3LI1A

Crystal structure of the mutant i218a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGAIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 83
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3li1A00
1EEPA 3S1WA 6TIMA 1M7OA 5A5WA 4CQ8A 3FFSA 1KTNA 3LCWA 5HQEA 3T55A 1JUBA 1XCFA 4JS3A 2V5LA 1A53A 5LKYA 1O4UA 3IIPA 1Z41A 4UFMA 3EKLA 2FPVA 1QCWA 3G8EA 3MI3A 3M5XA 3NNTA 3C8FA 1TO3A 1IXOA 3W23A 3IVUA 2UV8G 3O1NA 4QAIA 2J9YA 1Z42A 3EXTA 3QMRA 3WK0A 4RLIA 5C2XA 3TUUA 2ZRWA 5HWNA 1ONRA 1S3HA 5FEPA 1QPOA 3PUEA 4N6FA 4I9AA 4TU1A 1WOBA 5KITA 3R2GA 4JDBA 3W83A 2Q3RA 2WO5A 3PSWA 3EXSA 3PBVA 4MOZA 2DZTA 1HUVA 5CPMA 4MYXA 3DFQA 3GZ3A 4UFJA 5FEZA 1QOQA 2FB2A 3W1XA 5F1UA 1A5BA 3N2XA 2NX3A 3GNDA 4K39A 2VEKA 3MMTA 5EMUA 5C55A 3UWVA 4MY8A 3P8IA 4O16A 1VYRA 1G67A 2JGYA 3TK7A 3UWWA 1OX5A 3NA8A 3G0XA 3PB0A 1OFOA 1KM2A 4JTHA 1ZCOA 2O7SA 3EWBX 3RNDA 1O5KA 2RFGA 3TFCA 4BI6A 1AMKA 4MZ1A 2TSYA 5DCBA 3QC3A 2OCZA 1W37A 1YTEA 2OZ0A 4MZ8A 4GJ1A 3G1SA 2C16A 3MO7A 4UTHA 5K2ZA 2VKZG 4XWUA 4N6EA 3DZ1A 3M16A 3S5NA 2RDTA 1V7YA 3B06A 3DI1A 1DVJA 4FNSA 4PCFA 1TREA 1JCYA 4MLJA 1QPQA 4E2DA 3B4UA 1NAL1 3E12A 1SO4A 3MHUA 1FCUA 4GUIA 4ONVA 3EWWA 3GVGA 3L0GA 4O1DA 3E96A 4Y9AA 1GOXA 5BRBA 2YGYA 3EX1A 1NF0A 1SZEA 3HG4A 2J6XA 4ZL1A 3SJ3A 4O17A 1K7XA 1XBZA 3YPIA 1PHQA 2YCEA 2NZLA 4JYEA 1LRQA 4UFLA 4K6AA 4QJ1A 3UNDA 1IIGA 4BWLC 3BG5A 4ADUA 3S5ZA 3I65A 3LI1A 2OMAA 4O52A 4FHAA 3DFPA 3FYPA 3LBMA 1C8VA 3CWOX 3DBPA 4Y6GA 4OBTA 2YPIA 2ZZ7A 4IXHA 2QCFA 4DO5A 1VZWA 4LVAA 3C2VA 4UFHA 4FXSA 1W1ZA 4OV9A 1TRIA 1UB3A 4GUFA 2NXHA 1TQJA 5IBXC 4GFSA 4FNPA 4FXRA 1JCNA 3PG9A 1HO1A 4ML9A 3A5FA 3M0ZA 3UXDA 2HMCA 4HHPA 1QOPA 1CI1A 3HIJA 1L2UA 3JRKA 4O14A 1QWGA 1LP6A 3S42A 3QMTA 4MFEA 4JX5A 4PC8A 1SW3A 1L6YA 1H7RA 4LNYA 3NQAA 4S2BA 3QPZA 1K7EA 1K7FA 5FI8A 3ZWSA 4CNNA 3PAJA 2A85A 3RF9A 3LRLA 2Y85A 1XDMA 4KKXA 3LRKA 1P1XA 1YPFA 4IX0A 3CEUA 1A50A 3HPSA 3BK0A 4LC8A 4NJIA 4O18A 4KFNA 3WJXA 5HUPA 3L68A 4KWWA 1W5NA 4X22A 4K38A 4O1BA 1LBLA 4WUIA 4HNNA 3LI0A 4E38A 4AHPA 3DHFA 3M5VA 3UY8A 1PCWA 3LCXA 2D73A 2QR6A 3DI0A 1W31A 3Q2DA 2NX9A 3EWYA 3P8JA 1AG1O 1LBFA 1JULA 4IMCA 4UMCA 1P0NA 5AHFA 3W1UA 1TMHA 5AYYA 2V9DA 4NX0A 1LCOA 2DZVA 3HGRA 1VRDA 3GNNA 1LLWA 1W56A 3LXAA 1OF8A 2A7PA 1R46A 1X6UA 3H55A 1JR1A 2E1DA 2P10A 1ZJIA 2QEZA 1TPVA 2OX1A 3QJAA 2ZRYA 2Y63A 1SZFA 2WPBA 2A6LA 3GDLA 4WY0A 5KTLA 4LWWA 3W1AA 1QMLA 2O7QA 5AOUA 3LHZA 3PBUA 1CX9A 1SZNA 1EWEA 3NM3A 3IGXA 3TDFA 2A2IA 5D38A 2A4AA 4LS1A 3RK8A 2E6YA 1KTCA 3C2FA 1H61A 1TPDA 3P67A 1ZAIA 3P82A 3W7IA 1FQ0A 1T96A 4ZQNA 4ORMA 4DQWA 4HNTA 3TMQA 5BMXA 4NU7A 1RZMA 4M19A 4LS2A 3DKLA 3MI2A 3N34A 4FO4A 4MVAA 3P5ZA 3T7VA 3HQ1A 2Q8ZA 1KM1A 1F5ZA 3CLMA 3TC6A 4XKYB 5KINA 1OHLA 4OQVA 4AWUA 4E2BA 1TTIA 1ME7A 1I45A 1K8ZA 4JTJA 3L66A 4Z0JA 4QISA 3EB2A 1H7OA 4UNLA 1WYIA 2QKFA 4NVTA 4TMCA 2X1SA 3DKJA 4ZQPA 4FNUA 3QW4B 1J5TA 1PCKA 1ZENA 1OFQA 2V82A 2AAMA 1GEQA 1LZOA 3P74A 1XDLA 5AN7A 4GRSA 2HSAA 2BXVA 3IRDA 1RR2A 5G4EA 4NZJA 2ZZ1A 1FWSA 4MUZA 2V8ZA 3HJZA 3O6DA 5FF3A 4IGHA 3UWUA 3TQ0A 1OFPA 2ZA2A 2Y7GA 3A22A 3OVRA 2CLFA 2ZYFA 5FF4A 5KSWA 4YMZA 3IEBA 3LV6A 3BG9A 3NQ2A 5AHNA 3QZEA 5K9XA 3Q37A 4X2RA 2GJLA 4GWEA 1XM3A 5CZSA 3PSVA 5AC7A 3OVQA 3RLUA 1GPWA 4QQ3A 5HJLA 3VKJA 1KFCA 3M9YA 3EWXA 3R12A 3W75A 3KRSA 5H2ZA 2E5DA 3WJYA 1OVDA 4HT3A 2J24A 3W76A 4S1FA 1AW5A 4WY0B 4PH6A 1EUAA 4IX2A 3EX3A 5I3HA 4NJHA 4U4MA 4XBSA 2FTPA 1XBVA 3TV8A 2ZDRA 5HULA 1AL8A 2BTMA 2OT1A 4N9DA 3PG8A 2Z6JA 3K30A 4Q33A 4O57A 2DZWA 4Z0SA 3W3OA 3FYOA 3GB6A 1MXSA 1TB3A 2V30A 4AB4A 1C9DA 2DZSA 1F2JA 4WY0F 4JTIA 1UCWA 1MEIA 2Y89A 3DENA 3NXFA 3W2NA 2DJLA 3NPWA 3TKFA 3FEMA 1KM0A 1T99A 3I6RA 4ICNA 1PL9A 4FEZA 1D3GA 4UMAA 3TW7A 4DPPA 4Z08A 3W9ZA 4O12A 3W6YA 4OU1A 4OT7A 4LT9A 3B0UX 2VFGA 5CPLA 1O5XA 4RZ4A 4G1KA 4Z1AA 2B7OA 3NPXA 5LNVA 3F1QA 1ZALA 2QF7A 3NR0A 1GTEA 4MZYA 1TPEA 5HR7A 1W5MA 2VEPA 3W70A 2H3DA 3W86A 2RDUA 4PA8A 2FPYA 3N3MA 3LCHA 5LZLA 3PUOA 3FJLA 4LVGA 1VYSX 2TYSA 1EP1A 4UFIA 2X1UA 5KZDA 1RPXA 3GX9A 2Q3OA 3M43A 3O63A 4KFOA 3IGUA 3KRUA 2GQ9A 5CG7A 5L9FA 4R7JA 3UZ5A 2NWSA 1OABA 2BZNA 1K03A 3GDTA 4YWIA 5CGQA 3W7GA 3WJSA 1FBAA 3NQCA 1YDVA 3GDMA 2AGKA 5I3FA 4N4PA 1YXYA 1X1OA 4WD0A 3HGOA 4XZ9A 3T44A 3BARA 4J9JA 4FX8A 4HN4A 1YXDA 4LW7A 3C6CA 1VCVA 1SFLA 3BGJA 3FIGA 1TV7A 4K8EA 3F4NA 3NM1A 1FDYA 1SZGA 1DJNA 1VHCA 2H8XA 3TSMA 4JTSA 2A7NA 3W2JA 4WXZA 2GOUA 3SECA 1F6PA 3M41A 1OF6A 2QCDB 3QW3A 4O0KA 4OV4A 3ABSA 3FA5A 1FWRA 4DF0A 1F76A 1KFLA 2ZBTA 4GUHA 3SY5A 1ZFJA 1XFBA 4M6PA 3TR2A 4FIQA 3G0UA 4NJGA 3L67A 2XN1A 5F4SA 1BWKA 3SR7A 2PRLA 3KVJA 3PBYA 3P5YA 3S8HA 1IXQA 1KBJA 3O16A 4JGDA 5FF0A 3S6DA 3W1QA 5LNRA 2ZRUA 3WJZA 1VLIA 1NSJA 4EF8A 3QYQA 4JR5A 3NQGA 1UBSA 1IGSA 5D2XA 4DELA 5CKSA 3RU6A 5C54A 1HO4A 3IGSA 2QCGA 4JY9A 1W5OA 1W54A 5D32A 5D02A 4OGZA 1B4EA 2BX7A 5KZEA 1B9BA 3TSDA 1F74A 2CU0A 1KV8A 3OIXA 5AYZA 1PHWA 2E5BA 1AK5A 3QSRA 3TW6A 2QJGA 1X1ZA 3THAA 1Q6LA 3LHTA 1JQVA 2ISSA 3GYEA 1OYCA 1QPRA 3CT7A 2QJHA 1H7NA 3DFNA 5CPNA 3KOFA 1PS9A 1DBTA 4JX6A 1WQ5A 4EOUA 4RR4A 1WAUA 1A5CA 3U6WA 3LXCA 5DBTA 5DXYA 3N9SA 5D2VA 3G18A 3W7DA 3DU0A 1A5SA 5AHEA 4RJEA 2BSLA 3TXZA 3G1DA 2YW4A 3TFXA 1SUXA 5D37A 3UPWA 4XTDA 3W7LA 1KA9F 2QCCA 3A24A 4GC4A 2CZFA 5D2TA 3SW6A 4LVFA 2FJKA 1HFBA 2H6RA 2Y7FA 1I8JA 3W87A 2EAWA 2B0MA 4LY8A 3UQNA 4NNCA 3LHUA 1XI3A 2VOMA 4XTIA 1G7UA 1WDWA 3NO5A 5D2WA 5F2GA 4IXXA 2JBMA 5U7SA 1A5AA 4JD4A 3LTYA 5TIMA 2VEIA 1WV2A 3SZ8A 5AFDA 1F05A 1L6WA 3L5LA 1TQXA 5E1QA 2Z6IA 1KW1A 3MYPA 2HS8A 4O28A 3PF3A 4YCPA 1HL2A 3W7EA 5ABTA 3CPRA 4RX0A 3GK0A 4POCA 1GVFA 1B3OA 4DBDA 1B57A 5AHLA 3W22A 3CHVA 5BNKA 4LRTA 4AHQA 1LTDA 3TQVA 4JYDA 5I3IA 1G7VA 2NWRA 3EWZA 1SO3A 2FDSA 1OYBA 1OJXA 1VGAA 2E77A 5CSRA 2C13A 1F73A 1BEUA 2PC4A 1OG0A 5E0KA 3IIVA 3N9RA 3NDOA 3NQ6A 3W73A 4QM1A 4FIRA 3CB8A 1H50A 5J5DA 3BV4A 5HUOA 3BVJA 2DZPA 3ZWTA 2I14A 1KFBA 3HG5A 4GBUA 1TPWA 4DPQA 4FNQA 2E6DA 3N73A 2J27A 3HB9A 3T78A 3W7CA 3TQKA 5K9CA 2CFFA 4JTEA 3G1XA 2EGZA 5F1VA 1BWLA 1P4CA 1ZAHA 4Y96A 1H51A 3W7QA 3LCFA 4N9CA 1YTDA 1KFKA 3MBFA 3E49A 5LNWA 2Y70A 2H90A 4K7YA 5CSSA 3MI6A 4OHQA 3TJXA 4XKYA 5CPOA 3W7NA 4W9TA 3QEZA 3BPWA 3HPXA 4JTLA 3G22A 2C6QA 4QIUA 3BG3A 5DY3A 1QNVA 2ZZ2A 1SR9A 3UZJA 5D04C 3VNDA 4EIVA 4TMBA 1G69A 1JCMP 2ZRVA 2IQTA 3QH2A 4JICA 3UXAA 3CEPA 3INPA 4Y8FA 3PWAA 3W2MA 2YZRA 4HKPA 4YXGA 3GDKA 4NNBA 2C1HA 1V5XA 3I7SA 4PL1A 2G5WA 1YLVA 3I68A 5LNSA 5K4XA 2WV8A 2GVGA 2QAPA 5DCEA 3S9YA 1ME9A 4UTJA 3CU2A 1QO5A 1W3TA 5F2MA 4EF9A 2W79A 4JXCA 4FF7A 3MHFA 1LLZA 1G6CA 3VE9A 3NEVA 2V81A 3LHYA 4NNAA 2XN2A 3HF3A 4WQ6A 3KHJA 5L6UA 2NXIA 5AHMA 1LDCA 3TH6A 4IJBA 1DQXA 4OE7A 3LXBA 2ZFAA 4KFPA 4IMFA 3L5AA 3NPUA 3W74A 1N7KA 3LTPA 5DCDA 4JTGA 1XBYA 3KVKA 1W5QA 3MP3A 2I9EA 1D9EA 3E0IA 2G97A 2ZZ5A 2F7FA 4MJZA 3LV5A 4P2VA 1FX6A 1GG1A 2ABAA 4UTTA 1TYGA 1OX6A 4M5PA 4N9BA 3GXNA 3G0SA 5CZTA 3NQVA 5MHBA 1WX0A 4UR7A 3W1MA 1SO5A 2EHHA 1QAPA 3OEXA 2GUUA 1DV7A 2ZA1A 4C1LA 4RZ6A 5G1YA 3UYCA 3W85A 5FESA 4FX6M 2C15A 1VHNA 1YYAA 3CM4A 4RV8A 3BW4A 3THQA 3WJWA 3RFAA 2QCMA 2Q8LA 2NLIA 3LCGA 3OBKA 4LV9A 3DFSA 2G95A 4RKAA 1XL9A 3LBCA 1JJKA 1F6KA 1IIHA 3LGEA 4PEKA 3A9IA 4ZZ9A 1L9WA 1KLZA 1ZNNA 3V1PA 1TTJA 3NPVA 1JUEA 1CW2A 1AW2A 4UC5A 2YXGA 1TV8A 2ZRZA 3E02A 3F4WA 4B5NA 2FB3A 3FS2A 2E09A 1H63A 1ICQA 1KM5A 3MYOA 4S2CA 5BW6A 1T0OA 2EPHA 3KRZA 4CQ9A 1OX4B 1UUOA 3G1HA 3W07A 3A23A 3O05A 1AW1A 3TIMA 1M7PA 2JK2A 3TA6A 1DORA 4E0CA 4YLWA 3S1XA 3USBA 3GIYA 3UPBA 3H53A 3NYZA 1U83A 3GLCA 5DY2A 3LERA 2P0OA 3L0NA 5F4WA 1IXPA 2BWGA 7TIMA 5HNRA 4QSHA 4TR9A 4UXDA 1GG0A 1ZY9A 1P0KA 1IF2A 2XN0A 2GPTA 3FKKA 4LOCA 4O53A 1W5PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DJD C;  1VFF A;  1EEP A;  5GJM A;  4TTU A;  2PF0 A;  1NWS A;  3H2F A;  3BUV A;  3T55 A;  1ZGD A;  3VZX A;  1XYZ A;  4B2D D;  1Z41 A;  1RK5 A;  1JAE A;  2OZ3 A;  1QCW A;  4MMW A;  4GH3 A;  4GQG A;  2ZX8 A;  3W23 A;  1UC4 A;  1K9T A;  1DTN A;  2UV8 G;  3O1N A;  4QAI A;  2Z24 A;  3K8M A;  2BGN E;  2C0H A;  3QMR A;  3EOO A;  4RLI A;  5C2X A;  3QGV A;  1XIB A;  4IIG A;  5FEP A;  1HF6 A;  1QPO A;  2D24 A;  1EZW A;  2CKR A;  3EXS A;  1F4A A;  3PBV A;  4G1N A;  1JIB A;  1HUV A;  4D6E A;  4X9Y A;  3DFQ A;  3GZ3 A;  5FEZ A;  1VAH A;  3JZU A;  1HGY A;  3N2X A;  2QYG A;  4MSS A;  1PZ0 A;  2BOD X;  4D8L A;  2VEK A;  3MMT A;  5EMU A;  3T05 A;  4HMD A;  5C55 A;  2FVK A;  4ZTX A;  4W7W A;  1ZRQ A;  2QUM A;  3AJ7 A;  2XII A;  3MV1 1;  3SCW A;  3TK7 A;  1A5N C;  1OX5 A;  1V77 A;  4H7C A;  2Y5E A;  3PB0 A;  2O7S A;  3RND A;  1O5K A;  2RFG A;  1AMK A;  4IID A;  3RHG A;  3HU7 A;  3QKZ A;  4BEU A;  4GKL A;  1PBG A;  4DX3 A;  3GIP A;  2X0Y A;  4GIS A;  1E4M M;  1N2V A;  3G1S A;  4Q4S A;  4DUO A;  2E1W A;  1WDD A; 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