3M1ZA

Crystal structure of the mutant v182a.v201a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGAGAQGGDPGETLRFADAIIAGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 86
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3m1zA00
4DO4A 1DBTA 1DJQA 3HG4A 4O15A 3UPWA 2R14A 3PS7A 4NVTA 3L5AA 5CG7A 4E38A 1EIXA 1LBMA 1I2QA 1QPRA 4X9SA 4ZQRA 3ANYA 1OFAA 3GDTA 1KLZA 1KBIA 1O5KA 4CCDA 4FNUA 3LCLA 5LNWA 4O1BA 1FWTA 1J4EA 3ELFA 2WO5A 3CT7A 4UCGA 2YYTA 1JULA 4O13A 2YFOA 2RHGA 3GAYA 2ATSA 3NQGA 1KV8A 3TAOA 3P80A 2B7OA 3HMJG 1O4UA 4MLRA 1H5YA 3G3MA 4X22A 5KZDA 1YTKA 3MHUA 1H1YA 4BI5A 5HULA 3L67A 4AWUA 1B57A 2BWGA 4BWLC 3KRSA 2P1FA 1QMLA 3CEUA 4JYDA 4XUGA 2CZEA 1ZAHA 2V8ZA 3MYOA 2OZ0A 3N2MA 2AQWA 1FQ0A 5LNRA 1P0KA 4FNTA 5A5WA 4NX5A 3NL5A 4KWWA 5G2IA 1W5QA 2NXIA 3A9IA 3C2EA 3C6CA 3MO7A 3TH6A 3RU6A 3W1UA 2GVJA 5CPLA 1VJIA 1R46A 4WD0A 1TMHA 3K30A 5DBTA 3EX1A 3STGA 3DKLA 5KTLA 2BX7A 1A5SA 1MEHA 1TSIA 1HO4A 2FB3A 2OT1A 1IXQA 4UTTC 4Z1BA 3AJXA 1T99A 2QF7A 4JTLA 1TTPA 3B4UA 3PUDA 1YDVA 2GJLA 3KHJA 1W3NA 1H7WA 1F6PA 2O7QA 3G1HA 5FEPA 2CWNA 3IGUA 3S9YA 4AH7A 1JUBA 1VLIA 2NUYA 3PG9A 4YWIA 1WX0A 1LRQA 5C54A 1HG3A 2QEZA 4MFDA 2A6LA 3H53A 1M7OA 1G4PA 3S1WA 4LVGA 5L9FA 3M41A 3O63A 4RR4A 2ZZ5A 2G96A 3PUOA 4JX6A 4JNMA 1QDSA 3C2OA 1AK5A 4K36A 5GVJA 4NJKA 3C2RA 4ZQMA 3CLMA 2YX0A 2V2DA 3STEA 4YLWA 3B0VC 2YXGA 3W76A 3DXIA 5SWUA 3UXDA 1VYPX 3I68A 4PTNA 2VFGA 2QJGA 1H62A 3A24A 2HS8A 4K7VA 4DO5A 2QJIA 3TQ0A 1ME9A 3ZR4A 2AGKA 3P61A 1IIGA 4JTIA 3EX3A 4FX6M 4OHQA 5TQLA 4XZ9A 3UXAA 1NFBA 1SUXA 2B7PA 5HUOA 1JQXA 4QQ3A 1R2RA 3BLFA 4Z1DA 4GC4A 2RFGA 1GVFA 5BMXA 1AW1A 3CC1A 5FEWA 4G1KA 5DBUA 4PH6A 3KFTA 1CW2A 1DJNA 4I7UA 3PR2A 5HQEA 1SW7A 1LBFA 4LVDA 5CZ0A 3MP4A 3T7VA 2DU2A 5I3GA 1R2SA 3FKKA 1UJPA 2A5HA 3W7LA 1TPVA 1KFBA 4UFMA 5CSSA 1DKWA 4IWWA 3W7HA 3NPUA 1VC4A 3W7DA 3BVJA 5G4EA 2E5BA 3LTYA 5AB3A 1VGAA 1VH7A 1OYBA 1D3HA 2H3DA 2WSQA 3TR2A 1YDNA 5BOOA 4JDYA 5IM51 3CEPA 5AC7A 2Y7DA 3GXTA 3Q94A 2CLHA 3TE9A 3MBFA 2Y70A 4QIUA 2CLMA 3S5YA 3W7OA 4UTUA 4FXRA 1OVDA 4ZQCA 1DL3A 4UNLA 4JTFA 2Z0IA 4E0CA 2QCDB 3O06A 5D05A 3S1UA 3W2NA 3Q37A 4IMFA 1EPXA 1EP2A 3HGOA 4NXSA 3NPXA 3GK0A 1LLWA 2ZRWA 4CQ9A 3IIVA 3W7JA 3G8EA 3W7PA 2YW4A 2I14A 4XBSA 5CPOA 3IVUA 3KXQA 3OVRA 3WJXA 3NQ7A 1DORA 1FBAA 1R2TA 5D32A 5TIMA 1MZHA 1PVNA 4JR5A 2NZLA 4JDBA 4EOUA 2RDTA 4WY0B 8TIMA 5K7JA 3R89A 2J6XA 3G1DA 1RV8A 3TSMA 5K9XA 3IIOA 3P74A 3HQ1A 2VFFA 1O60A 1W3TA 1LOSA 2B0MA 1KV5A 4H3DA 3RF9A 2PURA 3M6YA 1OABA 4X2RA 3ABQA 4LV9A 4NU7A 3NQ2A 4AAJA 3TFXA 2CZFA 1TQXA 3UWWA 2NX9A 1H7NA 3L5MA 1F05A 2JGQA 4N9EA 3JRKA 2O7SA 1SO3A 3NPVA 1H63A 1T0OA 3GLCA 4O0ZA 1TPDA 2CFFA 2WQPA 1SSDA 4MJMA 3SSJA 3E12A 3NYZA 3GDMA 5K3VA 4GBUA 4UMCA 4LW7A 2J9ZA 1J5TA 3P8JA 2QCDA 1DOSA 3M43A 1OF6A 2QUUA 2NUXA 4UFJA 2NXGA 3R2GA 1RQHA 1GT8A 4LS0A 3TROA 2V81A 4H6KA 5DELA 4IMDA 3EXSA 5H91A 2XFWA 3F4WA 1SR9A 1F2JA 2E6DA 2BXVA 3DKJA 3B0PA 3L0KA 1QPOA 3QYQA 4IJBA 4LTSA 3IVTA 3LHWA 1KFEA 3W70A 4TR9A 1FCVA 4MYXA 3W23A 3GB6A 4NJGA 3BV4A 3NEVA 4L4MA 3TMLA 4UTIA 1XDLA 1YPIA 3ATZA 4NNCA 1TV7A 1GOXA 3QJAA 1PHWA 3QMRA 5HJLA 4A2SA 4CNNA 4CCCA 3CIXA 3CQ0A 3MMTA 4UIOA 3INPA 4LVBA 5HWMA 4N9BA 3NZ1A 3TCEA 4O54A 4YMZA 2BLEA 4QNEA 1TPC1 3NPWA 4IMGA 2I9EA 2ZZ3A 1X1OA 3KAOA 4ONVA 3TK7A 1SPQA 3W2KA 3O16A 3W84A 1XM3A 1G4SA 2E6FA 3LI1A 4RLIA 3W1TA 1W5OA 4M6PA 1TRIA 2ALDA 3W7NA 5LNUA 4N2YA 1TPUA 1EWEA 2V2HA 1OJXA 2E1DA 3LXBA 1AG1O 1Q3NA 3BG5A 3M5ZA 3MYPA 1AW2A 4Z1AA 3UYCA 5AHIA 3IRDA 4XKYA 1FCBA 4WXYA 1I2OA 1Z48A 3TX9A 3ZWSA 3F03K 4FHAA 3UWZA 3GDLA 3NAVA 2J27A 1W56A 1IF2A 1VHCA 1A50A 3G1XA 3PUEA 5LZLA 5F2IA 3U6WA 1YXYA 3N14A 3EKLA 4AHOA 4NJIA 4QITA 4OU1A 4BI6A 3O6CA 3BO9A 5HNRA 1TPEA 4NX0A 5DY3A 3CIWA 1W37A 1XBZA 1H50A 1H60A 5EL1A 4E2BA 3GVGA 4BK9A 4Y96A 1VLWA 3TIMA 3P5ZA 4QJ1A 5I3IA 2YDAA 2QCEA 1PS9A 3W7EA 5HR6A 3C56A 3RMJA 5D2VA 2V5BA 3T44A 2FPTA 4HSOA 1JUEA 1LRTA 2Y7GA 2R91A 2ZTKA 4JIQA 1VRDA 2ZA2A 4AF0B 3STCA 3A22A 1G4EA 2V9DA 1W5NA 2KZHA 4DF0A 1K8XA 4QSHA 5E93A 4R33A 3W3OA 2V5LA 4RV8A 1BEUA 3NZRA 3SY5A 1XC4A 4KKXA 5ABTA 4LWWA 3VE7A 2A0NA 4MLJA 2ZA3A 3HG5A 3ATYA 4NZFA 4TMCA 4GUJA 4GRSA 4TU1A 3S8HA 3IIZA 2V2CA 4O11A 4AWSA 3LXAA 4OGZA 3P7YA 2XN0A 3B0UX 2VELA 4X3ZA 1WV2A 3YPIA 1I2PA 5K9DA 1NF7A 3W2UA 2XN2A 4P61A 2CLFA 4R7JA 2FIQA 3DAQA 3WJZA 2NX3A 1K03A 5C6MA 2DZSA 3TUUA 4WQ6A 2TSYA 1ALDA 2JK2A 2G97A 5D37A 1KFCA 1WBJA 1AW5A 2ABAA 3CTLA 5G4WA 3NVTA 4UFLA 3MWAA 2CLLA 2HTMA 1LROA 1XKYA 4HPJA 1B3OA 3TA6A 5KSWA 1V7YA 4LT9A 5AHFA 1TYGA 1GJPA 2W79A 3BGGA 5F1UA 3L0GA 4CLMA 3RFAA 3WK3A 3PF3A 1MSSA 5AHMA 1KM5A 3DFQA 4S1FA 4EVZA 1HUVA 2ZCGA 1LOQA 2ABBA 2VXNA 4M19A 5LKYA 3G0SA 4AVFA 3CPRA 4IGHA 2GOUA 2LLEA 2WNNA 4ADTA 2Q8ZA 1TPH1 2VEPA 3QC3A 3KVMA 1W3IA 3LCHA 2ISWA 1B4KA 2A21A 3DU0A 5KINA 1V5XA 3HG3A 1MO0A 1LLZA 4I7WA 3C61A 3TAKA 3UWYA 2WSRA 3LCWA 1UUOA 4LUIA 3S0CA 3ABSA 3BW4A 3W7KA 3SECA 1YYAA 1ML1A 2J88A 4RZ4A 5AHNA 3OVQA 1S3HA 1D3GA 1C9DA 2V0TA 3MUXA 2CLKA 4UFKA 1XL9A 2Z1BA 1KFKA 4RXGA 4YL2A 1P0NA 2WJZA 1OX4B 3G1AA 4M6QA 1X8FA 5FI8A 4N6EA 5D03A 4M5PA 3MHFA 2DP3A 4LVAA 4PODA 3QQ0A 3TXVA 4ZQPA 3FKRA 1MEWA 4MIMA 3ABRA 2ZQ0A 4K39A 1QCWA 1WDWA 1KM2A 3MI2A 1NF0A 1ZAIA 4OE7A 4YXGA 3QPYA 5CPMA 4RK8A 3MI3A 3IGSA 3M16A 1B4EA 2Y63A 4Y9AA 3LI0A 2PCQA 3G24A 1H51A 4IXHA 2Y85A 3W86A 5DXXA 3W87A 3O8AA 4IMCA 2DZUA 2VKZG 5I3FA 3EEGA 4OV9A 5FESA 3O1NA 2A7RA 4R53A 2X1UA 4NJJA 1IXOA 2FDSA 1O5XA 3S42A 4HHPA 3LXCA 3FA5A 3CHVA 2ZBTA 3L0NA 4ZZ9A 2C13A 3W9ZA 1JVNA 2QR6A 4WJEA 3P67A 2C15A 5K4ZA 3W1QA 3MW7A 3QQ1A 4LVFA 3NQAA 3SI9A 4BI7A 2QCNA 1TJPA 4U28A 4JTEA 3W1XA 3KVLA 2F84A 3QM3A 3PB0A 5F1VA 1U83A 3W7GA 3M1ZA 3EX6A 1OX4A 2YR1A 3OA3A 4LY8A 1L6WA 3LGEA 3E49A 3KX6A 2FFCA 1VR6A 4UTLA 4ORIA 5G1TA 3DHDA 1XFBA 4OBTA 3TXZA 4PFMA 2A2IA 4W9TA 3B04A 4WZHA 2EHHA 2QDHA 2OT0A 5F4XA 2CZDA 1TTIA 3L66A 5K4XA 1R30A 4POCA 4H4IA 4UTJA 1GTHA 2D73A 1R47A 4DF1A 2C16A 1DVJA 4GJ1A 3W2MA 1YADA 2ZZ7A 4UR8A 1G7VA 1JCLA 3W74A 5AN7A 3WFAA 1GYNA 4PL1A 3LHVA 3TDFA 3G18A 3NGJA 5D02A 3SGZA 3UNDA 4JS3A 2OJPA 1OG0A 3UZJA 3HGSA 2GVGA 3P60A 3FIGA 3A5FA 4LV4A 4JGDA 1ZALA 2QCMA 1I2RA 4RX0A 3TQKA 3BK0A 1BWKA 3DFTA 3VCRA 1WBHA 3PVFA 1I4NA 5EYWA 3TNOA 2DZPA 3NQ8A 4MOZA 3NL3A 5T26A 1RQEA 4NNAA 3R8RA 1Q6OA 1ZENA 1LM1A 2ISSA 3QPZA 2NWRA 3DH7A 4IX0A 4CNPA 2GPTA 4N4PA 3NQDA 1KTNA 1O94A 3GR8A 1GVOA 4DPPA 3R13A 5AHLA 1QOPA 3I6RA 2AAMA 4FXSA 2VFHA 1SO4A 4J9JA 3I65A 1FDYA 5F4SA 3G1FA 4FIQA 4IPIA 3O6DA 3GDKA 4MKNA 2ZA1A 3R12A 4FNRA 4N6FA 4FNPA 3UY7A 2QCLA 4IX2A 2V30A 4ALDA 3NM1A 1W54A 4RJEA 1FXQA 4HNNA 3O6YX 3MJYA 5H2ZA 4NNBA 1ZY9A 4O4WA 2VFDA 1GVRA 1T96A 5HMSA 4IXXA 3HPXA 2WV8A 4LC6A 3W1LA 5LHEA 3OIXA 5CZSA 2GQ8A 2Y62A 1TV5A 5LGZA 3CB8A 3MP5A 3G8RA 5KMYA 2X2GA 2FJKA 3HOJA 3LV6A 3BW2A 4L4LA 4O10A 2RKXA 3TC6A 1VHNA 5IBXA 2IQTA 2ZZ1A 3JS3A 5KZMA 4JICA 1WAUA 3LRMA 4AEOA 1J2WA 3PB2A 4UTWA 3CWNA 1ME8A 1JJKA 2GVLA 2W6RA 3L68A 4TO8A 1JCJA 4I9AA 1K02A 3LRKA 3A5VA 3W2JA 2ZYFA 3QMSA 3N9SA 2YFNA 4Y8FA 5BW6A 2J9XA 2DZXA 1X6UA 2CW6A 2Q8LA 3U8GA 5CGQA 4C1LA 2VENA 3B05A 3RK8A 2C0AA 2NUWA 2HMCA 2GUUA 3W72A 2DJLA 1SFJA 4ORMA 3NL2A 1QPNA 1GQNA 4KFPA 3S6DA 3W71A 1FY6A 4NXKA 5AHEA 3RLUA 2V82A 3QRHA 5F2GA 2Z6IA 2R94A 3W22A 6TIMA 2PRLA 4XTDA 2C3ZA 3GIYA 1EA0A 2H8XA 3PAJA 1GG0A 1KTCA 3QFEA 5LNVA 4UMBA 1A5BA 3QZEA 3WK1A 5F2MA 4Q32A 3H55A 3LERA 3GKFA 3SZ8A 1FWRA 3LLFA 2C14A 4DELA 2PC4A 3L5LA 3W2LA 3FYOA 3CM4A 4WY0F 1W1ZA 3N19B 3NQEA 3TW7A 1DV7A 3PULA 4MY8A 5HWNA 4UR7A 1TPB1 4O17A 1OK6A 1YXCA 1MEIA 1D9EA 1OFDA 3S1XA 1SZEA 4KWVA 4MY1A 2UV8G 5D2TA 2NV1A 2YPIA 2A7NA 4WY0A 1BKSA 5J5DA 3HPSA 1DQWA 2TPSA 1A5AA 1P1XA 2QUVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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