3M5X | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	219
structure length	212
Chain Sequence	RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGPGETLRFADAAIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	83
structure length	212
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-03-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3m5xA00

3GR8A 4JN6A 3G3MA 3W88A 2J9XA 1BEUA 1LDCA 3W7EA 1YTEA 1OFAA 4JX4A 3ZWSA 5LNRA 2Y7EA 3PWAA 4UMCA 2GJLA 4IX2A 3GDMA 3G22A 2DZSA 4AEOA 4DBDA 2OMAA 1QR7A 2A7RA 2X1RA 3DU0A 5AHFA 4BI5A 1GT8A 3MYPA 3VI2A 4RJEA 3SY5A 4M5PA 4OBTA 1H7OA 2VFDA 3W2JA 5DBTA 1AL7A 4S1FA 5F2MA 1O4UA 3MW7A 2YW3A 4RZ5A 1Q6LA 1TMHA 3L5MA 4M6QA 4NJGA 4AHPA 1SSGA 5I3JA 4LC6A 3W7OA 3V1PA 2H90A 3HOJA 4Y6GA 2TPSA 3Q58A 3R5EA 4U28A 1OVDA 1OK6A 5KZMA 1EPXA 1PS9A 1VHNA 3UPWA 1GEQA 5C2XA 1LRNA 3N3MA 2E6DA 4O1BA 2WSYA 2B7QA 1S3HA 1MXSA 4Y8FA 3FKRA 3C2EA 4JDBA 3LCXA 4JTSA 2WJZA 3W7GA 5E93A 1SQ7A 3DZ1A 3LV5A 1SFLA 1M7OA 4HIBA 2QKFA 3GDTA 3FJLA 2CZ5A 1N7KA 2V0TA 3HIJA 3EWWA 1QOQA 4LRTA 2X30A 1LRTA 3W2UA 1OHLA 1DV7A 1OYCA 1YPFA 4KFOA 1WOBA 3U8GA 1W37A 4I7UA 1S5VA 3TIMA 3RK8A 3L0NA 4AB4A 4O28A 4FEZA 1W8SA 4MUZA 3DHDA 1K8YA 4MFDA 3ABRA 3NQAA 3QRHA 3NEVA 3Q94A 4GNJA 2RH9A 4J9JA 2XN2A 4UCGA 1PCWA 3L65A 3TC6A 1X1ZA 3B0PA 4H3DA 4UFHA 3H53A 4ZMGA 3M1ZA 1W5MA 4MLJA 2Y7GA 3B4UA 3KAOA 2P0OA 2QCDB 1G4SA 2Y63A 3LTPA 3W23A 3HG5A 1YDVA 4Q4KA 3B8DA 1F05A 5EBUA 1H1ZA 3WJZA 1ME9A 4OE7A 3MWAA 3TUUA 3WJWA 2V8ZA 2Q8LA 4IXHA 4ZQMA 4JS3A 5DCDA 3MUXA 2PC4A 1X1OA 3CEPA 2W79A 4QITA 5J5DA 2RHGA 2Y85A 1DORA 5D04C 3DFOA 4O13A 1TTQA 4RZ6A 1JQVA 4NNCA 1V5XA 4IX0A 4NNBA 4YXGA 3ZS4A 4KWVA 5K3VA 1GJPA 3TROA 1Q6QA 3OBKA 1WV2A 4WXZA 1ONRA 3G18A 3PAJA 3FOKA 3M0ZA 1FDJA 2ZRUA 3TCEA 3O16A 4XTDA 3N73A 1O5KA 3VCRA 4QSHA 1N55A 1UUMA 2Y70A 4X9SA 1ZY9A 4QM1A 4O19A 3TMLA 3W7MA 3TW6A 1EWDA 3LV6A 2DZVA 1QNVA 3MO7A 1D9EA 4ZVJA 2C18A 4HT3A 2V30A 2Q3OA 4NX0A 1G4EA 4O18A 3NQ2A 4IPJA 3DENA 5F4XA 1RR2A 1FDZA 4FXSA 4A21A 4EIVA 3YPIA 4YCPA 2FPVA 2QJGA 3GAYA 4Z1BA 1H7PA 3BLFA 4JTJA 5CG7A 3A23A 1TPB1 4LUIA 4ORMA 5DXYA 3FS2A 3M6YA 5C5YA 4MYXA 4GUJA 2J6XA 4JEQA 2J88A 2YW4A 4A2RA 1X6UA 3HJZA 4PFMA 1LRQA 3THAA 1L6YA 3CLMA 4CLMA 3C0JA 2Y7FA 5EMUA 3GDLA 1K02A 1XFBA 5CPMA 1SO4A 1SW0A 3I65A 2Q8ZA 3G1HA 2EHHA 5D38A 1W54A 5EY5A 4GWEA 3GX9A 3UPBA 3KOFA 5E0KA 2J27A 4EF9A 3HGRA 4AF0B 1QOPA 3W7HA 2TYSA 2BXVA 1H51A 5CZJA 3T4CA 1VPXA 2V2DA 4I9AA 4NU7A 1F73A 4XWUA 4WUIA 5F2LA 1OABA 1W3TA 3QSTA 2NZLA 5LGXA 3PB0A 4NX5A 5FF7A 3W1RA 4RCXA 1ICPA 1XI3A 1WBJA 2NUWA 4FNQA 2OJPA 5LNSA 1VRDA 3QW3A 1MO0A 4UTUA 3G24A 2DZXA 5LHEA 3M47A 4P2VA 4YL2A 2B7OA 3N9SA 3IV3A 3AO0A 3UZJA 5D30A 1BKSA 4HNVA 5HR6A 3E96A 4U4MA 4LNYA 1KFKA 1VR6A 5DXXA 4Z1DA 1WA3A 4M19A 1GZGA 2OCZA 1H7WA 3LRLA 4OQVA 4WZHA 3CT7A 4GUIA 5D05A 3L21A 2WKJA 4QNEA 3HG4A 5TBOA 1HL2A 3PBVA 3D0CA 1JR1A 3S42A 4PC8A 3DH7A 3OA3A 3QM3A 1R2SA 2B7PA 4E38A 4WOQA 1H61A 5F2IA 1W5NA 3LCHA 3NXFA 3PG8A 2FTPA 3CU2A 2QUVA 3LCWA 2C1HA 3G0UA 4C1LA 4JY9A 4LRSA 4WJEA 3W73A 3S5YA 1H62A 3EX3A 3NL2A 3VKJA 4ZQOA 1Z48A 1T8XA 2C19A 1A50A 3W71A 4OV4A 4FIQA 3O05A 1KBIA 1F6KA 5AC7A 1XDLA 1H1YA 1ADOA 2PRMA 3P60A 5K9CA 3EXTA 1R46A 2GQ8A 3LTSA 4ONVA 2CFFA 3B0VC 1ZHAA 1L9WA 3P61A 4M7SA 3DFNA 1JCNA 4JTUA 2ZRXA 4H6KA 2EAWA 3AJXA 3MP3A 1J4EA 1ICSA 4JNMA 1G7VA 4FX7A 3DKLA 1HTIA 1LOLA 1D3GA 4ICNA 4IWWA 2WSRA 2NXHA 1ZAJA 5AHMA 3HMJG 4MY8A 1SO3A 5AN7A 2O7SA 3O6CA 3FIGA 2ISSA 4NQ1A 5G2IA 4PH6A 1OFBA 3C52A 2CLKA 3E12A 3EWZA 2Z1BA 4CQAA 5HINA 1FCQA 3THQA 2GVGA 4ZQPA 4EVZA 1QMLA 1P5BA 1W3NA 1TO3A 3DKJA 5BNKA 5EYWA 3LCLA 2ZCGA 3GLCA 2B4GA 2A6LA 2BLEA 4Z0JA 5F2GA 4N6FA 1DJNA 2Y61A 5K9XA 4PA8A 3C8FA 3LBMA 4HKPA 3E9AA 3MI6A 1TRIA 4WQ6A 1EP1A 3S0CA 4C1KA 4BK9A 1BWLA 3S1WA 3FLUA 1L2UA 1EUNA 1G4TA 4DPQA 1FWTA 3U6WA 1VS1A 1H7RA 4LV4A 5I3IA 4O1AA 1G6CA 2VELA 3G0SA 3KX6A 4O4WA 2YXGA 4O12A 3W7PA 4UTLA 3OVRA 1O94A 3QF0A 3QC3A 3CM4A 1F74A 1GVQA 2ZZ2A 4MY1A 5AHIA 1I2NA 5D2TA 1O95A 5AFDA 4HSOA 1UUOA 4JTTA 4DXVA 2X16A 4LC8A 1WAUA 5LZLA 5C54A 3L2IA 1B9BA 3FJ6A 1FXPA 4FXRA 4UTTC 3SECA 2V81A 3IIXA 3EXSA 3NM1A 2DJLA 1YDOA 2PRHA 1IXPA 4O17A 1JCLA 2EF9A 1HUVA 2A85A 4DBEA 4EOUA 1L6SA 4FO4A 1XBZA 1J2WA 2NUXA 2ZRWA 4JGDA 3S9YA 3PSWA 2FQIA 3GXTA 2GJNA 4UTJA 2VFHA 1G7UA 4UMBA 1NF0A 4TU1A 3IIOA 4FNUA 1TCDA 5D2VA 1OX4B 3QMRA 3TQVA 4ML9A 5DCBA 4CQ9A 1W1ZA 1IGSA 3TA6A 3S5NA 3BGGA 2DZWA 2W6RA 3L0KA 1XXXA 1U5JA 2J9YA 3CHVA 4WOZA 2YZRA 2WQPA 2GUUA 2ZZ3A 4NXSA 1Q3NA 4E2DA 1V7YA 2NXIA 4MIMA 4O8RA 1XBVA 1QPNA 5EKYA 3W1PA 3LI0A 4IMDA 1VHCA 3NPXA 5LHFA 4AH7A 1JVNA 4OGZA 3BLIA 1KA9F 5HQEA 1FWWA 4DO6A 4IOTA 1ZFJA 2X2GA 1Z44A 4JD4A 3GR7A 4DO4A 4FIRA 1T96A 1AW5A 1UB3A 5K4XA 3LOTA 1YPIA 3CB8A 3UQNA 4OU1A 1TPWA 1HFBA 2NX1A 3BG9A 1A5SA 2A1YA 1FCUA 5FEXA 5AYXA 4Z0SA 1TSIA 4AWUA 1FXQA 3MP5A 3P74A 4MJMA 1JCXA 2NWSA 1RQEA 5DY2A 1FWRA 4JTFA 3W7CA 4R53A 1SSDA 5BMXA 1KV5A 2E6YA 1W5OA 3EWYA 2HS8A 3O6YX 3C6CA 1AK5A 5KZEA 1RVGA 2NXGA 2Z6IA 3M44A 3MHFA 3UNDA 5FF0A 4LS0A 5CPLA 4M6PA 3LGEA 3NQDA 4O0KA 2DU2A 3ANYA 3LLDA 2HS6A 1VYPX 2VFIA 2V2HA 1PIIA 3ABQA 3P81A 4ZQRA 3I6RA 1SW3A 1K3UA 3W83A 4HSNA 3CEUA 4ZZ9A 4O54A 5D02A 4IQLA 3M43A 3QW4B 4E2BA 2G5WA 2H6RA 3G3DA 4UIOA 3WK0A 3CQ0A 1FCBA 5AC6A 1OG0A 3LERA 1I2OA 1TV7A 1B57A 4CCEA 4MLRA 1LBMA 3ATYA 3W6YA 2YSWA 3CWOX 1B4KA 2FPYA 3DFPA 3W2NA 1AG1O 4NZJA 2ISVA 1UASA 2QCDA 3L9CA 1TREA 3W7JA 3W7RA 4I7WA 1WOAA 3KRUA 1A5CA 1K8ZA 1SZEA 3W7KA 2ALDA 2ZZ1A 4IMGA 3CPRA 1XDMA 4ZQNA 1VGAA 1ME7A 3R8RA 2FB2A 3RNDA 2KZHA 2BX7A 3B05A 1ZENA 1SZNA 2V2CA 3DBPA 3GYEA 1HO1A 5H2ZA 3NZRA 1CW2A 4NJHA 3C2FA 3A21A 1DVJA 2FLIA 1NVMA 3M5VA 5D09A 4QQ3A 4WXYA 2E6FA 3TX9A 3IEBA 2VOMA 1TV5A 2QAFA 3TSMA 5G4WA 1VH7A 2BWGA 2DZUA 3GDRA 5IBXC 3NQEA 1E51A 4XBKA 1XKYA 2C3ZA 1JQXA 3HPXA 4DF0A 4MPQA 2CZFA 3ZR4A 2E68A 3LB0A 1I2QA 2G96A 4BI6A 4UTWC 5HWNA 3WK2A 3NGJA 3STFA 4AWSA 1PCKA 4PTNA 2VENA 3B04A 2C6QA 3FEMA 4KWWA 3IVTA 3S1VA 1SO6A 3P80A 3WK3A 4CCDA 2X1TA 2NV1A 1VCGA 4UFLA 3C2RA 4MZ8A 3KXQA 1PHWA 1KM6A 4B5NA 3BK0A 2PURA 1RQHA 2HSAA 3BG5A 3R89A 2AQWA 4PL2A 4UTMA 3EX1A 1O5XA 4YLWA 2RDTA 4RX0A 1WDWA 1YXYA 2RKXA 3LXAA 5K7JA 4OT7A 5F4WA 1WYIA 3UY7A 4JICA 4AVFA 1KM2A 1LOSA 4L4LA 4PODA 4TMBA 4K8EA 2DJXA 3F03K 3LCIA 4NJKA 1O60A 2CLLA 3DFQA 4K7YA 4AF0A 2OX1A 1DHPA 3O8AA 1DL3A 3NQ7A 5AC8A 1SFJA 1TYGA 2TRSA 3ATZA 3B03A 2YFOA 1WQ5A 2QCLA 4MOZA 1JRBA 5G4EA 2R8WA 5C55A 3R13A 4RV8A 3CC1A 2HMCA 5F1VA 2NLIA 3QH2A 3IVUA 4JX6A 3RLVA 1DQWA 2TSYA 1ICQA 3M16A 4ADSA 3DI0A 2QCGA 1S5TA 1OYBA 4ALDA 2WO5A 3JS3A 3LRMA 4DEFA 4K36A 4AHOA 4O16A 1LCOA 1F2JA 1KLZA 1QPOA 3M7WA 1A5AA 3GKAA 3TAKA 3IGXA 2J24A 3E02A 5D33A 2QR6A 3G8RA 1M6JA 5FEPA 3EWBX 4LY8A 3C2VA 2E09A 2H3DA 5DCEA 1PV8A 4LOCA 3QYQA 3G1XA 1OFQA 4X22A 4MJZA 1JCJA 5F1UA 1H63A 2Y7DA 3EKLA 4O0ZA 4LTSA 2I1OA 3O6DA 3W75A 3NYZA 3H54A 3T55A 1PHQA 4JYFA 4KKXA 1OX5A 4N2YA 2QEZA 4CNPA 2AAMA 4ZQCA 2H3BA 4GXMA 1VCFA 1OFOA 4LS1A 4O10A 3W1UA 3NL6A 4O1CA 2ZZ5A 4UFJA 3TXVA 3WFAA 2Z0IA 4DELA 3T7VA 3PVFA 5DY3A 3W1MA 2ATMA 4R7JA 5BRBA 2OT1A 2HTMA 3UYCA 4IMEA 4RXGA 3KVMA 2BTMA 3SFKA 2QCEA 4O11A 1D3HA 1YTKA 3C2OA 3RU6A 3BW3A 3RLUA 1OFPA 3QJAA 5HWMA 3STGA 4Y90A 4JTLA 4WD0A 1FDYA 3SZ8A 1WXJA 2JKPA 4AHQA 3PY2A 3IGUA 3L68A 3MBDA 3EX6A 4JTKA 4HPJA 2D73A 4LU0A 2Y62A 4FX8A 4E0CA 2ZYFA 2FDSA 2YR1A 3EWUA 4O14A 3C56A 1SPQA 4LW7A 5G1TA 5I3KA 4UTTA 3NOEA 1VYSX 3GXPA 3IVSA 1C8VA 1XUUA 2R91A 3TAOA 1KLYA 1SUXA 2V9DA 3DI1A 3W87A 5FF3A 3O15A 2ZA1A 2YPIA 4FNSA 4TR9A 2F7FA 1SU5A 2P1FA 3PG9A 3MP4A 1KTNA 1AW2A 1FCVA 3GDKA 4WY0B 4JTGA 1KW1A 1TJPA 6TIMA 1LBFA 5FEZA 3V75A 2NV2A 2QUTA 1C29A 1OFEA 3DHFA 3TE9A 4LVBA 4UTHA 4PCFA 2Y6ZA 5HWJA 2GVLA 5CGQA 3HF3A 3KRSA 1TPH1 2ZBTA 2DP3A 3KFTA 3P5YA 4DO5A 2ZQ0A 5IM51 3WJYA 4QAIA 1KFLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3M5XA

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