4DF0A 4DXVA 1FY6A 2PRMA 3CU2A 4YCPA 2FPYA 3LXAA 1GTEA 2A7PA 4WX2A 2ZDRA 3TCEA 2NZLA 4FIRA 4JTEA 1DOSA 1TPUA 5K3VA 1SZNA 2QDGA 4YMZA 1KW1A 1OF6A 3CM4A 3E9AA 4PEKA 5EY5A 4O19A 3LCIA 3UWUA 1M5WA 2CZFA 2PRLA 1MXSA 4O8RA 4TMBA 2ZZ1A 1JCXA 3OBKA 4N6FA 4DEFA 2QR6A 4MY9A 3AO0A 2ABAA 1TSIA 1T99A 4JYDA 3TMQA 2YXGA 5LZLA 3TAKA 4J9JA 3KHJA 3W75A 3QJAA 1EA0A 3S5OA 2Z6IA 1ZY9A 2ISWA 3PF3A 5EMUA 2VEPA 2WQPA 1KM6A 6TIMA 4FHAA 1GVFA 4IWWA 1I2NA 4FEZA 3NXFA 1DKWA 3W85A 3MHGA 3L5AA 2ZZ2A 3M41A 3NL3A 3WK3A 3ZWTA 1NF7A 2OJPA 3EXSA 4NVTA 1O5KA 4PFMA 2H8ZA 3WK0A 1GPWA 5CPLA 1W8SA 3DZ1A 3LV5A 3GZ3A 5AHNA 1QCWA 3M5YA 3PAJA 1TPC1 2B7QA 1TPDA 1Q6RA 1LOLA 2NXGA 3W70A 3E49A 4JTSA 3I7RA 2A7RA 1JCNA 4JR5A 2EF9A 1BEUA 3QM3A 3I7QA 5FEWA 1F2JA 3F1QA 5D09A 3G18A 3M5VA 1GVSA 4KWWA 5G4EA 1JULA 1D3GA 3ABOA 2Y85A 4MLRA 3C8FA 2KZHA 3N73A 3PBYA 4R33A 1VPXA 3O05A 5AC6A 2NXIA 2QJIA 4ZQPA 1OFPA 3FYPA 1R2RA 5BNKA 1VH7A 5G1YA 4CLMA 5CZ0A 1PHWA 4WXYA 4Z08A 5D2YA 3GDTA 1T0OA 5FF3A 4N4PA 1LRQA 1OK4A 1TPH1 2FQIA 4UFJA 1M7PA 1QFEA 4LV4A 1LBMA 1TPWA 4I7VA 5HULA 1LDCA 3PG9A 1IGSA 2BZNA 3HGSA 2JK2A 3G24A 3GLCA 3DH7A 5HUPA 3I65A 2CZ5A 4MKNA 4KFPA 3UXDA 4IX2A 4LT9A 5AYZA 4WUIA 1FUYA 2V8ZA 3W1PA 3QEZA 3QF0A 1H7WA 1F7BA 4O1BA 2NXHA 5KZDA 2QCDA 2PCQA 3LCLA 1WA3A 1O60A 3N14A 1GWJA 2X30A 1H7XA 2C14A 3W7LA 3GNDA 4AWTA 4G1KA 3NL2A 2J9XA 1QOPA 1R30A 4IOTA 2E6FA 2GJNA 4N2YA 3PB0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3LI0A

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