3LLF | Genus

Total Genus 78

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
sequence length	217
structure length	217
Chain Sequence	DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMPHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	78
structure length	217
sequence length	217
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-01-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3llfA00

3W1NA 5AYXA 4O57A 4NX0A 2ZQ0A 4LVDA 3HIJA 4QJ1A 3MUXA 4MOZA 5G2IA 1IXQA 4FHAA 5K2ZA 1EP2A 4TO8A 1KW1A 1F05A 4JEQA 3DBPA 3L5MA 4QNWA 4XTIA 5TQLA 1SPQA 1W37A 1TTPA 2CLOA 4UTHA 3BLEA 1I2PA 3GXTA 4MJMA 2VEMA 1VYPX 2WSQA 1TIMA 3GXNA 4NZFA 3EWBX 4ADTA 5HR6A 1DJNA 3B04A 2PRHA 4UTIA 3KVLA 5HJLA 4P2VA 4CLMA 3W7LA 5BRBA 1XBXA 1FXPA 3W7DA 5DXYA 3P8JA 2VFIA 2Y85A 3P5YA 2VENA 3W83A 1G4EA 1L9WA 3G1AA 4ZMGA 1H60A 2QJIA 1MO0A 1A53A 3GNNA 3I65A 5K4ZA 4BI5A 3HG2A 2X30A 1M7OA 3W73A 1WYIA 3M41A 1VS1A 1PHQA 3TR2A 3P82A 1QCWA 2DZVA 4MPQA 2DZSA 2Y61A 1YLVA 3GIYA 3BO9A 3SR7A 4JICA 3BLIA 4QISA 4QM1A 4QNEA 5IM51 3M6YA 1ML1A 2HMCA 4XZ9A 2B7NA 3ATYA 3N19B 5FESA 2C3ZA 4EF9A 2IQTA 1N55A 4W9TA 1K7FA 1JUEA 2Z1BA 3G8RA 5AC6A 1WAUA 1FDYA 4Q33A 3BV4A 2QCDA 5D2XA 3G8EA 5FF4A 2PURA 3VI2A 4MVAA 1OYCA 1HO4A 1LROA 3UD6A 1KA9F 1W0MA 1NF7A 1VJIA 3QJAA 4NT0A 1PL9A 4K7YA 4LVBA 4AF0B 3FS2A 1LBFA 2B7OA 5LGXA 3QYQA 1TJPA 2R8WA 2A4AA 5AN7A 1IXOA 3R2GA 4YMZA 2CFFA 4DQWA 3LGEA 3ABRA 4GBUA 5KZEA 3NYZA 3G0XA 1K8YA 1OF6A 8TIMA 2FLIA 3LCIA 3QMSA 5HUPA 3IIOA 3W9ZA 4DPQA 3HG3A 2FTPA 3EWZA 2QJHA 5HNRA 4CNPA 4WJEA 4OBTA 1KM4A 3I68A 4FX6M 5IBXA 3C61A 3DI0A 1XXXA 2FPYA 1JR1A 2QAFA 3F4NA 1Q6QA 2QDHA 3UPWA 3W88A 5HMSA 2HS6A 4LW7A 3IVSA 3E96A 1TPH1 4RR4A 1NSJA 4DPPA 3N9RA 4JYDA 3W7OA 4O50A 1N7KA 2YZRA 1A5CA 2E1DA 5F4WA 3QZEA 1OG0A 1D3HA 2ZZ1A 1BEUA 4IXXA 5CGQA 1JCXA 5AYZA 4ZQMA 5AYYA 3F4WA 4LS2A 5C55A 4C1KA 4CQ8A 1MXSA 5D02A 4TMBA 3HG5A 3LCWA 1JVNA 3UNDA 4LC6A 3PS7A 3S9YA 1DORA 2CU0A 2ZTKA 1OX4B 3T7VA 3B0PA 4WX2A 3M43A 5K3VA 4GUFA 4BFAA 2LLEA 1JCLA 1FUYA 4O54A 2JGQA 2GQAA 3OVQA 4LWWA 1ME9A 4ADUA 1LTDA 4IUOA 2DZWA 3AO0A 2Y89A 4UXDA 2VFGA 1OK4A 4HSOA 4NJHA 3STEA 4Y6GA 1V5XA 3TROA 3W07A 3BGGA 2XN2A 3G0UA 3RLUA 3PBUA 3TQKA 4MUZA 3M5XA 5AHFA 1Q3NA 1L6YA 2C19A 3Q94A 1XI3A 3U8GA 1W3TA 1H7RA 1TPEA 4XWUA 2EGZA 2VFDA 3SGUA 3O6DA 4M6VA 1LP6A 3G1DA 4AF0A 5LNVA 1RPXA 1GQNA 4JYFA 5KSWA 3CEPA 3WK3A 5D38A 2ZZ5A 2Z6IA 3AJXA 3V1PA 5FEWA 1S5VA 2WQPA 4UMBA 4R53A 4J9JA 3ZR4A 1VLIA 5D2TA 3M1ZA 1YTEA 1IIGA 2B7QA 2QUVA 4JY9A 4POCA 3ELFA 4LY8A 1THFD 5D03A 3HG4A 3F1QA 5D09A 1YXYA 2X1TA 3JRKA 3W2LA 3P62A 3HF3A 2E68A 3GKFA 2JKPA 1PCKA 4LV4A 3W7QA 3W85A 4OGZA 4XBKA 3TU9A 1LOQA 3HJZA 5LNSA 4N9CA 4I7WA 3S5ZA 3UXDA 2UV8G 4MY9A 1VLWA 5HWMA 2ZRVA 2DJLA 3ZWTA 5E0KA 4O15A 1XM3A 1DKWA 3EWYA 3TSDA 1MSSA 3W7GA 3W7JA 4Z1CA 2E5DA 1K8ZA 4LOCA 3L5AA 1R47A 3LHUA 2QCGA 4YXGA 4AWSA 2ZYFA 1ICQA 5DY3A 4IWWA 1SW7A 1X6UA 3DAQA 3NEVA 4YLWA 3W1LA 3BW2A 2Y7GA 3W2JA 3GAKA 5FEPA 1KTBA 3FYOA 4QITA 1OFOA 2V30A 5LNUA 3TSMA 4P61A 4UTMA 5CPNA 5LNWA 1ALDA 1A50A 1TJRA 3BG9A 4OQVA 5FF2A 1VQTA 3TIMA 1I4NA 4JTUA 1NEYA 1QOPA 3NQDA 4JTTA 4JTKA 3CM4A 1GWJA 3NL2A 3W6YA 2J24A 2I14A 3QM3A 1KFBA 4FXSA 4MFEA 4O1BA 3SECA 4MY8A 2H3DA 2JKEA 3TQVA 1ZAJA 5BMXA 2NXGA 1T0OA 3DGRA 3L21A 2V9DA 2YSWA 5HUOA 3G18A 3C0JA 2V81A 1P5BA 2CW6A 4PCFA 3E02A 4LV9A 1QR7A 5HULA 1OJXA 4HNVA 3IEBA 1XL9A 5BW6A 1G6CA 4FIRA 5AHLA 4N2YA 1OABA 3GDLA 4BK9A 2QF7A 4FNQA 3EXTA 3W74A 1YTKA 1UASA 3HMJG 1LOSA 2BZNA 5LKYA 5KTLA 4RZ5A 1RVGA 3DFSA 1XCFA 3NQAA 4N4QA 3TSBA 5HINA 4JN6A 4JR5A 4NQ1A 3GNDA 1QPQA 1FWTA 3OG3A 4IMCA 4DO6A 3EWUA 2NX3A 3STFA 2HTMA 1G7VA 3W7RA 5LHEA 2TYSA 1ZCOA 3QEZA 2TSYA 1JUKA 3LB0A 3MMTA 1M6JA 1PV8A 3I6RA 4QSHA 3NQ6A 3NZRA 1ZALA 4FF7A 1H7WA 1H62A 2A6NA 3QW4B 1IIHA 3S5NA 5AHNA 4MZ8A 5D30A 4XKYB 2P0OA 5CZJA 1ADOA 3C6CA 1R2TA 1XUZA 2H8ZA 3DKLA 3TKFA 1KM2A 1FX6A 1TREA 1AMKA 4DXVA 3MYOA 3L65A 3CIWA 3E0IA 4HT3A 2QCNA 4PA8A 4IJBA 3E49A 3NAVA 4MKNA 3DXIA 4Q32A 4TMCA 1OHLA 3PM6A 1VPXA 5C2XA 4ADSA 4JX4A 3Q37A 1K8XA 3PUOA 3WJXA 3TFCA 4NXKA 4UFJA 2V5BA 4IMGA 3EX6A 5EYWA 1WXJA 3SZ8A 1XKYA 2GVLA 1L2UA 3FOKA 1ME8A 3PB0A 1TTJA 4JTIA 3W7NA 1VGAA 3G22A 4H3DA 2ZFAA 3BPWA 3L0NA 3LI0A 4FNRA 4WUIA 3GK0A 3B0UX 1W5QA 2CLKA 4LUJA 3OA3A 3L66A 4HNNA 4NJIA 3W1XA 3C2VA 3KAOA 1LCOA 1G7UA 2ISVA 4HPXA 3QSRA 3EKLA 3S5YA 2BWGA 4OE7A 2BLEA 4UMAA 3SI9A 1OK6A 4FXRA 1VCVA 3VNDA 4R34A 3DZ1A 3GDTA 1JCNA 3NQVA 1F6KA 1W54A 4O53A 1YPIA 3OBKA 1FBAA 3CIXA 2G96A 3FJ6A 3GAYA 4C1LA 5C6MA 2FPTA 1ZNNA 4OV4A 2NUYA 3M16A 1K03A 2J9XA 1O5XA 5CZTA 3CWNA 1EWEA 5I3KA 2JKAA 3GX9A 1LRTA 1FY6A 4N6FA 3MP4A 1RV8A 1SO3A 1F2JA 4HHPA 2WNZA 3B8DA 1TV8A 1DVJA 2E77A 4JTFA 4ONVA 5HR7A 3JS3A 4NX5A 3VFLA 2XN1A 4UTJA 4K39A 5DCDA 2V2HA 2A7RA 2ZRUA 2R14A 3P61A 4O1CA 5E93A 2G5WA 4OV9A 2KZHA 4M7SA 4IX0A 1AK5A 5DBTA 3CU2A 1M5WA 4DBEA 1GZGA 3NQFA 3ZWSA 3TXZA 2Y70A 4HN4A 4XBSA 1IGSA 1LRNA 1PHWA 2OT1A 5BNKA 3QQ0A 3TFXA 4NNAA 3W23A 3UWWA 3LLDA 2YYTA 1OFRA 1QPOA 2V2CA 3TW7A 1TPUA 2VFHA 4N9BA 3W1MA 3W7MA 4FX8A 3SY5A 1AW1A 3TE9A 2VC6A 1KFJA 4D2JA 2VFEA 3FYPA 3O63A 1HG3A 1H51A 3WJSA 1GYLA 3T44A 4LVFA 3T78A 4GNJA 4JYEA 1OX6A 3S1VA 4Y9AA 3DFOA 1X8FA 3EEGA 3G0SA 4IMDA 4O28A 4A29A 4A3UA 3BVJA 5I3FA 3KVKA 3S1XA 3CEUA 5AHIA 2RFGA 3Q58A 5G4WA 1GVQA 1VZWA 3PBVA 4AHQA 3TH6A 2PE4A 1EPXA 1F74A 4FNUA 3NL6A 4IQLA 1O4UA 3O05A 1A5BA 5FF0A 3G1XA 3EXSA 1VHNA 4O4WA 5K7JA 2Q3OA 2VXNA 5D2YA 1ZFJA 4ZQNA 1DOSA 3LHYA 3W22A 3KXQA 4S2CA 5T26A 1KM6A 3CPRA 5CPLA 1BKSA 4Z1DA 1K7EA 2NZLA 1LORA 3PC0A 4UC5A 2QUUA 4AXKA 4BI7A 5BMWA 1F76A 1LBLA 2C14A 2DZTA 4DF0A 3LCXA 1FDZA 4UTKA 4KFNA 4OT7A 1W5NA 3KOFA 3TAOA 2E6FA 1PE1A 3SIZA 1OFEA 3SW6A 2VKZG 4YL2A 3PULA 1KLYA 3VE9A 2WJZA 3EX4A 4MJZA 2AGKA 3M5VA 3NA8A 1OFBA 4PL2A 3RK8A 5C5YA 2V5LA 3HBLA 1W31A 4ICNA 3JR2A 5DLCA 1OFAA 1YPFA 4DF1A 3NQ7A 3GR8A 1OX5A 3U6WA 3KX6A 4MLRA 4NU7A 2E5CA 1Q6RA 2YFNA 4GXMA 1KFLA 3RLVA 4NNCA 3UQNA 5F2GA 4O1DA 1JJKA 3EWWA 4Y90A 1G4PA 4H6KA 3N3MA 2Z0IA 3LERA 2EAWA 2AQWA 3ABOA 2FQIA 3HGSA 5FF3A 2FPVA 3O8AA 4UFMA 3WK1A 2WPBA 1FWSA 4WY0B 4YCPA 3FKKA 2ABAA 5G5IA 1YDVA 1BWKA 1FCQA 3E12A 3C2EA 2AAMA 1JCMP 3CT7A 1Q45A 4B5NA 4UTWA 1KTCA 1LBMA 2B4GA 4KFOA 2GQ8A 4K8EA 5CZ0A 4NJGA 1EB3A 2WNQA 2F7FA 5E1QA 4NZJA 3NQMA 4UNKA 4AMAA 2X16A 4UTWC 3PWAA 1FDJA 4BI6A 3KRZA 3IIXA 4RXGA 1V7YA 1AL7A 4LTSA 5CSSA 1UCWA 3THAA 3W86A 3A5VA 4LS1A 4AHOA 5AFDA 4I7VA 5AHMA 1QO2A 1G4TA 4CQ9A 3G24A 3RFAA 1WQ5A 4E2DA 1WA3A 1VYRA 2DU2A 3KRSA 3Q2DA 4BWLA 1WBJA 4Q4KA 4O13A 2V2DA 2WSYA 3IGXA 2QCMA 1ZHAA 4N6EA 1U83A 2ZRXA 1AG1O 5EBUA 2YXGA 4TU1A 1DBTA 1TQXA 2W0UA 1KV8A 1F5ZA 3L2IA 1QPRA 1EUAA 5C54A 1RQBA 2BX7A 3LM7A 4AVFA 4BWLC 4LVAA 4QIUA 4MYAA 5EKYA 1LYXA 5AHEA 3W1QA 1DL3A 3UY7A 2ZZ7A 3MBDA 1XBZA 2ISWA 4FB7A 4LUIA 2GOUA 2W6RA 1E51A 1SSDA 4AH7A 1B57A 3C8FA 1WOAA 1LZOA 2Y88A 4DO5A 1H7NA 4O16A 1LDCA 3A24A 3W72A 1XFBA 2EHHA 3LLFA 1VCFA 3NPVA 3QSTA 5FI8A 5G2HA 3W7KA 2G95A 3UWYA 5CPMA 5F2IA 1SZFA 1XBVA 1W5OA 5LHFA 1FQ0A 3IRDA 2NLIA 3W87A 1Y0EA 2YFOA 5SWUA 3NG3A 3EX3A 2P1FA 3TW6A 4CNNA 4RZ4A 4HSNA 3P67A 4QQ3A 1HUVA 2FJKA 2RDWA 3WK0A 4WQ6A 4MLJA 3DFNA 5K9XA 3W75A 2DP3A 3HGOA 2YDAA 3O15A 4N4PA 1XUUA 1FCBA 1KLZA 3QC3A 3W71A 2OT0A 2GJNA 2ZRZA 2ZZ2A 4MIMA 3W3OA 3MYPA 5LNRA 2B0MA 4I7UA 3G1FA 1R30A 2QKFA 3B4UA 4O4VA 3FA5A 3CB8A 4CCCA 1AW2A 1YADA 3TV8A 4JD4A 4FEZA 1GPWA 1QMLA 2X1RA 4AWTA 4NJJA 4Z1AA 3W2NA 3MWAA 2C0AA 3MHGA 1UBSA 2NUXA 1D9EA 2H8XA 4K6AA 1TCDA 1OX4A 2G97A 5TIMA 4E2BA 3HGRA 2NV2A 5H91A 1OYBA 3S8HA 3LV6A 4O52A 1TTIA 4ZQPA 3STCA 3SJ3A 3N34A 3W1RA 2BSLA 2QCFA 3K30A 4RZ6A 2FB3A 1J2WA 1ONRA 1J4EA 2NXHA 4A2RA 5AC7A 5KINA 3PVFA 1RZMA 1W56A 2ZCGA 4HNTA 3S0CA 5A8GA 4LU0A 2QR6A 1FWNA 3C4UA 2A0NA 2FDSA 3PAJA 1GVRA 1WX0A 3LXBA 2ZTJA 3G3MA 3V75A 4EVZA 5DN1A 2BTMA 4M6PA 4XQ6A 1ICPA 4AWUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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