3M47A

Crystal structure of the mutant i218a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
218
structure length
209
Chain Sequence
RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGAIESI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 76
structure length 209
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3m47A00
3S42A 3W73A 3C2RA 4UR7A 1D3GA 3IRDA 1KBJA 4E0CA 2Y7EA 2CLLA 2A0NA 4JY8A 2Y88A 1O60A 2HTMA 1AL8A 4OWGA 3TR2A 5J5RA 3LHUA 4GUHA 4E2BA 3UXDA 3OBKA 3B06A 2WSRA 1X1ZA 2B7NA 3QC3A 2P1FA 4O52A 3I65A 3C2FA 5D2TA 1A50A 3W7IA 5K3VA 2NLIA 3O6YX 3GIYA 3RFAA 1ADOA 5F4SA 1VCGA 1UUOA 3LRKA 2QCMA 4K37A 5CZJA 4EVZA 1F7BA 3GDMA 3L5LA 4JX5A 5DY2A 4X3ZA 1W3IA 2NXGA 2CU0A 1K7XA 1D9EA 4B5NA 3TFXA 2QCDB 3E9AA 2Z1BA 3PB2A 2QUVA 3IGSA 3GR7A 2Z6JA 5D38A 4UTWA 4FEZA 4WJEA 3MHUA 1UASA 2XN1A 2DZXA 3NR0A 1W3NA 5H2ZA 2R91A 4ZQRA 3G24A 3PAJA 1TPDA 2X1SA 1G4PA 4CQ8A 1XDMA 1VGAA 3IVUA 3W1XA 4CCCA 3E96A 4UTUA 1LBLA 2EF9A 1YXCA 1JCJA 3TDFA 2VEMA 4OHQA 1FUYA 1TJPA 3DFOA 2OT0A 1BTMA 1L9WA 1YADA 3QF0A 4UNLA 3DFSA 2AAMA 3B03A 3ZFHA 4O53A 5C6MA 3TFCA 3NL5A 3B04A 4YL2A 3W2NA 3D0CA 3G8EA 3PBVA 1EEPA 2WO5A 1PS9A 1L6YA 3O06A 1Z48A 3F1QA 1VLIA 3LCIA 4NVTA 4ORMA 4DQWA 4FNPA 2NUWA 3PUDA 4AWSA 4UTLA 3W86A 4UTWC 2WV8A 1XBZA 2ZZ7A 3TMLA 1RQHA 3OG3A 1M5WA 3HIJA 3PULA 5D05A 3W88A 1CX9A 5D2VA 1OX4A 1X8FA 1QPNA 4NJGA 4O13A 3W84A 3H53A 4JTJA 1JJKA 1G4TA 1SZEA 3T4CA 3G1DA 5CZSA 4L4MA 2D73A 5I3HA 1EWDA 1B4KA 1S5TA 3S1XA 3L65A 3DHDA 4LS1A 3F03K 3SY5A 3RK8A 1ZAIA 4JY9A 3TQKA 3UQNA 3HMJG 4MY8A 3DH7A 2YGYA 4Z0JA 5D2YA 1HTIA 2DZTA 2PCQA 5LNUA 4IXHA 2A7NA 1X7FA 3MO7A 1W37A 4Z1BA 1HG3A 2HSAA 5K9DA 2DZWA 3I7QA 3LHTA 1ICSA 4JTSA 1K8ZA 4LRTA 5FF3A 5D30A 3GXTA 2VFEA 5IM51 5AC7A 1FCVA 3W2KA 4MLJA 5F2MA 1TQXA 4GFSA 3GXPA 4HNTA 3G22A 5G1TA 3QMRA 2YPIA 1HL2A 3GLCA 2YX0A 1C9DA 5LNVA 2KZHA 3ABQA 3W74A 2PE4A 2OT1A 4M7TA 2Y70A 3TC7A 4Z1CA 2HS8A 2PURA 3QM3A 3A5FA 2YW3A 4U4MA 4DPPA 1GOXA 2TRSA 3Q58A 3GX9A 3GKAA 5LNWA 2DU2A 1F5ZA 2B7OA 3DKJA 1FQ0A 1K7FA 3GXNA 4ZQMA 4LS2A 4H4IA 3RMJA 1GVQA 1BWKA 3MP5A 2FPTA 3P8JA 1FWWA 1ALDA 4HNNA 3WJYA 2B7PA 3LLFA 2A7RA 1GZGA 3N73A 1SU5A 2WSQA 4LT9A 2BZNA 4UMAA 1G6CA 2X2GA 4GUGA 3TW6A 3H54A 3FA5A 2QJIA 1VH7A 3I7SA 4HT3A 4ZZ9A 3W1UA 1DHPA 1ZHAA 1OFPA 1YLVA 1LM1A 3HGSA 1BKSA 2JKAA 1C8VA 4N2YA 5HMSA 3ZR4A 5BRBA 4GUJA 3LCGA 5DELA 1AK5A 3GDLA 5HWMA 4MJZA 1KFKA 2QDGA 5D02A 1GTEA 2VFGA 1LZOA 4MYAA 5G2HA 1TMHA 2AQWA 2TSYA 2CWNA 4AF0B 1AW2A 1FX6A 3PSVA 1N8FA 3A5VA 4FNRA 3NQEA 2YYUA 3U8GA 3T40A 3TSDA 1Q3NA 4TO8A 3LHVA 4PODA 1F05A 3LHZA 2ZA2A 3N9SA 2NUYA 1TPH1 1Z42A 1I8JA 1JR1A 3LCFA 3O05A 4HSOA 3HF3A 1RVGA 1QO5A 1WOBA 3L2IA 3FKKA 1W31A 2OCZA 4JDYA 4LV4A 4NZFA 3S9YA 3MUXA 3TAOA 5FF4A 3O15A 1VPXA 3MI6A 3PSWA 5AHLA 2J27A 2WPBA 2BTMA 1I45A 1LRNA 3P61A 3THQA 2DZVA 1TV5A 4LVBA 1GWJA 5D03A 3G0SA 3C8FA 1Y0EA 3W07A 2DZPA 1NAL1 1TTIA 3NNTA 3GDRA 4Q32A 4WD0A 5U7SA 5HULA 4KFPA 4O1BA 1NSJA 2TMDA 4NQ1A 3N34A 1PIIA 4IWWA 2E09A 4XTDA 2LLEA 1ZCOA 2CZDA 1LLWA 4GE8A 5AHIA 3I68A 1XM3A 4JTTA 4OGZA 4UC5A 5G1YA 4MIMA 1W5MA 3P5YA 4S1FA 1AL7A 3CM4A 5CSSA 3W1QA 3B0UX 2V81A 3TX9A 2C15A 4UFJA 5CPMA 3PUOA 1KM6A 3PY2A 1DJQA 2YR1A 4BK9A 4C1KA 1AW1A 1W0MA 1YPIA 1YTEA 2J9ZA 2JKEA 4UUIA 3EX4A 4S2CA 2C18A 3TSBA 1ZENA 1F6PA 5D33A 3W72A 1OG0A 3UY8A 5LNSA 4Z1AA 2F7FA 5TQLA 1E51A 4QSHA 5AYZA 2NV2A 2RDWA 5G4EA 3W1PA 5A5WA 2GQ8A 1LOSA 4O14A 1Q45A 3WFAA 3W7HA 4A29A 2TPSA 3M7WA 1DKWA 1EP1A 3P60A 2VFIA 3QH2A 2CZ5A 1TB3A 3N14A 1TYGA 2ZZ1A 5I3IA 2OX1A 2ZRZA 1OX4B 2X16A 5BNKA 4ONVA 3NM1A 4MZYA 4TIMA 4HNVA 3R8RA 1XFBA 2V9DA 2ZBTA 1W5PA 3TJXA 2YFNA 4ORIA 2FFCA 1KFJA 3FOKA 4ZQNA 2G5WA 1ZNNA 4JX4A 2FIQA 1WYIA 3PG8A 3QW3A 4MFEA 4N02A 1LP6A 5C55A 4BWLA 3W9ZA 1SUXA 3AO0A 3HG4A 4EWND 3NPUA 4JDBA 4QITA 3ZS4A 2FDSA 1GG1A 1TPEA 2ZRUA 2FB2A 4POCA 4YCPA 3KVJA 4HNUA 4Y96A 1TPUA 3KRSA 5CPLA 4ADTA 4EOUA 3STEA 5C2XA 1OFEA 2AGKA 1VJIA 3BLFA 1O95A 3TUUA 4YWIA 3KVLA 3P62A 4XZ9A 1QO2A 1R2RA 4EIVA 1EWEA 1QOQA 4UR8A 1WV2A 5CPNA 1VRDA 1UB3A 1SSDA 2UV8G 1JRBA 4PH6A 3W2MA 2CFFA 5D2WA 5BOOA 3PBWA 4I7UA 2JGYA 1OFDA 3NQGA 4TU1A 4UTTA 1QNVA 5FEWA 2W6RA 4BWLC 1Q6OA 3IGXA 5EMUA 2NXIA 3TJLA 3G1XA 1W1ZA 4ML9A 1OFBA 5DCBA 1C29A 3W23A 5KZDA 3SECA 2CZFA 3KRUA 1EB3A 4QIUA 5G4WA 3NM3A 1AW5A 2EPHA 2J9YA 3EEGA 2DORA 4IPJA 4GXMA 4UFIA 4MY1A 1FCUA 4DELA 3ELFA 2WNNA 1K8XA 4WX2A 3TNOA 2WJZA 5K2ZA 1TREA 1PL9A 2QCGA 1U83A 1M6JA 1DORA 1I2PA 4MJMA 5TBOA 3R5EA 1MEIA 1I2RA 3S0CA 8TIMA 3W2LA 3I6RA 4LTSA 3WK0A 3INPA 2QDHA 4WXZA 3HPZA 1G4EA 4OV9A 2WSYA 3WK1A 4N9DA 2VKZG 1H7WA 3LCXA 4A2RA 3T55A 1LORA 5CZTA 2ISVA 3G3MA 1OFQA 3GNNA 3G8RA 5EBUA 4UTMA 1KM3A 1TPB1 1KM2A 3B0PA 5HJLA 2WNQA 4JTLA 1H50A 2H6RA 1B4EA 3JRKA 1OJXA 1GYNA 3BW2A 3UWVA 4A2SA 3E49A 5AHMA 1LRTA 1UJPA 3O16A 3GVGA 3DU0A 4FO4A 3E0IA 2JK2A 3P67A 3IV3A 1ZJIA 4QQ3A 3EX1A 1H7PA 1J2WA 1O5XA 4R53A 2ZRVA 3GB6A 5F2LA 3W7NA 1GQNA 4K7VA 1PHWA 3SZ8A 1D3HA 2BXVA 2QCHA 2ABBA 4WOZA 1SZNA 1JCYA 3QQ0A 1X6UA 4WY0B 2C0AA 3O6CA 4CQAA 3CQ0A 1PHQA 4XBSA 3FS2A 1ZFJA 2ZRWA 5LHFA 4K8HA 5G2IA 4WQ6A 3V1PA 2E68A 3LRLA 3PVFA 3R2GA 3NQ2A 1V7YA 4DBDA 3FYPA 5HR7A 1HFBA 3JS3A 1OYCA 1SFJA 3CIXA 3TU9A 1DL3A 3FIGA 5DCEA 5FEXA 2B0MA 3HG3A 4LRSA 4O15A 2BSLA 3AJXA 2YFOA 1XDLA 1JQVA 3LB0A 3TV8A 3A24A 4O8RA 3NQAA 3W1LA 1T0OA 1LOQA 2YDAA 3VKJA 1VQTA 1DBTA 3R13A 1N7KA 4O0KA 3IIXA 5CPOA 1R47A 2I14A 1RR2A 4PC8A 3P7YA 4LC6A 4ZQOA 1FXQA 5FF0A 2HS6A 2A6LA 4ZMGA 3M9YA 4ZVJA 2NX3A 3QQ1A 4JTUA 3QSRA 4UFLA 3HJZA 4PA8A 2H8ZA 1VZWA 1J4EA 4GJ1A 3M44A 1MSSA 1XBYA 3C2EA 1PV8A 4P2VA 3W1AA 1K3UA 5KITA 3L0KA 1KW1A 3NOEA 4KKXA 1V5XA 4MVAA 3P8IA 4OT7A 3NQ8A 5F1VA 2QKFA 1EIXA 4LVAA 2G96A 4KWWA 1YDOA 1TQJA 4K36A 1KTBA 4NJJA 5DLCA 2E5DA 2QCCA 4RXGA 1T8XA 5KZMA 4CNPA 5LKYA 1F76A 2DP3A 3HGOA 3BVJA 1XBVA 2EAWA 2YW4A 1GTHA 1A5SA 3LDVA 1YTDA 4AAJA 4BI6A 2FB3A 5F4WA 1N55A 2Q3RA 4PL1A 3EWZA 3STCA 3CEUA 3TMQA 4HPXA 2V5BA 4UTHA 4LNYA 3U6WA 1XXXA 2X30A 4PCFA 1MEHA 3M6YA 3TC6A 1QPOA 1L6WA 2PC4A 3CC1A 1H7XA 2V30A 3LRMA 4RKAA 4N6FA 3G18A 4NU7A 1MZHA 1F6KA 1WBHA 4UFKA 3B05A 3W6YA 3IEBA 3G3DA 3QFEA 1OK6A 1H1ZA 1H60A 4O12A 2NUXA 3NZRA 3LERA 5DBTA 2R8WA 1Q6QA 3DFQA 6ALDA 2R94A 2O7QA 2ZFAA 3CHVA 4IJBA 5H91A 1F2JA 1TPVA 3L67A 1CI1A 2E77A 1R2SA 4KFOA 4JEQA 3CTLA 2A5HA 2V0TA 3W7EA 3G1YA 1TV8A 1KM4A 4MZ8A 3NYZA 2GJLA 1LLZA 2VOMA 2NWRA 3STFA 1H61A 1FCBA 1IIGA 5DBUA 1TO3A 3A9IA 3KFTA 1WA3A 2ALDA 4LUJA 2XN0A 3CWOX 1YDVA 3L0NA 1IIHA 3DAQA 4NNBA 3PWAA 4NJIA 2CLMA 3M43A 4IMEA 2Y7FA 3W1TA 3W7CA 3P84A 3B4UA 3STGA 3TCEA 3RF9A 3EXTA 1K02A 3NQ6A 4XTIA 2GOUA 4IMDA 5HWJA 3T7VA 4G1KA 4R34A 3LM7A 4JYDA 3QYQA 3HBLA 4JTEA 2V2HA 3HPXA 4UNKA 1OF8A 4NX0A 2H8XA 3QPYA 5HUPA 4O54A 3W71A 1K8YA 1L2UA 3C2OA 2WOQA 5AB3A 3MBFA 3NG3A 3T78A 5L6UA 4EF9A 2QUUA 1EUAA 5TIMA 3PBUA 4JIQA 2X1TA 2RKXA 3LTSA 5F2GA 2Z6IA 4ADSA 4FXRA 5DN1A 1O4UA 4HIBA 4O19A 1WX0A 3KVKA 3W22A 3ZWTA 3E02A 4P61A 1YTKA 5G5IA 1EP2A 2JKPA 4UTJA 3WK3A 3IIVA 3IVTA 5CGQA 4RLIA 1QCWA 3MMTA 3W7JA 1ZY9A 1FXPA 1B3OA 4TX9A 3A23A 3LCHA 3SGUA 4NNCA 5D04C 2Y62A 4FHAA 1S5WA 4N9CA 3TXVA 2J9XA 4DO5A 4HN4A 4PEKA 5I3KA 1SO6A 1M7PA 2Z2UA 4MZ1A 4OU1A 3OHIA 1QMLA 3N2XA 4IMCA 2OZ0A 5AHEA 4M5PA 1TPC1 4JTIA 5FI8A 3G1AA 3NQFA 5FF7A 2Y7GA 5A8GA 3BW3A 2EKCA 5AYYA 3A22A 3K30A 1NF0A 3BARA 3DENA 3GK0A 3CU2A 6TIMA 4FX8A 3GR8A 3PR2A 2NV1A 1GVOA 2P10A 5K4ZA 4N4QA 3ABSA 3C4UA 4IOTA 2ISWA 3UXAA 4O17A 3O07A 3N3MA 4DF1A 2O7SA 4TMBA 1G7UA 4HKPA 5GVJA 4BI7A 4UMBA 4KWVA 3CPRA 2WQPA 3BPWA 3NL6A 1DJNA 4O4WA 1BEUA 3PF3A 3L66A 4AXKA 3TQVA 1OYAA 5J5DA 1EP3A 4MPQA 1SO3A 3MP3A 4IGHA 4K7YA 5FEPA 3BW4A 5LGZA 1ME8A 2CLOA 5CSRA 1XKYA 4C1LA 2X1RA 3M5ZA 4O57A 3TIMA 4O0ZA 4R7JA 2V8ZA 4QISA 2C3ZA 4TMCA 3RLUA 2V2DA 4IMGA 3O6DA 1JUBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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