3M1ZA

Crystal structure of the mutant v182a.v201a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGAGAQGGDPGETLRFADAIIAGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 86
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3m1zA00
3TJXA 1TYGA 5CSSA 2CLOA 3W1QA 3UQNA 1QPOA 4FF7A 3UWVA 1W5MA 4RXGA 5IM51 3W1LA 3JR2A 4GUIA 2VEIA 2Q3OA 3KRSA 5HWMA 1U5JA 4M6QA 4IMCA 1WYIA 5EL1A 2B7NA 3OHIA 3GXNA 1R46A 2X30A 4JR5A 5D02A 3PY2A 2ZZ1A 3ZR4A 4OHQA 3TAOA 2BSLA 4NJKA 4NXSA 5LNVA 5DXXA 4JDYA 5AHEA 5G4EA 1P0NA 2WNNA 4GC4A 3MUXA 4O0KA 2VEKA 1LBMA 3EXSA 2GPTA 2C1HA 2CFFA 5K7JA 1QDSA 3M5VA 3DHDA 2FTPA 3TROA 2QCFA 3L0KA 4LWWA 4IXHA 1Z48A 3NYZA 3G22A 3MP4A 3LHYA 3M9YA 4NJIA 3MHFA 5CZTA 4JIPA 1QOQA 1KM0A 3T78A 3CTLA 4FNSA 2Y6ZA 2DZXA 3PS7A 3T44A 1PVNA 5AYYA 1IXNA 3IIOA 3QSTA 3EWXA 1I2NA 2F84A 3RF9A 4GUJA 1OFOA 2P1FA 2YCEA 1FQ0A 1FX6A 1VZWA 3G0UA 5HNRA 2YFOA 3ANYA 3SIZA 4S1FA 2TYSA 1KV5A 3OIXA 2ZTJA 1W54A 4IPIA 4G1KA 2A7PA 2X1SA 4RJEA 4MFDA 1I8JA 3FKKA 5FF4A 1NSJA 1W3NA 3SGUA 1TQJA 6TIMA 4WOZA 3B0PA 5FEXA 1A5SA 3C2EA 1ME8A 2Y7EA 1LROA 3HPSA 3C61A 4IX2A 1EWDA 4FIRA 4XTDA 4Z0JA 2PCQA 1SSDA 4OWGA 2FB3A 1I2PA 2HS8A 3UPWA 1LOLA 5K4XA 5DBUA 4NX0A 3S42A 3C2FA 3F4WA 1DBTA 5EKYA 5HWNA 2OT0A 4UTMA 1VCVA 4M19A 1F76A 3GZ3A 3GDRA 1R2SA 2B7PA 2V5BA 2ABAA 3A9IA 3TK7A 1KFBA 3N9RA 4R34A 5I3IA 3V75A 3EWWA 3M16A 5G1YA 1YLVA 3A23A 3DU0A 5H2ZA 4QJ1A 1ZJIA 3OVRA 5C6MA 2D73A 4MYAA 4PEKA 4WJEA 4ICNA 5I3HA 1L6WA 1QO5A 1H7XA 5FF7A 5A8GA 2YX0A 2R8WA 4MY8A 3W22A 3LLDA 1MEIA 3OVPA 1SQ7A 4QISA 3NA8A 3O6CA 5D2YA 5F1UA 1OK6A 1LOSA 2C14A 4FX7A 5AHLA 1ZCOA 4N6EA 4RX0A 3NM1A 3I7RA 3E12A 2H3BA 4JEQA 1VRDA 4LNYA 4K39A 1KFCA 1D9EA 2WJZA 4O8RA 2JKEA 1GYLA 1KLZA 4R53A 4M6VA 3I7SA 3DFTA 3LBCA 1TV7A 3R8RA 1OFDA 1V7YA 1X7FA 4H6KA 3K30A 2YR1A 1TB3A 2WOQA 3GYEA 2FPVA 3PG9A 1LZOA 1X1ZA 2NUYA 4HNUA 2Z1BA 3UXAA 3QC3A 1A5BA 5HMSA 4IUOA 3W3OA 1EB3A 2VEMA 1WAUA 3G1HA 4WUIA 1FBAA 3HGRA 1S5WA 1F73A 3LRKA 3F1QA 3W88A 1TRDA 1TRIA 1I2OA 4UNLA 4YLWA 4DELA 5KITA 1VHNA 4JX5A 1JCYA 3LTPA 1GJPA 1OYCA 4UTJA 4RCXA 2QCEA 3NQ2A 4FXRA 4YL2A 5F1VA 2VKZG 1THFD 1I45A 2TSYA 5AHFA 3KRUA 1FDYA 4FNUA 4EWND 2E5DA 3TJLA 4NUWA 4RZ4A 3CWNA 4NX5A 5DY3A 2CU0A 4X2RA 4DPQA 4DPPA 3UZ5A 3W73A 1KTNA 3WK3A 3M0ZA 3PBWA 4JTGA 4U4MA 3BGGA 1BKSA 1PHWA 5EBUA 3QPZA 3VE7A 1EA0A 3PR2A 4A2RA 3ABQA 1XI3A 4LC8A 1S5TA 4NVTA 3MHGA 4BWLC 3LV5A 4I7UA 5MHBA 1QOPA 2X1TA 4UMAA 4GJ1A 4ZQRA 3T7VA 3LHTA 3INPA 4DF0A 5BOOA 4GE8A 3CPRA 4W9TA 2E5CA 4C1KA 2PRHA 1OYAA 1U83A 5G2HA 4O13A 1J5TA 3NPVA 3W6YA 4QIUA 1UASA 3DAQA 4UTIA 3W7LA 1KBJA 4GBUA 4JYFA 3HIJA 3W7KA 3M5XA 3NNTA 1QR7A 2RDWA 3LM7A 1PE1A 2CLKA 4KWVA 3L66A 5F2GA 2NXHA 4Z08A 3TQ0A 3Q58A 1JCMP 5D32A 5AOUA 1TO3A 1K03A 3GB6A 4GUGA 5F2MA 1TTQA 2OX1A 3BG9A 4WXZA 4Y6GA 3GX9A 1N55A 4ZQNA 3W74A 3HGSA 1IIHA 5AC6A 4MPQA 1GVFA 2VFFA 1EPXA 3R13A 4LRTA 3OEXA 3M43A 4LVDA 2FQIA 3KVMA 3QQ1A 5T26A 3RU6A 5FI8A 4UTTA 3L9CA 5FF0A 3LOTA 2QJGA 3E96A 5BMXA 4ML9A 4WQ6A 3FYPA 2GQAA 4O0ZA 1UCWA 3MHUA 1SO6A 3TA6A 2ZZ6A 3W2JA 3V1PA 2E6AA 4MJMA 2EKCA 4L4LA 4KFOA 1RD5A 3LRLA 1HL2A 3LX9A 4NJHA 2PC4A 2NV1A 4WY0B 3DHFA 2E6FA 4LS2A 4AWSA 4XWUA 3IEBA 5CPMA 4OV4A 4JYEA 1TPH1 1CI1A 3KVLA 2WQPA 3LHWA 3EWYA 1OX4B 3PSWA 1I2QA 2E77A 4MLRA 5EY5A 2JBMA 2ZQ0A 5ABTA 4ZQCA 5K9DA 5KINA 5CKSA 4H4IA 4K37A 1V5XA 2YZRA 1AL7A 4N4PA 3VKJA 2VENA 5HR7A 1WBHA 5E1QA 1GYNA 1G6CA 3S1XA 3LTYA 3S5NA 4JX4A 5EYWA 3TSDA 1SZFA 2PRLA 1EX5A 1WXJA 1TTPA 1MO0A 5C5YA 1EUAA 3SI9A 2DU2A 4LT9A 4UTHA 1VPXA 3IIVA 4TMBA 2CW6A 4FB7A 2X1RA 2FLIA 1QAPA 3C4UA 1UBSA 2NX3A 4HT3A 2OJPA 3ZWTA 1SO3A 5G2IA 5A5WA 3C56A 1ML1A 2ZA2A 1QCWA 3PB2A 4O54A 3M5ZA 2ZZ7A 4KFNA 3G3DA 4BI7A 4TMCA 1SW0A 4O4VA 1ZENA 2ISSA 4RK8A 4BI6A 1ZAHA 3HOJA 1JVNA 5F4WA 5TQLA 1SFLA 1OFQA 2QCMA 1H5YA 3NQFA 1LRQA 4XBKA 2E68A 3L68A 2G97A 1SR9A 2TPSA 1H7NA 1ICSA 3LHVA 4O1DA 2YXGA 3TU9A 3L0GA 2B4GA 2BLEA 5HUOA 5KZMA 4LS0A 4HNVA 1G4SA 4O57A 2WNQA 3DFQA 5D03A 1DVJA 3G0XA 3HF3A 3GAYA 4LOCA 3T55A 2BWGA 4AWTA 5E0KA 1GG1A 1H63A 3W83A 1O95A 5FF2A 1OFRA 3QH2A 5KMYA 2Z6IA 1GWJA 3TAKA 3VI2A 4PL2A 1MEHA 3MYOA 1SW7A 3NL6A 1L2UA 3PAJA 1FWNA 2OMAA 1B3OA 2YDAA 5LNUA 1WV2A 4I9AA 2VFIA 2ZZ5A 1S3HA 2A85A 2G5WA 4NNBA 4HN4A 1TPWA 2EGZA 5L6UA 5G2WA 1O5XA 3KX6A 3IVUA 1FCQA 2NUWA 4HPJA 2CZEA 4K7YA 4CQAA 5CZ0A 1QPNA 1GQNA 4LY8A 1ICQA 2ZZ3A 3UWUA 3BW3A 3A5VA 4PA8A 3W2UA 1KFKA 3HGOA 4AB4A 5F4SA 1F6KA 4DO5A 5I3JA 3Q94A 1SZGA 5CZJA 2P0OA 2V81A 4LVGA 2E6YA 1GVOA 4JTIA 4ALDA 4DEFA 1K8ZA 5FESA 4OBTA 4RLIA 4UCGA 3Q37A 1TJPA 1Q6LA 3THQA 1FUYA 3P8IA 2VEPA 3M47A 4RV8A 1ZFJA 4ZMGA 5J5RA 3D0CA 3TIMA 2VELA 3P84A 2WV8A 3TUUA 5TBOA 4EVZA 4FNQA 5KZEA 3VNDA 1FWTA 4WOQA 3STGA 1OK4A 1TPDA 5CGQA 3B05A 4CCEA 2FIQA 1GPWA 2WO5A 4DBEA 1KFLA 4FIQA 1VQTA 1T99A 3UD6A 4AF0B 3HBLA 3CT7A 4I7WA 1NAL1 2QCNA 3TC7A 3A24A 3GK0A 3C2RA 4CQ8A 3TX9A 1QPRA 2CLFA 3PBYA 4XKYB 3S5ZA 4JNMA 5HWJA 3GXPA 3DFOA 3L67A 1TPEA 4EIVA 4JTKA 2CLHA 2DZSA 3U2OA 1RQBA 4ORMA 3FLUA 3G24A 2QCDA 4HNNA 4WY0F 1A53A 4N9BA 3W7MA 3WFAA 4X3ZA 3R2GA 2VFEA 1IGSA 3DGRA 2XFWA 4WZHA 1A50A 5LNWA 1HG3A 1KM6A 1ZAIA 3O6DA 4POCA 5C54A 4WD0A 5LGZA 3MW7A 3P61A 2A1YA 2H8ZA 3LBMA 1RV8A 4O1AA 1LTDA 4YXGA 1TPFA 3EKLA 3LCXA 4BK9A 1EP2A 1GT8A 1ZALA 4O4WA 2VOMA 5H91A 5AN7A 1NF0A 3I65A 3P74A 5HQEA 4ADTA 4ZVJA 1AW5A 1NF7A 4NU7A 3DBPA 4UR8A 5AHMA 4DO4A 1XUZA 3QW4B 4GWEA 4MLJA 3NR0A 1W0MA 3LI1A 2CZDA 4N9DA 1HUVA 2GJLA 3M7WA 3BG5A 4JY9A 1GZGA 3P5YA 4N02A 1QPQA 1P4CA 3STFA 1CW2A 3QFEA 3W2NA 1ME7A 3NVTA 1OHLA 1JUBA 4NZJA 4AH7A 3W7JA 1H51A 1OG0A 4MYXA 2JKPA 3BLIA 2JGYA 3C6CA 3MWAA 3IIXA 2CLMA 1PCKA 2V2CA 3HG4A 1FDZA 1UB3A 3CM4A 4OV9A 4U28A 3UWQA 4ZZ9A 3G8EA 4LRSA 4WXYA 1QWGA 4DQWA 4UMCA 3B04A 1XUUA 1OFPA 1VCGA 1J2WA 1EP1A 1R47A 4OE7A 3EXTA 4OQVA 4HSOA 1GTHA 1JRCA 3W9ZA 1F7BA 2FDSA 2WSYA 3R12A 1QFEA 3HGJA 3H55A 4OT7A 3GNDA 3PSVA 3IGSA 4BFAA 3P81A 3DKLA 3ZFHA 3CU2A 5DCDA 4GUHA 2YYUA 2CLLA 3TQVA 3W87A 1ONRA 3TR2A 5C55A 3W1UA 1VH7A 1IXPA 3EWBX 3E49A 3L5MA 3WJYA 2VXNA 1OVDA 3G1FA 3LRMA 3TQKA 5KSWA 4Z1AA 1DL3A 1VR6A 5D05A 3WK2A 2EPHA 3G1VA 4FEZA 4ONVA 3E02A 2QEZA 1Q6OA 4PODA 1OFEA 1JULA 3KVJA 3QZEA 3S8HA 3MBDA 3O05A 3BLFA 2W0UA 1B9BA 3W75A 2DORA 3OVQA 3EX1A 1PCWA 5HINA 1YXDA 4NT0A 3NPUA 1D3GA 1KFJA 1WDWA 1ZHAA 3NQ6A 2J27A 1F6PA 5D38A 3BG3A 1BWKA 3DXIA 1B4EA 3TSBA 3O1NA 2X2GA 3W7EA 3RLUA 4CQ9A 3BLEA 3TE9A 2JKAA 1GVSA 1SZEA 3MBFA 1Z44A 3QYQA 8TIMA 1K7XA 3DI1A 3TXVA 1FWRA 1MEWA 3QMSA 3PUOA 3WJXA 5D2WA 1RVGA 2R91A 1S5VA 2J88A 3GR8A 4JYDA 3B06A 1FDJA 3HG3A 1QO2A 2YSWA 4QM1A 1ME9A 1T96A 1T0OA 1YXCA 3W23A 4CNOA 4CCDA 4M5PA 2XN1A 3FJ6A 4MFEA 3O6YX 3MI6A 3MJYA 2V9DA 3S5OA 5LGXA 3PG8A 5I3FA 4NJJA 2BX7A 3F4NA 3SJ3A 3CQ0A 1WOBA 3IIPA 4E2BA 2V0TA 1VLWA 4ORIA 2RFGA 1C29A 1LDCA 2X16A 1DQWA 2A2IA 2Z6JA 3NQGA 5IBXA 2ZRZA 2HS6A 3WJWA 1WA3A 4JTSA 3HQ1A 1AL8A 3EB2A 3NQ7A 1FCBA 3G1XA 1JQXA 3FFSA 3P82A 5D2TA 4N4QA 1L6YA 1W56A 1L9WA 2IQTA 2HSAA 3NL2A 4RZ6A 4M6PA 3PM6A 4YCPA 5LZLA 1Q6QA 4JTJA 3P67A 4UTTC 1PS9A 1VCFA 2DZWA 2PURA 3TSMA 3O8AA 2NX1A 4HIBA 5FF3A 3LXBA 1M7OA 3OA3A 2OT1A 3TXZA 3FYOA 2RHGA 2QCLA 4MY9A 3G1YA 1TTIA 4N9CA 2AAMA 1KV8A 4AHQA 1OX6A 4ZQOA 1W3IA 3BPWA 3QQ0A 1B4KA 1O60A 3O63A 2ISVA 3DH7A 4NXKA 3N73A 4K36A 3PB0A 1H7OA 4Q32A 1EWEA 4UIOA 3S0CA 1G7VA 4UMBA 3KOFA 4UFKA 3O06A 3W84A 4DO6A 3DFSA 1EEPA 1XXXA 3AJXA 4N9EA 4XUGA 3U8GA 4X22A 3LDVA 1Q45A 5BW6A 3DFPA 2C13A 3GIYA 1JCNA 3NQAA 4A3UA 4CLMA 4TIMA 4WX2A 4RZ5A 3LERA 1PL9A 4L4MA 2WPBA 4UXDA 1YYAA 1LRTA 3N2MA 3PF3A 2NUXA 2Q8LA 3CIXA 1YTDA 4FNTA 5LHFA 5KZDA 1FXQA 4GRSA 2OCZA 2NWSA 3W7IA 1AK5A 3MO7A 4KWWA 4Z1BA 1SZNA 5I3KA 3M6YA 2GOUA 2BTMA 5FEZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TJX A;  4GJJ A;  2CLO A;  1QPO A;  1W5M A;  5IM5 1;  4RDY A;  3W1L A;  1QW8 A;  3FAX A;  2J8G A;  4BHY A;  5EL1 A;  3BCJ A;  4RNI A;  2X30 A;  4CVW A;  3PY2 A;  2ZZ1 A;  2HJP A;  4OHQ A;  3CNY A;  4NJK A;  4R9O A;  4PUN A;  3KWS A;  2VEK A;  5DT7 A;  1UH2 A;  3HFT A;  3LGD A;  1BYB A;  2INF A;  4Q8U A;  4ENL A;  4X9Y A;  3L23 A;  4NSB A;  2FTP A;  3CO8 A;  4LWW A;  2ZX7 A;  3M9Y A;  1US3 A;  3LPP A;  3GY1 A;  4O1F A;  1QOQ A;  3GVW A;  1T8Q A;  1ECE A;  3T78 A;  3CTL A;  1QI5 A;  2DZX A;  2JAL A;  2J7C A;  4ZXO A;  3IIO A;  4A3H A;  3CQK A;  4GUJ A;  4B92 A;  1OFO A;  3E74 A;  4FXF A;  2YCE A;  3TYU A;  2WW5 A;  4JL1 A;  4ZE5 A;  4WDX A;  2BAS A;  2VC5 A;  3ANY A;  4S1F A;  4V2X A;  2WZM A;  3C8N A;  2ZTJ A;  4DY1 A;  1HKI A;  4G1K A;  2VZU A;  4MFD A;  3FKK A;  4A8I A;  1NSJ A;  2DH3 A;  1TR9 A;  3FDG A;  1CPU A;  6TIM A;  3B0P A;  2O56 A;  1VPY A;  3WQD A;  1PWL A;  3KRB A;  4H7V A;  1UIO A;  5C7V A;  4BKN A;  4QJ5 B;  4MHB A;  3C3U A;  4FIR A;  4XTD A;  3TQP A;  3SB0 A;  4Z0J A;  4OWG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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