3LTPA

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 84
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ltpA00
3HGJA 2WKJA 1O95A 3TU9A 3DKLA 1GYNA 4WY0A 2CFFA 3G8EA 5F4WA 4Q32A 1FCQA 3GR7A 3HPXA 4M19A 3LRLA 3PBYA 4A2SA 1K3UA 1OFAA 3HG4A 5D38A 2CLKA 1H7RA 2FQIA 3OIXA 3C61A 3MI2A 2Y88A 4KKXA 4JS3A 3B03A 2QEZA 3M44A 4E2DA 1KFBA 4UTHA 1DJQA 3TX9A 4HT3A 2GOUA 5CPNA 2LLEA 3PC0A 4QQ3A 1LOQA 1O5XA 4NJHA 5LNVA 3UWQA 1QPNA 3E0IA 5D2VA 1Z42A 4WZHA 1TPVA 3N34A 2EAWA 5G4EA 5LNWA 5AC8A 3FKRA 4MY8A 1B4EA 3UZ5A 5LNRA 1JJKA 1THFD 1VGAA 3PB0A 3CIXA 3O15A 3TH6A 1LORA 2ZTJA 2P1FA 3VE7A 3KOFA 2XN1A 3MO7A 5CPMA 1X1OA 5D32A 5HJLA 1KM5A 2ISWA 5AC6A 1GEQA 5EPDA 3W1QA 1LROA 3GNDA 3VFLA 2CZ5A 4AH7A 1LZOA 1KM3A 4O11A 3W7CA 1RQBA 2DZSA 1U5JA 2A7RA 1YTEA 4JTUA 1K03A 3ABOA 4CCEA 1H5YA 1Z44A 3TNOA 4HNVA 2YFNA 4M6QA 1KW1A 3W72A 1TPEA 1JCLA 1OYCA 3LCXA 3B4UA 1VJIA 5IBXC 1JQXA 4ADTA 1IXQA 3DFPA 3DXIA 3HQ1A 4U4MA 1GVRA 2I14A 4A2RA 2E77A 1SU5A 3FS2A 3OA3A 3W6YA 1KFLA 4LS2A 3LOTA 1WYIA 2J24A 3BLIA 4LVBA 5FEXA 4XUGA 1GZGA 1H61A 4A22A 3W1PA 3NVTA 2FIQA 3QM3A 3Q94A 1YDOA 4PA8A 4ZQNA 4OGZA 1H7NA 5K4ZA 4O16A 3TW6A 2F7FA 3CIWA 1JCJA 1KM1A 5D2YA 3EWBX 4RV8A 1C29A 4LV9A 1W5NA 3BLEA 4JY9A 4NNCA 4WD0A 2B7QA 5EL1A 3QQ1A 2P0OA 4DF1A 2YW3A 1JUEA 1CX9A 5BRBA 2CLFA 1H7WA 2I9EA 3L5MA 3LHVA 4YWIA 5HULA 4MFEA 4ALDA 1FWTA 1W56A 1S5TA 3IIXA 2VFFA 4JTTA 4OV4A 3N9SA 3UYCA 1YTDA 1XM3A 3SGUA 2ZZ1A 1FCUA 3W3OA 4FXSA 1R2RA 5H2ZA 3C2OA 2JKAA 1QPOA 3BLFA 2X30A 1SZGA 1GQNA 3QMRA 2Y7EA 1W5OA 3TJXA 4MYAA 4HPJA 2A0NA 3M5VA 5AC7A 4NQ1A 4UIOA 4NT0A 1OF8A 2ZRUA 1GVOA 4MLRA 1L6WA 3CC1A 2Y7FA 3O63A 4GNJA 3W7GA 1EIXA 3QF0A 3QMTA 4O28A 1JRCA 1SO4A 1TMHA 2ZFAA 1VPXA 5LZLA 4GUHA 2NUYA 5FF3A 5HMSA 4UFMA 2X16A 3LV5A 3NO5A 1LTDA 2XFWA 3G1HA 4XQ6A 3S1WA 3PWAA 3P60A 3PM6A 1UB3A 4RZ6A 2VEKA 2IQTA 3ZWSA 1TV5A 4AB4A 1SUXA 3E12A 2VEMA 1I2PA 3G1SA 4UTLA 5TQLA 2J9YA 4U28A 3TC7A 3R89A 1FDZA 2H6RA 3S1UA 1SW3A 1KV5A 1QAPA 1DQWA 3PUDA 3UQNA 4FIQA 3IIVA 1W3TA 4NX0A 4ZL1A 1ADOA 1AL8A 3W2LA 3B05A 5HR7A 2YZRA 3VCRA 1H7PA 3E02A 3UY8A 1KFEA 4KFNA 4OE7A 4RR4A 3U6WA 2V9DA 4QNEA 5AYZA 3CWNA 3C6CA 5IBXA 4HNTA 3E96A 4UFLA 2OJPA 2QJGA 3LXBA 5A8GA 2Y61A 2WPBA 3LHZA 3NYZA 3LTPA 1SPQA 4DELA 3E49A 2QKFA 3O1NA 1W31A 1J5TA 4QJ1A 1DKWA 4RJEA 1A53A 1FCVA 2KZHA 2GJNA 2ZRYA 4O18A 5F1VA 1O5KA 2PC4A 1T99A 3NXFA 1YXYA 4IWWA 5EBUA 3W88A 5HR6A 5F2IA 3GDMA 3L0KA 1DVJA 2QR6A 2G96A 5AHIA 3UNDA 4UTKA 3PF3A 4GUFA 3G3MA 3SFKA 3DFOA 1O94A 4I7UA 4NNAA 1K8ZA 4JX5A 1XBVA 5D37A 4CNOA 4TIMA 1LP6A 3DFNA 1V7YA 1WBHA 1EP3A 2ABAA 4BI6A 5F2GA 1R47A 3TXZA 1VCGA 4O1BA 1W37A 4PFMA 3UWYA 1QDSA 4MY9A 3HO8A 2OMAA 2Q8LA 3W84A 2RDTA 2G95A 2FPVA 2BTMA 1YDNA 3THQA 3MI3A 4ZQMA 4JDBA 5KZDA 4IMGA 3BW2A 1PV8A 2X1SA 2PRHA 5DXYA 4I7VA 1RQEA 3DH7A 4AHQA 2C13A 3ZS4A 3GLCA 1L6SA 1VYRA 1PE1A 4DQWA 1T96A 2V5LA 4K37A 3ZFHA 1DV7A 2R14A 1F76A 4TMCA 4K36A 2H8ZA 3RLVA 1VRDA 4MZYA 3WJYA 4MLJA 3MP5A 1AL7A 2E5DA 4S2CA 2RH9A 3EX6A 3STGA 1C8VA 4O0ZA 1QPQA 4FX6M 3HBLA 1W5MA 5IM51 4R33A 1IXOA 4O10A 3CB8A 3YPIA 3LCFA 4LOCA 3D0CA 3MHGA 3QW3A 4IQLA 3NZRA 3DU0A 4AWSA 1NF7A 3GDRA 2WSRA 3G1VA 3KVJA 3PSVA 1I2OA 1GJPA 3EX3A 4N2YA 4JY8A 1KFJA 4EVZA 5LGZA 4DO5A 4Q4KA 2ZZ5A 3G18A 1XUUA 2Y70A 1EUAA 5G4WA 7TIMA 3O6YX 4XTIA 1QMLA 1Q3NA 1RVGA 1ZFJA 3S0CA 2FPYA 1Q6OA 2C6QA 3BG3A 3TQ0A 1MEWA 3I6RA 4JX6A 1WBJA 5CZTA 4LW7A 2AAMA 5G1YA 2E6AA 5HWJA 1XCFA 3O8AA 4MZ8A 3EX2A 1SO5A 1ONRA 3B0VC 4PH6A 3LB0A 3DHDA 1ZAHA 3L5AA 1ZENA 1KBJA 3IGUA 4HHPA 3GZ3A 4KWVA 3JS3A 3IEBA 4ADUA 1S3HA 1E51A 4FB7A 4DO4A 4K8HA 1YLVA 1MZHA 4Y96A 1FWWA 3PULA 5G2IA 4N9CA 3QJAA 1GVFA 1TPFA 3B06A 3LM7A 1KFCA 5FF2A 3LHTA 5D09A 4AMAA 3MHFA 5D30A 1XDMA 1W5PA 2TSYA 3EXSA 2V8ZA 5CSSA 2Y7DA 3N9RA 4CCCA 1FBAA 3KRZA 4A21A 1YYAA 3LRMA 2BLEA 1G4PA 1SZNA 2V82A 3TFXA 5AN7A 3TSBA 1H7OA 1LM1A 2Y85A 3LGEA 2RDWA 1DORA 4O13A 4EF8A 3NDOA 5FEPA 4UMAA 3M6YA 1RD5A 2A7NA 2J27A 3MHUA 5DCBA 3LI0A 5HWNA 5KZEA 3L65A 3DGRA 4FNUA 1L2UA 3NQ8A 2Y6ZA 3LXCA 5DLCA 3AJXA 3TW7A 2VXNA 1QFEA 2CZFA 2VFGA 3HMJG 2NLIA 5EYWA 4FHAA 3SGZA 2DJXA 2WNZA 3BGGA 1OF6A 5F4XA 5TBOA 4RK8A 4S1FA 1OX4B 2NXGA 1QPRA 2AQWA 4KWWA 1EWDA 2QCCA 1K8XA 4R34A 4M7SA 1ZAIA 2Q3OA 1UUMA 1WA3A 3ABSA 3P8IA 2WSQA 3TC6A 3RU6A 1TTQA 1V5XA 5J5RA 3UWVA 4UNKA 3UWUA 3B0UX 1J2WA 1Z41A 2BZNA 4ZMGA 1F6PA 3R2GA 4ZQPA 3DKJA 3GK0A 2YX0A 3RFAA 2C18A 4NJIA 2FDSA 5I3FA 4HNNA 1EX5A 4NJKA 4Z1DA 2DZWA 3W23A 3V1PA 3IVUA 3SY5A 1C9DA 3GXNA 4DEFA 1KM6A 2CU0A 1TPH1 3TMQA 3M9YA 3S8HA 1WAUA 4E0CA 2XN0A 3WJXA 1UUOA 2YYUA 4FNPA 3A23A 3DBPA 1QCWA 4BI7A 3W1RA 4FX8A 1A5SA 2WNNA 3R8RA 1AW2A 4Z1AA 3HF3A 3TCEA 2NZLA 3ZR4A 5FESA 3HJZA 2A6NA 1LRNA 4LS0A 2R8WA 5U4NA 1G67A 3W22A 2CW6A 1FDYA 3MWAA 2V2DA 3B04A 1T8XA 4HKPA 1W8SA 2ZA1A 4WXZA 4ADSA 3THAA 3W07A 3IIPA 2PURA 5E93A 2QCMA 2TPSA 2BX7A 3QSTA 4N9EA 4RCXA 4JYEA 2YDAA 1P0KA 4E38A 1NVMA 1VLIA 5CZSA 3MUXA 5AYXA 1KM0A 3W1TA 4JICA 3MP4A 1IXNA 2GVLA 2JGYA 3W1LA 3O06A 2I1OA 3BW3A 3KAOA 5FF4A 1ICQA 1TPDA 1TSIA 1SFLA 4G1KA 4WOQA 1VC4A 3N73A 4ML9A 2BWGA 1GWJA 2C3ZA 2HS6A 4YL2A 3CPRA 2EHHA 2Z1BA 1H1ZA 4GWEA 2WO5A 2ZBTA 1YADA 2DZXA 3JRKA 5KSWA 3EWYA 3HPZA 4CNPA 2VELA 4JD4A 4GUIA 3TE9A 2W79A 4GBUA 1WXJA 3GB6A 2YYTA 3STFA 5LNSA 1GG1A 1KLZA 1NAL1 5EA9A 4YCOA 4DBEA 4NX5A 3EKLA 3P7YA 2J9ZA 4LC6A 1H1YA 3UD6A 3L0NA 3TAKA 3W87A 1FWNA 4AF0A 5SWUA 2OT1A 4MPQA 1ZY9A 4WX2A 1TV7A 3WK3A 3P67A 1I2NA 2CLLA 3EB2A 4CQAA 5FI8A 1FQ0A 5D2WA 3W2UA 1EEPA 2OX1A 3W7PA 4ZZ9A 1U83A 3TQKA 4PCFA 4DXVA 4LC8A 1TQXA 3Q58A 5LHEA 3N2MA 3TKFA 4TR9A 3L5LA 3IGSA 1IXPA 1N8FA 4UNLA 3GYEA 3R12A 3W1UA 2V0TA 1KTCA 3QQ0A 1XUZA 2R94A 2QCGA 3LHUA 2V30A 4IMEA 1SW0A 4JEQA 2ZA3A 3I7QA 5C55A 5LSMA 3GVGA 3INPA 5CZ0A 2H3DA 3LCWA 3LLFA 1ALDA 2QUVA 4UMCA 1ZCOA 1TTJA 1YDVA 5D2TA 3KVLA 5DXXA 3B0PA 4IX2A 3PBWA 1DQXA 2QF7A 3G1YA 5BOOA 1TPUA 2X1TA 3PG8A 4JR5A 2ISVA 1GPWA 3M41A 3C3NA 4XBKA 3EWZA 1ICPA 3MMTA 3NA8A 2DORA 1A5AA 3M43A 3P8JA 3BK0A 5CPOA 4H4IA 1O4UA 5DY3A 1M7PA 5K9DA 3UXDA 1LOSA 1YPFA 1SSGA 4GC4A 3P74A 4O50A 3W2KA 3CEUA 1EA0A 3V75A 3PR2A 3A21A 1K7XA 3LDVA 1F74A 4H6KA 1IF2A 2DJLA 3GAYA 5AHEA 1JRBA 4CQ8A 2CLEA 2CZDA 3M5ZA 4AWUA 3LHWA 4AWTA 4WY0B 2WQPA 3SW6A 1H60A 1W54A 2GPTA 1FWRA 3W7NA 1R2SA 5DCDA 1OFEA 4X2RA 4ZQCA 5EMUA 3G24A 5LGXA 5DN1A 3PY2A 6ALDA 1NFBA 4TO8A 3C2FA 3O6CA 3O05A 1KBIA 5HUOA 3G1DA 3PVFA 3F1QA 3SECA 1D3HA 3BG5A 5D04C 4NZJA 2ATMA 1LLWA 2VENA 1WV2A 1L9WA 5KTLA 5DELA 1LRTA 1FY6A 3ABRA 4LVGA 3PUEA 1P0NA 3CT7A 3OVQA 3FEMA 4X3ZA 2A85A 5HQEA 6TIMA 4JTJA 4ZQRA 3DFQA 5LHFA 1DBTA 2C19A 2Y89A 2YSWA 4LRSA 1HL2A 4N6FA 3MYPA 3LX9A 3G1XA 3HG3A 3KXQA 4RLIA 2QAPA 3NG3A 3W7EA 1SZFA 2A21A 4O57A 1G4TA 2CLIA 3W2MA 1IIGA 4NUWA 5EY5A 3H54A 3CQ0A 4XKYA 3STCA 4GUGA 1LOLA 3Q2DA 4X9SA 5LKYA 3NPVA 3NQFA 1KM2A 3OG3A 1RQHA 2ZYFA 1QNVA 4YCPA 1TJRA 1VZWA 2HMCA 1G7UA 1O60A 1P5BA 1YXDA 1R30A 1DHPA 1PVNA 1YTKA 2PRMA 3UXAA 3M47A 3EKZA 3W1AA 1W3IA 2CLOA 5J5DA 3C0JA 4JTIA 5L9FA 3HG2A 1ME9A 3G1FA 2X1RA 3NQ7A 1XC4A 2YR1A 4I9AA 2WV8A 2HTMA 5KZMA 2E5BA 2C14A 5E0KA 3LCLA 3NAVA 3QW4B 2WOQA 4QIUA 3TAOA 2ZRWA 3GXTA 4Y6GA 3TUUA 4B5NA 3W71A 5KMYA 4QNWA 3HOJA 4KFPA 2E6FA 4EF9A 1Q6RA 1TIMA 1HFBA 3QRHA 2O7QA 4IMCA 1DL3A 3A24A 1X6UA 2ZRXA 4MIMA 4DO6A 2GVGA 3BO9A 1VQTA 4HSOA 1OX5A 3L67A 5DBTA 1AMKA 1VCFA 3Q37A 1OYAA 3K30A 3MI6A 2QCHA 4LVFA 1NF0A 4O12A 2HS8A 3TFCA 3GIYA 2ZDRA 3TDFA 4K7VA 5AOUA 3ZWTA 2V5BA 1G7VA 4FNSA 3LRKA 2OCZA 2QCEA 4O8RA 1JCNA 4E2BA 5I3KA 2OT0A 4Q33A 1ME8A 3ABQA 3E9AA 3UWZA 2NUXA 4N9BA 5U7SA 5H91A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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