3M41A

Crystal structure of the mutant v182a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
218
structure length
207
Chain Sequence
RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPTLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 73
structure length 207
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3m41A00
3W23A 2A0NA 1KM2A 4MJMA 3MP5A 1TPFA 3P8IA 3HG2A 3LV5A 3WFAA 4MZ8A 3CQ0A 3EB2A 4PL2A 2Q8LA 1FXPA 4HIBA 1OFOA 3NQ7A 3W71A 3K30A 3QQ0A 3SY5A 3LTPA 4M7SA 7TIMA 3TFXA 4HT3A 2WQPA 4S1FA 1OYCA 1PCKA 4K36A 1CX9A 2R91A 4FNQA 1K02A 2C16A 3L0GA 4R7JA 5LNSA 1XI3A 3SECA 4DELA 3IGSA 4AWTA 3TXZA 4HPJA 4UFMA 3U8GA 2QCMA 3LLDA 1LM1A 4RCXA 4DO6A 3QEZA 1ML1A 3NZRA 4UFJA 3HGJA 3QSRA 3P7YA 4ICNA 2A21A 1RR2A 2OX1A 1SFJA 1GEQA 3PG9A 3MUXA 3UNDA 5FF0A 4ZL1A 1LLWA 5IBXA 3HOJA 4GUFA 1VS1A 3G0UA 1VCVA 4MJZA 2VC6A 4TO8A 4JDBA 4OE7A 5EA9A 2DJLA 3SW6A 4ZQMA 4N6FA 4NNCA 1TQXA 4MLRA 1O5KA 5LSMA 1TPB1 1JQXA 1KFKA 3LOTA 3L5AA 2G96A 3R89A 2ZZ1A 1A50A 3CEUA 3L67A 4AWSA 4R33A 1W1ZA 3RFAA 3B03A 2VFGA 3UXAA 1OX4A 2EKCA 4WD0A 2FQIA 3O07A 1FWTA 4J9JA 1YDNA 2QCDB 2P0OA 1NF7A 3IVTA 5LZLA 1X7FA 1SSDA 3FA5A 3NQGA 5BNKA 4JYEA 3NNTA 3P84A 2EGZA 3R12A 4BI5A 4JTTA 1QFEA 1A53A 3NR0A 2QR6A 2DORA 3S1VA 1FBAA 2B7PA 4NNAA 5TIMA 1QO2A 4ZZ9A 1HTIA 2TMDA 1EPXA 2VENA 2A6NA 3NXFA 4ZMGA 5CSSA 1WBJA 4OV4A 4L4MA 2C6QA 1QPNA 3PBYA 1XM3A 3I7SA 3P5YA 4JTHA 3KOFA 3NYZA 3JR2A 1KTCA 3MYPA 1QWGA 2J27A 4OGZA 1AW2A 1LRTA 2V82A 3W1LA 1C8VA 1VZWA 4HNVA 4XWUA 3BO9A 3W7JA 5EKYA 1JCJA 4O1DA 3LBCA 4X9SA 4O14A 3TMQA 3QJAA 2CZ5A 4JTUA 2JBMA 1OFRA 3A9IA 3W2MA 4O13A 2YYTA 1GG1A 2B4GA 4ORMA 1DQWA 1KM6A 4UTJA 2V5LA 1SO4A 1SW7A 2LLEA 3DFNA 3TMLA 3HG5A 4AF0B 2E77A 4GRSA 1QCWA 2CZDA 1L6YA 1T99A 3L65A 4TX9A 2X1TA 1IXPA 3GDTA 1QOPA 1AW5A 5U4NA 1N7KA 3C0JA 4UXDA 2ZDRA 1OX5A 2ZZ3A 1JRCA 2ZRWA 4K39A 1H1YA 1B4KA 1W56A 4TIMA 3S0CA 3I7RA 4AXKA 2A1YA 1TV5A 2ZZ4A 2Y85A 1FWSA 1XBXA 4A3UA 1MEIA 4LS0A 3ATYA 4TR9A 1KFBA 2ZRZA 4YCPA 3CU2A 1OX6A 1VQTA 3H55A 1G6CA 1CW2A 4YCOA 1SO6A 2Z2UA 3T78A 3BGJA 3FKKA 5L9FA 4LS2A 2Z6JA 4FEZA 2QEZA 2DZPA 2PRLA 1GJPA 1KLZA 5EL1A 4UTWA 1ALDA 3ABSA 1R2RA 3G0SA 1J4EA 1ZALA 4MY9A 4O10A 1EX5A 1KV8A 3QSTA 2O7QA 3CWNA 1H7WA 3G1HA 2JKAA 2ZZ5A 3I6RA 4IX0A 1JQVA 3OVPA 1LOSA 4UR8A 3GKAA 3TSMA 1Q45A 1Q6OA 5AHFA 1UUOA 3IRDA 3G22A 4HPXA 3GVGA 5KTLA 4X2RA 4Q4KA 3L0KA 3MI2A 2J9XA 1WV2A 3NM3A 3THQA 1I2QA 1LYXA 4HN4A 4MVAA 3TXVA 3MHGA 3T4CA 1KFCA 2ABAA 1K7FA 1QR7A 2QCCA 4O0KA 2R94A 2V2CA 5FF4A 1RV8A 3MWAA 1JULA 3TA6A 3LHTA 3LCWA 3EXSA 3KRUA 4WQ6A 1GVFA 4JY9A 1XFBA 1G7UA 2AGKA 1LOLA 5D37A 1R46A 1HL2A 1OFPA 3IIXA 5F4WA 1IIHA 2A7NA 1TO3A 4CNOA 4QNWA 1PIIA 1WOAA 4JICA 5AYYA 1R47A 3STEA 2QCEA 4UTMA 1HO1A 1NF0A 2JKPA 5AN7A 5KITA 5IM51 4LVDA 3LCXA 1H5YA 3QQ1A 1TV8A 3HG3A 3LBMA 4GC4A 4IMEA 2ZA2A 2Q3RA 2WSRA 1QAPA 1LCOA 2GQ9A 3M7WA 2WSQA 1WXJA 3M5VA 5BOOA 3VE9A 3BLFA 2ZZ2A 2TRSA 3QW4B 2Z6IA 3NL3A 4EIVA 5AYZA 2OJPA 3LXBA 1WQ5A 1W0MA 2V0TA 1FX6A 3NEVA 5CPNA 1DBTA 3GK0A 3ZWSA 5LHEA 5HUOA 3GR7A 2NXIA 1RPXA 1TPDA 1ME9A 3WJYA 3LLFA 3TX9A 3F4WA 1GZGA 3S1UA 4EOUA 3BG3A 1U5JA 4RX0A 2CZFA 3HG4A 3NZ1A 4JD4A 3DAQA 3WK2A 1QOQA 1PL9A 3S5ZA 4DF1A 3PF3A 4JTKA 2NWRA 3UWYA 3EX6A 3TIMA 1L6WA 2A85A 3R13A 2DZUA 3M16A 2Y7GA 4DO5A 5DN1A 3HGSA 2QJGA 4CNPA 5F2IA 1TRDA 4LOCA 4RLIA 3W7CA 3QRHA 1GWJA 5DLCA 3DENA 4Q33A 2ABBA 1OX4B 4IWWA 3DBPA 3NOEA 4P2VA 3L5LA 1DQXA 3NQ6A 3IEBA 3SGUA 3STGA 1W5OA 1X6UA 1AG1O 3B4UA 1KFEA 4DO4A 2TSYA 2PRHA 3UD6A 2GQAA 5AFDA 2TPSA 3DI1A 3W7MA 1R2TA 3P61A 4TMBA 3S5NA 1XDMA 5KMYA 2E68A 1VJIA 3G1SA 3TROA 3L68A 5EPDA 5FEPA 1GT8A 4PTNA 3INPA 4FXSA 4JTJA 3P82A 5LKYA 2ZQ0A 4GNJA 1ICPA 3W7HA 1Z42A 3TAKA 4LWWA 1WOBA 5AOUA 4WXZA 3PULA 2I1OA 4O0ZA 4UTTA 3T55A 3DXIA 3LXCA 1OK4A 3BPWA 4QAIA 3F03K 3PG8A 5TBOA 1V7YA 2C13A 1D9EA 1W5QA 3I68A 4JN6A 4UTUA 1IXNA 4IPIA 2J88A 3HGOA 4MZYA 3V75A 2EPHA 3C2FA 3LRMA 1TJPA 2J6XA 2V9DA 3OEXA 2NV1A 4M19A 2JKEA 5FESA 2XN2A 5DBUA 1HO4A 3OA3A 3RF9A 1SQ7A 2PURA 4Y6GA 4UFHA 3O16A 4X3ZA 2YCEA 3CB8A 1N55A 2QDGA 3G1FA 3HO8A 2CWNA 5DCBA 1OF8A 4LS1A 5G1YA 4M7TA 2VEPA 2CU0A 3LM7A 1BWLA 1LRNA 3W85A 1TPH1 5G5IA 5LGZA 3ABRA 1GPWA 3L66A 5LNUA 3P8JA 5G4WA 1VH7A 2YFOA 5A8GA 4LV9A 4O52A 1VHCA 3F1QA 3ZWTA 2B7QA 3RU6A 2QCFA 1ZCOA 5K4XA 1KBJA 3GXNA 4K8HA 3MMTA 5I3JA 1KTBA 1EP2A 3W2NA 2NLIA 1ICQA 4RZ6A 3TR2A 2H8XA 1H7RA 1I8JA 1UB3A 3BW4A 1GVQA 1FCUA 3HBLA 2ALDA 1JUBA 4NJIA 3ANYA 1AMKA 2WNNA 3I7QA 1IIGA 1TQJA 2DZSA 3NAVA 1G4TA 4PA8A 3KRZA 4NJJA 5EY5A 4O8RA 3T40A 4IMDA 1VHNA 4JX4A 3EX1A 1EIXA 2Y89A 1I4NA 1C29A 3ATZA 1K3UA 4U4MA 1VR6A 1ZHAA 3A24A 4YL2A 5K9CA 4ADUA 4RJEA 1YTDA 2B0MA 3GDMA 3NL2A 5CZSA 3EWZA 4IJBA 4HSNA 4WY0B 3IVUA 4UFKA 2ZRVA 4O4WA 5AHIA 3U2OA 3N73A 1T96A 3W74A 3W7NA 1F73A 1TMHA 3EXRA 4NQ1A 5LHFA 4UTWC 1FWNA 3LHUA 1Q6LA 3W2JA 6TIMA 2H3DA 1TPUA 3S1WA 5F4SA 2NX3A 4KWVA 4DXVA 2ATSA 2I9EA 3IGUA 1R30A 3CIWA 3WK3A 1TTQA 4H4IA 1WYIA 1WAUA 4AEOA 3GNDA 1UJPA 3TUUA 2ZA1A 1NSJA 3NL6A 4JY8A 1I2RA 3EWXA 4A22A 1OFBA 1F6KA 2DU2A 3T44A 3Q2DA 4DEFA 4GWEA 2Y7EA 3TSDA 3W75A 4UR7A 6ALDA 4XTDA 3BG9A 3STCA 1ZFJA 4OU1A 1A5SA 4YWIA 4D2JA 1KM3A 3QPYA 1H62A 2X2GA 1GVOA 2XFWA 4ZQOA 1ZAIA 1VYPX 3M9YA 3QMRA 3TH6A 4N9BA 4ML9A 1KM1A 1Z48A 4MYAA 1L6SA 1LROA 1Y0EA 2NXGA 4K6AA 3NQVA 1GOXA 2GUUA 3YPIA 2BSLA 3GR8A 3LRLA 3NA8A 1OYBA 2C3ZA 3IGXA 1W3IA 1W5MA 3A21A 3CWOX 3PBVA 5I3IA 4EWND 1TYGA 3LI0A 4WJEA 2HSAA 5AHNA 4IMFA 4MPQA 1KM0A 1JCMP 3EXTA 5F4XA 2HTMA 4MIMA 1AK5A 1VYRA 2XN0A 3ELFA 3W9ZA 2YYUA 3B0VC 2YX0A 3SR7A 2Y7FA 2RH9A 3LCGA 3P62A 4O1BA 4NNBA 4JDYA 4ONVA 4PL1A 4HHPA 3UZ5A 5D2WA 1MEWA 1XDLA 5C55A 1A5AA 2QUVA 1XBYA 4FIRA 5G2IA 3P60A 1OK6A 1B3OA 3KFTA 3SI9A 3PM6A 4CQ8A 2D73A 1P0NA 2VFIA 4DPPA 3GXTA 2YSWA 3LB0A 3NQEA 1LLZA 3GLCA 2F84A 4BI7A 4POCA 5HULA 3FIGA 2E09A 2BTMA 3G1YA 4UMBA 3W7GA 3LDVA 2YR1A 3VNDA 3EEGA 3NO5A 1LP6A 3WK1A 1KW1A 2WNQA 3W1QA 3PBUA 1ICSA 1TPEA 2ZFAA 4OT7A 4PC8A 4WX2A 2P10A 2E6AA 3LHVA 4I9AA 2CLOA 2FDSA 4LC8A 4O1AA 3B05A 1X1ZA 1IXOA 1GVRA 2NWSA 3W3OA 2VFFA 3OG3A 3MI6A 1Z44A 3NVTA 1EP1A 2E5CA 3C56A 1D3GA 3M5XA 3PWAA 3PS7A 4MY8A 2V30A 2IQTA 3L21A 3THAA 5AC7A 4FNRA 1AW1A 4OHQA 4AHQA 1MXSA 4JYDA 4M6PA 2Z1BA 2QUUA 3UWWA 1EEPA 4QITA 5HJLA 3M5YA 3IIPA 2XN1A 3FYOA 1G4PA 4NVTA 4UUIA 3TAOA 1TPWA 2JK2A 3W7IA 1VC4A 3DGRA 3W7KA 3PR2A 3BARA 3O63A 3L2IA 3RMJA 2FPTA 4NJHA 2RDUA 3W7DA 2Y61A 2GJLA 4EF9A 3O1NA 3GX9A 3O6DA 1FXQA 3QMSA 4JYFA 4E38A 1LZOA 2C0AA 1QPRA 5BMWA 1OFQA 2J9YA 4N4PA 1GYNA 2QJHA 1P0KA 5HWMA 4QNEA 2X1UA 3N2XA 1JUKA 3DHFA 3EKZA 5CZJA 4UTTC 2FB2A 1SR9A 3A5VA 4PH6A 5LNRA 3HPZA 1O95A 3VI2A 2NX1A 3GB6A 1H7NA 4JGDA 3DFTA 3G0XA 1B57A 4MFDA 2OCZA 5GVJA 5D2XA 4UFIA 3UYCA 5DY3A 3LCIA 1YTEA 1OFAA 4DBDA 5D02A 3KXQA 3M0ZA 2P1FA 5F1VA 3N19B 1V5XA 3PB0A 1DORA 4HSOA 3EWYA 4UNKA 3NQ2A 3CM4A 3MO7A 2JGYA 2ZRYA 3I65A 3CLMA 3EX2A 4O17A 1TV7A 3B04A 3PBWA 4DPQA 2GQ8A 1YADA 4MKNA 5KSWA 2ISSA 3S5OA 4BK9A 2E1DA 3UWQA 2NXHA 4XKYA 5J5DA 1VCFA 5I3GA 1W3TA 3NG3A 3R5EA 1CI1A 5HINA 1G4EA 3LTYA 5K9XA 3JS3A 5F2LA 2V2DA 1SW0A 1YYAA 5D04C 3QYQA 1G4SA 2W79A 1QDSA 2DZXA 3B0PA 3FKRA 1OFDA 4FX7A 3DKJA 1YXYA 2VELA 3MYOA 3UWVA 1WA3A 1W8SA 3KHJA 4YLWA 4NJKA 1J2WA 2ZBTA 1NEYA 1FCQA 1QO5A 1D3HA 1NFBA 4UCGA 1BTMA 2YW3A 2WSYA 1EWEA 3UY7A 2V5BA 4I7VA 3NQFA 1TRIA 1SU5A 2A5HA 5BW6A 2WNZA 3LCLA 5U7SA 1R2SA 4B5NA 4UMCA 1SZNA 3M47A 4WY0F 2CLFA 3GYEA 3UY8A 1G69A 1E51A 2F7FA 5AHEA 1LBLA 1THFD 2CLMA 3B0UX 2RKXA 2VEKA 1HG3A 2YGYA 1LORA 1LOQA 2QCLA 3NGJA 4LT9A 1F05A 1YLVA 5FF7A 1VPXA 2KZHA 3W7OA 3KVKA 3TV8A 1U83A 4LRTA 1M7PA 4MUZA 4TU1A 1SZEA 4FNTA 1H1ZA 4LUJA 4S2BA 3P5ZA 3PY2A 1VYSX 4IGHA 1O5XA 3W73A 5C6MA 1MSSA 3M41A 2NUXA 3NQCA 4WUIA 4RK8A 2QCDA 4Z1CA 1ZNNA 1ZY9A 5K7JA 1JR1A 4FO4A 2NUWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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