3M5Y | Genus

Total Genus 81

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	219
structure length	212
Chain Sequence	RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGPGETLRFADAIIAGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation. pubmed doi rcsb
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus	81
structure length	212
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-03-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3m5yA00

2JKEA 3KAOA 3QPZA 4FXSA 1VCGA 1OFBA 3GNDA 4MFDA 3VNDA 4Z1AA 4FIRA 2WKJA 1GG0A 1GYNA 2YFNA 5I3GA 4CQ8A 4IXHA 1FXQA 3IIZA 3F4NA 3ABRA 1JQXA 5HWMA 4FNQA 3C61A 2NUWA 4Y9AA 3BVJA 4BK9A 3MBDA 1N55A 5FF0A 4RV8A 3C4UA 5FF4A 5G2IA 2A6LA 4ZVJA 1FWSA 1WX0A 5DBUA 3UWYA 4X9SA 3VI2A 3EX2A 2NZLA 1VHCA 1FCUA 1KM1A 3KVJA 5DELA 1JRBA 5ABTA 3TW6A 4LY8A 5KITA 1FXPA 3W7IA 3IIXA 1Y0EA 4RX0A 1Z48A 3NQAA 1VPXA 5G1TA 2J9ZA 3LI0A 3LRKA 3DU0A 1SQ7A 4GFSA 4GUFA 3QJAA 1C29A 2VC6A 5HUOA 1FUYA 2C3ZA 2ZZ4A 3LM7A 2CLFA 1OFDA 3TMLA 3JR2A 3E9AA 1GG1A 5F2IA 1HO4A 3T78A 1OHLA 5BNKA 4CCCA 1A53A 5F1VA 3TUUA 1FY6A 1W5OA 4JY9A 2VFIA 4KFPA 1OFRA 2H8XA 3NQ7A 4IMEA 4IMFA 5HINA 4MJZA 5G4EA 3TJLA 5U4NA 1FCBA 1XL9A 3K30A 2DZXA 4GJ1A 1ZFJA 3NA8A 4NJIA 4HPXA 3PWAA 3RLVA 4MLJA 5BMXA 3P81A 3GK0A 1CI1A 3H55A 1QOQA 3NXFA 4AXKA 4PL1A 3HF3A 5L9FA 1EWDA 1C9DA 1KM6A 3NPWA 3NM1A 2JK2A 3NM3A 3ZS4A 4K7VA 2E77A 2AQWA 5HWNA 4UTTC 2TMDA 1TSIA 3S5YA 3G1FA 1YDVA 1I2NA 3KRUA 3H53A 4M19A 3UWUA 4JICA 3G3DA 2Q8ZA 1BKSA 4AF0B 2B7PA 4XTIA 3BLEA 1EPXA 1JUEA 5AHLA 1TTPA 3W7DA 2YGYA 4WOQA 2YYTA 5LNVA 5AHEA 1DQWA 6TIMA 5D03A 4U4MA 1UUOA 1JCYA 2YYUA 1F5ZA 3P5YA 1K02A 1H7XA 3T55A 1QPOA 3S6DA 2WNNA 2RH9A 5LKYA 1H60A 3PUOA 3NG3A 4DO6A 3DGRA 4KWVA 3QH2A 4FB7A 5D38A 5DXYA 5G2WA 1ZENA 3FKRA 4O11A 3G1XA 4IMGA 5KMYA 2ZRXA 5D04C 3W7NA 3IVTA 5CZTA 5H91A 1G67A 3PUEA 1KM0A 4UCGA 5BW6A 3Q37A 3S5NA 1OFPA 1GOXA 1GTEA 3ANYA 4FNPA 3MYPA 1I2OA 1R46A 1SSGA 5E1QA 1K7FA 3W1UA 3NQVA 1B9BA 2Q3RA 2XFWA 2W0UA 4UXDA 5DY3A 1TRDA 3NL3A 3SW6A 1DOSA 3NVTA 3B03A 2Y7FA 2NWSA 1T8XA 2V2CA 3MMTA 1PS9A 4QSHA 4A29A 4M6PA 3U6WA 3PBYA 2TRSA 1GVFA 2OMAA 4IOTA 4O15A 4UFKA 4GRSA 2NWRA 1BWLA 2Z1BA 3HG5A 1W3TA 3W7HA 1TPC1 1TTJA 3LCXA 3KVMA 3O6CA 3M5XA 1SW0A 3C2VA 1M7OA 4NVTA 4O16A 3C56A 4ZQPA 3M6YA 3KVLA 3LV5A 5FEZA 4X3ZA 3A5FA 3F4WA 1HUVA 3LHTA 1ME7A 1XXXA 3BO9A 2PRHA 1F6KA 1F2JA 3Q94A 5HJLA 1KFJA 2QEZA 3JS3A 5DY2A 1H1YA 3W7GA 2Y89A 4BWLC 4J9JA 3LTPA 3P61A 2H3BA 3PB0A 2VFFA 3S1XA 2W6RA 3NNTA 3TU9A 3QSRA 5D2WA 3SFKA 1QPRA 4QM1A 4N9CA 5CZJA 4MVAA 1G4SA 1KTCA 2V81A 3YPIA 1RVGA 3AO0A 3Q58A 1P1XA 3UZJA 3W07A 1MEHA 1RV8A 4YXGA 2WV8A 3DKJA 3PBVA 5DCEA 4EIVA 3V75A 2XN1A 2CU0A 6ALDA 1FWRA 1TIMA 3W2UA 1LBMA 1OG0A 3UYCA 3MYOA 3WK3A 1KLZA 4JEQA 3CU2A 2ABAA 1VCVA 4BFAA 2QCCA 4AEOA 2HS6A 2E1DA 3CB8A 2E68A 3M1ZA 4O0KA 2I9EA 3KXQA 4NQ1A 3G1HA 3O06A 3QPYA 3DENA 3G22A 2ZA2A 1YPIA 1X7FA 3PF3A 1JUBA 3GB6A 1H1ZA 1MSSA 4LVBA 3W1TA 3RNDA 1KTNA 1KFLA 3S42A 4MJMA 3W2MA 3I6RA 4K38A 1HTIA 1JUKA 4A2RA 4IPJA 1DL3A 3TJXA 1WAUA 4ADSA 3DZ1A 2VXNA 1U5JA 2QCDA 1OYBA 1FDZA 3C2EA 3M44A 4ZQNA 2FPVA 1LBLA 2V82A 3PY2A 3TK7A 1TPVA 1ZCOA 3NEVA 1I8JA 4O0ZA 4RZ5A 3QMRA 5KINA 3TAKA 1RQEA 4UTMA 3ABSA 4JR5A 3O16A 3W1PA 5EA9A 3B04A 4DBEA 1GTHA 1KFCA 1KFBA 1G69A 3LB0A 3O6DA 3U2OA 4ADUA 1F73A 1G4TA 3PR2A 3GYEA 1PCKA 3B05A 5LNSA 3MHGA 1ZNNA 4ORIA 4XZ9A 1KFEA 4NJJA 3HB9A 1XKYA 1WV2A 2O7SA 2C18A 3NO5A 4M7TA 4QQ3A 3IIPA 4QAIA 2RDUA 2A6NA 4JTGA 3L0KA 1PV8A 3EX1A 2P10A 1MO0A 5F4XA 4LS1A 1P0NA 4WD0A 2P1FA 5AN7A 4DPQA 2Y6ZA 2V30A 3I7RA 1OF6A 3HBLA 4QISA 1GT8A 1Q3NA 2GUUA 3F03K 3KFTA 4GBUA 3TA6A 2GVGA 4O28A 1QOPA 1Q6OA 5F2GA 2ZZ2A 2WJZA 3DFNA 2WPBA 1X8FA 4AB4A 3NPXA 1RR2A 2Y7EA 3W85A 1YADA 3GVGA 3TR2A 5FEWA 1AL7A 1VYRA 2G97A 3C2RA 1ZAJA 2ISWA 5DN1A 3MO7A 2DZPA 5CSSA 5I3IA 5AC6A 1SZGA 3A5VA 3E02A 3HPXA 5D02A 1B57A 4A22A 3WJXA 5FI8A 2WO5A 5G2HA 3PULA 5A5WA 3THAA 4UTWA 3N73A 4HNNA 4JX6A 3CPRA 2DU2A 2ALDA 3WK2A 3W1AA 1NF0A 2ZZ1A 1K3UA 5HR7A 4UUIA 2A4AA 1ADOA 1X1ZA 4MYAA 4E2BA 4ORMA 3WJWA 3S9YA 3A23A 4ZQRA 3DBPA 5MHBA 2DZSA 1W1ZA 2FPYA 3BGJA 1A50A 1DVJA 5I3JA 1FWTA 1TPUA 2A1YA 3GAYA 2VOMA 3HG2A 3ZWTA 3BG3A 4UMCA 1IGSA 2Y62A 4UFJA 1FCQA 2ZRUA 5LGXA 3R2GA 1AW1A 3W7CA 1LROA 3GIYA 1K8ZA 1KM2A 2HTMA 4DEFA 4AAJA 2B0MA 5AC8A 2Q3OA 1H7RA 1RZMA 5EL1A 3NPVA 4K36A 2ZZ5A 5D2YA 1VLWA 3IVSA 3W6YA 2FQIA 3P8IA 3LBMA 2X30A 3M43A 4N2YA 4LS0A 1FX6A 3IGUA 2JGYA 5LHEA 4DF0A 3CHVA 3H54A 1VJIA 2BX7A 2PE4A 4NNBA 5BRBA 1HO1A 3RK8A 5IM51 3LRLA 2ZZ6A 4MY8A 2FLIA 1O5XA 4Z0JA 4IGHA 3SSJA 3M5YA 3PM6A 4OV4A 3EX4A 4CQAA 4O1DA 3TFXA 3W1XA 3HGSA 3W72A 1QAPA 3O6YX 4YLWA 3LHUA 4GC4A 3R5EA 1T99A 1TV7A 1FDYA 4RLIA 4WX2A 5FF7A 4XKYA 5K4ZA 1OABA 2V2HA 1KTBA 3B0UX 1JR1A 4K6AA 3W1NA 1H7PA 4D2JA 3HQ1A 2YZRA 2YX0A 5AYYA 3L0GA 2XN0A 3OBKA 3W1RA 5J5RA 1R2SA 3BW2A 4JIQA 2V5LA 4O54A 4A3UA 5I3FA 2QF7A 4N9DA 3E12A 4JX5A 1OX6A 3S0CA 1AMKA 1TTIA 2GQ8A 1OX4B 3L9CA 2PC4A 1PL9A 3PG9A 1WBJA 3TXVA 3LTYA 4NZFA 3FS2A 4FX7A 4FNUA 2YPIA 2HMCA 3N2XA 1OJXA 2NXGA 3FLUA 2O7QA 5G4WA 1LOSA 4UTIA 2NV2A 2RDTA 1WOAA 4NU7A 4LC8A 4ML9A 1GWJA 2YXGA 2H90A 4DELA 3L67A 1VR6A 1ZJIA 3KX6A 3TSDA 3VCRA 4JS3A 2TYSA 3QSTA 3T7VA 3W7RA 1LDCA 3G3MA 1FQ0A 1S5VA 3N9SA 1SPQA 1ME8A 1WA3A 4R53A 3UPBA 2G5WA 1OVDA 4Z1BA 1KM3A 4BI7A 2BXVA 3LCHA 1GEQA 3UY7A 2GQ9A 4KFOA 1G7VA 4MFEA 4GUIA 2E5DA 4HNVA 3KRSA 4NX5A 1WXJA 1XDMA 1YTKA 2CLMA 3KOFA 4WXYA 3GDTA 5D30A 1IXQA 5C55A 1IIGA 2CLHA 2DJLA 3GZ3A 4S2CA 1WQ5A 4UTUA 3BPWA 3NYZA 1LZOA 3R13A 4Y6GA 2QDHA 5T26A 3G1DA 3R12A 4OHQA 2A7RA 5CPMA 5EMUA 3MI6A 2QJHA 2CZFA 2J9XA 5C6MA 1I4NA 3CC1A 1TTQA 4MPQA 2OCZA 4WXZA 3IIOA 2VFGA 4KKXA 1M5WA 4NXKA 5FESA 1KBIA 1TPEA 1SFJA 3TQKA 3TKFA 3MI3A 4UTJA 5FF3A 2FPTA 2QJIA 3GDLA 4BF9A 1LOQA 4YMZA 1UB3A 4UR7A 1GYLA 1PHWA 4U28A 2EKCA 2VEKA 4ADTA 3L66A 2DZUA 1F05A 1UUMA 3GR7A 2JKPA 3OA3A 3Q2DA 4O13A 2J27A 3I68A 1LRTA 3LLDA 3LBCA 4NX0A 2V5BA 4MZYA 4AWUA 3EWXA 4B5NA 3SJ3A 2CLLA 2RHGA 4NNCA 3A24A 3IIVA 2EPHA 3CIWA 4LWWA 4LS2A 3BLFA 3G1YA 1LRQA 3EWZA 4C1KA 4WY0A 2FFCA 5IBXC 4NJHA 1VHNA 2QDGA 2A7PA 3CTLA 2V0TA 2YR1A 2BLEA 1EP1A 1LP6A 2QUUA 1W3IA 2TSYA 3W7EA 5CZSA 3L5LA 1I2PA 2WSQA 3PB2A 4LVAA 3C2OA 4IMCA 5U7SA 1UCWA 1R2RA 3NQFA 2BZNA 1KA9F 1TMHA 4O12A 1D3HA 3HOJA 3UZ5A 3LHWA 4I9AA 2DZVA 3GXTA 2GPTA 3LRMA 2Y7GA 5SWUA 3LLFA 2XN2A 1SW3A 3GDKA 1L2UA 4AWSA 2ZBTA 2QUTA 2EAWA 4GWEA 4O19A 2X1TA 4BI5A 2E6AA 5KSWA 1TJRA 3LX9A 3QMSA 3LTSA 5F1UA 3M7WA 4MZ8A 3HGJA 3N19B 4LRSA 5D37A 1B4EA 5KTLA 2JGQA 5D2XA 1OFEA 4O14A 4LRTA 1VC4A 2JKAA 4RK8A 4RZ6A 1ICSA 4HSNA 4DBDA 4W9TA 2TPSA 2OX1A 5TBOA 3DFOA 1ZAHA 3EWUA 3ELFA 2X1UA 2QCLA 3MUXA 3CEPA 1H5YA 2Y70A 2CLKA 1TRIA 1NF7A 5KZDA 2I1OA 5K4XA 5DCDA 3EXTA 3IGSA 2E09A 4JDBA 4FO4A 3DI1A 1OK4A 1MXSA 2WQPA 3W23A 5KZMA 4EOUA 1M7PA 4XBKA 3W1MA 3W7KA 3RMJA 3WJZA 2B4GA 3T4CA 1Z41A 4UTHA 1WOBA 5DCBA 3S1VA 3LV6A 3BW4A 5EKYA 2R14A 3HJZA 3OEXA 3TDFA 1BTMA 1JCLA 3RLUA 3V1PA 4POCA 2FTPA 4N6EA 4LV9A 3SGZA 3W87A 4LV4A 4O50A 1K7XA 2VEMA 2G95A 3VFLA 4HNUA 3P84A 5KZEA 3QYQA 3HO8A 3EB2A 4MYXA 2NX3A 4JTUA 4Q4KA 1K8YA 2ZRWA 5LSMA 3DFTA 3TX9A 2OT0A 1XUUA 3G0SA 7TIMA 1EIXA 4RR4A 4JNMA 4WUIA 2ZRZA 4N4QA 3LHVA 2CW6A 4LVFA 1GVRA 3N3MA 4MLRA 5HR6A 3FIGA 3LXAA 3B8DA 2YCEA 3GX9A 3O8AA 4UFLA 3QW3A 4TR9A 1OK6A 4JDYA 5HNRA 2VFEA 1V5XA 1SZFA 2Y88A 2R94A 4RJEA 5E93A 3WJYA 3QF0A 1HG3A 1OFOA 3IRDA 1OX5A 2V2DA 4JD4A 3G18A 4JN6A 4UTTA 3UXDA 1C8VA 1RPXA 4P61A 3QM3A 4UFHA 4CLMA 3UY8A 2ZTKA 1XM3A 2NX1A 1W5PA 4LVGA 1VRDA 2PCQA 3NPUA 4LW7A 3DXIA 3W84A 1VYSX 5FF2A 3RFAA 4OBTA 4PFMA 2WNZA 4ZQOA 3M5VA 1SO6A 3HPSA 2ZYFA 3O05A 4Q33A 2UV8G 2AGKA 1BWKA 3PBUA 4JIPA 4O8RA 1N7KA 4DF2A 3T44A 1W54A 2VELA 3EXRA 4FX8A 2WSRA 2V8ZA 3M0ZA 5CG7A 3TXZA 4E38A 4XUGA 2W79A 4RCXA 2ISVA 2J6XA 1O94A 1I2RA 3T40A 5F2LA 2PRMA 4HKPA 4GUJA 5GVJA 3TQVA 3TV8A 1VLIA 3B0VC 3PVFA 4JTSA 4LUIA 3LCIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3M5YA

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