3MBD | Genus

Total Genus 135

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	135
sequence length	336
structure length	336
Chain Sequence	MDCDHLLRLGMTAKKILENGKGILAADETPKTLGRRFEKLGITNTEENRRKFREILFSTKGIERYIGGVILNQETFEQTSGSGVPLTELLKKKGIEIGIKLDKGLIDYKEKEKISVGLEDLDLRCKSSAFKDATFAKWRSLFYFYDGIPSEDCINENCSILAKYAIICQKNGLVPIVEPEVFLEGDYSMKRSYEVTRQILSTLMKYLNYELVYIPGVLIKASYVTSGQLSNEKYTPKKVATFTLRALLSTIPCGIPGIVFLSGGHGSEDAIGFLNAINMERGCRTWSLSFSFARALTDGVLETWRGDDSNIEEAQKILLETSFKACRGAEGKLWDQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase
publication title	Structure of fructose bisphosphate aldolase from Encephalitozoon cuniculi. pubmed doi rcsb
source organism	Encephalitozoon cuniculi
total genus	135
structure length	336
sequence length	336
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2010-03-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3mbdA00

3HPSA 4K8HA 1AK5A 3P74A 3CC1A 3QH2A 4UTWA 3U2OA 3PSWA 1HO4A 5AC8A 4KWVA 2OCZA 2QDHA 2GQ8A 3QJAA 2C19A 3HGJA 1TTPA 1OF8A 3QSTA 5KINA 4LUJA 4Z0JA 2HS8A 2QJGA 4GE8A 4UFLA 2Z0IA 1NFBA 3L0KA 4ADUA 1SZGA 2QR6A 3W23A 4O4VA 4NXKA 3M5ZA 3TUUA 1R47A 3KVLA 4YXGA 4ZL1A 2GJNA 4JTSA 1VYPX 2JGYA 3V75A 1QPQA 5CZTA 3W7RA 3LXCA 1OYBA 4LV4A 3HOJA 3ZWSA 1TPVA 4D2JA 1GQNA 3CPRA 1FCUA 3FOKA 3L68A 4W9TA 4AWUA 1SZNA 4JX4A 1SZFA 1WBHA 4NZFA 2C3ZA 2Y7DA 3KVKA 3PY2A 3LI0A 1PE1A 1TV8A 3N3MA 1TB3A 3NQ2A 3RK8A 3S9YA 1XFBA 3BGJA 3T44A 3EX1A 3TROA 1ZFJA 1X7FA 4PCFA 1IXOA 1X1OA 1C9DA 1JCJA 3EWZA 4O1BA 3EX2A 1LLWA 4RXFA 2C13A 5BRBA 1SW3A 3O6YX 4IXHA 4UTUA 5FF0A 2E6YA 2ZZ2A 1FCQA 2H90A 3R12A 3O6DA 5HUPA 3P80A 1FXQA 5AHNA 4E2DA 5AC6A 1K7EA 3DXIA 3W87A 2QKFA 5BMWA 3LOTA 3BW2A 2VC6A 4FNRA 3FYPA 3NL6A 4ADTA 5F4SA 3EXSA 1O4UA 2J9XA 3AJXA 2LLEA 3G22A 4CNPA 3INPA 3BARA 2GVJA 1VC4A 5HR6A 1QOQA 1KTBA 1VS1A 3LM7A 1BWLA 4S2BA 5EY5A 4EIVA 1V7YA 1JRCA 1SUXA 3C2OA 1N8FA 1KTNA 1L6SA 5I3GA 4AEOA 1H7RA 1A5CA 4LTSA 1EWEA 1H5YA 4JTKA 3W7MA 1TYGA 4YMZA 3L0GA 1QWGA 1K8ZA 3IVSA 4MYXA 1S5TA 1SO6A 1LCOA 1J4EA 3QSRA 1YYAA 5DCEA 4TIMA 2VFDA 3E96A 3PAJA 1JUEA 1VCVA 5KZEA 5DBUA 2V5BA 4JD4A 4RZ5A 2QJIA 2OT1A 4CQ8A 3E02A 4UC5A 3SGUA 1HUVA 1QAPA 1ALDA 4NUWA 4RZ6A 5TBOA 3C4UA 3GB6A 1A50A 1FUYA 2R14A 3BK0A 1QPNA 3LRKA 4DXVA 4FNQA 3C2EA 2V2DA 1QR7A 3O6CA 1UASA 2ZDRA 2ZTJA 4LNYA 1S3HA 4E0CA 5KMYA 1IIGA 3LXBA 4KKXA 6ALDA 1QPOA 3PF3A 4ML9A 1T8XA 2BX7A 1EUAA 5LZLA 1PS9A 1OFEA 3A5FA 3M6YA 1A5SA 4X9SA 3ABOA 3GDRA 2I1OA 3MW7A 3LBCA 1CX9A 4LVAA 4HNVA 3BO9A 4ALDA 4AHQA 4FB7A 1O5KA 4CCEA 3EX3A 3ATZA 1A5BA 2ZZ3A 4A2RA 3W2KA 3AO0A 1H1YA 2DZTA 5E93A 3F1QA 2QUTA 3HGSA 1H50A 3GK0A 3FIGA 4LVDA 1VH7A 5AHLA 2CLFA 3USBA 5CSSA 4N6FA 5CPNA 1XBYA 1G7VA 1DL3A 3CWNA 3NQCA 3CEPA 4OV9A 1UCWA 4RZ4A 5G1TA 1LROA 3LRLA 1ZJIA 2DU2A 3VNDA 2H6RA 3TSBA 1VYSX 3ZS4A 2Y6ZA 3G1YA 3FJ6A 5D2XA 1SO4A 3ANYA 1N7KA 5HUOA 2E6AA 1S5WA 2ZYFA 1NEYA 2YR1A 3G1SA 1TPB1 1KFJA 3MMTA 3TXVA 1GTEA 4NJHA 1VLWA 4XQ6A 1OFAA 1RR2A 4R7JA 4DF0A 4QAIA 1BWKA 3EKZA 4QISA 3IIOA 3PM6A 3A9IA 1VZWA 2H8ZA 1F73A 4IPIA 3B0PA 3W1RA 5BNKA 1OX4A 3TC6A 3VCRA 2ZA3A 1Q6QA 3DI1A 1PHWA 2PURA 1MSSA 3GDKA 2RKXA 3L65A 4WJEA 2GJLA 3DFTA 3PS7A 4ZQCA 1ICQA 4LS0A 1JVNA 1I2QA 3SZ8A 4H6KA 2ZRXA 3KXQA 4AMAA 3TA6A 3Q2DA 3TW7A 3OVRA 3LXAA 4J9JA 1KV8A 2Q8LA 2ABBA 3P5ZA 2ZZ5A 2QCHA 3L9CA 5LKYA 3G0SA 2KZHA 4Z08A 1L6YA 1BEUA 2J9ZA 4M6QA 4JX5A 2VENA 4XKYB 1Z42A 5E1QA 2TPSA 3F03K 7TIMA 2P1FA 4JYEA 4YL2A 2Y89A 4C1KA 8TIMA 3W1AA 1YXDA 1OFPA 4BI5A 4LV9A 3W7CA 4NNAA 4XWUA 4IMFA 3BW4A 5IM51 4QNEA 1G69A 3G18A 2DZPA 2BZNA 3P84A 3VKJA 2CZDA 3IVTA 3SFKA 1TTJA 2Z1BA 2WNNA 5CPMA 3LCHA 1ML1A 5G5IA 4MOZA 1ME7A 1GVFA 3HF3A 3JS3A 1OHLA 2YGYA 1XCFA 3EWYA 4MFDA 4O12A 1ZALA 4CLMA 2QCDA 1OYCA 2B7PA 3B03A 4GUHA 3O8AA 4GJ1A 1PVNA 3W1UA 2D73A 3GX9A 2Z2UA 1H62A 1FDZA 3CLMA 3LHVA 4JTEA 5DY3A 2JGQA 3A24A 1KFKA 1I4NA 1OFQA 1W5NA 1FQ0A 2QUUA 1K02A 3S5NA 1TMHA 3M9YA 1DJNA 2Z6JA 3GAYA 4WZHA 1D9EA 4ZQMA 4O16A 5H91A 3FA5A 4BWLA 5TIMA 4IMGA 4JTHA 5U7SA 4O1CA 4MVAA 1V5XA 3W7KA 4CQ9A 5K9DA 4DPQA 3DAQA 2PCQA 3N2MA 4LC6A 4BI6A 3DBPA 1GVSA 2VXNA 3OHIA 1VLIA 1LYXA 3PBYA 1XUUA 3IIXA 3NOEA 1W5MA 4K8EA 2ZZ6A 3E49A 2I9EA 5A8GA 4WD0A 1SPQA 3BV4A 4OQVA 1I2NA 4EF9A 4IPJA 3FJLA 1AW2A 2CLOA 4N9EA 3TU9A 1TPDA 3STEA 1GG1A 2NZLA 3KRZA 2GQAA 3W6YA 4TX9A 3G1HA 2CLEA 5DCDA 5D38A 3T7VA 2V82A 5IBXC 3QPZA 3LTPA 4BFAA 3O05A 2V8ZA 1O94A 1GJPA 1ZAIA 3MHFA 4GUFA 3UY8A 2QJHA 1OF6A 3LCIA 2HSAA 1CI1A 3N9SA 1PHQA 1WOAA 2FQIA 2ISWA 2O7SA 1DKWA 3HB9A 3TK7A 4MY9A 1XBVA 4UMBA 4RJEA 2Y85A 1XBZA 1B3OA 2ZRVA 3UXDA 3NPWA 3CQ0A 4QITA 2GVGA 1F6PA 3N2XA 4OE7A 1SFLA 5HQEA 3HG2A 3W7HA 3KRSA 4JNMA 1ZNNA 4ICNA 3NG3A 3C52A 1F05A 3GDMA 2ATSA 1TPFA 4NX0A 3NPUA 4JTUA 5K4ZA 4XBSA 3TC7A 1IXNA 2BWGA 2X1TA 2E5DA 4MJZA 4CQAA 4JICA 2VELA 5FESA 4NX5A 1GVQA 3DKLA 3NL5A 1ME9A 1TPC1 1EA0A 4UMCA 2PRHA 4ZQPA 3S8HA 3E9AA 3W74A 1W3TA 5EKYA 1UUMA 3L21A 2A4AA 1XDLA 3W2UA 5AB3A 1LBFA 4DO6A 3P8JA 4UFKA 1H63A 3DH7A 4O54A 1QPRA 5G4EA 3MO7A 3VI2A 3TCEA 1ZY9A 1VHCA 1TPEA 4GUGA 1QO5A 4E38A 5D02A 2A7PA 3W7QA 2WSRA 1LZOA 4HT3A 2WKJA 4JN6A 2E5BA 2QEZA 5AHMA 1KW1A 4XTDA 3M5YA 3GLCA 3SJ3A 3O06A 3SSJA 5DY2A 1UBSA 2ATMA 4LRTA 5ABTA 5C5YA 5D37A 1ZAHA 1QFEA 2Q8ZA 4ONVA 1RD5A 1K03A 4WOZA 3A22A 1R46A 3TX9A 5CZ0A 2A0NA 3WJYA 4Y96A 4FF7A 3H53A 3CIXA 3TQ0A 4K6AA 4JGDA 1EUNA 4IMCA 3KOFA 1ZCOA 1LDCA 3S1VA 3PBVA 1YTKA 4JTTA 2FIQA 2P0OA 3NO5A 4G1KA 4O11A 1KLYA 4O50A 5I3HA 3SGZA 1F2JA 3GDLA 1I2RA 5C2XA 5FEXA 4O0ZA 5FF7A 2G97A 2Q3OA 3JR2A 1UB3A 2B7QA 4IQLA 3UQNA 3HPZA 4UTTC 1K8YA 4NJIA 4IWWA 3UZ5A 3QW3A 2ZQ0A 1YPFA 1YPIA 2WSYA 4A21A 3DHFA 3P67A 6TIMA 4MUZA 5AHIA 1N55A 2DZXA 1JCMP 1KM6A 1MXSA 3HG4A 4OV4A 1K7XA 5L9FA 1SR9A 3PB0A 1FX6A 2QCNA 3DFOA 1JRBA 3W1QA 3LCLA 4C1LA 3SW6A 1LBLA 4JXCA 1SSGA 2ALDA 1ADOA 3G8EA 4MZ8A 3G24A 1OX6A 4M7TA 5LNUA 4O10A 4PH6A 3GAKA 3B05A 3WJSA 2ZBTA 4NT0A 3NPXA 1VCFA 4EF8A 3WK0A 2Y88A 1G4PA 1R30A 1O60A 1E51A 4MZ1A 3NGJA 5HMSA 1B4KA 2XN2A 1LBMA 1Y0EA 3W73A 2A6NA 1W3NA 2QCLA 2YCEA 2PE4A 3THAA 3MI6A 2QAFA 3R8RA 5FF3A 3GVGA 3MWAA 2PC4A 3LV5A 5LNWA 2E09A 4QQ3A 4PL2A 2P10A 4RV8A 5K9CA 3FKKA 4TU1A 2B4GA 5CZSA 5CPOA 2FFCA 3UY7A 4QNWA 2VEMA 2Y7GA 4K7YA 4Y9AA 1Q3NA 4LVGA 5U4NA 4Z1DA 4JIQA 4NVTA 1H7XA 4WY0A 2NX1A 1TCDA 1OG0A 4ADSA 4HNTA 1KM2A 5HULA 4UMAA 3NL2A 3QZEA 2CLMA 2EGZA 3T4CA 1W3IA 3BGGA 3W86A 1FDJA 3DHDA 3P5YA 4BR1A 4WUIA 2NUYA 4UFHA 3BG3A 3HPXA 5LNVA 3S1WA 3G3DA 4S1FA 2WSQA 5FEPA 1JQVA 2CLIA 1LM1A 4M5PA 4JYDA 4MZYA 2X1RA 4EOUA 1IIHA 3YPIA 5AFDA 3P60A 3NXFA 4N9CA 1SSDA 4A29A 1Q6OA 1KFEA 3LERA 2XN1A 2ISSA 4NQ1A 1J2WA 2TSYA 1Z44A 3QQ0A 2NWRA 3TKFA 2DJLA 2NV1A 4IUOA 1GYLA 5MHBA 2R94A 1DHPA 1J5TA 2H3BA 4MPQA 1G4TA 1P4CA 3LHYA 2Y61A 2C16A 1X8FA 2V5LA 2YXGA 5HWJA 1TV7A 1SO3A 5I3IA 4IGHA 3QQ1A 4N9DA 3LCWA 1YDNA 3PBUA 2ABAA 3W7NA 1L9WA 2R8WA 3W70A 4DQWA 3EB2A 1H1ZA 1LLZA 1SFJA 1TJRA 4AXKA 2Q3RA 3TQKA 3PG8A 1DQWA 3L2IA 3W1XA 2G96A 3UXAA 5C55A 1D3HA 2C6QA 2PRMA 4DO4A 2GOUA 4O13A 2XN0A 3UD6A 4LWWA 4Z1AA 3M7WA 1LOQA 3I7SA 1VQTA 4YCOA 1WQ5A 4HKPA 1OJXA 5F2MA 4UIOA 3OG3A 2GVLA 5TQLA 1EP1A 1G4EA 3KHJA 3B06A 2CLLA 1IGSA 4AF0B 1TV5A 3KFTA 1AMKA 3W72A 3HQ1A 1W8SA 2X1SA 1L2UA 2FLIA 2NV2A 3P81A 4TO8A 2RH9A 3I68A 4WX2A 3HO8A 3N9RA 3MP3A 3UWWA 4GNJA 1I45A 3G1FA 4QIUA 4Z1BA 5F4WA 1LOSA 3GXTA 2OT0A 1QNVA 3DI0A 4HPXA 4OHQA 1FCVA 4RXGA 3W1MA 4GFSA 5KZDA 5DXYA 4MKNA 5EBUA 4IJBA 2B0MA 3GIYA 4GUJA 4UFJA 3KAOA 3M44A 3WFAA 2RHGA 5BOOA 3FEMA 5G2IA 4R34A 4ZQRA 5LNSA 3M5VA 3TFCA 3B8DA 5J5DA 2FPTA 3U8GA 2WO5A 4KFOA 4X3ZA 3CWOX 2C15A 3M47A 2YYUA 1LOLA 2UV8G 4RR4A 5DELA 3OA3A 3WK2A 4Z1CA 1FXPA 4RCXA 2YYTA 1BKSA 5HWMA 3N34A 5AYZA 1G6CA 4GUIA 3W1PA 4O53A 2YDAA 4Q4KA 4Y8FA 1TQXA 3EKLA 2GUUA 3RFAA 4AHOA 2OX1A 1LRQA 3RLUA 1THFD 3I65A 5DXXA 4DBDA 1NAL1 2RDWA 4QM1A 3SY5A 4R33A 4IX2A 3KVMA 3UNDA 5I3FA 3NQAA 1XXXA 3LLDA 2XFWA 5A5WA 4TR9A 3SIZA 2QCFA 4JTIA 3L5LA 4Q32A 3QMRA 4PC8A 1KFBA 2J9YA 4LY8A 1UJPA 1OFRA 4JTGA 1IXQA 2OMAA 1W0MA 3W85A 1KTCA 4LVBA 4UTKA 1W37A 4DBEA 3LHWA 1LORA 3BLEA 4UR8A 1OFBA 1TRIA 2EKCA 5K2ZA 3NDOA 4RLIA 1ME8A 5H2ZA 1L6WA 3O16A 2YW3A 5FF4A 2GPTA 5KZMA 3OVQA 1OX5A 1FY6A 1CW2A 2NLIA 5BW6A 5AYXA 3R13A 2C14A 2TYSA 1NF7A 2F7FA 2FB2A 3EX4A 4DO5A 2CLKA 2ZRUA 5FEWA 4UCGA 2E1DA 4B5NA 4UXDA 1RV8A 1YADA 2VEKA 3MP5A 2YX0A 5D2VA 5CZJA 3TAKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3HPS A;  4K8H A;  1AK5 A;  3P74 A;  3CC1 A;  3QH2 A;  4UTW A;  3U2O A;  3PSW A;  1HO4 A;  5AC8 A;  4KWV A;  2OCZ A;  2QDH A;  2GQ8 A;  3QJA A;  2C19 A;  3HGJ A;  1TTP A;  1OF8 A;  3QST A;  5KIN A;  4LUJ A;  4Z0J A;  2HS8 A;  2QJG A;  4GE8 A;  4UFL A;  2Z0I A;  1NFB A;  3L0K A;  4ADU A;  1SZG A;  2QR6 A;  3W23 A;  4O4V A;  4NXK A;  3M5Z A;  3TUU A;  1R47 A;  3KVL A;  4YXG A;  4ZL1 A;  2GJN A;  4JTS A;  1VYP X;  2JGY A;  3V75 A;  1QPQ A;  5CZT A;  3W7R A;  3LXC A;  1OYB A;  4LV4 A;  3HOJ A;  3ZWS A;  1TPV A;  4D2J A;  1GQN A;  3CPR A;  1FCU A;  3FOK A;  3L68 A;  4W9T A;  4AWU A;  1SZN A;  4JX4 A;  1SZF A;  1WBH A;  4NZF A;  2C3Z A;  2Y7D A;  3KVK A;  3PY2 A;  3LI0 A;  1PE1 A;  1TV8 A;  3N3M A;  1TB3 A;  3NQ2 A;  3RK8 A;  3S9Y A;  1XFB A;  3BGJ A;  3T44 A;  3EX1 A;  3TRO A;  1ZFJ A;  1X7F A;  4PCF A;  1IXO A;  1X1O A;  1C9D A;  1JCJ A;  3EWZ A;  4O1B A;  3EX2 A;  1LLW A;  4RXF A;  2C13 A;  5BRB A;  1SW3 A;  3O6Y X;  4IXH A;  4UTU A;  5FF0 A;  2E6Y A;  2ZZ2 A;  1FCQ A;  2H90 A;  3R12 A;  3O6D A; 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