3M5X | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	219
structure length	212
Chain Sequence	RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGPGETLRFADAAIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus	83
structure length	212
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-03-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3m5xA00

2B7QA 3EKZA 3NEVA 3TNOA 3L0GA 5FEWA 2OZ0A 2ZQ0A 3BARA 1O5KA 1KTBA 3UZJA 1FBAA 5DCBA 2Q3OA 3T55A 3MHFA 5KZEA 4JTJA 4O10A 3L21A 3S5YA 2GQAA 3E49A 2A5HA 3W7DA 4NZFA 2C15A 2A7PA 3MWAA 4XBSA 2BZNA 4X3ZA 3KOFA 4Z0JA 1SFJA 4NQ1A 1UCWA 1GVSA 2V5BA 4FNUA 1YLVA 4GUFA 1WQ5A 1OX5A 2WNZA 1AW5A 4MZ8A 3EX3A 1OFAA 3W1AA 1VCGA 3W1NA 2WV8A 3U8GA 1IXQA 3W7QA 3NQFA 4JX4A 4Z0SA 3PBUA 3DXIA 2ISVA 5AC7A 3SIZA 3L5MA 3QW3A 1I2QA 3DI1A 1S5WA 4WY0F 2QAFA 3B06A 2PRMA 1LYXA 2J6XA 4LY8A 2F84A 2WNNA 4X2RA 4I9AA 5G5IA 5LHEA 1ZJIA 2Z2UA 2E77A 1IIGA 4GNJA 2G96A 1HL2A 1QPOA 1H7OA 3LBCA 5BW6A 4AB4A 5LNVA 2PRLA 4MVAA 3MI6A 3GYEA 3F4NA 4RXFA 4LS0A 3W70A 3P8JA 4XTIA 3M5VA 1FWWA 2R91A 1XCFA 2DZWA 1Q6RA 2FIQA 4UTTA 1LROA 3P60A 5K9DA 1FQ0A 1ADOA 3NL5A 3IV3A 4MLRA 2H3DA 4ZQOA 4JX6A 4JN6A 1VJIA 3GAKA 5DY2A 1TPB1 2CLKA 3HQ1A 3UWQA 1W56A 1D9EA 1N8FA 3KFTA 3TC6A 3W1QA 2VOMA 4K36A 3QSRA 5DBTA 3W2LA 1HO4A 2J9XA 3HG2A 3HGJA 4UFKA 2ATSA 2E09A 2KZHA 4WXZA 4RR4A 4JTIA 5L9FA 2PE4A 1KM4A 2FLIA 2ZFAA 1XBZA 2A7NA 4UIOA 5CPOA 4XKYA 1WA3A 2J9YA 1PCKA 1SQ7A 1KFJA 4HKPA 3N73A 3L66A 4ZQCA 4GWEA 3WJZA 3NXFA 3TK7A 2V30A 3TKFA 1PV8A 4IWWA 1QOQA 1QPNA 4S2CA 4UTWC 1EP2A 1YXDA 4DF1A 1AW2A 5HJLA 2YSWA 3KVJA 1K8XA 5DCEA 1YPIA 2DZTA 2R14A 4XZ9A 1HTIA 3LB0A 1GPWA 4K8HA 3LHWA 4ZL1A 1Q3NA 4LVFA 2QCEA 2WJZA 4E38A 1F76A 2TSYA 4UFIA 2E6DA 2V0TA 1SZEA 2AAMA 3JRKA 3O6YX 4QQ3A 3G24A 1OYAA 4KKXA 5FI8A 3GKAA 3QM3A 2BXVA 4JTKA 1OF6A 1OX6A 2X16A 2NXIA 4N6EA 3W84A 3O05A 5FEXA 4MY1A 5AB3A 1SFLA 1WX0A 4HPXA 2I1OA 1ZALA 3I68A 3L68A 3W2MA 5LSMA 5CSSA 3G1AA 3W7NA 3W7KA 4OV9A 4P2VA 1EWDA 4C1LA 4UNLA 1H7XA 3KX6A 3L0KA 1JCXA 1IF2A 5FF2A 4UTHA 5CZTA 3TH6A 3DKLA 1YDVA 1C9DA 2B4GA 4JICA 3A24A 1UASA 3GK0A 2QCMA 4MFEA 1YPFA 5EY5A 1KM0A 3RNDA 4KFOA 1ZCOA 1QOPA 4JY8A 1BEUA 3OHIA 2NUYA 1NFBA 3M47A 4ADSA 3BK0A 1AW1A 1A5SA 2NXGA 1SPQA 3A23A 2DZVA 2Y89A 3W2UA 3W85A 3GZ3A 3W87A 5HUOA 3U2OA 3UWZA 3CC1A 4Y90A 1G6CA 5D09A 1TPFA 2NX1A 1FCQA 3QPYA 3HGSA 1KV5A 1LBMA 4UR7A 4WY0B 2JKAA 3LRLA 1FWSA 2ZRYA 3M0ZA 5D04C 1OYBA 2A2IA 5C54A 3LM7A 3S1VA 1LOLA 4GRSA 2QCHA 2VELA 4AMAA 1VHNA 3C4UA 2FTPA 3UD6A 1F5ZA 3DFPA 4GUJA 2QUVA 1YYAA 2HS6A 4ZQMA 3P5YA 4PODA 5K3VA 3MO7A 4PC8A 2ZRWA 1TPVA 1WOBA 3W83A 2PC4A 4Z1DA 2CLHA 4IX0A 4JGDA 3C8FA 4X22A 1C29A 5D2WA 4UFJA 4N4QA 5H91A 2YYUA 1QCWA 1I2OA 2ZZ5A 4BI5A 4ONVA 1H51A 4NJJA 2CLFA 3G3MA 3LRKA 2NLIA 4MZ1A 1W37A 1VR6A 3GDTA 4FX8A 1PCWA 2C1HA 4DELA 4JTGA 3PY2A 2TMDA 3PC0A 3B0UX 4NNCA 2Z0IA 1G4EA 1MSSA 3C56A 2GVJA 2BWGA 5K7JA 3A22A 5AOUA 3S5OA 1LM1A 2Y7GA 3QMSA 3KVMA 3HGOA 1WBJA 3RU6A 2CU0A 3HB9A 4TU1A 1KFLA 2V8ZA 1JR1A 3PWAA 1YDNA 4OE7A 3NQ6A 3STGA 3B0PA 4WZHA 3TSMA 4NVTA 4MOZA 3LBMA 1D3HA 5AYZA 2BX7A 1L6SA 4UTKA 4NJKA 1EUAA 2CZDA 3GR8A 5HINA 3KXQA 4NNBA 3TQVA 4CCCA 4Q32A 3PSVA 5C2XA 5ABTA 3G0SA 3LHZA 4O12A 1KTNA 5CGQA 5F2MA 1VCVA 2FQIA 3AJXA 1BTMA 3W1MA 1MEWA 1WYIA 3T40A 3FIGA 5G1TA 4M6QA 1RQHA 3GR7A 4QJ1A 1AL7A 3NL6A 5DXYA 1PL9A 1OYCA 3NPWA 1EEPA 3E9AA 3NNTA 4FXSA 4O1CA 3GKFA 3B04A 2RFGA 2EKCA 3W7OA 1RZMA 1F2JA 1R46A 2JKPA 4UMBA 1XDMA 1VLIA 4K6AA 3NAVA 2V2CA 5CSRA 2R8WA 3CQ0A 1TV8A 1W0MA 4NXKA 3LCXA 4JDYA 4AEOA 3O06A 4BF9A 1ONRA 4O4WA 2VEMA 1K7FA 3C6CA 4DEFA 3TAOA 4M7SA 5DY3A 1ICQA 5IM51 3WJYA 1XBXA 1YTEA 4NJIA 3I7RA 3N19B 1BKSA 5D2VA 3DFNA 1H7WA 4LRTA 2EGZA 4UTMA 4W9TA 3TJXA 1HG3A 3R2GA 3GDKA 1XC4A 3OG3A 3W7LA 3ABOA 3E12A 3QEZA 4DBDA 1W1ZA 2DZPA 4MLJA 1FCUA 5DBUA 1TO3A 1JRBA 3H53A 3W7IA 2Z1BA 4CQAA 4PTNA 3W3OA 4Z1BA 2CW6A 4U4MA 3HMJG 4A29A 4CQ9A 3UWWA 3W7MA 1JJKA 5I3KA 3P5ZA 4LT9A 4AVFA 1WXJA 4K39A 1N7KA 6TIMA 3G0XA 5LNUA 2V5LA 3EB2A 1EWEA 4MUZA 2YFNA 1T0OA 1NVMA 3KVKA 3NL3A 1ME8A 3L5LA 1IGSA 5D05A 4ADTA 1DHPA 2EPHA 3B4UA 1GYLA 3Q58A 3PB0A 3G18A 1KLZA 1XI3A 3HGRA 2VEPA 3FA5A 3GX9A 4YMZA 4DPPA 4WQ6A 3BW4A 4Y6GA 2QCDA 1X7FA 3UWUA 4R34A 2NV2A 3MJYA 3EWXA 2GQ8A 5KZDA 2X1TA 4IPJA 1QNVA 2E5DA 3QQ1A 2YGYA 1GVFA 3KRSA 1W5NA 3PG9A 4LV9A 4PL2A 5DXXA 1N55A 2CLOA 1MEHA 2XN2A 5D30A 3ZFHA 3E96A 4N2YA 4ADUA 4KWVA 4RX0A 5HNRA 1W54A 3IGXA 3NM3A 4AHQA 4GUIA 1SO3A 1P0NA 3B03A 3BVJA 3PUDA 3RLUA 2E1DA 3MBFA 3IGUA 3LTPA 2C0AA 1ICSA 4BWLC 3MI2A 2YZRA 1JRCA 1L6WA 5IBXC 1UUOA 4LUIA 1C8VA 1DL3A 1R30A 4O11A 4FF7A 2ZA2A 1W5MA 4A21A 4A22A 1Q6LA 1M6JA 1A5CA 3BLEA 3PVFA 2RDUA 1OK6A 3UYCA 1I2RA 1O95A 5EMUA 1OFOA 5D37A 4AF0A 4PFMA 3UZ5A 3GIYA 3HOJA 4A2RA 4TR9A 4N6FA 1SW0A 3THQA 1G67A 3BO9A 3N3MA 3RLVA 3P80A 3DBPA 5AHIA 2YPIA 2TPSA 1KBJA 2B0MA 4G1KA 4M6PA 1FDJA 1GQNA 2HMCA 3PS7A 4FHAA 1FWNA 3P82A 4AWTA 2Y85A 4JX5A 5HMSA 4M7TA 3UPWA 4GXMA 1DOSA 5DELA 1U5JA 1OX4A 2EAWA 3MP4A 2OMAA 4O17A 4P61A 3KHJA 3W6YA 3QZEA 1IIHA 3TQ0A 4ZMGA 3A21A 2D73A 3BW3A 1JCLA 1I2PA 8TIMA 1P4CA 4ZZ9A 1DQWA 1XBVA 3W1TA 2GOUA 3CWOX 1TTIA 3O16A 5FF7A 4FNRA 1ZAJA 3NA8A 3G1SA 1MO0A 4UTLA 5HWNA 1SU5A 3EWYA 1TTPA 3M41A 5FF3A 5K9XA 1FCBA 3NO5A 3NQEA 3OVPA 4GFSA 3TA6A 1SR9A 3W7HA 3LRMA 4TX9A 2YX0A 4IOTA 1THFD 4JY9A 3S5ZA 3FFSA 2QJIA 4I7VA 3L2IA 2RHGA 4AWSA 3L65A 4N4PA 3FEMA 3STEA 2E6AA 4WOZA 4K7YA 4EF8A 3WK1A 2B7NA 2NX9A 4WD0A 1OFDA 1U83A 1H5YA 3EWWA 3WK2A 1OFBA 5D2TA 3MI3A 3Q2DA 4FXRA 1IXOA 4UNKA 3IIPA 4NXSA 4HNVA 3TDFA 4MFDA 4CNPA 3STCA 3PULA 2Y62A 2WQPA 3S8HA 3BG3A 5AHMA 1RQEA 1YDOA 4B5NA 1GJPA 1F74A 4FO4A 5D2XA 3W1XA 2YYTA 4O50A 2DP3A 1DV7A 4JYEA 3KRUA 2WO5A 1QWGA 5I3FA 1I45A 1TYGA 1EUNA 3NG3A 4RKAA 2Y63A 2WSQA 3WK3A 4HNUA 2HTMA 2FB2A 1H63A 3NQVA 3DENA 2Y61A 1SO5A 5G2HA 3O6DA 4H4IA 1TQXA 4GC4A 1TTQA 3LLFA 3NQDA 1OJXA 4RZ5A 2ZTKA 5BMWA 1W8SA 4DBEA 4LS1A 5HR7A 1JULA 4ALDA 2RKXA 3HPZA 5HQEA 4IMFA 4MZYA 3GB6A 3OIXA 1LORA 3GVGA 3NZRA 4LVBA 5D38A 1H1ZA 4UC5A 1KFEA 4N9DA 3TCEA 3TFXA 2E68A 3M9YA 3SJ3A 3T78A 4FIQA 1P5BA 3CM4A 5U4NA 2P10A 3RK8A 1F6PA 2DJXA 1GYNA 3BGGA 1GWJA 4AH7A 4I7WA 5F4SA 3VCRA 2WSRA 3MHGA 1WOAA 1CI1A 3NR0A 1VYPX 3FYOA 2CZFA 4AAJA 2GQ9A 2PCQA 5FF0A 1UBSA 3UXAA 4HT3A 3TC7A 4IXXA 3CIWA 2CLIA 4RZ6A 2CLEA 2YXGA 3PF3A 1ZFJA 3YPIA 3TW6A 3IRDA 3O1NA 1QFEA 4FB7A 1JQXA 4O1AA 3BPWA 3GNNA 5AYYA 3B0VC 5AC6A 4IX2A 2Q8LA 3C61A 3S9YA 1OVDA 1R2TA 3QC3A 4OV4A 1JUEA 3DI0A 1KBIA 3K30A 4JEQA 3A5FA 5U7SA 3MMTA 1LLZA 3G1FA 3EX6A 1XFBA 1ME9A 2ISSA 3GXTA 1KM3A 5AHNA 3TSBA 3UY8A 1BWKA 1X6UA 3WFAA 5K4XA 4NT0A 5DCDA 1TV7A 3P81A 1XUUA 5D32A 1ZAIA 2Y7DA 3GXPA 4OHQA 5G2IA 1LRNA 1VYRA 2CZ5A 1K3UA 3MYPA 1VLWA 1QAPA 1S3HA 2Y7FA 3W2JA 1GTHA 3PAJA 4CNOA 3OVQA 3S42A 2BTMA 2JBMA 4KFNA 3G1DA 1S5TA 4EIVA 2ZZ7A 3O8AA 1YXYA 3M5YA 3N14A 1DJQA 2ZDRA 4LRSA 3O07A 3NQ8A 1GVQA 2XN0A 3WJWA 1W3IA 3WK0A 1J4EA 2H3BA 1T99A 4NNAA 3GLCA 4C1KA 4JYDA 4Y9AA 2A0NA 1TPDA 1KV8A 4YCOA 2DZUA 3IVUA 3G8RA 3HG3A 1GTEA 1NF0A 1XM3A 4N9BA 1KM5A 1NF7A 3EXRA 2J27A 2QKFA 4BK9A 1JCYA 1VRDA 3QRHA 1BWLA 1JCNA 1OHLA 2ABBA 4POCA 3LI0A 3LCIA 3G22A 4UTWA 1QR7A 3LERA 3CT7A 3W7GA 3DHDA 3GAYA 3PBWA 4HSNA 3PBVA 1QO5A 4IMDA 2VEIA 3QYQA 5LNRA 4O0ZA 1JCJA 1HUVA 1NAL1 4YCPA 1OK4A 2WOQA 3EKLA 2TYSA 2E6YA 3S6DA 3M5XA 1GVRA 2OX1A 4UMCA 2Y88A 2W0UA 3NPVA 3DHFA 1O60A 1QDSA 4JTHA 4DF0A 3NPUA 1YTDA 4Z1AA 4O54A 4QIUA 4FEZA 3LOTA 1H62A 3I7QA 5BRBA 2VFEA 4XTDA 4LU0A 4PL1A 3EX2A 5G2WA 3I65A 1UJPA 1TV5A 2Z6JA 2FFCA 3LHUA 2ATMA 1UUMA 3HPXA 4HIBA 3W71A 4UTJA 2A6NA 1QPQA 5KTLA 2ISWA 2AGKA 4Q33A 4JTEA 3C2EA 5I3IA 2QJHA 3R13A 5F2GA 1H1YA 3O6CA 4PEKA 3SECA 1P1XA 4HN4A 5AFDA 4TO8A 1ZHAA 1JCMP 3B05A 1X1OA 4EWND 4A2SA 1SO4A 1DQXA 3SZ8A 4JTLA 4IQLA 2JGQA 3JR2A 1OFPA 3LV5A 3F1QA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3M5XA

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Chord Diagram

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