3M9Y | Genus

Total Genus 86

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	86
sequence length	254
structure length	252
Chain Sequence	SMRTPIIAGNWKMNKTVQEAKDFVNALPTLPDSKEVESVICAPAIQLDALTTAVKEGKAQGLEIGAQNTYFEDNGAFTGETSPVALADLGVKYVVIGHSERRELFHETDEEINKKAHAIFKHGMTPIICVGETDEERESGKANDVVGEQVKKAVAGLSEDQLKSVVIAYEPIWAIGKSSTSEDANEMCAFVRQTIADLSSKEVSEATRIQYGGSVKPNNIKEYMAQTDIDGALVGGASLKVEDFVQLLEGAK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
publication title	Crystal structures of triosephosphate isomerase from methicillin resistant Staphylococcus aureus MRSA252 provide structural insights into novel modes of ligand binding and unique conformations of catalytic loop pubmed doi rcsb
source organism	Staphylococcus aureus
total genus	86
structure length	252
sequence length	254
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2010-03-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3m9yA00

4A29A 1DORA 3MHFA 1TPFA 2ZA1A 3KRZA 4ZQRA 1EUNA 3TK7A 3DHDA 1GJPA 3O1NA 3DKJA 4Z08A 3HGOA 3IVUA 5EL1A 3CWOX 4HKPA 3DHFA 1B4KA 5F1UA 3G0SA 3LTYA 3LCHA 5D04C 1FWRA 1SW0A 3CTLA 2QCNA 3TAOA 2VOMA 1SO5A 3EX1A 4UC5A 1LORA 3WFAA 2EAWA 1ZENA 2E77A 4M7TA 4X22A 1JUEA 2R14A 1SUXA 3K30A 4LS0A 5E93A 3W7EA 4B5NA 1OFBA 2H3BA 5D32A 1H7NA 5G5IA 3P67A 4FIRA 2X1UA 3W1XA 2YYTA 3HOJA 1GT8A 2NXIA 1JQVA 3NQGA 2NX3A 2LLEA 3S5YA 3WJWA 2YCEA 4OBTA 3P82A 3SY5A 2O7QA 4ADTA 5CZ0A 1F6PA 1LM1A 2FB3A 3G1YA 4IUOA 4N6EA 3G8EA 3WK0A 1EEPA 4AF0A 1OX4A 3HGJA 4ZVJA 3W23A 3TA6A 3THQA 4YCPA 1BWKA 2DZPA 2QJGA 1F05A 1O95A 2QCCA 3EWBX 3FIGA 3GDKA 2OZ0A 3DI0A 3GAYA 3LBMA 3B0UX 1MXSA 3CM4A 1VC4A 3S0CA 4GUFA 4LS1A 3TSDA 4JTUA 3NM1A 4KWWA 4PC8A 3C4UA 4GWEA 2CLFA 2EF9A 5HR6A 4KFNA 3IIXA 4D2JA 1R47A 5KZDA 3S9YA 4NXSA 2C19A 1YXYA 2QCFA 5HINA 3KFTA 3P5YA 4XBKA 5KITA 3S1XA 2YDAA 4DEFA 2CLIA 4TMBA 2CWNA 2QUVA 1TJRA 2CZEA 5AHFA 3VE7A 1TJPA 5FEWA 4UIOA 1QAPA 3ZR4A 3W7RA 2PCQA 3NQ8A 3LDVA 5C5YA 2BLEA 4NJGA 3G0XA 3LV6A 4M6PA 4Y9AA 5AC8A 1QOPA 1P1XA 1XKYA 2Y6ZA 4OT7A 3TCEA 1KV8A 5AYZA 4LVBA 2WSQA 3UQNA 4WY0A 4LY8A 4YWIA 4YMZA 3TX9A 3QW4B 5HWJA 2QCEA 3WK2A 1Y0EA 2PC4A 3BLEA 3TV8A 2EKCA 3W1QA 3QM3A 2CLKA 1UUOA 1U83A 1TPH1 2QJHA 3L0KA 4I7WA 2YSWA 3MMTA 1VHCA 3R12A 4AHPA 2G97A 4BF9A 3CPRA 5FEZA 5FEPA 3LBCA 4WD0A 2OCZA 1JCLA 4FF7A 4HNVA 2QR6A 4X3ZA 5K9CA 1LROA 4JTLA 3I7SA 2FPYA 1KFLA 2ZZ2A 4RKAA 2Z6JA 3CB8A 3M5ZA 1IIGA 1F6KA 1W5MA 4QAIA 4UMCA 4JICA 3N9RA 4BR1A 1MO0A 3W2KA 3OIXA 2V2CA 3BW2A 4UTTC 4LVAA 3TXZA 3PSWA 3OBKA 2BXVA 4IOTA 2VEKA 2R94A 5TIMA 2Y63A 1FWTA 4O8RA 4QISA 5E1QA 5K7JA 3C6CA 1H1ZA 8TIMA 4UNKA 1AL7A 1W3IA 3PB2A 3R2GA 4JEQA 2C13A 4EIVA 3TW7A 2IQTA 1VCFA 4CLMA 2QCDB 3LHUA 5DXXA 2ZZ1A 1VCGA 4P61A 3YPIA 1GEQA 1LTDA 3UZ5A 3S1VA 2WOQA 4CNOA 4PFMA 3LHWA 3KX6A 4LUJA 1YPIA 1O60A 1T96A 5K4ZA 3W7DA 4LTSA 1YDOA 4WOQA 1XCFA 1JUBA 4M5PA 5D30A 1HUVA 1L2UA 1THFD 2OJPA 4C1LA 1VGAA 3QZEA 2A7NA 4NNCA 4Z1CA 4HNTA 1LOLA 5J5RA 2Y7DA 5EBUA 1GZGA 2FJKA 4O18A 4S1FA 2VEIA 4JYEA 4JNMA 4O11A 2FLIA 5DCBA 1H7PA 4O50A 1SQ7A 3GIYA 3NQ6A 3STCA 5G1TA 2WSYA 3IIZA 3SJ3A 3JS3A 1YTDA 4PODA 5LKYA 2YFNA 4MZ8A 3E12A 1W5PA 4LWWA 2GVGA 3EXTA 3C2RA 4JTGA 3W3OA 1T99A 3C2VA 1WYIA 4RK8A 3L0NA 5DLCA 3TW6A 3W87A 1YXDA 1MEHA 3UNDA 1OJXA 4A3UA 4ONVA 1I45A 1P4CA 5K9XA 1OYBA 2A7RA 4GXMA 1HO4A 5LNVA 1NFBA 2TMDA 1P0KA 3H53A 1KW1A 3QPYA 4UR7A 1Z42A 1DVJA 3O6CA 3TXVA 1T8XA 4MY8A 1AG1O 1H7OA 5LGXA 2P10A 5D2VA 3S5OA 1W54A 3BPWA 1OFDA 2NX9A 4PL2A 4OQVA 5H91A 2Y7GA 5HWNA 4GUHA 3G1AA 3W7IA 4DQWA 4ZMGA 5AC7A 3NEVA 2OT0A 3LX9A 5D02A 1FWWA 2PRLA 1D9EA 1RD5A 2QCDA 4JDBA 4K7VA 1GTEA 1V7YA 4AWSA 1Q45A 2X1RA 4X2RA 1N55A 1B3OA 3UWZA 2HS6A 5I3IA 4RLIA 1OABA 4FXSA 4K8HA 4A21A 4R7JA 1J5TA 4FIQA 4LT9A 3ANYA 4XBSA 3PS7A 4EF8A 1VYRA 1JRCA 4E0CA 2GJNA 3EWZA 4LOCA 4NXKA 4Z1BA 1ONRA 3CIXA 3NPXA 3W1PA 4L4LA 2ZRVA 1KTBA 4J9JA 3DFPA 3T78A 3U6WA 1DOSA 1QPOA 4FEZA 3HJZA 3GB6A 3G3MA 3FKRA 4O52A 1TCDA 1FY6A 3SZ8A 3UZJA 3M16A 4LRTA 3WJSA 4MUZA 2A6NA 4EOUA 3T4CA 1DL3A 5AOUA 2Z2UA 1ADOA 4OE7A 3TMLA 1FDJA 3C8FA 3W75A 4ALDA 3QH2A 4OWGA 3UD6A 5C6MA 4PCFA 2DJLA 3DENA 3R5EA 2BTMA 1SZFA 3IEBA 3BG3A 2ZZ5A 4FX7A 4IXXA 3HF3A 3W7OA 5TQLA 4ZQMA 3SECA 3HGRA 2E1DA 1TTJA 2QCMA 4G1KA 1H7WA 1W5QA 3NQVA 3FEMA 4UMBA 4UTJA 1SSDA 1JR1A 1LBLA 2Y88A 3C2EA 3ABOA 4DO4A 3W85A 2TPSA 2V0TA 2QEZA 3TJLA 2NLIA 5CPOA 3STGA 2A21A 2RHGA 4DO6A 4Y8FA 3MI6A 4GBUA 2CZFA 1VS1A 3NA8A 4QNEA 2EHHA 2ATSA 1FWSA 3RNDA 1GVSA 5HJLA 3DFNA 3W22A 3M6YA 2JKEA 4AH7A 2ZZ6A 3M43A 5K2ZA 3N2MA 1XUZA 4ICNA 5LHEA 3QW3A 3CHVA 2G5WA 2A1YA 1SR9A 2NV2A 2OX1A 4CNPA 4CQAA 2W6RA 1FX6A 3P60A 2YPIA 4WZHA 2Z0IA 1H1YA 3P8JA 3NDOA 3LRLA 3QMTA 3DBPA 5FF2A 5BRBA 5F2MA 3T55A 1DHPA 2RH9A 3MYPA 5HR7A 4TO8A 4Q4KA 3PM6A 3FKKA 4E2DA 2GUUA 3FYOA 1Q6RA 3GDTA 4FO4A 1G4PA 4IPIA 1NF7A 2F84A 3PBWA 3TQ0A 3M0ZA 1QWGA 4FNPA 3BK0A 5CZTA 3NM3A 1H62A 1K3UA 1C9DA 4HNNA 4OV9A 3LLFA 4QIUA 1IF2A 4GE8A 1WQ5A 3HPZA 1TSIA 3NNTA 1XL9A 4PEKA 1KBIA 1HTIA 1NVMA 1VZWA 2WJZA 4LVDA 5EPDA 4ZQOA 4MY9A 5D38A 3LI1A 1M5WA 1EP3A 5EY5A 1TRIA 3VCRA 5U7SA 2B4GA 3OVPA 3C52A 1AW1A 5D05A 4HT3A 3TC6A 3G1HA 4FXRA 3M44A 3IV3A 1GVRA 1EB3A 1OX6A 3PBUA 1F7BA 2B0MA 3A24A 3GZ3A 2NXGA 3THAA 2G95A 3OEXA 3DU0A 3BG9A 3I65A 3QJAA 1AMKA 1MSSA 5CZJA 3GR8A 1ZAHA 1H7XA 5LNUA 4XQ6A 2BX7A 5G2HA 4AAJA 1EPXA 3PBYA 5KSWA 3NQMA 5I3HA 4I9AA 4UTWC 2PRHA 1RVGA 5L6UA 3GXNA 3T7VA 1HL2A 3FOKA 1N7KA 4NX5A 4JN6A 3BO9A 3W2JA 2Q3OA 2ZA2A 3S5ZA 1S5TA 2DZTA 4U4MA 2V5LA 4JY9A 3B03A 4O15A 2ALDA 1WBHA 3M5VA 4AXKA 4TR9A 3RMJA 5DN1A 4JIPA 3W2UA 3ZWTA 4LS2A 3UWWA 3QQ0A 3DI1A 5F2IA 5HQEA 3O06A 1A53A 5FF4A 1SZNA 4JS3A 1A5CA 5D09A 1Q3NA 3LCGA 2NWSA 5J5DA 4MKNA 4JTFA 4ADSA 1GVFA 4M19A 2Z1BA 3V1PA 1Q6QA 2EPHA 3CEUA 2ZRZA 4RXFA 3E0IA 1F5ZA 3L21A 3C3NA 1T0OA 4P2VA 1SFLA 4WUIA 3R89A 4YL2A 4ZQNA 5D2WA 3L68A 5F4WA 1ZALA 1I2QA 2V5BA 3S8HA 3W2MA 3CIWA 4N9CA 5FF3A 5EMUA 4QITA 1KA9F 2A0NA 5G2WA 4K38A 4JGDA 2NXHA 3GKAA 2FQIA 3R8RA 3SIZA 1W5OA 1WX0A 2G96A 3CEPA 3GXTA 3ABSA 5BNKA 3SSJA 1DKWA 1A5SA 1O5XA 3C56A 4UR8A 1ML1A 3FLUA 1FDZA 1ICQA 4A2SA 4DF0A 3MYOA 2Y70A 4EF9A 3TH6A 3MI3A 3KOFA 4MOZA 1D3GA 2H6RA 4IMCA 3PUEA 3LHTA 4JTKA 3HPXA 4FNRA 3B8DA 3O63A 3T40A 4ZQPA 5DCEA 3MHGA 1X6UA 2DZXA 3ABRA 2ABBA 3WJXA 3GNDA 1W0MA 3WJZA 2CLMA 3GDMA 3PG9A 3UWVA 3BVJA 2I9EA 1ZNNA 1ICSA 1I2PA 2VEPA 1K7FA 2E5CA 4IQLA 4XUGA 5L9FA 4MLJA 3SI9A 2V2HA 4MLRA 4GUGA 3B0PA 3P80A 2JK2A 1RPXA 1TTIA 3G24A 4QSHA 2J6XA 2ZCGA 4GFSA 1KFEA 3A5VA 4NZFA 3I7QA 1V5XA 1GOXA 2D73A 1XBXA 3MO7A 1R46A 4DPPA 4XKYB 1W37A 5FEXA 3PULA 3NGJA 5IM51 3HG2A 1XDLA 2VEMA 1K03A 1RZMA 1ZFJA 3P81A 5DBTA 5EKYA 3STEA 4AHQA 3UPBA 1FBAA 4GRSA 4TU1A 4UTTA 3DH7A 2YX0A 3C61A 5AN7A 1TPC1 4X9SA 3M1ZA 4O12A 3F4WA 4MZYA 4O57A 2ZRUA 5KINA 3L5AA 4K36A 4H3DA 3F1QA 4JTEA 4UFKA 1ME7A 3E96A 1M7PA 3LCFA 4S2CA 1KM3A 1YTKA 3W9ZA 3W07A 5G1YA 2BWGA 1M7OA 4RCXA 2A4AA 3Q2DA 3E9AA 3S1UA 1VLWA 2A5HA 3G22A 2H3DA 1FXQA 2CFFA 3P62A 1FCUA 1OVDA 5KMYA 1WOAA 4IPJA 3NQDA 3W2NA 1EP2A 1G4EA 5BOOA 2C16A 1XBVA 3KRUA 2V8ZA 1GYLA 4RZ6A 3LCWA 4R34A 3PG8A 1TPDA 2I14A 4H4IA 1KLYA 3M5YA 4JIQA 1L6SA 1BKSA 1ALDA 4O19A 3UY7A 3KHJA 3GXPA 2FDSA 2Q8ZA 3C2OA 3KVKA 1OF8A 1EWEA 1TQXA 3W84A 3NL3A 3GVGA 1SO4A 3QPZA 3S1WA 3PR2A 4FX6M 2ZBTA 1C8VA 4JYDA 2ATMA 4CQ9A 1LRTA 3OA3A 1B4EA 3N73A 1VR6A 4FX8A 5CSSA 2DP3A 2WV8A 3MP5A 1W8SA 3BG5A 1H61A 1JRBA 5GVJA 4ORMA 4XKYA 2I1OA 3TU9A 4JDYA 2ZYFA 1TPUA 1MEIA 4Y90A 3L5LA 4N4PA 2C14A 3A23A 2ABAA 3L9CA 3GKFA 4S2BA 4O10A 4DPQA 1LLZA 2ZZ3A 4K37A 3B0VC 1QPNA 2FPTA 2X1TA 3EX4A 1K8XA 2AGKA 1X1OA 3U8GA 3JR2A 1KBJA 3W7GA 4LC6A 1W1ZA 3QFEA 3ZFHA 2ZRYA 4K6AA 5AHMA 3L65A 1TPB1 1KLZA 3WK3A 4O1DA 3SW6A 4Z0SA 6TIMA 4CQ8A 1OFAA 4C1KA 1XUUA 4JR5A 4WOZA 3HBLA 1OX5A 3GK0A 4UFLA 3TKFA 4RX0A 3FFSA 4WQ6A 1KTNA 1KM4A 4NNAA 3HGSA 1XI3A 1ZJIA 5CPMA 1R30A 3DFSA 2Y89A 4LW7A 1TRDA 3GYEA 3H55A 3W7PA 2Y61A 1UASA 1JCMP 1FQ0A 1OK4A 2QCHA 5LGZA 5FF7A 1LRQA 3W1TA 1TPWA 1J4EA 2E68A 2GQAA 1GG0A 2VENA 2ZZ7A 3OG3A 3GNNA 1FWNA 2B7PA 3INPA 5K3VA 4IX0A 3O16A 1EWDA 1KFBA 4HHPA 3LRMA 4KFPA 3GDRA 4EVZA 4RR4A 4I7VA 5FI8A 2YW4A 3NQFA 4FNQA 1A50A 2ISWA 2Y62A 1KFKA 3LCXA 7TIMA 1LYXA 1G7VA 2V2DA 3CC1A 3N9SA 2WNQA 5DY3A 3ABQA 1D3HA 5AHIA 3FYPA 3HPSA 2GQ8A 2Y7FA 5HWMA 2NUYA 3S42A 3NQCA 1RQEA 4ORIA 5HUPA 3W7LA 5DCDA 3G1FA 1LOQA 4O28A 1K02A 3I68A 3NL6A 1C29A 3Q37A 3LTSA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3M9YA

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