3M47A

Crystal structure of the mutant i218a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
218
structure length
209
Chain Sequence
RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGAIESI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 76
structure length 209
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3m47A00
3P61A 5L9FA 5CZSA 4W9TA 1WX0A 3GX9A 3W7OA 1SZGA 1UBSA 1FQ0A 3I6RA 2QDHA 1TPVA 3DI0A 3LHVA 3QSTA 2BWGA 2JKAA 2PCQA 1ZAHA 3GNNA 4RX0A 1DOSA 4NX0A 2X30A 5CSRA 1ICPA 1AW1A 2CLIA 1IF2A 1KM0A 3HPZA 3UZ5A 1K02A 1RPXA 3DGRA 1OHLA 1XBXA 1TTIA 5KZEA 4JTJA 3UWUA 2CLMA 5K9CA 4LS0A 2ATMA 1DQXA 2DZPA 5HUOA 2CZEA 4OBTA 1M5WA 3GYEA 7TIMA 1KFLA 4FNQA 1H60A 2JKEA 4X22A 1E51A 2ZZ1A 1GG1A 1TPC1 4KFOA 5C5YA 4BWLC 1PCKA 1JCLA 3M5YA 3UY8A 2YFNA 5MHBA 4YL2A 4O19A 3B04A 2ZRVA 4AAJA 1GOXA 5F2MA 4M7SA 4BI7A 3DXIA 4CNOA 3LCIA 3HB9A 2G96A 1EA0A 5F2LA 3SW6A 1I2OA 3CWOX 3MO7A 4OU1A 3PR2A 3HG2A 3QQ0A 2YX0A 3QC3A 3CB8A 1F7BA 2UV8G 2YSWA 3IGUA 2VFDA 3W84A 2CW6A 4IQLA 1F6KA 2WNQA 1JCJA 2B4GA 3SJ3A 1T0OA 3QPYA 5I3IA 1RVGA 3BGJA 2DU2A 2EGZA 4LNYA 3NQCA 1DV7A 1HTIA 5D37A 3AJXA 5U7SA 5BOOA 1QR7A 2E1DA 3TK7A 3MI2A 5I3GA 1L6WA 2JGQA 3MJYA 1UCWA 3MHUA 2Q3OA 1FWRA 1PHQA 5K7JA 4P2VA 4UTHA 2Q3RA 3NXFA 4Y6GA 5HMSA 4A2RA 4NNCA 2GVGA 4GUJA 3IGXA 1YTKA 3H55A 2ZZ2A 3LBMA 3W2KA 2G5WA 4LTSA 2ZZ3A 4LV9A 4NU7A 3L67A 1GQNA 3GDLA 5F2GA 3CWNA 3V75A 3LBCA 2FB2A 3U8GA 3W73A 2CWNA 1AL8A 4O18A 3W7NA 3SECA 3CIWA 5EMUA 1LOSA 5L6UA 3MYPA 4DEFA 3KFTA 4S2BA 1TIMA 3T7VA 3Q94A 1R2TA 4GWEA 5HWNA 1YTEA 3HO8A 4JX4A 2E6YA 4DBEA 3PBYA 4Q32A 2BZNA 2J6XA 2J24A 4JY8A 4IXXA 1NF7A 2FDSA 1ZALA 1W1ZA 5DBTA 3KVKA 1MSSA 1WV2A 3NR0A 1R46A 1TV8A 1EX5A 5CPLA 2W6RA 5BW6A 3L0KA 3HIJA 5AHLA 1ZFJA 1LRNA 1P1XA 1EP2A 3I7RA 3G1XA 3EKLA 3S5OA 5LZLA 4A29A 3KAOA 4DQWA 3CU2A 2NXIA 3CM4A 1ME9A 2NUWA 5E1QA 3W6YA 1J2WA 1S5VA 1ICSA 3IIOA 3OIXA 1LBFA 3QRHA 3NQGA 4QJ1A 1Q6OA 2E68A 3FJLA 1MEWA 1HG3A 3BLEA 3BW4A 3O6CA 4EWND 4CQ8A 1L9WA 3CEPA 4JYEA 1VYRA 1WXJA 4HSOA 2DJLA 2ZRYA 3F1QA 4O1CA 1RD5A 4DO5A 3Q58A 5AYYA 2VFFA 4IJBA 4BF9A 3FA5A 1L2UA 3M1ZA 3O15A 1BEUA 1BWKA 4YMZA 5H2ZA 2EAWA 2Z1BA 1K7EA 4QNWA 3TROA 1LM1A 1OFRA 2OJPA 2Y88A 5C6MA 2H3BA 4TMCA 5G5IA 1OX4A 4N9CA 3G0SA 4O12A 3NQMA 4AMAA 4UFIA 1TV5A 1CX9A 2ZRWA 3NPUA 5FF7A 1XC4A 1VCGA 1HUVA 3JS3A 4LRTA 5H91A 3ZFHA 3O63A 4ZQNA 3LHYA 2R14A 3FJ6A 4M6PA 4KFNA 3UWVA 5LHEA 1LP6A 4JIQA 2FTPA 1RR2A 2CZ5A 3HG3A 4MVAA 4J9JA 1H7PA 2P10A 2XN0A 2XN2A 4N4QA 2YPIA 1EP3A 4LOCA 5D03A 3N9RA 3R13A 3EEGA 1R30A 4X3ZA 1GT8A 3W1AA 1FCVA 1NEYA 2EF9A 3W1LA 2RDWA 2LLEA 3EWBX 3C0JA 3F4NA 3W75A 4MY9A 5D09A 3MI6A 4NJKA 4XTDA 3KOFA 4QNEA 3ZWSA 4JTSA 3MHGA 4O1BA 2VKZG 3S1XA 3TSDA 4R33A 2V30A 4JTGA 2IQTA 1ML1A 3O8AA 4XKYB 5CPMA 4CNPA 4E2BA 5AHNA 2OCZA 3NA8A 1QNVA 2WOQA 1QO5A 1LRQA 4FX6M 3L65A 2VEKA 1MO0A 5I3FA 2QCLA 4L4MA 3LI1A 3TC6A 2WQPA 3PG8A 1QPOA 1QO2A 2V2CA 4O11A 4HSNA 4O13A 1ADOA 1ZAJA 2J9ZA 1ZY9A 1EP1A 3BARA 4UTTC 3GNDA 3O6DA 1P0KA 2TYSA 3JRKA 3PAJA 4JN6A 4OT7A 5BMXA 3P8IA 4Z0SA 1QPQA 4ADTA 1Q3NA 1B9BA 4UTWC 5CZ0A 4LVFA 4HPXA 3TKFA 1J4EA 5D30A 1S5WA 2R8WA 3L0GA 1A50A 3LHUA 1R2SA 1MZHA 3G8RA 1QFEA 2RDTA 3OBKA 4JDBA 3WK1A 1LOLA 3WJYA 5D2WA 4JTFA 3A5FA 1W3NA 3DFQA 3P5YA 1HO1A 2VELA 3A21A 2P0OA 2FIQA 3LCWA 3R2GA 1GVOA 3B06A 3W9ZA 3NG3A 2QCFA 2BSLA 1QDSA 2AGKA 4MYXA 5K3VA 5AFDA 3TE9A 3C61A 1TB3A 1I45A 3F4WA 1XI3A 4UR7A 1XUUA 5D05A 5AC7A 2Z6IA 5KSWA 3TXVA 3HPSA 4ORMA 4O10A 3M44A 1H1YA 2CZDA 3GR7A 3BLFA 4FNUA 1ONRA 3DFTA 1LBLA 3M5XA 3EX6A 3WJZA 4LV4A 2C0AA 1WOAA 4M6QA 4IMEA 1H62A 1VC4A 1Z41A 1PIIA 2ZYFA 1M6JA 1QOQA 4X9SA 1YPIA 1GJPA 3W1QA 5FEPA 2QCDB 4PL2A 3PUOA 3PBUA 4GNJA 1H7NA 4WX2A 3FLUA 3W7IA 3CHVA 1SZNA 2BX7A 3TJLA 2QCNA 4IMGA 1THFD 1XUZA 4Y8FA 3TCEA 1LCOA 4HNTA 1XBZA 4R7JA 1OYAA 4Z0JA 4O0KA 3A22A 2VXNA 3T40A 2G95A 2PRHA 4OV9A 3R89A 1XM3A 4N9BA 4S1FA 1LTDA 1JULA 1SPQA 4WD0A 4NVTA 4X2RA 5DY2A 2E5DA 1TRDA 4FNRA 4MOZA 3KRSA 3IIPA 3W1PA 6ALDA 1IIHA 3ABQA 1CI1A 5FF4A 3LXAA 5AB3A 2FQIA 3P8JA 1TRIA 4N9DA 2HMCA 3GDTA 1GPWA 3W2JA 2PURA 3IVTA 2E5CA 1GZGA 2QCMA 2TSYA 2Y63A 3LHTA 3LERA 2GQAA 2VEPA 4MJZA 1W5QA 2A1YA 3M5ZA 1PCWA 3SR7A 3HJZA 4IX2A 2FPTA 4PL1A 3NQVA 2NUXA 3GDKA 1KTNA 3M43A 5F4XA 3UWQA 4PC8A 3I65A 2C15A 4K38A 1FX6A 2ISVA 2RDUA 2HS8A 1YDVA 2GJNA 3RFAA 4WOZA 3OVPA 3FYOA 1F73A 4UFHA 3V1PA 4B5NA 3U2OA 4TX9A 4UFJA 3TSBA 1OFDA 3TNOA 4ORIA 2NV1A 4O1DA 3N73A 3QPZA 1G7UA 3BLIA 2Y89A 3BW3A 4UNKA 1YLVA 4RXGA 2ZZ7A 1JUEA 1FXQA 1W37A 3GXPA 1XDMA 1B4KA 1F5ZA 1O5XA 3S6DA 3G3DA 2HS6A 5FF3A 5K9XA 1TTJA 3A5VA 3AO0A 5DXYA 4YWIA 2V5LA 1Q6RA 3L66A 5DY3A 4M19A 4LC8A 1NF0A 5TIMA 1OVDA 4LUIA 4UTKA 5IBXC 3NM1A 1QCWA 1WYIA 3IRDA 5KINA 1JUKA 2NWSA 2WJZA 3DHFA 3HMJG 5CG7A 4MZ8A 1JCMP 3EWYA 3NQ2A 3NYZA 3KRUA 4K7VA 2A85A 4IMCA 3C52A 3NVTA 4PA8A 3ABSA 4A3UA 1TPH1 1QMLA 3CTLA 3SGUA 3KVLA 1QWGA 1O95A 3PG9A 3UWYA 3PSWA 5CZJA 3PY2A 1FCUA 3NQ7A 2BLEA 1DJQA 3O07A 3TA6A 3W76A 3B0PA 1IXOA 5I3JA 2R91A 2X2GA 3L68A 2A4AA 4AF0A 4UTJA 2CLLA 3IIXA 2NX1A 3VKJA 4GUFA 4UMBA 5CPNA 1F6PA 4Q33A 4ADUA 1P0NA 3RNDA 3KRZA 2ZFAA 4NX5A 3ZWTA 1XKYA 4JIPA 1LRTA 3O6YX 1IXQA 2FPYA 4NNAA 3ATYA 4AWUA 3W22A 1FWWA 1KFCA 1WA3A 2X1RA 1B57A 3HPXA 1K7FA 1P4CA 1LORA 1NSJA 3WK2A 1VYSX 4R53A 5EL1A 3FIGA 3W1NA 3NZRA 3THAA 5C54A 1FWSA 3G22A 1TYGA 3LLDA 4D2JA 2V8ZA 1SO5A 2DZTA 3ABRA 3TMLA 1H63A 3G1SA 4BI6A 3KXQA 4UMCA 2GVJA 3N14A 1N7KA 1GVFA 3WJWA 4UFMA 1C8VA 5G2WA 3M6YA 1U5JA 4AH7A 5FEWA 5A8GA 3O16A 3CQ0A 4KKXA 5DBUA 2CLOA 2QKFA 4DF2A 3OHIA 2O7SA 5LNWA 4RV8A 4OQVA 2DZXA 5AHIA 4JICA 2YGYA 4OWGA 1AW2A 4UNLA 3SFKA 1K8XA 4WJEA 3UWZA 4OE7A 4QSHA 5DELA 1SQ7A 5K4XA 4MLRA 2JK2A 4JTLA 1YTDA 3VI2A 4YCOA 4Z1DA 3FEMA 3PUEA 1F76A 1TJPA 1FDZA 3CPRA 3UQNA 3TQ0A 2Y61A 4ZQRA 1OX4B 5D2YA 1EIXA 3W23A 3W85A 3MP3A 4RLIA 4DXVA 4HT3A 3HG5A 1WAUA 3C2FA 4JR5A 2OT0A 4FX8A 4M5PA 4EF9A 5CPOA 4JTTA 4Z08A 4S2CA 4AHQA 3EWWA 5FEXA 3QQ1A 2PC4A 4RZ4A 1KV8A 5J5DA 2X1TA 3LHZA 3C2OA 6TIMA 1W5NA 3E0IA 5LGZA 3PC0A 5D04C 2A6LA 3EWUA 3C6CA 1TTPA 1UJPA 5FEZA 3W7KA 3TX9A 3S5ZA 3WK0A 1LYXA 3EXRA 2DJXA 2J27A 4ZVJA 4E38A 3N2XA 4DF0A 1VQTA 3G0UA 5CGQA 1O4UA 3TAOA 3G24A 3NM3A 3L5LA 5ABTA 2QAPA 2CLEA 1PS9A 1GVRA 3LCGA 3TFXA 1XBVA 2YFOA 3A24A 3GAKA 1B3OA 3DU0A 3DFPA 3C3NA 2B7QA 3TR2A 2CU0A 2R94A 1O5KA 1Z42A 1LOQA 1D3GA 2C3ZA 3NL3A 5HNRA 1G67A 1PV8A 2QCCA 1QPNA 4CCDA 4QM1A 2NXHA 2V2HA 3GXNA 2YCEA 1FWNA 3E12A 1KTBA 3EKZA 5D2XA 1G6CA 4TU1A 3CT7A 1XL9A 5IM51 3S42A 4GJ1A 3LTPA 4ZZ9A 3NPWA 5DCEA 4HIBA 2P1FA 1OG0A 2O7QA 4O28A 3WJXA 2OMAA 1JCXA 1RQHA 4WY0A 3I7SA 1FUYA 1H7RA 1MEIA 1KM6A 2A7PA 3UD6A 2ZBTA 3E96A 4AWTA 4XBSA 4IXHA 5EYWA 3OVQA 4O8RA 2DZWA 3GDMA 3HGOA 3UYCA 5E0KA 4MZYA 1R2RA 3W7MA 8TIMA 3S1UA 4FIQA 2GPTA 4O16A 1OFEA 1N55A 1TQJA 2XN1A 5C55A 3TIMA 2QCHA 3LRLA 5G1TA 1SSDA 4K39A 4Z1CA 4JS3A 1JR1A 2W79A 1ALDA 5CZTA 3NPXA 4QQ3A 3O05A 3HGJA 2CLHA 3G1AA 1OK6A 1OX5A 2ZZ6A 2PRLA 2YXGA 1QAPA 3HQ1A 1KM5A 4RZ5A 3LTSA 5E93A 4O4VA 3CEUA 1KFJA 3P5ZA 3SGZA 3RLUA 4FX7A 4JX6A 4CQAA 3B8DA 3QH2A 4AHPA 2QJIA 5KZDA 1XCFA 4GUGA 5A5WA 3N3MA 5F2IA 4FXRA 2Y70A 3HOJA 3BW2A 3I68A 4PODA 2Y85A 1AG1O 3LCLA 1YPFA 3W71A 3G8EA 1UASA 1G4PA 3GLCA 2NX9A 4NT0A 3KX6A 1ME7A 1I2QA 1SZFA 4NJIA 3RK8A 2QAFA 4GFSA 1KLYA 2V5BA 4Y90A 4TR9A 4DO4A 3GB6A 3NDOA 1TV7A 3BG9A 3VNDA 3IVUA 3DHDA 3LHWA 3TH6A 4UCGA 1NVMA 1SR9A 2VEMA 4I9AA 3W2LA 5AN7A 3WK3A 5EKYA 5EY5A 2QJGA 1VCFA 2GJLA 3QSRA 4WOQA 1KLZA 4LVBA 1F05A 4H4IA 4MJMA 1PVNA 1J5TA 5BNKA 3C56A 2E6FA 2RFGA 1VRDA 1H1ZA 5F1VA 2E5BA 3P82A 4DPPA 4AHOA 3KHJA 4WZHA 4JD4A 4NZJA 3QZEA 1NAL1 4NUWA 3W07A 4K37A 3N34A 1OYBA 2VFEA 4H3DA 4Y9AA 4HN4A 4L4LA 3NL6A 4MFDA 3UWWA 1C9DA 4UC5A 3W1MA 1L6SA 5AOUA 2QCGA 2ALDA 3TC7A 4K7YA 3BK0A 2D73A 4UFKA 4MFEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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