3LLF | Genus

Total Genus 78

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
sequence length	217
structure length	217
Chain Sequence	DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMPHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	78
structure length	217
sequence length	217
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-01-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3llfA00

3W1LA 3MI6A 2DJLA 3SGUA 5EYWA 3G18A 3G1XA 2J6XA 3HG2A 2GVLA 1PVNA 3SY5A 4Q32A 4HNTA 3CIXA 1NEYA 1TCDA 3LBCA 5F2IA 4ONVA 5FF3A 4TU1A 3P7YA 1IXPA 5I3KA 1AG1O 3B04A 1VC4A 4A2RA 3CHVA 5K4XA 5CG7A 1TPDA 3O05A 2NV1A 4IX2A 1FWSA 1YTKA 4HPJA 2ABBA 2ZFAA 4O18A 1FQ0A 1FCBA 3LB0A 3O07A 4ZQCA 2P0OA 4TIMA 1Q6QA 3QPZA 3NL5A 4N6FA 5AHEA 1JRCA 3S1XA 5CGQA 3W23A 3MBDA 2W6RA 5D2YA 2QDHA 1TPVA 1JCYA 3G1VA 1F7BA 3TROA 3GDLA 5DCBA 4MJMA 3B03A 3S42A 4JR5A 1CW2A 1ME7A 2VC6A 4PH6A 4M6QA 4MLRA 3MI2A 3BG3A 3MP5A 3GR7A 1A5BA 4BI7A 1PHWA 1JUEA 1SO5A 3MYOA 5CZSA 1LBFA 1YXCA 3TJLA 4O53A 1OK6A 3S6DA 2ZRZA 3Q58A 2OMAA 1QR7A 3LHWA 2QF7A 2XN1A 3W22A 3W1XA 1SSGA 1KFJA 5F2LA 3UY8A 2TSYA 5CPLA 3W83A 5D2TA 2V0TA 1YTEA 1SFJA 2WJZA 1JCXA 1WA3A 3N34A 3M5XA 2XN0A 4R7JA 3N2MA 2E09A 5F1VA 3W7IA 1RV8A 4ZZ9A 4O17A 4JX4A 2Q8ZA 4WQ6A 3W85A 1ZCOA 3SECA 3MI3A 3BGGA 1GPWA 1OFQA 1J5TA 5AOUA 1AW2A 5KZEA 4N6EA 5KZMA 1VHCA 1IF2A 2VENA 4GWEA 4N4PA 3SR7A 2QJGA 1THFD 3FKRA 5DY2A 1QFEA 5AC8A 2TRSA 3DFOA 1IXOA 1NAL1 2DZPA 5G5IA 2WOQA 1BKSA 2CLEA 3UYCA 2BTMA 2BSLA 1EX5A 1EUNA 3G1FA 5HNRA 3W2NA 1LLWA 3LCFA 4NJGA 1LRQA 1S5VA 4MIMA 4U4MA 1Z42A 3FJ6A 2ZTJA 1OX6A 1O95A 2E5BA 4LRSA 1GVRA 2Y88A 2E6YA 5I3IA 2DZWA 4LVDA 5EA9A 2IQTA 4CQ8A 3A24A 4LC8A 3NQCA 3S8HA 5CZTA 3NNTA 1R2TA 1EP2A 4JX6A 5T26A 2LLEA 4ZL1A 4DF1A 1QWGA 3TFXA 3QEZA 2Z6IA 2FFCA 4QISA 5BMXA 4Z0JA 4YLWA 4JTTA 3SSJA 4DF2A 5AFDA 3ZR4A 2NUXA 2J27A 1W5NA 3C2FA 2V2DA 2ZCGA 4BFAA 4MYAA 1E51A 4UXDA 4CCDA 5D03A 1WDWA 3Q37A 2B0MA 4XZ9A 3U2OA 3B0UX 4JNMA 3M0ZA 3W75A 3NG3A 1OYAA 1JCLA 2YXGA 3UPBA 3QQ1A 1PCWA 3INPA 5C2XA 1V5XA 3UD6A 3VKJA 1Q3NA 5D37A 3B06A 2UV8G 3UZ5A 1LRNA 1OF8A 4CNPA 5DBTA 1TPC1 4FNRA 3S5YA 1WBJA 4N9EA 1LOSA 4XKYA 3TU9A 4CNOA 1IXQA 4D2JA 3B0VC 3LTPA 3PSVA 3TE9A 3HMJG 2CZDA 4NT0A 2VEPA 1B4KA 4UTKA 4IQLA 4EF9A 4O1DA 3TQ0A 1G4PA 4CLMA 3W1QA 3P61A 5HR6A 1TTPA 3S1WA 2CU0A 2GJNA 4M19A 4A2SA 1OYCA 1KM2A 1VHNA 1AW1A 1OVDA 5I3HA 4Q33A 5A8GA 2GQ9A 1LOLA 4HNUA 2Y63A 2NLIA 5F4SA 5HMSA 2YFNA 3W7PA 3PY2A 4O13A 5D38A 1GVSA 2QCDA 4LNYA 4YMZA 2X30A 5FF4A 1JR1A 1TRDA 3LHUA 3GX9A 1ICSA 1JQVA 2FDSA 4C1LA 1XBVA 2WPBA 4N2YA 1W8SA 1OG0A 1EB3A 4DXVA 3LCXA 1JULA 3TW7A 3EB2A 4NU7A 3TMLA 3DAQA 4FIQA 3G1SA 2R8WA 2NX1A 1YLVA 3PR2A 1H7PA 4XUGA 2V2HA 2G5WA 1CX9A 2BZNA 1TPEA 4LS2A 4FX8A 4ZQOA 3G3DA 3OIXA 4HHPA 3UWYA 3PVFA 3TDFA 3O15A 4JICA 1ML1A 3RU6A 4IPIA 4I7VA 3CM4A 4EVZA 4WX2A 3FJLA 5AHFA 2NWSA 1TO3A 4AEOA 2CLFA 1DJQA 4AWTA 4E2BA 2Y61A 1IIGA 1UASA 1WOBA 2P10A 1FDZA 5D2VA 1EP1A 1KTNA 4Z0SA 1X7FA 4PL2A 5CSSA 5AN7A 3NXFA 3CPRA 1ICQA 1VYSX 3W74A 2YR1A 3L5LA 1A53A 4FIRA 1R2SA 1PL9A 3LHZA 3W3OA 4M6PA 1HL2A 2OX1A 2BXVA 1LZOA 2E5CA 4O10A 1QOPA 1KM1A 2YW4A 4UUIA 4KWWA 4R33A 2NV2A 1VYRA 1GTEA 1MSSA 4JY8A 2DZXA 5DXYA 5AC6A 3T55A 1P5BA 5U7SA 2F84A 3ZWSA 3N9RA 5LHEA 2O7QA 3BLIA 3CEPA 1KA9F 1QDSA 4OE7A 3GXNA 2QCHA 2RDTA 5LNRA 4GRSA 1GG0A 5D2XA 3TAKA 3PUEA 4NJHA 1O5KA 3HG5A 4Z1CA 1T0OA 1EP3A 1OF6A 4AAJA 2PC4A 3LDVA 3NQ8A 4ZQMA 3LCIA 1NFBA 1TV7A 1XM3A 3QPYA 3I7SA 5DCDA 4IX0A 3O8AA 5ABTA 3M1ZA 1RQEA 4OV9A 1DHPA 2HSAA 3W2LA 1R47A 1HFBA 3W6YA 1T8XA 1ALDA 2Y6ZA 1OFDA 1L6SA 4JTEA 3W7OA 1VZWA 4YWIA 4NJIA 1EUAA 1OFOA 1GTHA 3KRUA 3VFLA 2B7OA 4GUGA 4Y90A 3I6RA 3RFAA 1U83A 2V8ZA 4S2BA 5FEPA 2VELA 2CLLA 3C2EA 3IVUA 1SO4A 4HT3A 1L6YA 4NQ1A 5HR7A 4M7SA 4O15A 5AC7A 1GQNA 1ZNNA 5LHFA 3C56A 1XDMA 1KFKA 2J24A 3T44A 2FJKA 3A5VA 6TIMA 3E0IA 4RKAA 3FS2A 5L9FA 3G8EA 4K7YA 5F4XA 3W2MA 1W5OA 2YCEA 4DPPA 4MPQA 3C6CA 4JTJA 3T7VA 1X8FA 2VFEA 3PM6A 5LKYA 5AYZA 3MUXA 1K7XA 3NPWA 3I68A 4OBTA 1QO2A 3DKLA 4PEKA 4JS3A 2CLKA 1PCKA 3DI1A 3C8FA 4HNVA 1DKWA 3GKFA 3KFTA 1OFAA 5I3JA 1KM3A 3UWQA 3WK0A 4GE8A 2JKAA 4XBKA 1C8VA 4DELA 1G6CA 2Q3RA 4FEZA 2FB2A 3M5VA 3NQ6A 4MOZA 4OU1A 4UTLA 4M7TA 1FCUA 4G1KA 5CZ0A 4LRTA 1G4TA 1ZAIA 2EHHA 3WJYA 5CSRA 4GUFA 1R30A 1X1ZA 2G96A 1W0MA 2HS6A 1K02A 2PRHA 3IGXA 1VCVA 3UWZA 1NVMA 2GPTA 3GIYA 1QMLA 2QCEA 3NM3A 1LRTA 3OEXA 3WK1A 4Y96A 2NWRA 3EX2A 4DF0A 3BV4A 2FPVA 1TTQA 1K8XA 3C4UA 1FXPA 3LXAA 3DI0A 3GLCA 1DOSA 2H6RA 2ZA3A 3WJZA 1H7NA 5F2GA 2VEKA 3VCRA 4O1BA 3EWWA 1MZHA 1F05A 1B9BA 1VCFA 3L0KA 3NQEA 5DY3A 1TV8A 2ZZ4A 4IMCA 1K7FA 5D30A 5BMWA 1Z44A 5K9DA 3I65A 3BGJA 3DH7A 2ZA2A 1YTDA 1GG1A 2VXNA 4UTWA 2C18A 4KKXA 1MEHA 3OBKA 4CCEA 4X22A 2F7FA 5J5RA 5CPOA 2ALDA 2Y7DA 1KTCA 3LRKA 2FTPA 3NL6A 5FEWA 3FKKA 3KRZA 3M41A 2V5BA 3UPWA 3NPUA 5LSMA 3H53A 1OX4A 2QUUA 1S5WA 1OFEA 3V75A 4FO4A 2GQ8A 2V30A 4LVAA 2A4AA 1YYAA 4XTDA 1GYLA 2Z2UA 1ZAJA 1HUVA 5BW6A 3CT7A 5D02A 1TB3A 4NXKA 3AJXA 4JTHA 4HPXA 4QAIA 2YZRA 1G7UA 2X1RA 4IOTA 3L21A 1GVQA 5F2MA 1SW7A 2QJIA 4O8RA 3TIMA 3I7RA 4N4QA 1JQXA 3KVKA 3WJWA 3BW4A 3M16A 1O4UA 3UY7A 3W76A 4H6KA 3EX4A 1OFRA 3RF9A 3G1HA 3GXPA 3S5ZA 3LRLA 4QJ1A 2VFDA 3IGSA 4JY9A 1TRIA 3HIJA 1FUYA 2ISSA 1SU5A 3ZWTA 3HF3A 3DXIA 5TBOA 5F1UA 3C2VA 3CB8A 3EWXA 3JRKA 4UCGA 1P4CA 1WBHA 3LGEA 3W87A 3PS7A 3BW2A 4WOQA 5D2WA 4NNBA 1SZEA 4A21A 2ZZ5A 3THAA 3W7GA 3EKLA 4L4MA 5HUPA 3NPVA 4OQVA 2ZZ3A 4JTLA 1RVGA 1RD5A 1QPNA 4EF8A 2Y85A 1F5ZA 3E96A 2C3ZA 4TMCA 3OG3A 1B3OA 4K7VA 3PBUA 4WJEA 1VYPX 2Q3OA 4O57A 5BOOA 1XL9A 4POCA 4JGDA 3VE7A 2C16A 3QC3A 4HKPA 4MZ1A 2R91A 3BK0A 1AW5A 3E49A 2VFHA 1A50A 5E0KA 1TPB1 2QKFA 3P84A 3WJXA 3QW3A 4CQAA 4PA8A 4IJBA 3LCGA 4X9SA 4I7UA 4UMBA 3UXAA 2PE4A 2WV8A 2J9XA 3VI2A 2R94A 1JJKA 4ORIA 1A5AA 1PHQA 1HTIA 4DQWA 2V2CA 1TIMA 4UFIA 5EMUA 2A85A 1YDNA 5KZDA 4GBUA 3SZ8A 5I3GA 3N2XA 3PC0A 2A21A 3NGJA 4LW7A 4RXGA 1VPXA 3M47A 5CKSA 4Z08A 1FDJA 4RK8A 3SI9A 4O0ZA 3S5OA 3U8GA 2B7NA 3R2GA 1VRDA 3LOTA 1KM5A 4K36A 1TMHA 1BWKA 1KM0A 3W7EA 2NX9A 2OT1A 3W7HA 1QOQA 3G24A 2X16A 3W2KA 5LNSA 3KOFA 4MY1A 3LLDA 3LX9A 3WK2A 2FQIA 2QDGA 3FFSA 1LBLA 4UMCA 2ZZ2A 4O28A 1XI3A 1UJPA 2JBMA 3IIOA 3IIZA 4LU0A 3SJ3A 1YXDA 3A23A 3U6WA 3UXDA 4O1CA 4MYXA 1SR9A 4X3ZA 3FIGA 4TR9A 4AWSA 3TSDA 2DZTA 1ZHAA 2PRLA 3G1YA 4AB4A 4IUOA 4MY8A 4JIQA 4RZ5A 4DO6A 1XUUA 1SSDA 5D09A 2H8ZA 3PG8A 4OT7A 3NOEA 3CEUA 2YFOA 3KAOA 4R53A 1EEPA 3R8RA 3T40A 1M7OA 3LCWA 4JTIA 5GVJA 2BWGA 5FF7A 2EF9A 3SIZA 4O16A 4U28A 3HQ1A 1K7EA 3H55A 4N9DA 2CZFA 1HO4A 2E1DA 3S1VA 3QZEA 5CPMA 3L5AA 1Q6RA 3R5EA 3VE9A 4IXHA 1LDCA 2C15A 3LRMA 3LHTA 5AHNA 2YGYA 5HULA 4LOCA 2AGKA 3QW4B 3IIVA 3PB2A 5BRBA 4FXRA 1SQ7A 3LERA 3YPIA 2ISWA 4FXSA 4HIBA 2R14A 4TX9A 4GNJA 4LUIA 3EXTA 3QH2A 1KLYA 1GZGA 2W0UA 4FX7A 3QSTA 4IGHA 4RX0A 3OA3A 2CLMA 3TC7A 3MYPA 2RKXA 4PCFA 3NA8A 2YX0A 4TMBA 4AHQA 1YADA 1B4EA 1D9EA 5G2WA 1IGSA 5EL1A 4MZYA 3EEGA 5D32A 2ZQ0A 1XXXA 2GUUA 4OGZA 2ZBTA 1AL7A 4NNCA 4UMAA 2PURA 3FLUA 3RLVA 2ZRUA 1GEQA 2Q8LA 3TW6A 4JTGA 5FEZA 1MEWA 4NUWA 2X1UA 2ZRXA 8TIMA 3TXVA 4HSNA 1G7VA 4JYDA 2RDWA 4NJJA 4UR7A 1ONRA 1VGAA 1ZJIA 3LCHA 1XFBA 3C52A 2ZZ1A 4UTWC 3C2OA 1LOQA 3W1AA 3KRSA 2A7PA 1H61A 3BG9A 3WJSA 2Z0IA 3TKFA 4E38A 3LI0A 3DKJA 2QAFA 1BWLA 3W1UA 2HS8A 3NQ2A 2NUYA 5U4NA 1S5TA 2FPYA 2A1YA 5KMYA 4UFKA 3BW3A 5FESA 2TMDA 2XFWA 1SFLA 3L9CA 4S1FA 1GVOA 3W9ZA 5HJLA 5I3FA 5E93A 4AVFA 3TK7A 5G4EA 1U5JA 3MBFA 3NEVA 3LTSA 2DZVA 4ZMGA 3EWZA 2J88A 2QCMA 4FHAA 4OV4A 4JTSA 1VR6A 3PUDA 4H4IA 3M5YA 1D3GA 1N55A 1KLZA 5LNUA 3ABOA 1F6PA 1BEUA 3CIWA 4NXSA 4HN4A 1TJRA 2AQWA 3NQMA 4MY9A 3VNDA 4N02A 2YYTA 3TSMA 3PULA 3STFA 3N14A 2JKEA 3M6YA 2H90A 3TH6A 3ANYA 4ZVJA 4MFDA 4Y9AA 3B8DA 3LCLA 1TPUA 1J4EA 4UNKA 4QSHA 2YYUA 4K6AA 3TCEA 1FX6A 3DFTA 1SO6A 1TYGA 1FCQA 4R34A 5L6UA 4KWVA 1YDVA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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